3HT6A

2-methylphenol in complex with t4 lysozyme l99a/m102q
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINQVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ht6A00
1OWYA 4YXCA 3PBLA 2RBOA 1L70A 3C8SA 4LDOA 4ARQB 168LA 1L43A 1OYUA 1CV6A 1L88A 2RB1X 1L42A 163LA 2O4WA 1L92A 1L67A 1L48A 4EXMA 1L83A 3DMVA 2OU0X 221LA 3C7YA 1L47A 2OTZX 1C6KA 4I7TA 3CDQA 2O79A 1L33A 177LA 1L58A 2RAZX 120LA 3SB8A 2B72A 3DN6A 1P7SA 130LA 3HUQA 1L73A 201LA 4PJZA 1D9WA 173LA 1SX7A 1C6MA 2F47A 2OU9A 212LA 3L64A 1QUOA 139LA 1L61A 1XJUA 189LA 1DYBA 1PQMA 1DYFA 3C8RA 170LA 114LA 1C6TA 1L40A 1L72A 236LA 3SN6R 165LA 249LA 146LA 1CTWA 1PQDA 1T6HA 4W59A 4I7NA 3DKEX 1L56A 1KY1A 3C81A 148LE 4K5YA 1G0QA 2QB0B 3G3XA 1LYEA 3L2XA 192LA 1L24A 1L13A 3GUPA 243LA 1L09A 1G0JA 247LA 3GUNA 3PDSA 230LA 1QT4A 4LZMA 214LA 1DYDA 126LA 3ODUA 1NHBA 4EPFA 144LA 1LI6A 1P46A 1QTCA 174LA 4LDEA 1XJTA 2RAYX 2NTGA 2RBRA 3GUMA 180LA 1T8AA 149LA 4GRVA 1DYEA 137LA 2B6WA 223LA 3GUKA 1QTVA 224LA 141LA 1L19A 1L80A 239LA 1C6CA 2OU8A 2F32A 4EKQA 3G3VA 3SB9A 248LA 4ARLA 129LA 128LA 1CV0A 1ZWNA 4AQNA 2Q9DA 245LA 110LA 4I7MA 1L27A 1D3JA 1L07A 195LA 4I7KA 1L05A 3F9LA 4LDLA 1P3NA 4W53A 2B7XA 1L71A 237LA 4W52A 1CU0A 3CDTA 1SSWA 1JTMA 209LA 2LCBA 4EKRA 3DN8A 3UONA 3JR6A 2ANXA 1QTDA 1SX2A 244LA 4I7QA 104LA 131LA 1L34A 2OTYX 4W56A 1QSQA 1L37A 187LA 4W58A 1C6FA 145LA 1QTHA 3GULA 1QT6A 182LA 255LA 190LA 1C6LA 3HWLA 3CDRA 3HTDA 1L50A 1G0GA 1L25A 1L60A 123LA 1CV1A 2RB0X 3C80A 4ARQA 1KW5A 3F8VA 3DN4A 2OE7X 2B6ZA 3NY8A 115LA 2Z6BA 140LA 188LA 1OWZA 206LA 1OV7A 1L77A 4GBRB 1L08A 1L28A 1QTZA 1G0MA 1CX7A 4YX7C 254LA 1L94A 1P56A 3C83A 3EMLA 1L64A 2RBSA 3GUOA 150LA 1L22A 262LA 151LA 1L39A 186LA 2LC9A 4IAPA 1ZYTA 1JTNA 3C7WA 127LA 143LA 3HH3A 142LA 1L00A 3DMZA 1CUQA 184LA 1LYHA 2A4TA 1XEPA 3HH6A 1L20A 3SB5A 2B74A 1CX6A 1L93A 1ZURA 218LA 2ANVA 2L78A 3OE8A 2HUMA 178LA 3HU8A 1L46A 1L84A 4OO9A 4W55A 1L52A 4PK0A 1P5CA 217LA 4ARJA 3HDFA 1K28A 1C69A 3HH4A 1WTHA 3CDVA 4ARMB 1EPYA 1L11A 1T8GA 2LZMA 183LA 1LYJA 3DN2A 198LA 1DYAA 1C61A 1P2LA 1P37A 155LA 1OVJA 1L66A 1QT8A 164LA 2RBQA 171LA 175LA 3HTFA 215LA 4EKSA 1B6IA 1L35A 2RBPA 1I6SA 1CU5A 1CU6A 1CU2A 3SBBC 1G07A 1C64A 1L16A 1L53A 1C62A 3D4SA 2RB2X 1L90A 1QT7A 1D2YA 1LYIA 1P64A 1C6NA 4ZPUA 5I14A 4I7PA 118LA 1D3FA 253LA 3C8QA 4I7RA 2OE9X 2OE4X 158LA 1L62A 238LA 4YXAC 152LA 1LYGA 1QSBA 2QARC 3DN0A 1JQUA 1L0KA 1L29A 1L38A 2HUKA 1LI3A 4I7JA 6LZMA 1C6DA 3GUJA 216LA 4EPIA 2B6XA 4DAJA 3NYAA 109LA 3DN3A 4EKPA 250LA 261LA 3SB7A 1L23A 2F2QA 3HH5A 1KW7A 1L45A 4I7OA 232LA 1L89A 211LA 2B6TA 157LA 4S0WA 1L59A 1QT3A 1L32A 227LA 1DYCA 3NY9A 1L21A 1L74A 1L18A 3GUIA 4DJHA 3HT7A 259LA 1QS9A 122LA 1QUDA 242LA 1L98A 3SBAA 1G06A 3V2YA 1LGUA 1L87A 172LA 199LA 1P36A 252LA 1L30A 147LA 1KS3A 3DN1A 160LA 111LA 1CUPA 4ARPA 3LZMA 2CUUA 3HDEA 1LLHA 1L26A 1OVHA 1TLAA 1KY0A 3HT8A 1L63A 2B75A 3C7ZA 1C67A 107LA 1T8FA 108LA 125LA 1LGXA 3C82A 3V2WA 4W57A 1PQJA 176LA 1L01A 1L76A 1QUHA 3FI5A 1L49A 1L97A 1C6JA 251LA 196LA 1L51A 1OV5A 222LA 1KNIA 257LA 1C6AA 1L02A 1P2RA 1LYDA 1C6GA 112LA 1L79A 235LA 162LA 1CV4A 1C6IA 4I7SA 2B73A 1CU3A 1C68A 1L68A 1QS5A 1G1VA 1L31A 5LZMA 4W54A 1L99A 3VW7A 1DYGA 2RBNA 4W51A 228LA 3RZEA 1L54A 102LA 1QUGA 3HUKA 1L75A 4DKLA 1G0LA 3HU9A 1L86A 4I7LA 1L65A 1L15A 1C60A 1L91A 2O7AA 3SB6A 205LA 3FADA 1L36A 1C63A 181LA 1OVKA 1L06A 2NTHA 260LA 1C6EA 159LA 1L17A 226LA 219LA 256LA 2OEAX 1L03A 3OE9A 3G3WA 2B70A 1L14A 4ARMA 7LZMA 1L41A 2Q9EA 3HTGA 1L85A 1CVKA 1LYFA 1PQIA 200LA 3CDOA 1LGWA 1C66A 258LA 2RH1A 4E97A 191LA 3HT9A 1L10A 3QAKA 246LA 3OE0A 1SSYA 1L0JA 4EJ4A 161LA 1L69A 210LA 1L44A 1L81A 166LA 1SWZA 1LPYA 1L82A 213LA 1L57A 220LA 113LA 234LA 1C6HA 231LA 197LA 1C6BA 3K2RA 156LA 241LA 3HUAA 1L96A 1LI2A 138LA 1L55A 1G1WA 3HTBA 1C65A 1D2WA 2B6YA 1QT5A 167LA 1PQOA 1D3NA 1LWGA 3DNAA 1G0KA 1C6QA 233LA 229LA 1D3MA 1CV5A 2IGCA 3DMXA 1CV3A 2HULA 119LA 185LA 1T97A 1C6PA 1PQKA 225LA 3RUNA 169LA 3FA0A 1L95A 103LA 1L04A 1LWKA 3HT6A 1SWYA 1QTBA 1LW9A 1L12A 3OE6A 240LA 1P6YA 1G0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BQDA 1JIYA 5LXWA 4LDOA 1IP6A 2BPUA 3AYQA 1YKYX 4G49A 1L48A 5LIOA 1NBZC 1XGTC 1WQRA 1C6KA 4H1PA 1LSGA 1L33A 3HBDA 1B2KA 4DDBA 1GEVA 1LZ5A 3DN6A 1QIOA 4W96A 1L73A 1D9WA 6LYZA 2W1XA 4NHSA 2F47A 3B0OA 2PC2A 1GB9A 139LA 2BQOA 189LA 1PQMA 1DPXA 2MEEA 170LA 1C6TA 1L72A 146LA 1CTWA 1HMKA 4I7NA 1UC0A 1KY1A 4WO9A 1GFAA 4LZTA 1IWZA 2BQLA 1JKBA 192LA 1O23A 4QDNA 4CGEA 4PHIA 1WQOA 230LA 1QT4A 3B6LA 2XJWA 1CJ6A 4IATA 214LA 3TXEA 4GN5C 4GCEA 3WU7A 1P46A 4PRUA 2DQHY 180LA 1ZV5L 2ZQ3A 1NF5A 2B6WA 3EBAB 1QTVA 224LA 3HBHA 141LA 1L19A 5DN4A 4B4IA 1RFPA 2F32A 1IOSA 5C6LA 5IELA 1GBZA 1W08A 4AQNA 2Q9DA 4ETCA 1A4VA 4D9ZA 4I7MA 3TMXA 4I7KA 4GCBA 2YBIA 3AJNA 3AW6A 1P3NA 4LDLA 4UWNA 4XJGA 5K7OA 4W53A 1JPOA 4W52A 2G4PA 2BQIA 2FYCA 1BB4A 5II3A 1QDTA 1ZVYB 3WPJA 2ANXA 1QTDA 4GN3A 1BVKC 1QSQA 1L37A 2ZILA 1GF8A 3AZ5A 1GB0A 3GULA 5KXWA 182LA 3A91A 3LZTA 1L50A 1GB6A 1IY4A 4GN4A 4ARQA 4WL7A 4DDCA 1IOQA 4NSIA 1UIBA 3TXHA 4GBRB 5F16A 1L08A 1AT6A 1G0MA 3TXFA 1N4FA 1P56A 3P66A 1CKDA 151LA 4GCFA 3J6KA 1IX0A 1B7SA 2LC9A 5B07A 1ZYTA 1LMCA 3DMZA 184LA 3SB5A 1CX6A 2W1LA 1L93A 2L78A 5LVIA 2HUMA 2F4GA 3HU8A 1GE4A 4PK0A 1K28A 5ILCA 1C69A 1JTOL 1GF3A 1GFEA 4H91A 4NGIA 5B1GA 155LA 1GFHA 3HTFA 3HFMY 1DI5A 5E9RA 5F9UA 1HERA 5LYTA 1UIDA 1WVVA 4WM5A 4WL6A 1CU2A 1OUIA 3W6EA 1G07A 1C64A 4LYTA 1L16A 4TX7A 4ETEA 4NHPA 5LYZA 1IP4A 1QT7A 1LYIA 4PGJB 4J7VA 5I14A 1D3FA 3A6BY 1L62A 2W1YA 5B59A 1YIKA 193LA 1L0KA 1L38A 2HUKA 1C6DA 1YANA 3NYAA 109LA 4NGWA 1P2CC 4EKPA 250LA 1L23A 4LFXA 4DQJA 1LSBA 153LA 1L89A 157LA 1OUJA 1XEKA 1L32A 1L74A 3GXKA 259LA 4P2EA 3SBAA 1G06A 4IASA 1JJ3A 1LGUA 4XJIA 252LA 147LA 4CFOA 133LA 4H9IA 1KS3A 160LA 4DD0A 1CUPA 1LHMA 5LVJA 4NWEA 4RLMA 1LHHA 1HEQA 2NWDX 1LGXA 1F6RA 4XN6A 1PQJA 1L01A 1QUHA 1L97A 1C6JA 3LHMA 3TXBA 196LA 1TAYA 3EO5A 4KT3A 4R0FA 1P2RA 1LYDA 4LYZA 1LSFA 1C6GA 162LA 5LVGA 1YL0X 5LZMA 1D6QA 4N0JA 3A67Y 1L99A 1C45A 2D6BA 4CJ2A 4H9EA 1IR7A 2Z38A 3WUNA 1L54A 4DKLA 4I7LA 1L15A 2H9KA 2IFFY 4YM8A 4A7DA 1UA6Y 1L36A 1L06A 2Z2FA 1IWTA 1L17A 1UICA 1KIPC 1L03A 3OE9A 1IO5A 5I4YA 1L14A 2ZIJA 7LZMA 1L41A 1JTPL 1PQIA 1AT5A 4E97A 4B0DA 4WM4A 3QAKA 2MEDA 161LA 1L69A 2DQEY 4H9HA 213LA 1IIZA 4NGLA 3QY4A 4KL7A 1C6HA 4M4OA 2YBJA 3LN2A 138LA 3B0IA 4ETDA 1QT5A 3WYHA 167LA 5L3IA 4H94A 8LYZA 4B4EA 1G0KA 2MEGA 2MEAA 3TXJA 1CV5A 2ZYPA 4XYYA 225LA 5T3FA 3T36A 2BQJA 1L04A 1V7SA 1VDPA 1LWKA 3HT6A 1SWYA 4G4BA 1KXXA 1P6YA 2YDGA 1HF4A 4B4JA 1B5UA 1OWYA 1LSZA 2MEBA 2RBOA 1LSAA 2ZWBA 1L43A 1CV6A 1IEEA 5A3EA 163LA 1L92A 1L67A 2Q0MX 4EXMA 1L83A 3N9EA 1YAMA 1UIAA 1LZRA 3CDQA 2O79A 1LSMA 177LA 1LYOA 4Z98A 2ZIKA 120LA 2B72A 1P7SA 4HPEA 2X0AA 3HUQA 201LA 3OJPA 1REXA 2YVBA 1C6MA 212LA 1QUOA 1XJUA 1GB3A 3K3TA 3C8RA 114LA 2Z18A 165LA 3G3BB 1JEFA 3DKEX 1PZYA 4LGKA 5KXMA 148LE 4OOTA 4K5YA 1G0QA 2HUBA 3L2XA 4GLAA 1L13A 1GF5A 4I0CA 4G9SA 5E4PA 2BQAA 243LA 2BQGA 3CT1A 3TXGA 1G0JA 4PJ2C 247LA 3BKVA 1XGPC 2XTHA 3PDSA 5I5QA 1DYDA 5I4XA 4WOAA 5LA5A 144LA 1LI6A 174LA 4LDEA 1LHLA 5M1YA 2NTGA 1B7NA 3GUMA 1T8AA 1DYEA 1CKFA 1CKCA 223LA 4EKQA 1F0WA 5KXRA 1GEZA 4NSHA 1REMA 3SB9A 248LA 1ZWNA 1GB8A 4XJDA 1W6ZA 2IHLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2BQD A;  1JIY A;  5LXW A;  4LDO A;  1IP6 A;  2BPU A;  3AYQ A;  1YKY X;  4G49 A;  1L48 A;  5LIO A;  1NBZ C;  1XGT C;  1WQR A;  1C6K A;  4H1P A;  1LSG A;  1L33 A;  3HBD A;  1B2K A;  4DDB A;  1GEV A;  1LZ5 A;  3DN6 A;  1QIO A;  4W96 A;  1L73 A;  1D9W A;  6LYZ A;  2W1X A;  4NHS A;  2F47 A;  3B0O A;  2PC2 A;  1GB9 A;  139L A;  2BQO A;  189L A;  1PQM A;  1DPX A;  2MEE A;  170L A;  1C6T A;  1L72 A;  146L A;  1CTW A;  1HMK A;  4I7N A;  1UC0 A;  1KY1 A;  4WO9 A;  1GFA A;  4LZT A;  1IWZ A;  2BQL A;  1JKB A;  192L A;  1O23 A;  4QDN A;  4CGE A;  4PHI A;  1WQO A;  230L A;  1QT4 A;  3B6L A;  2XJW A;  1CJ6 A;  4IAT A;  214L A;  3TXE A;  4GN5 C;  4GCE A;  3WU7 A;  1P46 A;  4PRU A;  2DQH Y;  180L A;  1ZV5 L;  2ZQ3 A;  1NF5 A;  2B6W A;  3EBA B;  1QTV A;  224L A;  3HBH A;  141L A;  1L19 A;  5DN4 A;  4B4I A;  1RFP A;  2F32 A;  1IOS A;  5C6L A;  5IEL A;  1GBZ A;  1W08 A;  4AQN A;  2Q9D A;  4ETC A;  1A4V A;  4D9Z A;  4I7M A;  3TMX A;  4I7K A;  4GCB A;  2YBI A;  3AJN A;  3AW6 A;  1P3N A;  4LDL A;  4UWN A;  4XJG A; 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 1AT5 A;  4E97 A;  4B0D A;  4WM4 A;  3QAK A;  2MED A;  161L A;  1L69 A;  2DQE Y;  4H9H A;  213L A;  1IIZ A;  4NGL A;  3QY4 A;  4KL7 A;  1C6H A;  4M4O A;  2YBJ A;  3LN2 A;  138L A;  3B0I A;  4ETD A;  1QT5 A;  3WYH A;  167L A;  5L3I A;  4H94 A;  8LYZ A;  4B4E A;  1G0K A;  2MEG A;  2MEA A;  3TXJ A;  1CV5 A;  2ZYP A;  4XYY A;  225L A;  5T3F A;  3T36 A;  2BQJ A;  1L04 A;  1V7S A;  1VDP A;  1LWK A;  3HT6 A;  1SWY A;  4G4B A;  1KXX A;  1P6Y A;  2YDG A;  1HF4 A;  4B4J A;  1B5U A;  1OWY A;  1LSZ A;  2MEB A;  2RBO A;  1LSA A;  2ZWB A;  1L43 A;  1CV6 A;  1IEE A;  5A3E A;  163L A;  1L92 A;  1L67 A;  2Q0M X;  4EXM A;  1L83 A;  3N9E A;  1YAM A;  1UIA A;  1LZR A;  3CDQ A;  2O79 A;  1LSM A;  177L A;  1LYO A;  4Z98 A;  2ZIK A;  120L A;  2B72 A;  1P7S A;  4HPE A;  2X0A A;  3HUQ A;  201L A;  3OJP A;  1REX A;  2YVB A;  1C6M A;  212L A;  1QUO A;  1XJU A;  1GB3 A;  3K3T A;  3C8R A;  114L A;  2Z18 A;  165L A;  3G3B B;  1JEF A;  3DKE X;  1PZY A;  4LGK A;  5KXM A;  148L E;  4OOT A;  4K5Y A;  1G0Q A;  2HUB A;  3L2X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BQD A;  1JIY A;  5LXW A;  4LDO A;  1IP6 A;  2BPU A;  3AYQ A;  1YKY X;  4G49 A;  1L48 A;  5LIO A;  1NBZ C;  1XGT C;  1WQR A;  1C6K A;  4H1P A;  1LSG A;  1L33 A;  3HBD A;  1B2K A;  4DDB A;  1GEV A;  1LZ5 A;  3DN6 A;  1QIO A;  4W96 A;  1L73 A;  1D9W A;  6LYZ A;  2W1X A;  4NHS A;  2F47 A;  3B0O A;  2PC2 A;  1GB9 A;  139L A;  2BQO A;  189L A;  1PQM A;  1DPX A;  2MEE A;  170L A;  1C6T A;  1L72 A;  146L A;  1CTW A;  1HMK A;  4I7N A;  1UC0 A;  1KY1 A;  4WO9 A;  1GFA A;  4LZT A;  1IWZ A;  2BQL A;  1JKB A;  192L A;  1O23 A;  4QDN A;  4CGE A;  4PHI A;  1WQO A;  230L A;  1QT4 A;  3B6L A;  2XJW A;  1CJ6 A;  4IAT A;  214L A;  3TXE A;  4GN5 C;  4GCE A;  3WU7 A;  1P46 A;  4PRU A;  2DQH Y;  180L A;  1ZV5 L;  2ZQ3 A;  1NF5 A;  2B6W A;  3EBA B;  1QTV A;  224L A;  3HBH A;  141L A;  1L19 A;  5DN4 A;  4B4I A;  1RFP A;  2F32 A;  1IOS A;  5C6L A;  5IEL A;  1GBZ A;  1W08 A;  4AQN A;  2Q9D A;  4ETC A;  1A4V A;  4D9Z A;  4I7M A;  3TMX A;  4I7K A;  4GCB A;  2YBI A;  3AJN A;  3AW6 A;  1P3N A;  4LDL A;  4UWN A;  4XJG A; 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