2C8PA

Lysozyme (60sec) and uv laser excited fluorescence
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Uv Laser-Excited Fluorescence as a Tool for the Visualization of Protein Crystals Mounted in Loops.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2005-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2c8pA00
1A4VA 5LA8A 4TUNA 1HEQA 2C8PA 1WQOA 4LYMA 3LZ2A 1ZV5L 4XJHA 1DZBX 1WVUA 2D4KA 1FDLY 3P4ZA 1TEWA 1GFVA 1GFEA 3WW5A 1TCYA 4N1EI 1FN5A 1HSXA 2BLXA 5B06A 4LZTA 4NHQA 1D6PA 1CJ9A 4HPEA 4NSJA 3J6KA 4J0LA 1FLUA 4NSHA 1AM7A 2XJWA 1C43A 1JSEA 4H9HA 1IP5A 1B9OA 2BQCA 4NHSA 1JKDA 2EQLA 5DM9A 3AW6A 5KXYA 1IR7A 1WTMA 5E4PA 5KXLA 4QDNA 2D6BA 1QSAA 1Z55A 5DLAA 5LVIA 4BADA 4BS7A 3AGGG 5LXWA 1F6RA 3AZ6A 4ET8A 2HEBA 5IELA 1GBOA 1D6QA 1OUGA 4LYBA 1GEVA 4ZEEA 1IIZA 2HEFA 4MCKA 3IWRA 1T3PA 4H8ZA 1XGUC 3A8ZA 5KXWA 1FKQA 1IORA 2BQBA 3AJNA 1NWGA 4H8XA 2BPUA 1GB7A 1G7MC 1HFZA 4CGEA 1C45A 3B6LA 5JENB 3CT1A 4H9EA 2HUBA 1B7SA 4NGIA 1LZBA 4M6DA 4OOOA 1LJHA 1CJ6A 2H9KA 1XGPC 4WG7A 1REYA 4HPIA 1IP4A 1LZYA 5I5QA 1LYOA 4O34A 1NHEA 4DWXA 4NEBA 4WM6A 4GCCA 4HJZA 1LMAA 4B49A 4ET9A 2DBTA 1B5UA 3HBEX 3ZVQA 4J7VA 3J4GA 4I0CA 1JISA 2ZQ4A 132LA 4C5FA 4G4BA 4NHIA 4G9SA 7LYZA 1RJCB 4RLNA 3TMVA 1HSWA 2BAAA 4PRUA 2IFFY 4H9FA 4QY9A 1BWJA 1DKKA 2DQCY 2MEFA 1LJ4A 5B07A 2EPEA 1LJGA 3CB7A 1UA6Y 4NG8A 2MECA 1DI4A 2BQLA 1FLWA 3N9EA 3W6EA 1ALCA 5A3ZA 1IWVA 1IWYA 1LZ5A 4N0JA 5EBHA 5HQ1A 5KXRA 1YL0X 1IR8A 1ZMYL 4WM2A 1LSDA 1YKXX 2XBSA 3P68A 3F6ZA 4NGJA 4OWCA 4UWUA 4GCBA 2YBIA 4LFXA 4U3XB 1EQ5A 1B7RA 2ZWBA 5T3FA 1KIPC 1JSFA 4Z41A 2NWDX 4FJRA 4RLMA 3T36A 2FBBA 8LYZA 1C08C 4RW1A 5KY1A 1YILA 2G4NA 5HLLA 1GFGA 2Z12A 1QSWA 2LHMA 4B4EA 4CFPA 2ZNXY 2ZYPA 1GF3A 1D0KA 2BQMA 3G3BB 1W6ZA 1LZ9A 4RDSA 1GB5A 1UUZC 133LA 2DQFC 5D5FA 1IC4Y 2BQDA 3QE8A 4WO9A 1GHLA 2G4QA 1FLQA 3EO5A 4XADA 3WU7A 1AT5A 1XEJA 5KXNA 1LZDA 3CT5A 3WU9A 1IY4A 4H9IA 4B1AA 2BLYA 4NGZA 4H93A 1EQ4A 5KXZA 4N5RA 1XFPL 1JIYA 3TMXA 1JUGA 1OUCA 3A92A 4GLAA 1KXYA 1AKIA 1LZRA 5L3IA 5L9JA 2ZQ3A 1B5YA 1C46A 1B5ZA 1JPOA 1LJKA 1J1XY 3A95A 4GN3A 4XYYA 2F2NA 4N8ZA 4NSGA 1JJ0A 1WQMA 1LZTA 2DQDY 3D3DA 1IWXA 1YKZX 9LYZA 1DKJA 1JJ3A 3AYQA 1OUAA 4G4HA 1IWWA 3SP3A 1G7IC 1IEEA 4E3UA 3LN2A 1YANA 1HHLA 1A2YC 4WLYA 1B5XA 1JITA 1HMKA 1IX0A 1WQPA 2FYCA 4B4JA 1LJNA 1I20A 2YBLA 4LT2A 1LJFA 5LVHA 1LZNA 1GFUA 2DQJY 3AB6A 3AZ7A 3WL2A 1DQJC 4YEMA 1BB7A 1PZYA 1GBXA 1LOZA 5KXPA 1DPWA 2DQGY 2MEBA 3EBAB 1LTMA 1QQYA 1IWZA 2BQNA 2ZIKA 4NGVA 1LSGA 1LYZA 1TAYA 4QEQA 4NGLA 1MELL 1OP9B 3AGIA 4YEOA 5F16A 1OUEA 5KKJA 208LA 4GCEA 3FE0A 3M18B 5LYZA 1REZA 5B1FA 5II3A 1XGQC 2FYDA 2F30A 1BB3A 1GPQC 4WMGA 4XJDA 3WPKA 4DD2A 1LHIA 1J1OY 4HV1A 1JKCA 4TX7A 4HJYA 4ZIXA 2DQAA 1UIEA 2DQEY 5LVKA 4EOFA 1WQRA 4H90A 3W6CA 2BQAA 1GF4A 3TXFA 1CKDA 1LJ3A 1XEKA 3P66A 2MEDA 1IC7Y 1YQVY 2D4IA 1TBYA 6LYTA 3CT0A 1BQLY 1BB6A 3ULRA 2D4JA 5LAFA 2W1LA 4ETDA 3WW6A 1GDWA 1LHKA 1LZCA 4XJIA 1T6VL 1TDYA 3IJVA 1YAOA 5FELA 5I4WA 1GEZA 3OJPA 1LZEA 1CKCA 1CKHA 1GB8A 3G3AB 2HU3A 1LMQA 4NWEA 1GAZA 3RW8A 4GN4A 1HFYA 4HSFA 3WUAA 4NSIA 2BQGA 2Z18A 4WL6A 1N4FA 4XJGA 5FHWA 2XBRA 3WUNA 4DD0A 3E3DA 4ETAA 5KXKA 153LA 1GE1A 1QUSA 1IO5A 1H6MA 2A7DA 1YKYX 5C6IA 3RT5X 3T6UA 1UBZA 4H91A 4GCFA 3ATOA 1LSYA 1UC0A 3ATNA 4NG1A 1OUJA 4H8YA 2Z2FA 2BQIA 4OWAA 3TMWA 2W1XA 1GB2A 2MEIA 4HP0A 4HTNA 1FBIX 3QNGA 2BQJA 3LYTA 1YAPA 1B2KA 1GD6A 1UIAA 3A3QA 4NGYA 5K7OA 5HNLA 1LKSA 4WM1A 1LSFA 1GE3A 1G7HC 1VEDA 2Z38A 1NBYC 2H5ZA 4PPOA 2BQHA 4XJBA 1JJ1A 3TXKA 3WUMA 4GCDA 5LAGA 2DQHY 4PGJB 4NWHA 4DD1A 3CSRA 1RCMA 1VDPA 2LYOA 1QIOA 5B1GA 2MEHA 3WPJA 5LVJA 2LZTA 2DKVA 2YVBA 2FBDA 3W3EA 2Y8PA 1GBSA 1BB4A 1LZSA 1GE2A 1GF9A 2I6ZA 1QDTA 4WM3A 4WL7A 4DDBA 5APDA 1YIKA 5D5CA 3CSQA 1NQIA 5I53A 2AUBA 5DN4A 1LYSA 1REMA 2HEEA 2YSSC 4TTDA 1HFXA 2CGIA 2YBJA 4NY5A 1B7NA 3TXJA 2DQIY 4LYTA 4NGWA 1IWTA 5KXXA 5KXTA 1XGRC 1JHLA 1HF4A 2MEEA 3A3RX 4XJFA 4DD9A 2VB1A 2WARA 1HELA 1VDSA 2YDGA 1GF8A 4OWBA 5LVGA 1OUFA 1VDTA 3HFMY 1GE4A 4LFPA 5M1YA 3TXIA 3A91A 5ILFA 1YAMA 1BGIA 1EL1A 1LMOA 1NDGC 1B7QA 1BWHA 3TXBA 1UIDA 4WM4A 4G49A 4HTQA 1DI5A 5ILCA 2W1YA 4YENA 3WU8A 2BQKA 2X0AA 1E8LA 1GFAA 1LHHA 2H9JA 1WQQA 4R6CA 3M3UA 3TXGA 5B05A 4KL7A 1RFPA 1SQ2L 1LHMA 4BAFA 2MEAA 2I25L 2CWIA 4WO6A 1CJ7A 1UCOA 4J1BA 1KXWA 2LYZA 2C8OA 4TSBA 4B0DA 1J1PY 1JKAA 1LMPA 1IP3A 1IC5Y 2GV0A 3WVYA 1LSEA 3W6DA 3ZVQB 2ZIJA 1BVXA 5A3EA 3FI7A 4GLVA 4HV2A 3P64A 1GFHA 4AXTA 1GFJA 1LZGA 1EQEA 3AW7A 4NIJA 2HECA 4X3BA 4ANRA 3WXUA 4KPMA 3KAMA 1IOSA 1GB0A 5LYTA 1G7JC 1KIQC 1LPIA 4NFVA 2CDSA 2A7FA 154LA 4W94A 4DT3A 3A93A 1IP6A 1LZ1A 2BQFA 3EMSA 5C6LA 1IP1A 4WLDA 1JTTL 4QGZA 1LSZA 1HC0A 5DN5A 5APCA 1UICA 1CKFA 1IOTA 4UWNA 5J7CA 1HNLA 1VAUA 1XGTC 2I26L 3LYOA 3D9AC 1BWIA 1LSMA 1NF5A 2YBMA 4LYZA 1B7LA 2B5ZA 4YF2A 4OWEA 1LZ4A 5LINA 4YOPA 5L3HA 1B5VA 1GFTA 1LZ6A 1VDQA 3GXRA 1IR9A 3MGWA 1QTEA 2YBNA 1LHJA 3BKVA 1D0LA 1CKGA 2PC2A 1GB3A 4WM5A 1NKHA 4WG1A 3LYMA 135LA 1H87A 3LYZA 4WLTA 1FKVA 1D9UA 2ZILA 2G4PA 5F81A 1GDXA 1GFKA 2RSCA 2CJLA 3CSZA 3BKHA 4ETEA 4DD7A 1DPXA 1OUBA 2LYMA 4H94A 4WOAA 4L41A 1HERA 1ZVYB 1LMCA 4FDYA 1VFBC 1NMMA 1OUDA 4H9BA 4NHTA 1GF7A 4BAPA 2HTXA 3B0IA 3N9CA 4DD3A 5HNCA 1YL1X 2F4AA 1MLCE 1LJEA 3A34A 3AZ5A 134LA 3AZ4A 4DDCA 3RZ4A 4UWVA 4H9AA 2F4GA 1BHZA 1LSBA 1OUHA 4ML7A 1BVKC 4ZFPA 4KT3A 4CJ2A 3WYHA 3TXEA 1W08A 2Z2EA 4LGKA 5IDDA 1HEMA 1D0MA 4LT3A 1GBZA 4WLXA 4Z98A 1GE0A 1JTPL 1WVVA 4DDAA 1LSCA 3A6BY 5AMYA 2W1MA 1HEPA 4NGOA 3WH1A 5KJ9A 1LSPA 4H92A 5HMJA 1OUIA 1F0WA 1HMLA 4G4CA 4MR1A 4OWHA 2HEAA 4PRQA 5E9RA 4LYCA 1I56A 2HU1A 4XN6A 194LA 5FDJA 4ETBA 5I4YA 5F9UA 2XTHA 1G7LC 1GF5A 1LCNA 1QDRA 3P65A 2Z19A 2ZYCA 3B0KA 1BB5A 4H9CA 1HEWA 1QUTA 1NDMC 4NHPA 5LIOA 5KXMA 2LZ2A 3B72A 1IVMA 4J1AA 4AGAA 2BQOA 1GBYA 2Z37A 1JKBA 5IHGA 1RE2A 4C3WA 5I54A 1GB6A 2D91A 1LHLA 5F9XA 3IJUA 1DI3A 1GF6A 4LT0A 4TSCA 4B4IA 3RU5A 4NGKA 2BQEA 3W6AA 3A6CY 5HMVA 3RNXA 4A7DA 1JEFA 4D9ZA 3QY4A 3A90A 1GB9A 1GXXA 1ZVHL 4CHXA 1DXJA 2N5ZA 1V7TA 5FEKA 1UIHA 1INUA 2Q0MX 2Z39A 3LZTA 5F14A 1IOQA 1IWUA 1LZAA 1C7PA 4IATA 5KKIA 4GN5C 1O23A 1JTOL 1P2CC 3WPLA 1XEIA 3K3TA 3HBHA 4N9RA 4OW1A 4P2EA 1KIRC 1IP2A 1B7OA 4N1CC 5LA5A 1QTKA 1I1ZA 2EKSC 1AT6A 1GBWA 3CQLA 4DYGA 207LA 5KXOA 1KXXA 1LMTA 1V7SA 3AGHA 3VWOA 3WMKA 3A96A 3B0OA 5KXSA 3ZEKA 4EMNA 5C6JA 5I4XA 4Z3MA 4Z46A 1UACY 4OOTA 4IASA 1PS5A 1IP7A 1LSNA 1FLYA 4PJ2C 3A94A 1B7MA 5APEA 3TXDA 2MEGA 4DC4A 1GWDA 3EXDA 193LA 3HBDA 4LYOA 1NBZC 1F10A 1CJ8A 2ZNWY 1LJJA 1UIFA 3A67Y 1UIBA 1JWRA 1LYYA 4IJ4A 1GFRA 3N9AA 1IOCA 5APFA 2YBHA 3WVXA 1F6SA 1XSFA 4XENA 1LKRA 1AZFA 1LZ8A 4HTKA 4MSTA 1LJIA 1YAQA 1C10A 3TXHA 1WTNA 3OK0A 1B7PA 1HEOA 1GF0A 1LMNA 1LSAA 4M4OA 4H1PA 5FCPA 1YROA 4I8SA 3W6FA 5B59A 3LHMA 3WXTA 5FSTA 3WULA 4YM8A 3GXKA 4TWSA 5LYMA 6LYZA 1HENA 3TMUA 1B0DA 3W6BA 4RW2A 5DL9A 1OQMA 1B5WA 1GXV2 1CNSA 1WQNA 4KXIA 1GAYA 1RI8B 2HEDA 2IHLA 4R0FA 1LAAA 4PHIA 1IY3A 4HJVA 4W96A 4CFOA 1SLYA 4ETCA 4LT1A 1VATA 1UIGA 1REXA 4II8A 2EIZC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A4VA 192LA 1WVUA 1TCYA 1L87A 4N1EI 2RBRA 5B06A 4HPEA 2F32A 3J6KA 1AM7A 2XJWA 1C43A 2BQCA 3AW6A 1WTMA 1OWYA 1Z55A 1L14A 143LA 154LA 1GEVA 1QTHA 1CTWA 4CGEA 1LZBA 1QUDA 2OTZX 3OE0A 1L92A 4W51A 2DBTA 1B5UA 1CU6A 3HBEX 1JISA 205LA 4NHIA 1RJCB 4RLNA 2IFFY 4QY9A 1DKKA 2MEFA 159LA 1UA6Y 2MECA 1DI4A 171LA 2BQLA 3W6EA 1L73A 1IWVA 2RBSA 5HQ1A 1T8FA 5KXRA 1C6PA 4WM2A 1OYUA 1P5CA 4OWCA 1PQDA 4LFXA 3CDVA 4U3XB 1L51A 1B7RA 5T3FA 1KIPC 2NWDX 1XJUA 8LYZA 2Z12A 1QSWA 2ZYPA 118LA 4RDSA 1GB5A 190LA 133LA 2DQFC 2BQDA 4WO9A 1XEJA 1LZDA 3C7WA 3CT5A 1CU5A 4NGZA 3HUQA 1EQ4A 5KXZA 206LA 4LZMA 4GLAA 3GUPA 2QB0B 1J1XY 4NSGA 2OU9A 1JJ0A 9LYZA 1DKJA 1L23A 3AYQA 1C68A 4E97A 3NY9A 1HHLA 1L77A 1B5XA 1JITA 1HMKA 1WQPA 1QT8A 4LT2A 1L18A 1KW7A 1LJFA 4K5YA 215LA 172LA 3AZ7A 3WL2A 1BB7A 2BQNA 3GUNA 4NGLA 3AGIA 208LA 1REZA 1XGQC 1BB3A 1QTCA 4XJDA 1JKCA 4HJYA 4ZIXA 2DQAA 5LVKA 168LA 1GF4A 3HT7A 1IC7Y 2D4IA 3FI5A 3CDTA 1L30A 1L48A 2ANVA 3CT0A 3HUKA 2D4JA 3F8VA 4ETDA 3WW6A 1YAOA 1PQKA 3OJPA 1GB8A 4ARQB 1LMQA 183LA 4GN4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A4V A;  5LA8 A;  4TUN A;  1HEQ A;  2C8P A;  1WQO A;  4LYM A;  3LZ2 A;  1ZV5 L;  4XJH A;  1DZB X;  1WVU A;  2D4K A;  1FDL Y;  3P4Z A;  1TEW A;  1GFV A;  1GFE A;  3WW5 A;  1TCY A;  4N1E I;  1FN5 A;  1HSX A;  2BLX A;  5B06 A;  4LZT A;  4NHQ A;  1D6P A;  1CJ9 A;  4HPE A;  4NSJ A;  3J6K A;  4J0L A;  1FLU A;  4NSH A;  1AM7 A;  2XJW A;  1C43 A;  1JSE A;  4H9H A;  1IP5 A;  1B9O A;  2BQC A;  4NHS A;  1JKD A;  2EQL A;  5DM9 A;  3AW6 A;  5KXY A;  1IR7 A;  1WTM A;  5E4P A;  5KXL A;  4QDN A;  2D6B A;  1QSA A;  1Z55 A;  5DLA A;  5LVI A;  4BAD A;  4BS7 A;  3AGG G;  5LXW A;  1F6R A;  3AZ6 A;  4ET8 A;  2HEB A;  5IEL A;  1GBO A;  1D6Q A;  1OUG A;  4LYB A;  1GEV A;  4ZEE A;  1IIZ A;  2HEF A;  4MCK A;  3IWR A;  1T3P A;  4H8Z A;  1XGU C;  3A8Z A;  5KXW A;  1FKQ A;  1IOR A;  2BQB A;  3AJN A;  1NWG A;  4H8X A;  2BPU A;  1GB7 A;  1G7M C;  1HFZ A;  4CGE A;  1C45 A;  3B6L A;  5JEN B;  3CT1 A;  4H9E A;  2HUB A;  1B7S A;  4NGI A;  1LZB A;  4M6D A;  4OOO A;  1LJH A;  1CJ6 A;  2H9K A;  1XGP C;  4WG7 A;  1REY A;  4HPI A; 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 1IOQ A;  1IWU A;  1LZA A;  1C7P A;  4IAT A;  5KKI A;  4GN5 C;  1O23 A;  1JTO L;  1P2C C;  3WPL A;  1XEI A;  3K3T A;  3HBH A;  4N9R A;  4OW1 A;  4P2E A;  1KIR C;  1IP2 A;  1B7O A;  4N1C C;  5LA5 A;  1QTK A;  1I1Z A;  2EKS C;  1AT6 A;  1GBW A;  3CQL A;  4DYG A;  207L A;  5KXO A;  1KXX A;  1LMT A;  1V7S A;  3AGH A;  3VWO A;  3WMK A;  3A96 A;  3B0O A;  5KXS A;  3ZEK A;  4EMN A;  5C6J A;  5I4X A;  4Z3M A;  4Z46 A;  1UAC Y;  4OOT A;  4IAS A;  1PS5 A;  1IP7 A;  1LSN A;  1FLY A;  4PJ2 C;  3A94 A;  1B7M A;  5APE A;  3TXD A;  2MEG A;  4DC4 A;  1GWD A;  3EXD A;  193L A;  3HBD A;  4LYO A;  1NBZ C;  1F10 A;  1CJ8 A;  2ZNW Y;  1LJJ A;  1UIF A;  3A67 Y;  1UIB A;  1JWR A;  1LYY A;  4IJ4 A;  1GFR A;  3N9A A;  1IOC A;  5APF A;  2YBH A;  3WVX A;  1F6S A;  1XSF A;  4XEN A;  1LKR A;  1AZF A;  1LZ8 A;  4HTK A;  4MST A;  1LJI A;  1YAQ A;  1C10 A;  3TXH A;  1WTN A;  3OK0 A;  1B7P A;  1HEO A;  1GF0 A;  1LMN A;  1LSA A;  4M4O A;  4H1P A;  5FCP A;  1YRO A;  4I8S A;  3W6F A;  5B59 A;  3LHM A;  3WXT A;  5FST A;  3WUL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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