108LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKIELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 108lA00
1L27A 2B7XA 1L41A 2B75A 1P64A 1L68A 3L64A 3HH5A 1L86A 137LA 1T8FA 1QS5A 1DYFA 232LA 123LA 1L73A 2RB2X 1CU3A 1JTMA 1D9WA 4AQNA 108LA 3C8QA 225LA 1C62A 3C82A 4W57A 4ZPUA 190LA 3ODUA 2ANXA 1SWZA 3F9LA 1C6FA 1L34A 2QARC 198LA 1L11A 4YXCA 3SBAA 1L95A 1QTHA 103LA 1QS9A 1L22A 1KY0A 1L01A 4OO9A 1L43A 4EKQA 1P46A 1C6MA 188LA 1L33A 1L02A 1L84A 1OV5A 221LA 1L05A 238LA 1L74A 1L00A 1T8GA 2LC9A 1C63A 3G3VA 112LA 4ARLA 148LE 178LA 3CDOA 3HUKA 1XEPA 1L17A 4I7PA 192LA 1CV0A 259LA 2RBRA 1L82A 129LA 1QTBA 1OWZA 1L96A 3CDTA 1L56A 1LYIA 1QSBA 2Q9EA 3SN6R 3SB8A 3HU9A 1L88A 1L87A 2B72A 180LA 1P7SA 1XJTA 1L98A 244LA 4GBRB 3C8SA 237LA 182LA 222LA 3HTDA 3DN0A 1LWGA 1QTVA 1L31A 3DN6A 141LA 1LWKA 1P37A 130LA 1L14A 1C6IA 176LA 2RAZX 1C6QA 3OE8A 161LA 4I7SA 1L47A 1G07A 2OE9X 1C6KA 4S0WA 1LLHA 1KS3A 3V2YA 1PQIA 197LA 3HWLA 3HTFA 4I7JA 4DJHA 1C64A 1L18A 177LA 2OE7X 145LA 1CTWA 2O79A 199LA 1LI2A 1CUPA 1G0QA 1ZYTA 1G0JA 1L85A 4I7QA 1L39A 1C69A 1OWYA 186LA 1OVJA 1QUDA 1QUGA 256LA 1L0JA 3HH3A 1PQKA 1PQDA 2RBNA 1P36A 3HTBA 4ARMA 2OTZX 3HTGA 1L28A 1L60A 151LA 138LA 1PQMA 2B70A 1L45A 215LA 1C6JA 1L97A 1QTZA 1OV7A 1C6HA 1L53A 1PQJA 1PQOA 241LA 127LA 3NY9A 1P3NA 118LA 144LA 1KW7A 1C68A 1L77A 200LA 211LA 1NHBA 1L81A 139LA 3HUQA 1L90A 7LZMA 1L92A 1C6CA 1D3NA 1L40A 2RBQA 1L69A 2O4WA 1P56A 183LA 1L19A 1ZWNA 4ARMB 4LDLA 3DMXA 1L06A 1G0PA 184LA 159LA 109LA 253LA 1DYEA 1SX7A 114LA 1L37A 165LA 1L65A 1D2YA 2F32A 210LA 2Q9DA 229LA 1QT7A 251LA 2OU9A 4W51A 1C65A 2LZMA 3SB5A 3C8RA 1L09A 2OU0X 1L35A 1SWYA 150LA 158LA 2HULA 1QT4A 1DYCA 4ARQA 104LA 217LA 3DN8A 3UONA 233LA 1CVKA 1C66A 1C6LA 1LPYA 1QUHA 3CDQA 3HH4A 4I7TA 3V2WA 1LYFA 262LA 2O7AA 1CV4A 1P2RA 1L21A 170LA 3FADA 3L2XA 1C6NA 1L79A 1KNIA 1JTNA 1L44A 2OE4X 4EPIA 1L57A 3DN2A 1L13A 3C83A 1L58A 1LYDA 3G3WA 4LZMA 3HDEA 219LA 257LA 189LA 1L72A 1L64A 240LA 1QSQA 113LA 226LA 2B74A 166LA 1DYDA 1LGWA 205LA 3FA0A 1G0MA 3SBBC 245LA 102LA 3SB6A 4ARPA 1L23A 1LYJA 4W58A 187LA 1CU6A 1L12A 4ARQB 1CV5A 1CV1A 195LA 1L93A 1L30A 3C81A 3OE0A 4ARJA 2CUUA 2RB0X 1LI3A 2Z6BA 1G0GA 122LA 2NTGA 2B6YA 1L10A 120LA 1L63A 1C6TA 1D2WA 1L52A 1QT3A 224LA 3C80A 163LA 125LA 1L49A 3C7YA 3HT8A 223LA 140LA 248LA 3HUAA 107LA 1P5CA 1L42A 3HT6A 1L50A 131LA 143LA 3QAKA 1B6IA 1LYEA 1CUQA 242LA 3GUPA 1DYAA 4W53A 220LA 1G1VA 185LA 3HU8A 2IGCA 1P6YA 119LA 1C6EA 1L48A 146LA 2LCBA 111LA 3EMLA 1L75A 169LA 1L83A 2RBSA 1L61A 3DN1A 1L08A 2L78A 3HT7A 1QTDA 4IAPA 1L66A 1L03A 1L99A 4I7OA 1L89A 1KW5A 4W59A 171LA 3FI5A 1L80A 1C60A 1OVHA 115LA 168LA 1CU2A 1QT6A 1L15A 1L62A 1WTHA 4EPFA 4YX7C 2RBPA 2OTYX 147LA 1G06A 3SB9A 1L51A 218LA 250LA 1L71A 1C61A 1L67A 3GUMA 4I7LA 3NYAA 181LA 3NY8A 1L26A 1CV3A 1L76A 258LA 239LA 3CDVA 3C7WA 2HUKA 2F47A 191LA 1DYGA 1LYHA 1G0KA 2B6ZA 4EJ4A 1D3JA 4W55A 1LGXA 255LA 1C67A 2B6TA 157LA 162LA 1K28A 3JR6A 3OE6A 1D3MA 3GUNA 4PK0A 213LA 1L20A 206LA 247LA 1L24A 1D3FA 1L38A 261LA 1L36A 1QTCA 3RUNA 1CV6A 1I6SA 149LA 1T97A 1L16A 4EKSA 1DYBA 3GUOA 230LA 160LA 155LA 201LA 4W52A 1T6HA 2OEAX 1LYGA 227LA 3DN3A 1P2LA 4K5YA 3K2RA 1LW9A 1T8AA 3PBLA 142LA 174LA 212LA 228LA 4GRVA 3D4SA 3G3XA 4EXMA 3PDSA 164LA 4DKLA 172LA 1L04A 236LA 1LGUA 2B6XA 1OVKA 2RH1A 5LZMA 1C6PA 3VW7A 252LA 3GUIA 1L07A 1KY1A 234LA 3RZEA 4YXAC 1C6BA 1CX7A 1QUOA 1SSYA 3GUKA 249LA 2RB1X 4I7RA 209LA 260LA 1SX2A 110LA 175LA 2OU8A 1EPYA 231LA 2F2QA 235LA 1G0LA 128LA 1L46A 4LDOA 1LI6A 4PJZA 1L54A 3DMZA 1QT8A 4I7MA 1CU0A 4W56A 2HUMA 1CU5A 4I7KA 2QB0B 1L0KA 1L59A 2RBOA 3DKEX 3SB7A 216LA 4W54A 2B6WA 1JQUA 126LA 1C6DA 5I14A 1G1WA 2NTHA 1L25A 254LA 1CX6A 1L91A 3F8VA 246LA 243LA 3DN4A 3DNAA 4I7NA 1SSWA 4DAJA 1L55A 3GULA 3OE9A 6LZMA 1C6GA 4EKPA 1C6AA 1L70A 3CDRA 152LA 4EKRA 1TLAA 3LZMA 4LDEA 3C7ZA 1L32A 1ZURA 4E97A 3HDFA 2A4TA 1OYUA 1QT5A 2RAYX 1L94A 156LA 167LA 3GUJA 3HH6A 3HT9A 1L29A 2B73A 173LA 1XJUA 2ANVA 214LA 3DMVA 196LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B7XA 5APCA 1L68A 3HH5A 1L86A 137LA 5KXZA 3TXKA 1T8FA 4P2EA 2N5ZA 123LA 2RB2X 5LXWA 1JTMA 1D9WA 1BVKC 4AQNA 1B9OA 1QTEA 3QE8A 1IOQA 3RNXA 2QARC 198LA 4EOFA 4LT0A 2LZ2A 3W6CA 4ETDA 1LHKA 3WUNA 4OO9A 1N4FA 1LCNA 5IHGA 1L33A 3OJPA 1OV5A 1L84A 3IJVA 4W94A 5F9UA 1SQ2L 5KJ9A 1T8GA 3G3VA 5F81A 3HUKA 192LA 4PHIA 1NHEA 1OWZA 1QSBA 3RW8A 2Q9EA 3WMKA 4RW1A 2LHMA 4RLNA 3TMUA 4HJZA 1P7SA 5FHWA 3W6AA 4GLVA 1KXWA 244LA 4GBRB 182LA 1YAPA 3HTDA 3DN0A 1LHLA 1L31A 1B5VA 1LZ8A 4XENA 1T6VL 4E3UA 7LYZA 1PZYA 130LA 5A3EA 1JKCA 176LA 2RAZX 3OE8A 4I7SA 2A7FA 3AZ6A 4NWEA 1LLHA 1PQIA 3WVXA 197LA 1XGQC 4M6DA 4DYGA 1GB6A 1DPXA 2H5ZA 5DLAA 4ZEEA 2OE7X 145LA 4GN3A 2F2NA 1ZYTA 1LYOA 1L39A 1OWYA 1OVJA 4RDSA 1AT6A 4YEMA 4B1AA 2OTZX 1VDQA 1L60A 1LZ1A 4DD7A 1BB4A 3LHMA 2DBTA 1C6JA 1QTZA 2ZYCA 3A93A 1ZVHL 5KXTA 1CJ6A 1C6HA 4EMNA 1L53A 3IWRA 1GAZA 1LOZA 4HPIA 2I25L 3TXDA 4H90A 2HEEA 1REZA 1GE0A 211LA 4XN6A 1L90A 4CGEA 2RBQA 3P65A 1G7IC 2O4WA 1ZWNA 1VDTA 2HU3A 4ARMB 1LHMA 3DMXA 1EQ5A 208LA 3A96A 1A4VA 159LA 253LA 1JSEA 2D6BA 1SX7A 4C3WA 4KL7A 2F32A 2Q9DA 229LA 3W6BA 251LA 1LMQA 1AM7A 4CFOA 5HQ1A 1SWYA 5B05A 4Z46A 217LA 1H6MA 5E9RA 233LA 3UONA 1LSNA 1C6LA 207LA 4I7TA 262LA 1P2RA 1WQPA 1B5UA 3ZVQB 1IOTA 5B07A 5KXOA 3IJUA 257LA 189LA 1LSAA 113LA 3AGHA 2DKVA 1IWTA 3TXJA 2HEAA 1DYDA 3FA0A 3SBBC 4WM5A 1IP6A 245LA 102LA 1LZCA 1BWJA 1GFTA 3SB6A 4DDCA 2DQGY 1CV5A 1CV1A 1L93A 4NHQA 5KY1A 2NTGA 1HF4A 2GV0A 1GEVA 1L10A 3A34A 4C5FA 1IOSA 5KXNA 4LZTA 1G7LC 5LVGA 3QNGA 223LA 1LZ9A 4R0FA 3HBHA 3AYQA 248LA 1BHZA 107LA 3WXTA 1BB3A 2DQDY 1L50A 2VB1A 1CUQA 2DQAA 1UC0A 2MEGA 4AXTA 4B49A 3WH1A 185LA 1GBYA 1C6EA 1VATA 111LA 1L75A 4TUNA 4WLYA 4OWEA 1L08A 1AT5A 1L66A 1GF6A 1L99A 5IDDA 4OOOA 171LA 3ATOA 1C60A 168LA 1CU2A 4EPFA 2YSSC 2DQCY 1GE1A 1QUSA 147LA 1HEWA 2D4KA 1G06A 1NDGC 1L71A 1L67A 1O23A 4I7LA 181LA 1QUTA 1XGTC 3C7WA 4J1AA 5I54A 1DYGA 1JKAA 4NG1A 1V7SA 1G0KA 5LVHA 1C67A 157LA 3A8ZA 3GUNA 3WULA 1L20A 247LA 1LMNA 1FBIX 1LSPA 2D4JA 1JHLA 4J1BA 4H9BA 1CV6A 4PPOA 2W1MA 3TXGA 1B7NA 4EKSA 3GUOA 1YQVY 5LA5A 4GCDA 160LA 201LA 1T3PA 2CGIA 4NGZA 5LAGA 1P2LA 1LJFA 3K2RA 1LW9A 1T8AA 3PBLA 174LA 1EL1A 1HFXA 4WL6A 2NWDX 5FSTA 4GCFA 1LGUA 1OVKA 1LSBA 1KIPC 1GB0A 5LZMA 2BQJA 1LSDA 4DD3A 2D4IA 4D9ZA 4WOAA 4YXAC 5I5QA 4LYCA 4B4IA 1ZV5L 1LZDA 1E8LA 1YIKA 3TXIA 3N9CA 110LA 175LA 1EPYA 231LA 2F2QA 5HLLA 4OWBA 4B0DA 1IWXA 1LI6A 4LDOA 2MEBA 4PJZA 2D91A 3TMXA 1QT8A 4WO9A 4N9RA 3CSRA 1LTMA 1ZVYB 2I26L 1L59A 4H9IA 4KPMA 2NTHA 5APEA 1A2YC 3HBEX 1L91A 3T36A 246LA 2IFFY 3DN4A 4I7NA 4YEOA 4LDEA 3C7ZA 3LZTA 1G7HC 1CKDA 4E97A 3BKHA 1YANA 2A4TA 1QT5A 1YILA 1L94A 5LYTA 1HEPA 1GE3A 3HH6A 3FI7A 1L29A 3W6FA 173LA 1XJUA 214LA 3DMVA 3EO5A 4WM4A 1IR9A 2X0AA 2B75A 1UA6Y 5ILCA 4WMGA 2HTXA 2EKSC 1JJ0A 1GFEA 225LA 1IOCA 190LA 1SWZA 2Z2FA 4UWNA 3EMSA 1C6FA 1YL1X 2DQIY 3A3QA 4H92A 4HTKA 4PRQA 5L3IA 1LKSA 1GFVA 2Y8PA 1OUHA 4PRUA 1DI4A 1L01A 3A91A 1OUBA 5KKJA 4EKQA 4QGZA 1P46A 1C6MA 1DZBX 3CB7A 5FEKA 1LMOA 2MEEA 5LYZA 1QSWA 1LJ3A 1GB7A 1L74A 5DL9A 4LGKA 1B0DA 2BQGA 4ARLA 148LE 1XEIA 1XEPA 1L17A 1CV0A 259LA 4BADA 2DQJY 1QTBA 1L56A 3SN6R 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2B7X A;  5APC A;  1L68 A;  3HH5 A;  1L86 A;  137L A;  5KXZ A;  3TXK A;  1T8F A;  4P2E A;  2N5Z A;  123L A;  2RB2 X;  5LXW A;  1JTM A;  1D9W A;  1BVK C;  4AQN A;  1B9O A;  1QTE A;  3QE8 A;  1IOQ A;  3RNX A;  2QAR C;  198L A;  4EOF A;  4LT0 A;  2LZ2 A;  3W6C A;  4ETD A;  1LHK A;  3WUN A;  4OO9 A;  1N4F A;  1LCN A;  5IHG A;  1L33 A;  3OJP A;  1OV5 A;  1L84 A;  3IJV A;  4W94 A;  5F9U A;  1SQ2 L;  5KJ9 A;  1T8G A;  3G3V A;  5F81 A;  3HUK A;  192L A;  4PHI A;  1NHE A;  1OWZ A;  1QSB A;  3RW8 A;  2Q9E A;  3WMK A;  4RW1 A;  2LHM A;  4RLN A;  3TMU A;  4HJZ A;  1P7S A;  5FHW A;  3W6A A;  4GLV A;  1KXW A;  244L A;  4GBR B;  182L A;  1YAP A;  3HTD A;  3DN0 A;  1LHL A;  1L31 A;  1B5V A;  1LZ8 A;  4XEN A;  1T6V L;  4E3U A;  7LYZ A;  1PZY A;  130L A;  5A3E A;  1JKC A;  176L A;  2RAZ X;  3OE8 A;  4I7S A;  2A7F A;  3AZ6 A;  4NWE A;  1LLH A;  1PQI A;  3WVX A;  197L A;  1XGQ C;  4M6D A;  4DYG A;  1GB6 A;  1DPX A;  2H5Z A;  5DLA A;  4ZEE A;  2OE7 X;  145L A;  4GN3 A;  2F2N A;  1ZYT A;  1LYO A;  1L39 A;  1OWY A; 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