1CU3A

T4 lysozyme mutant v87m
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPMYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cu3A00
1OWZA 189LA 1C61A 1LWGA 1L33A 4EKSA 1JTNA 2QB0B 1L96A 1L67A 1LYDA 1QT7A 1T8FA 125LA 1LLHA 2Q9EA 1OWYA 1SWZA 3ODUA 1L83A 1G0LA 3GUKA 2A4TA 2ANVA 162LA 1T6HA 262LA 182LA 1L75A 197LA 1L06A 1L82A 1L41A 2RH1A 174LA 1L50A 3HT6A 3HUKA 4ARLA 1C6CA 254LA 165LA 1L07A 1KNIA 4I7NA 1SX2A 1L99A 1L10A 252LA 253LA 151LA 1D3JA 178LA 3SB5A 1L15A 1P46A 3DMZA 3DN4A 1DYCA 1L94A 1L25A 195LA 1SX7A 1PQDA 1C6IA 111LA 2HULA 4E97A 1L0JA 4S0WA 1L22A 1LI2A 1C67A 1C60A 2OE7X 1L74A 1L90A 3FADA 242LA 1C6MA 2RBSA 249LA 1L16A 3VW7A 4PK0A 1C68A 1L72A 1L55A 192LA 2B7XA 1L93A 217LA 1L84A 1L24A 1L66A 1L47A 201LA 167LA 1G0MA 155LA 4ZPUA 1P6YA 1LYJA 2ANXA 230LA 2OTZX 1LI6A 1L57A 1QUHA 184LA 1C6KA 4AQNA 240LA 1LYHA 2NTGA 3DN2A 1XJTA 1LYIA 4ARMB 1QT8A 243LA 2Z6BA 3F9LA 4YX7C 1L11A 2OEAX 160LA 4W53A 1PQJA 4ARQB 1L60A 1C6JA 129LA 1L20A 211LA 4ARMA 144LA 149LA 2IGCA 4W58A 3V2WA 1C69A 3HWLA 148LE 4GRVA 1QTZA 3C7ZA 2HUKA 3OE9A 2OU0X 3HH4A 1L51A 186LA 1L05A 2B70A 4PJZA 3GUMA 163LA 1NHBA 3QAKA 4EJ4A 4ARJA 1DYEA 1G0KA 1C6AA 2O4WA 1KW7A 234LA 3HT8A 1L80A 1OVHA 3GUPA 1L12A 3FI5A 157LA 114LA 3HDFA 1L68A 3SBBC 226LA 1L59A 104LA 1P2RA 1CUQA 1T97A 170LA 3UONA 126LA 245LA 1L38A 1C64A 247LA 3PDSA 2B6TA 118LA 1SWYA 2B6ZA 1P37A 1OV7A 1C6GA 1L85A 156LA 2L78A 212LA 1C6HA 2NTHA 216LA 1L19A 1DYAA 2RAZX 3CDOA 4I7QA 1LYGA 1PQOA 3LZMA 3RZEA 2OU9A 166LA 3G3VA 185LA 191LA 1TLAA 228LA 6LZMA 1G06A 3HT9A 1C6NA 1L28A 143LA 260LA 1B6IA 1L76A 241LA 248LA 3DN6A 1L30A 2RAYX 108LA 4GBRB 1LGXA 131LA 220LA 231LA 175LA 4W54A 1L21A 1L03A 164LA 1L43A 2B74A 1OYUA 1QS5A 1QT4A 138LA 1CUPA 1QS9A 261LA 146LA 3HU9A 3C8SA 223LA 4DJHA 107LA 1D2YA 1QTCA 3DMVA 3C82A 4LDEA 1LPYA 1G1VA 1CX7A 1C6BA 1P56A 1QUOA 227LA 173LA 183LA 1L70A 1DYBA 102LA 3JR6A 142LA 3L64A 5I14A 224LA 4EKQA 1KY0A 1L61A 1QUGA 4YXCA 3HDEA 1G0GA 2OE9X 3CDVA 123LA 1LYFA 1P36A 3DMXA 1LW9A 4I7PA 2HUMA 4EPFA 3HT7A 1L58A 145LA 1C6TA 225LA 1L54A 1C63A 3DN8A 1XEPA 3OE0A 2LC9A 1L17A 1C65A 4LDLA 1L77A 3C81A 1D2WA 3FA0A 1CV1A 1CV3A 1L42A 172LA 1P3NA 3K2RA 1L31A 190LA 1CVKA 128LA 1L81A 1L00A 1DYGA 2F47A 2LZMA 3DN0A 1P64A 4YXAC 1CU5A 1CU3A 3DKEX 3HTGA 1L56A 3SB8A 3V2YA 2RBRA 2OTYX 1C6QA 239LA 161LA 1L64A 222LA 1DYDA 1L87A 1QTDA 2F32A 2B6WA 1P7SA 3HTFA 150LA 1L62A 159LA 4I7OA 140LA 3SB6A 4W57A 1DYFA 198LA 3HH5A 180LA 1JTMA 1QT5A 1CV5A 7LZMA 221LA 2RBOA 3HH6A 141LA 1G0PA 1LYEA 2RBNA 171LA 3SB9A 4DAJA 1OVKA 3GULA 3NY9A 1L02A 137LA 1D3NA 1QTBA 3DN1A 188LA 1C66A 206LA 3DNAA 215LA 4EKPA 130LA 3CDRA 251LA 1C62A 1T8AA 1L34A 3RUNA 1T8GA 3OE8A 200LA 1QSBA 1C6FA 2B72A 1G0QA 1L95A 4LDOA 213LA 4I7LA 1CV0A 229LA 237LA 256LA 1QUDA 4K5YA 246LA 1L13A 1L09A 233LA 3C8RA 209LA 205LA 158LA 4ARPA 2B6XA 244LA 4W55A 3C80A 3HUAA 127LA 1L71A 1L88A 1C6DA 3CDTA 2RBQA 1XJUA 1LWKA 2OU8A 1L92A 1L44A 4EXMA 3F8VA 3L2XA 1D3MA 1L23A 1L08A 3EMLA 3HTBA 3G3XA 2RBPA 4DKLA 1K28A 109LA 1L45A 4I7MA 1L04A 103LA 2Q9DA 1CU2A 1L91A 3G3WA 1PQKA 214LA 4W56A 1L86A 1G1WA 3HUQA 4W51A 1L65A 1L73A 3C8QA 3OE6A 1EPYA 1QSQA 1L26A 1CV4A 1KS3A 3SB7A 2QARC 4LZMA 1CTWA 236LA 3HTDA 1G07A 4I7TA 1LGWA 3SN6R 250LA 110LA 1L69A 2O79A 259LA 1L49A 4W59A 2RB2X 1JQUA 1L52A 147LA 1L35A 257LA 4EPIA 2B73A 1L01A 1I6SA 1SSWA 3NYAA 3D4SA 1KY1A 1SSYA 2CUUA 2B6YA 176LA 3C7WA 255LA 235LA 1L79A 1L46A 1LGUA 210LA 1QT6A 4OO9A 168LA 1P2LA 1L18A 187LA 4I7SA 3C7YA 199LA 1L53A 113LA 1OV5A 3C83A 1L14A 1L40A 177LA 139LA 1QTHA 218LA 2RB0X 181LA 3GUOA 1CX6A 2OE4X 1D3FA 169LA 2B75A 1L63A 238LA 1L37A 122LA 120LA 1L32A 115LA 4I7KA 2F2QA 1L97A 1ZYTA 1QTVA 1ZURA 4ARQA 1L0KA 2LCBA 112LA 1L89A 1L39A 232LA 4EKRA 1D9WA 1C6LA 1WTHA 219LA 1L29A 196LA 1OVJA 1PQMA 1QT3A 1C6EA 4W52A 1CU6A 1PQIA 4I7JA 3GUJA 1C6PA 119LA 3SBAA 4IAPA 1CV6A 3NY8A 3CDQA 3GUNA 1P5CA 1L36A 258LA 1CU0A 3GUIA 1ZWNA 1G0JA 1L27A 1L98A 2O7AA 2RB1X 1KW5A 4I7RA 3DN3A 3PBLA 3HH3A 1L48A 152LA 1LI3A 3HU8A 5LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WO6A 1IY4A 189LA 1C61A 4EKSA 5HLLA 4QEQA 3LHMA 1LYDA 1BWIA 5IHGA 2FBDA 5II3A 2MECA 1IWWA 4P2EA 4XYYA 2Q9EA 1LMCA 1QUTA 1H87A 182LA 197LA 4PJ2C 1G7LC 1GE4A 2RH1A 1L50A 3TXHA 5J7CA 1C6CA 1RJCB 1LMQA 1LYSA 3AGHA 1VATA 1HFZA 151LA 1D3JA 1L15A 3DMZA 1L25A 1C6IA 2YBJA 3B6LA 1L0JA 1GBYA 1C67A 1W6ZA 1L74A 1L90A 2CGIA 1HEWA 3G3AB 5B59A 2RBSA 3HBDA 1L55A 4PPOA 192LA 1IWZA 2I6ZA 4YEMA 4HJVA 155LA 4ZPUA 1LYJA 2OTZX 2DQHY 1D9UA 4TSCA 1WTMA 1XJTA 1LYIA 4ARMB 4LYZA 2Z6BA 4TTDA 1GB9A 4MSTA 1L11A 4LYMA 4W94A 4ARQB 3T36A 4HP0A 149LA 4B4IA 2IGCA 1MELL 1UC0A 3N9CA 3C7ZA 2XBSA 186LA 3A3QA 3LN2A 4PGJB 2ZNWY 1LSCA 4H9HA 1LSZA 1XGQC 1WQMA 3QAKA 4EJ4A 1CJ7A 4B4JA 2O4WA 1KW7A 3WL2A 4L41A 1L80A 3GUPA 1IVMA 2CJLA 4N5RA 1GE2A 2H9KA 2BPUA 3TMUA 4YF2A 5K7OA 3CT0A 3ULRA 5LAFA 1YILA 2MEIA 1P2RA 1A2YC 1CUQA 4DD2A 245LA 1C64A 3PDSA 5F9XA 2B6TA 2B6ZA 1FKVA 3FE0A 1UA6Y 2BLYA 2BQHA 1L19A 1TEWA 1DYAA 3CDOA 4I7QA 1LYGA 5LA8A 2HEAA 4H1PA 4EOFA 1IC5Y 1INUA 191LA 2LHMA 1XGTC 5I4WA 1EQ4A 143LA 260LA 3D9AC 1XFPL 248LA 4GCBA 1IOQA 4GBRB 1LGXA 2MEBA 4W54A 1L21A 4XN6A 2BQFA 1OYUA 1G7MC 2FYCA 2HUBA 2G4PA 3TXIA 1GDXA 1B2KA 3C82A 3SP3A 4LDEA 4I8SA 2ZYCA 1CX7A 3WW6A 2HTXA 3QE8A 1VDTA 1GBZA 3L64A 102LA 3AB6A 4UWVA 1LCNA 5KXYA 5B05A 5LVHA 3B0KA 224LA 4EKQA 1QUGA 1GHLA 1LZ5A 5APFA 1G0GA 4NGOA 1JWRA 2BQAA 3DMXA 4I7PA 2HUMA 1T3PA 3P68A 3OE0A 1LZRA 5B06A 1DXJA 2BQOA 3FA0A 1JKBA 172LA 1CKCA 1L00A 1DYGA 2F47A 2LZMA 3EMSA 4GCEA 4OOOA 3RT5X 1QTKA 3G3BB 4LT1A 1L56A 4IJ4A 3AZ6A 4KL7A 1QTEA 222LA 1B7RA 1P7SA 3GXRA 3HTFA 1KIRC 1L62A 1LKSA 159LA 4I7OA 4W57A 5I54A 1FLQA 1CV5A 3BKHA 1LSPA 1LYEA 4HPIA 3P65A 1FKQA 3SB9A 1IORA 188LA 206LA 2RSCA 215LA 1I1ZA 4XJIA 1T8AA 1QIOA 4KXIA 1YKXX 2B72A 1JJ3A 1VDQA 1B5WA 7LYZA 3FI7A 1CV0A 256LA 1L13A 4H9IA 1L09A 233LA 4DC4A 209LA 4PHIA 3RW8A 3HUAA 1AT6A 2RBQA 4ZFPA 2Z19A 4KT3A 5HMVA 1ZVYB 2BQNA 4H92A 1D3MA 2HU3A 1IP5A 1A4VA 1DQJC 5APEA 1C10A 5KXLA 5KXZA 2LYMA 5KXSA 1IOTA 4MCKA 1XGPC 1GBWA 4I7MA 1L04A 3N9EA 103LA 4TWSA 4WLTA 1UCOA 1KXWA 1L73A 1EPYA 4B0DA 1JUGA 2YBIA 4LZMA 2YBHA 4I7TA 1HEPA 1L49A 1GB5A 1L52A 147LA 3VWOA 4NGLA 2F2NA 1L01A 1I6SA 2Q0MX 2HECA 1GF3A 1SSYA 2B6YA 176LA 4OWAA 3TXBA 235LA 168LA 3WPJA 3HBHA 3C7YA 199LA 1L53A 1OV5A 1LSBA 3C83A 4YEOA 2BQMA 177LA 1JITA 1B5UA 3GUOA 1B9OA 2DQJY 1FDLY 1F0WA 1GDWA 238LA 1O23A 1L37A 3A6BY 1D0LA 4ARQA 1GB0A 2Z39A 2LCBA 1C6LA 4KPMA 1BVKC 1L29A 4IATA 1OVJA 4WL6A 1C6EA 1LJIA 1REYA 3GUJA 1C6PA 4GN4A 2BQCA 4BAPA 3LYTA 3A34A 3CDQA 3BKVA 2XJWA 4QDNA 4N0JA 1P5CA 1L36A 3AW7A 258LA 1CU0A 2MEEA 3W6CA 1ZWNA 1RCMA 1G0JA 4GN5C 2BLXA 2O7AA 3D3DA 1BGIA 1HFXA 152LA 4N8ZA 5LZMA 3W6BA 4G4CA 2MEGA 1IP7A 3AZ4A 1L33A 5I4XA 1GB8A 1NWGA 1L67A 4XJFA 1YANA 5DL9A 2D4KA 1T8FA 1I56A 5KY1A 1CJ8A 1LLHA 4YM8A 2G4NA 1VDPA 1IC4Y 1JTOL 2HEFA 1L83A 1UIDA 1TBYA 1LJFA 1OUEA 1L75A 1L06A 5L3HA 1IP3A 2ZYPA 4ARLA 4G9SA 2MEAA 1OUJA 254LA 5C6LA 1C7PA 5FHWA 1LSEA 178LA 3IJUA 1P46A 2CDSA 5F81A 5T3FA 4II8A 3ZVQB 5KXXA 111LA 4S0WA 3IWRA 1C60A 3F6ZA 3FADA 242LA 249LA 1L16A 3VW7A 1L72A 1B5ZA 1L66A 1L47A 167LA 1CJ9A 3E3DA 1LMPA 2ANXA 1YL1X 230LA 4ML7A 1QUHA 1IR7A 184LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WO6 A;  1IY4 A;  189L A;  1C61 A;  4EKS A;  5HLL A;  4QEQ A;  3LHM A;  1LYD A;  1BWI A;  5IHG A;  2FBD A;  5II3 A;  2MEC A;  1IWW A;  4P2E A;  4XYY A;  2Q9E A;  1LMC A;  1QUT A;  1H87 A;  182L A;  197L A;  4PJ2 C;  1G7L C;  1GE4 A;  2RH1 A;  1L50 A;  3TXH A;  5J7C A;  1C6C A;  1RJC B;  1LMQ A;  1LYS A;  3AGH A;  1VAT A;  1HFZ A;  151L A;  1D3J A;  1L15 A;  3DMZ A;  1L25 A;  1C6I A;  2YBJ A;  3B6L A;  1L0J A;  1GBY A;  1C67 A;  1W6Z A;  1L74 A;  1L90 A;  2CGI A;  1HEW A;  3G3A B;  5B59 A;  2RBS A;  3HBD A;  1L55 A;  4PPO A;  192L A;  1IWZ A;  2I6Z A;  4YEM A;  4HJV A;  155L A;  4ZPU A;  1LYJ A;  2OTZ X;  2DQH Y;  1D9U A;  4TSC A;  1WTM A;  1XJT A;  1LYI A;  4ARM B;  4LYZ A;  2Z6B A;  4TTD A;  1GB9 A;  4MST A;  1L11 A;  4LYM A;  4W94 A;  4ARQ B;  3T36 A;  4HP0 A;  149L A;  4B4I A;  2IGC A;  1MEL L;  1UC0 A;  3N9C A;  3C7Z A;  2XBS A;  186L A;  3A3Q A;  3LN2 A;  4PGJ B;  2ZNW Y;  1LSC A;  4H9H A;  1LSZ A;  1XGQ C;  1WQM A;  3QAK A;  4EJ4 A;  1CJ7 A;  4B4J A;  2O4W A;  1KW7 A;  3WL2 A;  4L41 A; 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