241LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGAGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 241lA00
1L74A 1OYUA 2LCBA 1L86A 2ANVA 1L15A 1L49A 146LA 238LA 4EPIA 1L27A 2O4WA 147LA 3F9LA 2B7XA 173LA 1CV5A 1DYAA 1L0JA 172LA 1L89A 2ANXA 1G07A 113LA 2RB1X 1L10A 1L41A 1T8GA 3C8QA 1SWYA 217LA 1D2WA 250LA 1L98A 218LA 1CV4A 1L53A 219LA 3HT8A 3DNAA 3DN3A 139LA 1L43A 196LA 248LA 3SB7A 1QUHA 1L40A 4LZMA 114LA 156LA 4DJHA 244LA 3HH4A 1PQOA 104LA 3C80A 4ARQA 186LA 120LA 159LA 1WTHA 4W59A 4ARMA 1L90A 3K2RA 1L60A 1C6QA 3DKEX 3HT9A 1QUDA 2A4TA 1XEPA 2RBSA 122LA 4W53A 3FADA 1P36A 1L13A 1L62A 2F47A 2Q9EA 1L67A 1SX7A 1D3MA 1OVHA 249LA 4W58A 1L97A 175LA 103LA 1QUOA 1T6HA 1ZWNA 3HTFA 1L46A 2LZMA 1LYGA 4EXMA 1L01A 1DYFA 4YXAC 225LA 1LI2A 1KY0A 201LA 3QAKA 1L51A 1KS3A 3HDFA 1G0LA 2OE4X 1QT5A 1C6FA 1ZURA 259LA 1DYGA 3DMZA 3HH3A 4I7OA 3G3WA 164LA 1L07A 4K5YA 4IAPA 1L66A 236LA 2OE9X 3OE0A 1T8FA 3RUNA 1C6HA 102LA 1CU5A 3OE9A 181LA 1C67A 1L33A 3HT7A 1JTMA 253LA 3OE6A 1CVKA 4EJ4A 1PQMA 3L2XA 256LA 3C7ZA 1L71A 177LA 3GUMA 1XJTA 1KNIA 245LA 4ARPA 2RBRA 123LA 1L08A 137LA 1C6CA 3HUKA 1L54A 1OV5A 4ARQB 127LA 4ARMB 3HU8A 1L34A 1B6IA 2B74A 2CUUA 3GUJA 1LI3A 1L83A 2B72A 2L78A 1CU0A 1C69A 3HTDA 4I7NA 199LA 1L80A 1L17A 1C6IA 1SSWA 3F8VA 3C8RA 1L30A 3C8SA 1L00A 3D4SA 1L11A 1L02A 4EKSA 162LA 3ODUA 1L09A 2OEAX 1C6MA 1P56A 4E97A 1P64A 242LA 2LC9A 4W57A 138LA 1C6DA 3SBBC 1DYBA 1KW5A 2F2QA 4W51A 4LDEA 1KW7A 1C61A 258LA 1L75A 255LA 4LDOA 200LA 2RH1A 145LA 3GUKA 4OO9A 226LA 180LA 151LA 4GBRB 1P37A 1QTBA 1L70A 1P2LA 3GUIA 4W52A 1LYEA 144LA 1LI6A 1DYCA 1L16A 4DKLA 1C66A 4I7KA 2RAZX 254LA 1L39A 246LA 1L82A 229LA 4AQNA 4EKRA 1LGXA 1L04A 1SX2A 167LA 148LE 1L25A 1LW9A 3DN0A 1NHBA 126LA 1L76A 1L18A 3LZMA 2HUKA 247LA 2B6TA 187LA 1LWKA 140LA 1CTWA 3C7WA 1JQUA 2F32A 3SB9A 1L45A 3SN6R 4YXCA 1ZYTA 1L12A 3SB5A 3DN4A 1L42A 3SBAA 3HWLA 1C60A 189LA 1L26A 257LA 142LA 2Q9DA 3RZEA 2QB0B 1C6JA 107LA 1L36A 149LA 1L88A 1G0JA 1P5CA 118LA 3DN8A 212LA 2B70A 1L69A 157LA 1L37A 166LA 174LA 215LA 158LA 2NTHA 1L61A 222LA 237LA 3CDRA 4I7SA 5I14A 1C6AA 3HTBA 185LA 233LA 1QS5A 1CU2A 1L63A 1L79A 7LZMA 2RBQA 3FA0A 1C6LA 1L81A 155LA 1C62A 4I7PA 231LA 243LA 1T8AA 168LA 1L58A 1CU6A 1CV0A 1QTZA 3NY8A 1L03A 1CUQA 190LA 1OWYA 1PQKA 228LA 3DN6A 1C6NA 1LGWA 3HDEA 130LA 1EPYA 182LA 1L56A 3SB8A 3C81A 1L20A 1P46A 2B75A 2O7AA 3CDOA 2RB2X 211LA 2OU8A 2OU9A 4GRVA 2NTGA 3JR6A 1G1WA 262LA 1L44A 1QUGA 1CX6A 1OVJA 220LA 2B73A 1C6EA 4ARJA 4I7RA 6LZMA 2B6XA 4I7TA 1L06A 1OWZA 1CX7A 1TLAA 1LWGA 5LZMA 1L0KA 1I6SA 2RBOA 1L55A 1QT3A 3DMVA 3PDSA 3G3XA 1CV3A 1C6KA 1G06A 1SSYA 1CV1A 1L24A 1SWZA 1LYHA 2Z6BA 3CDTA 223LA 1L85A 1L05A 129LA 1K28A 261LA 1G1VA 1L57A 206LA 1L65A 1T97A 1L38A 1L19A 1LYDA 1C65A 1L92A 115LA 3HT6A 3HUAA 1CUPA 3G3VA 4I7JA 4W56A 195LA 1P3NA 251LA 3HU9A 109LA 108LA 3VW7A 1D3NA 1L47A 1C63A 3C82A 4W55A 239LA 1L94A 3HTGA 1C6GA 4PK0A 112LA 1L87A 3OE8A 1L96A 4W54A 1XJUA 1C6BA 161LA 1L95A 1G0QA 1L28A 143LA 3V2WA 2OU0X 214LA 2OTYX 1QT7A 160LA 4I7MA 1D9WA 2B6WA 184LA 2QARC 1L29A 224LA 1QT4A 3NYAA 1PQDA 1QT8A 1QT6A 2B6ZA 4ARLA 234LA 188LA 1L31A 4ZPUA 1JTNA 176LA 1QTDA 4YX7C 1L59A 3UONA 3GULA 1P6YA 1LGUA 2OE7X 1DYDA 1DYEA 1C6TA 1QTVA 171LA 2OTZX 3DMXA 119LA 205LA 1KY1A 1OVKA 170LA 3GUNA 1G0PA 1CV6A 192LA 1L93A 3PBLA 3L64A 1G0KA 3NY9A 169LA 1LPYA 3FI5A 1D3JA 1PQIA 227LA 4I7LA 230LA 125LA 4I7QA 235LA 232LA 111LA 152LA 1G0MA 131LA 2IGCA 240LA 221LA 1L22A 1L64A 1L52A 165LA 1LYJA 3HUQA 216LA 1L35A 1PQJA 150LA 3C83A 1QTCA 1C64A 4S0WA 3DN1A 209LA 1L14A 163LA 2B6YA 4DAJA 1QS9A 1LLHA 2O79A 2RAYX 3GUPA 1P2RA 1L23A 3EMLA 4EKQA 4PJZA 178LA 3DN2A 197LA 241LA 1C68A 1L32A 1L68A 3C7YA 1L72A 4LDLA 1CU3A 3V2YA 260LA 1G0GA 1L21A 1L84A 1C6PA 1L91A 1OV7A 128LA 3GUOA 2HULA 4EKPA 1LYFA 183LA 2HUMA 1D2YA 1L50A 110LA 2RBNA 3HH6A 3CDQA 3HH5A 1L99A 3SB6A 1LYIA 1L73A 1P7SA 1QSBA 1QSQA 4EPFA 3CDVA 213LA 1D3FA 252LA 2RBPA 191LA 1L77A 1L48A 1QTHA 210LA 141LA 2RB0X 198LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L86A 146LA 2I25L 1L27A 1LTMA 4DQ7A 1LZTA 2IFFY 3F9LA 1LMNA 2B7XA 5I4WA 1LJGA 4WLTA 4HPEA 3WXTA 4XADA 1SWYA 4YF2A 2HEFA 218LA 3EO5A 1L43A 1IY4A 1QUHA 3WUAA 3HH4A 3AYQA 1DPXA 1OUJA 3A3QA 2MEFA 1C6QA 3DKEX 1E8LA 1XEPA 6LYZA 1L62A 2BQDA 1NHEA 4KPMA 4W58A 1HFXA 175LA 103LA 2FBBA 3HTFA 2LZMA 1LYGA 1HHLA 4PRUA 4P2EA 225LA 1BQLY 4TSCA 3P66A 4OWEA 1YAPA 2DQEY 3T36A 3G3WA 1LZCA 1NQIA 2OE9X 3OE0A 4WO6A 4IASA 1T8FA 1W08A 2BQKA 181LA 3HT7A 5C6IA 3QE8A 1CVKA 1PQMA 4ETCA 1GF8A 3L2XA 1EL1A 4NWEA 1LZYA 2NWDX 3WW5A 1XJTA 1N4FA 137LA 1GFKA 4HTQA 4ARQB 1UICA 1LZNA 2CUUA 4J1AA 2B72A 1J1XY 4XJFA 199LA 1L80A 5FCPA 1L30A 1L00A 1L02A 4EKSA 1JUGA 1L09A 2OEAX 3LN2A 1C6MA 1P56A 5FEKA 2LC9A 5D5CA 4W57A 1YKZX 3AZ4A 3SBBC 2F2QA 4UWUA 1HEQA 3J6KA 3WVXA 4G9SA 1B9OA 255LA 4LDOA 1LSAA 3GUKA 226LA 180LA 2D4JA 5KXXA 2XQOA 4H9HA 4D9ZA 1LZ8A 2BQNA 1P37A 1QTBA 4W52A 1YL1X 1GF4A 144LA 4XJBA 3AZ5A 3QNGA 3AB6A 5IDDA 1IR9A 5LVHA 1JIYA 4DKLA 1UA6Y 1L82A 1AM7A 3K3TA 3TXJA 3RW8A 2MEAA 1GE3A 1I1ZA 148LE 3DN0A 1QSAA 126LA 1L76A 1B7MA 1L18A 4N5RA 5L3HA 1BB3A 1B5UA 4MSTA 2YBMA 5KXTA 3EMSA 194LA 3C7WA 3TMUA 5KJ9A 2BAAA 1L45A 2H9JA 4TTDA 1ALCA 1QUSA 1TDYA 4WL6A 1GF6A 2XJWA 3SBAA 3HWLA 7LYZA 1IO5A 257LA 5KXNA 5KXYA 4WLXA 5B07A 9LYZA 1L36A 1UIEA 3N9EA 1P5CA 1G0JA 3DN8A 2B70A 4J0LA 1L37A 1GFEA 215LA 1GBSA 2NTHA 1ZV5L 1L61A 222LA 3P64A 3LYZA 1QS5A 1OP9B 1L81A 155LA 231LA 1IWWA 1GPQC 4HJVA 1QTZA 2LYZA 228LA 3DN6A 1LGWA 1L56A 2Q0MX 1NDGC 1LSZA 1G1WA 4XJGA 1GFUA 1OVJA 1CKCA 5L3IA 1IIZA 3LZTA 1UIGA 4B49A 5APCA 1L06A 1B5XA 5I5QA 1LWGA 4DQJA 1HMLA 5J7CA 1IORA 2DBTA 3G3XA 1OUDA 4NGOA 1GE0A 1JJ3A 4OOOA 1Z55A 1SWZA 1LYHA 5FHWA 223LA 3CSQA 1L85A 2HEAA 1J1OY 1T97A 1L38A 1LHIA 1FLQA 1LYDA 1GHLA 1QSWA 4G4BA 2BQOA 195LA 4ETAA 109LA 1B7RA 5FDJA 1GB5A 5LVIA 4GN3A 1C10A 239LA 3D3DA 3HTGA 5LVGA 3BKHA 1TEWA 4NGJA 4NHPA 1L96A 4LYOA 4ETEA 1B7QA 1IR7A 3M18B 1ZMYL 1GB3A 3TXDA 143LA 2OU0X 3W6EA 1UIDA 2OTYX 160LA 184LA 3ZVQB 224LA 3NYAA 1QT8A 1QTDA 176LA 1LSMA 2BPUA 1LGUA 1C6TA 1GEZA 5LA5A 3OK0A 1G0PA 1GB8A 3NY9A 1HSWA 227LA 1GAZA 230LA 125LA 111LA 152LA 1IOCA 2BQMA 1IX0A 1VDTA 1HC0A 5KKJA 216LA 1L35A 2ZQ4A 1AZFA 2LYOA 1QTCA 1C46A 4S0WA 1IWYA 2F4AA 209LA 4WG1A 4J7VA 1V7SA 1YKYX 2O79A 4ET9A 1HFYA 4PJZA 178LA 1GF5A 3DN2A 1JTOL 5DN5A 1L32A 1L72A 4LDLA 4OOTA 1UCOA 4DD7A 1G0GA 1L84A 2Z2EA 1CJ7A 1DQJC 2EQLA 4NGLA 2HULA 4EKPA 2W1XA 3HH6A 4L41A 2RBNA 5HLLA 1A4VA 2YDGA 1UUZC 1GF0A 4NHTA 3HH5A 4H90A 4TUNA 1QSBA 3CT5A 3W6FA 1QSQA 5DLAA 213LA 2BQFA 2RBPA 1BWIA 2DQJY 1QTHA 2RB0X 2C8OA 198LA 1L74A 4Z46A 2DQGY 5LINA 2O4WA 4EOFA 4HPIA 2BLXA 1DYAA 4WG7A 2ZIJA 2RB1X 1LMOA 1I20A 4LT1A 1REXA 4NIJA 3C8QA 6LYTA 1UACY 2MEDA 1CV4A 1EQEA 3HT8A 3N9AA 1GB7A 4II8A 114LA 4DJHA 1LSDA 104LA 3M3UA 1BWHA 4ARQA 2F2NA 5KKIA 1CJ9A 3CT1A 1L90A 2EIZC 3HT9A 2A4TA 1IOTA 4CHXA 3W6AA 3WW6A 2Q9EA 1L67A 208LA 3FI7A 3WU8A 1QTKA 1ZWNA 3TMXA 4EXMA 3CSZA 1LPIA 4G49A 1C7PA 1L51A 2MECA 1HERA 1G0LA 4WM1A 1QT5A 1DYGA 4I7OA 3WPKA 1CKGA 236LA 4M4OA 5AMYA 2BQHA 2FBDA 5APEA 3OE9A 1F6RA 4LT3A 4GLVA 4PRQA 1XEJA 256LA 2YBLA 4LYCA 1RE2A 1LJNA 245LA 4ARPA 2RBRA 1C6CA 1L54A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L86 A;  146L A;  2I25 L;  1L27 A;  1LTM A;  4DQ7 A;  1LZT A;  2IFF Y;  3F9L A;  1LMN A;  2B7X A;  5I4W A;  1LJG A;  4WLT A;  4HPE A;  3WXT A;  4XAD A;  1SWY A;  4YF2 A;  2HEF A;  218L A;  3EO5 A;  1L43 A;  1IY4 A;  1QUH A;  3WUA A;  3HH4 A;  3AYQ A;  1DPX A;  1OUJ A;  3A3Q A;  2MEF A;  1C6Q A;  3DKE X;  1E8L A;  1XEP A;  6LYZ A;  1L62 A;  2BQD A;  1NHE A;  4KPM A;  4W58 A;  1HFX A;  175L A;  103L A;  2FBB A;  3HTF A;  2LZM A;  1LYG A;  1HHL A;  4PRU A;  4P2E A;  225L A;  1BQL Y;  4TSC A;  3P66 A;  4OWE A;  1YAP A;  2DQE Y;  3T36 A;  3G3W A;  1LZC A;  1NQI A;  2OE9 X;  3OE0 A;  4WO6 A;  4IAS A;  1T8F A;  1W08 A;  2BQK A;  181L A;  3HT7 A;  5C6I A;  3QE8 A;  1CVK A;  1PQM A;  4ETC A;  1GF8 A;  3L2X A;  1EL1 A;  4NWE A;  1LZY A;  2NWD X;  3WW5 A;  1XJT A;  1N4F A;  137L A;  1GFK A;  4HTQ A;  4ARQ B;  1UIC A;  1LZN A;  2CUU A;  4J1A A;  2B72 A;  1J1X Y;  4XJF A;  199L A;  1L80 A;  5FCP A;  1L30 A;  1L00 A;  1L02 A;  4EKS A;  1JUG A;  1L09 A;  2OEA X;  3LN2 A;  1C6M A;  1P56 A;  5FEK A;  2LC9 A; 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