3HTDA

(z)-thiophene-2-carboxaldoxime in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3htdA00
3CDVA 2B6ZA 1G0LA 1C64A 1OV5A 1QTZA 1L04A 1QTHA 146LA 3HT7A 3CDQA 1L05A 1PQJA 171LA 2O79A 1L21A 1L19A 1L74A 245LA 4W51A 248LA 1LYFA 1L60A 1PQIA 3GULA 1C69A 145LA 1QTBA 1CV4A 1G06A 2OEAX 1CUPA 120LA 1LW9A 2B6XA 161LA 4DAJA 2B70A 4I7PA 2RH1A 2LZMA 1L34A 1B6IA 158LA 103LA 3FA0A 1P6YA 176LA 2RBOA 1CV0A 1P46A 2O4WA 3G3WA 1KY0A 4EKQA 4W57A 4EPFA 4ZPUA 251LA 1L91A 4S0WA 1L07A 1L80A 170LA 137LA 1ZWNA 150LA 178LA 1L47A 1L02A 1LGXA 152LA 2HULA 3DN4A 1L0KA 107LA 2Q9EA 4I7KA 210LA 1XJTA 1C65A 3C8SA 187LA 1LWKA 102LA 1LYJA 1CX6A 4W54A 3V2YA 123LA 162LA 1L0JA 1G0GA 1L13A 1LYHA 1L25A 1L66A 165LA 3RZEA 1C6GA 1G07A 1L93A 1C6IA 3GUJA 1C6DA 1L53A 4LDLA 250LA 2L78A 1KW5A 1OVHA 128LA 3SB5A 215LA 1QT7A 157LA 3HTBA 3SBAA 156LA 1L64A 1C6PA 1I6SA 118LA 1SWYA 1DYFA 113LA 1CV5A 3SB7A 1L68A 235LA 213LA 1CU0A 2RBRA 1L39A 3C83A 142LA 3GUIA 3OE9A 1L92A 1QT4A 143LA 7LZMA 236LA 1L32A 3OE8A 227LA 147LA 2NTGA 1D2WA 3HUKA 260LA 2QARC 4DKLA 1DYDA 1L83A 4YXCA 1PQMA 1L30A 2F47A 104LA 1L57A 4IAPA 1L20A 1XJUA 1P3NA 1L42A 3GUOA 1L49A 1L24A 1P2LA 1L75A 1OWYA 3L64A 3PBLA 253LA 3D4SA 219LA 1L11A 3DN0A 3HU9A 1L36A 3EMLA 3GUMA 4YXAC 1G0KA 129LA 242LA 191LA 1C60A 1QUGA 2Z6BA 1L00A 1P56A 4ARLA 1T6HA 221LA 216LA 259LA 192LA 2F32A 1EPYA 1L45A 4W53A 1ZYTA 4ARMB 173LA 4I7NA 254LA 2RBNA 155LA 224LA 3C82A 4W55A 2OTZX 223LA 1L81A 2B73A 2LCBA 262LA 1LI6A 1L01A 1L86A 1P5CA 243LA 4K5YA 4W52A 3FADA 181LA 1L55A 1QUOA 1DYBA 1L61A 1L85A 1C6HA 1L65A 109LA 1P7SA 234LA 1L09A 1T8GA 1D3FA 1L41A 1D3JA 2QB0B 1XEPA 112LA 3UONA 1OYUA 1CVKA 1LGUA 1G0JA 225LA 2RBQA 4EKSA 1PQDA 3G3XA 1L48A 1G0QA 4LDOA 3C80A 3CDRA 1CV1A 1C6LA 1L82A 4I7SA 5LZMA 177LA 1C6TA 1CU5A 1L73A 1SWZA 4EKPA 1TLAA 2B6WA 1L96A 1QT6A 238LA 233LA 1CU2A 3DMZA 2B6TA 1G0PA 211LA 1PQKA 3SN6R 1L97A 3OE0A 3SB6A 3NYAA 1L31A 2B75A 148LE 1D3MA 3C7ZA 2CUUA 1T8AA 1L94A 4EKRA 1L63A 2A4TA 2RB2X 110LA 4ARQB 149LA 125LA 172LA 1JTMA 4GRVA 1C66A 1QT5A 4PK0A 127LA 168LA 2OU8A 1C62A 3NY9A 1LI3A 249LA 1CU3A 2HUKA 126LA 1T8FA 3C7YA 1L17A 1L79A 1OVKA 3NY8A 3HDFA 130LA 1CX7A 1L23A 119LA 2RBPA 3HDEA 4EJ4A 220LA 1DYAA 1C6QA 1L03A 3HT9A 3V2WA 196LA 1L08A 3F9LA 1L29A 1D3NA 1L44A 1L87A 2B72A 184LA 3DN1A 1L84A 1KW7A 108LA 4I7JA 160LA 1D9WA 1QS5A 252LA 1L10A 1L28A 1L50A 3HU8A 4I7MA 2OE4X 2RBSA 185LA 3SB8A 206LA 4DJHA 231LA 4I7QA 188LA 3HH6A 1C6KA 3SBBC 4ARMA 1C63A 3HUAA 3CDTA 1CV6A 1LLHA 1L71A 2HUMA 1G1VA 3DN3A 3HH5A 1QUDA 3L2XA 1L37A 1L43A 239LA 1DYGA 1L89A 244LA 1LYGA 1L99A 1KY1A 1QUHA 1CTWA 131LA 1JTNA 1LYEA 199LA 1C6MA 1L69A 1L67A 169LA 182LA 3HUQA 1L59A 2OTYX 164LA 1LWGA 4W58A 1PQOA 4OO9A 114LA 1QT3A 3HT6A 1SSYA 2Q9DA 214LA 2NTHA 3C8QA 1P37A 237LA 3SB9A 198LA 186LA 1L98A 1QSQA 3VW7A 6LZMA 228LA 183LA 3DKEX 4AQNA 1L76A 159LA 1QTDA 218LA 138LA 3GUKA 167LA 3GUNA 2B7XA 111LA 197LA 255LA 1C6NA 1QTVA 232LA 1C61A 3HTDA 3HTGA 2ANXA 1P36A 4ARQA 1CU6A 1L88A 1C6EA 1L06A 1L56A 1C6CA 1CUQA 1P2RA 1QT8A 4PJZA 3K2RA 1C68A 3GUPA 1L52A 4I7LA 4I7TA 1JQUA 3C81A 4W56A 1L38A 1NHBA 1K28A 115LA 3HTFA 1L15A 1C6JA 3LZMA 1DYCA 1C6FA 3HH4A 2IGCA 1G1WA 1KNIA 3DN8A 1QSBA 1L54A 1SX7A 261LA 1T97A 4YX7C 1G0MA 3FI5A 1L18A 180LA 4GBRB 1L40A 4LZMA 1OV7A 174LA 3HH3A 1L22A 3CDOA 1P64A 4E97A 2RB1X 2O7AA 1L12A 1C6AA 1SSWA 1L16A 3OE6A 1KS3A 205LA 2RAZX 140LA 1C67A 1L70A 3HT8A 4EPIA 212LA 1SX2A 3QAKA 1DYEA 3G3VA 122LA 1WTHA 258LA 3DMXA 1QS9A 222LA 139LA 1CV3A 2OU0X 1L51A 1ZURA 1L46A 3RUNA 4I7OA 3ODUA 4EXMA 1QTCA 151LA 3DMVA 246LA 2B6YA 144LA 1LI2A 2OE7X 257LA 3PDSA 229LA 226LA 1L14A 1OVJA 201LA 4I7RA 4ARPA 4ARJA 1LYIA 1L58A 1OWZA 1L72A 2F2QA 2RAYX 3C8RA 256LA 3HWLA 195LA 1L95A 1LYDA 3F8VA 217LA 175LA 209LA 1L62A 2OU9A 2ANVA 3DNAA 190LA 2B74A 4W59A 2OE9X 247LA 1C6BA 2RB0X 3DN6A 5I14A 1L35A 163LA 166LA 2LC9A 1LPYA 1L26A 1D2YA 3C7WA 241LA 1L90A 3JR6A 189LA 141LA 3DN2A 1LGWA 1L27A 230LA 1L77A 240LA 200LA 4LDEA 1L33A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WTMA 2RSCA 3CDVA 2B6ZA 3A3QA 1ALCA 1OUIA 3A96A 4ETBA 5KXWA 1OUFA 1KIRC 2I25L 2DQCY 1L21A 1L19A 1L74A 6LYTA 248LA 1L60A 1GF9A 4QDNA 1YL1X 120LA 1B7SA 4I7PA 1QUSA 4YENA 103LA 1BGIA 4UWNA 5L3HA 3VWOA 1LPIA 3ATNA 2O4WA 3W6FA 1A4VA 4EKQA 4W57A 251LA 1L07A 1IP6A 4H1PA 1ZWNA 2HULA 5D5CA 3D3DA 1L0KA 1VFBC 210LA 4MSTA 8LYZA 1IWUA 1LWKA 1LZ9A 1LYJA 4W94A 2BQNA 4ET9A 1HMKA 1IO5A 1C6GA 1G07A 4HJYA 5KKIA 4HTKA 1C6IA 4WM6A 3WVYA 1IWTA 1C6DA 3WUMA 3TXDA 1B5UA 2L78A 3TMUA 128LA 1LZGA 3A67Y 3SB5A 4E3UA 1AKIA 1GB9A 2FBBA 5KXYA 1SWYA 1L68A 2LHMA 1WQQA 1CKFA 1GFJA 3OE9A 1L92A 1QT4A 143LA 4GN3A 227LA 3HUKA 260LA 4LYZA 2MEEA 4YXCA 1OQMA 2F4GA 2F47A 1DZBX 1L57A 4IAPA 5B1GA 3WH1A 3GUOA 1L24A 4J1AA 1XGRC 1GXXA 1OWYA 1LMNA 3PBLA 1JKDA 219LA 1L36A 1KXXA 1NQIA 4YXAC 3TXBA 2FBDA 1IORA 1LZTA 1GPQC 3SP3A 1T6HA 1LSEA 221LA 3D9AC 2CGIA 3HBDA 1ZYTA 173LA 4H9AA 4I7NA 254LA 5FSTA 155LA 1L81A 2B73A 2LCBA 262LA 2HEAA 1LI6A 2BPUA 1P5CA 4K5YA 4W52A 181LA 1L55A 1QUOA 1L85A 1L65A 5II3A 1CKCA 234LA 2CJLA 1CKHA 1LYZA 2QB0B 5F9UA 1LGUA 2G4QA 4P2EA 3LYMA 1G0QA 4OWCA 1IIZA 3CDRA 1BWHA 1OUCA 4N1CC 1SWZA 3LN2A 2DQEY 1HC0A 3QNGA 3B0KA 1HHLA 2YBLA 4IATA 1TLAA 4GN4A 1QT6A 4RDSA 1OUJA 4H9BA 1GXV2 1TBYA 5LVHA 1BWJA 4XJGA 3DMZA 4NSJA 211LA 1JWRA 4J1BA 5KXSA 1GF4A 5I54A 1WTNA 1LHJA 1J1PY 1L31A 1QDTA 4XADA 4CJ2A 1WQNA 3EO5A 1REYA 1GD6A 1JTMA 1QT5A 1BB7A 4LZTA 168LA 1LZBA 2DQGY 2OU8A 3WPLA 1QQYA 4NGIA 1YANA 1HSWA 1MLCE 3NY8A 1L79A 3HDFA 1CX7A 5KXMA 1ZMYL 1LKRA 1IY3A 3HDEA 3CT0A 1C6QA 4QEQA 1LKSA 2H5ZA 1L08A 3F9LA 1L29A 3A6BY 2B72A 184LA 3CSRA 2LYZA 5FELA 1L84A 4GCFA 1BB5A 4I7JA 3N9EA 3WL2A 160LA 1QUTA 4W96A 4DT3A 2HEFA 3HFMY 1L10A 4KXIA 1L50A 3HU8A 1OUAA 2RBSA 3AGHA 1A2YC 5B05A 5B06A 2EIZC 4O34A 1GB2A 5DN4A 5F81A 4H9CA 2CWIA 4CFPA 1CV6A 1B7QA 1LZSA 4UWUA 1QUDA 1L37A 2AUBA 1DYGA 2HECA 4H8YA 4OOOA 1FKVA 1QDRA 3A92A 4HTQA 1JHLA 1GB0A 1QUHA 3OK0A 131LA 1UIDA 1C6MA 2IFFY 1HENA 1W08A 3HUQA 1L59A 2ZILA 5KXTA 3AGGG 2DKVA 3HT6A 2Q9DA 4LGKA 4AXTA 1P37A 3SB9A 4NIJA 4DD7A 5F14A 1PZYA 2A7FA 3DKEX 1LJIA 1L76A 1QTDA 2F30A 4J7VA 1QTEA 138LA 4CHXA 4DC4A 3GUNA 2A7DA 2MEGA 3M3UA 2G4PA 1QTVA 1CU6A 1L06A 1UA6Y 1CUQA 1SLYA 1VDQA 4NEBA 1YKZX 1GB5A 4FDYA 1B7OA 4ANRA 1DI5A 3WU9A 1LCNA 1MELL 4B4IA 1JQUA 4W56A 5B1FA 5LAFA 5ILFA 1L15A 5C6LA 2D4JA 4RW2A 1KNIA 4YX7C 1GF6A 2VB1A 5FHWA 1IP3A 1B7NA 3RU5A 1IC5Y 3WMKA 154LA 3CSQA 3HH3A 1JJ1A 1FKQA 1NDMC 3CDOA 4DD1A 4B0DA 1W6ZA 4G9SA 1L16A 2YVBA 1KS3A 4EOFA 4WLYA 5LA8A 2G4NA 140LA 4EPIA 212LA 5EBHA 1FDLY 1GWDA 4NGZA 4A7DA 258LA 4H92A 3DMXA 2CDSA 4XJBA 1GFAA 1L46A 1QTCA 2D4IA 2BQCA 1LI2A 1GF8A 3TXIA 2W1MA 4PRQA 4I7RA 1L14A 4ARPA 4ARJA 4KL7A 4N8ZA 2RAYX 1WQPA 3HWLA 4Z41A 1L95A 3F8VA 4TUNA 2OU9A 4DD0A 190LA 5KXXA 3LYOA 1OUBA 4X3BA 1IR9A 4NGJA 2BAAA 2RB0X 1IY4A 1RI8B 1GFGA 2ZIJA 166LA 1LJ4A 3WW6A 5I4YA 1LJGA 241LA 3JR6A 1V7SA 3F6ZA 1LGWA 2HUBA 1L33A 5AMYA 1G0LA 1LZYA 1QTZA 2B5ZA 1QTHA 3WYHA 1PQJA 171LA 4CFOA 1IOQA 3P68A 4W51A 1JKAA 1BWIA 1CV4A 1EL1A 2B6XA 4R6CA 2RH1A 1VAUA 4NHPA 1L34A 1DI3A 1IOSA 1JIYA 1O23A 5LVKA 1JSEA 1DPXA 176LA 2BQDA 4LYOA 2RBOA 2LZ2A 1P46A 5APFA 1Z55A 1KY0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 226L A;  1L14 A;  1OVJ A;  201L A;  4I7R A;  4ARP A;  4ARJ A;  1LYI A;  1L58 A;  1OWZ A;  1L72 A;  2F2Q A;  2RAY X;  3C8R A;  256L A;  3HWL A;  195L A;  1L95 A;  1LYD A;  3F8V A;  217L A;  175L A;  209L A;  1L62 A;  2OU9 A;  2ANV A;  3DNA A;  190L A;  2B74 A;  4W59 A;  2OE9 X;  247L A;  1C6B A;  2RB0 X;  3DN6 A;  5I14 A;  1L35 A;  163L A;  166L A;  2LC9 A;  1LPY A;  1L26 A;  1D2Y A;  3C7W A;  241L A;  1L90 A;  3JR6 A;  189L A;  141L A;  3DN2 A;  1LGW A;  1L27 A;  230L A;  1L77 A;  240L A;  200L A;  4LDE A;  1L33 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1WTM A;  2RSC A;  3CDV A;  2B6Z A;  3A3Q A;  1ALC A;  1OUI A;  3A96 A;  4ETB A;  5KXW A;  1OUF A;  1KIR C;  2I25 L;  2DQC Y;  1L21 A;  1L19 A;  1L74 A;  6LYT A;  248L A;  1L60 A;  1GF9 A;  4QDN A;  1YL1 X;  120L A;  1B7S A;  4I7P A;  1QUS A;  4YEN A;  103L A;  1BGI A;  4UWN A;  5L3H A;  3VWO A;  1LPI A;  3ATN A;  2O4W A;  3W6F A;  1A4V A;  4EKQ A;  4W57 A;  251L A;  1L07 A;  1IP6 A;  4H1P A;  1ZWN A;  2HUL A;  5D5C A;  3D3D A;  1L0K A;  1VFB C;  210L A;  4MST A;  8LYZ A;  1IWU A;  1LWK A;  1LZ9 A;  1LYJ A;  4W94 A;  2BQN A;  4ET9 A;  1HMK A;  1IO5 A;  1C6G A;  1G07 A;  4HJY A;  5KKI A;  4HTK A;  1C6I A;  4WM6 A;  3WVY A;  1IWT A;  1C6D A;  3WUM A;  3TXD A;  1B5U A;  2L78 A;  3TMU A;  128L A;  1LZG A;  3A67 Y;  3SB5 A;  4E3U A;  1AKI A;  1GB9 A;  2FBB A;  5KXY A;  1SWY A;  1L68 A;  2LHM A;  1WQQ A;  1CKF A;  1GFJ A;  3OE9 A;  1L92 A;  1QT4 A;  143L A;  4GN3 A;  227L A;  3HUK A;  260L A;  4LYZ A;  2MEE A;  4YXC A;  1OQM A;  2F4G A;  2F47 A;  1DZB X;  1L57 A;  4IAP A;  5B1G A;  3WH1 A;  3GUO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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