2A4TA

Crystal structure of spin labeled t4 lysozyme (v131r7)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAACNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of spin labeled T4 Lysozyme (V131R7
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2a4tA00
1L05A 1LI6A 1K28A 3QAKA 1L02A 211LA 3HTFA 3HTBA 2RBSA 4EXMA 1P6YA 1C69A 235LA 2IGCA 1L65A 1T6HA 4EPFA 1D3NA 3G3XA 1CU6A 3LZMA 4W52A 110LA 1C64A 223LA 1OV5A 4W59A 1P7SA 2B74A 3C81A 1L00A 3GUKA 244LA 3HH3A 1KNIA 3G3VA 3OE0A 230LA 192LA 196LA 225LA 3DMXA 3HT9A 151LA 4I7OA 122LA 171LA 1L73A 1L91A 209LA 1LYJA 2ANXA 102LA 4ZPUA 1L41A 3HTDA 1L95A 3HT8A 183LA 182LA 3C8QA 1QUHA 1L36A 145LA 2B70A 1QTDA 191LA 1LGXA 1ZWNA 231LA 219LA 2RB2X 1CUPA 221LA 1C6LA 1L0JA 1L62A 1LWGA 123LA 1LW9A 1L57A 1T8GA 3C7ZA 146LA 1QS5A 1L15A 1L71A 128LA 1SWZA 1T8AA 4EKSA 167LA 4OO9A 4ARJA 112LA 232LA 1L30A 144LA 3JR6A 1QTCA 1OVKA 3NY8A 3CDRA 1XJTA 2ANVA 1L23A 2OE7X 1DYBA 200LA 4EKPA 4ARQB 1C6EA 3DN0A 4I7PA 2LCBA 131LA 127LA 155LA 247LA 2RH1A 1L56A 4LDEA 1CU3A 180LA 1L93A 2OE9X 2B6WA 1KS3A 1L26A 178LA 1L96A 1DYAA 4ARLA 2F2QA 3HTGA 4GBRB 4W53A 115LA 177LA 2RBRA 1L34A 2B6ZA 2B7XA 1LYHA 1L16A 1QTHA 1L25A 1L0KA 1D3JA 3F8VA 1XEPA 3HH6A 210LA 1L46A 1C61A 1C6TA 164LA 150LA 1L67A 2NTGA 1OWYA 3HT7A 258LA 3FI5A 213LA 161LA 4W51A 2F32A 215LA 4LZMA 2RB0X 163LA 206LA 3G3WA 1L76A 1C6GA 1L68A 1G0QA 3GULA 3DN1A 239LA 259LA 3PDSA 1OV7A 1L80A 3DN8A 198LA 4EKRA 3C7YA 6LZMA 1L33A 1L89A 1SX2A 1KY1A 1XJUA 1QT4A 1CV5A 1C6HA 199LA 1D9WA 1L52A 1QT7A 1P64A 195LA 1QT5A 4E97A 1L27A 3SBBC 1CV4A 1CU0A 227LA 2RB1X 1C66A 1L38A 1SSYA 4IAPA 1LI3A 4YX7C 3C80A 4I7MA 220LA 190LA 1WTHA 1QSBA 253LA 109LA 1LWKA 237LA 4EJ4A 261LA 234LA 3RUNA 4GRVA 3FA0A 1LYEA 250LA 1SX7A 1NHBA 4I7LA 205LA 1L22A 118LA 3GUPA 229LA 1EPYA 3UONA 2Q9DA 3C7WA 4I7RA 3SBAA 1L37A 4DJHA 4I7QA 126LA 141LA 3HWLA 1KY0A 1L17A 2HUKA 4W56A 1L12A 3HH5A 1G1WA 1CTWA 4I7SA 1OYUA 1L18A 189LA 1DYEA 3SB5A 4ARMA 248LA 3HU9A 2B75A 1C6FA 4S0WA 1L01A 1T8FA 3SB7A 233LA 1LLHA 130LA 114LA 166LA 1L35A 1L54A 3GUJA 1PQDA 175LA 1C62A 168LA 4PK0A 2LZMA 262LA 1D2YA 1L21A 4W55A 159LA 1G0KA 1G0JA 1L90A 3K2RA 1L69A 1C63A 1D3FA 1L82A 1C6CA 1L50A 1LYDA 1QS9A 3CDVA 3DMVA 2Q9EA 104LA 1C6BA 4W57A 142LA 1B6IA 1C6JA 1C67A 1L84A 5LZMA 138LA 1CX7A 1L87A 1C6AA 3OE8A 3SB8A 1L98A 5I14A 1L79A 1QT6A 1L85A 1CV6A 3C8RA 2HUMA 3V2YA 1L83A 1C6NA 147LA 2LC9A 172LA 1JQUA 1KW5A 3DN6A 217LA 3DNAA 1OVHA 1QUGA 2RAYX 1L32A 3HUQA 3NY9A 1L70A 2A4TA 2NTHA 1PQIA 158LA 1SWYA 3SB9A 1DYDA 3F9LA 214LA 125LA 1G0LA 1L55A 260LA 1C6QA 188LA 1L03A 1L31A 2OTZX 2B6TA 181LA 1L75A 3HUKA 251LA 1L64A 3NYAA 1L94A 2CUUA 137LA 2RBPA 1L04A 149LA 3HH4A 246LA 4I7NA 2QB0B 1QUDA 7LZMA 1L77A 218LA 3L2XA 1LYIA 187LA 1PQOA 4YXAC 1QSQA 1CV3A 3HUAA 1LPYA 3FADA 1L07A 3CDTA 1G07A 1PQKA 3ODUA 1L44A 140LA 255LA 1L14A 173LA 1LGWA 2HULA 1DYCA 226LA 257LA 1CX6A 1G0MA 1JTMA 1SSWA 2B6XA 1T97A 3EMLA 1L61A 222LA 2OU9A 1C60A 1C6MA 240LA 1QTBA 1CU2A 108LA 241LA 4YXCA 2OU8A 3PBLA 4LDLA 2O4WA 2OE4X 3SN6R 1L66A 120LA 1TLAA 4PJZA 2L78A 3SB6A 3HDEA 1QT8A 186LA 1QTVA 1CV1A 170LA 1CVKA 3DMZA 252LA 3VW7A 3C83A 4W54A 4ARQA 2OTYX 1L72A 1DYGA 1L88A 1L13A 4LDOA 1L74A 107LA 224LA 4I7KA 119LA 3CDQA 1L58A 1P37A 152LA 1G06A 1G0PA 1L29A 1L99A 1L20A 1L86A 139LA 3V2WA 174LA 1CU5A 1QT3A 3DN2A 3DKEX 4DAJA 2B73A 113LA 185LA 2OEAX 1CV0A 1L11A 201LA 2O7AA 4ARPA 1L08A 1LI2A 148LE 1P36A 212LA 1QTZA 3C82A 103LA 1I6SA 3C8SA 3HU8A 1P56A 4ARMB 1LYGA 162LA 245LA 160LA 1ZYTA 129LA 2O79A 4W58A 176LA 3HDFA 1G0GA 4I7JA 216LA 197LA 2F47A 228LA 242LA 3GUIA 1CUQA 3HT6A 1L49A 2RBOA 1KW7A 2B72A 3OE6A 143LA 1L06A 3CDOA 169LA 1L42A 1L53A 1OVJA 1L43A 256LA 3DN3A 3DN4A 3OE9A 238LA 1L97A 1D3MA 1L51A 243LA 4EKQA 1ZURA 1L28A 1C68A 249LA 4DKLA 254LA 1QUOA 3GUNA 1P2LA 1L59A 1L19A 1P3NA 3L64A 156LA 1L48A 4AQNA 3GUOA 1P2RA 1JTNA 2RBNA 184LA 1L09A 1PQJA 2OU0X 2B6YA 157LA 1PQMA 236LA 1C6DA 165LA 1G1VA 1OWZA 1L40A 3RZEA 1D2WA 1L92A 1L60A 2QARC 2RBQA 4I7TA 1C65A 3GUMA 4K5YA 1L24A 1C6IA 1L81A 2RAZX 111LA 1LYFA 4EPIA 1DYFA 3D4SA 1P5CA 2Z6BA 1L63A 1P46A 1L47A 1L45A 1L10A 1L39A 1LGUA 1C6KA 1C6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
211LA 1GBZA 3HTBA 1HNLA 4H92A 4ETCA 1IP4A 1P6YA 1AM7A 1L65A 1ZMYL 1LMOA 4N9RA 1JKCA 1LZCA 1TCYA 5KXNA 4W52A 3W6CA 1OV5A 4YM8A 1W6ZA 3C81A 2BQNA 2BQFA 7LYZA 3GXRA 3G3VA 1GBYA 3DMXA 1CKCA 1L73A 1LSEA 1JSFA 2DQDY 4B0DA 3BKHA 3C8QA 1QUHA 1HFZA 1LJ4A 191LA 1B5VA 1CUPA 221LA 1C6LA 1L62A 2CDSA 1B5ZA 4ARJA 4BAFA 1LJJA 3AZ5A 3CDRA 1YL1X 1FDLY 1L23A 2OE7X 1DYBA 4EKPA 4ZFPA 1OUJA 5LYZA 1LPIA 1LTMA 127LA 4HJYA 2RH1A 1CJ9A 1CU3A 1KIRC 1L93A 2B6WA 1YL0X 1L26A 1SQ2L 4LYOA 2RBRA 1L34A 2B6ZA 1I1ZA 5KXMA 4NY5A 1GF0A 1NHEA 1A4VA 3TXFA 1D3JA 3HH6A 4CHXA 1L46A 5ILCA 3HT7A 161LA 2RB0X 1GFRA 3GULA 4GCCA 239LA 2H9JA 2DQJY 2EKSC 4UWVA 4B4JA 4EKRA 194LA 1HEPA 5II3A 3C7YA 6LZMA 4H1PA 4KPMA 3CQLA 3HBDA 1KY1A 3WH1A 1XJUA 1IX0A 1CV5A 1C6HA 199LA 1L52A 1P64A 4E97A 1GFTA 2FBDA 5IHGA 1BVXA 4GLAA 4H9FA 1C66A 1YKXX 1SSYA 4WOAA 3WUAA 1LI3A 4GCDA 4D9ZA 190LA 3D3DA 1ZV5L 2XBSA 3RUNA 4GRVA 3HBHA 3FA0A 4NGWA 6LYZA 250LA 1XGQC 2HU1A 1SX7A 4XJFA 4I7LA 1EPYA 2Q9DA 1XEIA 1B7NA 1REMA 1HSXA 3CSZA 3VWOA 1TEWA 1L12A 1LZ6A 2LYMA 1D0LA 1CTWA 5IDDA 5LVGA 2YBHA 3P4ZA 1OYUA 1UUZC 1DYEA 3BKVA 1GB3A 1DXJA 1LAAA 3HU9A 4S0WA 1L01A 4HPIA 1LSPA 2MEGA 3P64A 3SB7A 1C7PA 233LA 1LLHA 3AGIA 3GUJA 1C62A 3AGGG 1GF5A 4PRUA 262LA 3WPJA 3W6EA 1L21A 1BWHA 1LCNA 2D6BA 4NGJA 1L69A 1IWVA 1C6CA 1L50A 5HLLA 1WQPA 4LYBA 4W57A 1L84A 1JISA 1LZTA 2Z2EA 3IWRA 2MEIA 1XEKA 4B4IA 1L85A 5K7OA 2IFFY 1VEDA 4B49A 4YF2A 172LA 4MR1A 4HPEA 5I4YA 1KW5A 3DN6A 3M18B 3WPLA 5KXXA 1BB4A 2RAYX 4X3BA 3NY9A 4GN4A 1AKIA 2ZIKA 1A2YC 4G4BA 1L31A 1IWXA 1L75A 4ANRA 4NFVA 9LYZA 1LMTA 3NYAA 5F81A 137LA 3A8ZA 1LSCA 4H8YA 1L04A 2Z2FA 4FJRA 4I7NA 4WMGA 1QUDA 7LZMA 1LKSA 3L2XA 1VDSA 4WO9A 1LMQA 1IR8A 4CFPA 1CKDA 1LSNA 3HUAA 3FADA 1PQKA 1KXXA 2BQEA 1CKFA 1BGIA 4TSCA 4M4OA 1B2KA 2CGIA 257LA 3CT1A 1IP7A 1G0MA 3TXJA 1L61A 222LA 4WM1A 1LZ9A 1NMMA 4B4EA 1C08C 3LYMA 1LZAA 2AUBA 4WM2A 1TLAA 3HDEA 2EIZC 4G9SA 1QTVA 1CV1A 4DD0A 2YBNA 3A96A 4W54A 4ARQA 2OTYX 1L72A 1GE2A 1BB3A 1OP9B 1MELL 2ZQ3A 1G06A 2ZYPA 1L86A 3V2WA 1CU5A 133LA 1QT3A 2LYZA 2YVBA 2B73A 113LA 185LA 1BVKC 2OEAX 1NQIA 1LMNA 201LA 4J0LA 1D0KA 1HFYA 4YENA 1L08A 5J7CA 1YAOA 4WG7A 4LT1A 4ARMB 1LJHA 1J1PY 4ETBA 4HJZA 4HSFA 3IJUA 1ZVYB 4HTQA 4LGKA 4W58A 1UIGA 3WXUA 1HSWA 2F47A 5AMYA 1L49A 143LA 1HELA 3OE9A 4KT3A 2BQCA 1L51A 1OUGA 2D4IA 4XENA 1L28A 135LA 1FN5A 1QUOA 4E3UA 1P2LA 3TMXA 1L48A 2C8PA 4AQNA 5IELA 1JTNA 2H9KA 184LA 1PQJA 1IWYA 157LA 2ZNXY 1G1VA 1LZ8A 1L40A 1L92A 1B9OA 5LAGA 2D4KA 3GUMA 2BLYA 1IWZA 6LYTA 2Q0MX 1GEZA 1XGRC 2RAZX 4EPIA 1JSEA 1DI5A 1GAZA 2Z6BA 1FKQA 1L45A 5KXLA 1UC0A 1LZ5A 4WLXA 3HTFA 2RBSA 3B6LA 2IGCA 2B5ZA 1QSWA 5F16A 1UACY 5LIOA 4EPFA 1IO5A 4DT3A 1WQNA 4C3WA 5HNLA 3WUNA 2MEFA 4NHIA 1WQOA 3LZMA 4DD3A 4PHIA 1JTTL 4DD9A 223LA 1P7SA 4WM6A 3GUKA 4QDNA 2H5ZA 244LA 1T3PA 3HH3A 1FLQA 5FCPA 196LA 1OUDA 4ML7A 1LYJA 4BADA 5B59A 4ZPUA 1L41A 3D9AC 3HTDA 3HT8A 5KKIA 1JEFA 2HEFA 1L36A 2I25L 1QTDA 2PC2A 219LA 2RB2X 4OW1A 4NGLA 1LWGA 123LA 1T8GA 1QS5A 1T8AA 4EKSA 2HUBA 4LYTA 2BQKA 2BQIA 144LA 2F4AA 2HEBA 2BQLA 2C8OA 3NY8A 4NG8A 5B07A 5LYTA 4MSTA 2ANVA 4R0FA 3WPKA 155LA 247LA 4LDEA 4OWAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 211L A;  1GBZ A;  3HTB A;  1HNL A;  4H92 A;  4ETC A;  1IP4 A;  1P6Y A;  1AM7 A;  1L65 A;  1ZMY L;  1LMO A;  4N9R A;  1JKC A;  1LZC A;  1TCY A;  5KXN A;  4W52 A;  3W6C A;  1OV5 A;  4YM8 A;  1W6Z A;  3C81 A;  2BQN A;  2BQF A;  7LYZ A;  3GXR A;  3G3V A;  1GBY A;  3DMX A;  1CKC A;  1L73 A;  1LSE A;  1JSF A;  2DQD Y;  4B0D A;  3BKH A;  3C8Q A;  1QUH A;  1HFZ A;  1LJ4 A;  191L A;  1B5V A;  1CUP A;  221L A;  1C6L A;  1L62 A;  2CDS A;  1B5Z A;  4ARJ A;  4BAF A;  1LJJ A;  3AZ5 A;  3CDR A;  1YL1 X;  1FDL Y;  1L23 A;  2OE7 X;  1DYB A;  4EKP A;  4ZFP A;  1OUJ A;  5LYZ A;  1LPI A;  1LTM A;  127L A;  4HJY A;  2RH1 A;  1CJ9 A;  1CU3 A;  1KIR C;  1L93 A;  2B6W A;  1YL0 X;  1L26 A;  1SQ2 L;  4LYO A;  2RBR A;  1L34 A;  2B6Z A;  1I1Z A;  5KXM A;  4NY5 A;  1GF0 A;  1NHE A;  1A4V A;  3TXF A;  1D3J A;  3HH6 A;  4CHX A;  1L46 A;  5ILC A;  3HT7 A;  161L A;  2RB0 X;  1GFR A;  3GUL A;  4GCC A;  239L A;  2H9J A;  2DQJ Y;  2EKS C;  4UWV A;  4B4J A;  4EKR A;  194L A;  1HEP A;  5II3 A;  3C7Y A;  6LZM A;  4H1P A;  4KPM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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