1LSNA

Thermal stability determinants of chicken egg-white lysozyme core mutants: hydrophobicity, packing volume and conserved buried water molecules
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITAAVNCAKKIVSNGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords HEN EGG WHITE LYSOZYME
publication title Thermal stability determinants of chicken egg-white lysozyme core mutants: hydrophobicity, packing volume, and conserved buried water molecules.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lsnA00
154LA 2FYDA 5LINA 1IX0A 3LHMA 4H9BA 4NGJA 4QY9A 1GFEA 5I4WA 1LMCA 5B07A 1JKDA 2HU3A 1LMNA 2A7DA 5DN5A 1LJHA 1HEPA 3LYOA 1PS5A 4C5FA 1NMMA 4Z98A 1C7PA 4X3BA 1JJ3A 3TXEA 1XEKA 1LJJA 1QSAA 3A3QA 1TCYA 4R0FA 1HSXA 1GB8A 1C08C 3WPKA 1I20A 2I6ZA 2BLYA 1HNLA 1HEQA 3AB6A 3B6LA 3G3BB 1NWGA 1OUEA 2IHLA 2LYMA 1HEMA 1B7LA 2Y8PA 4WM1A 1LMQA 5LAGA 1HENA 5II3A 1REYA 3WPLA 3WU9A 4PRUA 1TEWA 1YAPA 5IHGA 4I0CA 5ILFA 1LJNA 1JUGA 2HU1A 1LKRA 1IWYA 1OP9B 3WUAA 4RLMA 5HQ1A 4J1AA 1YKZX 4OWHA 2N5ZA 3CT1A 5FDJA 1B2KA 4IATA 5APDA 1BHZA 1LJGA 1A2YC 1WQNA 1Z55A 2Z12A 5FEKA 3WU7A 1YL1X 1GBWA 2WARA 1QUSA 2A7FA 2Z18A 1IR9A 1LPIA 1GXV2 3LYTA 1LZSA 4LT1A 4XJIA 1T3PA 1WVVA 4W94A 5JENB 4H9AA 4HSFA 3AW7A 1B7RA 1GXXA 3MGWA 1GE4A 1W08A 4LT2A 1RJCB 4XADA 4OWCA 1JISA 1QTKA 3WVXA 1F10A 1KXYA 5HLLA 1LZEA 1OUAA 1SLYA 1IWVA 5KXPA 1WQQA 3P66A 4ZFPA 3ZVQA 1GF8A 3AZ7A 1IIZA 5KXZA 1LSCA 4HV1A 4LYOA 2MEHA 4A7DA 1LZDA 5L3HA 1IP1A 1WQMA 3A6BY 3A8ZA 4TUNA 6LYZA 2CDSA 1DI5A 1DI3A 1UUZC 1VDPA 3TXBA 3GXRA 4DWXA 1JWRA 2DQEY 1GD6A 1LZCA 1HC0A 1FDLY 208LA 2G4PA 5E9RA 3WU8A 1LOZA 1YAQA 1I1ZA 4QDNA 2LZ2A 2W1MA 207LA 4WLYA 5LYZA 4LZTA 2C8OA 2I25L 1GF4A 1IOSA 4YENA 1GFJA 3N9EA 4NHSA 4H90A 2IFFY 1XFPL 3B72A 4H8YA 1YQVY 1QTEA 1OUGA 4FDYA 4GCBA 5LAFA 1H6MA 4NY5A 4WG7A 5C6LA 5M1YA 4H94A 4H9CA 3CSRA 1GWDA 1DPWA 1LZNA 2BQGA 4NEBA 1LHLA 1B5YA 5APFA 4XJHA 5EBHA 5B05A 3P68A 1XGRC 3TXJA 1AZFA 3SP3A 1TDYA 4G49A 1DI4A 3G3AB 5KXNA 5HMVA 5KXTA 2HEEA 3CQLA 5F9UA 1C43A 2D4IA 4TX7A 3WL2A 3K3TA 4H9EA 4HPIA 4HJVA 4L41A 1AM7A 4NSJA 5DN4A 3RU5A 2Z39A 4Z41A 2LYOA 5I4XA 4HV2A 2ZYCA 1CKDA 4GLAA 2DQHY 4NWEA 4ZEEA 2F30A 4NGZA 3WXUA 3ATOA 4E3UA 5APEA 5IELA 5KXXA 4HJZA 1JTTL 1IWXA 1OUIA 1QDTA 4H9IA 1IOTA 4NGVA 3WXTA 1GBZA 5AMYA 1IVMA 1B7OA 1JKBA 4FJRA 4NGWA 2D4JA 2X0AA 133LA 1CKGA 1QDRA 4DDBA 4OW1A 4ET9A 5KXOA 5B06A 5LVJA 1XEIA 3TMWA 3HBHA 3WULA 1QQYA 2LHMA 1W6ZA 3A96A 4J0LA 2B5ZA 1LZAA 1FKQA 1BWJA 3W6CA 1LHKA 2MECA 4AGAA 4DT3A 5F16A 2NWDX 5KY1A 4DYGA 1IO5A 2HEFA 4TWSA 1LTMA 4HTKA 5FCPA 1TAYA 4B4IA 1IY4A 1B5WA 1GFVA 2BQCA 3EXDA 2YBMA 4ETAA 2H9JA 1IC5Y 3D9AC 4UWVA 2YBJA 3T6UA 1GB5A 2BQIA 1UACY 2LYZA 1DZBX 5DLAA 4DD2A 1HELA 1LZ4A 2EQLA 193LA 2HEAA 1FLUA 2G4QA 5KXRA 3AJNA 3WW5A 4UWNA 1QSWA 1HSWA 4G4BA 4LGKA 1LZ6A 4CHXA 1NQIA 1EQ4A 4WM5A 2HECA 1B7QA 1LAAA 3P4ZA 1QIOA 4HTNA 3TXIA 2YBIA 2XJWA 2HTXA 5L9JA 1UBZA 4CGEA 4WL7A 3N9CA 3WVYA 4LFPA 2DKVA 1NF5A 1GB9A 4OOOA 3W6FA 1GF9A 1KXXA 1GF3A 1GFKA 2Z37A 4R6CA 4W96A 4D9ZA 1B5UA 4QEQA 4DD7A 5LVGA 2DQCY 1EL1A 1KXWA 2ZYPA 4P2EA 5E4PA 5F9XA 4BAFA 1JTOL 3LZTA 1LJKA 1C45A 2DBTA 1DPXA 1E8LA 5C6JA 1BWHA 1D6QA 1DKKA 4LYCA 3HBEX 5HNLA 1LZYA 2PC2A 4LT3A 2ZILA 1YKYX 1A4VA 1I56A 4KXIA 1NDGC 1IP2A 3M18B 4XJBA 1B7PA 3CB7A 1KIRC 4LT0A 1DXJA 3FE0A 4BAPA 1FKVA 2BQFA 2HEDA 4XN6A 4H93A 4N0JA 4NG1A 4WM4A 5KKJA 1GBOA 1GB7A 4DDAA 1GE2A 5D5CA 1GF5A 5FELA 1J1PY 1JEFA 4DC4A 3CSQA 3EBAB 1IP6A 1IP4A 2YBHA 4WLTA 4B49A 2YVBA 3N9AA 4Z46A 3ZEKA 4B1AA 4TTDA 1ALCA 2GV0A 1UIBA 1AKIA 1FLQA 1WTMA 3LZ2A 4NSHA 1NBZC 4WM6A 1B7MA 8LYZA 4NIJA 2EPEA 4N8ZA 1LSAA 4MSTA 1GDWA 2BQJA 2FBBA 1RCMA 1BB3A 4B0DA 3A3RX 1OUJA 4B4EA 2DQIY 1LMOA 1IY3A 4J1BA 4GN5C 1UIDA 1LMAA 4WL6A 1GBSA 1GE3A 1YANA 3TMXA 2YDGA 1YROA 1IP3A 2G4NA 4WLDA 1GBXA 134LA 1GEZA 1HFYA 5DL9A 1N4FA 1IC4Y 1BQLY 3TXGA 1GEVA 4WO9A 3WMKA 1HERA 4DDCA 1HEWA 1VDTA 2MEDA 4WG1A 1G7MC 5DM9A 1BB5A 5ILCA 2Z38A 1REXA 4DD0A 2Z19A 1LMTA 1LSBA 1KIPC 4G9SA 5LYTA 2W1XA 3EMSA 1IR8A 1LSGA 1GF7A 1UIFA 1UICA 2ZQ3A 1XGUC 1INUA 4LYZA 4ETEA 1QUTA 1BWIA 2ZWBA 4YOPA 4J7VA 1LMPA 1LSYA 1GB3A 2BLXA 1OUDA 2F4AA 2BQEA 3HFMY 4II8A 3A94A 3RZ4A 2LZTA 4OWAA 2ZNWY 1CNSA 1UCOA 3W3EA 2D91A 5LVIA 1LJEA 5IDDA 132LA 1G7HC 2Z2FA 1WQRA 3QE8A 4CJ2A 1GDXA 1IR7A 5FSTA 1JIYA 5F14A 1G7JC 1HEOA 1IWWA 1FLWA 4H92A 4H91A 2W1YA 4HP0A 1JKAA 3AZ4A 2EKSC 1C10A 2RSCA 3B0IA 4NWHA 5B1GA 3ZVQB 1H87A 4ML7A 3BKHA 1IOCA 1OUFA 3E3DA 1YKXX 3OK0A 4N5RA 4M6DA 1LSPA 1JKCA 1D9UA 4WO6A 4H1PA 1OUHA 2MEGA 1GE0A 1NDMC 1ZMYL 4H9HA 1REMA 1LSMA 4ETCA 1JITA 4KPMA 1F0WA 4KL7A 4NSIA 3WPJA 2EIZC 1LZ8A 2HEBA 1GAYA 3AZ6A 3M3UA 1LYSA 3W6BA 1WQOA 3A34A 1NHEA 153LA 2BPUA 4TSCA 4NSGA 1WVUA 1XGQC 1VEDA 4NHIA 1LZTA 1WQPA 1BVXA 4HTQA 4N1EI 1CKHA 5KXSA 3RNXA 1RI8B 5KXKA 1LJ3A 135LA 4WMGA 1JSFA 1UA6Y 1JSEA 3W6AA 4NG8A 2BQOA 1UIHA 1LCNA 1V7SA 1LZGA 1LSFA 2D4KA 2FYCA 4RW1A 1F6SA 1GE1A 3RW8A 2MEEA 4N9RA 4DD3A 4H8ZA 1JJ0A 4LFXA 5KXYA 1C46A 2HUBA 3AYQA 4OOTA 4RDSA 2W1LA 1LHMA 4LYBA 3TXKA 1GBYA 3W6EA 2Z2EA 2ZIJA 194LA 3IWRA 4WOAA 1AT6A 1IORA 4G4CA 4OWBA 1B5VA 1LJFA 1AT5A 1D0KA 2BQLA 1B7SA 4PJ2C 2YBNA 5KJ9A 2XBSA 1EQ5A 5L3IA 3A6CY 2ZIKA 4RLNA 1GPQC 1MELL 2H5ZA 2XBRA 4NHTA 1LYZA 3D3DA 4GCCA 3WUMA 1WTNA 4NGKA 5A3ZA 4XJFA 4ZIXA 3AZ5A 5KXLA 1D0MA 4GN3A 1LZ5A 1T6VL 1LZ1A 1CJ9A 2YBLA 1V7TA 3W6DA 4H8XA 1LYYA 3VWOA 1PZYA 3WH1A 4UWUA 1IWUA 1OUBA 1HF4A 1F6RA 3FI7A 4NGLA 3J6KA 4MR1A 4TSBA 3TMUA 5LVKA 2BQAA 1O23A 2ZNXY 4EMNA 3J4GA 4GCEA 1CJ6A 3OJPA 1B0DA 1IP5A 4WLXA 5K7OA 1SQ2L 3TXHA 3TXDA 1GF6A 1G7LC 3TMVA 3A93A 4I8SA 2BAAA 1GB2A 3CSZA 4CFPA 2DQJY 4ANRA 4MCKA 1LZRA 4XYYA 2D6BA 4GCDA 4BS7A 5B1FA 1GB6A 5KXMA 1OQMA 5J7CA 1JPOA 4B4JA 1YAMA 1HFZA 1LSDA 2BQHA 4GCFA 4AXTA 3B0KA 4BADA 5HMJA 3RT5X 3TXFA 1VATA 2BQMA 2I26L 4NGIA 3T36A 4ET8A 4HPEA 1XGPC 4NHQA 1D6PA 2ZQ4A 1BVKC 1YAOA 3F6ZA 1RE2A 4IASA 1J1OY 1LKSA 3LYZA 3LYMA 1BGIA 1LSEA 1IEEA 1NKHA 1UC0A 2MEFA 1CKCA 2MEBA 3BKVA 1FN5A 1NBYC 1YIKA 1B9OA 2MEAA 3EO5A 5LXWA 4XJDA 1XEJA 1GFTA 3HBDA 2MEIA 1GFGA 1GHLA 1LHHA 4HJYA 2FBDA 4PPOA 1HFXA 1GFUA 1GFRA 1YILA 3IJVA 1LHJA 2C8PA 4YEOA 3ULRA 2CGIA 1YL0X 3QNGA 5D5FA 4N1CC 5I53A 4M4OA 4LYMA 5I4YA 4RW2A 1UIEA 1FLYA 1G7IC 1HMKA 5LA8A 1UIGA 4XJGA 2VB1A 4C3WA 1GFHA 4GLVA 4DD9A 4PRQA 3AGHA 1LJIA 5LYMA 4NHPA 1LJ4A 3A92A 3AGIA 1KIQC 1B5ZA 2DQGY 2XTHA 4PGJB 2BQDA 1ZV5L 2BQKA 3GXKA 5FHWA 2AUBA 4DD1A 2DQDY 1IWZA 1UIAA 1IP7A 2BQBA 4QGZA 3CT0A 1GF0A 2H9KA 2YSSC 4LYTA 4Z3MA 3A95A 3KAMA 3WW6A 1DQJC 3B0OA 1MLCE 3A90A 1BB4A 4EOFA 3IJUA 4NFVA 9LYZA 1IOQA 1CKFA 2Q0MX 3CT5A 1B5XA 2DQAA 3QY4A 5A3EA 1BB6A 5C6IA 2F2NA 1LSNA 1ZVHL 1CJ8A 1XGTC 2CJLA 3P64A 3WYHA 1IWTA 3P65A 5T3FA 1LSZA 1LHIA 1EQEA 1CJ7A 5KKIA 4WM2A 4H9FA 5B59A 4NGYA 1BB7A 1OUCA 1DKJA 1VAUA 1HHLA 4GN4A 3AW6A 1JTPL 4YF2A 4WM3A 5LA5A 1REZA 1JHLA 4ETDA 2F4GA 1J1XY 1P2CC 4PHIA 3A91A 1HMLA 4OWEA 5KXWA 4O34A 1VFBC 1RFPA 4NGOA 5LVHA 5HNCA 1FBIX 1LYOA 1TBYA 1JJ1A 1GAZA 1GFAA 4G4HA 3ATNA 1XSFA 4KT3A 3LN2A 3WUNA 4IJ4A 5LIOA 5I5QA 4YM8A 6LYTA 1ZVYB 5F81A 7LYZA 1VDSA 3A67Y 4YEMA 5I54A 2BQNA 4XENA 1VDQA 2CWIA 4U3XB 2DQFC 1D0LA 1IC7Y 4ETBA 1B7NA 1LZ9A 5APCA 1LZBA 3AGGG 1GB0A 4CFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
154LA 1LMCA 5B07A 107LA 1JKDA 1DYCA 1D3MA 4W57A 3SB8A 4C5FA 1NMMA 4Z98A 241LA 1C7PA 3GULA 3A3QA 1TCYA 1GB8A 3WPKA 3C83A 2I6ZA 1HNLA 3G3BB 1OUEA 2IHLA 2LYMA 1B7LA 3C81A 1C6AA 1I6SA 3WU9A 3HWLA 4PRUA 5ILFA 2QB0B 1L05A 1OP9B 5HQ1A 211LA 2OE7X 2HUMA 1B2KA 1C6KA 3WU7A 2Z12A 2WARA 1GBWA 3V2YA 2A7FA 1IR9A 1GXV2 1L22A 1L99A 4LT1A 4W94A 2NTGA 1GXXA 3MGWA 1L25A 1JISA 1QTKA 1KXYA 3FADA 3GUNA 2ANVA 3DN2A 4HV1A 1CX7A 1LZDA 4ZPUA 5L3HA 3A8ZA 1DI5A 2OE4X 3GXRA 2B74A 2DQEY 1HC0A 1L09A 3WU8A 191LA 1I1ZA 2B72A 4QDNA 1L73A 245LA 1IOSA 4NHSA 4H8YA 3F8VA 5M1YA 4H94A 1GWDA 4I7TA 1L46A 104LA 4XJHA 166LA 178LA 3P68A 1DI4A 3G3AB 1C67A 3CQLA 1C43A 2D4IA 4H9EA 4HPIA 1CX6A 4L41A 4NSJA 4Z41A 1L44A 5DN4A 1LGXA 1CKDA 184LA 4NGZA 1P2RA 4E3UA 5KXXA 198LA 3C8RA 170LA 4NGVA 3RZEA 1IVMA 133LA 1QDRA 1XEIA 4EKRA 3WULA 3A96A 2B5ZA 1BWJA 1LHKA 3G3WA 5F16A 2NWDX 221LA 1C61A 1L30A 4TWSA 4ARPA 148LE 1QUDA 1C6PA 1B5WA 2YBMA 190LA 3DN3A 4UWVA 185LA 1GB5A 4EXMA 2F2QA 1L21A 3AJNA 3WW5A 1PQJA 4WM5A 139LA 1C6MA 3P4ZA 4HTNA 212LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 154L A;  2FYD A;  5LIN A;  1IX0 A;  3LHM A;  4H9B A;  4NGJ A;  4QY9 A;  1GFE A;  5I4W A;  1LMC A;  5B07 A;  1JKD A;  2HU3 A;  1LMN A;  2A7D A;  5DN5 A;  1LJH A;  1HEP A;  3LYO A;  1PS5 A;  4C5F A;  1NMM A;  4Z98 A;  1C7P A;  4X3B A;  1JJ3 A;  3TXE A;  1XEK A;  1LJJ A;  1QSA A;  3A3Q A;  1TCY A;  4R0F A;  1HSX A;  1GB8 A;  1C08 C;  3WPK A;  1I20 A;  2I6Z A;  2BLY A;  1HNL A;  1HEQ A;  3AB6 A;  3B6L A;  3G3B B;  1NWG A;  1OUE A;  2IHL A;  2LYM A;  1HEM A;  1B7L A;  2Y8P A;  4WM1 A;  1LMQ A;  5LAG A;  1HEN A;  5II3 A;  1REY A;  3WPL A;  3WU9 A;  4PRU A;  1TEW A;  1YAP A;  5IHG A;  4I0C A;  5ILF A;  1LJN A;  1JUG A;  2HU1 A;  1LKR A;  1IWY A;  1OP9 B;  3WUA A;  4RLM A;  5HQ1 A;  4J1A A;  1YKZ X;  4OWH A;  2N5Z A;  3CT1 A;  5FDJ A;  1B2K A;  4IAT A;  5APD A;  1BHZ A;  1LJG A;  1A2Y C;  1WQN A;  1Z55 A;  2Z12 A;  5FEK A;  3WU7 A;  1YL1 X;  1GBW A;  2WAR A;  1QUS A;  2A7F A;  2Z18 A;  1IR9 A;  1LPI A;  1GXV 2;  3LYT A;  1LZS A;  4LT1 A;  4XJI A;  1T3P A;  1WVV A;  4W94 A;  5JEN B;  4H9A A;  4HSF A; 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 4XJG A;  2VB1 A;  4C3W A;  1GFH A;  4GLV A;  4DD9 A;  4PRQ A;  3AGH A;  1LJI A;  5LYM A;  4NHP A;  1LJ4 A;  3A92 A;  3AGI A;  1KIQ C;  1B5Z A;  2DQG Y;  2XTH A;  4PGJ B;  2BQD A;  1ZV5 L;  2BQK A;  3GXK A;  5FHW A;  2AUB A;  4DD1 A;  2DQD Y;  1IWZ A;  1UIA A;  1IP7 A;  2BQB A;  4QGZ A;  3CT0 A;  1GF0 A;  2H9K A;  2YSS C;  4LYT A;  4Z3M A;  3A95 A;  3KAM A;  3WW6 A;  1DQJ C;  3B0O A;  1MLC E;  3A90 A;  1BB4 A;  4EOF A;  3IJU A;  4NFV A;  9LYZ A;  1IOQ A;  1CKF A;  2Q0M X;  3CT5 A;  1B5X A;  2DQA A;  3QY4 A;  5A3E A;  1BB6 A;  5C6I A;  2F2N A;  1LSN A;  1ZVH L;  1CJ8 A;  1XGT C;  2CJL A;  3P64 A;  3WYH A;  1IWT A;  3P65 A;  5T3F A;  1LSZ A;  1LHI A;  1EQE A;  1CJ7 A;  5KKI A;  4WM2 A;  4H9F A;  5B59 A;  4NGY A;  1BB7 A;  1OUC A;  1DKJ A;  1VAU A;  1HHL A;  4GN4 A;  3AW6 A;  1JTP L;  4YF2 A;  4WM3 A;  5LA5 A;  1REZ A;  1JHL A;  4ETD A;  2F4G A;  1J1X Y;  1P2C C;  4PHI A;  3A91 A;  1HML A;  4OWE A;  5KXW A;  4O34 A;  1VFB C;  1RFP A;  4NGO A;  5LVH A;  5HNC A;  1FBI X;  1LYO A;  1TBY A;  1JJ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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