1L86A

Similar hydrophobic replacements of leu 99 and phe 153 within the core of t4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTIRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Similar hydrophobic replacements of Leu99 and Phe153 within the core of T4 lysozyme have different structural and thermodynamic consequences.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l86A00
1CX6A 2B72A 1L11A 1WTHA 222LA 4LDOA 3HT9A 3OE6A 4W54A 218LA 1L19A 156LA 1KW5A 1L49A 4ARQA 215LA 1C6HA 3SBBC 107LA 3HTDA 115LA 1CUPA 1L21A 1C66A 1L63A 2RBQA 1G0PA 1K28A 4ARLA 2F2QA 259LA 4W56A 1G0QA 3FADA 1L50A 139LA 1D3MA 3VW7A 4ZPUA 1QSQA 4EKRA 3CDRA 1P5CA 2OE9X 1L42A 3HH4A 3SB9A 1L28A 4W52A 1SWZA 192LA 2QARC 1L59A 1KNIA 4ARQB 3C8QA 256LA 3F9LA 4YXCA 1L36A 2Q9EA 2RBPA 3DN3A 1C69A 3DMXA 235LA 3C7WA 1LYFA 261LA 200LA 4EPIA 1L86A 1L51A 3SBAA 1T8AA 3GUNA 1LGUA 237LA 2OE7X 238LA 1QTZA 1P6YA 3GUKA 131LA 161LA 1C6KA 137LA 112LA 4I7KA 4W51A 175LA 2B6YA 1L16A 242LA 4PK0A 196LA 1NHBA 103LA 1C6LA 4EPFA 1QUOA 183LA 149LA 240LA 1L87A 138LA 3ODUA 1P2RA 221LA 4DKLA 3C82A 1DYCA 1L47A 1L70A 1L83A 2B70A 3SB7A 102LA 2ANXA 120LA 2LZMA 2Q9DA 1CTWA 3C7YA 234LA 4EKSA 4PJZA 155LA 1L92A 1QT7A 3HU8A 189LA 1L76A 1SWYA 1L93A 2O4WA 1C6PA 1L17A 2RH1A 4W53A 1LI2A 1L89A 1L40A 3SB8A 3C80A 1CX7A 3C8RA 1C68A 2RBSA 2RB0X 188LA 1L73A 140LA 1L55A 1PQJA 3HUAA 1JQUA 1QTBA 186LA 4EKQA 4ARJA 1L62A 4EXMA 1QT5A 1L79A 198LA 3RUNA 206LA 3HT7A 1L80A 1L64A 2F47A 3GUOA 1LYHA 2RBOA 1L33A 3HDFA 1P46A 4ARMB 3OE9A 241LA 1XJTA 3C83A 182LA 1L34A 2B73A 150LA 1EPYA 1L30A 4DJHA 2OTZX 2RBNA 2F32A 180LA 1L60A 1D9WA 1L69A 1OVJA 1L32A 1C6JA 1L35A 1L23A 1B6IA 3FA0A 214LA 3HTBA 1L43A 178LA 1LGWA 1QTDA 1L0JA 1LWGA 1G0GA 209LA 2OU9A 1D3NA 3LZMA 1T8GA 213LA 1D2WA 158LA 1L72A 3CDOA 1C6AA 5LZMA 168LA 1QSBA 1P2LA 7LZMA 110LA 252LA 1CUQA 1LGXA 3HT8A 260LA 1L61A 3UONA 2B6XA 1XJUA 123LA 3SB6A 125LA 2RB2X 1C65A 211LA 1CV3A 2O79A 1DYBA 1L56A 219LA 1L12A 1L04A 169LA 3GUMA 3HTFA 3GUJA 4W55A 2B74A 191LA 1G0JA 1L84A 167LA 1L81A 146LA 1XEPA 227LA 1L74A 1L39A 1OWYA 3CDTA 1C6NA 210LA 197LA 1D3FA 174LA 4I7TA 118LA 3G3VA 1L58A 4DAJA 3HUQA 1P56A 1L10A 251LA 1PQMA 144LA 1C6GA 1ZURA 1C6DA 1L82A 1DYDA 5I14A 1I6SA 3DKEX 1L03A 1LYGA 1ZYTA 244LA 3PDSA 4I7NA 4ARPA 165LA 1L91A 230LA 2NTHA 3JR6A 1L07A 2B6TA 1LI6A 1L13A 1LLHA 1LYDA 148LE 4LZMA 3HDEA 1QUHA 1L96A 1CV0A 2B6ZA 3GUPA 1L02A 1P3NA 1KS3A 1P37A 1L48A 1PQOA 1SX7A 4W57A 1CU2A 2L78A 1OVKA 157LA 1L22A 3OE8A 1LW9A 1G0KA 1L54A 1G0MA 217LA 3HH3A 119LA 1JTNA 4EKPA 3V2WA 1L05A 1C61A 1L26A 1L67A 3GUIA 4YX7C 1L25A 231LA 4GBRB 2B6WA 173LA 216LA 1L27A 1QT6A 4I7MA 255LA 1KY1A 1L65A 114LA 1L14A 1L68A 1LWKA 254LA 3CDVA 201LA 3DN4A 162LA 1L90A 1LYEA 3DMZA 166LA 2OU0X 3HUKA 2RB1X 3DN2A 3K2RA 1P7SA 2NTGA 1L45A 2OE4X 3C81A 163LA 245LA 1QUGA 3HU9A 1L46A 3G3XA 1SX2A 1L41A 3F8VA 4YXAC 104LA 3EMLA 1L08A 3CDQA 1SSWA 1T97A 1C63A 1QUDA 130LA 126LA 143LA 122LA 246LA 3GULA 2Z6BA 3D4SA 190LA 1CV6A 1L94A 262LA 3NYAA 1TLAA 1L66A 1G1WA 184LA 113LA 2ANVA 109LA 205LA 181LA 1CVKA 1L00A 3SN6R 1KW7A 172LA 1CV1A 2RAZX 1L44A 1QT3A 2B7XA 1L0KA 4I7SA 3DNAA 1L18A 3NY9A 1LI3A 3DN6A 2CUUA 1C6MA 151LA 1L24A 250LA 141LA 111LA 1DYGA 3HTGA 3QAKA 4I7PA 2HUMA 3G3WA 2OU8A 1KY0A 1G0LA 170LA 199LA 1L01A 1OVHA 3NY8A 1ZWNA 1QT8A 247LA 3DN1A 232LA 1C6CA 1LPYA 2LC9A 2QB0B 253LA 142LA 3V2YA 6LZMA 1T6HA 1C6QA 1DYAA 1L88A 147LA 1L29A 152LA 1L53A 3DMVA 1OWZA 3DN8A 1CV5A 4LDEA 1L38A 3C8SA 3HH5A 2LCBA 1L52A 1CU6A 3PBLA 4W58A 4EJ4A 3RZEA 2IGCA 2OEAX 1CU5A 4GRVA 1CU0A 1CU3A 226LA 1P36A 229LA 159LA 3HT6A 1QTCA 4I7JA 1L77A 1SSYA 1C6BA 233LA 1LYIA 1G1VA 212LA 2B75A 129LA 1C60A 2HUKA 2RAYX 1L37A 1PQKA 228LA 1QT4A 2OTYX 1L09A 257LA 1OV7A 223LA 1G07A 1C64A 258LA 4K5YA 4E97A 1L95A 164LA 1L06A 108LA 176LA 248LA 3HWLA 1P64A 195LA 1LYJA 3SB5A 145LA 4I7OA 4W59A 1OV5A 1DYEA 3FI5A 1L71A 1L15A 1D3JA 3L2XA 3DN0A 128LA 4IAPA 177LA 220LA 4I7RA 160LA 2A4TA 1L85A 243LA 1C62A 1T8FA 1PQDA 1L57A 3C7ZA 1L20A 4ARMA 1QS5A 4I7LA 1QTHA 4AQNA 3OE0A 2HULA 2O7AA 239LA 4S0WA 1QS9A 4OO9A 1OYUA 1L97A 236LA 1PQIA 1C6FA 185LA 225LA 1C6TA 187LA 1C67A 1G06A 1C6EA 4I7QA 2RBRA 1L99A 1DYFA 4LDLA 1L31A 3HH6A 224LA 1L98A 1CV4A 1JTMA 1QTVA 1D2YA 249LA 1L75A 3L64A 127LA 171LA 1C6IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GDWA 1MLCE 3RZ4A 1DQJC 3CSZA 4W54A 1YAMA 1L19A 218LA 1GB0A 4ARQA 1REZA 1C6HA 3HTDA 1CJ6A 5DM9A 5HQ1A 2RBQA 1GFUA 2F2QA 1G0QA 3FADA 4ZFPA 4MSTA 2BQOA 3AZ5A 2I26L 1L28A 4W52A 1SWZA 1NQIA 1L36A 4WLTA 1GEZA 2RBPA 3W6FA 3ULRA 1PS5A 4TX7A 4XJHA 3P4ZA 261LA 1L86A 1GBXA 1T8AA 4TSBA 3TMWA 1J1PY 4LT2A 1IWXA 1GB3A 5KXXA 2MEAA 1P6YA 131LA 1OUBA 175LA 4UWNA 2GV0A 1XGQC 1QUSA 1NHBA 1ZMYL 2XBRA 1C6LA 2ZYCA 1QUOA 3LYOA 5M1YA 138LA 2MECA 4DKLA 3C82A 1L47A 2B70A 4TUNA 2LZMA 3C7YA 1YANA 4PJZA 1QDRA 1NKHA 4HPEA 1L92A 3HU8A 4GLVA 1QQYA 2RH1A 4W53A 1LI2A 4WG7A 2D91A 1YAOA 5KJ9A 3C8RA 1JKAA 5LVIA 1LKSA 3SP3A 4DQ7A 1UUZC 4IATA 1FLWA 4H9HA 3B0KA 4EXMA 1QT5A 1L79A 2MEIA 1C7PA 198LA 3GXRA 2LZ2A 3HT7A 1L80A 1L64A 3GUOA 5LVHA 2Z2EA 1JSEA 3OE9A 4RLNA 1XJTA 1JKBA 2BQMA 2BQFA 1L30A 3CT0A 1L60A 1L69A 4GN5C 1C6JA 3D9AC 1L23A 1B6IA 3FA0A 2BQNA 2ZIJA 1LWGA 3LZMA 1D2WA 1LZEA 5B06A 1GB5A 1IR9A 1CJ9A 3E3DA 1QSBA 1IP7A 4N8ZA 110LA 3G3AB 3A67Y 2YVBA 1IEEA 125LA 1IOTA 2CWIA 1LJIA 1JEFA 2DQJY 3WW5A 4WM4A 1DYBA 4B4IA 1LOZA 1AKIA 4H9FA 1I20A 1LJ4A 4W55A 2B74A 1P2CC 3A92A 3OJPA 1D9UA 2DQDY 3CDTA 1C6NA 1GBZA 2F4AA 5LVGA 3A8ZA 3EBAB 1D3FA 174LA 4I7TA 4DDCA 5F9UA 1L10A 1IR8A 1PQMA 1WVVA 1JJ0A 144LA 1JJ1A 1ZURA 2DQGY 5LYMA 5I14A 244LA 1ZYTA 1D0MA 2Z39A 1VATA 1DPWA 1L91A 1WVUA 5KXSA 1L07A 4ETEA 4GCFA 4EMNA 1L96A 4N1CC 1LSDA 4OWBA 1L02A 1B0DA 4XJGA 1AM7A 5LAFA 1L22A 1G0KA 4H94A 2ZWBA 217LA 3TXKA 119LA 1UC0A 4EKPA 5FEKA 5JENB 1J1XY 4YX7C 4GBRB 216LA 1LHKA 1L65A 3BKVA 4DQ5A 1EQ5A 1NHEA 1XEKA 4R0FA 3CDVA 3QNGA 201LA 2MEHA 162LA 1L90A 4DT3A 166LA 2RB1X 4CHXA 3C81A 1BHZA 2EIZC 245LA 4YOPA 4GCEA 2IFFY 1IP3A 4J0LA 5I4XA 3ZVQB 1G7JC 1L41A 1RE2A 5A3ZA 1L08A 2Z38A 4MCKA 1B7OA 5ILFA 133LA 143LA 3GULA 246LA 3D4SA 3T36A 190LA 1JTTL 1BQLY 1JISA 3T6UA 1XGTC 1L66A 1G1WA 5F16A 1LYOA 3CT1A 1CV1A 1REXA 5K7OA 5KXYA 1L0KA 1HEMA 1GFEA 2W1XA 2D4KA 2CUUA 1L24A 141LA 3WUNA 3ATNA 1GFTA 3HTGA 2HUMA 1AZFA 2OU8A 4OWCA 1OVHA 1ZWNA 1QT8A 3HBHA 1HMKA 232LA 1C6CA 4EOFA 1SQ2L 3WYHA 1OUCA 1YKYX 1B5XA 1B7NA 1IWVA 3TXFA 1L52A 4XJDA 4EJ4A 4H9CA 4YM8A 4UWVA 2OEAX 2D4IA 1P36A 2DQEY 2IHLA 1YROA 4H9AA 1XEIA 3WVXA 4Z3MA 233LA 4LT0A 1G1VA 3LZTA 129LA 1IP5A 1AT6A 4U3XB 1LJJA 4RDSA 3TXBA 164LA 1L06A 108LA 2YBIA 2BQJA 195LA 2VB1A 1RCMA 1YL0X 4W59A 1IO5A 1GE0A 1IY4A 1KIPC 3DN0A 4IAPA 4I7RA 5LXWA 5I5QA 2C8PA 1C62A 3HFMY 4NHIA 2LHMA 1FKVA 1GBSA 1XGPC 1L20A 1QS5A 3M3UA 3W6CA 3AYQA 1GB7A 2HTXA 2DQCY 1LZ1A 1DZBX 1JUGA 1QS9A 1OYUA 3CSQA 1TBYA 1C6TA 187LA 1WQQA 5I4WA 1D0KA 5KXRA 5FDJA 1VFBC 1L75A 1GEVA 127LA 2B72A 2BQGA 1GAZA 1GF4A 2BQHA 1LZCA 3W3EA 1CUPA 1JJ3A 1GB6A 5FSTA 1LZNA 1BVXA 259LA 5KXNA 3ZEKA 139LA 4ZPUA 1QSQA 3WXUA 1JSFA 1JKCA 2OE9X 3HH4A 1UIDA 1LMCA 3B0IA 3P68A 1L59A 1OUIA 3A95A 3P66A 1CJ8A 2DQFC 2HEBA 2XBSA 4PRQA 1LYFA 1HEOA 4EPIA 5F14A 3F6ZA 2MEGA 2D6BA 2FBDA 1LGUA 1JITA 2YBLA 1C6KA 4HPIA 5KXLA 4XADA 112LA 4I7KA 4H8YA 4W51A 4LYCA 2ZNWY 2B6YA 2EPEA 3B72A 242LA 4PK0A 1LHJA 2W1LA 103LA 4NGZA 4EPFA 4WM5A 221LA 1E8LA 1L70A 4NGJA 194LA 1B7LA 102LA 1C43A 1CKCA 2I25L 4EKSA 4HTNA 4DDAA 1QT7A 1KXYA 4BAPA 189LA 1FBIX 1SWYA 1L93A 1C6PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GDW A;  1MLC E;  3RZ4 A;  1DQJ C;  3CSZ A;  4W54 A;  1YAM A;  1L19 A;  218L A;  1GB0 A;  4ARQ A;  1REZ A;  1C6H A;  3HTD A;  1CJ6 A;  5DM9 A;  5HQ1 A;  2RBQ A;  1GFU A;  2F2Q A;  1G0Q A;  3FAD A;  4ZFP A;  4MST A;  2BQO A;  3AZ5 A;  2I26 L;  1L28 A;  4W52 A;  1SWZ A;  1NQI A;  1L36 A;  4WLT A;  1GEZ A;  2RBP A;  3W6F A;  3ULR A;  1PS5 A;  4TX7 A;  4XJH A;  3P4Z A;  261L A;  1L86 A;  1GBX A;  1T8A A;  4TSB A;  3TMW A;  1J1P Y;  4LT2 A;  1IWX A;  1GB3 A;  5KXX A;  2MEA A;  1P6Y A;  131L A;  1OUB A;  175L A;  4UWN A;  2GV0 A;  1XGQ C;  1QUS A;  1NHB A;  1ZMY L;  2XBR A;  1C6L A;  2ZYC A;  1QUO A;  3LYO A;  5M1Y A;  138L A;  2MEC A;  4DKL A;  3C82 A;  1L47 A;  2B70 A;  4TUN A;  2LZM A;  3C7Y A;  1YAN A;  4PJZ A;  1QDR A;  1NKH A;  4HPE A;  1L92 A;  3HU8 A;  4GLV A;  1QQY A;  2RH1 A;  4W53 A;  1LI2 A;  4WG7 A;  2D91 A;  1YAO A;  5KJ9 A;  3C8R A;  1JKA A;  5LVI A;  1LKS A;  3SP3 A;  4DQ7 A;  1UUZ C;  4IAT A;  1FLW A;  4H9H A;  3B0K A;  4EXM A;  1QT5 A;  1L79 A;  2MEI A;  1C7P A;  198L A;  3GXR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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