4B0DA

Crystal structure of hen egg white lysozyme from an auto harvested crystal
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b0dA00
1LHLA 3QNGA 2RSCA 5I54A 2Z19A 4GN3A 1WVUA 3AW7A 5E4PA 4GCCA 1GB7A 1FBIX 1B7PA 207LA 4XJGA 2Z12A 1GB3A 4LYZA 2IFFY 1IY4A 1GBWA 1GAZA 3CQLA 1IWXA 1XGQC 4XADA 1HERA 1UIEA 4J7VA 4LYMA 2ZNWY 1VFBC 4H93A 3OJPA 1LMTA 1OUIA 1HNLA 2Z2EA 1GF7A 1LOZA 3B0OA 1F0WA 5IHGA 4I0CA 5FDJA 1J1OY 3WW5A 4DDCA 1G7LC 1GF6A 1LZBA 1F6RA 1DI5A 2F4GA 4XN6A 2MEGA 4DD1A 4DYGA 5KXZA 5LVKA 1DI4A 4B49A 1DPWA 1J1XY 4DD2A 4H8YA 1XEIA 2W1XA 4H1PA 4I8SA 4WMGA 3AGHA 3SP3A 1LJKA 1LZ5A 1KXWA 1P2CC 4XJBA 1V7TA 1JKAA 1BWHA 1LZGA 2W1MA 1HENA 1UA6Y 3VWOA 3W6DA 1RFPA 2MEAA 4B4JA 5I4XA 1TAYA 1GB8A 4LFPA 4LYBA 4XJFA 1BWJA 5DM9A 1IOCA 4N1EI 3AZ4A 4NGYA 4EOFA 6LYTA 1IP5A 3HBHA 1DKKA 1W6ZA 4WM4A 2Y8PA 4G4CA 1HSXA 4N5RA 3TXBA 8LYZA 5ILCA 1LJFA 1JTOL 3P68A 1IOSA 2LYZA 4NHPA 4BAPA 4AXTA 1UUZC 5LVGA 1B7LA 4NGVA 4DD9A 1CJ8A 4XJHA 2ZIJA 1AT6A 2BPUA 4H9IA 3HFMY 5E9RA 3AGIA 1YKZX 4YENA 4PRQA 2H9KA 1LMCA 4HV2A 4DC4A 4PJ2C 2DBTA 4ZEEA 3TXFA 1AZFA 4G4BA 1NHEA 1BB5A 1IWYA 4HSFA 1WQMA 2DQAA 2HU1A 3W3EA 4BADA 2DQCY 2BQFA 1XGTC 2YBJA 3AB6A 3P65A 4BAFA 5KXMA 1VDTA 1YILA 1DI3A 1I1ZA 5B1FA 1SLYA 4J1AA 4IATA 5APCA 1UIHA 2Z39A 1YKXX 3AZ5A 4NWHA 4WO9A 5I5QA 4NGZA 4LT2A 3K3TA 1B5ZA 1FKVA 2FBDA 1GEVA 1LZSA 1JSEA 4RW1A 4WLDA 1OUAA 3P66A 1CKHA 1C45A 5LXWA 3AGGG 5J7CA 3WU9A 4H9AA 1GFGA 2DQDY 2I25L 2BQCA 4U3XB 4NGLA 1GB6A 5A3ZA 1LJHA 3BKHA 1G7HC 2FYCA 2LHMA 4ANRA 1JEFA 1W08A 5KY1A 5M1YA 4L41A 1GDWA 1GB0A 3HBDA 3A6CY 5B07A 5I53A 1LMPA 1B5VA 5LVJA 3TXGA 1LSYA 2MECA 4DD7A 4N0JA 5DLAA 4LYOA 5APEA 4WM2A 4NY5A 1FDLY 2BQGA 4LT0A 2BQJA 1JWRA 4RLNA 1LZRA 1LTMA 1RE2A 1WQQA 5EBHA 5F81A 1N4FA 1LJNA 3W6BA 1CKCA 1VATA 3IWRA 4H91A 1JIYA 2C8OA 4NGWA 4LGKA 4ET9A 5KXYA 3WUNA 1LJGA 5B05A 4HTQA 2DKVA 4KXIA 3N9CA 1XGUC 4RDSA 5I4YA 1B2KA 1WQNA 5KXWA 1B7RA 3AZ7A 3F6ZA 4OWCA 4OWAA 1B7MA 3ATOA 1HFXA 3A92A 4B1AA 4YF2A 9LYZA 4NSHA 1LZCA 2CJLA 1HEQA 5JENB 4DDBA 1EQEA 4IJ4A 1RI8B 2DQEY 2EKSC 1IWWA 4QGZA 1IC5Y 1JUGA 3B6LA 1LKSA 5KXPA 3TXJA 4HTKA 1WQRA 2C8PA 1H6MA 3CT1A 4J0LA 1LSGA 1GBOA 1HSWA 4XENA 5F9XA 1HF4A 2BQKA 4WG7A 1GF4A 5DN4A 2YBHA 153LA 4ETDA 1HMLA 1QIOA 5KXOA 3WL2A 1IR8A 4WG1A 1B0DA 2ZWBA 1REMA 1BB6A 4TTDA 3WXTA 1UCOA 2MEFA 1A2YC 1GE2A 5KXTA 2I6ZA 1LMQA 1HHLA 2H5ZA 2HU3A 4KL7A 2W1LA 3W6CA 1D6QA 4TWSA 3CT5A 1LZ4A 5A3EA 1SQ2L 3A94A 1YROA 3B0IA 4N9RA 1B9OA 1GFRA 1NQIA 2AUBA 2IHLA 1FLWA 2MEEA 1H87A 5DL9A 2H9JA 1XFPL 1XEKA 1GF0A 2F4AA 1CKDA 2LYOA 4GCEA 3CSRA 3ZVQA 193LA 1KXYA 5DN5A 5LAGA 4GLAA 1UIAA 3CSQA 4HJZA 3ATNA 4HV1A 4HPIA 4ZFPA 4NG8A 4XJIA 2HEBA 1JHLA 3T6UA 2WARA 3EBAB 5L9JA 1YANA 2N5ZA 1OQMA 3W6AA 2YBNA 2DQJY 2B5ZA 2Z18A 4CFPA 1PS5A 1LHJA 1UIBA 1QSAA 2BQIA 1ZVYB 4G49A 3BKVA 1BB3A 1WTMA 1LJEA 1NWGA 3A8ZA 1BGIA 1LPIA 4WLTA 5HNLA 1IOTA 1NKHA 5FCPA 1LSDA 2G4QA 4WL6A 3CSZA 1D9UA 3D3DA 5D5FA 5F9UA 3P4ZA 3WUAA 3RZ4A 2YBMA 194LA 1YAQA 1GE0A 3LN2A 2I26L 4OOTA 4GCDA 4ZIXA 5HNCA 2NWDX 3FE0A 1BB7A 2Q0MX 4LYCA 1G7JC 1LSMA 1NDMC 1DQJC 1XSFA 2Z38A 1JKCA 4LFXA 1UACY 4W96A 5LYZA 1CJ9A 134LA 2HEDA 1CKFA 4NHIA 3M18B 4OW1A 5HLLA 4FDYA 4R6CA 1WVVA 2D4IA 1YQVY 4B4IA 4UWUA 1ZV5L 1YAOA 1C10A 1IR7A 4WOAA 3WPJA 1YL1X 3AZ6A 5KXSA 1FLQA 1JTTL 2LZTA 1JITA 1GHLA 1LSFA 2ZILA 3B0KA 2MEIA 1OUCA 1IVMA 2FBBA 1REYA 2G4NA 3TMWA 1INUA 4QEQA 5T3FA 1LSPA 4NG1A 1B7QA 1NDGC 3TXIA 5LYTA 1GBXA 4LT1A 1GFJA 2CWIA 1GFHA 1ZMYL 1HEWA 2ZYPA 4H90A 5C6LA 2F2NA 2F30A 2CGIA 3A34A 3P64A 2BQEA 1QQYA 3WMKA 1B5YA 3LYTA 1NF5A 4BS7A 4DWXA 3TXDA 2EPEA 4DT3A 1I20A 1WQOA 1DXJA 4WL7A 4IASA 1LKRA 4MSTA 4MCKA 1C46A 1D0KA 1DKJA 1LMOA 2MEBA 4H8XA 154LA 3CT0A 3GXKA 1OUGA 1NBZC 1IC7Y 3WU8A 1LZTA 4QDNA 5B59A 1B7NA 1B7SA 1TCYA 5I4WA 4CFOA 2BQBA 2LYMA 1HFYA 1LJIA 1LSBA 1MLCE 2HEEA 4TUNA 4GCBA 4H9HA 4KPMA 3FI7A 1REXA 1B5XA 3A67Y 3QY4A 1PZYA 4X3BA 1WQPA 1YAMA 1JJ1A 2ZNXY 3LYOA 1LHMA 1HMKA 4CHXA 4NSGA 2HECA 1KIRC 4Z98A 4HTNA 4WM1A 4H94A 4EMNA 1UIFA 3LZ2A 2DQGY 1GFKA 1NBYC 3WH1A 1LHIA 1OUDA 1CJ7A 4Z46A 4C3WA 2X0AA 1LSAA 4J1BA 5B1GA 1QTEA 1JPOA 1OUHA 2BQAA 3WVXA 3AW6A 1VDSA 1QUTA 2VB1A 4XYYA 5HQ1A 2XBRA 2G4PA 5LAFA 1GPQC 5LYMA 1YKYX 1OUJA 1EQ4A 1TDYA 4NEBA 1EQ5A 3WU7A 1LSCA 3T36A 1UC0A 4H9CA 4OWBA 5KXKA 4AGAA 1UBZA 3WYHA 3TMUA 2W1YA 3CB7A 1LZ9A 4OWHA 1JJ3A 2GV0A 1CJ6A 1BVXA 1LMNA 1GF5A 4W94A 4M6DA 1ALCA 1UIDA 2BQHA 1XGRC 2DQIY 4WLYA 4Z41A 1KIPC 1LCNA 4ML7A 3RU5A 4PPOA 133LA 1BB4A 1GFTA 1LZ6A 3E3DA 3TMXA 2HUBA 3W6FA 2ZQ4A 1VDQA 1GBYA 1YL0X 4B4EA 1IR9A 1LZAA 3MGWA 7LYZA 1JKDA 1LJ4A 4QY9A 4YEOA 4H9EA 1BWIA 4WM3A 1XEJA 4DDAA 4PGJB 4YOPA 1GXV2 1GE4A 3LHMA 5APDA 1JISA 4RW2A 2YBLA 3KAMA 5HMVA 2DQHY 2D91A 4NWEA 3EXDA 4KT3A 1BQLY 4UWVA 3IJVA 1I56A 1JJ0A 4CGEA 2YBIA 2XJWA 5LVIA 1LZYA 2Z2FA 1HC0A 1REZA 1GBZA 1IP6A 4NGKA 135LA 1MELL 5FELA 4A7DA 1IIZA 3G3BB 1QTKA 1OP9B 1VAUA 3N9EA 3TXHA 4N8ZA 2YVBA 4CJ2A 4GN4A 2HTXA 1GFUA 1LYYA 4H92A 1JKBA 5KXNA 1AKIA 1J1PY 1CKGA 1YAPA 2BLYA 2BQMA 1XGPC 3QE8A 5IELA 1C7PA 1HEMA 4C5FA 1V7SA 132LA 4H9FA 2EIZC 4WLXA 4TSBA 2ZIKA 2A7FA 1IC4Y 4ETAA 1RCMA 2D6BA 1EL1A 4NHSA 5IDDA 1D0MA 1G7MC 1Z55A 4WO6A 4HJVA 4ETCA 3N9AA 5KXRA 1GB9A 1LJJA 4ETBA 1LZ1A 5FHWA 5LA8A 1LHKA 2DQFC 1BHZA 3TMVA 3G3AB 1O23A 1FN5A 1DPXA 1RJCB 4H8ZA 3HBEX 1C43A 1B5WA 1T3PA 1GDXA 4MR1A 3ULRA 1QSWA 1AM7A 1GFAA 3GXRA 2LZ2A 4HJYA 5B06A 1E8LA 4YEMA 1UICA 2BQOA 1LSNA 1ZVHL 5AMYA 5KXLA 3WVYA 1GWDA 4D9ZA 1IWTA 5LIOA 3W6EA 2XTHA 3WXUA 1LSEA 2HEAA 4GN5C 1KIQC 2XBSA 1IP1A 1GE3A 2MEDA 1LZ8A 1LHHA 5C6IA 5KKIA 1GB2A 1GEZA 4O34A 4DD0A 3ZVQB 1A4VA 3TXEA 1IWZA 1IY3A 1UIGA 3A3RX 208LA 4ETEA 1GFVA 2ZQ3A 4II8A 1QDRA 4PRUA 1IWUA 1IX0A 3WPLA 3A95A 3A96A 1JTPL 4NHTA 1IP7A 2BQDA 5C6JA 1OUEA 3EO5A 1IP3A 2YSSC 3A90A 4TX7A 4NGIA 3A93A 4NSIA 1GD6A 1LSZA 5D5CA 5L3IA 2YDGA 1GFEA 4NSJA 4G9SA 4GLVA 3RNXA 3WPKA 1HEOA 1IO5A 2ZYCA 1LJ3A 4NIJA 4B0DA 3LYMA 4LZTA 4XJDA 1AT5A 3D9AC 4WM5A 6LYZA 1FLYA 5II3A 4DD3A 3AYQA 4NGOA 2MEHA 5KXXA 1IWVA 1HFZA 3IJUA 1C08C 2FYDA 4OWEA 1GXXA 5LVHA 5KJ9A 1VEDA 2D4JA 3LYZA 1LZDA 4H9BA 4NHQA 1IEEA 1B7OA 5LA5A 1LYOA 1WTNA 3J6KA 1IOQA 1B5UA 4M4OA 1LYZA 4LT3A 1LZNA 1F6SA 1GBSA 1GF9A 5FEKA 5ILFA 1DZBX 2BLXA 1NMMA 1FKQA 3AJNA 1GF3A 2HEFA 1LYSA 4HP0A 1YIKA 1GE1A 5APFA 3WUMA 1BVKC 3M3UA 3EMSA 1LZEA 4OOOA 2CDSA 1T6VL 1D0LA 4NGJA 1KXXA 4HPEA 1FLUA 1VDPA 5F16A 3J4GA 4NFVA 2BQNA 3B72A 5K7OA 3ZEKA 2PC2A 2BAAA 5FSTA 3RT5X 4FJRA 2EQLA 5HMJA 4WM6A 5F14A 1TBYA 1GB5A 1QUSA 1GF8A 1JSFA 1QDTA 2A7DA 3A6BY 3LZTA 4TSCA 1IP2A 4R0FA 3A91A 1D6PA 4YM8A 1LAAA 4Z3MA 1F10A 1OUFA 5KKJA 1HEPA 3TXKA 1IP4A 3OK0A 4N1CC 5L3HA 5LINA 2Z37A 1G7IC 1HELA 3WULA 1LMAA 1TEWA 3WW6A 1IORA 4GCFA 1CNSA 2BQLA 4P2EA 4G4HA 1OUBA 4PHIA 4E3UA 2D4KA 4LYTA 4ET8A 4RLMA 3A3QA 3RW8A 1GAYA 4UWNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RSCA 4GN3A 225LA 216LA 1B7PA 207LA 4XJGA 1GB3A 2IGCA 3G3XA 1P46A 4XADA 1UIEA 4J7VA 4LYMA 4H93A 1C65A 1GF7A 1LOZA 5IHGA 1L05A 5FDJA 1J1OY 4DDCA 1GF6A 1LZBA 1L51A 1DI5A 2MEGA 1L56A 183LA 4H8YA 4H1PA 3OE9A 1V7TA 3VWOA 1BWHA 1QTCA 1GB8A 4LYBA 3AZ4A 4NGYA 3HBHA 1HSXA 188LA 1JTOL 1IOSA 4BAPA 2RAYX 4AXTA 1B7LA 1QT3A 3SBAA 3HFMY 3AGIA 2H9KA 4HV2A 1L82A 4ZEEA 1AZFA 4HSFA 2HU1A 3C8RA 1CU6A 3HDFA 1XGTC 4BAFA 1VDTA 5B1FA 3PBLA 4NWHA 3SB8A 1L72A 1B5ZA 2O7AA 1JQUA 1JSEA 250LA 1OUAA 1CKHA 1L17A 230LA 2DQDY 2I25L 4NGLA 1L34A 5A3ZA 1G7HC 2FYCA 5KY1A 1JEFA 1W08A 1GB0A 1OVJA 1B5VA 3TXGA 4DD7A 4N0JA 5DLAA 1L96A 1L62A 5APEA 2BQJA 1N4FA 1JTNA 3QAKA 1C6AA 1VATA 4H91A 205LA 4LGKA 5B05A 1SSWA 3N9CA 5I4YA 4GRVA 1B7RA 3AZ7A 1P7SA 1HFXA 1LZCA 1L76A 1HEQA 4GBRB 5JENB 201LA 148LE 1RI8B 4HTKA 1L18A 3CT1A 4W54A 4XENA 5F9XA 1P64A 1HF4A 5DN4A 2HUMA 209LA 4K5YA 1IR8A 1BB6A 146LA 1L21A 1UCOA 1D6QA 1OWZA 3CT5A 1LZ4A 3DN1A 3B0IA 1C68A 4ARLA 1NQIA 2ANVA 1XEKA 3ZVQA 193LA 1KXYA 2RBPA 1PQOA 4HPIA 4ZFPA 5L9JA 2N5ZA 3W6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LHL A;  3QNG A;  2RSC A;  5I54 A;  2Z19 A;  4GN3 A;  1WVU A;  3AW7 A;  5E4P A;  4GCC A;  1GB7 A;  1FBI X;  1B7P A;  207L A;  4XJG A;  2Z12 A;  1GB3 A;  4LYZ A;  2IFF Y;  1IY4 A;  1GBW A;  1GAZ A;  3CQL A;  1IWX A;  1XGQ C;  4XAD A;  1HER A;  1UIE A;  4J7V A;  4LYM A;  2ZNW Y;  1VFB C;  4H93 A;  3OJP A;  1LMT A;  1OUI A;  1HNL A;  2Z2E A;  1GF7 A;  1LOZ A;  3B0O A;  1F0W A;  5IHG A;  4I0C A;  5FDJ A;  1J1O Y;  3WW5 A;  4DDC A;  1G7L C;  1GF6 A;  1LZB A;  1F6R A;  1DI5 A;  2F4G A;  4XN6 A;  2MEG A;  4DD1 A;  4DYG A;  5KXZ A;  5LVK A;  1DI4 A;  4B49 A;  1DPW A;  1J1X Y;  4DD2 A;  4H8Y A;  1XEI A;  2W1X A;  4H1P A;  4I8S A;  4WMG A;  3AGH A;  3SP3 A;  1LJK A;  1LZ5 A;  1KXW A;  1P2C C;  4XJB A;  1V7T A;  1JKA A;  1BWH A;  1LZG A;  2W1M A;  1HEN A;  1UA6 Y;  3VWO A;  3W6D A;  1RFP A;  2MEA A;  4B4J A;  5I4X A;  1TAY A;  1GB8 A;  4LFP A;  4LYB A;  4XJF A;  1BWJ A;  5DM9 A;  1IOC A;  4N1E I;  3AZ4 A;  4NGY A;  4EOF A;  6LYT A;  1IP5 A;  3HBH A;  1DKK A;  1W6Z A;  4WM4 A;  2Y8P A;  4G4C A;  1HSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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