1QTDA

The introduction of strain and its effects on the structure and stability of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEWAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title The introduction of strain and its effects on the structure and stability of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1qtdA00
1C67A 1CV1A 2OTZX 2HULA 113LA 1L99A 155LA 1L95A 4I7TA 4LDLA 212LA 3RZEA 3HH4A 182LA 144LA 1D3MA 199LA 3HDEA 131LA 7LZMA 119LA 198LA 1I6SA 2B6WA 3HU8A 167LA 3GUMA 4EKPA 4EKSA 3GUJA 1L12A 1L79A 4W56A 1G0GA 1LI3A 1L23A 1D3FA 2RBOA 1P64A 1L11A 4OO9A 186LA 1L59A 4GRVA 161LA 2LZMA 103LA 1L33A 3UONA 130LA 2LC9A 4I7MA 1G0MA 220LA 228LA 3F8VA 3V2YA 1P37A 221LA 3C8QA 2RB2X 1C62A 2OE7X 2O79A 1C6KA 1C6QA 1CUPA 1L05A 3QAKA 4I7SA 244LA 118LA 3HUQA 2RBPA 233LA 2B7XA 1L67A 1XEPA 256LA 1PQIA 4I7KA 3SB8A 205LA 1LI2A 3DN0A 5I14A 4I7QA 214LA 206LA 1QUDA 1QUGA 1L86A 258LA 1L64A 2B74A 1KY0A 1DYDA 1L93A 1L41A 1QS5A 3CDRA 1L00A 1L49A 3C81A 216LA 1L71A 4I7LA 1QTZA 1C6MA 1QSQA 218LA 200LA 114LA 2RBNA 3DKEX 1C6AA 3EMLA 3CDOA 1C68A 1L30A 2RAZX 1P5CA 232LA 3C7WA 3HTFA 1OV7A 242LA 1QSBA 1C6LA 2B6TA 195LA 159LA 1L60A 190LA 1C6DA 1L19A 237LA 1L48A 150LA 1DYCA 1C6PA 1L87A 123LA 1SWZA 1SX7A 234LA 1OWZA 108LA 2B73A 1C63A 1L74A 3DMXA 3HT8A 1L57A 3SB9A 261LA 1CV6A 3C8SA 3HWLA 109LA 1OV5A 231LA 3HU9A 2OEAX 4LDEA 125LA 223LA 1B6IA 1L27A 126LA 1CUQA 1G1WA 3GUPA 219LA 3HDFA 1CTWA 1CV3A 1DYAA 6LZMA 111LA 2F32A 3HT6A 1QT3A 1L17A 1L07A 1LGXA 2RBRA 2OU9A 3DN6A 1L03A 1LGWA 1QTHA 1L90A 171LA 1P36A 192LA 4ARPA 2NTHA 1L80A 225LA 3C83A 4LDOA 107LA 1CVKA 3HTDA 1L22A 1LYJA 2OE4X 4ARMB 1L97A 1C6HA 1WTHA 1CU2A 1LYGA 1L14A 2QB0B 1CV4A 1L10A 1D2YA 1L85A 3ODUA 4GBRB 4W53A 197LA 1L25A 1L35A 1D3JA 4W54A 1P2LA 4PK0A 1K28A 1P2RA 1SSYA 1JTMA 4LZMA 213LA 1C65A 3L2XA 3NYAA 1LWKA 2OU8A 3DMZA 1LYHA 2RH1A 1L92A 1KW7A 1L68A 246LA 1G1VA 3HT7A 4I7PA 3GUOA 2B72A 120LA 2RBQA 1L38A 2RB0X 230LA 229LA 175LA 3HUKA 1OVKA 1L54A 1P6YA 2F47A 137LA 4IAPA 1QUHA 248LA 1G0LA 3OE6A 102LA 176LA 249LA 157LA 1G0KA 1OYUA 2OE9X 158LA 184LA 3OE0A 2OTYX 3L64A 3SN6R 1PQKA 2RBSA 178LA 1T6HA 196LA 1QT4A 1CU5A 2OU0X 146LA 1LLHA 1L18A 217LA 1L75A 1CV0A 3SB5A 1SX2A 1L0KA 1CX7A 1QUOA 1L52A 1L94A 2HUMA 1PQDA 4I7RA 1JTNA 1L56A 1ZWNA 3SBBC 1L0JA 1PQOA 3CDTA 4I7JA 4EPIA 1L58A 172LA 1L24A 1LW9A 156LA 1L98A 4YXAC 262LA 1L15A 3GUKA 2HUKA 4W58A 1QTVA 1DYEA 2LCBA 2QARC 260LA 145LA 201LA 1L76A 4K5YA 1EPYA 1L89A 1LPYA 1L73A 1L13A 1L39A 3CDQA 3D4SA 4EKRA 112LA 139LA 147LA 1TLAA 1C6IA 1L55A 222LA 1C60A 3HUAA 211LA 3HTBA 2B75A 3DMVA 1PQMA 1CU3A 1T8AA 1L46A 3C7YA 1OVJA 4ZPUA 4DJHA 1L83A 4ARQA 3V2WA 255LA 2O4WA 1C6EA 1KNIA 143LA 168LA 4AQNA 1P7SA 1QTDA 104LA 180LA 1L36A 1C6GA 1DYGA 1XJTA 1T8FA 2NTGA 3NY9A 1L82A 1LYDA 1L06A 164LA 1L28A 4W52A 1P56A 1CV5A 1L04A 3HH3A 3K2RA 236LA 1L09A 1L08A 3OE8A 1L61A 1LI6A 1C6CA 3C82A 3C80A 3FADA 3HH5A 4I7OA 1D2WA 3GUIA 3HT9A 1C6FA 3DN1A 188LA 251LA 1LYIA 3DN2A 110LA 2ANVA 138LA 1L72A 1QT7A 1SSWA 245LA 2B6XA 1QT8A 4EPFA 3G3XA 1QS9A 1D3NA 4PJZA 4DAJA 2F2QA 1G0PA 4YX7C 1T8GA 1KY1A 1ZURA 1JQUA 1L66A 162LA 1C6BA 1L29A 4DKLA 127LA 2O7AA 2Q9DA 4W59A 239LA 3PDSA 1LYEA 3RUNA 3C8RA 1C69A 1L44A 1L84A 3NY8A 149LA 1QTBA 1L70A 4YXCA 3DNAA 254LA 3CDVA 1C6NA 226LA 1QT6A 4EJ4A 1L40A 1NHBA 3DN8A 1L34A 129LA 148LE 1C6TA 4ARJA 1L26A 2B70A 4E97A 187LA 1SWYA 2IGCA 4EKQA 1QT5A 1C61A 3JR6A 185LA 160LA 1D9WA 3LZMA 3HH6A 1P46A 3G3WA 1CU0A 257LA 1DYBA 4W51A 2B6ZA 1C64A 3DN3A 1L43A 2RB1X 1CX6A 5LZMA 241LA 3SB7A 1L45A 173LA 3SBAA 1L62A 4EXMA 1L63A 2CUUA 227LA 2RAYX 115LA 3C7ZA 240LA 1G06A 1KS3A 1T97A 3FI5A 1XJUA 151LA 1L50A 3HTGA 1KW5A 174LA 2B6YA 1L21A 3SB6A 4I7NA 1L77A 191LA 3OE9A 163LA 2L78A 2Q9EA 1L81A 250LA 169LA 1L96A 4S0WA 235LA 2Z6BA 1ZYTA 4ARLA 1G07A 1LGUA 189LA 2A4TA 209LA 142LA 1L53A 128LA 152LA 140LA 1LYFA 4W55A 4W57A 253LA 166LA 1G0QA 1L31A 3DN4A 3GULA 3F9LA 1L47A 243LA 3PBLA 1L42A 259LA 247LA 1PQJA 1L32A 1C66A 1L88A 3G3VA 3GUNA 252LA 1OWYA 1L69A 1OVHA 4ARMA 1QTCA 210LA 170LA 1L02A 2ANXA 1L65A 141LA 1L51A 1C6JA 181LA 1P3NA 238LA 122LA 1L01A 183LA 1CU6A 177LA 1LWGA 3VW7A 1L37A 215LA 1L16A 165LA 224LA 1DYFA 1G0JA 4ARQB 1L91A 3FA0A 1L20A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RE2A 1LMTA 1EQ4A 2LZ2A 4H90A 3HH4A 1D3MA 1YAPA 4P2EA 199LA 3TMWA 3RT5X 1KXYA 2B6WA 3HU8A 2DQCY 3GUMA 2MEBA 4GCBA 5KXXA 1FKVA 1LZGA 4H1PA 4HPEA 1D3FA 2RBOA 1P64A 1I1ZA 4LYZA 2BQIA 3LZ2A 1L59A 4H9BA 1IR8A 4LYOA 1LAAA 103LA 1V7SA 1LHIA 4I7MA 4E3UA 3QY4A 3QNGA 1XEJA 228LA 1YANA 3AYQA 4CFPA 2BQCA 1GBWA 5I53A 4I0CA 2O79A 1C6KA 2BLYA 4I7SA 1XGUC 2BQDA 1C46A 233LA 1YAMA 3DN0A 1IC7Y 1FLYA 1PS5A 4I7QA 4OW1A 4N0JA 1D0MA 1QUDA 1QUGA 2MEDA 1AKIA 2B74A 3P65A 1DYDA 1L93A 5DM9A 1LSMA 1YKZX 1TBYA 4I7LA 1IP2A 1QTZA 1QSQA 218LA 2G4QA 1CNSA 1C6AA 1YIKA 154LA 1L30A 4WO9A 1G7MC 4NWHA 1OV7A 1C6LA 2DQFC 1LYZA 3LHMA 1L19A 1B7SA 4NGZA 1T6VL 4J1AA 2BQMA 1D0KA 1GFEA 4NGIA 5FHWA 4LT3A 2XQOA 5LAGA 5LA5A 3DMXA 3SB9A 261LA 1CV6A 4H9AA 3C8SA 1LKRA 4LDEA 1B6IA 3WL2A 4HP0A 1G1WA 5APEA 1NQIA 1I20A 6LZMA 1DXJA 2A7DA 1XGTC 1LZ6A 2YDGA 1LGXA 3DN6A 1L03A 1L90A 171LA 1IWUA 2ZILA 192LA 2FYCA 107LA 1LYJA 4WG7A 1BB3A 1C6HA 1CU2A 2BQKA 3M18B 4WLDA 1OUIA 1QSAA 3D9AC 2NWDX 3ODUA 1L25A 1D3JA 1GF4A 1JJ0A 1TAYA 1K28A 1WTNA 1HELA 1LWKA 2RH1A 3TXIA 2WARA 3LN2A 1GFJA 246LA 1RCMA 4OOTA 3AGHA 4OWCA 2RBQA 5HMJA 2Z2FA 4L41A 3ZEKA 3B0KA 1OUDA 4WLTA 1P6YA 1GF8A 137LA 4IAPA 248LA 3LZTA 184LA 3OE0A 4NGKA 2OTYX 1GFRA 2DQGY 178LA 1T6HA 1LMAA 3A3RX 1QT4A 1NBYC 1L75A 4EMNA 1SX2A 1WVVA 2DQHY 5L9JA 1QUOA 1L52A 1L94A 2Z38A 2BQLA 1CKHA 1L56A 4WG1A 1QTKA 1PQOA 4I7JA 5C6JA 4EPIA 1L24A 1IWWA 1LW9A 2XJWA 5DN4A 4NG8A 1DZBX 1LZTA 1XEKA 1VDSA 2ZQ3A 1DYEA 4GLVA 2QARC 4ML7A 1DQJC 1ZVYB 201LA 1L76A 1UBZA 5F14A 1UIGA 4K5YA 5KXYA 4EKRA 1C6IA 1BVXA 4DD0A 1OUBA 2B75A 3DMVA 1CU3A 4KL7A 1T8AA 4ZPUA 1BHZA 1B5ZA 1CKGA 5II3A 1KNIA 143LA 1QTDA 1E8LA 1CKDA 1GB7A 1GB3A 3NY9A 1ZV5L 1L04A 3W6FA 2DBTA 1L08A 3OE8A 4NHTA 3C80A 3HH5A 3GUIA 3AJNA 251LA 1XEIA 9LYZA 1IOQA 1SSWA 2B6XA 2W1LA 3TMXA 5DLAA 4N9RA 4PJZA 1T8GA 5LVIA 4GN3A 1BVKC 4YEMA 162LA 3TMVA 1ZMYL 2FBBA 127LA 2Q9DA 1GB5A 4W59A 3A91A 4DQ7A 4HTKA 3PDSA 4KPMA 1TCYA 3C8RA 1L84A 1LYOA 1LJNA 4ZIXA 4CJ2A 1JIYA 3DNAA 254LA 3FE0A 1NKHA 226LA 1QT6A 4ETEA 4WL6A 1NHBA 3HFMY 1WQNA 1OUJA 1GDWA 5HLLA 1B9OA 1INUA 4EKQA 1QT5A 3LZMA 2EKSC 1UIAA 1CU0A 1GF0A 257LA 1C64A 3DN3A 2RB1X 1CX6A 1BWJA 4B4IA 3SB7A 173LA 1GFKA 4UWNA 3K3TA 5IHGA 4I8SA 2G4PA 227LA 4MR1A 5LVJA 3C7ZA 1KS3A 1T97A 2FBDA 1YAQA 151LA 2HUBA 1IP7A 3HTGA 1GBXA 1B7NA 1EQEA 1IY3A 4XJIA 1HERA 1LSCA 1V7TA 6LYZA 3OE9A 1IR9A 169LA 235LA 1ZYTA 1LGUA 2A4TA 142LA 140LA 1YKXX 3ZVQA 1AZFA 4W94A 4QEQA 1DPWA 2Q0MX 1L47A 4Z41A 4XJGA 3RZ4A 1YILA 1L88A 5I4XA 1GF6A 1IWVA 3GUNA 5FDJA 4HJVA 3CT1A 4ARMA 1LJEA 1REXA 4QGZA 1L02A 4ET8A 2X0AA 1LSPA 1LZSA 1JKAA 1YAOA 1L51A 1EQ5A 4IASA 4RW1A 1LSGA 1GEZA 5D5FA 1KIPC 1L16A 165LA 3FI7A 1G0JA 1XGQC 6LYTA 1GHLA 1B5XA 2N5ZA 155LA 1L95A 1JJ1A 4I7TA 4LDLA 4H8YA 1LSZA 1B7QA 144LA 1HSXA 3AW7A 1LSDA 3IJUA 3M3UA 4J0LA 3TXJA 4N1CC 7LZMA 167LA 4EKSA 4QDNA 3WVXA 3AZ6A 4DDBA 1LZNA 1L79A 2IHLA 4XYYA 2EQLA 1L23A 1L11A 3B0OA 1IWXA 4OO9A 3WPKA 2XBRA 5KXKA 1KXXA 2LZMA 3WH1A 5KXPA 3UONA 4WLYA 4A7DA 4HV2A 4H94A 3B6LA 3F8VA 2F4GA 2YSSC 221LA 3C8QA 2OE7X 3QAKA 1C6QA 1CUPA 1JISA 4WO6A 1KIRC 118LA 4H9CA 3WXUA 1L67A 1O23A 1PQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RE2 A;  1LMT A;  1EQ4 A;  2LZ2 A;  4H90 A;  3HH4 A;  1D3M A;  1YAP A;  4P2E A;  199L A;  3TMW A;  3RT5 X;  1KXY A;  2B6W A;  3HU8 A;  2DQC Y;  3GUM A;  2MEB A;  4GCB A;  5KXX A;  1FKV A;  1LZG A;  4H1P A;  4HPE A;  1D3F A;  2RBO A;  1P64 A;  1I1Z A;  4LYZ A;  2BQI A;  3LZ2 A;  1L59 A;  4H9B A;  1IR8 A;  4LYO A;  1LAA A;  103L A;  1V7S A;  1LHI A;  4I7M A;  4E3U A;  3QY4 A;  3QNG A;  1XEJ A;  228L A;  1YAN A;  3AYQ A;  4CFP A;  2BQC A;  1GBW A;  5I53 A;  4I0C A;  2O79 A;  1C6K A;  2BLY A;  4I7S A;  1XGU C;  2BQD A;  1C46 A;  233L A;  1YAM A;  3DN0 A;  1IC7 Y;  1FLY A;  1PS5 A;  4I7Q A;  4OW1 A;  4N0J A;  1D0M A;  1QUD A;  1QUG A;  2MED A;  1AKI A;  2B74 A;  3P65 A;  1DYD A;  1L93 A;  5DM9 A;  1LSM A;  1YKZ X;  1TBY A;  4I7L A;  1IP2 A;  1QTZ A;  1QSQ A;  218L A;  2G4Q A;  1CNS A;  1C6A A;  1YIK A;  154L A;  1L30 A;  4WO9 A;  1G7M C;  4NWH A;  1OV7 A;  1C6L A;  2DQF C;  1LYZ A;  3LHM A;  1L19 A;  1B7S A;  4NGZ A;  1T6V L;  4J1A A;  2BQM A;  1D0K A;  1GFE A;  4NGI A;  5FHW A;  4LT3 A;  2XQO A; 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