4RLNA

Hen egg-white lysozyme solved from serial crystallography at a synchrotron source, data processed with nxds
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Room-temperature serial crystallography at synchrotron X-ray sources using slowly flowing free-standing high-viscosity microstreams.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rlnA00
1GB5A 6LYTA 2F4GA 4WLDA 4IATA 4N1EI 2W1MA 1RI8B 4RW1A 3ZVQA 5B59A 1YAPA 4X3BA 1XFPL 1GFGA 2DQIY 2Z12A 4HJYA 3W6CA 1F6SA 3A34A 1IP4A 1A4VA 5F9UA 5F14A 1AKIA 1HELA 2MEHA 4OW1A 1LZ8A 1FKQA 1C10A 5L3HA 1C43A 1UUZC 1RFPA 2FBDA 2IFFY 2ZIJA 4W94A 5I4XA 1KXXA 3WPKA 1UIGA 4AXTA 1RE2A 2BQFA 5LA8A 5B05A 1WQQA 4KT3A 3CB7A 3HBEX 4ZFPA 2Z39A 2ZQ4A 4NHIA 1GE0A 2ZILA 5KXTA 2BAAA 1GXV2 4NGYA 9LYZA 1YROA 5LXWA 3OK0A 2BQOA 1TEWA 5FELA 4DC4A 2A7DA 4H9BA 1GEZA 1DPWA 3WW6A 1JTTL 4UWVA 1JJ0A 4CJ2A 2W1XA 3EBAB 4HP0A 5APEA 4H8YA 5IELA 4NHTA 1OUIA 4YOPA 1GE3A 1XEJA 194LA 1IOCA 1DKKA 1TAYA 5IDDA 3AGHA 4WM1A 5LVJA 2BQNA 3A96A 5I4YA 3B72A 1EQEA 5A3EA 2B5ZA 5I54A 4FDYA 1UIAA 4DWXA 2Z2FA 1TBYA 1UICA 4DD1A 1GAZA 3G3AB 3WVXA 5HLLA 5J7CA 4LT2A 1VAUA 4NHSA 1I20A 1DPXA 2FYCA 2DQAA 3CQLA 3EXDA 1B7LA 2W1LA 4N8ZA 1LCNA 135LA 1B7OA 1QTKA 1GBWA 2HEDA 4ETDA 1HEQA 1JITA 1FLYA 3AB6A 1GB3A 5C6LA 4YF2A 3CSQA 1JPOA 1QIOA 1UBZA 4WOAA 4H9HA 2Z19A 3G3BB 1OP9B 2DQGY 1OUFA 2X0AA 1LJ4A 3A67Y 3P65A 2FBBA 1F6RA 1FKVA 3A8ZA 4XENA 1MELL 4NHPA 4U3XB 1LMPA 4NSHA 3MGWA 4NGVA 4WM4A 4M4OA 5FEKA 3WULA 2D4JA 3AZ7A 1CKHA 3D3DA 4H91A 5AMYA 3LYOA 1NBZC 4B4JA 1LSYA 1HFZA 1QUTA 1GEVA 4HSFA 3WPLA 2DBTA 3TMUA 1DI3A 4D9ZA 5II3A 5ILCA 1GFHA 5APCA 3D9AC 1LJFA 4LT1A 1KXYA 4P2EA 1JUGA 2MEFA 4WMGA 4DDCA 4TX7A 4RDSA 2N5ZA 4GCEA 1GFAA 4LT3A 2YDGA 5KXZA 3WUNA 1JKDA 1IP1A 1UIEA 3AGIA 4N9RA 4PHIA 1GBZA 4LFXA 4XJBA 5LVGA 1IP2A 1NQIA 1LYSA 4NGIA 4GLVA 3OJPA 1AM7A 4OOOA 5I4WA 2BQDA 1LHMA 1O23A 3B0IA 4YM8A 1B7MA 1EL1A 1LHKA 2EKSC 3ZVQB 4I0CA 3ZEKA 2HEEA 1XGUC 1G7JC 1GFKA 1DXJA 3AZ5A 1HNLA 1IP6A 153LA 1YL1X 1CJ6A 1HEOA 5E9RA 4NSIA 4HTNA 2AUBA 2BLXA 3A93A 3TXFA 2XBRA 4IJ4A 1GWDA 5KXLA 2H9JA 1IR7A 1HENA 4WLXA 5HQ1A 2BQBA 1C45A 4NG1A 5C6JA 1LZEA 193LA 1LHLA 5L3IA 4FJRA 1WVUA 134LA 1JTPL 1MLCE 1XEKA 2GV0A 3TXEA 1XGTC 5KY1A 2XBSA 5DM9A 3B0KA 1GBSA 1AZFA 4NGWA 3SP3A 3BKHA 2C8OA 3AZ6A 1B5WA 5F9XA 1NMMA 5FDJA 5KXOA 1B7PA 1D0KA 2D4KA 4IASA 4H9EA 1IWXA 1LKSA 1YKXX 1GE4A 1JSFA 1DKJA 4DD3A 4J1BA 1QSAA 1NDMC 4PPOA 2MECA 1LSFA 2ZIKA 3IJUA 2EQLA 3WUMA 1WQRA 3TXHA 4TTDA 5APDA 2G4NA 4MCKA 1VDQA 1LZGA 3CT1A 1LZ4A 2DQHY 4N5RA 1CJ7A 4NY5A 5KXRA 4R6CA 3LN2A 2DQJY 1KIRC 2HTXA 3ULRA 5LINA 1KIQC 1UACY 5I5QA 2EPEA 1WVVA 1GB7A 4TUNA 1LZSA 5B07A 4H9CA 4H9AA 1CNSA 2Q0MX 2MEAA 4ET8A 4OWHA 2BQGA 2H5ZA 4NGZA 1LSZA 1SLYA 1FLUA 1YL0X 1BHZA 1LSBA 4PGJB 1B5VA 4B49A 3TMVA 1BB4A 1JEFA 1F10A 5KXPA 1B7QA 3EMSA 4J7VA 2BQIA 4MR1A 1LJJA 2NWDX 1LJKA 4WM2A 3A92A 3J6KA 4G9SA 2Y8PA 1C08C 2I26L 4HJVA 1DI5A 1NWGA 2LYZA 4R0FA 1QTEA 2LYOA 2C8PA 1IY4A 4OWBA 1ALCA 1IP7A 1LSNA 3HBHA 5KXWA 1GDWA 1CJ9A 5KXYA 4EMNA 3TMXA 1LJEA 4Z98A 1LMQA 1LZ6A 3RZ4A 1JIYA 1G7MC 1LSEA 4TSBA 1VATA 1D9UA 4NGJA 4QDNA 4AGAA 1HMLA 1LAAA 2I6ZA 2CGIA 5DN5A 1BWHA 2HECA 1FLWA 2YVBA 1LSDA 1YAOA 3GXKA 3VWOA 4GN3A 3W6AA 5B1FA 4ETCA 1B7NA 4ZEEA 4PRUA 4YENA 5LAGA 2ZWBA 5HMJA 3TXBA 1GFVA 3TXGA 1IC4Y 3W6FA 1REZA 3KAMA 1LJGA 4RLMA 4ETEA 1F0WA 3AGGG 1LZYA 1C7PA 1NF5A 3WL2A 3CT5A 4H1PA 5LA5A 3TXJA 5LVHA 4H9FA 2ZQ3A 2LZ2A 1KXWA 2MEEA 3TMWA 1JKCA 2HUBA 2DQDY 4OWEA 1LPIA 4CHXA 2IHLA 4NGKA 1LZRA 4LZTA 4A7DA 4QY9A 1OUCA 1B7RA 1WQMA 5LYZA 1LMAA 3LZ2A 4LYTA 5KXNA 1LKRA 4DD7A 4CGEA 1IORA 1NHEA 2BPUA 1GFEA 1WQOA 3A6CY 3A6BY 2MEDA 1JJ1A 4RLNA 1QSWA 1QDRA 2YSSC 3A3QA 1IP3A 1JKBA 1UIBA 1N4FA 4NSJA 1UIDA 4G4CA 1LYOA 4XJDA 3CSRA 4DD0A 3RU5A 2VB1A 2CDSA 3E3DA 4KL7A 4WL7A 4LFPA 1LJHA 4UWUA 1GB8A 1CKCA 2HU3A 5IHGA 2H9KA 1SQ2L 4E3UA 3WH1A 1B5XA 1DQJC 1BB3A 1V7SA 1GB2A 1D0LA 4OWAA 1B2KA 1LMNA 4GLAA 4L41A 4XN6A 3N9AA 4NG8A 4HTQA 4KXIA 1LSPA 4H8ZA 1LZ9A 1LSCA 5I53A 2YBMA 4G49A 5KXSA 1I1ZA 4WG7A 4DD9A 1H87A 4XJHA 1REMA 1VFBC 1IC5Y 2BQHA 1VDTA 2BQEA 3P4ZA 4NSGA 4WO9A 4CFOA 4G4HA 1GFUA 2BQAA 2HEAA 4Z46A 1B5UA 1IWUA 5FHWA 1XSFA 5KKIA 1HHLA 1B0DA 1YAQA 1WTMA 1OQMA 1RCMA 1IWVA 3BKVA 1GBXA 4WG1A 1FN5A 5E4PA 4WLTA 5B06A 4EOFA 2RSCA 4GCDA 1XGPC 3AW6A 3CT0A 1IWTA 3T6UA 1RJCB 4GCCA 1WQPA 1LZNA 3WVYA 2F4AA 4QGZA 4NFVA 4QEQA 1T3PA 1UIFA 4H8XA 2DKVA 2DQFC 4WL6A 4XYYA 2BQCA 4HPEA 1QDTA 2F30A 3CSZA 4HPIA 3TXKA 1E8LA 1LJ3A 1IY3A 5C6IA 1CKFA 1CKDA 2YBNA 3TXIA 1IP5A 4W96A 2MEIA 1IEEA 1IOSA 3K3TA 1JISA 1WQNA 1GXXA 2ZYCA 1JJ3A 4C3WA 1UCOA 1W6ZA 1AT5A 4PJ2C 5LIOA 4ET9A 4BAFA 1BGIA 2CWIA 4B1AA 1GF6A 1ZV5L 1IWWA 1NBYC 5FSTA 4XJGA 1GE2A 3FI7A 4H92A 1LHJA 2ZNWY 132LA 1TCYA 3IWRA 1KIPC 6LYZA 1HC0A 2CJLA 4DYGA 1OUGA 4LYCA 4XADA 1D0MA 5APFA 3QNGA 1LSGA 3A95A 1HSWA 2BQJA 1IOQA 1LYYA 1OUBA 1LOZA 2A7FA 1UA6Y 4ETBA 4GCFA 4MSTA 5LVKA 1GD6A 5DN4A 1J1XY 1YAMA 3AYQA 1G7IC 4KPMA 2ZYPA 4DDBA 1BB5A 3A91A 1GF0A 2YBJA 1Z55A 3P66A 1LTMA 5T3FA 1NKHA 4OOTA 5K7OA 5KXMA 3WMKA 5FCPA 2YBIA 1GE1A 3RNXA 4NIJA 1XGQC 1C46A 1YIKA 2DQCY 4DD2A 4J0LA 1NDGC 3N9CA 1OUAA 4H9IA 4YEMA 4NEBA 3WXTA 4HTKA 1GF7A 1LHHA 3ATOA 3WXUA 1LZ1A 1FDLY 1BB7A 1J1PY 1HMKA 1BVXA 1OUHA 1VEDA 1HEMA 2G4QA 2XJWA 4ZIXA 4XJFA 2G4PA 4WM3A 5F16A 1B5ZA 1A2YC 1GF4A 1YANA 3B0OA 4BS7A 1B5YA 3P64A 2D4IA 1JSEA 4RW2A 1DZBX 2DQEY 3B6LA 5JENB 3A90A 4NGLA 1JHLA 2Z18A 3M18B 1LJIA 5D5CA 1GF5A 4NGOA 4DDAA 5HNLA 2HEBA 5LVIA 1YKYX 1UIHA 1XGRC 1BB6A 1QUSA 1BWIA 1BWJA 1GF3A 3WW5A 1IOTA 5A3ZA 3M3UA 3T36A 1OUEA 3F6ZA 8LYZA 1H6MA 3FE0A 1EQ4A 1FLQA 1LZTA 5DL9A 5LAFA 2W1YA 5M1YA 2BQLA 2LYMA 2MEBA 1EQ5A 4ANRA 5F81A 3LYMA 1JWRA 2FYDA 1LJNA 1GHLA 1LZDA 1JTOL 2Z2EA 5DLAA 5LYTA 1PS5A 4GCBA 1G7LC 4TWSA 1VDPA 3IJVA 2D6BA 1B7SA 1T6VL 1OUDA 2LHMA 1ZMYL 4LGKA 2D91A 3W3EA 1LZAA 3LYTA 3WU7A 1LMCA 1GBOA 2I25L 3J4GA 1INUA 4Z3MA 5KJ9A 2LZTA 1REXA 4NHQA 1YQVY 5ILFA 4WLYA 5L9JA 1LSMA 7LYZA 1DI4A 2ZNXY 1WTNA 4DT3A 1IWZA 1XEIA 2XTHA 2BQKA 4B4EA 4C5FA 4B0DA 4BAPA 5HNCA 1REYA 1TDYA 1GB6A 3WU8A 3A94A 1LMOA 1FBIX 1GDXA 2F2NA 4N1CC 1HEWA 4WM6A 3W6DA 4H93A 1BQLY 1LMTA 207LA 4GN4A 3W6EA 3W6BA 1HERA 1AT6A 1D6QA 1OUJA 3LYZA 154LA 3QE8A 3TXDA 3EO5A 1IVMA 1D6PA 2BQMA 4N0JA 1IWYA 4NWEA 4TSCA 4LYZA 1HFXA 3A3RX 4LYOA 1GAYA 1P2CC 3AW7A 4ML7A 1LZ5A 4G4BA 1IX0A 3RW8A 1J1OY 2BLYA 2Z38A 4B4IA 3HFMY 4J1AA 4PRQA 4HV2A 3P68A 4OWCA 4UWNA 3WU9A 1GBYA 4BADA 4LT0A 5KXKA 1GB9A 1GB0A 1GFRA 1HF4A 2WARA 1PZYA 3RT5X 1IO5A 1IR9A 3HBDA 1LSAA 208LA 4H90A 4LYMA 1BVKC 3WYHA 5D5FA 1HSXA 1LHIA 1LZCA 1ZVYB 1B9OA 1CJ8A 1YILA 1JKAA 3QY4A 3GXRA 2EIZC 1LZBA 2MEGA 4WM5A 2YBHA 5EBHA 1G7HC 1W08A 4II8A 4Z41A 1GF9A 4ETAA 1QQYA 3AJNA 1GF8A 1GFTA 1YKZX 4GN5C 4O34A 2YBLA 5HMVA 1GPQC 1ZVHL 3N9EA 3LZTA 2HEFA 3WUAA 5KXXA 1IIZA 1I56A 2PC2A 3AZ4A 5KKJA 4NWHA 4H94A 4YEOA 1LYZA 1IR8A 4HJZA 4CFPA 1IC7Y 1V7TA 133LA 2HU1A 5B1GA 3LHMA 4WO6A 5LYMA 1UC0A 1CKGA 1HFYA 4I8SA 4LYBA 4M6DA 2Z37A 4XJIA 3WPJA 1GFJA 4HV1A 1VDSA 1HEPA 3ATNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L80A 1L24A 1XFPL 1AKIA 1UUZC 2FBDA 2ZIJA 3HH5A 221LA 1UIGA 4AXTA 1RE2A 1WQQA 3GULA 2Z39A 2BAAA 1GXV2 1YROA 5LXWA 149LA 2RBPA 4H9BA 3WW6A 1DYDA 1CV6A 4UWVA 1L65A 1B6IA 1C64A 1L99A 1C67A 1SWZA 5LVJA 2BQNA 2OE7X 3B72A 2B5ZA 4FDYA 4DWXA 1DYEA 1UICA 5HLLA 1DPXA 1LYIA 2DQAA 3CQLA 4N8ZA 1HEQA 1JITA 5C6LA 1QIOA 1UBZA 1L0KA 1L58A 1QT3A 251LA 1FKVA 191LA 1MELL 4NSHA 3C7YA 3MGWA 3WULA 3LYOA 1LSYA 1QUTA 185LA 1C60A 5II3A 4D9ZA 5APCA 1SWYA 1L39A 4WMGA 2B6TA 4RDSA 4LT3A 2YDGA 4N9RA 3OE6A 3DN2A 4GLVA 122LA 3FA0A 2HEEA 1XGUC 1G7JC 1DXJA 3HDEA 1HNLA 1IP6A 1YL1X 1CJ6A 5E9RA 4IAPA 4NSIA 2BLXA 2Z6BA 3NYAA 1GWDA 5HQ1A 2BQBA 5C6JA 193LA 250LA 4YXAC 1JTPL 5KY1A 3B0KA 1G0PA 3AZ6A 5KXOA 2D4KA 1L51A 1LKSA 237LA 1DKJA 4PPOA 1L96A 2A4TA 2ZIKA 3SBBC 215LA 253LA 2EQLA 1WQRA 3TXHA 4TTDA 2G4NA 3CT1A 1CUPA 5KXRA 4R6CA 3LZMA 1KIRC 2EPEA 1WVVA 1LZSA 1P46A 1CNSA 2Q0MX 1PQKA 2BQGA 4NGZA 4OWHA 1FLUA 1SX2A 4B49A 4LZMA 5KXPA 175LA 1LJJA 4G9SA 2Y8PA 1C08C 118LA 2C8PA 1IP7A 1QSBA 1CJ9A 4W55A 1LLHA 4Z98A 112LA 4EKSA 1LZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB5 A;  6LYT A;  2F4G A;  4WLD A;  4IAT A;  4N1E I;  2W1M A;  1RI8 B;  4RW1 A;  3ZVQ A;  5B59 A;  1YAP A;  4X3B A;  1XFP L;  1GFG A;  2DQI Y;  2Z12 A;  4HJY A;  3W6C A;  1F6S A;  3A34 A;  1IP4 A;  1A4V A;  5F9U A;  5F14 A;  1AKI A;  1HEL A;  2MEH A;  4OW1 A;  1LZ8 A;  1FKQ A;  1C10 A;  5L3H A;  1C43 A;  1UUZ C;  1RFP A;  2FBD A;  2IFF Y;  2ZIJ A;  4W94 A;  5I4X A;  1KXX A;  3WPK A;  1UIG A;  4AXT A;  1RE2 A;  2BQF A;  5LA8 A;  5B05 A;  1WQQ A;  4KT3 A;  3CB7 A;  3HBE X;  4ZFP A;  2Z39 A;  2ZQ4 A;  4NHI A;  1GE0 A;  2ZIL A;  5KXT A;  2BAA A;  1GXV 2;  4NGY A;  9LYZ A;  1YRO A;  5LXW A;  3OK0 A;  2BQO A;  1TEW A;  5FEL A;  4DC4 A;  2A7D A;  4H9B A;  1GEZ A;  1DPW A;  3WW6 A;  1JTT L;  4UWV A;  1JJ0 A;  4CJ2 A;  2W1X A;  3EBA B;  4HP0 A;  5APE A;  4H8Y A;  5IEL A;  4NHT A;  1OUI A;  4YOP A;  1GE3 A;  1XEJ A;  194L A;  1IOC A;  1DKK A;  1TAY A;  5IDD A;  3AGH A;  4WM1 A;  5LVJ A;  2BQN A;  3A96 A;  5I4Y A;  3B72 A;  1EQE A;  5A3E A;  2B5Z A;  5I54 A;  4FDY A;  1UIA A;  4DWX A;  2Z2F A;  1TBY A; 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 1LMO A;  1FBI X;  1GDX A;  2F2N A;  4N1C C;  1HEW A;  4WM6 A;  3W6D A;  4H93 A;  1BQL Y;  1LMT A;  207L A;  4GN4 A;  3W6E A;  3W6B A;  1HER A;  1AT6 A;  1D6Q A;  1OUJ A;  3LYZ A;  154L A;  3QE8 A;  3TXD A;  3EO5 A;  1IVM A;  1D6P A;  2BQM A;  4N0J A;  1IWY A;  4NWE A;  4TSC A;  4LYZ A;  1HFX A;  3A3R X;  4LYO A;  1GAY A;  1P2C C;  3AW7 A;  4ML7 A;  1LZ5 A;  4G4B A;  1IX0 A;  3RW8 A;  1J1O Y;  2BLY A;  2Z38 A;  4B4I A;  3HFM Y;  4J1A A;  4PRQ A;  4HV2 A;  3P68 A;  4OWC A;  4UWN A;  3WU9 A;  1GBY A;  4BAD A;  4LT0 A;  5KXK A;  1GB9 A;  1GB0 A;  1GFR A;  1HF4 A;  2WAR A;  1PZY A;  3RT5 X;  1IO5 A;  1IR9 A;  3HBD A;  1LSA A;  208L A;  4H90 A;  4LYM A;  1BVK C;  3WYH A;  5D5F A;  1HSX A;  1LHI A;  1LZC A;  1ZVY B;  1B9O A;  1CJ8 A;  1YIL A;  1JKA A;  3QY4 A;  3GXR A;  2EIZ C;  1LZB A;  2MEG A;  4WM5 A;  2YBH A;  5EBH A;  1G7H C;  1W08 A;  4II8 A;  4Z41 A;  1GF9 A;  4ETA A;  1QQY A;  3AJN A;  1GF8 A;  1GFT A;  1YKZ X;  4GN5 C;  4O34 A;  2YBL A;  5HMV A;  1GPQ C;  1ZVH L;  3N9E A;  3LZT A;  2HEF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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