3RNXA

Crystal structure of lysozyme in 30% ethanol
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystal Structure of Lysozyme in 30% ethanol
rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3rnxA00
1LYZA 1LZ5A 4DDCA 1GBZA 1YAPA 1IC4Y 1HSWA 1QSWA 4RDSA 4J1BA 4H8YA 1YKYX 5DL9A 4TTDA 1GFAA 4BAFA 2F2NA 2HEFA 3N9EA 3A94A 2YVBA 5L3IA 4YENA 1OUHA 1VAUA 1JJ3A 5KXPA 1GB8A 1QSAA 2EQLA 3HBEX 1WQRA 4M4OA 1YANA 1IOQA 1DXJA 1GFJA 1JTTL 1LSYA 3D3DA 4ETDA 5KJ9A 1NHEA 4LFXA 4LZTA 1E8LA 1XGQC 1GE3A 2BQOA 4GCDA 3M3UA 4H93A 4CJ2A 4D9ZA 1LSAA 1IP5A 3TXJA 5KXTA 1BWJA 2BQDA 207LA 4NGVA 3CT5A 3LYTA 2CGIA 1HMLA 1C46A 4X3BA 2BQBA 1WVVA 1REXA 3G3BB 4MSTA 1LJFA 1LZDA 1YILA 1C45A 2IFFY 5KXLA 4ETBA 5FCPA 1GXV2 1IP4A 4MCKA 3TXIA 1IY4A 1PZYA 1FKVA 1MELL 2YBLA 1OUIA 1TDYA 1VDTA 5B07A 5LA5A 1IC7Y 2PC2A 1IWTA 2BPUA 1OQMA 3WYHA 3A90A 1LZ1A 3A6CY 4RLMA 4NHPA 4NHSA 1B7RA 1GWDA 1CJ6A 4GCFA 1O23A 4H92A 1RJCB 1GB3A 2HTXA 1D0KA 3RW8A 1UIHA 1GFRA 4WG1A 4ETEA 4TX7A 4NGJA 4GCBA 1LSMA 1LYYA 1D9UA 4L41A 2W1YA 4ML7A 4NIJA 5LAFA 4PHIA 1FDLY 1FLUA 1XGRC 2BQFA 3GXRA 2XBSA 1UIGA 1LMPA 1OUJA 5HMJA 3TMXA 1F6SA 1IWZA 3RU5A 5KXKA 3A92A 4KT3A 3E3DA 5F81A 1GEZA 4CFOA 1JKDA 5F9XA 4LFPA 3WU7A 1I1ZA 1D0MA 1A4VA 1WQQA 5EBHA 3EMSA 1LJ3A 1GAZA 1LYSA 5E4PA 2XTHA 3VWOA 2ZYCA 4NHTA 3W6AA 2Z38A 4H90A 4NGYA 4WL7A 1KIQC 3GXKA 4N1CC 3AJNA 3W3EA 3T36A 1ZMYL 2EPEA 1LSEA 1LZ4A 4NGOA 5B59A 5B05A 3HBDA 2ZYPA 4XJHA 1F6RA 1LHJA 3TXHA 1LJHA 1GE0A 2YDGA 1LPIA 4OW1A 4H94A 3WUMA 4B4EA 4WO9A 5KXWA 1NWGA 1JIYA 1GAYA 5APCA 1IWXA 1CJ7A 1BGIA 1QUSA 1LSDA 2H9JA 2BQNA 1LZYA 2MEEA 1HF4A 5FELA 4C5FA 2MEAA 4LYMA 3HBHA 3WVYA 1LMOA 1GEVA 1F0WA 4NSIA 1JITA 2Z39A 2HEAA 4NG8A 3MGWA 4PPOA 2LZTA 4KL7A 1IP7A 5L3HA 4ETAA 3TXBA 1OUFA 4CGEA 1LJEA 1KIRC 1P2CC 1UUZC 5KXNA 2DQCY 1GB7A 1INUA 1LZ6A 1VFBC 2MEBA 4DYGA 3CT1A 5IDDA 4AGAA 4DD1A 1B7MA 1RCMA 1LMTA 1BVKC 3A6BY 2ZQ4A 3TXFA 5LXWA 3RT5X 1FKQA 2W1MA 1NF5A 1F10A 3B0KA 3P4ZA 4HPIA 1JEFA 1DPXA 5LVKA 2DQGY 3WUNA 1LSFA 1DKJA 4I0CA 1CKDA 4HV2A 4B49A 2HUBA 5APDA 1EQ5A 1JJ0A 2LYOA 2XJWA 4DD2A 2HU3A 3B6LA 4DD0A 2Z37A 1GF5A 1JTPL 2ZIKA 2WARA 1GF7A 1LMQA 1QDTA 1XFPL 4NWEA 2A7DA 2DBTA 4G4BA 1GFVA 4NGZA 4OWEA 1NMMA 2MEFA 1FLWA 134LA 3N9CA 3FI7A 3A3RX 3WU9A 4J0LA 5LA8A 4TUNA 4NSHA 4J1AA 3TXDA 4CHXA 2X0AA 4N5RA 1YIKA 5D5CA 1OP9B 3WVXA 3B0OA 4UWUA 1BB6A 1C43A 4XJFA 4NGIA 2LYZA 2DQIY 2DQFC 2BLYA 1XEIA 5FSTA 4ANRA 2ZNXY 4CFPA 2A7FA 5AMYA 4NFVA 5M1YA 5I53A 4LT1A 2BQMA 1BB3A 2H5ZA 1LZNA 4QGZA 1NKHA 2EKSC 1JWRA 4G4CA 1WQPA 1LMAA 1UACY 1LSNA 4Z41A 2FYCA 3SP3A 1IOTA 1SLYA 1IEEA 5A3ZA 4EOFA 4J7VA 3K3TA 1GBSA 4NG1A 4LYOA 3IJUA 1IP1A 4NGWA 1GBOA 2Q0MX 5LYMA 1LHLA 1IY3A 2AUBA 2D4IA 1AZFA 4N9RA 4TWSA 2LHMA 4C3WA 4B0DA 4FDYA 4DD9A 2W1LA 1HHLA 4HPEA 3IWRA 1GE1A 4XJGA 5DN4A 3TMVA 1G7MC 1GF0A 3LZ2A 4NWHA 4R0FA 5LVGA 5C6JA 1LKRA 4G4HA 1WQMA 1LOZA 4H9AA 1GE4A 1SQ2L 4HJYA 1CKHA 4XADA 1NQIA 2BQAA 3W6EA 3J4GA 3P65A 1LMNA 4HTKA 1CKCA 5KXXA 4IASA 4H9FA 4N8ZA 4OOTA 1HEOA 1OUBA 4PJ2C 1LJIA 3ZVQB 3LYMA 1LJKA 1W08A 5D5FA 2CJLA 2MEIA 2MEHA 2Z2FA 1CJ9A 1QTEA 2YSSC 1WQNA 3WW6A 193LA 4FJRA 4PRUA 3WL2A 7LYZA 2D6BA 1UC0A 1UCOA 4QEQA 3A8ZA 4H91A 3W6FA 2EIZC 1GDWA 1BB4A 3EXDA 1HELA 3AB6A 3LHMA 3P66A 1I56A 4KXIA 3A93A 1AM7A 1C10A 1FBIX 5IELA 2DQHY 1W6ZA 1T6VL 2YBIA 3FE0A 1B5XA 2ZNWY 1BWIA 1HSXA 3BKVA 3TXKA 3QE8A 2BQEA 4ETCA 5A3EA 1LCNA 5HLLA 4A7DA 5I54A 1B7SA 1GB6A 1HNLA 1LZAA 1LZTA 4IATA 1BQLY 1HENA 1LSPA 4W96A 2F30A 1NDGC 1B7OA 3P64A 2ZWBA 4W94A 4ZFPA 3AW7A 1UA6Y 2Z12A 1XSFA 4YF2A 3LZTA 4H8XA 4LGKA 1B7NA 1LTMA 4NGKA 1HFXA 1LZ9A 4IJ4A 4XJIA 4DD3A 5HMVA 2DQJY 1FN5A 4MR1A 1GFUA 4YM8A 3AW6A 5KXOA 1AT5A 1TBYA 1IO5A 1JSFA 1J1PY 1YL1X 4DD7A 1IIZA 4R6CA 1OUCA 1IWYA 4HJZA 4HV1A 4WLYA 3QY4A 1A2YC 5C6IA 1J1XY 5F14A 3F6ZA 3EBAB 4DDBA 1IR8A 1HERA 4ET9A 3WUAA 2ZQ3A 1OUEA 1YROA 1J1OY 5ILFA 4OOOA 4GN3A 5FHWA 1JKAA 4OWBA 3AGIA 4QY9A 5I4WA 5JENB 2NWDX 1XGTC 5LVIA 4NSJA 4H1PA 1QIOA 3LYZA 1VDPA 1XGUC 2Y8PA 1H6MA 2Z2EA 1DI5A 5LVJA 4WM4A 2BQIA 3WULA 4OWAA 4WM2A 4H9CA 1LYOA 4G9SA 153LA 3B72A 4HJVA 4WLDA 3LYOA 1LAAA 1LZBA 1ZVHL 3WPLA 3WXTA 4B1AA 1G7LC 3QNGA 4NHIA 1EL1A 1C08C 3TXGA 1B5WA 4WL6A 2C8OA 5KXSA 1BWHA 1LHKA 1LMCA 2LZ2A 1GF8A 1GF3A 3OJPA 4WM5A 3WW5A 1D6QA 3J6KA 1LJ4A 1GFTA 1CNSA 1QTKA 5KY1A 5LINA 1AKIA 1IOSA 1HFZA 4LT3A 4EMNA 1GB0A 2G4QA 1G7JC 4B4IA 2G4NA 1HFYA 5HQ1A 2ZIJA 8LYZA 1NBYC 1NBZC 1LHIA 1XEJA 1JTOL 1B2KA 2CWIA 4XJDA 1VDSA 3IJVA 1I20A 4WM1A 5T3FA 4DWXA 3AZ4A 1YKXX 1BHZA 1KXWA 1LZGA 3CB7A 1BB5A 2BQLA 3CT0A 4H9EA 4Z98A 5L9JA 4WM6A 3T6UA 3EO5A 4BS7A 3B0IA 4ZIXA 4HTNA 5I4YA 1JISA 1LJGA 1IWWA 1XGPC 2B5ZA 5LYTA 1UIAA 4UWVA 4WG7A 1IORA 4H9HA 4PRQA 1VEDA 5B06A 4TSBA 4BAPA 1GE2A 1DQJC 1TEWA 2BQJA 2N5ZA 3AGHA 1HEMA 1UICA 2G4PA 1GB2A 1HC0A 4GN4A 5KKJA 4YOPA 2C8PA 1IC5Y 1RFPA 1N4FA 4GCEA 4UWNA 5LYZA 3CSZA 135LA 1WQOA 4NSGA 5FEKA 1C7PA 194LA 1YAQA 3W6DA 2DQAA 4GLVA 1UIBA 3ATOA 4H9BA 3ATNA 3A91A 1GFEA 1IWUA 1WTMA 3P68A 1GF6A 4NHQA 1AT6A 2BLXA 5LVHA 1GBXA 1LZCA 1IR7A 2D91A 2F4GA 4HTQA 5C6LA 5HNLA 4DDAA 5II3A 1B5YA 1GBWA 4GLAA 4YEOA 4BADA 1UIDA 5J7CA 2IHLA 2D4JA 6LYTA 5K7OA 1DPWA 1CKGA 2HEEA 4N0JA 4RW1A 5E9RA 4Z3MA 3RZ4A 4B4JA 2MEGA 1ALCA 2YBNA 4QDNA 3AGGG 3G3AB 4G49A 3ZVQA 3WXUA 2I6ZA 4ET8A 1LHHA 1LJJA 1G7HC 5HNCA 1LJNA 4LT2A 1XEKA 1OUDA 2W1XA 2D4KA 4OWCA 4XENA 5APFA 4U3XB 1YL0X 1FLQA 1UIEA 1V7SA 1JJ1A 4LYTA 4LYCA 4XN6A 4H9IA 2BAAA 1LZEA 1H87A 2I26L 1IOCA 1LZ8A 1REZA 2VB1A 3W6CA 3A95A 4AXTA 154LA 3ULRA 5DN5A 1OUGA 4I8SA 2Z18A 3WU8A 3A67Y 4KPMA 4M6DA 1GDXA 2I25L 2HEBA 1JHLA 1B5VA 3WPKA 1HEPA 4P2EA 3A96A 1TCYA 1IR9A 1GD6A 1LSZA 1YAOA 1HMKA 3WMKA 2DQEY 3AZ5A 3WPJA 1LZSA 2FYDA 5B1GA 1CJ8A 1JPOA 3RNXA 1ZVYB 4N1EI 3AYQA 1V7TA 1YAMA 1HEWA 2HECA 132LA 1TAYA 1UBZA 3TMWA 1IP3A 4O34A 3OK0A 5DLAA 6LYZA 4TSCA 1LSBA 2RSCA 5KXMA 1GF9A 3KAMA 2MEDA 1WVUA 4XJBA 4DC4A 1B7QA 2FBBA 1B5ZA 4WLTA 4HSFA 4WLXA 5IHGA 4RLNA 1KXXA 5ILCA 2YBHA 4H8ZA 1REMA 3A3QA 5B1FA 1NDMC 3LN2A 2H9KA 1LSCA 1BVXA 3CSRA 4GN5C 1LHMA 2BQKA 1GB5A 4ZEEA 5KXRA 3AZ6A 1FLYA 2YBJA 1MLCE 5LAGA 5DM9A 2MECA 1ZV5L 2FBDA 2ZILA 1REYA 1IVMA 1HEQA 1JSEA 4WM3A 5FDJA 2HEDA 2DQDY 4NEBA 1IP2A 3W6BA 1QUTA 1B0DA 2LYMA 1BB7A 208LA 5KKIA 4YEMA 1PS5A 3D9AC 3N9AA 1CKFA 1JKBA 5F16A 3ZEKA 4WMGA 1GHLA 3TXEA 1B7PA 5KXZA 4HP0A 1GFKA 1LSGA 4PGJB 1WTNA 1DI3A 1LZRA 1QDRA 4NGLA 1GXXA 3CSQA 4E3UA 1GBYA 1Z55A 3AZ7A 1GFGA 1IX0A 1GF4A 1GPQC 1UIFA 2DKVA 2Z19A 1T3PA 2BQHA 4LT0A 1LKSA 4NY5A 2CDSA 1B5UA 1KIPC 4WOAA 9LYZA 1DI4A 1B7LA 5I4XA 2XBRA 3A34A 2YBMA 4OWHA 1RE2A 2HU1A 3TMUA 4XYYA 1VATA 1IWVA 133LA 1D6PA 1OUAA 2BQGA 3M18B 4DT3A 4GCCA 1G7IC 2BQCA 4Z46A 4RW2A 1YKZX 3HFMY 1EQ4A 1EQEA 1JKCA 1YQVY 4LYZA 5APEA 3CQLA 5I5QA 1D0LA 1JUGA 1QQYA 2F4AA 1GFHA 1KXYA 4II8A 5LIOA 1B9OA 4LYBA 1DKKA 5KXYA 5F9UA 3BKHA 3WH1A 2GV0A 1VDQA 4WO6A 1IP6A 1DZBX 1GB9A 1RI8B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZ5A 4DDCA 1GBZA 1IC4Y 1WTHA 4H8YA 1YKYX 197LA 3SB8A 4ARLA 2YVBA 5L3IA 1OUHA 3G3XA 1IOQA 1DXJA 1GFJA 1JTTL 3D3DA 4ETDA 1NHEA 1XGQC 4GCDA 2BQDA 3CT5A 2CGIA 1C46A 2O79A 4MSTA 4W51A 3NY9A 4W59A 1GXV2 1IP4A 2RBRA 1IY4A 2YBLA 2BPUA 3C83A 4NHSA 1O23A 2O7AA 1L93A 1XEPA 5LAFA 1D9UA 1CU5A 4PHIA 3OE0A 189LA 2BQFA 216LA 2XBSA 5HMJA 1OUJA 1IWZA 3A92A 4KT3A 3E3DA 5F81A 5F9XA 4LFPA 3WU7A 1A4VA 3HH3A 1GAZA 182LA 1L10A 1P2RA 3VWOA 118LA 1KIQC 1L30A 3T36A 1LSEA 1LZ4A 4NGOA 234LA 3JR6A 1SSWA 4WO9A 1IWXA 1LGXA 1HF4A 2MEAA 4LYMA 3HBHA 3TXBA 1LZ6A 4DYGA 4DD1A 1LMTA 3A6BY 2ZQ4A 261LA 1FKQA 3RT5X 1DPXA 1L49A 1DKJA 4HV2A 1EQ5A 1JJ0A 4DD2A 1GF5A 1L55A 1QDTA 3C8QA 4NWEA 3C8SA 1JTMA 164LA 214LA 1L09A 3HT6A 4J1AA 1LYDA 4CHXA 3CDOA 4N5RA 4I7LA 2BLYA 254LA 5M1YA 2BQMA 2H5ZA 1CV5A 3C82A 2CUUA 181LA 3IJUA 1CU3A 1LHLA 1AZFA 1L44A 4N9RA 4TWSA 3HH6A 4FDYA 1L05A 4HPEA 1GE1A 209LA 4XJGA 5DN4A 3TMVA 4NWHA 5LVGA 199LA 4G4HA 1WQMA 4HJYA 1GE4A 1LMNA 4N8ZA 4OOTA 4PJ2C 102LA 1LWKA 2OTZX 1LJKA 191LA 4FJRA 2LC9A 4ARMA 160LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LYZ A;  1LZ5 A;  4DDC A;  1GBZ A;  1YAP A;  1IC4 Y;  1HSW A;  1QSW A;  4RDS A;  4J1B A;  4H8Y A;  1YKY X;  5DL9 A;  4TTD A;  1GFA A;  4BAF A;  2F2N A;  2HEF A;  3N9E A;  3A94 A;  2YVB A;  5L3I A;  4YEN A;  1OUH A;  1VAU A;  1JJ3 A;  5KXP A;  1GB8 A;  1QSA A;  2EQL A;  3HBE X;  1WQR A;  4M4O A;  1YAN A;  1IOQ A;  1DXJ A;  1GFJ A;  1JTT L;  1LSY A;  3D3D A;  4ETD A;  5KJ9 A;  1NHE A;  4LFX A;  4LZT A;  1E8L A;  1XGQ C;  1GE3 A;  2BQO A;  4GCD A;  3M3U A;  4H93 A;  4CJ2 A;  4D9Z A;  1LSA A;  1IP5 A;  3TXJ A;  5KXT A;  1BWJ A;  2BQD A;  207L A;  4NGV A;  3CT5 A;  3LYT A;  2CGI A;  1HML A;  1C46 A;  4X3B A;  2BQB A;  1WVV A;  1REX A;  3G3B B;  4MST A;  1LJF A;  1LZD A;  1YIL A;  1C45 A;  2IFF Y;  5KXL A;  4ETB A;  5FCP A;  1GXV 2;  1IP4 A;  4MCK A;  3TXI A;  1IY4 A;  1PZY A;  1FKV A;  1MEL L;  2YBL A;  1OUI A;  1TDY A;  1VDT A;  5B07 A;  5LA5 A;  1IC7 Y;  2PC2 A;  1IWT A;  2BPU A;  1OQM A;  3WYH A;  3A90 A;  1LZ1 A;  3A6C Y;  4RLM A;  4NHP A;  4NHS A;  1B7R A;  1GWD A;  1CJ6 A;  4GCF A;  1O23 A; 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 1ALC A;  2YBN A;  4QDN A;  3AGG G;  3G3A B;  4G49 A;  3ZVQ A;  3WXU A;  2I6Z A;  4ET8 A;  1LHH A;  1LJJ A;  1G7H C;  5HNC A;  1LJN A;  4LT2 A;  1XEK A;  1OUD A;  2W1X A;  2D4K A;  4OWC A;  4XEN A;  5APF A;  4U3X B;  1YL0 X;  1FLQ A;  1UIE A;  1V7S A;  1JJ1 A;  4LYT A;  4LYC A;  4XN6 A;  4H9I A;  2BAA A;  1LZE A;  1H87 A;  2I26 L;  1IOC A;  1LZ8 A;  1REZ A;  2VB1 A;  3W6C A;  3A95 A;  4AXT A;  154L A;  3ULR A;  5DN5 A;  1OUG A;  4I8S A;  2Z18 A;  3WU8 A;  3A67 Y;  4KPM A;  4M6D A;  1GDX A;  2I25 L;  2HEB A;  1JHL A;  1B5V A;  3WPK A;  1HEP A;  4P2E A;  3A96 A;  1TCY A;  1IR9 A;  1GD6 A;  1LSZ A;  1YAO A;  1HMK A;  3WMK A;  2DQE Y;  3AZ5 A;  3WPJ A;  1LZS A;  2FYD A;  5B1G A;  1CJ8 A;  1JPO A;  3RNX A;  1ZVY B;  4N1E I;  3AYQ A;  1V7T A;  1YAM A;  1HEW A;  2HEC A;  132L A;  1TAY A;  1UBZ A;  3TMW A;  1IP3 A;  4O34 A;  3OK0 A;  5DLA A;  6LYZ A;  4TSC A;  1LSB A;  2RSC A;  5KXM A;  1GF9 A;  3KAM A;  2MED A;  1WVU A;  4XJB A;  4DC4 A;  1B7Q A;  2FBB A;  1B5Z A;  4WLT A;  4HSF A;  4WLX A;  5IHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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