4XJFA

X-ray structure of lysozyme b1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjfA00
1HMLA 5LINA 1GDWA 1LZEA 4GN4A 3WU7A 1B7SA 1FN5A 3RZ4A 2H5ZA 1FKQA 3HFMY 1GEZA 4N0JA 2CWIA 4NGLA 5B05A 1LZYA 1LHLA 5KXRA 2YBMA 4NGWA 4OWCA 1LMTA 5C6LA 1YROA 1JHLA 1HFYA 1UICA 3A6BY 3W6DA 4H91A 1OUHA 3B0OA 1XEKA 1UIEA 4H8YA 3W6CA 3ZVQB 4EMNA 9LYZA 2BLXA 1UCOA 1UIAA 1UACY 1IWZA 1LMOA 1UIHA 1NMMA 2FBDA 4N5RA 1B0DA 4TUNA 3AZ6A 4H94A 3WPKA 4KXIA 1XSFA 1BGIA 4ETEA 4XN6A 3W6AA 2YSSC 1B7RA 1CJ7A 1P2CC 1REMA 1V7TA 1AKIA 1VDSA 3HBDA 3LZ2A 4H8XA 4HV2A 1IWTA 1FLWA 3TMUA 5KXMA 1B5XA 1KXXA 1GXV2 5L3HA 1GF9A 3W6BA 5KXXA 2BLYA 4WLYA 1GF0A 1GFUA 5I53A 5LXWA 2W1YA 1VEDA 1EQEA 5LAGA 1OUGA 5HMJA 1IP5A 1ZMYL 1TAYA 1F6RA 4IATA 4CHXA 2XBSA 2LHMA 2YBIA 1JTOL 1QUTA 3WH1A 4QDNA 1LJ3A 1UUZC 1I56A 1LHIA 4G9SA 1LSPA 4GN5C 4NGIA 1ZVYB 2F4AA 1NWGA 1HSXA 4DYGA 1UIGA 4H9FA 5F9XA 1BB4A 3CT5A 1OUIA 4NGKA 1AT5A 4L41A 3WUNA 1DKKA 5F16A 1HEOA 1JKDA 2CGIA 4DT3A 1JIYA 1OUFA 1GFGA 4TWSA 1OUAA 4NWEA 3TXDA 2BQGA 2LYZA 4NGZA 1CNSA 5IDDA 132LA 1DI5A 1NDGC 3T36A 1UC0A 5APCA 1GFTA 4ETDA 2G4QA 1LYOA 1DI3A 133LA 1AM7A 1LZCA 4WM2A 5B1FA 3A34A 4PRQA 4YOPA 1C43A 4B4EA 3ATOA 1MELL 1CKGA 2ZILA 4N1CC 4OW1A 2XBRA 1LJHA 1IOCA 1LSAA 5LVIA 1WQRA 4N9RA 4XYYA 1CKHA 4A7DA 1GB3A 3ULRA 1RJCB 3A3QA 4H9BA 3J4GA 1INUA 1B5VA 5I54A 2BQAA 3B0KA 1IR9A 4LYMA 1LPIA 2I26L 4LYTA 1AZFA 1LJKA 4TSCA 1GDXA 1EQ4A 4I8SA 5A3ZA 3P64A 1LJFA 2F4GA 3P68A 4O34A 1GBWA 3RNXA 1LHKA 4IASA 5LIOA 3A6CY 1IY4A 1LSNA 4GCFA 4W94A 3WW5A 2XTHA 5HNCA 4HJZA 4WLDA 1BQLY 1JJ0A 5APEA 4RW1A 3SP3A 1TEWA 4XENA 3WU9A 4QY9A 5ILCA 3GXRA 2HEEA 4G49A 5FHWA 5I4XA 5KXPA 2VB1A 4WO9A 2I25L 1IWVA 3ATNA 3RT5X 1RI8B 1LCNA 2DQJY 4XJFA 5T3FA 4XJIA 5AMYA 1JWRA 1FKVA 2Z37A 1B7OA 1D0KA 4HTKA 1GF6A 1IP1A 4PRUA 1D9UA 1GF5A 1LTMA 2DQAA 1GBYA 1F10A 1LKSA 2BQDA 2YBLA 194LA 1G7HC 1B5WA 2HUBA 3A90A 1LMAA 4NSHA 3WL2A 2D4KA 4LT3A 1G7JC 1B7QA 1QIOA 4NGOA 4ET9A 4NGVA 3CT1A 5B06A 3LYMA 1IR8A 5DM9A 5FCPA 1OUCA 4XJBA 5DLAA 1GFHA 3WULA 5M1YA 5LVJA 1JKAA 1GE1A 2XJWA 5HMVA 1YAOA 1WQPA 2G4PA 2HEAA 1GHLA 1GFEA 1LSCA 1IIZA 1CJ8A 4WG1A 1LZ5A 1RE2A 4PJ2C 4YEOA 4WMGA 2Z2EA 1JTTL 1IOTA 3AGHA 4GLAA 4GCDA 3TMXA 3TXJA 1IP7A 1VDTA 1LSBA 3QNGA 4D9ZA 5A3EA 1IX0A 1LHJA 5B07A 1GFVA 1XGTC 5APFA 4LT0A 3A92A 193LA 4XJDA 1HEWA 1CKDA 5KXLA 4DDBA 2EPEA 3LZTA 1B9OA 1JTPL 5DN5A 5B1GA 2MEFA 2DBTA 1G7IC 1IORA 1BWIA 1OUBA 3IJVA 4ANRA 4OWBA 5DL9A 3W6EA 1BWHA 1HEMA 1LJNA 5D5CA 4XADA 1LYSA 1YILA 1YQVY 4LFXA 1LZDA 1IP4A 1REXA 5I4YA 1BB6A 2HU3A 1WQNA 1LZRA 1B7LA 1LSGA 5I4WA 4NHIA 4YEMA 1IR7A 1JSFA 3WW6A 1WVUA 1LZ6A 4HPIA 1HC0A 5LYMA 134LA 1HFXA 1YIKA 1VDQA 1GWDA 2LYOA 3HBEX 1GB9A 1LJEA 3AYQA 4J1BA 1GE0A 4MSTA 1BB3A 1YAPA 1LJJA 1C46A 1JKBA 1I20A 2MEBA 208LA 1BWJA 1WQQA 3GXKA 1JJ3A 4J0LA 5KXSA 1JISA 4RW2A 4RDSA 5LVKA 1LZ4A 1MLCE 4NHQA 4Z98A 5B59A 3CSZA 2G4NA 4LGKA 5LAFA 2ZIJA 3OJPA 1EQ5A 4YF2A 1GE2A 1HENA 1NKHA 2D6BA 3P4ZA 4WL7A 4HJYA 1IVMA 3TXGA 1GB5A 1Z55A 4GLVA 3K3TA 4OWAA 2Z2FA 2HU1A 2H9JA 1GB0A 207LA 2DQIY 4NHSA 4ZFPA 2Y8PA 1VFBC 4Z46A 2HEFA 4PPOA 2ZYPA 1KIQC 3A93A 4B0DA 4GCCA 2F2NA 1GB7A 4QGZA 4ET8A 1IP3A 2HTXA 4G4BA 1LMQA 4H90A 4WM3A 2ZQ4A 1NBYC 4AGAA 1JJ1A 153LA 5KXWA 4NSIA 1JEFA 1J1OY 4G4CA 1LSYA 1D6QA 2BQLA 1GAYA 4HP0A 4LYOA 3ZVQA 5D5FA 1HMKA 5LYTA 5EBHA 3CQLA 1IC4Y 5KXYA 2PC2A 2N5ZA 1F6SA 1OP9B 5F14A 1JITA 4LYZA 1IEEA 1UIBA 3LYTA 1OUJA 1B5ZA 2BQNA 1LYYA 5F9UA 4H1PA 2MEIA 3WXTA 3OK0A 1TCYA 4XJGA 4RLNA 1FLQA 1H87A 1GEVA 1J1PY 1UIFA 4II8A 4M4OA 4C3WA 2X0AA 4LFPA 2BQCA 3TXEA 4BS7A 5K7OA 3BKVA 6LYZA 3F6ZA 5KY1A 5LVGA 4HV1A 1A4VA 4BADA 1GE4A 1HELA 2C8OA 3AGGG 5KXNA 3TXFA 4DDCA 3TXBA 1B5UA 2NWDX 1QTEA 1BVXA 3G3BB 4KL7A 2ZQ3A 4N1EI 1GFKA 4YENA 1IC5Y 4PHIA 3D3DA 1TDYA 2BQOA 2WARA 1B7MA 2BQMA 3LN2A 2MEEA 2DKVA 1D0LA 2H9KA 1C7PA 1N4FA 1SQ2L 2AUBA 3WMKA 1LJGA 3QY4A 1GFJA 4NSJA 1GAZA 1GBOA 3WPLA 154LA 4ETAA 4HJVA 5FELA 3ZEKA 2FYDA 5KXKA 2CDSA 1J1XY 1QUSA 1ZV5L 2CJLA 5C6JA 5KXOA 3B6LA 3FE0A 1GXXA 3TXIA 8LYZA 1NDMC 1HHLA 1QQYA 4R6CA 2BQEA 1NBZC 5KXZA 4OOTA 4H9HA 5JENB 1LSZA 1LZ9A 3RU5A 5E9RA 3J6KA 2IFFY 1ZVHL 3T6UA 4GCBA 2D91A 1JKCA 3CSQA 4HSFA 5DN4A 1V7SA 4TTDA 135LA 1FBIX 4Z41A 4B4IA 1DXJA 4H92A 4UWUA 2A7DA 1G7MC 3A95A 4B1AA 1GFAA 1VAUA 3QE8A 2YBJA 4WLXA 1YKXX 1W6ZA 1B5YA 5HNLA 1OUDA 4NIJA 1GB2A 2YBHA 2BPUA 4DD9A 1KXYA 3IJUA 2BQBA 1GF7A 4R0FA 2ZNXY 3LYOA 2FYCA 2EIZC 2Z19A 1IP2A 2BQHA 4J1AA 5APDA 3VWOA 3A3RX 1RCMA 5L9JA 4PGJB 3WVYA 4FDYA 1IOQA 1LSDA 2BAAA 4NG8A 1RFPA 4P2EA 4Z3MA 1BVKC 1F0WA 2B5ZA 4KT3A 4OWEA 4CFOA 2DQDY 2MEGA 2W1LA 3LHMA 2D4IA 1I1ZA 4GCEA 4ML7A 4NHPA 3A94A 1GD6A 1C10A 1SLYA 3CSRA 4U3XB 5KJ9A 1JSEA 3B0IA 1YL1X 2W1MA 4WM1A 5HLLA 4NFVA 7LYZA 4WL6A 1GB8A 2DQFC 3W6FA 3EO5A 2YBNA 4DDAA 5LYZA 1XEIA 1IC7Y 4ETBA 1YAMA 1REZA 3WU8A 1A2YC 1PZYA 1QSWA 4DD1A 3WUMA 1WQMA 1DZBX 1FLUA 1GE3A 2DQEY 4UWVA 4UWNA 1HFZA 1D0MA 2YVBA 3AZ7A 4H9EA 2F30A 1HNLA 1IWXA 1LSMA 1NF5A 4HTQA 4H9CA 2MECA 1EL1A 3A91A 1IY3A 3TXHA 2I6ZA 2HEDA 1AT6A 4RLMA 1TBYA 4C5FA 1LMPA 1W08A 1DQJC 1PS5A 3AZ4A 3HBHA 5FDJA 1LAAA 2BQJA 2Z38A 1LZ8A 3M3UA 4FJRA 3WXUA 4I0CA 2BQFA 1LZ1A 1LZSA 1XGQC 5LA8A 3AW7A 4CGEA 4M6DA 2BQIA 3P66A 2ZNWY 4NWHA 3AZ5A 4LZTA 4DD2A 1FLYA 1HF4A 4ZEEA 1WQOA 4HPEA 4NEBA 1CJ6A 1WVVA 1XGRC 2MEDA 3AJNA 1QDTA 1DI4A 2HEBA 1G7LC 4E3UA 1KIPC 2DQHY 4AXTA 4B49A 4BAFA 2ZYCA 4DD7A 5KKIA 1IP6A 1YKYX 4NSGA 1LMNA 3BKHA 3WVXA 1BB5A 1JUGA 5E4PA 4WM4A 1YKZX 4HTNA 3A8ZA 1KIRC 1GPQC 5LA5A 4G4HA 4WM5A 1YANA 3TMWA 1LZNA 2Z12A 1C45A 1D6PA 1T3PA 1UBZA 2MEHA 2Z39A 3MGWA 4QEQA 1LSEA 5KXTA 5J7CA 1LZAA 3WYHA 1IWUA 4MCKA 1T6VL 4BAPA 3A96A 5FSTA 4WOAA 1OUEA 1IOSA 1IWWA 4NY5A 4EOFA 1NHEA 1O23A 1H6MA 1UIDA 4CFPA 1CJ9A 2A7FA 2D4JA 3CB7A 1HSWA 4NGJA 4ETCA 4OOOA 1DPXA 4NGYA 3N9CA 1LHHA 3W3EA 1XGPC 3FI7A 1CKFA 3EMSA 2LZ2A 2MEAA 1FDLY 3D9AC 4WLTA 3EBAB 1GF8A 5FEKA 4KPMA 2BQKA 2EQLA 1LJIA 2HECA 5KKJA 4B4JA 2EKSC 1B7NA 4X3BA 3E3DA 4WG7A 4DD0A 5IHGA 1LZBA 1BB7A 1BHZA 1VATA 4GN3A 5II3A 1GB6A 1ALCA 3WPJA 5HQ1A 1LJ4A 5C6IA 3N9EA 1DPWA 2GV0A 1GBSA 4CJ2A 3KAMA 4ZIXA 4XJHA 6LYTA 1LOZA 1LZTA 2W1XA 3M18B 2Z18A 4MR1A 4OWHA 1IWYA 2RSCA 4TSBA 3RW8A 5IELA 3CT0A 4IJ4A 1E8LA 1KXWA 4TX7A 1WTNA 4H9IA 1YAQA 1GFRA 1XFPL 1LSFA 4H8ZA 5F81A 4DC4A 1NQIA 1HEPA 2LYMA 1VDPA 3AW6A 1QDRA 3N9AA 1C08C 2LZTA 4LYCA 5I5QA 2ZWBA 3TMVA 4YM8A 1OQMA 1XEJA 1QSAA 1GBZA 4NHTA 1B2KA 5LVHA 3P65A 1JPOA 1LZGA 2IHLA 4DWXA 2Q0MX 3TXKA 1LYZA 3LYZA 3WUAA 4N8ZA 1GF3A 1QTKA 5ILFA 3IWRA 2ZIKA 3A67Y 1DKJA 1YL0X 1GF4A 2DQCY 1REYA 2DQGY 3G3AB 4H93A 4WM6A 1XGUC 2FBBA 4H9AA 3EXDA 2YDGA 2C8PA 1UA6Y 4J7VA 4LT2A 1GBXA 1LHMA 1WTMA 1HEQA 4LYBA 1CKCA 3B72A 4NG1A 4DD3A 5L3IA 1HERA 4WO6A 1LKRA 3AB6A 1LMCA 4LT1A 1B7PA 4W96A 3AGIA 1IO5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LINA 3G3WA 1FN5A 1L40A 1LHLA 5KXRA 4DQJA 1YROA 1L90A 3A6BY 104LA 1XEKA 3SB8A 221LA 4EMNA 1UCOA 1L0KA 4N5RA 1NMMA 258LA 1B0DA 4I7QA 4KXIA 4ETEA 213LA 1L56A 2QB0B 1VDSA 3LZ2A 3TMUA 1KXXA 1P2RA 1B6IA 1GF9A 129LA 3C80A 1KY1A 5I53A 3DMVA 1L52A 2W1YA 1ZMYL 1CU3A 1L55A 191LA 1QT7A 4IATA 2ANVA 2LHMA 1L96A 4ARPA 4G9SA 4NGIA 1ZVYB 4EPFA 2B6ZA 4H9FA 219LA 211LA 1CV5A 1OUIA 4NGKA 1JKDA 1OUFA 3TXDA 1L19A 3T36A 1L62A 4ETDA 3DNAA 1AM7A 3A34A 1C43A 1CUQA 1L57A 2HULA 1CV1A 1LJHA 1LSAA 118LA 1WQRA 174LA 4XYYA 1CKHA 1GB3A 3ULRA 1RJCB 159LA 3J4GA 1L93A 2BQAA 2Q9EA 1LPIA 1GDXA 4I8SA 3P64A 3P68A 2F4GA 4O34A 1GBWA 3DMZA 5LIOA 4W94A 1QT6A 3L2XA 4WLDA 1L79A 1JJ0A 223LA 3G3XA 1C6HA 4RW1A 4XENA 3WU9A 1NHBA 1L42A 4G49A 5I4XA 1L67A 115LA 3RT5X 2DQJY 5T3FA 5AMYA 1JWRA 1P36A 3OE0A 1B7OA 1D9UA 1G1WA 1GBYA 1LKSA 2NTGA 194LA 1L68A 2HUMA 1QIOA 4ET9A 1QS5A 3CT1A 2CUUA 1LYIA 1PQDA 5M1YA 1GE1A 1YAOA 1L65A 1L80A 3GUMA 151LA 4WG1A 3DMXA 1RE2A 4PJ2C 4GCDA 3CDOA 2RBOA 248LA 1I6SA 1LSBA 5A3EA 1IX0A 249LA 4LT0A 5KXLA 4DDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HML A;  5LIN A;  1GDW A;  1LZE A;  4GN4 A;  3WU7 A;  1B7S A;  1FN5 A;  3RZ4 A;  2H5Z A;  1FKQ A;  3HFM Y;  1GEZ A;  4N0J A;  2CWI A;  4NGL A;  5B05 A;  1LZY A;  1LHL A;  5KXR A;  2YBM A;  4NGW A;  4OWC A;  1LMT A;  5C6L A;  1YRO A;  1JHL A;  1HFY A;  1UIC A;  3A6B Y;  3W6D A;  4H91 A;  1OUH A;  3B0O A;  1XEK A;  1UIE A;  4H8Y A;  3W6C A;  3ZVQ B;  4EMN A;  9LYZ A;  2BLX A;  1UCO A;  1UIA A;  1UAC Y;  1IWZ A;  1LMO A;  1UIH A;  1NMM A;  2FBD A;  4N5R A;  1B0D A;  4TUN A;  3AZ6 A;  4H94 A;  3WPK A;  4KXI A;  1XSF A;  1BGI A;  4ETE A;  4XN6 A;  3W6A A;  2YSS C;  1B7R A;  1CJ7 A;  1P2C C;  1REM A;  1V7T A;  1AKI A;  1VDS A;  3HBD A;  3LZ2 A;  4H8X A;  4HV2 A;  1IWT A;  1FLW A;  3TMU A;  5KXM A;  1B5X A;  1KXX A;  1GXV 2;  5L3H A;  1GF9 A;  3W6B A;  5KXX A;  2BLY A;  4WLY A;  1GF0 A;  1GFU A;  5I53 A;  5LXW A;  2W1Y A;  1VED A;  1EQE A;  5LAG A;  1OUG A;  5HMJ A;  1IP5 A;  1ZMY L;  1TAY A;  1F6R A;  4IAT A;  4CHX A;  2XBS A;  2LHM A;  2YBI A;  1JTO L;  1QUT A;  3WH1 A;  4QDN A;  1LJ3 A;  1UUZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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