251LA

The response of t4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title The response of T4 lysozyme to large-to-small substitutions within the core and its relation to the hydrophobic effect.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 251lA00
140LA 1L31A 253LA 245LA 1KW5A 3NY9A 168LA 1DYDA 4K5YA 1L86A 1PQOA 3HUAA 1L09A 1L28A 1DYAA 4IAPA 186LA 4I7SA 3SB9A 4EKRA 2LCBA 4LDOA 1L25A 4EKPA 1CU5A 1LI6A 3SB8A 3SN6R 1QT8A 176LA 1DYGA 1L02A 2OE7X 1L33A 1L93A 1QT5A 166LA 229LA 4PJZA 3K2RA 195LA 2OE4X 1L77A 2IGCA 1L03A 148LE 122LA 1L0JA 1LGWA 3JR6A 1CU3A 1P46A 1L64A 191LA 1T8AA 3VW7A 1L54A 3DNAA 1SX2A 244LA 1DYFA 180LA 4OO9A 1L99A 1L18A 1L60A 190LA 3CDOA 1L79A 1C6AA 1L07A 1CV0A 1P7SA 228LA 3QAKA 4DJHA 4YXCA 1L24A 1L68A 1LGXA 3V2WA 3GUKA 1L29A 1P6YA 1QT4A 4GBRB 3V2YA 4ARMA 3SB7A 2OTYX 3HWLA 1C6GA 169LA 1C60A 1CUQA 177LA 1D3JA 1L72A 3GUMA 144LA 3C80A 3DN1A 3HDEA 2RBSA 1OV7A 236LA 251LA 1L01A 4I7NA 1P3NA 1C6TA 1C6EA 1G0LA 2F2QA 1JTNA 2B6TA 1SWYA 3HTFA 231LA 2HUKA 1L36A 189LA 3CDRA 1QUHA 1ZURA 3DN6A 254LA 118LA 2RBOA 1CV4A 1L0KA 1L19A 3CDVA 181LA 182LA 1LWKA 1QUDA 158LA 1LGUA 1L47A 2ANVA 3GUNA 162LA 1L73A 3HT7A 150LA 2B6XA 1LLHA 2RAYX 3C81A 4EJ4A 1T97A 3DMXA 2RBQA 4W59A 159LA 1L58A 3NYAA 213LA 1QTVA 3DN0A 1CU2A 2O7AA 2RBPA 3RUNA 4LDEA 4W57A 1WTHA 3DN3A 3G3WA 1L21A 175LA 4YX7C 1C61A 165LA 250LA 1T8GA 4I7RA 3DN4A 1OWZA 1L70A 2B74A 3HH6A 1L87A 4LZMA 1PQIA 109LA 1B6IA 2ANXA 1JTMA 4AQNA 3CDTA 163LA 5I14A 160LA 1D3MA 192LA 3GUJA 1CTWA 1XJUA 1C6BA 198LA 4EPIA 2F47A 1C6KA 1L08A 4I7PA 230LA 4LDLA 157LA 1QS5A 187LA 2B73A 3C8RA 1CV3A 1P56A 1L89A 1C69A 234LA 1C6IA 2A4TA 1PQKA 4I7TA 3DMVA 1L16A 197LA 1DYEA 1DYBA 222LA 3HU9A 1LWGA 239LA 1L42A 4W55A 1L55A 1G07A 4E97A 1G0PA 1L75A 1CU6A 1KNIA 1L80A 1L44A 3HT9A 3D4SA 1L65A 1L69A 1G0KA 217LA 120LA 1C6NA 2OEAX 3SB5A 262LA 2B75A 1CV5A 3HTBA 1C6PA 1LYIA 3GULA 1QTHA 1L97A 3HTDA 1L94A 1L04A 1LI3A 103LA 1C63A 1D3NA 2NTGA 2OE9X 3C82A 2HULA 164LA 1OWYA 1L90A 126LA 1KY1A 1QT7A 3LZMA 3C7YA 2B7XA 4EKSA 108LA 3GUIA 141LA 260LA 1QT6A 1ZYTA 3PDSA 2CUUA 1L57A 1L35A 1L38A 261LA 3DN2A 3OE0A 3C7ZA 125LA 3F8VA 4W56A 1QTCA 3SBAA 1C62A 3OE6A 1NHBA 3FADA 1L26A 216LA 1LYFA 1OVJA 2LC9A 4W51A 1L83A 227LA 6LZMA 3NY8A 1QS9A 211LA 1L46A 1L17A 1L50A 1OVKA 1G1WA 257LA 2O4WA 224LA 2Z6BA 1C6QA 3G3XA 2RAZX 2RH1A 1G06A 3F9LA 226LA 152LA 2L78A 170LA 1D2WA 110LA 1L74A 206LA 1L81A 1CUPA 3OE8A 3DKEX 256LA 184LA 1C67A 1L06A 1L71A 2B72A 1ZWNA 220LA 174LA 4GRVA 171LA 200LA 1L84A 248LA 4PK0A 3RZEA 1CV6A 2F32A 149LA 4ZPUA 7LZMA 1SX7A 249LA 255LA 142LA 1OYUA 2RBRA 209LA 111LA 3PBLA 4DAJA 167LA 3C8QA 238LA 3HUQA 1L12A 3HH5A 1K28A 1LYDA 1L15A 1L61A 3FI5A 2OU9A 114LA 3SBBC 4ARLA 137LA 4I7LA 1C64A 1C6DA 1L39A 1L43A 1L34A 1L13A 3HDFA 127LA 4W53A 258LA 1P2LA 2RB2X 4EPFA 205LA 4I7KA 1L14A 3HH3A 1L95A 1QUOA 4I7JA 2OTZX 1C68A 237LA 2RBNA 201LA 1G1VA 1L59A 2B6YA 1L92A 3L64A 5LZMA 1L66A 4W52A 1QSBA 214LA 143LA 1C6CA 1SSYA 2HUMA 2B70A 4I7OA 4ARJA 1L52A 3ODUA 1DYCA 2Q9EA 1L48A 1QTDA 2NTHA 199LA 2RB1X 1L05A 4ARQB 4I7MA 1L41A 1L85A 1L23A 183LA 130LA 219LA 1L49A 1L62A 1CX7A 1PQDA 3DMZA 1C6LA 1L56A 1G0JA 1QUGA 4S0WA 131LA 1CU0A 1KY0A 1L00A 196LA 161LA 3HU8A 173LA 113LA 3HH4A 225LA 1L67A 3OE9A 3HT8A 1D9WA 4ARPA 252LA 4YXAC 1CV1A 3GUPA 1L63A 3C7WA 1D2YA 1KW7A 185LA 4ARMB 1QTZA 3UONA 1EPYA 4DKLA 1G0MA 1D3FA 2OU0X 241LA 1L20A 1L91A 1L45A 1C66A 4I7QA 215LA 172LA 3CDQA 1L40A 1CX6A 1QTBA 243LA 128LA 3FA0A 156LA 1L82A 115LA 1L22A 1P64A 1LPYA 1T8FA 1P36A 2B6ZA 1T6HA 145LA 1LYHA 1LYEA 178LA 1L88A 188LA 233LA 240LA 3SB6A 1QT3A 4EXMA 1JQUA 123LA 1L11A 1L96A 155LA 4EKQA 1L76A 1P2RA 246LA 102LA 1C65A 1OV5A 1LYGA 1L51A 1CVKA 1L32A 2O79A 2Q9DA 3C83A 1XJTA 210LA 242LA 3L2XA 129LA 1XEPA 1G0QA 3HUKA 1C6FA 1SSWA 1P5CA 218LA 235LA 232LA 247LA 1I6SA 3GUOA 1C6MA 4W54A 1QSQA 1OVHA 1L98A 2QARC 3HT6A 3C8SA 1L27A 1LW9A 4ARQA 3EMLA 112LA 259LA 2LZMA 1TLAA 146LA 151LA 147LA 1C6JA 1PQJA 1P37A 221LA 1L53A 2QB0B 4W58A 1C6HA 1G0GA 2OU8A 1L37A 3G3VA 3HTGA 139LA 1SWZA 107LA 1KS3A 104LA 1LI2A 1LYJA 1PQMA 212LA 3DN8A 1L10A 2B6WA 2RB0X 119LA 1L30A 138LA 223LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L31A 2DKVA 3NY9A 4HPIA 1DYDA 4NGIA 1L86A 1LPIA 4BAFA 2FYCA 3A90A 186LA 2Z37A 1DI4A 2YVBA 5LA5A 4HSFA 1WQOA 5KJ9A 4EKPA 3SB8A 1TAYA 3SN6R 134LA 2W1LA 5FCPA 4PJZA 4BS7A 195LA 1V7SA 1LGWA 1SX2A 2I26L 3CT1A 4OO9A 228LA 1QDRA 1LGXA 1NHEA 2F4AA 4II8A 3V2YA 1P2CC 4DT3A 5KKIA 1C6GA 1C60A 3LZTA 177LA 1L72A 3GUMA 4QGZA 144LA 3DN1A 1C08C 3HDEA 2RBSA 4NY5A 4QDNA 5ILCA 1RCMA 2F2QA 1SWYA 2HUKA 1L36A 4NGZA 2D4KA 1ZURA 5B05A 1G7MC 1GXV2 2RBOA 4TSCA 5I4WA 1IWVA 3WU8A 1LWKA 3B6LA 158LA 4MSTA 5JENB 3W3EA 1CNSA 1VDPA 1FLQA 1L73A 5F14A 3A8ZA 4KT3A 3DMXA 4W59A 159LA 1L58A 213LA 2I25L 3F6ZA 4LDEA 2EQLA 3G3WA 2XBRA 175LA 4E3UA 2BQGA 1VEDA 1T8GA 4I7RA 4BAPA 3HH6A 1IIZA 1YAPA 4LZMA 5IDDA 5LVGA 3LYTA 4YEMA 4AQNA 1HMLA 1IWTA 4RLMA 1QUTA 3GUJA 4UWUA 1A2YC 4GLVA 3AGHA 1C6BA 5HNCA 1EQ4A 4EPIA 4D9ZA 1QS5A 1JJ0A 1NDMC 2BQEA 1HFXA 1DQJC 4CGEA 1HFZA 1JKDA 2VB1A 1HSXA 234LA 2CGIA 2YSSC 1C6IA 4C5FA 2A4TA 3W6FA 4Z41A 4NGOA 4TWSA 4NHIA 2BAAA 197LA 1DYBA 1IWYA 222LA 4W55A 4E97A 1G0PA 1L75A 1CU6A 3B0OA 3A93A 1GFJA 217LA 2HECA 120LA 2XQOA 3SB5A 3HTBA 1LYIA 1QTHA 1L97A 1GE2A 3HTDA 1D3NA 1GB8A 1GHLA 2BQIA 2HULA 4HJYA 1QT7A 3LZMA 3C7YA 4EKSA 3GUIA 1LZNA 3TXBA 1QT6A 2Z19A 1ZYTA 4CJ2A 3OJPA 3PDSA 1L38A 261LA 3OE0A 1LSMA 1OUGA 2LC9A 1D6QA 1LYFA 1OVJA 1QTEA 4W51A 2BLXA 227LA 5KXRA 4HTKA 3G3AB 211LA 4DQ7A 4NWEA 4Z46A 2Z6BA 2LYMA 2ZILA 226LA 5EBHA 4N1EI 1LHLA 4M6DA 1AT5A 3DKEX 256LA 184LA 3A94A 3LYMA 220LA 200LA 2BQBA 4PK0A 3RZEA 1CV6A 1JWRA 7LZMA 2Z2FA 1OYUA 1LHIA 3PBLA 1B7LA 1B7OA 2MEGA 4H9HA 3C8QA 1LZ1A 2XTHA 5DL9A 238LA 5M1YA 1L12A 1VATA 4XADA 3ATOA 5IELA 1C64A 1C6DA 5KXMA 1LSDA 127LA 4R0FA 4H9AA 1LZEA 1LZBA 4NGYA 1YL1X 4I7JA 1DI3A 2OTZX 1C68A 3W6AA 3WVYA 3L64A 1CKCA 5APDA 2GV0A 3BKHA 1GFVA 2CDSA 4ARJA 2H5ZA 4HPEA 2BQCA 4N8ZA 2Q9EA 199LA 2RB1X 1L05A 1GFGA 4ETDA 1LZSA 183LA 1LMTA 1L62A 4WM5A 3TMWA 4WG7A 4ETCA 1C6LA 1LHKA 4S0WA 2YBHA 3RW8A 3ZEKA 1KY0A 4ETEA 3HU8A 1L67A 4B49A 4QEQA 4H8XA 4ARPA 3LHMA 4YXAC 4XENA 1C43A 1KW7A 1WTNA 1TEWA 1GF0A 5L9JA 4LZTA 1DPXA 4LYCA 1BQLY 1J1OY 1LHHA 1NWGA 1QSAA 1LYSA 172LA 4PGJB 4WM2A 1LSFA 1IWUA 1XGQC 1FLYA 2LZTA 4NHQA 1HEOA 1P36A 1T6HA 145LA 1LYHA 178LA 1L88A 188LA 1LZAA 4KXIA 3SB6A 123LA 3AB6A 155LA 1MELL 1JKCA 102LA 1C65A 4ETBA 1DI5A 4WO9A 1CVKA 4TSBA 3L2XA 1IOQA 3WPKA 5DN4A 1B7MA 1C6FA 3A92A 4DD3A 1J1PY 232LA 247LA 3GUOA 1AZFA 194LA 1C6MA 1ZVYB 5HMJA 4XJBA 4CHXA 4DD9A 4RW1A 3HBEX 1IR7A 1WQRA 3HFMY 4ARQA 1J1XY 5LAGA 259LA 1GB6A 2HEEA 4C3WA 1HC0A 221LA 1L53A 2QB0B 1C6HA 3G3VA 3B72A 1LYZA 1ZVHL 5KKJA 3AYQA 1L10A 1NKHA 1LTMA 1L30A 138LA 4ARMA 1IP5A 3AGGG 3TXDA 3ULRA 1WQNA 1I20A 3M3UA 1I56A 4K5YA 3RZ4A 1B5YA 1EQEA 1L09A 1G7JC 3SB9A 1XGPC 2LYZA 2BQFA 1GE0A 5LXWA 1CU5A 1B9OA 1GF8A 1B7QA 4GN5C 1L93A 1QT5A 229LA 3T6UA 3K2RA 4A7DA 1YROA 7LYZA 2OE4X 1L77A 1CJ8A 1JTPL 1B7SA 1LJEA 1CU3A 1P46A 1L64A 3WXUA 3A6BY 2Y8PA 4J1AA 3VW7A 2HU3A 5KXOA 5APFA 3IWRA 180LA 2DQIY 1L99A 1GDXA 1L60A 1OUHA 1CV0A 3QAKA 4DJHA 1L24A 1UCOA 1KXYA 1C10A 3V2WA 4DQ5A 3GUKA 4B4EA 1L29A 133LA 4GBRB 3SB7A 169LA 2N5ZA 1D3JA 1GPQC 5I54A 1OV7A 236LA 5LVKA 1C6EA 1IORA 2F4GA 1LMCA 1QUHA 4WM4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L31 A;  2DKV A;  3NY9 A;  4HPI A;  1DYD A;  4NGI A;  1L86 A;  1LPI A;  4BAF A;  2FYC A;  3A90 A;  186L A;  2Z37 A;  1DI4 A;  2YVB A;  5LA5 A;  4HSF A;  1WQO A;  5KJ9 A;  4EKP A;  3SB8 A;  1TAY A;  3SN6 R;  134L A;  2W1L A;  5FCP A;  4PJZ A;  4BS7 A;  195L A;  1V7S A;  1LGW A;  1SX2 A;  2I26 L;  3CT1 A;  4OO9 A;  228L A;  1QDR A;  1LGX A;  1NHE A;  2F4A A;  4II8 A;  3V2Y A;  1P2C C;  4DT3 A;  5KKI A;  1C6G A;  1C60 A;  3LZT A;  177L A;  1L72 A;  3GUM A;  4QGZ A;  144L A;  3DN1 A;  1C08 C;  3HDE A;  2RBS A;  4NY5 A;  4QDN A;  5ILC A;  1RCM A;  2F2Q A;  1SWY A;  2HUK A;  1L36 A;  4NGZ A;  2D4K A;  1ZUR A;  5B05 A;  1G7M C;  1GXV 2;  2RBO A;  4TSC A;  5I4W A;  1IWV A;  3WU8 A;  1LWK A;  3B6L A;  158L A;  4MST A;  5JEN B;  3W3E A;  1CNS A;  1VDP A;  1FLQ A;  1L73 A;  5F14 A;  3A8Z A;  4KT3 A;  3DMX A;  4W59 A;  159L A;  1L58 A;  213L A;  2I25 L;  3F6Z A;  4LDE A;  2EQL A;  3G3W A;  2XBR A;  175L A;  4E3U A;  2BQG A;  1VED A;  1T8G A;  4I7R A;  4BAP A;  3HH6 A;  1IIZ A;  1YAP A;  4LZM A;  5IDD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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