3GUMA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--p-xylene binding
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gumA00
3G3WA 1L40A 1L69A 1WTHA 4YXCA 1L83A 188LA 2LCBA 3C7WA 4W59A 1QT3A 1D3JA 252LA 4PK0A 1L90A 168LA 104LA 3SB8A 221LA 241LA 220LA 199LA 3C8RA 182LA 1L0KA 1DYBA 1QTVA 3DN8A 258LA 4I7QA 138LA 214LA 4I7JA 1L13A 213LA 1L56A 2QB0B 254LA 3RZEA 1D3MA 4W58A 2RBSA 1P2RA 1B6IA 1D2YA 3RUNA 129LA 3C80A 112LA 1KY1A 3DN3A 3DMVA 1L52A 2RBNA 119LA 1L20A 107LA 1CU3A 4W54A 1L55A 2O79A 1C6EA 169LA 191LA 1D9WA 1KW5A 1QT7A 1QUGA 2ANVA 1C6JA 1L96A 2B6YA 247LA 4ARPA 232LA 126LA 4ARQA 4EPFA 201LA 2B6ZA 219LA 211LA 1CV5A 1QT5A 1L72A 1P2LA 1CUPA 1CX6A 1L11A 1QT4A 4W55A 3HH5A 1LI2A 175LA 1L19A 3GUOA 1L62A 1L59A 2RBQA 3DNAA 1K28A 196LA 4DJHA 145LA 1LYEA 1LGXA 1CUQA 1L57A 2HULA 2O4WA 1L21A 2B72A 1L70A 1CV1A 1L82A 1L75A 118LA 195LA 174LA 159LA 1L71A 166LA 1D3NA 4YX7C 1L93A 2Q9EA 128LA 3SBAA 1C6FA 1L00A 1EPYA 4W51A 1L34A 3DMZA 1L0JA 4W52A 1QT6A 3L2XA 157LA 1L01A 1L79A 223LA 3G3XA 1C6HA 4I7PA 2LC9A 3HTFA 1L76A 1NHBA 4YXAC 1L35A 1L42A 1P46A 259LA 1LYFA 178LA 253LA 2B6WA 1L16A 1L67A 115LA 1G0QA 1QUHA 1C6IA 1D2WA 1D3FA 1OYUA 4EKRA 130LA 226LA 3HT9A 1P36A 3OE0A 3HUAA 255LA 1T6HA 1C6QA 1T8GA 1G1WA 4I7LA 239LA 1L28A 1C6PA 2NTGA 3PDSA 3GUKA 1L68A 1C6KA 1L31A 2HUMA 1C64A 1L88A 1QS5A 1CX7A 1L92A 2CUUA 1LYIA 3C8QA 1LLHA 3SBBC 1PQDA 4E97A 242LA 3C82A 256LA 1L65A 1L80A 144LA 3GUMA 2OTZX 151LA 1C61A 3NY9A 3DMXA 1PQOA 2B6XA 3CDOA 3HU9A 2RBOA 248LA 1I6SA 1SSYA 249LA 1L04A 1QSBA 147LA 1DYGA 1G0MA 217LA 197LA 1CV6A 155LA 2Z6BA 1XJUA 176LA 1L09A 2B73A 143LA 3F9LA 245LA 1OWZA 1T8FA 1L86A 1L05A 2A4TA 1L89A 2B70A 114LA 1CU2A 3NYAA 5I14A 1L77A 1L50A 156LA 1ZURA 1C60A 1L41A 1G0KA 1QTDA 1LYJA 4S0WA 230LA 1L81A 162LA 1L03A 110LA 3HDFA 1C65A 3HT8A 173LA 246LA 3DN6A 3OE8A 1PQIA 3SB5A 3V2YA 2HUKA 1L32A 243LA 1LYGA 1L44A 2F47A 3CDRA 2RB2X 1L39A 1P6YA 113LA 1P7SA 4ZPUA 229LA 3OE6A 172LA 215LA 1L51A 2RBPA 1L58A 1L46A 3ODUA 244LA 3HH4A 4LDEA 1P37A 4I7RA 3D4SA 1C6BA 4EKSA 1L85A 250LA 3HT7A 103LA 1CV4A 1DYAA 1LGUA 1TLAA 1KNIA 3G3VA 1C6DA 1L22A 3K2RA 1L10A 3PBLA 3CDQA 4GBRB 3DN0A 161LA 1LYHA 3NY8A 3SB9A 198LA 1CU6A 3VW7A 1CV3A 1C6MA 1QUOA 3JR6A 1L02A 210LA 1L60A 165LA 212LA 4ARMB 260LA 1L12A 3HT6A 1LI6A 228LA 206LA 3UONA 4I7SA 1DYDA 3QAKA 1L91A 6LZMA 1L27A 3DN4A 1P3NA 2OTYX 190LA 3HH3A 2RBRA 1L36A 1QSQA 4I7OA 125LA 2Q9DA 3HDEA 209LA 1L23A 1JTNA 1L25A 109LA 1L14A 189LA 3GUPA 120LA 4EKPA 177LA 1OWYA 1C6CA 1L06A 4OO9A 1CU0A 3C81A 2OE4X 222LA 3HUQA 139LA 123LA 218LA 142LA 4LDLA 1L38A 1LYDA 1OVJA 2LZMA 131LA 1T97A 4I7MA 2O7AA 1C66A 164LA 3SN6R 205LA 4PJZA 3SB6A 262LA 1C69A 150LA 2B6TA 2F32A 1CU5A 1OV7A 231LA 235LA 1L99A 1LWGA 1L17A 2RB1X 1L08A 1P56A 4I7NA 127LA 149LA 4ARQB 170LA 261LA 1CV0A 4DAJA 3C7YA 1LWKA 102LA 2L78A 1QTZA 1JQUA 2OEAX 3HU8A 3HTGA 251LA 225LA 1L84A 3F8VA 4AQNA 216LA 186LA 4K5YA 1L15A 192LA 1L30A 1XEPA 224LA 180LA 1C6AA 4ARJA 1C6GA 3HTDA 1C67A 1L43A 2RAYX 1C6TA 1L26A 1QTCA 1QTHA 4I7KA 185LA 5LZMA 2B75A 4I7TA 1L73A 187LA 236LA 1C63A 1L24A 1L87A 108LA 1L07A 4EJ4A 2NTHA 1L98A 2OE9X 1SWZA 3C8SA 4EKQA 2RAZX 4GRVA 1L97A 3GUJA 1L66A 1L53A 2OE7X 4IAPA 2RH1A 1L48A 1ZYTA 1LPYA 3FADA 2IGCA 1PQKA 184LA 1LGWA 1DYEA 1L74A 1L95A 148LE 1SSWA 183LA 1G0GA 233LA 4EPIA 2B7XA 1G06A 3DN2A 1KS3A 3C83A 146LA 238LA 227LA 163LA 1XJTA 3C7ZA 137LA 1LW9A 1L47A 1P64A 3HTBA 1L63A 2B74A 257LA 1DYFA 2QARC 3DN1A 3GUNA 4EXMA 1P5CA 4W56A 4DKLA 2RB0X 3L64A 2OU9A 1ZWNA 1LI3A 141LA 1L18A 237LA 1L37A 200LA 1T8AA 1G0LA 3CDTA 1L94A 1SWYA 2F2QA 1G07A 234LA 1L45A 4LZMA 1OVHA 3V2WA 111LA 1OV5A 1L33A 1G0PA 4W53A 1L49A 3OE9A 160LA 3HWLA 4LDOA 181LA 1C62A 1JTMA 1C68A 2ANXA 4ARLA 3HH6A 3LZMA 1PQMA 3SB7A 240LA 122LA 2OU8A 167LA 1SX2A 1QT8A 3GULA 1G1VA 2OU0X 1CVKA 1KY0A 1DYCA 7LZMA 1OVKA 1CTWA 158LA 3GUIA 3HUKA 1PQJA 1L64A 3FA0A 1L29A 4W57A 1L61A 152LA 171LA 1KW7A 1QUDA 1SX7A 3DKEX 3FI5A 4ARMA 1QS9A 140LA 1C6LA 3EMLA 1G0JA 1QTBA 3CDVA 1L54A 1C6NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LINA 3G3WA 1FN5A 1L40A 1LHLA 5KXRA 4DQJA 1YROA 1L90A 3A6BY 104LA 1XEKA 3SB8A 221LA 4EMNA 1UCOA 1L0KA 4N5RA 1NMMA 258LA 1B0DA 4I7QA 4KXIA 4ETEA 213LA 1L56A 2QB0B 1VDSA 3LZ2A 3TMUA 1KXXA 1P2RA 1B6IA 1GF9A 129LA 3C80A 1KY1A 5I53A 3DMVA 1L52A 2W1YA 1ZMYL 1CU3A 1L55A 191LA 1QT7A 4IATA 2ANVA 2LHMA 1L96A 4ARPA 4G9SA 4NGIA 1ZVYB 4EPFA 2B6ZA 4H9FA 219LA 211LA 1CV5A 1OUIA 4NGKA 1JKDA 1OUFA 3TXDA 1L19A 3T36A 1L62A 4ETDA 3DNAA 1AM7A 3A34A 1C43A 1CUQA 1L57A 2HULA 1CV1A 1LJHA 1LSAA 118LA 1WQRA 174LA 4XYYA 1CKHA 1GB3A 3ULRA 1RJCB 159LA 3J4GA 1L93A 2BQAA 2Q9EA 1LPIA 1GDXA 4I8SA 3P64A 3P68A 2F4GA 4O34A 1GBWA 3DMZA 5LIOA 4W94A 1QT6A 3L2XA 4WLDA 1L79A 1JJ0A 223LA 3G3XA 1C6HA 4RW1A 4XENA 3WU9A 1NHBA 1L42A 4G49A 5I4XA 1L67A 115LA 3RT5X 2DQJY 5T3FA 5AMYA 1JWRA 1P36A 3OE0A 1B7OA 1D9UA 1G1WA 1GBYA 1LKSA 2NTGA 194LA 1L68A 2HUMA 1QIOA 4ET9A 1QS5A 3CT1A 2CUUA 1LYIA 1PQDA 5M1YA 1GE1A 1YAOA 1L65A 1L80A 3GUMA 151LA 4WG1A 3DMXA 1RE2A 4PJ2C 4GCDA 3CDOA 2RBOA 248LA 1I6SA 1LSBA 5A3EA 1IX0A 249LA 4LT0A 5KXLA 4DDBA 5B1GA 2DBTA 1G7IC 176LA 4OWBA 1HEMA 1YQVY 1LZDA 1IP4A 5I4YA 4NHIA 1IR7A 3WW6A 1WVUA 4HPIA 134LA 1L50A 3AYQA 1GE0A 1C46A 4S0WA 2MEBA 1L81A 1BWJA 4RDSA 1MLCE 5B59A 3CSZA 2G4NA 4LGKA 2ZIJA 1EQ5A 1HENA 3P4ZA 4WL7A 3TXGA 1Z55A 243LA 2HU1A 2H9JA 3CDRA 1VFBC 4PPOA 2ZYPA 4ZPUA 2F2NA 4QGZA 229LA 3OE6A 172LA 1L51A 2RBPA 1L58A 1JJ1A 1L46A 4NSIA 3ODUA 1J1OY 5LYTA 1IC4Y 2N5ZA 1C6BA 1IEEA 1OUJA 1TLAA 1FLQA 3PBLA 3NY8A 4BS7A 1CU6A 2C8OA 3TXFA 3TXBA 4KL7A 2ZQ3A 1L60A 165LA 1TDYA 2BQOA 1LI6A 2DKVA 2H9KA 3UONA 1DYDA 2AUBA 1L27A 3DN4A 2OTYX 4NSJA 2FYDA 5KXKA 1QUSA 2CJLA 1JTNA 1L25A 8LYZA 1QQYA 1NBZC 1LZ9A 5E9RA 4EKPA 177LA 1OWYA 3CSQA 4HSFA 4OO9A 3HUQA 142LA 1VAUA 3QE8A 1OVJA 1T97A 4NIJA 4I7MA 1GB2A 2O7AA 3SN6R 4R0FA 2ZNXY 2FYCA 2F32A 4PGJB 3WVYA 231LA 2BAAA 1RFPA 4P2EA 4Z3MA 4OWEA 1P56A 2W1LA 3LHMA 1I1ZA 170LA 1CV0A 1SLYA 4U3XB 102LA 3B0IA 2L78A 2OEAX 4NFVA 7LYZA 3W6FA 1GB8A 2YBNA 1L84A 3F8VA 4DD1A 3WUMA 192LA 1FLUA 1GE3A 2DQEY 1XEPA 4H9EA 1EL1A 1AT6A 1LMPA 1W08A 5FDJA 1QTCA 5LZMA 2BQFA 2B75A 4M6DA 2BQIA 3AZ5A 1FLYA 1L73A 3AJNA 2MEDA 2HEBA 2DQHY 4AXTA 2ZYCA 1IP6A 3BKHA 2RAZX 3WVXA 5E4PA 4GRVA 1L66A 2OE7X 1KIRC 2RH1A 4G4HA 1YANA 1LZNA 2Z12A 1UBZA 2Z39A 3WYHA 1IWUA 1T6VL 1L95A 1OUEA 1IWWA 4NY5A 1G0GA 233LA 4EPIA 2B7XA 1HSWA 3DN2A 3C83A 3EMSA 4WLTA 1LW9A 2EQLA 2B74A 5KKJA 4B4JA 3DN1A 4EXMA 1BHZA 4DKLA 5C6IA 2OU9A 1ZWNA 141LA 1L18A 237LA 1L37A 4CJ2A 3KAMA 4ZIXA 5IELA 4OWHA 2RSCA 1G0LA 3CT0A 1G07A 1E8LA 1KXWA 1LSFA 5F81A 111LA 1QDRA 3N9AA 4LYCA 181LA 2IHLA 1JTMA 3TXKA 1QTKA 3HH6A 2OU8A 1SX2A 2DQCY 4WM6A 1CVKA 1KY0A 1OVKA 2YDGA 3GUIA 4LT2A 1L29A 1GBXA 1LHMA 171LA 1SX7A 4LYBA 1QS9A 4WO6A 1B7PA 1IO5A 1LZEA 1L69A 1L83A 2XQOA 1D3JA 4OWCA 5C6LA 1JHLA 3B0OA 4H8YA 241LA 220LA 199LA 182LA 1UACY 1QTVA 3DN8A 4TUNA 138LA 214LA 1XSFA 4I7JA 254LA 2YSSC 3RZEA 1V7TA 5KXMA 4H8XA 1IWTA 1FLWA 2RBSA 1B5XA 1D2YA 3W6BA 2BLYA 1GF0A 5HMJA 2O79A 1C6EA 1D9WA 2XBSA 2YBIA 1QUTA 2B6YA 232LA 126LA 1LSPA 1NWGA 1UIGA 5F9XA 1AT5A 4L41A 1P2LA 3WUNA 1DKKA 5F16A 1CX6A 1L11A 1JIYA 4DT3A 1GFGA 1OUAA 1LI2A 1DI5A 1UC0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LIN A;  3G3W A;  1FN5 A;  1L40 A;  1LHL A;  5KXR A;  4DQJ A;  1YRO A;  1L90 A;  3A6B Y;  104L A;  1XEK A;  3SB8 A;  221L A;  4EMN A;  1UCO A;  1L0K A;  4N5R A;  1NMM A;  258L A;  1B0D A;  4I7Q A;  4KXI A;  4ETE A;  213L A;  1L56 A;  2QB0 B;  1VDS A;  3LZ2 A;  3TMU A;  1KXX A;  1P2R A;  1B6I A;  1GF9 A;  129L A;  3C80 A;  1KY1 A;  5I53 A;  3DMV A;  1L52 A;  2W1Y A;  1ZMY L;  1CU3 A;  1L55 A;  191L A;  1QT7 A;  4IAT A;  2ANV A;  2LHM A;  1L96 A;  4ARP A;  4G9S A;  4NGI A;  1ZVY B;  4EPF A;  2B6Z A;  4H9F A;  219L A;  211L A;  1CV5 A;  1OUI A;  4NGK A;  1JKD A;  1OUF A;  3TXD A;  1L19 A;  3T36 A;  1L62 A;  4ETD A;  3DNA A;  1AM7 A;  3A34 A;  1C43 A;  1CUQ A;  1L57 A;  2HUL A;  1CV1 A;  1LJH A;  1LSA A;  118L A;  1WQR A;  174L A;  4XYY A;  1CKH A;  1GB3 A;  3ULR A;  1RJC B;  159L A;  3J4G A;  1L93 A;  2BQA A;  2Q9E A;  1LPI A;  1GDX A;  4I8S A;  3P64 A;  3P68 A;  2F4G A;  4O34 A;  1GBW A;  3DMZ A;  5LIO A;  4W94 A;  1QT6 A;  3L2X A;  4WLD A;  1L79 A;  1JJ0 A;  223L A;  3G3X A;  1C6H A;  4RW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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