The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
71
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sequence length |
214
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structure length |
211
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Chain Sequence |
ENSTVGGGGYNQAKGRNSTVAGGYNNEATGTDSTIAGGRKNQATGKGSFAAGIDNKANADNAVALGNKNTIEGENSVAIGSNNTVKKGQQNVFILGSNTDTTNAQNGSVLLGHNTAGKAATIVNSAEVGGLSLTGFAGASNGTVSVGKKGKERQIVHVGAGEISDTSTDAVNGSQLHALATVVAQNKADIKDLDDEVGLLGEEINKHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Correlation of in situ mechanosensitive responses of the Moraxella catarrhalis adhesin UspA1 with fibronectin and receptor CEACAM1 binding.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UspA1
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Moraxella catarrhalis
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| total genus |
71
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| structure length |
211
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| sequence length |
214
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-07-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05658 | YadA_head | Head domain of trimeric autotransporter adhesin |
| A | PF05662 | YadA_stalk | Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin |
| A | PF18792 | UspA1_rep | Ubiquitous surface protein adhesin repeat |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ||
| Mainly Beta | 2 Solenoid | Alkaline Protease, subunit P, domain 1 | Serralysin-like metalloprotease, C-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5AVQ B; 1GU4 A; 2Z5H A; 2AGM A; 5AW7 B; 1CI6 B; 2Q3I A; 2ZJ6 A; 2Q5U A; 1GK4 A; 4RES B; 3IR9 A; 3O8Z A; 1K7I A; 3P32 A; 2WT7 A; 1X8Y A; 3VI1 A; 2W27 A; 3V4Q A; 2WPR A; 2Q7C A; 3P7K A; 5D7W A; 5APX A; 1OM8 A; 3I5C A; 3LIE A; 2ZXE B; 1O0Q A; 1MV8 A; 1P9H A; 5AVS B; 3TYY A; 2W6A A; 4AUW A; 3HBU P; 5AVT B; 1HJB A; 1GK6 A; 2P67 A; 3HE4 B; 3M06 A; 4GKG A; 3NTN A; 4I35 A; 1K7G A; 5APU A; 4B86 A; 3A70 A; 1G9K A; 4AQR D; 1OWA A; 1SAT A; 3M0D A; 5AW9 B; 3A5T A; 1T2K D; 2BAS A; 4C7N B; 1FAV A; 1O0T A; 3KQG A; 1JUN A; 1FOS F; 5AW5 B; 5AW0 B; 2IPP A; 2YO1 A; 2R5B A; 3VN0 A; 1KQL A; 2C9N Y; 2E43 A; 1CSB A; 1OM6 A; 3VMZ A; 1CZQ A; 3P8M C; 3TK1 A; 3HBV P; 3LA9 A; 3L35 A; 5AVV B; 1GO8 P; 5AVY B; 1CI6 A; 5APS A; 2Z8Z A; 2P2U A; 2N9B A; 1J2J B; 3B8E B; 3TNU B; 3UIA A; 3VMX A; 2ZFC A; 3OAK A; 2E42 A; 3WP8 A; 2XZR A; 2ZJ7 A; 5APQ A; 2YO2 A; 2Z8X A; 2XQH A; 2R3C A; 5AW4 B; 2R32 A; 1H89 A; 1GU5 A; 5APT A; 3U1R A; 2XU6 A; 1MUU A; 2WPQ A; 3VYI A; 2QUA A; 1K7Q A; 5APV A; 1S9K D; 1OM7 A; 1SRP A; 2QM8 A; 3HE4 A; 1T2K C; 1HUC A; 3NMD A; 3NFQ A; 4I2L C; 3SWF A; 1A02 J; 3L36 A; 1KAP P; 3ULT A; 1SP4 A; 3M9H A; 2C9L Y; 1YYC A; 3S6L A; 3M91 A; 2KP8 A; 5AVW B; 3A6Z A; 4M3L A; 2QUB A; 3NXS A; 5AVZ B; 2YO0 A; 4C7N A; 5AW2 B; 4HYT B; 3HDA P; 3HE5 B; 4GT1 A; 1FOS E; 2QM7 A; 1SLQ A; 2R5D A; 3VMY A; 3HTK A; 4AYC A; 4C46 A; 4JYB A; 4EOT A; 2YO3 A; 1A02 F; 1HWT C; 2WPS A; 5APW A; 1IO4 A; 3M9B A; 4XE5 B; 3MGN A; 1NAF A; 5CXL A; 1GD2 E; 5AVR B; 5AVX B; 5AVU B; 3A7O A; 4LC1 A; 2WT7 B; 3LID A; 3MD0 A; 1HBW A; 2ZVD A; 3T97 A; 3TNU A; 2VRS A; 1G2C B; 1NWQ A; 1JNM A; 3V5B A; 3HB2 P; 5AW3 B; 5CMZ A; 1JIW P; 3M0A A; 5AW6 B; 1GTW A; 2WTY A; 1GO7 P; 4KHX A; 1S9K E; 1GZL A; 3VTP C; 2Z5I A; 1MFZ A; 1H88 A; 1OMJ A; 5APY A; 1H8A A; 1AKL A; 3KDP B; 5CVW A; 2XV5 A; 5AW1 B; 5AW8 B; 1AF0 A; 2P7J A; 3V4W A; 3L37 A; 1SMP A; 4JYC A; 1OXZ A; 4DZO A; 2YNY A; 2JJL A; 3HE5 A; 2WWW A; 1H71 P; 3A2A A; 1DH3 A; 2H7H A; 2ML2 A; 3A3Y B; 3LAA A; 4I6M C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WY4 B; 3I56 P; 1JTH B; 3PLN A; 3IR9 A; 1BSN A; 3P8C E; 3Q2Y A; 2WPR A; 2Q7C A; 3RK2 B; 1RF0 C; 1MV8 A; 1EDJ A; 1HVV A; 3RL0 B; 3CCE P; 3L74 J; 1G1J A; 4D6T G; 1G9K A; 1OWA A; 1BE3 D; 1U57 A; 2IFM A; 2Y0D A; 5BU5 A; 2WMM A; 2HG5 D; 1SFC A; 1YI2 P; 1O0T A; 1L0N J; 1QEX A; 5CCH C; 1MKM A; 1BCC J; 3VN0 A; 3TK1 A; 4WY4 A; 3L75 D; 1JTH A; 1SQB J; 1SQV G; 2YXR B; 1VF5 B; 4OWF A; 2QRX A; 3H1K E; 5AW4 B; 3D71 A; 3BCC G; 1N7S D; 1T3U A; 3S6L A; 5AVW B; 4N6J A; 1ZME C; 1OIP A; 2OTJ P; 3RK3 C; 1Q86 Q; 2YO3 A; 1T8Z A; 2QJP C; 1JB0 J; 3MGN A; 3ABV C; 4OGQ B; 2HPC B; 1KYO D; 2Q1K A; 1SQV K; 1JEK A; 1L0L D; 2W90 A; 3QH9 A; 1PV3 A; 1S9K E; 2KYV A; 1RF1 C; 1OMJ A; 2CPS A; 1K9M Q; 1GW3 A; 3F89 A; 1YTZ T; 1LNQ A; 1PP9 E; 3H1K J; 1YIJ P; 5APS A; 1NU1 K; 5H2F E; 1EDK A; 3AEA C; 5APX A; 2HPC A; 3CXH H; 1KIL E; 1R8E A; 2J59 M; 3H1L E; 2KLU A; 4W7Z A; 5CCG D; 3Q5R A; 1USE A; 1FZA A; 5AVV B; 2QSI A; 3K5B A; 2Z4E A; 1ZRT D; 1J2J B; 1X79 B; 2E42 A; 2Y0E A; 4D6T D; 2R3C A; 2R32 A; 1PP9 J; 2XU6 A; 3CME P; 2I1J A; 1K7Q A; 1SRP A; 3ULT A; 1FU1 A; 1BGY G; 2FYN B; 1LTJ B; 3Q5P A; 1N73 C; 3M9H A; 1SQX E; 1PIX A; 2QM7 A; 4JYB A; 2IDB A; 5KLV E; 2E74 B; 1OZH A; 3AE8 C; 3LID A; 3MD0 A; 3BCC D; 1ZV8 A; 3H1L J; 2QA4 P; 2D2C D; 1VQL P; 3L72 E; 1NU1 D; 1ZOY C; 1LTJ A; 2G8Y A; 1KQG B; 3CCR P; 2IBZ I; 3V4W A; 4L74 A; 2FKW B; 5KJ7 C; 4OVN F; 4H0L D; 1IC2 A; 1VL2 A; 2GUS A; 1SQQ K; 3CCQ P; 1QGK B; 1SQX J; 3JC2 2; 5AVS B; 3IN6 A; 2BCC D; 5KLV J; 5EFW B; 3MP7 B; 1GDT A; 5C39 A; 3Q3D A; 2NZ2 A; 4JQ0 D; 2E76 D; 1SQP G; 3L72 J; 1CSB A; 3KXD A; 1RE3 C; 2ZFC A; 2QJY C; 1GU5 A; 1MUU A; 2WPQ A; 3G71 P; 5DJT B; 2KK7 A; 1A02 J; 1RF0 A; 1YYC A; 2ZAE B; 2A06 E; 3TGU J; 3CCV P; 3H1H E; 1A02 F; 3RK3 E; 1SQP K; 1YJW P; 4WB4 A; 3CX5 H; 3A7O A; 2WT7 B; 3RK3 B; 5CCH A; 2W6J H; 3RBX A; 2QJP B; 1SQQ D; 2GA1 A; 1NTK G; 4ZMD A; 1KB9 E; 1EXJ A; 1Q7Y Q; 1RF1 B; 1K73 Q; 1DH3 A; 3CXH I; 1U7J A; 1NVO A; 1IZN B; 4EIJ A; 2IZ1 A; 2ZJ6 A; 1IK7 A; 3B5N C; 3GLM A; 3P32 A; 3AEF C; 5CBO A; 2WT7 A; 3CCL P; 3A0H E; 1DX7 A; 3O6Q B; 1HF9 A; 3L71 G; 3H1H J; 4H13 D; 4OH8 B; 1S5L H; 4B86 A; 2FYU E; 1FDM A; 5AW9 B; 1PGP A; 1N8R Q; 2IBZ G; 1RF1 A; 2E43 A; 1VQK P; 2I8D A; 2P2U A; 2OYO A; 3Q5S A; 3H1I G; 1H89 A; 2QIW A; 3O6Q A; 1SQP D; 2POH A; 2YKQ A; 3W67 A; 3L36 A; 1EDL A; 2C9L Y; 2KB7 P; 1N7S C; 4CPG A; 2OYH C; 5CJ0 A; 1N73 B; 2ITA A; 2RN0 A; 2M5A B; 2V7Q J; 1GD2 E; 5AVU B; 3A0B E; 1DEB A; 4C7R A; 2KS1 B; 3CWB G; 1BDC A; 1FS0 E; 3I55 P; 3L73 G; 3PJS K; 3BRV B; 1KN7 A; 2N1T D; 3V2P A; 3WUU A; 5DJU B; 3IAO A; 1AF0 A; 4PD4 E; 5B66 E; 1JCC A; 5L8R J; 4JBZ A; 2N9Y B; 2Q6Q A; 1N73 A; 1W2E A; 2M5A A; 3G6E P; 3L70 E; 1GMJ A; 2K9Y A; 3B4S A; 1X8Y A; 2KS1 A; 2HFE D; 1L2P A; 3PTZ A; 2YXQ B; 4ASW A; 3VOP A; 1FC2 C; 3HBU P; 2AXT E; 3NTN A; 1LTT C; 2FY8 A; 1Y8A A; 1BE3 G; 1NJI Q; 3A0H H; 4IOI H; 2Q9I A; 1JO5 A; 3HTK B; 2WIT A; 3HUS C; 1OW8 A; 1K04 A; 1OW7 A; 5CCG C; 2KNC B; 3VP8 A; 2V7Q H; 5CJ4 A; 1W5C E; 3VMX A; 3TSI A; 4L73 A; 5KJ7 A; 4DOJ A; 1SS1 A; 2M8R A; 2YO2 A; 3L4F A; 1SVF A; 2K88 A; 3GF7 A; 2QJY B; 1HH0 A; 3L70 J; 5KLI C; 2QUB A; 3AE5 C; 4TT3 H; 3HTK A; 3R4Y A; 2I1K A; 2KNC A; 4RJT A; 1W2B O; 1KFN A; 2OGU A; 4WVZ A; 5AVR B; 5GTI E; 1HGZ A; 5KKZ C; 1P84 E; 1JNM A; 3HB2 P; 1LT1 A; 2D2C C; 2WSF J; 1LTS C; 1RE3 A; 1IFN A; 1X22 A; 1NKN A; 2LKM A; 3FGA D; 1AKL A; 2MJZ A; 4NPE A; 4PV1 C; 1FZF A; 3L37 A; 4JYC A; 3L74 E; 2JJL A; 3CWB D; 3A2A A; 3LAA A; 2QE7 H; 2XND H; 2WSE J; 3L73 D; 1JY3 O; 1L0N E; 1BCC E; 4WWI A; 3VI1 A; 3BAT A; 4PD4 H; 1OM8 A; 3LIE A; 5B66 H; 2AXC A; 1SQB E; 2FYZ A; 1FZG A; 3B5N B; 2IZ0 A; 2P67 A; 3N7N A; 4GKG A; 5APU A; 5KAI E; 2L91 A; 2YKP A; 1JY3 N; 1RH5 B; 3LA9 A; 2AXT H; 4HKZ H; 1WMK A; 1XTG B; 1WRG A; 3CLQ A; 3CC4 P; 2V4H A; 1PP9 G; 4GOD A; 1QL1 A; 1YQ4 C; 4KT0 J; 1AFO A; 3RL0 g; 2E75 D; 4EI2 A; 2IFN A; 3VYI A; 3B5N A; 4IFM A; 2WSF H; 1GW4 A; 4U7J A; 4H44 C; 1T2K C; 1J1D C; 5BVZ A; 5AVZ B; 1EDI A; 4WY4 D; 3CXH D; 4HJG H; 3CCS P; 3H1L G; 2WSE H; 1N7S B; 1ZW0 A; 3RK2 D; 4BXL A; 4LGD E; 1EC5 A; 2OYH B; 3AED C; 2HOD B; 3P8C D; 3V2R A; 3RL0 D; 3M0A A; 1JY2 O; 1KQS O; 1N7L A; 1URQ C; 3TF5 A; 1NU1 G; 5GTI H; 2E5Y A; 2ZVN B; 5AW1 B; 1P84 H; 2OAR A; 2KIK A; 1LP1 B; 1KB9 I; 1H71 P; 1VF5 D; 3CCU P; 5AVQ B; 1IJD B; 5AW7 B; 1N7S A; 2Q3I A; 1KTM A; 2K37 A; 1DD4 A; 4RES B; 3CC7 P; 2H43 A; 2OYH A; 5CBN A; 2JDI H; 2HOD A; 3P7K A; 2Y0C A; 1JY2 N; 1NH4 A; 1QVG O; 3H1K D; 3OW2 O; 4U3F E; 5AVT B; 3M06 A; 4H13 C; 4W7Y A; 2BCC G; 1LTA C; 1ZR2 A; 5AW0 B; 1LP1 A; 1AJY A; 1ZLL A; 1CZQ A; 2CK3 H; 1NTM J; 3JCU E; 3T97 B; 4XA4 A; 5KAI H; 3CL3 D; 3HUS B; 1S2E A; 2Y9Y A; 3HD7 C; 1JOC A; 3U1C A; 1S9K D; 1BSH A; 3WMM 0; 4NPF X; 2KP8 A; 2O01 J; 2JWA A; 1PP9 D; 3GG2 A; 4GT1 A; 4O9B A; 1MFT A; 1KC8 Q; 4U3F J; 2A45 H; 5KLI B; 2QEX P; 1D7M A; 1PPJ E; 4BWN A; 3FWN A; 5AVX B; 5GTH E; 2AEF A; 1HBW A; 3HRN A; 3T97 A; 5CCG A; 3HUS A; 2P10 A; 3D70 A; 1X9V A; 1KIL D; 3CX5 E; 1PL5 A; 2IYP A; 4YTP C; 1GL2 C; 1MFZ A; 5KKZ B; 1SQQ G; 3H6P A; 1EZV E; 3H1L D; 2D2C B; 5TIS E; 1KYO H; 5KAF E; 4PV1 B; 4D6T J; 2Q5U A; 3N4X A; 1KQF B; 1L4A C; 2AEJ A; 3H1H G; 4UB8 E; 2BEZ F; 3RBZ A; 4ZKU A; 5B5E E; 1TU3 F; 3SWK A; 1S5L X; 1SQV J; 3A70 A; 3MUD C; 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