4PJZA

Crystal structure of t4 lysozyme-gss-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pjzA00
3SB9A 1C6NA 5I14A 4I7QA 1L61A 1P46A 4DJHA 197LA 1P5CA 3LZMA 3RZEA 220LA 1L73A 1LYDA 1L95A 1PQMA 1QUHA 1C6CA 1L24A 1L92A 199LA 3HTGA 174LA 4S0WA 3DN0A 3UONA 191LA 2O79A 1L06A 4ARQB 182LA 205LA 3GUIA 171LA 225LA 102LA 3HH3A 243LA 237LA 1L60A 1C6GA 1L59A 188LA 137LA 3C8RA 177LA 1C6PA 176LA 3ODUA 3PDSA 192LA 4W57A 2RB2X 2RH1A 1L49A 144LA 2B6TA 3G3WA 1CX7A 1SWZA 103LA 1L31A 1L97A 3HT6A 1C69A 2OTZX 1T6HA 1ZWNA 3HT8A 1C6FA 1SX7A 3HH4A 1LI2A 3GUJA 1LYHA 1L05A 166LA 1LWKA 1L67A 1C6QA 3CDOA 3DMVA 1JTMA 1C6EA 3HUQA 1L99A 4ARPA 109LA 148LE 1L10A 4LZMA 211LA 157LA 1CV5A 1L72A 183LA 1L26A 1KY1A 111LA 224LA 1DYDA 1L80A 2O7AA 158LA 1K28A 130LA 4W54A 221LA 2RBNA 1CUPA 1L87A 4I7MA 125LA 3DMZA 161LA 1L74A 1QUDA 1L17A 4W52A 1L66A 1L0JA 1XEPA 4W55A 162LA 1PQJA 3CDRA 4DKLA 1PQIA 1G1WA 1QTHA 1L01A 3OE8A 4I7JA 3HTBA 1DYAA 4ARMB 173LA 1CU2A 3V2YA 1PQKA 4W56A 2RAZX 4PJZA 3G3XA 2LC9A 4LDOA 4I7RA 1KY0A 165LA 189LA 3C7WA 2B6XA 1L70A 4I7TA 1G0LA 1OWYA 1LI3A 4I7NA 1LLHA 1QT5A 212LA 1CV3A 1P2RA 1L37A 1PQOA 230LA 122LA 1DYCA 1L71A 2RAYX 1G0MA 1L88A 1L83A 1C6AA 2OE9X 2OU8A 1L64A 3HU9A 128LA 2NTHA 3F9LA 178LA 1LYIA 1CV4A 1L36A 167LA 3CDTA 1L16A 3OE9A 216LA 241LA 1T8FA 1KNIA 110LA 3D4SA 1L08A 1L39A 3C7YA 4LDEA 3SB6A 1KS3A 1C62A 1C64A 1L23A 2IGCA 4EKRA 1LPYA 1LYGA 256LA 3GUKA 3GUNA 4EPFA 181LA 1L45A 1OYUA 1L54A 1L65A 1L84A 1CV1A 1L50A 4PK0A 4K5YA 1L47A 1CV0A 259LA 213LA 151LA 3DN3A 168LA 247LA 2Q9EA 260LA 1QS5A 239LA 186LA 1C6TA 2B72A 1P56A 3L2XA 1L28A 1QSQA 1EPYA 3CDVA 248LA 1L19A 214LA 1L27A 244LA 1OV7A 1LW9A 150LA 1DYGA 1L63A 159LA 1CX6A 3JR6A 1L68A 3HDFA 4GBRB 1KW5A 3K2RA 3HT9A 1L53A 1JQUA 2LZMA 1QUGA 4W51A 1L22A 1T97A 2RBSA 1CVKA 1C65A 254LA 3C80A 1L76A 3DN2A 107LA 209LA 185LA 1G0QA 1P2LA 3QAKA 115LA 2B70A 1L42A 3HTDA 240LA 1LYFA 163LA 2RB1X 1D2YA 4EKSA 1L90A 146LA 104LA 1L38A 3GULA 1NHBA 1QTBA 2QB0B 3HUKA 217LA 1L41A 1D2WA 1PQDA 1QTVA 5LZMA 120LA 123LA 3FADA 149LA 140LA 2B74A 2RBPA 4EJ4A 1C6BA 1C66A 1D3JA 1XJUA 2B6WA 200LA 3FI5A 1D3MA 257LA 1L77A 1QSBA 2NTGA 1C6DA 1LGWA 222LA 3SBBC 1L98A 1L15A 1OVKA 1L25A 1L30A 1CTWA 2RB0X 3NY8A 262LA 126LA 1QT7A 1L21A 3EMLA 3SB7A 1SWYA 127LA 1C6JA 4EPIA 2LCBA 156LA 3DN1A 3DN6A 112LA 227LA 1DYEA 1D9WA 1L69A 206LA 2HUKA 1L81A 1L56A 215LA 114LA 3FA0A 1L44A 1ZURA 190LA 1L14A 4OO9A 1L34A 1C67A 1CUQA 1L52A 245LA 4I7KA 1ZYTA 4YX7C 3CDQA 4ARJA 1L62A 4I7PA 1G0KA 3DN4A 143LA 196LA 4E97A 1QS9A 1L51A 3GUMA 164LA 2RBRA 1D3NA 2HULA 147LA 1P6YA 1L79A 3C82A 4DAJA 3GUPA 2OE7X 1OVHA 238LA 2B7XA 1L93A 1QTDA 2CUUA 2A4TA 3NY9A 1TLAA 2F32A 3PBLA 232LA 1L33A 253LA 2OEAX 139LA 142LA 2OU0X 198LA 234LA 1CU5A 2QARC 229LA 4YXAC 1G07A 1T8GA 1D3FA 242LA 175LA 3OE0A 1C61A 187LA 1L02A 219LA 2RBOA 4I7OA 3SBAA 1L82A 4GRVA 138LA 3SN6R 1C63A 4YXCA 4I7SA 2Q9DA 131LA 236LA 1L91A 1C6MA 180LA 1QUOA 169LA 118LA 155LA 1L32A 2ANXA 195LA 2OTYX 141LA 1P36A 3NYAA 1OVJA 2RBQA 3F8VA 184LA 152LA 1L48A 4ARLA 1C6IA 1L86A 1SSWA 1L89A 246LA 3DMXA 251LA 4ZPUA 1G0JA 4EKPA 1P37A 1LGXA 1DYBA 1P7SA 2Z6BA 172LA 1QT6A 1L11A 1JTNA 1L29A 3HWLA 2HUMA 2B73A 3HT7A 258LA 1L0KA 4ARQA 1B6IA 1SX2A 3C83A 1L12A 3HDEA 261LA 4AQNA 1L46A 2ANVA 3SB5A 3L64A 1G1VA 3G3VA 235LA 1DYFA 1OWZA 1QT8A 1QT4A 3V2WA 1L75A 1LI6A 1P3NA 2L78A 113LA 2B75A 1C6LA 1L58A 255LA 1L40A 3HTFA 3VW7A 2F2QA 160LA 1L13A 1G0PA 223LA 1OV5A 1L35A 250LA 1L85A 1C68A 129LA 201LA 218LA 3DKEX 1LYJA 1LWGA 1L20A 1C60A 1P64A 4W59A 210LA 1L96A 3DNAA 1L55A 1CU0A 4W53A 252LA 3C7ZA 3C8SA 119LA 2B6ZA 6LZMA 1C6HA 108LA 1QTCA 1T8AA 3C8QA 1LYEA 3HH5A 1CU3A 3RUNA 1L18A 1L57A 1I6SA 3HH6A 2F47A 170LA 145LA 1SSYA 1L00A 233LA 4EKQA 1QT3A 1G0GA 1WTHA 3OE6A 1KW7A 231LA 4LDLA 1CV6A 1LGUA 1L04A 1L43A 2B6YA 1L09A 4W58A 3DN8A 1L07A 3HUAA 4ARMA 2OE4X 1XJTA 1CU6A 226LA 3HU8A 1G06A 1QTZA 249LA 3SB8A 2OU9A 4I7LA 4IAPA 228LA 3GUOA 7LZMA 1C6KA 3C81A 1L94A 2O4WA 4EXMA 1L03A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWHA 2Z37A 1UIFA 4RLMA 1P46A 4DJHA 1IR9A 1L73A 3WUAA 3HTGA 4S0WA 193LA 1CKCA 5J7CA 4ARQB 3RZ4A 182LA 1BB3A 225LA 1LMOA 3N9CA 1NQIA 177LA 1C6PA 3PDSA 1AT5A 2RB2X 4NGKA 144LA 4YM8A 2B6TA 4NGLA 4U3XB 1CX7A 4HJYA 4HTKA 1ZWNA 1C6FA 1LI2A 1LYHA 2W1MA 1L67A 3DMVA 1C6EA 1CJ7A 4BAPA 4WM6A 148LE 2D6BA 4LZMA 1OUFA 157LA 2Y8PA 3B0KA 1L72A 1DYDA 3LZTA 1OP9B 1C46A 3VWOA 1CKHA 3ZVQB 1LJJA 1QIOA 1L17A 1DI3A 1L66A 1L0JA 4HPIA 1EQEA 3CDRA 3AW6A 1J1OY 1UIDA 1G1WA 1QTHA 1L01A 1QUTA 4I7JA 4ARMB 4ETDA 2Z12A 2RAZX 1GFUA 4PJZA 2LC9A 2DQJY 1DPXA 1KY0A 3GXRA 2B6XA 4I7TA 4NGOA 2LYOA 1OWYA 5L9JA 1LI3A 4I7NA 1D0KA 212LA 2YDGA 1CV3A 1P2RA 1GDWA 122LA 2IHLA 1L71A 1L88A 1LZ8A 2OE9X 5DN4A 1B5YA 2N5ZA 5HMVA 1JTOL 128LA 2NTHA 3HU9A 178LA 1GF9A 167LA 3OE9A 4J1AA 3CSZA 4O34A 4TX7A 110LA 3RW8A 3D4SA 1L08A 3C7YA 3SB6A 1KS3A 3TMVA 6LYZA 1BHZA 4FJRA 3CSRA 1L54A 1L65A 1GB5A 2BQHA 1L47A 1IP5A 2ZYCA 3RT5X 5F16A 3T6UA 213LA 2VB1A 5IDDA 3IJUA 4AXTA 4ZIXA 1QS5A 239LA 4II8A 1C6TA 1P56A 1LZTA 1QSQA 3A34A 4DYGA 1L19A 1GD6A 4KL7A 4EMNA 3B72A 4ML7A 4H8YA 5KY1A 1OV7A 1QDRA 150LA 1L63A 2ZWBA 2I6ZA 1UACY 2HTXA 4DT3A 1L68A 4GBRB 1NDGC 4B4IA 1JQUA 1L22A 1T97A 2RBSA 4P2EA 4PJ2C 1IWVA 107LA 1G0QA 3QAKA 2BQJA 1HNLA 5E9RA 3HTDA 163LA 5LVHA 104LA 1NHBA 5LAFA 2BAAA 4MCKA 5LZMA 1GBXA 4NGVA 2LYMA 140LA 4EJ4A 1C66A 4DD3A 3T36A 3FI5A 2HU1A 257LA 3EO5A 1TDYA 1IX0A 1WTMA 154LA 4N0JA 222LA 1L15A 5I4XA 1L25A 4TWSA 1ZMYL 1FBIX 5JENB 5KXKA 2RB0X 1OUCA 3NY8A 207LA 4DD1A 1A4VA 4EOFA 1QT7A 3EMLA 3J4GA 5I5QA 127LA 1LSCA 3DN1A 3E3DA 227LA 4YOPA 1L81A 2A7FA 132LA 1L44A 2G4QA 5K7OA 4OO9A 2HU3A 2FYDA 1ZYTA 4GCCA 4YX7C 4I7PA 1G0KA 5B05A 2EPEA 4E97A 1QS9A 4ET9A 4GLVA 1VFBC 1HFXA 4DC4A 3C82A 4DAJA 1AZFA 1QSAA 1L93A 1QTDA 4H9EA 2ZILA 2H9JA 4B1AA 3EMSA 1IP3A 2OEAX 1IWYA 3G3AB 139LA 4CGEA 142LA 1CU5A 1T8GA 1L02A 3SBAA 1L82A 6LYTA 2G4PA 138LA 4CFPA 2DQDY 3EBAB 4Z46A 4MSTA 236LA 1NBYC 3MGWA 180LA 1QUOA 3D3DA 2BQAA 118LA 4DWXA 1L32A 2DKVA 1B5XA 4WL6A 2HUBA 4Z41A 4IASA 1P36A 3NYAA 1LSBA 2MEBA 1YAPA 1UIBA 3AGGG 4ARLA 5LVIA 1HEWA 4WM5A 172LA 1QT6A 1JTNA 1B5UA 258LA 4H9CA 5HNLA 1B6IA 1SX2A 4AQNA 1HF4A 4H1PA 1C7PA 4B4EA 4WLXA 1GAYA 5FHWA 2FBDA 1HMLA 4H90A 1B7RA 5LA8A 1QT4A 1GFJA 1LSNA 2B75A 1V7SA 3B0IA 3HTFA 2W1LA 2F2QA 3WU8A 3D9AC 1RFPA 5KXMA 1EL1A 2A7DA 250LA 4H8XA 2HEFA 1L85A 3LYOA 4BADA 201LA 1N4FA 3W6AA 1QSWA 2PC2A 1GB8A 3LYMA 4W59A 210LA 1L96A 1IOSA 3DNAA 5FSTA 1WVUA 252LA 1LZEA 6LZMA 1IWTA 4YEOA 3C8QA 4PPOA 1UIAA 5APFA 1UBZA 4B0DA 2W1XA 1SSYA 1L00A 4EKQA 1QT3A 1P2CC 3OE6A 4I8SA 231LA 1C08C 4H9HA 1L43A 1LGUA 2B6YA 4W58A 226LA 2RSCA 3HU8A 3A95A 2DQIY 1XGTC 249LA 1H87A 3SB8A 3WH1A 2OU9A 1LHKA 1L94A 4WO6A 1BVXA 4NSIA 4EXMA 1L03A 1HEMA 4I7QA 3A93A 1JKCA 1P5CA 4NHIA 1F10A 3LZMA 4OW1A 3RZEA 220LA 5B59A 1SQ2L 1B7LA 1QUHA 1L24A 1L92A 174LA 3AGIA 4NFVA 3UONA 1ZV5L 205LA 3GUIA 171LA 2BQGA 102LA 1LZ1A 4MR1A 5KXYA 237LA 4NGYA 4NHPA 2BQLA 4N1EI 1L59A 1HC0A 3C8RA 176LA 1CJ9A 3WXUA 4W57A 1AM7A 5ILFA 1C45A 3WXTA 1WQRA 4LYZA 1L31A 5I54A 1L97A 5I4YA 3QY4A 4H94A 166LA 3CDOA 1G7MC 1HHLA 1IWUA 5I53A 5LA5A 1IVMA 3QE8A 1L99A 1L10A 211LA 1GF0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4NWH A;  2Z37 A;  1UIF A;  4RLM A;  1P46 A;  4DJH A;  1IR9 A;  1L73 A;  3WUA A;  3HTG A;  4S0W A;  193L A;  1CKC A;  5J7C A;  4ARQ B;  3RZ4 A;  182L A;  1BB3 A;  225L A;  1LMO A;  3N9C A;  1NQI A;  177L A;  1C6P A;  3PDS A;  1AT5 A;  2RB2 X;  4NGK A;  144L A;  4YM8 A;  2B6T A;  4NGL A;  4U3X B;  1CX7 A;  4HJY A;  4HTK A;  1ZWN A;  1C6F A;  1LI2 A;  1LYH A;  2W1M A;  1L67 A;  3DMV A;  1C6E A;  1CJ7 A;  4BAP A;  4WM6 A;  148L E;  2D6B A;  4LZM A;  1OUF A;  157L A;  2Y8P A;  3B0K A;  1L72 A;  1DYD A;  3LZT A;  1OP9 B;  1C46 A;  3VWO A;  1CKH A;  3ZVQ B;  1LJJ A;  1QIO A;  1L17 A;  1DI3 A;  1L66 A;  1L0J A;  4HPI A;  1EQE A;  3CDR A;  3AW6 A;  1J1O Y;  1UID A;  1G1W A;  1QTH A;  1L01 A;  1QUT A;  4I7J A;  4ARM B;  4ETD A;  2Z12 A;  2RAZ X;  1GFU A;  4PJZ A;  2LC9 A;  2DQJ Y;  1DPX A;  1KY0 A;  3GXR A;  2B6X A;  4I7T A;  4NGO A;  2LYO A;  1OWY A;  5L9J A;  1LI3 A;  4I7N A;  1D0K A;  212L A;  2YDG A;  1CV3 A;  1P2R A;  1GDW A;  122L A;  2IHL A;  1L71 A;  1L88 A;  1LZ8 A;  2OE9 X;  5DN4 A;  1B5Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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