1C6PA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a in the presence of 8 atm argon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6pA00
3ODUA 4EPFA 175LA 158LA 3DMZA 1CV0A 1LYDA 1L58A 1QTHA 4I7QA 1L27A 1L88A 3DMVA 1C65A 1QT5A 3HUKA 1L54A 1L45A 115LA 230LA 1L61A 3RUNA 1L25A 3C83A 248LA 199LA 3HU8A 237LA 160LA 3SB9A 2RBRA 1P5CA 1LWKA 6LZMA 219LA 1KS3A 1C6TA 1L09A 2OU9A 1L18A 1QT7A 1G1WA 3SB8A 214LA 1L39A 1L10A 2OE7X 1ZYTA 1P2RA 1L86A 180LA 3GUMA 2HUMA 1L95A 3HWLA 2IGCA 1T8AA 252LA 1QT3A 150LA 1ZWNA 4S0WA 3SN6R 249LA 3OE8A 1L99A 107LA 2HUKA 1L64A 1C6EA 102LA 1CU3A 3FADA 1C69A 164LA 1KY1A 2OEAX 2OE4X 3C80A 3HH4A 1L00A 1CX7A 1L29A 3HT7A 3GUKA 1QSBA 127LA 4I7OA 3DN1A 1L30A 1CV3A 4I7LA 1JQUA 2O79A 1L16A 3SB7A 1CU6A 1D3MA 1L80A 4DKLA 1PQMA 2B6YA 1C6JA 1L89A 4W53A 1L49A 4W58A 3SB5A 191LA 4EXMA 1L91A 1QT6A 177LA 109LA 141LA 3LZMA 1NHBA 2RAZX 1WTHA 1LYHA 1XJUA 161LA 3C82A 4IAPA 112LA 3DN6A 3HH6A 173LA 239LA 2RBNA 1L79A 128LA 131LA 1KNIA 4YXAC 1QTDA 1D2WA 1L70A 172LA 1C6IA 1L02A 1L21A 1SSWA 3GUJA 3HUAA 4W55A 149LA 4EKQA 2RB1X 169LA 3NYAA 1C62A 201LA 250LA 2B6WA 1L42A 1PQJA 2RBQA 1SX7A 2F32A 170LA 1CU0A 1OWZA 195LA 1SX2A 1L50A 1C6MA 1L06A 4E97A 130LA 1L07A 256LA 259LA 3SB6A 4ARLA 113LA 1L38A 1L74A 1L59A 1L66A 3HU9A 2QB0B 200LA 4GRVA 3HT8A 1QTCA 166LA 3QAKA 220LA 1LYGA 2RB0X 1G0GA 1L12A 1DYDA 1L14A 1LGWA 3F8VA 4LDLA 3DN3A 1L98A 3GUNA 1L72A 3DNAA 211LA 1LYFA 234LA 3CDVA 1P36A 3NY8A 3FA0A 2RBOA 3UONA 1L90A 1L24A 4EPIA 257LA 1LI3A 4I7PA 1D9WA 1C63A 1CV4A 167LA 1KY0A 3OE6A 1G07A 1P3NA 1OVKA 2F2QA 3L64A 1L47A 2RBSA 3HTDA 1L32A 1L11A 1L19A 2OTYX 3C8RA 4W57A 1L04A 176LA 1G1VA 2ANVA 1L69A 1L31A 3CDRA 261LA 3CDOA 3OE0A 3PDSA 3OE9A 3SBAA 3FI5A 3G3XA 1L96A 4W56A 2LC9A 1L43A 1C64A 1LGXA 1TLAA 1L15A 118LA 1P37A 1L75A 1L87A 1L77A 1L63A 1T8GA 1CUPA 1P56A 4W59A 218LA 1CVKA 110LA 1LLHA 1QSQA 3VW7A 103LA 4ARQA 1LYIA 1L92A 159LA 1C6KA 1T97A 4ARMA 156LA 1T8FA 2HULA 2RBPA 1L05A 1D3JA 3DMXA 4K5YA 245LA 3C7ZA 243LA 1C6PA 3F9LA 1L52A 1ZURA 1L36A 1C6QA 258LA 1QUOA 5LZMA 197LA 152LA 138LA 1QS5A 206LA 246LA 4I7NA 139LA 1L46A 3JR6A 2RH1A 163LA 2B7XA 1DYGA 1L34A 1LI6A 1PQIA 1L55A 247LA 1OV7A 1L03A 4ARQB 4W52A 1QT8A 4ARMB 228LA 147LA 1LGUA 1C6HA 2B6TA 4LZMA 1P2LA 2B6XA 4DJHA 4EKRA 4OO9A 2Q9EA 119LA 1L85A 108LA 1C6GA 1L40A 4EKPA 2OE9X 1L62A 3C7YA 2RB2X 3CDTA 187LA 1CU2A 205LA 143LA 4ARPA 2B73A 3HH3A 231LA 148LE 146LA 3V2YA 1PQKA 1L17A 1D3FA 1CX6A 4YX7C 3HDFA 2NTGA 1G0PA 184LA 3RZEA 1L20A 7LZMA 1C68A 168LA 1G0LA 1I6SA 1LYJA 1CV1A 162LA 3C81A 142LA 1OVHA 1DYFA 3DKEX 178LA 3DN0A 1L93A 213LA 1C6LA 1L56A 2LCBA 3GULA 240LA 3L2XA 1L41A 262LA 229LA 3DN4A 1QUDA 225LA 1L68A 2O7AA 198LA 3V2WA 4PK0A 1B6IA 1P64A 222LA 4LDEA 1L71A 3K2RA 1L22A 3GUOA 1QS9A 253LA 1C60A 1L0JA 233LA 3GUIA 2QARC 1KW5A 1T6HA 223LA 1XJTA 5I14A 1JTNA 236LA 3G3WA 2O4WA 1KW7A 4YXCA 254LA 1P6YA 1P7SA 1L65A 1SWZA 137LA 3HTGA 1CV6A 3EMLA 1L23A 3HTFA 1QTVA 4I7MA 1L33A 209LA 3DN8A 1QTBA 4GBRB 242LA 140LA 3C8SA 1CV5A 2B75A 2B6ZA 241LA 2B72A 190LA 181LA 210LA 4W54A 238LA 1LI2A 2NTHA 2Q9DA 144LA 1C6FA 260LA 4ZPUA 192LA 1C6DA 4I7JA 1QT4A 2OU0X 3HUQA 1QTZA 232LA 1QUGA 1L51A 3HDEA 1C66A 120LA 145LA 1L94A 4I7SA 3GUPA 1L44A 122LA 2B70A 123LA 1P46A 2F47A 4I7RA 1L97A 4ARJA 216LA 174LA 1L01A 165LA 1LWGA 1CTWA 1OYUA 1L48A 227LA 2OU8A 3CDQA 186LA 1EPYA 3D4SA 126LA 235LA 182LA 4LDOA 1OWYA 1XEPA 1L28A 244LA 2CUUA 215LA 1G0JA 4AQNA 1G0MA 3C8QA 224LA 1L53A 4I7TA 1C61A 1DYCA 255LA 1L26A 3SBBC 125LA 4W51A 1L84A 2ANXA 226LA 2OTZX 4EKSA 3DN2A 1L37A 104LA 1C6NA 1L73A 1L67A 1D3NA 1L57A 129LA 1SWYA 4PJZA 1L82A 1PQDA 1CU5A 1LW9A 1QUHA 3G3VA 155LA 1C6AA 1D2YA 183LA 1G0QA 1JTMA 2L78A 1OVJA 2A4TA 1L0KA 1DYBA 221LA 188LA 1L13A 1DYAA 3C7WA 212LA 1LYEA 1CUQA 151LA 111LA 2LZMA 3HTBA 4DAJA 171LA 114LA 1L76A 3HT9A 157LA 1DYEA 1K28A 1L08A 1PQOA 1G06A 1G0KA 1L60A 185LA 189LA 1C6CA 1L83A 2Z6BA 217LA 4I7KA 1C6BA 3PBLA 3HH5A 196LA 3NY9A 1C67A 251LA 3HT6A 4EJ4A 1SSYA 2RAYX 1L81A 2B74A 1LPYA 1OV5A 1L35A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZTA 3W6DA 1UICA 3DMZA 2D4KA 3A92A 3CT0A 1XSFA 5KXWA 1CKFA 5I4YA 1L27A 1C45A 4OWAA 1GBOA 1QDTA 4MCKA 1C65A 1FBIX 1L54A 3MGWA 3W6FA 3AZ5A 4ZFPA 3C83A 1IEEA 248LA 237LA 1QUSA 5APEA 5KXLA 3A67Y 1V7SA 5LAGA 1FN5A 3TXKA 2Z38A 1BVXA 1GF7A 2CJLA 5E9RA 1QT7A 1G1WA 214LA 1L10A 3HBHA 1ZYTA 4DD2A 1L86A 1YAMA 180LA 1L95A 1JIYA 1C7PA 4XJBA 1V7TA 1LZDA 1LZSA 4I8SA 4N0JA 4S0WA 107LA 2HUKA 4B4IA 2PC2A 4TSCA 1UC0A 1KY1A 2OE4X 3C80A 1WVVA 1CX7A 3GUKA 3DN1A 2ZIKA 5KJ9A 1IP3A 3SB7A 1L16A 1CU6A 4DKLA 1LJGA 1ZVYB 4LFXA 1AKIA 1L91A 177LA 4W96A 109LA 5KXSA 2RAZX 1LZ9A 3GXRA 3FI7A 1T3PA 4WM4A 1KNIA 1INUA 1RI8B 1QTDA 5HQ1A 1L02A 1L21A 4LYBA 4W55A 2MEEA 1DI4A 2FYCA 133LA 3NYAA 1C62A 201LA 250LA 4II8A 2B6WA 5DN4A 4A7DA 5I4XA 4M4OA 2RBQA 1SX7A 6LYZA 2C8OA 3BKVA 3ZEKA 4H9FA 1BB5A 3QE8A 4WG1A 1CJ8A 1C6MA 1L06A 1L07A 5FSTA 2YBIA 2D4JA 3WL2A 1L66A 1G7MC 1JTPL 4B4EA 5LA8A 1GBSA 4WM1A 166LA 4XADA 4H94A 1IWYA 1B2KA 1LMCA 1VDTA 1D6QA 4XYYA 4D9ZA 3DNAA 1LZYA 1IP2A 4EPIA 257LA 2DQIY 1REXA 2BLXA 1CV4A 3OE6A 3CSRA 4W94A 3AB6A 2RBSA 2DKVA 1L11A 4W57A 2OTYX 4XJFA 3W6BA 1L04A 1L31A 4TWSA 4WLYA 3CDOA 3PDSA 3W6AA 2A7FA 4NSIA 5A3EA 4UWVA 3G3XA 4W56A 2LC9A 1L43A 4N8ZA 1LJFA 1LSAA 3TMWA 4NGLA 1LJ3A 1L75A 1UACY 1L77A 1QTEA 5KY1A 4XJIA 1UIBA 1GF5A 1NWGA 1P56A 1CVKA 4ARQA 3TXJA 1C6KA 4ARMA 1YANA 3DMXA 1E8LA 3A6CY 2XTHA 258LA 1QUOA 1KIPC 4GCDA 4ZEEA 197LA 2XQOA 5FEKA 4DQJA 1LYSA 4I7NA 1L46A 3VWOA 2Q0MX 1L34A 1PQIA 247LA 5F14A 1CKDA 1QT8A 4DWXA 1LJHA 1GB7A 1OQMA 3A95A 1P2LA 3A3QA 1P2CC 4OO9A 4NGKA 1QDRA 4N5RA 4PPOA 1L85A 4EKPA 1B7NA 3C7YA 205LA 143LA 2BQOA 2B73A 1LSZA 231LA 1GAYA 3V2YA 146LA 1KXXA 1CX6A 1DXJA 4ETDA 4DT3A 1G0LA 1C68A 1I6SA 4DQ5A 1LYJA 1BHZA 5C6IA 4Z41A 1DYFA 4MSTA 2MEHA 3DKEX 178LA 1PZYA 3DN0A 1GE2A 2LCBA 2LYZA 1LHJA 4N1CC 262LA 229LA 3AW7A 3DN4A 1QUDA 3WYHA 225LA 1TCYA 3IWRA 1P64A 4TTDA 3K2RA 5J7CA 2ZQ4A 1A2YC 253LA 5I14A 3G3WA 3TXFA 4KPMA 4B0DA 1YL1X 4P2EA 1GBWA 2XBSA 2F4AA 1CV6A 4H8YA 4XJHA 4I7MA 1IP1A 3DN8A 1QTBA 4GBRB 1LZCA 242LA 140LA 1BWHA 4AXTA 2B6ZA 241LA 190LA 210LA 4W54A 2Q9DA 1LYZA 4XENA 192LA 1C6DA 1QT4A 2DQCY 4WLXA 1QTZA 232LA 1QUGA 1L51A 1F10A 1GXXA 2CGIA 5I53A 1B7MA 2B70A 2DBTA 2F47A 4RW2A 174LA 3WPJA 1OYUA 1OUCA 3WXUA 1L48A 4ZIXA 186LA 2Z2FA 4WM2A 4LDOA 1OWYA 4DD3A 1XEPA 4NFVA 3C8QA 224LA 2DQGY 4I7TA 2ZILA 2BQBA 2ZNWY 4EKSA 5B1FA 2LZTA 1L73A 2YVBA 154LA 1L57A 1N4FA 5LVJA 1CU5A 1IC4Y 1KIQC 2CDSA 155LA 183LA 1G0QA 5LVHA 4N1EI 1B7RA 188LA 1GAZA 1EQ5A 4MR1A 4R0FA 1JISA 3HTBA 1GFRA 114LA 5D5FA 1K28A 4NGIA 1YKZX 1L60A 5DLAA 4I7KA 4H1PA 3TXHA 5K7OA 2ZIJA 4NGZA 1IO5A 1LPYA 2Z37A 1IOSA 1L35A 3B0OA 4GCBA 4WM5A 2BQGA 3WPKA 4CGEA 1L58A 4NSHA 1BGIA 1QTHA 1XGPC 3HUKA 4NIJA 3D9AC 2G4NA 1L25A 1FLWA 4L41A 4WL6A 160LA 1CNSA 4I0CA 1DZBX 2YBMA 1GEVA 1LWKA 6LZMA 219LA 1UIAA 1NKHA 1L18A 2HUMA 2DQEY 1UIDA 1ZWNA 3WH1A 3OE8A 4WG7A 4DYGA 1DQJC 1C6EA 1LZGA 3A34A 1CU3A 3FADA 1BB6A 1IWXA 4H93A 3HH4A 3AW6A 4CHXA 4J0LA 1QSBA 127LA 4I7OA 3W6EA 1L30A 1JQUA 1ZMYL 3G3AB 2ZYCA 4H9HA 3TXGA 4HTNA 1L49A 1GE0A 4W58A 1GB6A 4TSBA 191LA 4NGVA 5IHGA 3LZMA 1NHBA 2RSCA 1GFJA 1CJ7A 4IAPA 1IP5A 3G3BB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LZT A;  3W6D A;  1UIC A;  3DMZ A;  2D4K A;  3A92 A;  3CT0 A;  1XSF A;  5KXW A;  1CKF A;  5I4Y A;  1L27 A;  1C45 A;  4OWA A;  1GBO A;  1QDT A;  4MCK A;  1C65 A;  1FBI X;  1L54 A;  3MGW A;  3W6F A;  3AZ5 A;  4ZFP A;  3C83 A;  1IEE A;  248L A;  237L A;  1QUS A;  5APE A;  5KXL A;  3A67 Y;  1V7S A;  5LAG A;  1FN5 A;  3TXK A;  2Z38 A;  1BVX A;  1GF7 A;  2CJL A;  5E9R A;  1QT7 A;  1G1W A;  214L A;  1L10 A;  3HBH A;  1ZYT A;  4DD2 A;  1L86 A;  1YAM A;  180L A;  1L95 A;  1JIY A;  1C7P A;  4XJB A;  1V7T A;  1LZD A;  1LZS A;  4I8S A;  4N0J A;  4S0W A;  107L A;  2HUK A;  4B4I A;  2PC2 A;  4TSC A;  1UC0 A;  1KY1 A;  2OE4 X;  3C80 A;  1WVV A;  1CX7 A;  3GUK A;  3DN1 A;  2ZIK A;  5KJ9 A;  1IP3 A;  3SB7 A;  1L16 A;  1CU6 A;  4DKL A;  1LJG A;  1ZVY B;  4LFX A;  1AKI A;  1L91 A;  177L A;  4W96 A;  109L A;  5KXS A;  2RAZ X;  1LZ9 A;  3GXR A;  3FI7 A;  1T3P A;  4WM4 A;  1KNI A;  1INU A;  1RI8 B;  1QTD A;  5HQ1 A;  1L02 A;  1L21 A;  4LYB A;  4W55 A;  2MEE A;  1DI4 A;  2FYC A;  133L A;  3NYA A;  1C62 A;  201L A; 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