1LZ9A

Anomalous signal of solvent bromines used for phasing of lysozyme
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Anomalous signal of solvent bromides used for phasing of lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lz9A00
1ZVHL 4H93A 4WM1A 3B6LA 1REYA 1OUEA 1FLYA 3KAMA 2D91A 1KXXA 2LYZA 4DDAA 3WPKA 3A67Y 1PS5A 2XTHA 4P2EA 3HFMY 3J4GA 4J1BA 4KPMA 1LYSA 4OOOA 1DI4A 4IATA 3W3EA 1GFAA 1GFKA 3AJNA 1HEWA 1GF5A 4KT3A 4LYCA 4B1AA 1GB2A 1NQIA 1LSPA 1JKBA 1O23A 2Z38A 4NFVA 5B06A 4E3UA 1LJIA 1BB4A 3WULA 2YVBA 132LA 4I8SA 1BVXA 4H94A 4TUNA 4UWNA 4J1AA 4ETEA 5KXRA 1LZTA 4XYYA 5DM9A 1IWXA 1B5XA 1LPIA 2BQLA 1IWZA 4D9ZA 5C6JA 3WPJA 1GFEA 3D3DA 3W6BA 4G9SA 4W96A 3E3DA 1LZSA 3ULRA 1LHKA 3GXKA 3TMWA 5KXSA 3QNGA 5DLAA 4PRQA 1P2CC 4LYBA 4ETBA 1IR8A 4NGYA 4YF2A 2Q0MX 5KXMA 5KKJA 1GFTA 3AGHA 4BAPA 3LYZA 4EMNA 1XGTC 2IHLA 3WXTA 1D6QA 194LA 4H9IA 5K7OA 1IWUA 2H9KA 5FEKA 5C6LA 1XSFA 1C46A 2HEDA 207LA 2LZ2A 1LSMA 2HUBA 2BLXA 3FI7A 4GN4A 1UIAA 1AT5A 1JPOA 1LZAA 1LYYA 2ZNWY 3AYQA 3TXIA 2YDGA 4LYOA 4N0JA 1REZA 1LCNA 1NBZC 2H5ZA 1NF5A 1OUCA 3EO5A 2CDSA 4HV2A 1ZVYB 4UWVA 1NDGC 1BB3A 1OUHA 3AGGG 1MLCE 4MSTA 1GB0A 1VEDA 1BB7A 3IWRA 3W6DA 4QDNA 2DQFC 4ET8A 1JKCA 5D5CA 5APEA 1GB7A 3AZ7A 3A3QA 4G4BA 5FDJA 1GDWA 1XEJA 3A6CY 5F9UA 1UBZA 1IIZA 1A2YC 2BAAA 1OUDA 4N8ZA 4TSBA 4DC4A 1UIBA 1WQOA 1QTKA 1LJEA 2HU1A 4GLAA 4DDBA 1GF9A 2W1YA 1XEKA 3ZEKA 1REXA 2A7FA 2DQIY 1RE2A 4GN3A 4DYGA 1C45A 4J7VA 6LYTA 5KXWA 1HC0A 1UIEA 2H9JA 5LYZA 5I53A 3WVXA 4DWXA 1OQMA 3BKVA 4C3WA 4O34A 1JJ0A 1LJ4A 4LYMA 4NSGA 1LZRA 1A4VA 1FKVA 4LYZA 1IORA 5LA5A 4RW1A 1YIKA 1FDLY 2BQMA 1DXJA 2BQFA 4YEOA 5FHWA 1HEOA 5DN4A 2ZIKA 1CKFA 4G49A 3W6EA 2BQJA 1H87A 1IC7Y 4G4HA 4J0LA 4NGWA 2FBBA 2D6BA 4AGAA 2LHMA 4Z41A 4XJDA 1F0WA 1GB8A 2BQBA 1AM7A 1LMPA 1LMCA 1G7JC 2YBLA 1ZMYL 4B49A 1YAQA 1YANA 1FLQA 1EQ4A 2Z37A 3TMXA 3P68A 1BWJA 1HMKA 4HSFA 1QIOA 4NHIA 2EPEA 4CGEA 1GE3A 2HEAA 3ATNA 3AGIA 4XJHA 1UICA 2XBSA 1NMMA 1IP3A 1IC4Y 4TTDA 2I6ZA 4PHIA 4H92A 1HHLA 5APDA 3M18B 2C8PA 3FE0A 3CT0A 1OP9B 2W1LA 1AKIA 5HNLA 1XEIA 3CT5A 4N1CC 4NWHA 3G3AB 1B5ZA 1LZCA 2F4GA 4WO6A 2HEFA 5FELA 5B05A 1HEPA 2HU3A 1OUIA 1JTPL 1YKZX 2ZYCA 4H91A 3TXHA 1B5YA 1IWVA 4NG8A 5II3A 1HNLA 4GCFA 4RW2A 1LSCA 1RFPA 4GN5C 3AZ6A 3B0OA 5C6IA 4NGOA 1KIPC 1LMTA 4WLDA 5B59A 3MGWA 4ML7A 1B7SA 3G3BB 5A3ZA 1EL1A 3HBDA 1B9OA 4XN6A 1D6PA 4QGZA 2BQOA 1LHIA 3TXGA 2D4KA 133LA 1B7LA 4H9CA 4KXIA 4NHPA 4DDCA 1OUFA 1OUGA 1GBOA 3AW6A 1JKAA 1LAAA 1OUJA 1XGRC 1YKXX 2DQDY 4H1PA 1BQLY 1LKSA 4LT3A 4WL6A 3WVYA 4NGIA 1LMQA 1LSEA 2FBDA 2MEHA 1GEZA 4NG1A 1JITA 1QSWA 3T6UA 4B4EA 1JEFA 4GCCA 1B7NA 4NGKA 1B7MA 4WO9A 3TXKA 1LMOA 5LINA 3B0IA 1LJ3A 1UCOA 2F2NA 1NBYC 4NSHA 1NDMC 4LT0A 4B4IA 1NWGA 5HMVA 3WH1A 5IHGA 1NHEA 2DBTA 1IP6A 1B5UA 1RCMA 3W6AA 2ZQ3A 5KY1A 2BLYA 1JTOL 5LVIA 3LYOA 4H9AA 1RJCB 4HTNA 1TAYA 5I4XA 2CGIA 1VFBC 1VDSA 3N9EA 4A7DA 1IEEA 5I54A 1MELL 4CFOA 1J1PY 2EKSC 3AW7A 3RT5X 1QSAA 1LYOA 1UA6Y 3B0KA 1WTNA 1LSNA 1QDTA 4IJ4A 1TBYA 5EBHA 5KXZA 1T6VL 1LZEA 1DPWA 2I25L 1HEMA 4W94A 4WM4A 2X0AA 1JTTL 1GB3A 5DN5A 5HMJA 5L3HA 4RLMA 1CKCA 5DL9A 1LJJA 3RNXA 4GCBA 5LVGA 3BKHA 1YL0X 1VDQA 4H9BA 3B72A 4FDYA 5J7CA 2EQLA 3WU7A 1BHZA 1GWDA 2YBNA 5LAFA 4DD7A 1D9UA 1GF0A 1JHLA 2DKVA 1G7IC 3OK0A 3A3RX 4IASA 2GV0A 1LJGA 1LSAA 1LZ4A 3HBHA 1GB5A 5LA8A 1JISA 1I56A 2YBMA 2MEDA 5I5QA 4TWSA 2N5ZA 4X3BA 5KXKA 1VATA 4U3XB 1GFJA 1I1ZA 1HENA 1IOSA 1SQ2L 4NGLA 4XADA 1CJ9A 1HFYA 4DD9A 2WARA 2XJWA 2D4IA 1LSZA 1LZNA 2AUBA 1GB6A 3TXDA 3RW8A 2BQAA 1GE0A 3ZVQA 4ET9A 2A7DA 4WLTA 1GD6A 1LZ5A 2XBRA 2F4AA 1GHLA 1IWWA 4LZTA 1GE2A 4NSJA 1JKDA 4M6DA 1WQPA 4C5FA 5JENB 3A95A 1IWTA 4EOFA 4RDSA 1IP4A 9LYZA 2HTXA 2IFFY 4ETDA 7LYZA 1WQNA 1B5VA 5KXXA 4H8YA 2W1MA 5LVJA 8LYZA 1JSEA 1XFPL 1GF7A 5KKIA 1JIYA 2LYMA 1B2KA 4NHQA 1IVMA 4MR1A 1DQJC 2Z18A 3WUNA 3CSZA 154LA 5ILCA 4WLYA 1LZ8A 4WMGA 2CJLA 3A92A 3QY4A 4WM3A 5KXOA 4G4CA 4NEBA 2BQCA 3J6KA 3W6CA 3WXUA 2B5ZA 4CHXA 4TSCA 1V7TA 3A34A 1IWYA 4GCEA 1W08A 4NHSA 1HFZA 1H6MA 1J1OY 3WMKA 3ZVQB 1TEWA 3N9CA 4DD0A 5APCA 4LGKA 4OWBA 1LYZA 1GPQC 1WQMA 5APFA 1HELA 1BB5A 1IP1A 1LJNA 2F30A 5AMYA 3WW5A 1C10A 2ZNXY 1AZFA 4HPIA 1BGIA 1Z55A 193LA 1IOQA 2CWIA 1WQRA 1UUZC 1GAYA 3A90A 3EMSA 4N1EI 4NHTA 1DI3A 4R6CA 3LYTA 5E9RA 4NGVA 4WM2A 2YBHA 1YKYX 1QTEA 3A94A 1QQYA 4OWHA 4B0DA 2LZTA 4PPOA 3SP3A 3AB6A 1LJHA 1J1XY 1LSGA 2DQAA 3M3UA 1IY3A 1IR9A 1GFGA 1LJFA 4H9HA 4PRUA 2MECA 1F10A 4OWAA 4XJBA 5FCPA 1IOCA 3EXDA 1GAZA 2DQHY 4BAFA 1PZYA 3TXJA 5E4PA 3RU5A 2Z39A 4XENA 3WL2A 4LFXA 5I4YA 3A8ZA 3CSRA 4M4OA 3QE8A 1BWHA 3CSQA 4DT3A 5A3EA 5HQ1A 1LKRA 3P66A 1LZYA 1JUGA 3ATOA 4GLVA 1HEQA 1GXXA 1FN5A 1GBSA 1HMLA 2VB1A 4NY5A 1ALCA 1KIRC 1LZGA 4XJIA 4XJGA 4DD3A 1CJ6A 1I20A 4YEMA 3CT1A 2I26L 3AZ5A 1LZBA 5M1YA 4MCKA 1INUA 1D0KA 1QDRA 1W6ZA 4H8ZA 4OOTA 5D5FA 2HEBA 5B07A 4OWCA 4HP0A 1RI8B 5B1FA 4BS7A 3LYMA 5IELA 5LIOA 2ZYPA 4DD2A 2Z2FA 1HFXA 1LHJA 2ZWBA 2DQJY 4ZFPA 1JJ3A 3IJVA 1FLWA 5LYMA 4HTQA 1G7HC 3T36A 3W6FA 5F14A 5ILFA 3LN2A 4WOAA 1B0DA 3WW6A 1LZ6A 3OJPA 4ANRA 2HECA 2BQEA 1CJ7A 1DI5A 2DQGY 1GEVA 1REMA 4NWEA 4WL7A 4ZIXA 5I4WA 1FKQA 3LHMA 1N4FA 1F6RA 1GF8A 1C43A 1DZBX 4HV1A 3D9AC 2BPUA 2W1XA 4RLNA 5LAGA 1F6SA 1KXWA 3WUAA 2BQDA 2MEAA 153LA 4DD1A 2FYCA 4HJYA 3GXRA 4II8A 1IOTA 1GBYA 3A91A 5LYTA 4HPEA 5KXNA 1B7RA 1IC5Y 4H90A 1UACY 4H8XA 1KXYA 3N9AA 1BWIA 3TXBA 1E8LA 2BQHA 1GFHA 1QUSA 1EQEA 3HBEX 4ZEEA 2YBJA 5HLLA 2Y8PA 1YAOA 1YILA 2BQIA 2BQGA 3CB7A 5L9JA 3WU8A 1UIFA 1GFUA 1D0LA 1GBZA 1B7OA 2PC2A 5F81A 2HEEA 1C7PA 4NGZA 3VWOA 135LA 2DQCY 208LA 1LSYA 3K3TA 4Z46A 1LSDA 1BVKC 1OUBA 4XJFA 2MEEA 4ETAA 2ZQ4A 4LT2A 1GE1A 4N9RA 1IO5A 1B7PA 4WG7A 1IR7A 4HJZA 4WG1A 1GF4A 4HJVA 1GXV2 1CKDA 1UIDA 1YL1X 4R0FA 1IX0A 4WM6A 1GDXA 1WTMA 1UC0A 1YQVY 5F9XA 5T3FA 3TXEA 1GBWA 1QUTA 4LT1A 2MEBA 3A96A 4OWEA 5HNCA 2Z12A 1D0MA 1VDTA 1JSFA 1LHMA 1V7SA 2Z19A 1JWRA 1LZ9A 3LZTA 4NIJA 3IJUA 2MEGA 1WVVA 1IP7A 1FLUA 1FBIX 1DKJA 2ZILA 5LXWA 1XGQC 1B7QA 4LYTA 1LOZA 5F16A 1HSXA 4CFPA 1LTMA 4YOPA 3WYHA 4H9EA 5IDDA 1XGPC 2FYDA 4WM5A 1SLYA 3TMVA 3F6ZA 1IP5A 3TXFA 4QY9A 5KXLA 3RZ4A 1CNSA 1KIQC 2RSCA 4BADA 4NSIA 1B5WA 2YBIA 1VAUA 1HERA 4YM8A 1CJ8A 5KXTA 2DQEY 1WVUA 5B1GA 4CJ2A 5KXPA 3TMUA 1LSFA 1GBXA 1G7MC 134LA 4QEQA 3A6BY 3WPLA 2MEIA 4FJRA 4NGJA 2NWDX 1XGUC 1HSWA 3AZ4A 1C08C 1UIHA 1GF3A 4PJ2C 1EQ5A 2D4JA 1LHLA 1LZ1A 1OUAA 4PGJB 1GB9A 1VDPA 1TCYA 5LVHA 4Z3MA 4TX7A 2MEFA 1GF6A 4H9FA 1LSBA 2YSSC 2Z2EA 1BB6A 2ZIJA 4OW1A 5KJ9A 1AT6A 1HF4A 1WQQA 2BQKA 1IY4A 1NKHA 1LHHA 1LMNA 2C8OA 1UIGA 3EBAB 4I0CA 1YROA 4WLXA 3LZ2A 4Z98A 4AXTA 4HTKA 1IP2A 4LFPA 1CKGA 2BQNA 2G4QA 5FSTA 1DPXA 1CKHA 4ETCA 4B4JA 2G4NA 5LVKA 1LMAA 1TDYA 1YAPA 5KXYA 1YAMA 1GFRA 1T3PA 1GFVA 3WU9A 3CQLA 3P64A 3WUMA 5L3IA 3P65A 6LYZA 1JJ1A 1LJKA 1ZV5L 1G7LC 1LZDA 2EIZC 4GCDA 4L41A 4YENA 2G4PA 2LYOA 3P4ZA 1DKKA 4N5RA 3A93A 1GE4A 4KL7A 4UWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L04A 1REYA 2RB0X 1LW9A 1L86A 141LA 3A67Y 4OOOA 4IATA 1GFKA 3AJNA 4KT3A 1NQIA 1QUOA 109LA 1JKBA 2Z38A 187LA 3WULA 4I8SA 1LYDA 4J1AA 5DM9A 221LA 1IWZA 4D9ZA 5C6JA 1GFEA 3E3DA 1L80A 5DLAA 1L37A 4NGYA 2Q0MX 1OWYA 4ARQB 2B75A 1CV4A 3LYZA 1LYHA 5K7OA 2H9KA 2HEDA 207LA 2BLXA 1UIAA 127LA 3AYQA 1T8FA 1NBZC 235LA 2CDSA 1NDGC 1GB0A 1VEDA 3W6DA 128LA 5D5CA 3DMVA 5FDJA 1L46A 3A6CY 5F9UA 1IIZA 1L53A 230LA 3SB8A 1SWZA 3CDRA 7LZMA 2BAAA 4N8ZA 1L52A 1GF9A 2W1YA 2B6XA 4GN3A 1C45A 4J7VA 1UIEA 2H9JA 1OQMA 1JJ0A 4NSGA 5LA5A 4RW1A 218LA 1CKFA 1OWZA 4G49A 144LA 4J0LA 1L75A 2D6BA 2NTGA 1L42A 1AM7A 1LI2A 1ZMYL 2YBLA 5LZMA 3SB9A 4B49A 3QAKA 3P68A 1BWJA 173LA 4NHIA 2HEAA 3AGIA 4XJHA 3FADA 4TTDA 2I6ZA 1HHLA 155LA 5HNLA 1XEIA 160LA 1CV5A 3DN1A 1L79A 1B5ZA 4WO6A 5FELA 1HEPA 2ZYCA 1JTPL 1C6FA 1G07A 4RW2A 3B0OA 1JQUA 2B74A 4WLDA 1XEPA 3MGWA 3HBDA 1L66A 1L93A 1L38A 241LA 4H9CA 4DDCA 125LA 1YKXX 4H1PA 2MEHA 210LA 1GEZA 3T6UA 1JEFA 1B7MA 3HUAA 1LMOA 3B0IA 1LJ3A 1L28A 1UCOA 2F2NA 199LA 1G0LA 1NDMC 5HMVA 1L10A 220LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZVH L;  4H93 A;  4WM1 A;  3B6L A;  1REY A;  1OUE A;  1FLY A;  3KAM A;  2D91 A;  1KXX A;  2LYZ A;  4DDA A;  3WPK A;  3A67 Y;  1PS5 A;  2XTH A;  4P2E A;  3HFM Y;  3J4G A;  4J1B A;  4KPM A;  1LYS A;  4OOO A;  1DI4 A;  4IAT A;  3W3E A;  1GFA A;  1GFK A;  3AJN A;  1HEW A;  1GF5 A;  4KT3 A;  4LYC A;  4B1A A;  1GB2 A;  1NQI A;  1LSP A;  1JKB A;  1O23 A;  2Z38 A;  4NFV A;  5B06 A;  4E3U A;  1LJI A;  1BB4 A;  3WUL A;  2YVB A;  132L A;  4I8S A;  1BVX A;  4H94 A;  4TUN A;  4UWN A;  4J1A A;  4ETE A;  5KXR A;  1LZT A;  4XYY A;  5DM9 A;  1IWX A;  1B5X A;  1LPI A;  2BQL A;  1IWZ A;  4D9Z A;  5C6J A;  3WPJ A;  1GFE A;  3D3D A;  3W6B A;  4G9S A;  4W96 A;  3E3D A;  1LZS A;  3ULR A;  1LHK A;  3GXK A;  3TMW A;  5KXS A;  3QNG A;  5DLA A;  4PRQ A;  1P2C C;  4LYB A;  4ETB A;  1IR8 A;  4NGY A;  4YF2 A;  2Q0M X;  5KXM A;  5KKJ A;  1GFT A;  3AGH A;  4BAP A;  3LYZ A;  4EMN A;  1XGT C;  2IHL A;  3WXT A;  1D6Q A;  194L A;  4H9I A;  5K7O A;  1IWU A;  2H9K A;  5FEK A;  5C6L A;  1XSF A;  1C46 A;  2HED A;  207L A;  2LZ2 A; 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 1FBI X;  1DKJ A;  2ZIL A;  5LXW A;  1XGQ C;  1B7Q A;  4LYT A;  1LOZ A;  5F16 A;  1HSX A;  4CFP A;  1LTM A;  4YOP A;  3WYH A;  4H9E A;  5IDD A;  1XGP C;  2FYD A;  4WM5 A;  1SLY A;  3TMV A;  3F6Z A;  1IP5 A;  3TXF A;  4QY9 A;  5KXL A;  3RZ4 A;  1CNS A;  1KIQ C;  2RSC A;  4BAD A;  4NSI A;  1B5W A;  2YBI A;  1VAU A;  1HER A;  4YM8 A;  1CJ8 A;  5KXT A;  2DQE Y;  1WVU A;  5B1G A;  4CJ2 A;  5KXP A;  3TMU A;  1LSF A;  1GBX A;  1G7M C;  134L A;  4QEQ A;  3A6B Y;  3WPL A;  2MEI A;  4FJR A;  4NGJ A;  2NWD X;  1XGU C;  1HSW A;  3AZ4 A;  1C08 C;  1UIH A;  1GF3 A;  4PJ2 C;  1EQ5 A;  2D4J A;  1LHL A;  1LZ1 A;  1OUA A;  4PGJ B;  1GB9 A;  1VDP A;  1TCY A;  5LVH A;  4Z3M A;  4TX7 A;  2MEF A;  1GF6 A;  4H9F A;  1LSB A;  2YSS C;  2Z2E A;  1BB6 A;  2ZIJ A;  4OW1 A;  5KJ9 A;  1AT6 A;  1HF4 A;  1WQQ A;  2BQK A;  1IY4 A;  1NKH A;  1LHH A;  1LMN A;  2C8O A;  1UIG A;  3EBA B;  4I0C A;  1YRO A;  4WLX A;  3LZ2 A;  4Z98 A;  4AXT A;  4HTK A;  1IP2 A;  4LFP A;  1CKG A;  2BQN A;  2G4Q A;  5FST A;  1DPX A;  1CKH A;  4ETC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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