1PQDA

T4 lysozyme core repacking mutant core10/ta
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNLIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1pqdA00
143LA 1KY1A 3FI5A 3SB8A 251LA 4E97A 4YXAC 1LGUA 1L17A 4ARPA 1C63A 1L49A 1T97A 2B6ZA 2LCBA 5LZMA 1QT7A 2RAYX 1CU6A 3GUPA 3GUKA 1LW9A 259LA 6LZMA 4LDLA 1L10A 1P36A 161LA 1QTCA 4ARQA 3HH5A 3RUNA 2RAZX 3PDSA 175LA 1C6PA 1L93A 1QTBA 5I14A 4LZMA 1NHBA 2Z6BA 2HULA 4ZPUA 1C65A 2F47A 3K2RA 1L73A 253LA 200LA 3LZMA 1L24A 172LA 3HUQA 188LA 1SWZA 3HH6A 241LA 7LZMA 2L78A 1G0GA 1G06A 1L43A 3C81A 4I7PA 4DKLA 3DMZA 262LA 218LA 1L72A 149LA 176LA 148LE 2B74A 229LA 114LA 1ZWNA 2B6YA 238LA 4W51A 142LA 4W52A 210LA 3PBLA 2QB0B 4W57A 4I7JA 206LA 1C6AA 1L88A 1ZURA 4DJHA 137LA 1G0LA 156LA 1L82A 4I7LA 1L91A 3HWLA 225LA 1CX7A 1C6GA 1L57A 147LA 165LA 187LA 3HTFA 177LA 1P46A 3DN4A 1L16A 3ODUA 3GULA 3DN3A 1L03A 1L54A 3OE9A 1P5CA 3SB9A 180LA 3HDFA 1OYUA 1L53A 3SBBC 1L15A 1L56A 146LA 1DYGA 3GUNA 1L00A 1C6DA 1C6EA 2B6XA 199LA 1CU5A 1DYFA 1QUDA 4I7SA 155LA 150LA 140LA 1JQUA 1L59A 3CDVA 1PQOA 260LA 3G3XA 4PJZA 1LI6A 1CV3A 1L14A 1L13A 1QT8A 4EKPA 1D3NA 1L19A 1T8GA 233LA 1CVKA 212LA 1DYDA 178LA 1L01A 1L09A 1L48A 4I7RA 130LA 1L66A 4W59A 1SX7A 3C8QA 3DN6A 1D2WA 220LA 3HUKA 1L69A 3DN8A 1LYGA 1OVJA 167LA 113LA 1P37A 4I7TA 2O7AA 3HH4A 4ARMA 3DKEX 2O79A 4IAPA 1D2YA 158LA 1JTMA 1L97A 2RBQA 4W54A 1L18A 1QT5A 1P6YA 1L87A 127LA 2RBOA 1KS3A 1C6CA 191LA 3C7YA 123LA 1TLAA 119LA 1WTHA 1L55A 1C6HA 1PQJA 1C61A 4YXCA 3RZEA 209LA 181LA 4LDEA 219LA 2CUUA 1XJUA 1QT4A 3HTBA 144LA 1K28A 2OE9X 1L52A 2OU8A 1CX6A 2NTGA 1L30A 1L46A 1L62A 1QUOA 118LA 1DYEA 1L94A 102LA 1D3MA 1LWKA 174LA 1KNIA 1C68A 3F8VA 152LA 1LYIA 1ZYTA 4DAJA 3CDQA 3SB5A 1CU0A 4ARQB 201LA 1C62A 2RBRA 3D4SA 157LA 3NYAA 4W55A 1EPYA 192LA 1QSBA 255LA 3L64A 1L07A 3HU8A 256LA 1L98A 1CV6A 1C6TA 1SSWA 1P2LA 1L63A 1L47A 1SWYA 1KW7A 1G0JA 1G07A 3OE8A 4W53A 108LA 1L34A 4I7KA 3OE0A 164LA 1C67A 159LA 1L68A 1LGWA 3CDTA 1LI2A 1CV1A 230LA 249LA 1P3NA 1L25A 257LA 4K5YA 1LGXA 4I7MA 125LA 190LA 2Q9EA 3HUAA 2F32A 3C82A 2O4WA 1L02A 3HT7A 1QSQA 1D3JA 1L21A 195LA 1SSYA 2QARC 1QTHA 2ANXA 120LA 1OV7A 3JR6A 246LA 139LA 197LA 1G0PA 3HT6A 1C6MA 2OE4X 4YX7C 107LA 1DYAA 2A4TA 4EJ4A 232LA 2RB2X 3NY8A 1L80A 1C6JA 3HDEA 1L05A 170LA 4EPFA 2RH1A 115LA 1P7SA 4OO9A 111LA 3C80A 160LA 2NTHA 1LI3A 1L31A 228LA 2RBPA 1T6HA 2IGCA 3GUOA 1L83A 1L90A 1QS5A 1C6KA 254LA 1CV5A 138LA 1PQMA 214LA 2B73A 1L71A 1XEPA 3L2XA 2ANVA 1L29A 3GUMA 2RBSA 2RBNA 109LA 1G1WA 2RB0X 2B6WA 1LYEA 2B70A 3VW7A 2OTYX 215LA 1L75A 236LA 4ARMB 2HUKA 1G1VA 3C83A 3DN0A 1KY0A 235LA 3FA0A 104LA 3UONA 1C64A 1QTZA 1L33A 224LA 4EXMA 216LA 1L45A 1T8FA 1L40A 1L76A 3GUIA 3C8RA 162LA 3SBAA 1LWGA 1L39A 1CUPA 3G3WA 3SN6R 1QT3A 227LA 4GBRB 1OV5A 1QTVA 182LA 1XJTA 3HU9A 4ARJA 1OVKA 171LA 1P2RA 2OE7X 231LA 168LA 1L22A 1DYCA 1L85A 1L92A 4W58A 1L38A 1LYHA 1L99A 1L44A 1B6IA 2OEAX 3SB6A 1L60A 3SB7A 245LA 3HT9A 1QT6A 184LA 1CV4A 1L37A 250LA 131LA 1C66A 3C7ZA 1CUQA 1L89A 3C7WA 1L79A 1JTNA 1L12A 1L42A 3F9LA 1OWZA 242LA 1L61A 166LA 1L67A 4I7QA 1L26A 1L35A 3DMXA 185LA 1L08A 145LA 1SX2A 4PK0A 4W56A 186LA 1L74A 1QUHA 205LA 3CDOA 1G0QA 1D3FA 261LA 3OE6A 1L36A 3HTDA 4EPIA 3DN1A 1L86A 169LA 247LA 4AQNA 4GRVA 222LA 1LLHA 1CU2A 2F2QA 4I7NA 1L95A 213LA 4EKRA 1C6IA 2LZMA 4I7OA 122LA 1C6LA 248LA 1L96A 3C8SA 3DN2A 2OTZX 198LA 1OVHA 2RB1X 2HUMA 217LA 173LA 1L50A 3HH3A 4LDOA 234LA 1PQIA 1L28A 252LA 1L04A 1PQDA 1DYBA 1C6FA 1QTDA 1L70A 196LA 1L0KA 1C60A 226LA 1L06A 1L58A 1CTWA 1OWYA 1LYDA 1P64A 1QS9A 1CV0A 163LA 1L65A 3DMVA 4EKSA 3HTGA 237LA 1L11A 1L81A 1C6NA 258LA 3HT8A 211LA 1L23A 2LC9A 2B6TA 110LA 1L0JA 1G0MA 3CDRA 2B75A 1L20A 1QUGA 1L51A 1LYFA 1L77A 1L41A 128LA 3FADA 243LA 3QAKA 2B72A 3DNAA 239LA 223LA 1L27A 1C69A 1KW5A 3NY9A 3GUJA 3V2YA 3V2WA 1L84A 1P56A 1D9WA 221LA 112LA 240LA 183LA 1I6SA 1PQKA 126LA 1L64A 2Q9DA 141LA 2OU0X 1L32A 3G3VA 244LA 2B7XA 1LYJA 4EKQA 1T8AA 1C6BA 3EMLA 4ARLA 151LA 2OU9A 189LA 1CU3A 1G0KA 1C6QA 103LA 1LPYA 129LA 4S0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YXAC 4YF2A 1QIOA 1GFRA 1DQJC 1L17A 1L49A 2DQGY 1LZAA 1CU6A 3GUPA 1XGTC 1LZYA 3GUKA 4DWXA 5LINA 1LZGA 1OUJA 2D6BA 1H6MA 4H92A 1FKVA 3A91A 3PDSA 4HTQA 175LA 1C6PA 2BQBA 2MEBA 2Z19A 2ZWBA 1IR7A 2W1LA 1YAQA 4IATA 3SP3A 4ZPUA 3T6UA 1WQOA 3WU7A 2XBSA 253LA 200LA 3LZMA 1FN5A 172LA 4J1BA 241LA 1G0GA 1LHLA 1NMMA 3N9CA 176LA 2D91A 4AXTA 132LA 3A94A 238LA 2NWDX 142LA 1NHEA 1FBIX 1QSWA 4W57A 1HEOA 1T3PA 4OOTA 4LFPA 137LA 1G0LA 1L82A 4NY5A 1CX7A 2CDSA 1JTPL 147LA 3ODUA 3OE9A 1P5CA 3HDFA 1L53A 1UIFA 154LA 3KAMA 1SLYA 2XQOA 1KIQC 1DYGA 1KIPC 1C6EA 199LA 1CU5A 4I0CA 1IP3A 260LA 2Q0MX 3TXEA 1CV3A 1L13A 1VEDA 1QT8A 5FHWA 1T8GA 1IORA 4N0JA 233LA 1QUTA 1L01A 1L09A 3C8QA 3HUKA 4A7DA 1LZEA 1TBYA 3HH4A 3DKEX 1GE2A 1GFVA 2BQNA 1GF0A 4NHPA 5T3FA 2RBQA 2HECA 4WLYA 1JWRA 1L18A 1ZVYB 5LVGA 4DDCA 2W1MA 2YBLA 1UA6Y 1WQNA 3C7YA 2W1YA 123LA 1LJGA 1QDRA 3AYQA 4KT3A 1L55A 1ALCA 1C6HA 2BQOA 1YKZX 3RZEA 1JIYA 4NGVA 1LHIA 1TAYA 219LA 2CUUA 1XJUA 1VAUA 1QT4A 4L41A 4NHSA 5A3EA 1L30A 1L46A 2AUBA 1QUOA 3EXDA 4NFVA 1B5UA 1TCYA 4H93A 3G3AB 3F8VA 4OW1A 5F16A 1HSXA 1BB5A 1DI5A 5HLLA 3VWOA 3CQLA 2A7FA 5L9JA 4DD7A 2RBRA 157LA 3WPLA 1EQ4A 4W55A 1EPYA 3L64A 4II8A 256LA 2F30A 4WO6A 1C6TA 4WMGA 1NDGC 4WM1A 1B7PA 1RFPA 108LA 4DD1A 1CNSA 4I7KA 1KIRC 1GFKA 1L68A 1LGWA 5B1FA 3TMXA 2Q9EA 5B1GA 3HUAA 2F32A 3C82A 4B0DA 1L02A 4OOOA 1SSYA 2ANXA 120LA 1IP6A 1LMPA 1AKIA 3TMVA 1G0PA 1ZMYL 1CKFA 1F10A 3TMUA 3RU5A 3IWRA 5ILCA 4LYMA 4YX7C 107LA 1DYAA 3NY8A 1XFPL 232LA 2BQKA 1LZNA 2VB1A 1C6JA 3HDEA 3CB7A 1C45A 4EPFA 4LYOA 4XYYA 1LAAA 1OUEA 3C80A 160LA 2NTHA 4PRQA 1DXJA 2Y8PA 4R6CA 1GB6A 3A96A 4WO9A 1JSFA 3A6BY 254LA 138LA 3LYTA 1ZV5L 5B59A 1IOSA 1L29A 2RBSA 1F6RA 1IOCA 1G1WA 1XGQC 5B05A 3VW7A 2B70A 4ARMB 3AZ6A 1C10A 3C83A 2DQJY 235LA 1C64A 216LA 1B9OA 6LYTA 1YROA 1W08A 1LZSA 4YOPA 1L39A 1CUPA 3J6KA 4GBRB 4DQ5A 182LA 4MR1A 4ARJA 171LA 1P2RA 1D6PA 1L22A 1LZ1A 1L38A 1LYHA 1HEWA 3HT9A 4Z41A 4BAFA 4QDNA 5APEA 4QGZA 1REMA 1CUQA 1BB7A 1RE2A 3C7WA 4XJGA 4ETCA 1UIAA 1GF7A 5C6JA 5KXNA 1L61A 4NSHA 3TXIA 4XJFA 3AGIA 4DDAA 1L08A 1C46A 1SX2A 2YSSC 1LJEA 5APCA 186LA 2FYDA 3ATNA 1GFTA 3OE6A 194LA 4U3XB 3HTDA 3AW6A 1IX0A 1UBZA 1L86A 169LA 247LA 4GRVA 1L95A 1GFHA 213LA 4N5RA 3WUMA 4GLAA 5M1YA 4H1PA 3RT5X 5B07A 1VFBC 4OWBA 1LHJA 4LZTA 2RB1X 3TXDA 1GF9A 3HBDA 1LSZA 234LA 252LA 1DYBA 1OUAA 5K7OA 1GEZA 1WVVA 4UWUA 4WL7A 1B7NA 196LA 1B7QA 1LMNA 1VDSA 3WVXA 1CTWA 2HEEA 1CV0A 1L65A 3EBAB 133LA 2GV0A 3W6AA 1CJ8A 1FLQA 1DPWA 2Z39A 3P64A 2YBJA 2Z37A 2LC9A 2B6TA 4HTKA 5I5QA 1L20A 2Z38A 3FADA 1L41A 1GFAA 4LYBA 5APDA 1C69A 1F0WA 4LYZA 1C7PA 221LA 183LA 1I6SA 4XJHA 1L64A 4GCBA 4G9SA 1MELL 1HMLA 1C6BA 1LJNA 3EMLA 1HFYA 151LA 4DD9A 189LA 1CU3A 1G0KA 1C6QA 4CJ2A 103LA 5F81A 4S0WA 1KY1A 3FI5A 1UIEA 1NDMC 4E97A 1UCOA 2A7DA 3AZ5A 4YEMA 1C63A 1T97A 2LCBA 2RAYX 1LSPA 1LW9A 4LDLA 3W6BA 4DD3A 1L10A 1QSAA 1B2KA 3B6LA 1GF6A 5JENB 1QTBA 4LZMA 1EQEA 4H94A 5KKIA 1OUIA 3P4ZA 1C65A 3K2RA 1GF4A 1JEFA 2BQAA 1L24A 5LVIA 3HUQA 3HH6A 1XSFA 2HU1A 7LZMA 1G06A 3DMZA 1VDTA 149LA 1TDYA 4G4HA 5HMJA 2B74A 1ZWNA 1CJ7A 4NSJA 3A95A 2B6YA 3OJPA 4W51A 4W52A 210LA 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1HFZA 1C6MA 2OE4X 2I26L 2ZYPA 3WUNA 1HFXA 4EJ4A 2RB2X 1LSYA 1GB7A 4DQJA 1IWYA 135LA 3A92A 4HV2A 2LZ2A 4G49A 170LA 3B72A 3P65A 1P7SA 3OK0A 4OO9A 4TX7A 228LA 2IGCA 3EMSA 3LYMA 5KXZA 3M18B 1LZ9A 1UIBA 3GUOA 1GDXA 4N1EI 1GB5A 1L83A 1L90A 2PC2A 5KJ9A 2C8OA 1GB8A 4HSFA 3CSRA 2MEDA 4MSTA 1JUGA 4IASA 5LVJA 5I53A 215LA 236LA 2HUKA 2EQLA 3DN0A 1KY0A 3FA0A 4PJ2C 224LA 4EXMA 2CGIA 1L40A 3C8RA 5IHGA 1JSEA 4H9IA 3SBAA 3A93A 4WG7A 2MEAA 1QT3A 3WL2A 1GHLA 1OV5A 1B5YA 3BKHA 5LA5A 4ETAA 4WM3A 2OEAX 1L44A 1L60A 4DT3A 1NWGA 1QTKA 4W96A 1L37A 250LA 4BS7A 2EPEA 1L89A 2BAAA 1HSWA 1L42A 1XGRC 4ML7A 1GE3A 1WQMA 1LZ5A 1BVKC 1L26A 185LA 4TTDA 1FKQA 4PK0A 1QUHA 205LA 261LA 1L36A 4WL6A 3DN1A 1RCMA 222LA 1LLHA 2WARA 2F2QA 5KXMA 1OUGA 3IJUA 1IR9A 4HV1A 1C6IA 4Z3MA 4G4BA 248LA 2OTZX 4ANRA 1VATA 1OVHA 1HC0A 173LA 3F6ZA 1IWWA 1L50A 3LN2A 1L28A 1L04A 1PQDA 3B0KA 3WPJA 1J1PY 1C6FA 4YM8A 1QTDA 1L70A 1LJJA 4WG1A 5IDDA 1HHLA 5KXTA 207LA 1L06A 2BQDA 1WQQA 1GXXA 1C08C 4UWVA 3DMVA 4EKSA 4EOFA 3HTGA 4J1AA 2D4IA 1LKSA 4H91A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YXA C;  4YF2 A;  1QIO A;  1GFR A;  1DQJ C;  1L17 A;  1L49 A;  2DQG Y;  1LZA A;  1CU6 A;  3GUP A;  1XGT C;  1LZY A;  3GUK A;  4DWX A;  5LIN A;  1LZG A;  1OUJ A;  2D6B A;  1H6M A;  4H92 A;  1FKV A;  3A91 A;  3PDS A;  4HTQ A;  175L A;  1C6P A;  2BQB A;  2MEB A;  2Z19 A;  2ZWB A;  1IR7 A;  2W1L A;  1YAQ A;  4IAT A;  3SP3 A;  4ZPU A;  3T6U A;  1WQO A;  3WU7 A;  2XBS A;  253L A;  200L A;  3LZM A;  1FN5 A;  172L A;  4J1B A;  241L A;  1G0G A;  1LHL A;  1NMM A;  3N9C A;  176L A;  2D91 A;  4AXT A;  132L A;  3A94 A;  238L A;  2NWD X;  142L A;  1NHE A;  1FBI X;  1QSW A;  4W57 A;  1HEO A;  1T3P A;  4OOT A;  4LFP A;  137L A;  1G0L A;  1L82 A;  4NY5 A;  1CX7 A;  2CDS A;  1JTP L;  147L A;  3ODU A;  3OE9 A;  1P5C A;  3HDF A;  1L53 A;  1UIF A;  154L A;  3KAM A;  1SLY A;  2XQO A;  1KIQ C;  1DYG A;  1KIP C;  1C6E A;  199L A;  1CU5 A;  4I0C A;  1IP3 A;  260L A;  2Q0M X;  3TXE A;  1CV3 A;  1L13 A;  1VED A;  1QT8 A;  5FHW A;  1T8G A;  1IOR A;  4N0J A;  233L A;  1QUT A;  1L01 A;  1L09 A;  3C8Q A;  3HUK A;  4A7D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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