1L54A

The structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINKVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic consequences of burying a charged residue within the hydrophobic core of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l54A00
1L26A 224LA 123LA 1T97A 213LA 114LA 1L10A 1D2YA 125LA 1DYAA 245LA 122LA 2RBRA 1DYEA 3SB6A 1L83A 3CDOA 4I7JA 169LA 2OU8A 184LA 1G1WA 1L88A 3SBAA 1DYCA 2RBOA 107LA 1L35A 1XJUA 4YX7C 1L50A 1QT5A 1JTNA 252LA 2HUMA 3JR6A 3HU9A 173LA 1L97A 156LA 1D2WA 4EPIA 206LA 3VW7A 1JTMA 3HH5A 1LYDA 2QB0B 3PBLA 160LA 1PQOA 1D3NA 4GRVA 1QTDA 242LA 3GULA 244LA 1CUPA 1LYIA 249LA 1B6IA 1P37A 1L47A 4W55A 1C6BA 1NHBA 1G1VA 1PQJA 1LW9A 1C6GA 129LA 1QT7A 1C63A 1L05A 3DN0A 1P2LA 262LA 243LA 1L49A 1L43A 3C7YA 1L58A 1L54A 1QS5A 1L72A 1LYHA 1L76A 1L93A 1OVHA 1QT3A 1L13A 1L21A 3HWLA 5I14A 1P2RA 4I7KA 195LA 1L00A 1P7SA 3C80A 3GUJA 2B74A 176LA 127LA 1L32A 1L51A 3HDEA 3DN4A 2A4TA 3RZEA 5LZMA 4W53A 1QTCA 1L33A 1T8AA 2OTZX 1P3NA 2F47A 3CDVA 1L67A 1CV4A 1QT8A 1CUQA 145LA 1LI2A 1C6NA 4K5YA 1C6HA 1L90A 230LA 3SB7A 4I7RA 259LA 147LA 1SWYA 3HUAA 215LA 1QS9A 1L02A 1CX6A 1C6CA 2LCBA 2OEAX 172LA 2OU9A 228LA 3SB9A 3SN6R 1KY1A 189LA 4I7MA 103LA 1L22A 190LA 1L80A 234LA 2F32A 1QUGA 1OVKA 1P36A 4OO9A 1C6AA 1C6PA 2HUKA 1I6SA 4GBRB 232LA 1D3FA 3FADA 1JQUA 162LA 1C64A 3HT8A 2OTYX 4I7TA 142LA 3DMVA 2OE4X 1OVJA 219LA 113LA 246LA 254LA 2RBPA 3DN6A 1OV7A 3PDSA 1OV5A 141LA 128LA 1G0GA 1C6DA 3GUPA 2F2QA 115LA 180LA 1L01A 1L92A 1P64A 1OWYA 1CTWA 1DYFA 3HH6A 4EXMA 1G06A 1L59A 3C83A 3NY8A 4I7QA 109LA 1QUHA 1LI6A 2B70A 1L40A 2O4WA 2HULA 191LA 2RBNA 3OE9A 1P56A 167LA 1L84A 1LYJA 3C82A 4I7LA 1C68A 1L91A 3GUNA 1K28A 229LA 2O7AA 3CDRA 174LA 1CV6A 1PQKA 1LGXA 1L30A 3CDQA 1L66A 151LA 187LA 4I7NA 1L08A 120LA 157LA 1L75A 260LA 1C69A 2B75A 1L46A 1QTZA 1L61A 214LA 3L64A 4W57A 161LA 4EJ4A 4LZMA 4E97A 1C67A 110LA 1L85A 4LDEA 3C8SA 3C81A 1L86A 1LYGA 1L56A 200LA 1L70A 1L14A 1P5CA 216LA 3HDFA 2Q9DA 3NYAA 241LA 1C6IA 1C6TA 1L77A 3HU8A 3HH4A 3L2XA 257LA 1L62A 4ARMB 3SBBC 1L81A 1L42A 225LA 2O79A 148LE 143LA 185LA 201LA 3EMLA 1WTHA 1L28A 3FA0A 159LA 3C7WA 3QAKA 3C7ZA 1QTVA 4EKQA 1G0MA 1L07A 1LGWA 158LA 1L74A 1SWZA 144LA 1CV1A 1QSQA 1L53A 1ZYTA 1L11A 235LA 146LA 1C6LA 3HTDA 3D4SA 1LGUA 1SX2A 155LA 1L60A 1SSWA 211LA 1C6KA 2L78A 3C8QA 247LA 112LA 1DYGA 4I7OA 4ARMA 4DKLA 4EKRA 4W54A 3V2WA 1CU0A 1L0KA 1LLHA 1CV3A 1C6JA 238LA 210LA 139LA 250LA 3DNAA 108LA 2OE9X 1P6YA 1OWZA 102LA 3RUNA 1PQMA 4I7SA 258LA 1L27A 1L55A 4LDOA 1CU2A 1LWGA 3CDTA 4AQNA 3HTFA 2RB2X 1L36A 104LA 1L12A 1OYUA 1P46A 1SX7A 3G3VA 4EKPA 1L99A 212LA 1C6EA 1CU5A 4DAJA 1XEPA 2LC9A 1L09A 1L25A 1L04A 1L63A 256LA 2B73A 1L18A 3OE8A 2RBSA 1QTBA 1L57A 2QARC 177LA 227LA 1L24A 2RB1X 1L41A 261LA 1L39A 1D9WA 1L96A 1ZURA 2OU0X 197LA 3DN8A 1T8GA 4I7PA 126LA 1CU3A 3DMXA 2ANXA 171LA 1KW7A 3UONA 3HUKA 1L79A 4ARJA 1C60A 1C62A 1D3JA 181LA 221LA 1L15A 111LA 192LA 3SB5A 188LA 1L48A 1ZWNA 3DKEX 1L87A 1L89A 1C6FA 4EPFA 130LA 1CV5A 4W58A 1C65A 251LA 2RAZX 1LYFA 1L03A 1QTHA 4ARPA 7LZMA 3DN2A 1LI3A 3HTGA 4PJZA 4YXCA 3LZMA 231LA 1C6MA 2RB0X 3HT6A 175LA 2B6ZA 140LA 1G0PA 1L52A 1C61A 1LYEA 164LA 4LDLA 222LA 205LA 3F9LA 1CU6A 1PQIA 1QT6A 119LA 1L65A 4EKSA 239LA 4W59A 3V2YA 1L34A 1G0LA 3NY9A 1L16A 1PQDA 236LA 1KS3A 4DJHA 4ZPUA 2B7XA 3OE0A 1L94A 220LA 1LPYA 3HUQA 3OE6A 3GUKA 1KY0A 1G0QA 3DMZA 3G3XA 240LA 2B6WA 1L19A 3K2RA 3GUOA 178LA 2B6XA 1QSBA 1L0JA 198LA 4W52A 1CV0A 1DYBA 1L29A 4W51A 4S0WA 1KW5A 1L20A 1DYDA 149LA 1QUDA 3C8RA 1CX7A 2CUUA 1L37A 1G0JA 1L68A 1D3MA 4IAPA 1QUOA 2B6TA 2Q9EA 1L98A 4W56A 2NTHA 1T8FA 4ARQB 1QT4A 196LA 6LZMA 1EPYA 253LA 186LA 1C6QA 2NTGA 3HTBA 218LA 1L95A 3HT7A 183LA 1L73A 1XJTA 1L06A 2RAYX 1SSYA 209LA 2RBQA 3DN1A 3FI5A 1L64A 166LA 226LA 2RH1A 163LA 1CVKA 1L82A 170LA 1L38A 1TLAA 4PK0A 138LA 2OE7X 1L17A 168LA 1G07A 2B6YA 3SB8A 1L71A 217LA 2LZMA 4YXAC 118LA 150LA 1L31A 3GUMA 2B72A 3HH3A 233LA 4ARQA 1LWKA 165LA 1KNIA 199LA 255LA 3HT9A 152LA 3DN3A 4ARLA 1T6HA 2ANVA 1L45A 3F8VA 182LA 3G3WA 2Z6BA 1L44A 1L23A 1G0KA 3ODUA 2IGCA 3GUIA 237LA 1C66A 1L69A 248LA 131LA 137LA 223LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L26A 123LA 4N1CC 5II3A 3GUJA 114LA 1D2YA 125LA 122LA 1OUIA 1LZEA 2LHMA 4NGIA 1AZFA 1GFTA 4I7JA 4ZIXA 2OU8A 3F6ZA 5KXOA 4RW2A 1DYCA 1LHLA 3TXKA 1ZVYB 1BGIA 3TXFA 2DQAA 4CFPA 3HH5A 1LYDA 1CJ8A 2QB0B 5B1GA 2ZIKA 4YENA 4XJFA 1QTDA 1H6MA 2ZILA 1CUPA 2HUBA 1B6IA 1IWUA 1GE0A 4II8A 3A92A 4NHPA 1QSWA 1IWTA 243LA 3EO5A 5B06A 2ZYCA 4W94A 3C7YA 1L58A 4CGEA 1QS5A 1LZNA 1LCNA 1L76A 1CJ9A 4WO9A 1L13A 2G4QA 5I14A 5KXXA 1HSXA 1AT5A 4AXTA 3C80A 3TXIA 1GFVA 4H9EA 5T3FA 4GCEA 1B7LA 1NBZC 4H9CA 1L32A 3HDEA 2BQLA 5LVIA 1BHZA 3AZ6A 4NGLA 3WVXA 1L33A 1GB0A 1CV4A 1CUQA 145LA 1QUTA 1XGQC 230LA 259LA 147LA 3HUAA 2DQHY 4KT3A 4PRQA 1J1PY 1XGPC 2LCBA 133LA 2Z2FA 3SB9A 3SN6R 1KY1A 2XBSA 103LA 190LA 234LA 3AZ7A 4WG1A 4ML7A 1P36A 4OO9A 2HUKA 4GBRB 1IY3A 2I25L 1YKXX 2DQJY 2MECA 1FBIX 3J4GA 1JQUA 2OTYX 142LA 3DMVA 113LA 1UIBA 246LA 5ILFA 1OV7A 1LSMA 4TSCA 4NY5A 1IO5A 3QY4A 1WVUA 128LA 5LVHA 1G0GA 3N9EA 2F30A 4ZFPA 1IX0A 1SQ2L 4H94A 1L59A 3NY8A 3AW7A 4UWUA 109LA 1KIRC 3W6DA 2HULA 191LA 1LZDA 2HU1A 4DD2A 3G3BB 3OE9A 1B7RA 1L84A 1LYJA 1DPXA 1OUDA 3GUNA 1YILA 1K28A 135LA 2DQFC 4ET9A 5DLAA 174LA 1WTNA 4YEMA 2Z19A 5L3IA 3LHMA 4GLAA 1L75A 1LZ6A 1B5VA 214LA 5IDDA 5KXWA 5LIOA 1YIKA 110LA 1JITA 1L85A 4XJHA 5LYTA 3C81A 1EQEA 1L14A 4CFOA 1A4VA 2Q9DA 241LA 1XSFA 4DD0A 1L77A 3A95A 8LYZA 4ARMB 1UIEA 3N9AA 1LZCA 1QDTA 4XJBA 5KXYA 1LJIA 1JTOL 1WVVA 4EKQA 1LZ4A 1CKFA 158LA 4H8YA 1SWZA 1BB5A 1L11A 5I54A 1LSEA 1ZMYL 155LA 1IP1A 2L78A 2VB1A 4H9IA 5KXKA 247LA 2F2NA 4TX7A 3WPLA 4W96A 3V2WA 3P4ZA 4TTDA 5A3EA 1L0KA 3ATOA 2BAAA 5KKJA 2NWDX 5IHGA 3RUNA 5I53A 258LA 1UACY 4G9SA 1L27A 1L55A 4QGZA 4NWHA 3HTFA 1GE2A 2RB2X 1PS5A 1SX7A 5HMVA 1LYYA 4EKPA 1JTTL 1L99A 4WM1A 4A7DA 1CKHA 1L25A 256LA 1DKJA 4XJDA 1LMQA 2XTHA 1HNLA 2QARC 1D9WA 3QNGA 1G7MC 1IOCA 2G4NA 4LT0A 4WOAA 2ANXA 2DQDY 3WU9A 1TAYA 3HUKA 2HECA 4B1AA 4Z46A 1D3JA 3SB5A 1YKYX 1ZWNA 1DZBX 1CV5A 1VATA 1C65A 1JISA 5LVGA 1UA6Y 251LA 1L03A 1LSZA 1LZ9A 1PZYA 4ARPA 4LYOA 4YXCA 1CNSA 231LA 2DQCY 1UIFA 4PRUA 3W3EA 175LA 5APFA 1ALCA 1G0PA 1LZGA 1LYEA 1GAZA 205LA 4ETDA 1F6SA 1IWVA 4HJVA 119LA 1XGRC 239LA 2YBNA 3CT0A 1L34A 3NY9A 236LA 1EQ4A 4ZPUA 1B7NA 3OE0A 4DC4A 5L3HA 1GFKA 1JUGA 3G3XA 1UIHA 1UUZC 4OWAA 4W52A 1GFRA 4C5FA 1L29A 1KW5A 3ATNA 2BQCA 4IAPA 2Q9EA 4N8ZA 5I5QA 4UWVA 4NHTA 196LA 2ZWBA 3G3AB 2BQAA 3HFMY 1WTMA 1C6QA 3HTBA 4J1BA 5I4XA 2BLXA 1L06A 2RAYX 2MEHA 1YL1X 3RZ4A 1ZV5L 4GN5C 1YAOA 2YBMA 1CKGA 4WM4A 1CVKA 2MEEA 1L82A 170LA 138LA 1JSEA 3LZ2A 2D91A 4M6DA 3WH1A 1H87A 150LA 1L31A 1NF5A 5KXZA 4ARQA 3A3RX 1GBYA 3FI7A 165LA 4GCCA 199LA 1T3PA 152LA 4ARLA 1SLYA 1T6HA 2ANVA 4P2EA 1GFUA 1L44A 1LKSA 1L23A 1G0KA 5B1FA 1Z55A 1MELL 1HEPA 1L69A 1UC0A 4GN4A 4N9RA 3CQLA 1NDGC 131LA 4DDAA 1JPOA 4HTQA 1I20A 213LA 1L10A 1DYAA 1DYEA 3IJVA 1IVMA 4HTKA 4HPEA 154LA 5LAFA 2RBOA 3WVYA 1XJUA 1L50A 1JTNA 252LA 2HUMA 3W6AA 3GXKA 3JR6A 173LA 132LA 4EPIA 206LA 1JTMA 3TXEA 1HMLA 1BWJA 3GULA 1LHHA 4W55A 1LJ3A 3TXHA 1NHBA 1PQJA 1EL1A 1XEKA 1LMPA 3DN0A 1P2LA 3TMUA 3ZVQB 3CSZA 1MLCE 1L49A 1CKDA 4E3UA 4NGJA 1L93A 2DKVA 1OVHA 4DQ7A 1QT3A 3A3QA 5KXSA 1YKZX 1GB8A 4I7KA 5FSTA 4NG8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L26 A;  123L A;  4N1C C;  5II3 A;  3GUJ A;  114L A;  1D2Y A;  125L A;  122L A;  1OUI A;  1LZE A;  2LHM A;  4NGI A;  1AZF A;  1GFT A;  4I7J A;  4ZIX A;  2OU8 A;  3F6Z A;  5KXO A;  4RW2 A;  1DYC A;  1LHL A;  3TXK A;  1ZVY B;  1BGI A;  3TXF A;  2DQA A;  4CFP A;  3HH5 A;  1LYD A;  1CJ8 A;  2QB0 B;  5B1G A;  2ZIK A;  4YEN A;  4XJF A;  1QTD A;  1H6M A;  2ZIL A;  1CUP A;  2HUB A;  1B6I A;  1IWU A;  1GE0 A;  4II8 A;  3A92 A;  4NHP A;  1QSW A;  1IWT A;  243L A;  3EO5 A;  5B06 A;  2ZYC A;  4W94 A;  3C7Y A;  1L58 A;  4CGE A;  1QS5 A;  1LZN A;  1LCN A;  1L76 A;  1CJ9 A;  4WO9 A;  1L13 A;  2G4Q A;  5I14 A;  5KXX A;  1HSX A;  1AT5 A;  4AXT A;  3C80 A;  3TXI A;  1GFV A;  4H9E A;  5T3F A;  4GCE A;  1B7L A;  1NBZ C;  4H9C A;  1L32 A;  3HDE A;  2BQL A;  5LVI A;  1BHZ A;  3AZ6 A;  4NGL A;  3WVX A;  1L33 A;  1GB0 A;  1CV4 A;  1CUQ A;  145L A;  1QUT A;  1XGQ C;  230L A;  259L A;  147L A;  3HUA A;  2DQH Y;  4KT3 A;  4PRQ A;  1J1P Y;  1XGP C;  2LCB A;  133L A;  2Z2F A;  3SB9 A;  3SN6 R;  1KY1 A;  2XBS A;  103L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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