1CUQA

T4 lysozyme mutant v103m
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMMFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Methionine and alanine substitutions show that the formation of wild-type-like structure in the carboxy-terminal domain of T4 lysozyme is a rate-limiting step in folding.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cuqA00
123LA 1L37A 3DMXA 1LGXA 1T97A 1DYDA 4EPFA 2RH1A 4EKQA 144LA 1L46A 171LA 1L87A 3HU8A 1L02A 1L85A 3F8VA 1C6LA 250LA 3CDVA 1L40A 215LA 3DKEX 214LA 1L79A 2L78A 2RBOA 1WTHA 2OTZX 176LA 1L55A 1SWYA 240LA 1L36A 1C6CA 1SSWA 1CUPA 1NHBA 1P46A 1XJTA 1L24A 181LA 259LA 2OU9A 1LLHA 3VW7A 1LYJA 1ZYTA 3HUKA 148LE 3RUNA 1PQDA 186LA 1D3MA 3CDTA 1L59A 3SB5A 175LA 130LA 246LA 1C61A 1C6DA 1L73A 1L18A 1LWKA 213LA 2ANVA 2RAYX 3NY9A 180LA 1L10A 2B6XA 158LA 1C68A 1L82A 1DYBA 1G1VA 1LI3A 1L80A 1CV5A 4I7MA 1C6IA 251LA 1L0JA 1L17A 1L20A 1L38A 254LA 4ARPA 156LA 170LA 1L56A 1L54A 229LA 1G0JA 2LC9A 1P6YA 4I7TA 3FI5A 1L77A 227LA 3DN3A 1C6BA 3HT9A 1ZURA 1LYFA 2F47A 140LA 1DYGA 103LA 150LA 1OWZA 1QTZA 3C8SA 185LA 147LA 3HDEA 1OV7A 1C6EA 1QUHA 1L93A 162LA 2OU0X 1L74A 201LA 3C7YA 163LA 2RB1X 1G0GA 172LA 1C69A 118LA 1PQIA 1L21A 1QT4A 219LA 1L08A 3DN0A 182LA 2B6TA 3SBBC 137LA 225LA 141LA 1LYHA 177LA 1L64A 1OVHA 205LA 4EKRA 1P2RA 1KNIA 3HU9A 223LA 1LW9A 3GUPA 3HH3A 1L00A 1K28A 1L41A 3SN6R 3OE9A 216LA 1L96A 1LYGA 3SB6A 1L62A 195LA 4ARMA 113LA 211LA 1C60A 1L32A 4PJZA 1L83A 248LA 2O7AA 1P36A 2NTHA 2OEAX 1DYFA 1SX2A 1P5CA 143LA 3C82A 1QUGA 1CU5A 125LA 210LA 3EMLA 3HDFA 2B6WA 3CDRA 2RBQA 192LA 4I7OA 1C6MA 122LA 187LA 1D2YA 3DNAA 4I7JA 1L47A 247LA 1C6GA 220LA 2RB0X 3SB9A 2B6YA 2LCBA 1P3NA 1CX7A 3GULA 3C81A 4W58A 1L84A 1L04A 183LA 1LGUA 1CU0A 190LA 3OE6A 173LA 200LA 2OE7X 1L90A 1G0KA 1KW5A 1KY1A 2NTGA 1P2LA 3HWLA 4W56A 3HTBA 1OV5A 1QTBA 3CDOA 1CUQA 2CUUA 1L11A 1L05A 3GUKA 3LZMA 1L19A 104LA 1L27A 1B6IA 1L23A 1PQOA 2LZMA 237LA 1G07A 1L92A 249LA 1P37A 4YXAC 1PQMA 3D4SA 1P56A 231LA 3DN1A 1LGWA 4EXMA 1CTWA 1L33A 4GRVA 4LDLA 1LPYA 157LA 4I7KA 145LA 1QSBA 152LA 1T8AA 3L64A 255LA 232LA 2OE9X 4W51A 4EKSA 3NY8A 155LA 109LA 3C80A 1D3JA 1L01A 2ANXA 3DMVA 1L49A 1L81A 2RBPA 188LA 4ARQA 3ODUA 1L12A 1L16A 2B72A 6LZMA 4GBRB 1C67A 114LA 160LA 1KW7A 3G3WA 3C8QA 1CVKA 262LA 1D3FA 4W57A 168LA 3HUAA 3DN6A 1L15A 1L22A 1L39A 151LA 3HH6A 3SBAA 258LA 1L91A 7LZMA 1KY0A 3FA0A 1D2WA 2B74A 3HUQA 1D3NA 257LA 3HTDA 178LA 1C6HA 4LZMA 2Q9DA 197LA 164LA 1L34A 1QT3A 4E97A 1L94A 128LA 3CDQA 1C6TA 1L67A 3F9LA 3JR6A 110LA 126LA 1L60A 3HTGA 1QS9A 4IAPA 4OO9A 1P64A 1QUDA 5LZMA 261LA 119LA 1L09A 1KS3A 1SWZA 3PDSA 1CU6A 1L95A 127LA 1L70A 3HH4A 1DYEA 3K2RA 230LA 1L99A 1L29A 1L75A 209LA 2RBSA 1C6NA 4ZPUA 129LA 1C6PA 2QARC 1CU2A 112LA 1L35A 4YX7C 3L2XA 2O79A 4W59A 1LI6A 2OE4X 1OYUA 1L69A 4ARMB 1PQKA 1XEPA 243LA 1LI2A 1L30A 4W53A 244LA 206LA 1C64A 1L07A 2HULA 3OE0A 221LA 2A4TA 1L44A 1ZWNA 4LDEA 1QS5A 142LA 3HH5A 4DKLA 3DN8A 1CX6A 1L14A 233LA 2OTYX 1L03A 2HUMA 224LA 4ARLA 1G0QA 3HT6A 1OVJA 1L42A 3C7WA 217LA 1SX7A 4EKPA 1L43A 2Z6BA 4K5YA 1L48A 1L72A 198LA 3HT7A 4I7PA 102LA 108LA 1L86A 1L89A 1QUOA 1CV0A 4AQNA 4S0WA 218LA 149LA 1T8GA 1G06A 1DYCA 1T6HA 3SB8A 2RAZX 115LA 3GUNA 1C62A 191LA 1CV6A 146LA 2RB2X 1G0PA 1C6JA 1JTNA 4I7SA 139LA 1QTCA 2RBRA 165LA 1QT5A 4YXCA 222LA 1L88A 1QT8A 2B6ZA 3HTFA 1L58A 3GUOA 3NYAA 228LA 256LA 5I14A 3C8RA 2F32A 3QAKA 4ARJA 4I7LA 4EPIA 1C6AA 3DN2A 1C65A 1CV3A 1L06A 1C6KA 4I7RA 196LA 1L28A 159LA 1PQJA 242LA 2OU8A 4W55A 138LA 1JQUA 1L65A 2O4WA 107LA 234LA 1QSQA 1L31A 4DAJA 199LA 1L13A 212LA 3HT8A 1SSYA 3GUIA 2B73A 1L26A 1QT7A 245LA 3SB7A 1P7SA 1CV1A 1C6FA 4LDOA 3V2WA 1T8FA 4I7QA 4W54A 3FADA 169LA 1C63A 1I6SA 1L50A 3V2YA 4ARQB 2B7XA 3C83A 1LYDA 1L63A 252LA 166LA 1OVKA 3UONA 2B70A 4W52A 1JTMA 1L51A 3G3VA 1L61A 120LA 1TLAA 2QB0B 3GUJA 4DJHA 1L71A 2HUKA 1CV4A 3GUMA 1L66A 1DYAA 1G1WA 239LA 253LA 238LA 1QTDA 4I7NA 4PK0A 3DMZA 2F2QA 174LA 236LA 235LA 3PBLA 1L25A 2RBNA 1L68A 1L57A 1D9WA 3RZEA 3OE8A 226LA 1L98A 1CU3A 1LWGA 1C6QA 189LA 1L76A 260LA 3DN4A 3C7ZA 1L52A 161LA 241LA 2Q9EA 1OWYA 1G0LA 1EPYA 111LA 4EJ4A 2B75A 184LA 167LA 1LYEA 1L45A 1L53A 1QTHA 1QTVA 1L0KA 1XJUA 1C66A 1G0MA 2IGCA 131LA 1LYIA 3G3XA 1QT6A 1L97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EO5A 4OWCA 2HEFA 1T97A 2XJWA 1DYDA 3ZVQB 2HU1A 4DD2A 171LA 3HU8A 4G4CA 1L02A 2AUBA 3DKEX 1IR8A 2RBOA 1T6VL 1WTHA 240LA 1C6CA 1SSWA 1CUPA 1XJTA 4WM2A 4FDYA 181LA 2BQNA 259LA 1DI4A 1ZYTA 3RUNA 186LA 2D4JA 1JWRA 4GLVA 246LA 1G7LC 5IDDA 5F16A 1RE2A 1L73A 1GF7A 1L18A 213LA 3A92A 4DD1A 180LA 5KXSA 5KXPA 1C68A 1LI3A 1CKGA 1CV5A 4I7MA 251LA 1L56A 1L54A 1P6YA 4PGJB 1XGPC 1BHZA 3HT9A 1ZURA 1IP7A 1H6MA 1LYFA 3ATNA 9LYZA 3WYHA 1OWZA 4NIJA 1NHEA 185LA 4H9HA 147LA 2W1YA 1C6EA 1LZTA 1YL1X 1L74A 3WXTA 1QT4A 3WULA 137LA 1LYHA 1LZCA 1P2RA 3OK0A 4EMNA 3LYZA 5J7CA 3A91A 1OQMA 4PHIA 1G7HC 2ZNWY 2EQLA 4NGJA 4HV2A 1L41A 4M4OA 3SN6R 1IP5A 1J1XY 3OE9A 4OWAA 4FJRA 1IY3A 3SB6A 1L62A 4ARMA 3AGGG 2Z18A 1F0WA 1VFBC 1C60A 1WQPA 248LA 3D9AC 1JHLA 2DQCY 143LA 1CU5A 1F6SA 4PRUA 210LA 4NGKA 4QDNA 3EMLA 1BB3A 192LA 3A95A 122LA 4H8ZA 3F6ZA 1QUTA 1B0DA 2LCBA 1CX7A 3GULA 2LHMA 2XTHA 1IWYA 5JENB 3C81A 1L04A 1CKHA 1YKXX 2DQGY 3WH1A 3OE6A 4Z46A 200LA 2MEEA 4WM4A 1L90A 2FYDA 5L9JA 4TTDA 1CUQA 1TAYA 2CUUA 104LA 1OUIA 2YSSC 1LKRA 3WW5A 3TXIA 4IASA 5I4WA 1LGWA 5LINA 1CTWA 4LT3A 2H9JA 4I7KA 152LA 1JJ3A 232LA 2OE9X 3NY8A 5FHWA 1LZ4A 5T3FA 1UIAA 4GCFA 3AJNA 1LMQA 1LSPA 188LA 3CB7A 3AB6A 4ARQA 4L41A 2B72A 4GBRB 114LA 1J1OY 3W6CA 5L3HA 1D0MA 2A7DA 3LYOA 3DN6A 1L15A 1L22A 6LYZA 1GBYA 4U3XB 258LA 5C6JA 2B74A 257LA 4GCBA 4LZMA 1C6HA 2CWIA 2Q9DA 4B4JA 164LA 1QT3A 1L94A 128LA 4H92A 4NGZA 4HTQA 1GWDA 208LA 5F9XA 1QS9A 1P64A 1C45A 1QUDA 4LT1A 1AZFA 1L09A 1LMPA 1GF5A 1KS3A 1SWZA 1JISA 1L70A 1W6ZA 1LJGA 2CDSA 3HH4A 4D9ZA 1GFEA 230LA 1L99A 1OUAA 209LA 1C6PA 2QARC 1CU2A 2HEDA 5F81A 4CJ2A 2O79A 1GD6A 3P4ZA 2CJLA 2LYMA 4CFOA 153LA 1O23A 1LJNA 1L69A 5B07A 1PQKA 4NGYA 1L30A 5LAFA 1C43A 206LA 3A96A 3QY4A 4I0CA 1DZBX 5LA5A 3DN8A 1L14A 2BQIA 1YAQA 3CT0A 4DYGA 1JTPL 3HT6A 4OWHA 1XGUC 3C7WA 2BLYA 2Z6BA 3HT7A 1LMTA 102LA 5B1GA 1YANA 1L86A 1LZBA 1L89A 1BB6A 1YAPA 4S0WA 1LZGA 1VAUA 3BKVA 1LHLA 191LA 2DQHY 1CV6A 1BB4A 3BKHA 1QSAA 139LA 1QTCA 5KXXA 2B6ZA 1LJFA 3GUOA 4H9AA 1IVMA 1C65A 5I4XA 1L06A 1L28A 1JQUA 107LA 4RLMA 1QSQA 1A4VA 3TMVA 199LA 4B4IA 1LZEA 1IIZA 3GUIA 2B73A 1QT7A 1GDXA 1P7SA 3TXKA 1C7PA 1C6FA 3V2WA 3W6BA 3TXDA 1UIBA 4HPIA 1B7PA 1L63A 166LA 5LVIA 2B70A 3G3VA 2BQBA 1TLAA 1LZ8A 4CFPA 2EKSC 4BAFA 4XYYA 1C10A 1CV4A 4DD3A 1L66A 4J0LA 1DYAA 1GE1A 3QE8A 4TSBA 3W6EA 2F4GA 5A3EA 4DD0A 1HMLA 2W1LA 236LA 4NG8A 3PBLA 1GAZA 4LFPA 4HPEA 2RBNA 1H87A 1L57A 3RZEA 4WL6A 4NGWA 1HFYA 2ZWBA 2C8PA 1HERA 161LA 1QTKA 2Q9EA 1CJ8A 2WARA 3RNXA 3QNGA 1IOCA 1XJUA 4HTKA 1FKVA 1LYIA 1FLQA 123LA 1L37A 1JKDA 4EKQA 144LA 1L46A 1L87A 2FBBA 1L85A 1LTMA 3F8VA 1C6LA 4W94A 2DKVA 214LA 4WM1A 3B72A 4BAPA 5LXWA 2ZQ3A 2L78A 1GB0A 1L24A 2OU9A 1HSXA 4N0JA 3B0OA 1GFKA 3HUKA 1B7MA 1V7SA 2EIZC 4RW1A 1HC0A 3CDTA 1L59A 3SB5A 4H1PA 175LA 130LA 1B7SA 1OUGA 5HQ1A 1JJ1A 4GN5C 2RAYX 2BQMA 3NY9A 1L10A 2B6XA 1L82A 1SQ2L 2HU3A 4OWEA 1REMA 1B7OA 1L0JA 1IWZA 2F30A 1L38A 1LZ5A 1IO5A 1Z55A 227LA 4EOFA 1CNSA 140LA 103LA 2IHLA 1HFXA 1UCOA 3HDEA 4H8XA 5HNCA 4G4BA 2Y8PA 1HMKA 5KJ9A 4HJVA 1GFAA 163LA 1HSWA 4OOOA 135LA 1C69A 1L21A 219LA 3AZ4A 4OWBA 3A93A 182LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EO5 A;  4OWC A;  2HEF A;  1T97 A;  2XJW A;  1DYD A;  3ZVQ B;  2HU1 A;  4DD2 A;  171L A;  3HU8 A;  4G4C A;  1L02 A;  2AUB A;  3DKE X;  1IR8 A;  2RBO A;  1T6V L;  1WTH A;  240L A;  1C6C A;  1SSW A;  1CUP A;  1XJT A;  4WM2 A;  4FDY A;  181L A;  2BQN A;  259L A;  1DI4 A;  1ZYT A;  3RUN A;  186L A;  2D4J A;  1JWR A;  4GLV A;  246L A;  1G7L C;  5IDD A;  5F16 A;  1RE2 A;  1L73 A;  1GF7 A;  1L18 A;  213L A;  3A92 A;  4DD1 A;  180L A;  5KXS A;  5KXP A;  1C68 A;  1LI3 A;  1CKG A;  1CV5 A;  4I7M A;  251L A;  1L56 A;  1L54 A;  1P6Y A;  4PGJ B;  1XGP C;  1BHZ A;  3HT9 A;  1ZUR A;  1IP7 A;  1H6M A;  1LYF A;  3ATN A;  9LYZ A;  3WYH A;  1OWZ A;  4NIJ A;  1NHE A;  185L A;  4H9H A;  147L A;  2W1Y A;  1C6E A;  1LZT A;  1YL1 X;  1L74 A;  3WXT A;  1QT4 A;  3WUL A;  137L A;  1LYH A;  1LZC A;  1P2R A;  3OK0 A;  4EMN A;  3LYZ A;  5J7C A;  3A91 A;  1OQM A;  4PHI A;  1G7H C;  2ZNW Y;  2EQL A;  4NGJ A;  4HV2 A;  1L41 A;  4M4O A;  3SN6 R;  1IP5 A;  1J1X Y;  3OE9 A;  4OWA A;  4FJR A;  1IY3 A;  3SB6 A;  1L62 A;  4ARM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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