1KXXA

Analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLNNYRGYSLGDWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Analysis of the stabilization of hen lysozyme by helix macrodipole and charged side chain interaction.
pubmed rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1kxxA00
2ZYPA 4DD1A 1V7TA 2MEDA 5LVHA 1WQNA 1B7NA 1YAQA 3D3DA 4NG1A 5APCA 2AUBA 3TMXA 3J6KA 4HTKA 5KKIA 1HNLA 1LMAA 2ZILA 1VAUA 1GFEA 1LPIA 3IJVA 1W08A 5L3HA 1OUAA 2MECA 208LA 3B6LA 4R6CA 3WXTA 5D5FA 1DXJA 2D4IA 1XEIA 4GCCA 193LA 4H9EA 1NMMA 4B4EA 4BAFA 4WOAA 4TWSA 4NSGA 2ZNXY 2F2NA 3FI7A 3AYQA 3TXIA 3WVXA 3A91A 4H91A 1QIOA 4B4JA 1LKRA 2Z19A 4KT3A 4H93A 1UIBA 2W1XA 3B0IA 3WU7A 1UACY 5DN4A 5F9UA 5LVIA 4OWBA 1F6RA 1LZNA 2BQKA 1RCMA 5HQ1A 1AM7A 1GE4A 1GPQC 3A92A 2IFFY 1A4VA 6LYZA 4NGKA 1JJ0A 1TEWA 1A2YC 1ZVHL 1LSZA 3WW6A 1SQ2L 3WVYA 4QY9A 1BB4A 1YL1X 4LFPA 1LMTA 4LYOA 3AZ4A 1IOSA 1UCOA 2EQLA 2HEBA 2ZNWY 2EIZC 3LHMA 4TSBA 1QDRA 1HFZA 4NGYA 2HEAA 3F6ZA 1GB6A 3LZTA 1GF3A 3TXFA 1YKYX 1GFAA 2MEBA 1OUEA 3RNXA 2ZIJA 1GHLA 4N9RA 1IWZA 1I56A 4C3WA 4C5FA 2BQFA 1IC4Y 3ULRA 3LYMA 1FN5A 3D9AC 4LYZA 1B7OA 2LZTA 4WMGA 5LYMA 2HU1A 2DQDY 1LOZA 2LZ2A 3QE8A 4NWEA 3W6FA 9LYZA 1GFKA 4IASA 1DI5A 4D9ZA 5LINA 1JEFA 1NWGA 1LJKA 1WTMA 5KXSA 5KXMA 4H9AA 1WVVA 5C6IA 3G3BB 134LA 1UIAA 4GN4A 1OUHA 3T6UA 2YSSC 1REMA 1UIHA 1IVMA 1B5VA 1LZYA 2D4KA 4GCDA 1KXXA 4WM4A 1LSCA 1YILA 1YL0X 3WUMA 3AW6A 2MEEA 4B1AA 1FKVA 1J1XY 4DC4A 5LAGA 1BWHA 1LSGA 1JTOL 1TCYA 4N1CC 4OWHA 1HSXA 4W96A 3TXJA 1BB3A 4M4OA 1B5YA 4X3BA 1IR9A 4PGJB 4ETCA 1HSWA 2CDSA 2D6BA 1IWWA 1GB5A 4HJYA 2CGIA 4LZTA 4NHSA 1WQPA 4HSFA 1HEPA 5I4WA 1GB2A 1LSDA 1NBZC 1YKXX 1BVXA 1JISA 4HP0A 4KPMA 1JKBA 4ANRA 7LYZA 1VATA 2BQBA 4OWAA 132LA 1INUA 1QTEA 4FJRA 4Z98A 2LYOA 4GLVA 1GAYA 1Z55A 4CFOA 194LA 4XJFA 1V7SA 4OOTA 1GE0A 1LCNA 5I4YA 2BQMA 4H9CA 1LHJA 1WQQA 1W6ZA 5ILFA 1GDXA 5KXWA 2FBDA 3GXKA 5HMVA 1BVKC 5F81A 4XENA 1QSWA 1OUCA 1F10A 1JWRA 2C8PA 4UWUA 5IDDA 5A3ZA 4I8SA 4DYGA 2ZWBA 1LHKA 3T36A 1LMCA 3A6CY 5KXLA 1HEWA 4XADA 2HEDA 4WG1A 1LZ1A 1TDYA 3BKHA 1GE3A 1LZ8A 2MEHA 5HNLA 4WM6A 5E4PA 1GBSA 1T6VL 4LGKA 5KXXA 3N9AA 5L3IA 2ZQ3A 1HHLA 4B0DA 3QNGA 5A3EA 4YENA 3WPKA 4KXIA 1HF4A 2H5ZA 4NGZA 1IY3A 3P65A 2BQNA 4ML7A 1RJCB 1VFBC 1XGTC 1LYZA 5I54A 1GFHA 8LYZA 4HV2A 1LSMA 1D0LA 1IP5A 1NQIA 2YVBA 1LJ3A 1B7LA 1J1OY 2DQGY 6LYTA 1C10A 1JTPL 1OP9B 2DQHY 1TBYA 3W6BA 1ZV5L 1LSNA 1D6PA 1IX0A 1IC7Y 1ZMYL 1UIDA 1LZRA 3A96A 1JHLA 4J0LA 4I0CA 4B49A 1IWTA 1PZYA 5B1GA 1IC5Y 3A94A 1B7MA 2Q0MX 2Z38A 3LN2A 4AXTA 2BQJA 1GB3A 1HC0A 3FE0A 1LZGA 2WARA 1NF5A 4NIJA 4GCBA 4WLTA 1HERA 3EBAB 1RFPA 1GB9A 4U3XB 1VEDA 1B0DA 1DZBX 4OW1A 1UBZA 4OWCA 1CNSA 1AT6A 3AB6A 5FCPA 5LVJA 1JKAA 3WPJA 3TMVA 3GXRA 1I1ZA 5KXYA 1OUBA 1CKFA 1GB7A 1LZSA 2BQGA 3LZ2A 4YEMA 5D5CA 4Z46A 3TXKA 3CSZA 2DQCY 3N9CA 4TTDA 5JENB 1GBYA 1C45A 5C6JA 3P4ZA 4RLMA 4Z3MA 1JITA 2Z37A 4IJ4A 4LT1A 5B59A 1IP2A 4G4HA 1QDTA 3WULA 3KAMA 4TX7A 3A93A 1LZEA 3AJNA 2BQHA 2BQDA 1IP1A 2BAAA 3RW8A 4DD7A 4N1EI 1KIPC 2IHLA 4PRQA 4OWEA 1YROA 4UWNA 1LYYA 1YAMA 1LSFA 4YOPA 5B07A 1LYSA 1JJ3A 1LZ5A 1XGRC 1GF0A 2Z12A 3A67Y 1IP6A 5KXTA 5LVGA 1B7RA 1GD6A 1LZTA 1DI3A 5B05A 4RW1A 1NKHA 4DD3A 5C6LA 1F6SA 4XYYA 4CJ2A 1IORA 4NSJA 4GCEA 5KXPA 2C8OA 2CWIA 1LJ4A 1PS5A 2MEFA 1B9OA 4NGVA 3TMUA 2HEFA 5LYZA 4UWVA 4E3UA 4ETEA 1JKCA 5HLLA 4G9SA 133LA 4GN5C 2NWDX 3TXDA 1LAAA 1YKZX 5KXZA 153LA 1EL1A 5FSTA 1IOTA 4L41A 1GF5A 2N5ZA 4RLNA 1GAZA 2FYCA 4H94A 1BB7A 1GDWA 1TAYA 5HMJA 1QQYA 1QSAA 4R0FA 1WQOA 1OQMA 4YEOA 2H9JA 1GF8A 1LHLA 1T3PA 4MR1A 4N0JA 5APDA 5FELA 1FLWA 1B7SA 2LHMA 3AW7A 5FDJA 1QTKA 3P64A 5KXRA 4YM8A 1G7JC 1FKQA 4WM2A 1IP4A 1UC0A 4WM5A 4BAPA 5LXWA 5DM9A 1DQJC 2A7FA 1GE2A 3A90A 3RZ4A 4TSCA 2D91A 2FBBA 1D9UA 5LVKA 4ETBA 1O23A 1LHMA 4HPIA 1LMNA 1LJIA 4QGZA 4NHPA 3K3TA 4ZIXA 1EQ5A 3EXDA 4NSHA 4J1AA 1D0MA 3VWOA 3B0OA 1NDGC 3HBEX 1IWUA 2GV0A 4WLYA 4ET8A 4RW2A 4YF2A 3BKVA 2YBMA 1HEOA 1HEMA 1XFPL 2HU3A 4N5RA 1LTMA 4XJDA 1AKIA 4DDBA 2HECA 2DQJY 1J1PY 1LZ6A 2Z2FA 3QY4A 2ZQ4A 4WM3A 2HUBA 1XGQC 5B1FA 3WUNA 1AZFA 5I5QA 1UUZC 2B5ZA 1IR8A 2DQAA 3EO5A 1VDPA 4WL6A 1VDQA 1UICA 5LIOA 1GFJA 1IOQA 5M1YA 4N8ZA 1CKHA 1LZDA 1YAOA 2Z39A 1LZBA 4DDCA 4WO6A 4ETAA 1IP7A 5K7OA 4CHXA 2CJLA 1GEVA 1IY4A 4Z41A 2YDGA 4DD0A 1WQRA 1HFXA 135LA 1LJFA 5E9RA 2G4QA 4PJ2C 4WLXA 3RU5A 2I26L 4NFVA 4MCKA 1CJ9A 1N4FA 4LYMA 3AZ5A 5KXKA 1REYA 4HV1A 2VB1A 5F9XA 1GF9A 1B5ZA 2YBLA 3CSQA 4LT0A 2XBRA 1HMKA 1XGPC 5I4XA 1KIQC 1GF7A 2EPEA 5IHGA 1GF4A 4AGAA 5KXNA 4EOFA 3M18B 4NSIA 4G4BA 3AGHA 1UIGA 3A95A 1FLQA 1C46A 3OJPA 1I20A 4HTNA 3AZ7A 1GFGA 3SP3A 3WMKA 5II3A 1WQMA 1IIZA 1CJ6A 4CGEA 1GWDA 1LMOA 1C08C 1YQVY 3M3UA 1KXYA 1IWYA 4J1BA 1GBWA 3E3DA 2MEIA 1AT5A 2BQLA 2D4JA 4H9FA 1C43A 4H8ZA 4BS7A 1B7PA 4ETDA 1LHIA 1LJJA 2RSCA 5DL9A 1JJ1A 1HENA 1LSEA 1H87A 3W6AA 2YBJA 1NDMC 5EBHA 3EMSA 5KY1A 1REZA 4A7DA 2YBHA 1GXXA 1JSFA 3LYTA 1XEKA 1SLYA 1B5UA 4KL7A 1MELL 3WXUA 4NHTA 2LYMA 1H6MA 5AMYA 1CKDA 2BLXA 1WTNA 4NHQA 5APFA 3W6CA 3ZVQA 1UIFA 3A6BY 2W1YA 4J7VA 3TXBA 4DD9A 1LZ9A 1CJ8A 5KJ9A 1LYOA 4PHIA 3TXEA 1EQ4A 1G7IC 2HEEA 3CSRA 3CT5A 4DWXA 5FHWA 3P66A 4H9HA 4NHIA 4B4IA 2YBNA 4CFPA 5L9JA 3AZ6A 1QUSA 1DKKA 3N9EA 2F4AA 1GXV2 1NHEA 5APEA 1BB5A 3WU8A 4P2EA 2YBIA 4GCFA 1KXWA 1WVUA 2I25L 3OK0A 4GN3A 3WW5A 4DD2A 5J7CA 1BB6A 1JIYA 4WG7A 1CJ7A 3W6EA 5LA8A 3A34A 2DQIY 1LSYA 4H9BA 1HEQA 4HTQA 4ZFPA 2DBTA 4XJHA 1FDLY 1LMPA 2G4NA 4HPEA 3AGGG 1GB0A 1IO5A 1B5WA 2DQEY 3LYOA 3LYZA 1ALCA 4H8XA 1GBXA 4PPOA 3IJUA 1B2KA 4II8A 5DN5A 1IP3A 1LJNA 3AGIA 1GE1A 1GFUA 2F30A 3ZEKA 4XJGA 154LA 1JPOA 3TXHA 1LHHA 1E8LA 1JSEA 4NY5A 3W3EA 4GLAA 3RT5X 3WH1A 4WO9A 5I53A 3WPLA 5F16A 1LZ4A 1LSAA 1EQEA 3J4GA 4LT3A 1GFRA 1GFVA 1OUJA 1D0KA 207LA 5KKJA 2LYZA 4LFXA 1D6QA 4NG8A 4ZEEA 4OOOA 1JUGA 3A8ZA 4H90A 2BQEA 1IWXA 1JKDA 1DPWA 5FEKA 2W1LA 3G3AB 1BWIA 1VDTA 2BPUA 3A3RX 1BWJA 1LKSA 2H9KA 4XN6A 3CB7A 4NGJA 1YAPA 1VDSA 1XEJA 1FLUA 2I6ZA 4NEBA 3HFMY 1C7PA 1LJGA 2Z2EA 4DT3A 3WUAA 3W6DA 4QEQA 1B5XA 1HFYA 1LSPA 1YIKA 1IOCA 2BQOA 3P68A 3ATNA 3ATOA 1GFTA 4O34A 3TMWA 2HTXA 4WL7A 1DI4A 3TXGA 4IATA 4LT2A 1MLCE 2BQAA 4HJVA 2ZIKA 3ZVQB 1IR7A 4H92A 3WL2A 1G7MC 1BQLY 4LYCA 5DLAA 1GB8A 1KIRC 1UA6Y 4G4CA 4RDSA 2BLYA 4XJIA 4LYBA 5LAFA 1G7LC 1LMQA 4XJBA 2EKSC 5F14A 2Y8PA 1OUIA 4H9IA 1RE2A 1FBIX 1IEEA 1OUGA 1GBOA 2XJWA 5ILCA 1DKJA 3WYHA 4ET9A 1JTTL 2A7DA 3CT0A 1HMLA 4NGLA 4NWHA 1NBYC 3CQLA 2XTHA 4NGIA 5LA5A 3HBHA 5T3FA 1CKGA 2DKVA 1OUDA 2XBSA 3MGWA 1F0WA 4FDYA 4NGOA 4BADA 1B7QA 3B0KA 4G49A 1XSFA 1LJEA 5IELA 2BQCA 4NGWA 2PC2A 2MEGA 2ZYCA 1HELA 4QDNA 5LYTA 5KXOA 1GF6A 1FLYA 1BHZA 2W1MA 2F4GA 1G7HC 1DPXA 1LSBA 3B72A 4EMNA 1GBZA 4H8YA 1QUTA 1GEZA 1RI8B 4W94A 2Z18A 2BQIA 2FYDA 1LZAA 1ZVYB 2X0AA 4HJZA 1BGIA 3CT1A 1LJHA 3HBDA 4H1PA 1OUFA 2MEAA 2G4PA 1XGUC 3A3QA 4LYTA 3WU9A 1LZCA 4PRUA 4WLDA 4TUNA 4M6DA 3IWRA 2DQFC 1P2CC 4MSTA 5HNCA 1REXA 1UIEA 4WM1A 1CKCA 5B06A 4DDAA 1IWVA 1YANA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZYPA 1L70A 1V7TA 5LVHA 1WQNA 2AUBA 3J6KA 5KKIA 1HNLA 2ZILA 1C65A 1OUAA 2MECA 3B6LA 3G3VA 4GCCA 193LA 4H9EA 4NSGA 3TXIA 2F2NA 4B4JA 178LA 3A91A 1LKRA 1OYUA 3OE8A 1L03A 1UACY 1D3NA 139LA 5DN4A 1L83A 1LZNA 1AM7A 4NGKA 3UONA 2CUUA 1LSZA 1SQ2L 4QY9A 2EQLA 1C6GA 1GB6A 1L86A 2MEBA 1OUEA 1L24A 4C3WA 1I56A 1T8GA 2BQFA 3ULRA 164LA 3D9AC 1QSBA 1L00A 1L0JA 2HU1A 3W6FA 4ARQA 4NWEA 5LINA 229LA 1WTMA 1WVVA 3C82A 3C7ZA 2D4KA 4GCDA 4WM4A 142LA 3WUMA 1BWHA 4OWHA 2OU8A 4M4OA 141LA 2D6BA 1GB5A 3HTFA 1WQPA 3DN6A 1JKBA 1C6TA 137LA 2L78A 4CFOA 1L11A 1LYHA 1LHJA 1WQQA 4PJZA 5ILFA 1GDXA 250LA 2FBDA 5HMVA 2QARC 5A3ZA 4I8SA 1LHKA 1QUHA 5KXLA 4XADA 1GE3A 150LA 5HNLA 1L17A 1QS5A 1C63A 4ARQB 1HF4A 2BQNA 4ML7A 5I54A 1GFHA 1LSMA 257LA 167LA 1L56A 1SSYA 1CU6A 104LA 6LYTA 1OP9B 3SB7A 1L63A 1LZRA 1PQMA 1UIDA 1L41A 3A96A 1JHLA 4B49A 1IC5Y 2Q0MX 2RBQA 1RFPA 1DZBX 3ODUA 1JKAA 232LA 3GXRA 5KXYA 1LZSA 3HU8A 1KY0A 158LA 1L71A 5JENB 3SB8A 1IP2A 241LA 3A93A 4DD7A 3RW8A 1L54A 130LA 2IHLA 5B07A 1LZ5A 1XGRC 3GUKA 5LVGA 4LDLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZYP A;  4DD1 A;  1V7T A;  2MED A;  5LVH A;  1WQN A;  1B7N A;  1YAQ A;  3D3D A;  4NG1 A;  5APC A;  2AUB A;  3TMX A;  3J6K A;  4HTK A;  5KKI A;  1HNL A;  1LMA A;  2ZIL A;  1VAU A;  1GFE A;  1LPI A;  3IJV A;  1W08 A;  5L3H A;  1OUA A;  2MEC A;  208L A;  3B6L A;  4R6C A;  3WXT A;  5D5F A;  1DXJ A;  2D4I A;  1XEI A;  4GCC A;  193L A;  4H9E A;  1NMM A;  4B4E A;  4BAF A;  4WOA A;  4TWS A;  4NSG A;  2ZNX Y;  2F2N A;  3FI7 A;  3AYQ A;  3TXI A;  3WVX A;  3A91 A;  4H91 A;  1QIO A;  4B4J A;  1LKR A;  2Z19 A;  4KT3 A;  4H93 A;  1UIB A;  2W1X A;  3B0I A;  3WU7 A;  1UAC Y;  5DN4 A;  5F9U A;  5LVI A;  4OWB A;  1F6R A;  1LZN A;  2BQK A;  1RCM A;  5HQ1 A;  1AM7 A;  1GE4 A;  1GPQ C;  3A92 A;  2IFF Y;  1A4V A;  6LYZ A;  4NGK A;  1JJ0 A;  1TEW A;  1A2Y C;  1ZVH L;  1LSZ A;  3WW6 A;  1SQ2 L;  3WVY A;  4QY9 A;  1BB4 A;  1YL1 X;  4LFP A;  1LMT A;  4LYO A;  3AZ4 A;  1IOS A;  1UCO A;  2EQL A;  2HEB A;  2ZNW Y;  2EIZ C;  3LHM A;  4TSB A;  1QDR A;  1HFZ A;  4NGY A;  2HEA A;  3F6Z A;  1GB6 A;  3LZT A;  1GF3 A;  3TXF A; 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 4QEQ A;  1B5X A;  1HFY A;  1LSP A;  1YIK A;  1IOC A;  2BQO A;  3P68 A;  3ATN A;  3ATO A;  1GFT A;  4O34 A;  3TMW A;  2HTX A;  4WL7 A;  1DI4 A;  3TXG A;  4IAT A;  4LT2 A;  1MLC E;  2BQA A;  4HJV A;  2ZIK A;  3ZVQ B;  1IR7 A;  4H92 A;  3WL2 A;  1G7M C;  1BQL Y;  4LYC A;  5DLA A;  1GB8 A;  1KIR C;  1UA6 Y;  4G4C A;  4RDS A;  2BLY A;  4XJI A;  4LYB A;  5LAF A;  1G7L C;  1LMQ A;  4XJB A;  2EKS C;  5F14 A;  2Y8P A;  1OUI A;  4H9I A;  1RE2 A;  1FBI X;  1IEE A;  1OUG A;  1GBO A;  2XJW A;  5ILC A;  1DKJ A;  3WYH A;  4ET9 A;  1JTT L;  2A7D A;  3CT0 A;  1HML A;  4NGL A;  4NWH A;  1NBY C;  3CQL A;  2XTH A;  4NGI A;  5LA5 A;  3HBH A;  5T3F A;  1CKG A;  2DKV A;  1OUD A;  2XBS A;  3MGW A;  1F0W A;  4FDY A;  4NGO A;  4BAD A;  1B7Q A;  3B0K A;  4G49 A;  1XSF A;  1LJE A;  5IEL A;  2BQC A;  4NGW A;  2PC2 A;  2MEG A;  2ZYC A;  1HEL A;  4QDN A;  5LYT A;  5KXO A;  1GF6 A;  1FLY A;  1BHZ A;  2W1M A;  2F4G A;  1G7H C;  1DPX A;  1LSB A;  3B72 A;  4EMN A;  1GBZ A;  4H8Y A;  1QUT A;  1GEZ A;  1RI8 B;  4W94 A;  2Z18 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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