1ALCA

Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 angstroms resolution. comparison with c-type lysozyme
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
KQFTKCELSQNLYDIDGYGRIALPELICTMFHTSGYDTQAIVENDESTEYGLFQISNALWCKSSQSPQSRNICDITCDKFLDDDITDDIMCAKKILDIKGIDYWIAHKALCTEKLEQWLCEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Calcium binding protein
molecule keywords ALPHA-LACTALBUMIN
publication title Refined structure of baboon alpha-lactalbumin at 1.7 A resolution. Comparison with C-type lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Papio cynocephalus
total genus 40
structure length 122
sequence length 122
ec nomenclature
pdb deposition date 1989-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1alcA00
3RU5A 4ETCA 2D4JA 4ET8A 1IOSA 3WUAA 1JTOL 3TXKA 4Z41A 3WPLA 1HEWA 4WM1A 1IOTA 1MLCE 4KL7A 3ULRA 5L3IA 1HC0A 4B4IA 5DL9A 2G4PA 1CJ7A 1BQLY 1GF6A 2BQKA 1B7MA 2B5ZA 1IP3A 4B1AA 1LSDA 1IP7A 4I8SA 4IASA 3TXBA 3M18B 3TMVA 1XGPC 1GBSA 2HEEA 3EO5A 3T6UA 1YROA 5A3ZA 5KXMA 1IORA 4LYTA 4WL7A 4YF2A 2IFFY 5D5FA 1FKQA 1GB3A 1JITA 1LHIA 1VFBC 2YSSC 4IATA 3TMWA 3WH1A 1LZ5A 5E4PA 1QIOA 4AGAA 1CKGA 5LVHA 3WPKA 1KXXA 3AB6A 4PRQA 3TXFA 3WXUA 4G4HA 4NGVA 1AM7A 8LYZA 2MEFA 4BAFA 5KXLA 1OUHA 1A2YC 1OUBA 1SLYA 4XENA 4DDAA 3A6CY 1XFPL 1NF5A 1OUJA 1OUCA 1REZA 1IIZA 4LYMA 5B06A 1IWYA 4CHXA 4LT1A 2XTHA 4KXIA 2BAAA 4H9HA 4TSBA 3GXRA 4QEQA 3TXHA 5B07A 2W1YA 4NGOA 1VDTA 2ZYPA 4NHIA 5LVKA 1GD6A 2HEAA 2ZQ3A 4PRUA 1HF4A 2D6BA 1HERA 1KIRC 1NBYC 5FELA 5I5QA 3LYTA 5C6IA 2ZNWY 1V7SA 3LYOA 3WUMA 5F9XA 3AYQA 3GXKA 2LYZA 1J1XY 5HNCA 4WM5A 1BVXA 1G7MC 4NSIA 5DN5A 3EMSA 1YILA 2ZNXY 4MR1A 5KXNA 1FLWA 4H8ZA 1B5VA 4TWSA 1LCNA 4ETDA 3W6EA 2MEIA 4BADA 2N5ZA 5B59A 4QDNA 5FEKA 2LZ2A 4NWHA 1WQPA 4J7VA 4DD2A 3N9AA 1XGRC 2G4QA 2BQEA 3WULA 3A8ZA 5I4WA 4X3BA 1D6QA 4U3XB 2GV0A 1EL1A 2VB1A 1GAZA 1LJGA 4NGKA 3D9AC 1LZNA 1IWXA 1B7SA 1D0KA 1ZV5L 3OK0A 5J7CA 2MEAA 1T3PA 4H9BA 4ETEA 2Z2EA 1BB6A 1CKDA 1LTMA 1O23A 2XBSA 3KAMA 1YKXX 4H92A 4NGLA 4OWAA 4QGZA 4WO6A 4B4JA 153LA 1GF7A 5B1GA 1LZ6A 4LFXA 2H9JA 6LYZA 5T3FA 1RJCB 4WM2A 4N5RA 4J1AA 1LJJA 1IY3A 5LA5A 1IX0A 2WARA 4WLTA 1LJHA 4NFVA 1IEEA 4RDSA 2XJWA 1HFZA 4NGJA 4RW1A 3WVXA 4A7DA 6LYTA 1DI4A 1LAAA 1W6ZA 2BPUA 2MEHA 5FDJA 4GCCA 2LYOA 3FE0A 2FYCA 1C7PA 3WVYA 1DKKA 4HPEA 1IY4A 1IWZA 1XGQC 1IR9A 1HFXA 1GB9A 1HNLA 4H9AA 4B0DA 2YBMA 1NHEA 1IWWA 2Z2FA 2ZIKA 4DD7A 4J0LA 1YL0X 132LA 4HJZA 1GAYA 4H8YA 1UA6Y 1LYSA 2ZWBA 4GLVA 2FBDA 4LYCA 4PHIA 4CGEA 4G9SA 1GBYA 1HMKA 1LSNA 1I1ZA 1HSXA 1LJIA 2BQLA 3RT5X 5HLLA 2F4AA 3ATNA 1F6SA 2F2NA 5ILCA 5HNLA 4IJ4A 3BKHA 208LA 5LYZA 1VAUA 1GB6A 1GE0A 1IP4A 1UIEA 1VDPA 4LYZA 3TXDA 4TUNA 3LHMA 1CJ9A 1RE2A 1BWIA 1GE1A 1N4FA 2BQCA 5E9RA 4LT3A 5KXKA 4Z98A 2LYMA 1GFEA 5HMJA 2W1XA 3A93A 3P66A 4CFPA 4ZEEA 193LA 1GFKA 4OW1A 4FDYA 5LAGA 1GFHA 1GBOA 1GFJA 2BQFA 4EOFA 4ET9A 4G49A 1LYZA 1BGIA 3A90A 4N1EI 1H87A 1LMPA 4H9IA 4XJFA 1FKVA 1DI5A 1A4VA 2EIZC 1YAPA 4HJVA 1NMMA 1Z55A 3K3TA 1JPOA 1BB5A 3AGHA 1WVUA 1G7IC 1LJFA 4NG8A 1C45A 4RLMA 3CSZA 3HBEX 1B7OA 5KXZA 134LA 3CT0A 1G7JC 1DPWA 4YENA 1DZBX 1JTPL 1LZAA 3WU9A 1FLUA 4WM6A 1JISA 1C46A 1JUGA 3CB7A 5KXRA 2EQLA 1QUTA 1REYA 2HEFA 4GCBA 2MEEA 1IOQA 4KPMA 4LZTA 4PPOA 1IWTA 3A3QA 1VDQA 1LSFA 3WYHA 4HTKA 5KXTA 1FN5A 1XEJA 2A7FA 4WLXA 1NDGC 2I6ZA 4TSCA 1WQQA 1D0MA 1JJ0A 5I54A 3LZ2A 1ZMYL 4WLYA 1B5UA 2A7DA 1REXA 1XEKA 3A67Y 5F9UA 5A3EA 3BKVA 1QDTA 1CKHA 1RCMA 4PGJB 4UWNA 2Z19A 4GN5C 1JWRA 1IWUA 1PS5A 1TEWA 4YEOA 2C8PA 4CFOA 5KXXA 1TBYA 1SQ2L 1WTMA 5DM9A 1LMQA 1CNSA 1LOZA 1OP9B 1ZVYB 3WL2A 4OOOA 3WMKA 2MEBA 1I20A 1UIFA 1AT6A 1F6RA 1BB3A 3LN2A 5LVGA 2DKVA 4DDCA 1PZYA 3A92A 5LA8A 2G4NA 4LT0A 1BHZA 1YQVY 1YANA 3IJUA 1HFYA 1D6PA 1GFTA 1LYOA 1QTEA 3AJNA 4DWXA 3J4GA 1IP5A 1LJKA 4LT2A 1B7QA 5B05A 3P64A 3B0KA 5I4YA 1IWVA 2FYDA 1FDLY 1GF4A 2DQCY 4NEBA 1H6MA 2MEDA 5APDA 1QDRA 4G4CA 2LHMA 3ZEKA 1LSBA 1LZGA 4WM3A 2Z12A 4NHSA 1TAYA 2F30A 4HSFA 4UWVA 5KXYA 1GPQC 1QSWA 4WLDA 1WQRA 1OUFA 1OUAA 3OJPA 1JJ3A 1WQNA 1BWHA 4XN6A 5LYTA 1FLYA 4RW2A 4YEMA 4NSHA 1YKYX 2Q0MX 1HEPA 1HELA 2XBRA 4Z3MA 1IVMA 1RI8B 133LA 135LA 1CJ6A 2CGIA 3J6KA 3A94A 5DN4A 4OWCA 2BQAA 2HEDA 3HBDA 4FJRA 1DI3A 1BVKC 1JSEA 4XJGA 1LZ4A 3HBHA 1JKCA 3TMUA 2DQGY 4HPIA 4ETBA 1B2KA 1BWJA 1IP6A 1YAOA 3AGGG 1LSGA 1YKZX 1AZFA 5JENB 1C10A 1IR8A 1GFRA 1WQOA 3W6CA 2RSCA 1IR7A 2BQNA 1UACY 1EQEA 3M3UA 4OWEA 2DQHY 4M6DA 4H91A 1GF0A 4NY5A 3ATOA 1LMCA 1I56A 3A34A 1B5WA 4XJDA 3AW6A 2Z39A 4DDBA 4DD3A 4N1CC 4NGWA 2IHLA 1GFVA 1GHLA 4J1BA 4RLNA 1BB4A 1INUA 4P2EA 1B5XA 2AUBA 2BQGA 1YAMA 2Z18A 3A91A 5K7OA 2MEGA 4D9ZA 1HMLA 1LZ9A 2DQAA 5AMYA 1VDSA 1XSFA 1KXYA 2YBLA 4C5FA 4NGYA 1LZSA 1OUIA 1GE2A 5KKJA 5F14A 2ZYCA 4N9RA 1D9UA 4EMNA 5I53A 1GFGA 4TX7A 1GB7A 1TDYA 1KIQC 1B7RA 1XGUC 1HEQA 1UICA 3A96A 1WTNA 2LZTA 5FSTA 1FBIX 3WPJA 2W1LA 207LA 3D3DA 4ETAA 1UIAA 4YM8A 1B7LA 2CJLA 4HTQA 1YAQA 2DQEY 5C6LA 2PC2A 1J1OY 1UIDA 5KXWA 2DBTA 2ZIJA 5IHGA 1GF5A 2YBIA 5LIOA 4XJHA 2BQIA 5IELA 2CDSA 2F4GA 2YVBA 4WL6A 1T6VL 1AT5A 2DQDY 4NSJA 4OOTA 1UIBA 2NWDX 5LVIA 1UIGA 1HHLA 2BQMA 3QE8A 3W6DA 1LHLA 1IC5Y 1QSAA 1UUZC 4N8ZA 1GF9A 3P4ZA 4HV2A 3TMXA 3WU8A 4GN4A 3AGIA 1LZCA 1AKIA 1VATA 2Z37A 4ANRA 3W3EA 4R6CA 4BS7A 4NHQA 4O34A 1JJ1A 1P2CC 4BAPA 4XADA 3W6FA 5FCPA 1UIHA 3P68A 4XYYA 4QY9A 1LSPA 1LZRA 1NKHA 1LZYA 5LINA 1GB8A 1B5ZA 194LA 1LKSA 3TXGA 1DXJA 3CT5A 1CKFA 1F0WA 3B0OA 4NG1A 5EBHA 1QQYA 1IOCA 2DQIY 5APCA 1LHMA 1NQIA 3EXDA 2YBJA 3A6BY 3AZ7A 5F81A 4AXTA 3AZ5A 3WW6A 1BB7A 1GEZA 1WVVA 1NDMC 2D91A 2X0AA 4NIJA 4DD9A 5M1YA 1LKRA 1LMNA 4YOPA 2BLXA 3B6LA 3CQLA 5D5CA 5I4XA 1G7HC 1GBWA 1GEVA 5KKIA 1JKDA 1HSWA 1LZTA 2BQHA 4H90A 9LYZA 5LVJA 3G3AB 1LJNA 2CWIA 1JHLA 4TTDA 4W96A 3WUNA 3CT1A 2H9KA 3ZVQB 2BQJA 1GFAA 1GXXA 3LZTA 154LA 1VEDA 1E8LA 5KXSA 3SP3A 4H9EA 4DT3A 1G7LC 3B72A 5APEA 4HJYA 5L3HA 1EQ4A 4ML7A 1B5YA 4Z46A 3CSQA 1WQMA 3B0IA 1QTKA 3TXIA 1DPXA 4NHPA 1UC0A 4XJBA 1GDXA 1LSZA 3LYMA 7LYZA 1LHKA 4R0FA 1V7TA 4GN3A 1JTTL 4GCFA 3N9EA 1J1PY 1CKCA 1EQ5A 2HU1A 1LSCA 1YIKA 2EPEA 3FI7A 2HTXA 4DC4A 4MSTA 5LXWA 4NGZA 3RW8A 3TXJA 4NHTA 2HEBA 4HTNA 4DYGA 3MGWA 4H9FA 4L41A 3WW5A 3IWRA 4HP0A 4I0CA 2DQFC 5KJ9A 4M4OA 4N0JA 5KY1A 1LHHA 1XEIA 1UCOA 2BLYA 3A3RX 3AW7A 4HV1A 4ZFPA 3QY4A 3HFMY 1GB2A 1LZBA 1HEOA 1LSEA 1RFPA 3AZ4A 1OQMA 1TCYA 5II3A 3IJVA 4CJ2A 1C43A 4ZIXA 1DQJC 1DKJA 1LSMA 3VWOA 1LZEA 1LMOA 3T36A 4B4EA 1LPIA 2YBHA 1LJ4A 1LJ3A 4NWEA 1REMA 5HQ1A 1KXWA 1LYYA 3P65A 2BQBA 5B1FA 3E3DA 3ZVQA 2H5ZA 1FLQA 1IP1A 1KIPC 1XGTC 1OUEA 5FHWA 1LMAA 2FBBA 3A95A 4OWHA 4NGIA 3F6ZA 1B9OA 2D4IA 2ZQ4A 4H9CA 1GWDA 5LYMA 4H94A 5LAFA 5ILFA 4DD1A 2I25L 1GE4A 4W94A 4B49A 4OWBA 1QUSA 3W6BA 3WU7A 4C3WA 4E3UA 2ZILA 2HUBA 4GCEA 1GFUA 4LYOA 4WG1A 1NWGA 3QNGA 3EBAB 3LYZA 4WM4A 1LJEA 2HU3A 1IO5A 3TXEA 1UBZA 1LZDA 3RNXA 4GCDA 4MCKA 1IC7Y 2D4KA 4PJ2C 5L9JA 4LFPA 1GF8A 2DQJY 5KXOA 2C8OA 1IC4Y 3N9CA 1GXV2 4G4BA 1B7PA 1JKBA 4DD0A 1GF3A 1D0LA 3CSRA 1HENA 1ZVHL 2BQOA 1GE3A 1W08A 2YBNA 4KT3A 4LGKA 1OUGA 1YL1X 1IP2A 4H93A 4H8XA 5HMVA 3W6AA 4UWUA 3RZ4A 1JEFA 1GBZA 1LZ1A 2Y8PA 2YDGA 5IDDA 4WOAA 4II8A 4H1PA 1JKAA 3AZ6A 1LSYA 4NSGA 5DLAA 2HECA 5F16A 5C6JA 1JIYA 1NBZC 1ALCA 2W1MA 1B0DA 1B7NA 1GDWA 2Z38A 1GB5A 1JSFA 4WMGA 4XJIA 5APFA 5KXPA 1LMTA 1LZ8A 1GBXA 2EKSC 4WO9A 4GLAA 1OUDA 4LYBA 4WG7A 1LHJA 1GB0A 1LSAA 1C08C 1MELL 2I26L 2MECA 3WXTA 3G3BB 1F10A 2BQDA 1CJ8A 1HEMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K2RA 1IOSA 3WUAA 3C8SA 3WPLA 4KL7A 2G4PA 1GF6A 1BQLY 1IP3A 4EKPA 140LA 2O7AA 4I8SA 1G0GA 141LA 1XGPC 3SB6A 5A3ZA 5KXMA 1IORA 2IFFY 5D5FA 3TMWA 3WH1A 1LZ5A 1QIOA 4AGAA 2A4TA 1C6HA 4GBRB 4BAFA 1OUHA 4DDAA 3HH5A 4I7OA 4QEQA 1CTWA 2W1YA 4NGOA 1VDTA 2ZYPA 200LA 5LVKA 2ZQ3A 5FELA 3LYOA 3GXKA 2LYZA 1J1XY 157LA 1BVXA 175LA 1G7MC 1L68A 4NSIA 4MR1A 1B5VA 5B59A 1LCNA 3CDVA 5FEKA 2LZ2A 4NWHA 1WQPA 4J7VA 4DD2A 1LYHA 119LA 1QTZA 1XJUA 1D6QA 3HTBA 224LA 1GAZA 1LZNA 3OK0A 5J7CA 4ETEA 1CKDA 4H92A 4QGZA 4B4JA 153LA 6LYZA 3GULA 4N5RA 2B75A 1IY3A 5LA5A 2WARA 1LJHA 4RDSA 2XJWA 4NGJA 4RW1A 1DI4A 1LAAA 1W6ZA 1L12A 1L0KA 3FE0A 1C7PA 3WVYA 1DKKA 1HFXA 251LA 1LYEA 4DD7A 1JTNA 4J0LA 132LA 1P64A 1LYSA 165LA 4PHIA 4G9SA 1I1ZA 1L29A 3BKHA 1L67A 5LYZA 1VAUA 3C7YA 1GE0A 1UIEA 3LHMA 1BWIA 1QUHA 1L47A 2LYMA 5HMJA 2W1XA 193LA 4FDYA 1GBOA 2BQFA 4EOFA 4ET9A 4G49A 3A90A 1FKVA 2EIZC 4HJVA 3K3TA 3AGHA 1LJFA 5KXZA 1L05A 1C45A 1WTHA 3HBEX 3CT0A 4YENA 1DPWA 1JTPL 3QAKA 3DN4A 259LA 1L02A 1JUGA 5KXRA 1QUTA 4GCBA 4KPMA 1IOQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RU5 A;  4ETC A;  2D4J A;  4ET8 A;  1IOS A;  3WUA A;  1JTO L;  3TXK A;  4Z41 A;  3WPL A;  1HEW A;  4WM1 A;  1IOT A;  1MLC E;  4KL7 A;  3ULR A;  5L3I A;  1HC0 A;  4B4I A;  5DL9 A;  2G4P A;  1CJ7 A;  1BQL Y;  1GF6 A;  2BQK A;  1B7M A;  2B5Z A;  1IP3 A;  4B1A A;  1LSD A;  1IP7 A;  4I8S A;  4IAS A;  3TXB A;  3M18 B;  3TMV A;  1XGP C;  1GBS A;  2HEE A;  3EO5 A;  3T6U A;  1YRO A;  5A3Z A;  5KXM A;  1IOR A;  4LYT A;  4WL7 A;  4YF2 A;  2IFF Y;  5D5F A;  1FKQ A;  1GB3 A;  1JIT A;  1LHI A;  1VFB C;  2YSS C;  4IAT A;  3TMW A;  3WH1 A;  1LZ5 A;  5E4P A;  1QIO A;  4AGA A;  1CKG A;  5LVH A;  3WPK A;  1KXX A;  3AB6 A;  4PRQ A;  3TXF A;  3WXU A;  4G4H A;  4NGV A;  1AM7 A;  8LYZ A;  2MEF A;  4BAF A;  5KXL A;  1OUH A;  1A2Y C;  1OUB A;  1SLY A;  4XEN A;  4DDA A;  3A6C Y;  1XFP L;  1NF5 A;  1OUJ A;  1OUC A;  1REZ A;  1IIZ A;  4LYM A;  5B06 A;  1IWY A;  4CHX A;  4LT1 A;  2XTH A;  4KXI A;  2BAA A;  4H9H A;  4TSB A;  3GXR A;  4QEQ A;  3TXH A;  5B07 A;  2W1Y A;  4NGO A;  1VDT A;  2ZYP A;  4NHI A;  5LVK A;  1GD6 A; 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 1LYY A;  3P65 A;  2BQB A;  5B1F A;  3E3D A;  3ZVQ A;  2H5Z A;  1FLQ A;  1IP1 A;  1KIP C;  1XGT C;  1OUE A;  5FHW A;  1LMA A;  2FBB A;  3A95 A;  4OWH A;  4NGI A;  3F6Z A;  1B9O A;  2D4I A;  2ZQ4 A;  4H9C A;  1GWD A;  5LYM A;  4H94 A;  5LAF A;  5ILF A;  4DD1 A;  2I25 L;  1GE4 A;  4W94 A;  4B49 A;  4OWB A;  1QUS A;  3W6B A;  3WU7 A;  4C3W A;  4E3U A;  2ZIL A;  2HUB A;  4GCE A;  1GFU A;  4LYO A;  4WG1 A;  1NWG A;  3QNG A;  3EBA B;  3LYZ A;  4WM4 A;  1LJE A;  2HU3 A;  1IO5 A;  3TXE A;  1UBZ A;  1LZD A;  3RNX A;  4GCD A;  4MCK A;  1IC7 Y;  2D4K A;  4PJ2 C;  5L9J A;  4LFP A;  1GF8 A;  2DQJ Y;  5KXO A;  2C8O A;  1IC4 Y;  3N9C A;  1GXV 2;  4G4B A;  1B7P A;  1JKB A;  4DD0 A;  1GF3 A;  1D0L A;  3CSR A;  1HEN A;  1ZVH L;  2BQO A;  1GE3 A;  1W08 A;  2YBN A;  4KT3 A;  4LGK A;  1OUG A;  1YL1 X;  1IP2 A;  4H93 A;  4H8X A;  5HMV A;  3W6A A;  4UWU A;  3RZ4 A;  1JEF A;  1GBZ A;  1LZ1 A;  2Y8P A;  2YDG A;  5IDD A;  4WOA A;  4II8 A;  4H1P A;  1JKA A;  3AZ6 A;  1LSY A;  4NSG A;  5DLA A;  2HEC A;  5F16 A;  5C6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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