4PK0A

Crystal structure of t4 lysozyme-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pk0A00
3C82A 138LA 3SB5A 1T8FA 1DYEA 243LA 217LA 1L65A 2RB1X 147LA 1QUOA 254LA 3ODUA 2F32A 3GUJA 2RB0X 165LA 3GUPA 1L84A 199LA 2RBSA 1OYUA 211LA 129LA 1L85A 3C7ZA 1D3FA 174LA 159LA 131LA 4EXMA 4E97A 1L02A 3RZEA 1QT6A 1SX2A 236LA 1L12A 1L62A 2RBQA 146LA 3VW7A 3HUKA 1C6TA 4PJZA 3HH6A 1L28A 4EKSA 1C64A 4I7JA 212LA 172LA 1D3NA 3PDSA 145LA 173LA 1L79A 1QTBA 3HT8A 4EKRA 1P6YA 156LA 1L93A 143LA 2F2QA 1PQJA 1OVKA 206LA 2OTYX 3HT9A 4GRVA 3SB9A 1L32A 1L39A 1L63A 1L09A 4AQNA 1L13A 2RBRA 1NHBA 178LA 3HTDA 1C68A 1G0LA 1DYBA 1LWKA 2A4TA 240LA 2RAZX 232LA 1QTDA 164LA 4LDEA 4DAJA 1L33A 3C7YA 3G3XA 1LYJA 1DYDA 1C6IA 2OTZX 259LA 4ARQB 1LGXA 102LA 1G0MA 1JTNA 223LA 2RBNA 1L76A 1G06A 188LA 1P2RA 1CV4A 1CVKA 1L99A 210LA 3CDQA 3GUKA 241LA 166LA 2HUKA 7LZMA 130LA 1LI3A 255LA 3GUNA 1KS3A 1CX6A 3C81A 1C63A 1P5CA 1OVJA 1L46A 2B75A 2HULA 1KW5A 4I7KA 244LA 108LA 1L31A 1L17A 3FA0A 4I7MA 247LA 253LA 4EJ4A 190LA 1L26A 1L42A 1C6LA 3HTBA 1L41A 4I7PA 1CX7A 205LA 152LA 3RUNA 1L50A 3G3WA 141LA 1G0QA 4W54A 1QTZA 3FADA 2RH1A 114LA 245LA 113LA 112LA 104LA 1QS9A 4YXAC 2OU9A 1QUGA 2LCBA 1PQDA 3C8SA 1T6HA 1C66A 1C67A 162LA 2NTGA 1WTHA 229LA 1L72A 1L44A 1LGUA 119LA 3DMXA 1G1WA 3HDEA 1CU5A 209LA 4DJHA 1D3JA 1LGWA 215LA 1L08A 2F47A 3CDOA 120LA 1KW7A 213LA 3OE8A 225LA 2B6YA 1SSWA 216LA 160LA 4EPFA 1L69A 1G1VA 1C6FA 1D9WA 187LA 1D2WA 3CDRA 1L90A 1EPYA 4LDOA 191LA 1LPYA 3GUMA 1L15A 1L95A 3SBBC 1PQMA 1C6MA 1C6PA 2Q9EA 157LA 1DYFA 1L61A 2QARC 185LA 1PQKA 1KNIA 237LA 3L2XA 2HUMA 3SBAA 122LA 3JR6A 3DKEX 200LA 1L88A 3CDTA 189LA 1P37A 1LLHA 2OEAX 230LA 3OE6A 1K28A 2LC9A 3OE9A 1CU0A 2IGCA 3D4SA 4W55A 1L66A 4W58A 1QT4A 1L43A 214LA 2B74A 163LA 3NY8A 3NYAA 1L92A 3HTGA 3SN6R 4ARMA 1QT5A 2RBOA 4EKQA 1L36A 3C8QA 4I7QA 1L06A 1I6SA 1L20A 1L75A 4PK0A 4W51A 1C6GA 1OWYA 220LA 195LA 3C8RA 1T97A 1ZWNA 1CU2A 4ARJA 226LA 1QT7A 1XEPA 1DYAA 1L48A 1PQIA 1C62A 1L56A 2O79A 3L64A 2RBPA 4W56A 137LA 128LA 1QUHA 3GULA 4GBRB 1L10A 1CV1A 1C6DA 1QUDA 1LYGA 1ZURA 2CUUA 1PQOA 1L82A 1L58A 111LA 1QTCA 3DN0A 1G0KA 3GUIA 2OE7X 1L89A 3HUAA 169LA 1L11A 107LA 3PBLA 1B6IA 1L54A 1G0JA 3OE0A 155LA 1L60A 1L00A 1DYCA 3G3VA 3K2RA 4K5YA 1CUQA 5LZMA 1OV5A 1L74A 4W53A 1SWZA 1G07A 6LZMA 2B6WA 1G0GA 3DMVA 3DN8A 1CV6A 246LA 3DN2A 260LA 4DKLA 150LA 238LA 1C6QA 1C6BA 4EPIA 2ANXA 3EMLA 3DN1A 180LA 3F9LA 257LA 3HWLA 3QAKA 258LA 2RB2X 1P46A 2NTHA 1QTHA 1L04A 252LA 2OU0X 1CUPA 1L16A 118LA 1T8AA 1LYEA 3HTFA 1LYFA 1LI6A 2B6XA 151LA 1L68A 103LA 218LA 2ANVA 1G0PA 149LA 2O4WA 4W52A 1L53A 1L70A 248LA 1C60A 1P64A 1L55A 142LA 3HU8A 1XJTA 1P56A 3SB7A 4I7RA 2O7AA 1SSYA 4ARMB 1L03A 1L19A 3HH3A 1OWZA 3C80A 251LA 1C61A 1JTMA 250LA 3C83A 3HH5A 262LA 1CV5A 3NY9A 235LA 1QSQA 4YXCA 1L40A 2L78A 3CDVA 1QT3A 1SX7A 3HDFA 1L0KA 5I14A 1L57A 2QB0B 1L45A 3C7WA 239LA 1CU6A 176LA 177LA 3HT7A 1L24A 1L87A 1LI2A 1L64A 1OV7A 249LA 1C6AA 1L38A 170LA 1ZYTA 186LA 1QTVA 161LA 181LA 1CV0A 1L49A 4S0WA 182LA 1P7SA 1D2YA 168LA 227LA 3DMZA 148LE 1P36A 1L86A 144LA 4ARPA 1L91A 1L30A 1L0JA 4I7OA 1QSBA 221LA 1L94A 256LA 3UONA 197LA 2B73A 2B6ZA 261LA 1LYDA 1L73A 1L83A 2OE4X 1CU3A 1L51A 1P3NA 4I7SA 1C6JA 1DYGA 1QS5A 3DN6A 1L71A 224LA 1QT8A 4LDLA 222LA 1C6CA 3DNAA 1CV3A 233LA 1C6NA 1L81A 3HU9A 3SB6A 4ZPUA 171LA 110LA 228LA 1CTWA 4IAPA 3DN4A 1SWYA 231LA 1TLAA 1LWGA 3HT6A 2B6TA 1KY1A 3F8VA 201LA 4W57A 125LA 2LZMA 3HUQA 219LA 1OVHA 1L67A 1KY0A 109LA 3DN3A 158LA 1L14A 1C6HA 3FI5A 2OE9X 1JQUA 1L97A 3V2YA 4W59A 3GUOA 1L77A 1L29A 1L98A 184LA 3SB8A 1T8GA 4LZMA 1L35A 4EKPA 126LA 2B7XA 1L47A 1C69A 4OO9A 1L59A 4ARLA 4YX7C 1P2LA 1C6EA 1L22A 1L37A 1C65A 1L07A 234LA 1L05A 242LA 4I7TA 139LA 1L21A 1L34A 1LYHA 2Q9DA 2B70A 4ARQA 1L52A 1C6KA 4I7NA 3LZMA 1L23A 2Z6BA 3HH4A 198LA 1L25A 183LA 3V2WA 1LW9A 1L27A 2B72A 140LA 115LA 4I7LA 2RAYX 196LA 1XJUA 192LA 1L18A 1D3MA 1L80A 127LA 175LA 1LYIA 2OU8A 1L96A 1L01A 123LA 167LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
138LA 3SB5A 2DBTA 3WVXA 217LA 1L65A 147LA 4G4CA 1HNLA 1VFBC 2DQHY 4AXTA 165LA 1L84A 5LVGA 2RBSA 211LA 129LA 1HF4A 174LA 1MLCE 4BAFA 1JSFA 3WUMA 3RZEA 1QT6A 2X0AA 1L12A 4UWNA 4ET9A 146LA 4BADA 4H9CA 4EKSA 1W6ZA 212LA 1HELA 172LA 153LA 3PDSA 145LA 1IR8A 1L79A 1QTBA 1KXYA 3HBHA 1HEWA 4GRVA 1NDGC 3SB9A 5KXMA 1L39A 1L63A 3P65A 3A3RX 5LYMA 1SQ2L 5DN4A 1C68A 1BB6A 4NFVA 4RDSA 4WG7A 164LA 1L33A 133LA 4DDCA 1GHLA 1FBIX 102LA 1GFKA 4HJYA 188LA 1CVKA 3CDQA 1P2CC 2BQLA 4KL7A 1O23A 241LA 130LA 4R0FA 255LA 1KIRC 5I5QA 1L46A 3AZ5A 3EXDA 1XEJA 108LA 4IATA 5KXOA 1L31A 3ULRA 1LSZA 1HC0A 1JPOA 1WTNA 3RT5X 253LA 1BWIA 1L26A 4NG1A 1RE2A 1FLYA 1LJEA 1DI3A 1L41A 5F81A 1CX7A 4DD2A 5I4YA 3B72A 5LYZA 1GFEA 205LA 152LA 1D6PA 5KXZA 3WULA 3WMKA 5EBHA 4OWCA 1GF5A 2BQNA 208LA 1REYA 2BQIA 4WL6A 2Q0MX 3A92A 112LA 3D9AC 5I4WA 4YXAC 1LSNA 3A8ZA 4DDBA 3C8SA 2NTGA 1LCNA 2D91A 1LGUA 3DMXA 5KXXA 3HDEA 2MEDA 4DJHA 1LGWA 4DQ7A 215LA 2EIZC 5FHWA 213LA 3OE8A 225LA 2ZILA 2B6YA 1WQQA 4EPFA 1C10A 5KXKA 4DD7A 5ILCA 3P68A 3SP3A 4Z98A 2FBBA 4LDOA 1LPYA 1L15A 4N1CC 2LYOA 2MECA 2Q9EA 1LHMA 4WM5A 1AT6A 3BKHA 122LA 1GDWA 3DKEX 1LJFA 2F4AA 5B1GA 1GB8A 1LLHA 3OE9A 1LZNA 2BQOA 1L66A 1LTMA 4N0JA 3F6ZA 1QT4A 3TXFA 1D6QA 4ETBA 5KXWA 3NYAA 1L92A 1HMLA 4H93A 3HTGA 4ARMA 3A6CY 1L36A 3C8QA 1LZYA 1GAYA 2ZIJA 1L20A 5LYTA 132LA 1WQMA 1BWHA 1ZWNA 4ARJA 3A90A 3B0KA 4LT3A 3L64A 2O79A 1TCYA 4H92A 1YL0X 1C6DA 2CUUA 1FKVA 2ZYPA 5HMVA 1D0KA 3WU7A 3HUAA 3TMVA 3PBLA 2Z37A 1UIAA 1G0JA 3OE0A 155LA 1DYCA 4WO9A 4B4JA 3G3VA 3WYHA 1IWUA 1VEDA 1OV5A 1L74A 4W53A 2MEFA 1FLQA 1G0GA 1CV6A 246LA 4NWHA 3QE8A 4DKLA 238LA 1JJ3A 1BGIA 1XEPA 5FCPA 5AMYA 1C6BA 1BVXA 2ANXA 1LZAA 4I0CA 2YBLA 3F9LA 1CJ7A 1C46A 1CUPA 1L16A 3KAMA 151LA 103LA 2ANVA 248LA 3HU8A 2A7FA 1HMKA 2Z18A 1GWDA 1A2YC 1OUBA 1P56A 1IC5Y 4ARMB 1L03A 1L19A 3HH3A 1GE0A 3AZ7A 1NQIA 3RW8A 1JTMA 1HHLA 2VB1A 1LJJA 1CV5A 1QSQA 1QT3A 1SX7A 2YSSC 1LMCA 2F4GA 2MEGA 1EQ4A 1L57A 1JTOL 4Z46A 4GN3A 1L87A 1IP1A 5DN5A 1OUGA 1LSMA 1IOQA 4NHPA 2I25L 1L38A 1G7HC 1BB7A 181LA 1RJCB 3TXKA 1OUCA 1ZMYL 3DMZA 148LE 1FN5A 5KKIA 4ARPA 1L91A 1L0JA 4GLAA 3AGHA 1I1ZA 4ETDA 3EMSA 256LA 2F30A 5APEA 4I7SA 1QS5A 1LJ3A 224LA 1BVKC 1QT8A 9LYZA 4NGLA 3TXDA 1CV3A 233LA 3P4ZA 1HEMA 4XJBA 4ZPUA 3W6FA 110LA 228LA 1CTWA 4OWAA 1QSWA 1TLAA 5D5FA 4MSTA 4TSCA 1OQMA 5I53A 3TXEA 3T36A 125LA 4XJDA 2LZMA 3LYOA 219LA 1LZTA 1YQVY 2MEHA 1W08A 4BAPA 4B1AA 4HSFA 2OE9X 1JQUA 1L97A 1L77A 2RSCA 1D9UA 3CQLA 2XBRA 1LSPA 2YBMA 5E4PA 3G3AB 1BHZA 1JKAA 1L59A 4YX7C 1P2LA 4J1BA 4OWHA 1LSAA 1JTPL 1L21A 1L34A 1LYHA 2Q9DA 4ARQA 1LSYA 154LA 1L52A 1TBYA 5FEKA 1LOZA 1L25A 1LYSA 3V2WA 1LW9A 1L27A 3M3UA 1HFYA 4XADA 1LJHA 1L01A 123LA 5B59A 3TXJA 1DYEA 4HTQA 1LZRA 1NBYC 1GFVA 5LAGA 1B7SA 3ODUA 4B0DA 3GUPA 4LT2A 199LA 1OYUA 4DD1A 1JKDA 159LA 131LA 1H6MA 4EXMA 1L02A 2BPUA 3IJUA 1NF5A 5KJ9A 4H94A 1IP5A 4X3BA 1C6TA 1LJIA 4I7JA 1D3NA 4PJ2C 1G7IC 4NGYA 4DYGA 1P6YA 156LA 4OWEA 4WG1A 2OTYX 2FYCA 1QUTA 2BQEA 1L13A 178LA 4NG8A 4CHXA 1G0LA 1FDLY 1B0DA 2BQAA 4DAJA 1GB5A 4NEBA 2Y8PA 1B2KA 1LZGA 1DYDA 2YVBA 2OTZX 4NHTA 259LA 4ARQB 2RBNA 210LA 4NSIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 138L A;  3SB5 A;  2DBT A;  3WVX A;  217L A;  1L65 A;  147L A;  4G4C A;  1HNL A;  1VFB C;  2DQH Y;  4AXT A;  165L A;  1L84 A;  5LVG A;  2RBS A;  211L A;  129L A;  1HF4 A;  174L A;  1MLC E;  4BAF A;  1JSF A;  3WUM A;  3RZE A;  1QT6 A;  2X0A A;  1L12 A;  4UWN A;  4ET9 A;  146L A;  4BAD A;  4H9C A;  4EKS A;  1W6Z A;  212L A;  1HEL A;  172L A;  153L A;  3PDS A;  145L A;  1IR8 A;  1L79 A;  1QTB A;  1KXY A;  3HBH A;  1HEW A;  4GRV A;  1NDG C;  3SB9 A;  5KXM A;  1L39 A;  1L63 A;  3P65 A;  3A3R X;  5LYM A;  1SQ2 L;  5DN4 A;  1C68 A;  1BB6 A;  4NFV A;  4RDS A;  4WG7 A;  164L A;  1L33 A;  133L A;  4DDC A;  1GHL A;  1FBI X;  102L A;  1GFK A;  4HJY A;  188L A;  1CVK A;  3CDQ A;  1P2C C;  2BQL A;  4KL7 A;  1O23 A;  241L A;  130L A;  4R0F A;  255L A;  1KIR C;  5I5Q A;  1L46 A;  3AZ5 A;  3EXD A;  1XEJ A;  108L A;  4IAT A;  5KXO A;  1L31 A;  3ULR A;  1LSZ A;  1HC0 A;  1JPO A;  1WTN A;  3RT5 X;  253L A;  1BWI A;  1L26 A;  4NG1 A;  1RE2 A;  1FLY A;  1LJE A;  1DI3 A;  1L41 A;  5F81 A;  1CX7 A;  4DD2 A;  5I4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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