2RBNA

N-phenylglycinonitrile in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Rescoring docking hit lists for model cavity sites: predictions and experimental testing.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2rbnA00
1L12A 1L28A 1SX7A 3DN2A 231LA 4I7MA 1L31A 102LA 168LA 1SX2A 2B74A 229LA 3HUAA 251LA 3SB6A 3K2RA 1EPYA 2CUUA 3DMXA 1LGWA 127LA 212LA 122LA 1L94A 3G3XA 234LA 259LA 1C66A 1LGXA 262LA 4ZPUA 1L29A 1P46A 4ARPA 1L49A 236LA 4I7SA 1QUDA 3HTDA 3DN8A 1L14A 4I7RA 1L20A 1L50A 227LA 195LA 109LA 248LA 191LA 1L23A 103LA 1L56A 1PQMA 3D4SA 1L0JA 260LA 1L76A 1L54A 1L59A 4DJHA 247LA 3LZMA 3DN3A 1QTBA 2RBQA 3DKEX 1L77A 1G0LA 1L42A 139LA 1L95A 1CU6A 1C6LA 1DYGA 1QUHA 4W57A 4EPFA 1L04A 4I7JA 1L91A 142LA 201LA 1P3NA 3L2XA 1LYGA 200LA 3GUMA 2HUMA 242LA 1C60A 155LA 161LA 114LA 1QTCA 217LA 1L01A 1L63A 1OWYA 1L41A 145LA 1G0QA 1T8AA 108LA 1L0KA 1KY0A 2ANVA 3SB5A 1DYDA 1L64A 3ODUA 2B6ZA 1L36A 2HUKA 1KW5A 1L46A 1C62A 1L74A 1TLAA 2OTZX 1L08A 1DYEA 1K28A 1L43A 2RB2X 1L11A 190LA 1L45A 1QT6A 189LA 1CX7A 1CVKA 4DKLA 1L69A 150LA 1P2LA 3NYAA 1C6DA 1L07A 2ANXA 2B75A 1SSYA 228LA 213LA 1L70A 225LA 3HT7A 235LA 4GBRB 1L93A 1B6IA 211LA 1QTVA 205LA 2LZMA 182LA 3OE0A 1OVJA 1D2WA 172LA 255LA 3HTGA 166LA 1L57A 1P56A 3FADA 131LA 3HUQA 1T97A 226LA 120LA 224LA 1C6NA 2OU9A 1QT5A 1L22A 3HDFA 1ZWNA 1L68A 3DMZA 1C6HA 1L82A 1L10A 130LA 222LA 2B70A 4I7NA 2NTHA 1JQUA 115LA 2RB0X 4EKPA 3F9LA 1CV5A 4IAPA 1C6IA 2L78A 1L32A 1C6BA 1PQOA 252LA 7LZMA 4W51A 118LA 1L38A 147LA 261LA 1L05A 245LA 3OE9A 1D3JA 4I7OA 3SB9A 3VW7A 3CDRA 4S0WA 3C83A 1L98A 1C6MA 129LA 1L99A 1LYHA 1QS9A 1SWYA 170LA 1XJUA 1KY1A 3OE8A 1P64A 1L24A 1L83A 2RBPA 2Q9DA 1CU0A 230LA 1LW9A 3HH6A 1SWZA 1L17A 4I7TA 3C7ZA 3C8QA 3SBBC 2QARC 6LZMA 181LA 237LA 1L16A 187LA 138LA 1L81A 1G07A 2F2QA 1L06A 1DYBA 1LYFA 4DAJA 1QT3A 4AQNA 1QTZA 244LA 1JTMA 176LA 1L00A 1L15A 1L48A 3CDOA 4W59A 1LYDA 1G1WA 4EKSA 3JR6A 1L25A 4PJZA 1CU3A 3SB8A 256LA 3GUJA 4K5YA 3PDSA 4I7PA 1KNIA 1OVHA 3HWLA 4ARJA 3FI5A 216LA 3GUKA 240LA 3V2WA 1QS5A 3SB7A 4W52A 1C6PA 3C8SA 3HUKA 4YX7C 1L60A 3SBAA 1L61A 1LYIA 151LA 144LA 3HDEA 1C68A 1L62A 250LA 1PQDA 2RB1X 1WTHA 4W54A 1LWKA 112LA 4EPIA 1C6GA 1OV7A 223LA 1P2RA 2B6YA 219LA 3GUOA 1L71A 2B7XA 1DYAA 4LDOA 1L87A 3RZEA 119LA 1CU5A 152LA 2IGCA 1QSQA 249LA 238LA 3DN6A 1L37A 206LA 1L35A 1T8GA 1L02A 1KW7A 164LA 3GUNA 169LA 2B6XA 1D3NA 2OEAX 3CDQA 157LA 4ARQA 1CTWA 4LDLA 1XJTA 4EJ4A 221LA 241LA 1G0JA 1L89A 1OVKA 2RAZX 3C82A 4LDEA 1L75A 165LA 196LA 1L86A 1SSWA 163LA 1CX6A 107LA 2B72A 1C67A 3HTFA 113LA 125LA 192LA 1G06A 2OU0X 2RBSA 156LA 1C6KA 2QB0B 210LA 3V2YA 3QAKA 246LA 4ARMA 2OE9X 2HULA 3SN6R 111LA 173LA 199LA 215LA 175LA 2RBOA 4YXAC 1L79A 1L30A 1LYEA 1C6AA 1CV0A 180LA 1L90A 1ZURA 1CV1A 220LA 1T6HA 4PK0A 2Q9EA 1KS3A 3DMVA 1C63A 1P37A 4I7KA 1L19A 3OE6A 1G1VA 2OE7X 233LA 2OU8A 1C6CA 2B6TA 1C6JA 1L85A 4LZMA 1C65A 3EMLA 1L34A 1L44A 1L65A 1QUOA 167LA 1P6YA 3HU9A 3G3VA 1L09A 1PQJA 1LYJA 1G0PA 239LA 1C6EA 1CUPA 1QT7A 126LA 209LA 1P36A 1L26A 1L21A 1LI2A 1QT4A 4I7QA 2O7AA 4YXCA 4W53A 3DN4A 2LCBA 3FA0A 1L40A 1L88A 1QSBA 3NY9A 1ZYTA 1L80A 3F8VA 4I7LA 2LC9A 140LA 1D9WA 1CV3A 1CUQA 1C6QA 257LA 171LA 1G0MA 1L84A 141LA 3HU8A 159LA 3RUNA 2OTYX 1LPYA 1QUGA 1L67A 1LI3A 149LA 198LA 2A4TA 3HH5A 253LA 4W56A 1L47A 2O79A 2RBNA 4W58A 1OV5A 4ARQB 1T8FA 3C80A 3DNAA 1LLHA 1C64A 197LA 146LA 258LA 1L03A 174LA 2F47A 3UONA 1L66A 1L27A 4EKRA 1OWZA 232LA 2Z6BA 4GRVA 3HT9A 4E97A 3GUPA 3L64A 243LA 1QT8A 1OYUA 5I14A 162LA 1L53A 214LA 178LA 110LA 3CDVA 3HT8A 1L96A 3PBLA 1NHBA 1PQKA 1C69A 184LA 1DYCA 2F32A 4ARMB 1L97A 143LA 137LA 104LA 1L18A 3HH4A 1P5CA 1CV4A 3DN0A 5LZMA 4ARLA 3C7YA 2NTGA 4OO9A 1L33A 4EKQA 158LA 1L55A 1L92A 3G3WA 3NY8A 2O4WA 1D3MA 1CU2A 3C81A 3HH3A 3C7WA 1QTDA 1I6SA 2RH1A 1P7SA 1L39A 1L51A 1L13A 185LA 3CDTA 1LWGA 4EXMA 177LA 4W55A 1C61A 2OE4X 2B6WA 1LGUA 160LA 188LA 2RBRA 123LA 148LE 183LA 1L52A 3HTBA 2B73A 1PQIA 186LA 1DYFA 254LA 1CV6A 3C8RA 1G0KA 128LA 1LI6A 1L58A 1D2YA 1L73A 1C6TA 1C6FA 1XEPA 1G0GA 1D3FA 3GULA 218LA 3GUIA 3HT6A 1JTNA 1L72A 3DN1A 1QTHA 2RAYX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AMYA 1OUIA 4II8A 1FBIX 1L31A 1SX2A 1QTEA 1DKKA 1YILA 1UUZC 4NSHA 133LA 1QTKA 1V7TA 4M4OA 1CJ9A 4H1PA 1LSFA 1JJ1A 4ZPUA 1L29A 1P46A 4G4CA 4NGYA 4MR1A 3ZVQA 103LA 1PQMA 1L0JA 1L59A 1D0LA 3LZMA 3W6EA 1IWYA 1QTBA 2FBDA 4H9CA 5KXXA 1L95A 1C6LA 2Z12A 4NFVA 1BVKC 4EPFA 1VDSA 1GF9A 1LZ6A 200LA 4UWUA 1GFJA 1LHMA 161LA 1XEIA 4NGVA 3W3EA 217LA 1BWJA 4PRQA 2BQBA 3QY4A 108LA 153LA 1KY0A 2ANVA 4LYZA 1L64A 3AYQA 1YROA 1IO5A 1LMAA 2HUKA 3BKVA 4Z3MA 5I54A 1KW5A 1L46A 2OTZX 1LZ4A 1XGPC 4MCKA 3WL2A 5IDDA 4DQJA 3HFMY 4ANRA 3NYAA 1GFGA 2ANXA 5LYTA 213LA 1EQEA 235LA 1EQ5A 3AZ4A 1L93A 182LA 6LYTA 172LA 255LA 1CJ8A 1LZDA 3HBHA 3HTGA 1IP6A 2Z2EA 5I5QA 4LZTA 9LYZA 5LIOA 1WTMA 224LA 1C6NA 1CKGA 3RNXA 1ZWNA 1L68A 1C6HA 3LN2A 130LA 1WVUA 2AUBA 2RB0X 4DWXA 3F9LA 2D4KA 2L78A 1L32A 1HENA 1BGIA 6LYZA 7LZMA 118LA 1L38A 4ET9A 1C08C 4WM1A 1L05A 1OUJA 1CKFA 5KXPA 4I7OA 3VW7A 1GPQC 1L98A 1SWYA 170LA 2FYDA 1XJUA 4WOAA 1DI5A 1GAYA 1JTOL 1LYYA 4H92A 4NGZA 1UCOA 1VAUA 3IJVA 2MEGA 1GFHA 1TCYA 2CDSA 1KIRC 4TWSA 5KY1A 1YIKA 4HSFA 1GFRA 2EPEA 176LA 4Z41A 1OUHA 4PJZA 3SB8A 3LHMA 2YDGA 7LYZA 1C43A 3PDSA 1JISA 216LA 1LSAA 3HUKA 2Q0MX 1REMA 5LINA 1DQJC 5DN4A 3ULRA 144LA 3AB6A 4GCEA 4EPIA 1BB4A 2BQNA 1GB7A 3W6CA 5LAFA 2F2NA 219LA 4WLDA 5FCPA 4EMNA 2YSSC 2IGCA 1ZMYL 206LA 1L35A 2CWIA 169LA 1D3NA 3CDQA 5APEA 157LA 4BS7A 3A96A 1CTWA 1GAZA 2BQFA 1L89A 2RAZX 4LDEA 1L86A 163LA 1CX6A 4DDAA 1DI3A 2B72A 1C67A 113LA 2RBSA 192LA 4XJFA 1WQQA 210LA 1IP5A 1TAYA 2Z2FA 2HEBA 4HPEA 4PJ2C 3WUMA 1GB3A 4RLNA 2IHLA 1VFBC 1KIQC 1BB3A 2F4AA 4Z46A 3IWRA 1ZURA 2LYOA 1T6HA 3OE6A 2OE7X 1E8LA 1CNSA 1C6CA 4WO6A 5FELA 1OUGA 3RZ4A 5DN5A 1L34A 1MELL 1L65A 3KAMA 3CSQA 1BB7A 1LYSA 1GHLA 1CUPA 209LA 126LA 4NGKA 1P36A 5I4WA 3ATNA 1B9OA 4HJVA 5C6JA 1L21A 4YXCA 1AZFA 4W53A 1B7SA 3FA0A 4KL7A 2I26L 1NBZC 2PC2A 2LC9A 1D9WA 1C6QA 3CQLA 171LA 4UWNA 2LYMA 3HU8A 1LPYA 1GF7A 1WQMA 1L67A 1VDTA 5I4YA 4FDYA 1GE0A 4W56A 2O79A 1LMQA 4WL7A 4XN6A 3DNAA 1IORA 258LA 1GB9A 174LA 2Y8PA 4N1CC 2Z6BA 3GUPA 1YAQA 162LA 1HFYA 3FE0A 1B5VA 1BQLY 3CDVA 184LA 1F6RA 4DD1A 5LVKA 1RFPA 2LYZA 5JENB 1GWDA 4N8ZA 4HJZA 3DN0A 3MGWA 4G9SA 5ILFA 4OO9A 1L33A 1GFVA 158LA 1L92A 1HELA 1A4VA 3NY8A 2O4WA 2C8OA 1T3PA 2RH1A 4H9EA 1L39A 1FKQA 3WU8A 2HEFA 5C6IA 1XGQC 185LA 3CDTA 1NBYC 177LA 2XBSA 3LYMA 123LA 1GBWA 148LE 1REXA 1L52A 4LYBA 186LA 1LKSA 4NHTA 1B2KA 3C8RA 2BQDA 1GXXA 2YBLA 1D6PA 1D2YA 1L73A 1XGUC 5B59A 1F10A 1C6FA 134LA 1XEPA 3HT6A 4DT3A 1JTNA 1ALCA 1GBZA 1GFAA 1L12A 3DN2A 4I7MA 1D0KA 168LA 1LSEA 251LA 3SB6A 4ETBA 2RSCA 212LA 1L94A 1QUTA 1N4FA 3G3XA 2C8PA 1C66A 1W08A 4ARPA 1L49A 3EMSA 236LA 1HEWA 1YL1X 1QUDA 3WPKA 1NDMC 1LJ3A 1L50A 4LYTA 227LA 1GE1A 5I53A 195LA 109LA 1L23A 4H9BA 1L54A 1G7LC 2BLXA 3WULA 1J1PY 1VEDA 3P64A 1L91A 3A34A 5B05A 142LA 3N9CA 1LYGA 2HUMA 1LJHA 1C60A 193LA 2LZTA 1RCMA 1CKHA 1L41A 2B5ZA 1L0KA 5LXWA 3T6UA 2N5ZA 1GB8A 1DYDA 2YBIA 5LAGA 2GV0A 1QUSA 1HNLA 1C62A 1L08A 3LYOA 1L11A 3ATOA 3TXFA 4OWBA 4QY9A 189LA 1LKRA 4IATA 1CVKA 4LYOA 4B4JA 1GFEA 4DKLA 3W6AA 1L07A 1SSYA 228LA 1DKJA 5II3A 3HT7A 1DZBX 1B6IA 4E3UA 211LA 1GBSA 2LZMA 1B7MA 2ZIKA 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4ARMA 2HULA 3WW6A 3SN6R 4H91A 111LA 1OUCA 215LA 175LA 1HFZA 1L79A 3AZ6A 1BWIA 4I0CA 1GF6A 3EO5A 1VATA 1GBYA 1L90A 1CV1A 5E9RA 3N9AA 4PK0A 3RW8A 1P37A 1NKHA 4H9HA 2BQGA 233LA 1NMMA 2OU8A 2CJLA 2BQIA 1IR7A 3LZ2A 1FKVA 4LZMA 1C65A 3CT5A 1XEJA 3EMLA 3WU9A 1QUOA 1YKXX 3G3VA 1PQJA 1LYJA 239LA 3BKHA 1RI8B 2BPUA 2G4QA 2LCBA 4G4HA 5M1YA 1ZYTA 2F4GA 1LJGA 3WXUA 4I7LA 3TMXA 2D4JA 1IWUA 1CUQA 3CB7A 4OOTA 4GN3A 257LA 1G0MA 3WU7A 141LA 3LYZA 4RW1A 159LA 2WARA 2OTYX 1QUGA 4HTQA 1IC4Y 149LA 1GDXA 198LA 3P68A 2A4TA 3HH5A 1JIYA 1H87A 4BADA 4P2EA 1GF4A 1LZYA 5D5CA 3EBAB 2F47A 4PGJB 1GE3A 2D6BA 4I8SA 243LA 3N9EA 1QT8A 178LA 110LA 4DQ5A 1L96A 3PBLA 1A2YC 1PQKA 1IP7A 5B07A 1YKYX 3WH1A 1DYCA 5HNLA 1UIGA 4ET8A 1L97A 1FLUA 4H8YA 3RU5A 3HH4A 1WVVA 1CV4A 4QDNA 1LSDA 4NSIA 5LYZA 1I20A 2NTGA 4XADA 4LGKA 1D3MA 1CU2A 3C81A 1LSBA 4BAFA 1QTDA 4XYYA 1P7SA 4DDBA 3A90A 5FEKA 1UIFA 1KXYA 1GDWA 4ETDA 183LA 4R0FA 1PQIA 254LA 2HECA 5APDA 3FI7A 1DXJA 4HTNA 1L58A 1C6TA 2BQLA 1G0GA 1D3FA 4C5FA 218LA 3DN1A 1IWTA 4GLVA 1HEOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5AMY A;  1OUI A;  4II8 A;  1FBI X;  1L31 A;  1SX2 A;  1QTE A;  1DKK A;  1YIL A;  1UUZ C;  4NSH A;  133L A;  1QTK A;  1V7T A;  4M4O A;  1CJ9 A;  4H1P A;  1LSF A;  1JJ1 A;  4ZPU A;  1L29 A;  1P46 A;  4G4C A;  4NGY A;  4MR1 A;  3ZVQ A;  103L A;  1PQM A;  1L0J A;  1L59 A;  1D0L A;  3LZM A;  3W6E A;  1IWY A;  1QTB A;  2FBD A;  4H9C A;  5KXX A;  1L95 A;  1C6L A;  2Z12 A;  4NFV A;  1BVK C;  4EPF A;  1VDS A;  1GF9 A;  1LZ6 A;  200L A;  4UWU A;  1GFJ A;  1LHM A;  161L A;  1XEI A;  4NGV A;  3W3E A;  217L A;  1BWJ A;  4PRQ A;  2BQB A;  3QY4 A;  108L A;  153L A;  1KY0 A;  2ANV A;  4LYZ A;  1L64 A;  3AYQ A;  1YRO A;  1IO5 A;  1LMA A;  2HUK A;  3BKV A;  4Z3M A;  5I54 A;  1KW5 A;  1L46 A;  2OTZ X;  1LZ4 A;  1XGP C;  4MCK A;  3WL2 A;  5IDD A;  4DQJ A;  3HFM Y;  4ANR A;  3NYA A;  1GFG A;  2ANX A;  5LYT A;  213L A;  1EQE A;  235L A;  1EQ5 A;  3AZ4 A;  1L93 A;  182L A;  6LYT A;  172L A;  255L A;  1CJ8 A;  1LZD A;  3HBH A;  3HTG A;  1IP6 A;  2Z2E A;  5I5Q A;  4LZT A;  9LYZ A;  5LIO A;  1WTM A;  224L A;  1C6N A; 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