195LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDELAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 195lA00
1L79A 1L22A 114LA 1CV6A 1L82A 1XEPA 223LA 129LA 1G07A 1QUHA 1LI2A 1P36A 1CV5A 1G0GA 1QUGA 1L85A 1SX7A 3HH4A 4YXCA 3QAKA 1TLAA 1C67A 5LZMA 1QSQA 200LA 1WTHA 1C6MA 1P2LA 156LA 1CU6A 4I7SA 3VW7A 244LA 157LA 4PJZA 111LA 1L74A 1L45A 1L02A 2RBSA 1LYDA 2LC9A 3GUJA 1L10A 1PQJA 236LA 1ZYTA 3HTBA 2RB0X 1L36A 1C60A 2B6XA 1L42A 2NTHA 1CUQA 230LA 159LA 239LA 2OTZX 1LYJA 2B73A 1L51A 1L03A 222LA 142LA 247LA 1DYGA 1L04A 1L49A 2RB1X 1B6IA 1L18A 1QTDA 2O4WA 1KW7A 1L01A 186LA 1LI3A 4I7KA 139LA 3DN1A 4EXMA 3C81A 3OE9A 4EKRA 4W55A 1L73A 1OVJA 3GUKA 1LI6A 195LA 196LA 234LA 2CUUA 1T8GA 1QTHA 1L58A 1L13A 1LW9A 1QT7A 4E97A 1C6BA 4W51A 1QTVA 1L76A 1L75A 4ZPUA 1DYBA 163LA 1SSWA 1LYFA 3HH5A 3JR6A 1CX7A 1L29A 1C62A 185LA 1L0KA 246LA 192LA 3HTFA 4S0WA 2LCBA 2O79A 141LA 1L21A 2OTYX 1L57A 1L92A 1L95A 1L34A 1L77A 112LA 1G0JA 4EJ4A 1KS3A 2B6WA 144LA 3DMVA 1C6EA 4I7OA 1DYDA 1G1VA 1L66A 224LA 4I7RA 184LA 131LA 4I7TA 3HDFA 3HT7A 1D3JA 3SB5A 1OVKA 2NTGA 2QB0B 3HT9A 120LA 1C68A 2B74A 4DKLA 3C83A 260LA 191LA 1C6KA 6LZMA 1P7SA 149LA 4EKPA 4DAJA 1CVKA 7LZMA 1LGUA 1L43A 1L37A 2B70A 210LA 1G0QA 1L11A 1L46A 1LYGA 2B75A 152LA 1CU5A 256LA 1PQDA 160LA 254LA 2HUMA 1L17A 4YXAC 2B6ZA 1L60A 1LYIA 1L38A 233LA 3SBAA 140LA 1L64A 1L09A 1C6NA 1L89A 1NHBA 108LA 2A4TA 143LA 3V2YA 4I7MA 1L30A 2B6TA 1D3NA 1L08A 229LA 1P46A 4W57A 1DYEA 2RB2X 4I7NA 172LA 235LA 258LA 1PQMA 1SWYA 1QUOA 1CV1A 1L91A 1L47A 2QARC 1L65A 1L14A 1CU3A 1L00A 187LA 3V2WA 1L68A 1G0PA 1OV5A 1QT6A 3K2RA 3NYAA 178LA 1P2RA 1L32A 3HWLA 1ZURA 1CU2A 1C64A 1L31A 4W56A 4W52A 4LDEA 1L63A 2Q9DA 4LDOA 4W54A 1L06A 1QS5A 3C7YA 126LA 189LA 3DMXA 3PBLA 4LDLA 4ARLA 242LA 1XJTA 3NY9A 1L56A 227LA 188LA 1L15A 1QT3A 3L2XA 1QSBA 1C6QA 1C6CA 151LA 1L54A 137LA 1L86A 3GUPA 3SB6A 249LA 2IGCA 3CDOA 214LA 1C63A 4OO9A 118LA 1DYCA 1L80A 1P3NA 1ZWNA 3HUKA 2HULA 1C6JA 2RBNA 1JQUA 109LA 1LGWA 198LA 1D3MA 3CDRA 199LA 2L78A 173LA 1L69A 1D2WA 1KY0A 4GBRB 1L84A 1OWYA 3DN8A 3DMZA 3HUAA 4K5YA 4ARQA 2F2QA 257LA 1KW5A 3EMLA 3HU8A 2RBPA 1G0LA 1D9WA 1CUPA 3G3VA 4I7QA 1G06A 4IAPA 197LA 190LA 3DKEX 4EKQA 1L39A 1L24A 1QS9A 262LA 182LA 1T6HA 1T97A 176LA 1QT4A 213LA 1L19A 231LA 1OVHA 3PDSA 1P37A 1L61A 3G3WA 217LA 219LA 127LA 1QTCA 2F32A 3GULA 4W53A 3RUNA 4ARQB 1C6LA 1SSYA 1KY1A 1L35A 3CDVA 1D3FA 1T8AA 3CDQA 1SX2A 3SB7A 3HTGA 3HT8A 1C6HA 4ARJA 3SB8A 1PQKA 1L0JA 1P56A 2B72A 1L44A 228LA 1L83A 4GRVA 220LA 1T8FA 1C6AA 4I7JA 216LA 1L59A 1CV3A 1I6SA 3HUQA 3C8SA 1JTNA 206LA 1L07A 250LA 248LA 1C6PA 1KNIA 232LA 215LA 255LA 2RAZX 138LA 1QTBA 1LWKA 259LA 240LA 4PK0A 3FA0A 3SBBC 1L87A 3DNAA 3GUOA 1SWZA 1L90A 168LA 243LA 2ANVA 1P6YA 1C66A 170LA 3DN0A 145LA 102LA 3GUMA 2RBQA 1PQIA 251LA 3ODUA 2HUKA 183LA 1PQOA 3HH6A 1L94A 1L41A 1L70A 3DN2A 1L98A 3HU9A 122LA 1L97A 3LZMA 1L16A 3C7ZA 2OU8A 158LA 1C69A 1L12A 237LA 238LA 1L27A 1L50A 241LA 125LA 2RH1A 5I14A 3UONA 3SN6R 3FI5A 1C6TA 1LWGA 1P64A 1D2YA 115LA 130LA 1DYFA 1OV7A 209LA 2OE7X 3C8RA 104LA 1L28A 1EPYA 2F47A 3HTDA 253LA 2LZMA 261LA 4EPIA 103LA 4AQNA 1L81A 205LA 245LA 4W58A 1L23A 3HT6A 3HH3A 212LA 4ARMA 1LGXA 181LA 3DN6A 1G0MA 1L96A 1L25A 1G0KA 1L20A 3SB9A 2RBOA 4LZMA 3F8VA 211LA 3DN4A 1L88A 1L40A 4W59A 1CX6A 1CU0A 1XJUA 3FADA 162LA 3GUNA 1L48A 1C6GA 2OE4X 1K28A 166LA 1L71A 2B6YA 165LA 2ANXA 1L99A 3OE6A 1LLHA 2OE9X 147LA 3DN3A 4ARPA 1LYEA 128LA 3GUIA 110LA 1C6DA 2RBRA 2RAYX 1L93A 148LE 2OU9A 3G3XA 1L62A 4YX7C 3CDTA 177LA 1LPYA 4ARMB 119LA 175LA 226LA 1C6IA 169LA 201LA 218LA 1L67A 1OWZA 1G1WA 1L53A 2Q9EA 107LA 3L64A 150LA 3C80A 164LA 161LA 1C65A 3D4SA 252LA 180LA 1L33A 1C6FA 3C82A 123LA 1JTMA 146LA 4I7LA 3OE0A 1L05A 1LYHA 2OU0X 4EPFA 1L72A 1DYAA 1OYUA 225LA 1C61A 2B7XA 4I7PA 155LA 1CTWA 1QTZA 3C8QA 174LA 113LA 3RZEA 3HDEA 2Z6BA 2O7AA 1CV0A 171LA 1QT5A 167LA 1L52A 2OEAX 4EKSA 3C7WA 1QT8A 1L26A 1L55A 3OE8A 3F9LA 3NY8A 221LA 1CV4A 1P5CA 4DJHA 1QUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXOA 4BS7A 1XEPA 1LI2A 1HFXA 1QUGA 1L85A 1LJFA 1FLUA 4ETAA 1TLAA 4ZIXA 1C67A 1LMQA 1GXXA 3HFMY 2BLYA 3A3RX 4XJDA 4I7SA 1L45A 4XJBA 4HTKA 2Z18A 5LINA 1PQJA 1BB5A 3W6AA 1GB7A 5L9JA 2RB0X 1T3PA 4PRUA 3K3TA 1IP1A 1LYJA 2BQDA 1UIBA 1DYGA 1QTDA 1KW7A 1L01A 4H8XA 1GBWA 4ET9A 2HUBA 4J1AA 3RNXA 4DD3A 154LA 4EXMA 1L73A 3GUKA 1QTHA 1IIZA 4E97A 4W51A 1D6QA 3QE8A 1TCYA 1L75A 4N9RA 4ZPUA 3WVYA 3HH5A 3W6EA 1C62A 4OWCA 185LA 1OUEA 5F9XA 4W96A 1KIQC 4S0WA 2LCBA 4RW1A 2FBBA 1L57A 2DQIY 3DMVA 1C6EA 2DQAA 1DYDA 4HPEA 1B5UA 1L66A 2BPUA 184LA 131LA 4DQ5A 3HT7A 4MCKA 2NTGA 1C68A 3OJPA 4LYMA 4H9BA 4DAJA 1CVKA 1LGUA 1GE1A 1L43A 2B70A 4B4EA 1G0QA 1JISA 1L46A 1WQPA 2BQJA 9LYZA 5HNCA 5LA5A 152LA 1IY4A 1IOSA 1L17A 2MEFA 3SBAA 2W1LA 5E9RA 1J1OY 1L89A 1NHBA 1LZRA 1IC5Y 1IY3A 2B6TA 2F4AA 1XEKA 229LA 1L08A 1P46A 172LA 2Z12A 1KXYA 258LA 1HEMA 1QDRA 1L47A 1E8LA 3WW6A 1YAPA 1GB0A 187LA 1HEWA 1OV5A 1AZFA 3K2RA 1P2CC 2DQJY 4WMGA 4XJFA 1C64A 3GXKA 4W52A 4W54A 2Q9DA 4ARLA 1L06A 3PBLA 1XJTA 1J1PY 4N8ZA 227LA 1L15A 3L2XA 5B1FA 2HEAA 4NGIA 1L54A 4LT1A 4CFPA 4CFOA 4E3UA 1UIDA 1ZWNA 2HULA 1GFUA 4DT3A 109LA 2I6ZA 198LA 2FYCA 2H9JA 1FN5A 199LA 1IX0A 5LAFA 3LYZA 3N9EA 3EMLA 2AUBA 2DKVA 3HU8A 3FE0A 2IHLA 1JJ1A 4IASA 5A3ZA 1D9WA 1GDWA 1LYSA 4X3BA 2D4JA 2HEBA 1LZ5A 4G4BA 2MEBA 1LMNA 190LA 3DKEX 1YROA 182LA 1T97A 5D5FA 176LA 1IWWA 1ALCA 1L19A 3WH1A 2BQLA 5KXWA 1LSYA 1IR9A 4NGZA 1MELL 2LHMA 3J6KA 4BADA 4HPIA 127LA 2W1YA 1LHLA 4ARQB 4DD9A 1NHEA 3CDVA 1T8AA 4WL7A 1DPWA 1GF4A 3AB6A 1GFRA 1LZCA 2ZYCA 1PQKA 3CT5A 5LYTA 5FCPA 135LA 1C6AA 1L59A 1D9UA 3WXTA 5KJ9A 3CT0A 3T36A 250LA 248LA 2DQDY 232LA 2ZYPA 255LA 138LA 1LWKA 3G3AB 1C43A 4OOTA 3SBBC 1H87A 3ATNA 3G3BB 1LYZA 2ANVA 1QSWA 4M6DA 5KXXA 170LA 4ET8A 3WULA 1PQIA 3ODUA 2HUKA 1BB6A 1HEPA 1L41A 1REZA 3A96A 3HU9A 3WU9A 1L97A 3FI7A 3WUAA 5KXKA 1AKIA 158LA 1GF0A 3CB7A 4B1AA 2Z39A 5KKJA 2DQCY 1D2YA 2I26L 3A6CY 209LA 104LA 4DYGA 1ZMYL 4QDNA 2YBLA 2LZMA 3W6FA 4AQNA 205LA 3AJNA 1L23A 2YSSC 207LA 3HH3A 4ARMA 181LA 5A3EA 1JKBA 1L20A 3SB9A 2ZILA 5KXYA 1VEDA 3F8VA 2BQCA 1HMKA 1CX6A 1CU0A 1XJUA 1GE2A 1BQLY 2BQIA 2OE4X 1L71A 165LA 1GFHA 5APDA 147LA 3DN3A 4ARPA 4NSIA 1GBOA 128LA 1BB4A 194LA 1HERA 1LHMA 148LE 4HV2A 3G3XA 1L62A 1JHLA 3TXEA 119LA 175LA 1C6IA 2N5ZA 3HBHA 4IJ4A 1L67A 3ULRA 1HNLA 1LZAA 1UUZC 1TBYA 4GN3A 3P65A 3WYHA 150LA 2Z37A 164LA 1KIPC 1QQYA 3WU8A 1LZ8A 2A7FA 1UIFA 2EQLA 5F81A 4C3WA 1LYHA 2OU0X 1L72A 4LZTA 1LSNA 1FDLY 1LZNA 1CTWA 1GB3A 3HDEA 2Z6BA 1LZGA 1PS5A 2BQFA 2OEAX 2HU1A 4HJZA 1L26A 2YBHA 4PGJB 1OUAA 3RU5A 3IWRA 1NDMC 1I20A 1IP2A 1BWIA 2XBSA 2G4QA 1QUSA 1LJIA 3A94A 114LA 1OUHA 223LA 1XEJA 129LA 1UICA 3A67Y 1CV5A 4CJ2A 3HH4A 5KXLA 1TDYA 5LXWA 1LAAA 1YKZX 5LZMA 1QSQA 200LA 3J4GA 1WTHA 1TAYA 3EBAB 2F2NA 1LZ4A 1MLCE 3KAMA 2IFFY 157LA 3N9AA 2RBSA 1LMCA 1LYDA 1LJ3A 3WVXA 1ZYTA 3HTBA 1IOCA 1WQQA 2YVBA 3AGIA 2B6XA 3LZTA 2NTHA 5ILCA 3AGHA 2ZWBA 4NY5A 1L51A 4FDYA 247LA 1GB5A 1L04A 1L49A 1CKCA 4I7KA 1HSWA 4RDSA 139LA 3C81A 3OE9A 4OOOA 1OVJA 3AW7A 3QNGA 1LI6A 195LA 2CUUA 1T8GA 4ETBA 1LW9A 1QT7A 4GCBA 1DYBA 1SSWA 3JR6A 1LYFA 1VDTA 3CSRA 5KXPA 1B9OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXO A;  4BS7 A;  1XEP A;  1LI2 A;  1HFX A;  1QUG A;  1L85 A;  1LJF A;  1FLU A;  4ETA A;  1TLA A;  4ZIX A;  1C67 A;  1LMQ A;  1GXX A;  3HFM Y;  2BLY A;  3A3R X;  4XJD A;  4I7S A;  1L45 A;  4XJB A;  4HTK A;  2Z18 A;  5LIN A;  1PQJ A;  1BB5 A;  3W6A A;  1GB7 A;  5L9J A;  2RB0 X;  1T3P A;  4PRU A;  3K3T A;  1IP1 A;  1LYJ A;  2BQD A;  1UIB A;  1DYG A;  1QTD A;  1KW7 A;  1L01 A;  4H8X A;  1GBW A;  4ET9 A;  2HUB A;  4J1A A;  3RNX A;  4DD3 A;  154L A;  4EXM A;  1L73 A;  3GUK A;  1QTH A;  1IIZ A;  4E97 A;  4W51 A;  1D6Q A;  3QE8 A;  1TCY A;  1L75 A;  4N9R A;  4ZPU A;  3WVY A;  3HH5 A;  3W6E A;  1C62 A;  4OWC A;  185L A;  1OUE A;  5F9X A;  4W96 A;  1KIQ C;  4S0W A;  2LCB A;  4RW1 A;  2FBB A;  1L57 A;  2DQI Y;  3DMV A;  1C6E A;  2DQA A;  1DYD A;  4HPE A;  1B5U A;  1L66 A;  2BPU A;  184L A;  131L A;  4DQ5 A;  3HT7 A;  4MCK A;  2NTG A;  1C68 A;  3OJP A;  4LYM A;  4H9B A;  4DAJ A;  1CVK A;  1LGU A;  1GE1 A;  1L43 A;  2B70 A;  4B4E A;  1G0Q A;  1JIS A;  1L46 A;  1WQP A;  2BQJ A;  9LYZ A;  5HNC A;  5LA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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