1L05A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGDWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l05A00
1L13A 238LA 1L40A 1DYGA 1KW5A 1K28A 141LA 2OU8A 177LA 1D3JA 168LA 126LA 2OEAX 1QT4A 232LA 1L28A 3DMZA 1CX7A 1T97A 1L91A 1C68A 1L33A 185LA 2Q9DA 3UONA 4I7LA 3FADA 1QT8A 4AQNA 1KS3A 3JR6A 3G3VA 244LA 2B70A 1L35A 3F8VA 157LA 1C62A 4EKPA 1L87A 1ZYTA 119LA 1G0GA 1PQKA 3GUPA 1L94A 140LA 1ZWNA 1L36A 4EKRA 3GUNA 2Z6BA 4GBRB 114LA 151LA 1C6BA 206LA 122LA 1C6HA 128LA 1DYEA 1QUOA 3GUMA 1C6FA 1L41A 1L63A 1LGUA 3HTBA 1B6IA 1L88A 1L80A 1D2WA 1G0KA 3OE9A 4LZMA 142LA 1L85A 1L56A 1XJTA 1QTVA 175LA 1L38A 2RBRA 1C6CA 1G0JA 213LA 2B6YA 182LA 174LA 4YXCA 2F2QA 1C6LA 1L92A 1G07A 4LDOA 3C7WA 3F9LA 170LA 1CU3A 1T6HA 1LYJA 3HU9A 3CDQA 186LA 224LA 3DNAA 3HDEA 3C7ZA 2B73A 4DAJA 1D2YA 1LYIA 233LA 212LA 1LYFA 1XJUA 1QS9A 1EPYA 4S0WA 1PQDA 1KNIA 249LA 1SX2A 1P64A 2OTYX 3FI5A 3G3XA 2LCBA 1LLHA 139LA 163LA 4I7QA 3DKEX 1T8GA 4I7RA 1QUHA 2L78A 200LA 1DYCA 3HH3A 3NYAA 1QT7A 1L68A 1QT3A 148LE 1QTCA 1L11A 4EKQA 1L16A 259LA 4EJ4A 1L26A 1OV7A 262LA 2B6XA 2LC9A 3DN1A 1JQUA 1L76A 155LA 1LI3A 3RUNA 3HTDA 4ARMB 1P5CA 1PQMA 4W51A 1CVKA 1P56A 236LA 4YX7C 107LA 102LA 1OV5A 201LA 3DN3A 1OVJA 4W59A 143LA 156LA 3EMLA 1L42A 2RBPA 4K5YA 3GULA 2OE7X 256LA 1L49A 2LZMA 138LA 4I7PA 1L30A 3HTGA 1L46A 3GUKA 218LA 125LA 1L60A 104LA 1L31A 144LA 3C83A 196LA 1XEPA 2O79A 3HT6A 1C6TA 1QS5A 1T8AA 3PDSA 3HUAA 166LA 255LA 2B6WA 112LA 219LA 4W55A 2B72A 1P2LA 258LA 1QSQA 1G0PA 246LA 1L71A 7LZMA 3HUQA 3DN8A 178LA 2IGCA 150LA 1L45A 1L79A 4ARMA 3HDFA 137LA 1C6GA 1L69A 253LA 113LA 4ARQB 205LA 120LA 176LA 1L67A 2OE4X 3C81A 1L61A 3HH5A 1L55A 4I7MA 1L17A 1L70A 3HT8A 1L32A 2O4WA 1G0MA 187LA 1G06A 1G0QA 1L59A 146LA 1L18A 1C66A 1L22A 1OVKA 1PQIA 1QTHA 1ZURA 3DN2A 4W52A 1P37A 1L73A 171LA 4ARPA 229LA 4LDLA 1L84A 2RAYX 1L98A 251LA 1KY0A 1C6EA 4I7NA 231LA 1CU0A 192LA 1L10A 250LA 190LA 164LA 161LA 3D4SA 1SWZA 1SSWA 3ODUA 252LA 4IAPA 1C6JA 1DYAA 1CV4A 162LA 1PQOA 237LA 1JTMA 247LA 3GUJA 2Q9EA 3QAKA 4W58A 127LA 1L86A 1SSYA 239LA 3HUKA 1G1WA 260LA 3V2YA 1P6YA 1P3NA 1PQJA 1QUDA 4ARLA 165LA 1L47A 4ARQA 152LA 1L02A 1L39A 242LA 160LA 199LA 1L19A 1L07A 1CUQA 1C6MA 1L23A 1CU6A 3DN6A 4GRVA 1L05A 1L34A 109LA 111LA 1L81A 1C6PA 1JTNA 1CV3A 1LYEA 245LA 3PBLA 1CV5A 1L58A 1LWGA 181LA 1QSBA 1C60A 3CDRA 4E97A 1KW7A 1OYUA 1QTBA 3GUOA 1L25A 3HT9A 1L83A 1P7SA 1L44A 4OO9A 131LA 4YXAC 1L37A 3HH4A 3K2RA 3SB5A 220LA 1QUGA 2O7AA 2F47A 3NY8A 1QTZA 183LA 167LA 1L62A 3VW7A 2HULA 1L50A 1D9WA 4I7TA 2HUKA 2RBOA 1I6SA 215LA 1DYDA 1C6AA 1LW9A 173LA 1L43A 2OU9A 3CDVA 2QB0B 3LZMA 4W57A 3DN0A 5LZMA 3SN6R 1LI6A 1LYHA 1KY1A 3NY9A 1L06A 1L53A 3C8QA 3SB9A 2RBSA 1WTHA 5I14A 1LWKA 3DMVA 3SBBC 1L09A 211LA 1L27A 222LA 2NTHA 4DKLA 1G1VA 2RBQA 1L72A 1SX7A 3GUIA 1OVHA 3DN4A 1P36A 1L97A 1L20A 103LA 1CUPA 2ANVA 1OWYA 1LPYA 1LYDA 110LA 149LA 3L2XA 3OE0A 6LZMA 1L04A 1CV6A 1DYFA 4W53A 4PJZA 261LA 169LA 2OU0X 3G3WA 1C61A 1TLAA 2RB1X 2RB2X 1C6NA 1CV1A 3C8RA 1L96A 221LA 1L93A 3DMXA 4EKSA 2B6TA 243LA 1D3NA 4I7SA 1OWZA 1L29A 4EXMA 188LA 1L64A 210LA 3HTFA 4W56A 198LA 209LA 3FA0A 123LA 241LA 4I7KA 2B75A 3HU8A 1L15A 3HH6A 1D3FA 1L54A 1L75A 3C8SA 1CX6A 214LA 1L0KA 3CDOA 2HUMA 184LA 216LA 1L99A 4LDEA 4I7JA 3L64A 1LGWA 147LA 2A4TA 1L08A 4ARJA 254LA 1C6DA 1C67A 158LA 1P2RA 2OTZX 1C65A 172LA 4ZPUA 1L90A 223LA 3OE8A 3SB8A 1CV0A 2RBNA 4PK0A 225LA 108LA 3CDTA 1L00A 1L77A 118LA 2NTGA 230LA 1L14A 1C6IA 3C80A 248LA 2QARC 1LI2A 1C6QA 3C82A 130LA 1L24A 1NHBA 4W54A 3OE6A 145LA 3RZEA 2B6ZA 2B7XA 1DYBA 3HT7A 3SB7A 1L89A 2F32A 1CU5A 2RAZX 4EPFA 1G0LA 2OE9X 1P46A 235LA 1C63A 1QTDA 2RH1A 1C6KA 1LGXA 226LA 227LA 2B74A 129LA 1L51A 1C69A 1L48A 1L0JA 1L21A 1L03A 1L74A 195LA 240LA 228LA 1L52A 2RB0X 3SB6A 1L82A 3C7YA 4I7OA 191LA 1L01A 2CUUA 1SWYA 1T8FA 1L57A 1CU2A 159LA 3SBAA 197LA 180LA 115LA 2ANXA 3V2WA 1L65A 217LA 1D3MA 257LA 3HWLA 1C64A 1CTWA 1L12A 1L95A 234LA 4EPIA 1LYGA 1QT6A 1L66A 4DJHA 1QT5A 189LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXXA 1VDTA 2YBMA 238LA 1DYGA 4YF2A 1IOQA 1FBIX 2A7FA 3QNGA 2F4GA 1OP9B 4LFXA 1XFPL 1GFAA 3IWRA 2ZYPA 2Z2EA 1L28A 1YAMA 1LZTA 4KL7A 1YKXX 1T97A 2IHLA 1C68A 1DKKA 4I7LA 1DI5A 1BWJA 1B7PA 244LA 157LA 4EOFA 1UIHA 1PQKA 4GN4A 3GUPA 1BB4A 4GBRB 114LA 151LA 1C6BA 3CSRA 128LA 4R6CA 1IP7A 4LT3A 1QUOA 1G7JC 2LHMA 1L41A 1LGUA 3HTBA 1B6IA 1VDQA 3TMVA 1VDSA 1D2WA 4CJ2A 142LA 4HV2A 1L85A 3TXFA 4H90A 1HEQA 2YBLA 2B6YA 1DI3A 174LA 1LSBA 3CB7A 3C7WA 4H94A 1LJHA 4Z3MA 4G49A 1RCMA 1JTTL 6LYTA 5LAGA 1LJNA 1D2YA 1LYIA 1LTMA 4KPMA 3A94A 5F9UA 3W6CA 1KNIA 4DQ7A 1SX2A 1P64A 2LCBA 4TTDA 3ATOA 2Q0MX 2BQOA 1LSMA 1GBOA 1DYCA 5APFA 3J4GA 2A7DA 1L16A 259LA 1L26A 1OV7A 5IHGA 1J1PY 3DN1A 1JTOL 155LA 4DD3A 4NGYA 4NEBA 236LA 2BQDA 2Z38A 1B5YA 5LYTA 1HF4A 1IC7Y 4W59A 4RW1A 3EMLA 1A4VA 5B59A 1L30A 3GUKA 1W08A 218LA 5LYZA 1B7SA 3C83A 5B1FA 2DQEY 3HT6A 2F2NA 1XEKA 4IATA 1T8AA 1HMKA 1LHJA 1WTMA 2D91A 219LA 4W55A 1VAUA 3AGGG 1QSQA 1H6MA 1G0PA 1J1XY 4NSGA 1LJFA 3DN8A 1D6QA 178LA 1L79A 2ZQ4A 137LA 1L69A 176LA 5C6IA 1JISA 4UWVA 1L17A 1L32A 3A34A 1G0MA 2Z18A 4B4JA 4W96A 5KXYA 146LA 5DLAA 2CWIA 1HC0A 1L22A 1OVKA 2MEFA 1QTHA 4U3XB 4W52A 171LA 4Z41A 1L98A 3TMWA 2D4KA 3TXGA 1JTPL 4B4IA 1JWRA 1IP4A 1CKFA 1GF8A 1GXXA 164LA 2CGIA 4TX7A 4IAPA 1C6JA 1DYAA 1PQOA 1WQOA 4G9SA 4RDSA 1JKDA 247LA 2WARA 3GUJA 1L86A 239LA 1GBSA 1SLYA 1KXWA 1LJEA 1YAOA 4LT0A 1L39A 242LA 199LA 2RSCA 1L07A 4NWHA 4B4EA 1CU6A 5A3EA 4GRVA 4NGZA 5LVIA 5LINA 1L34A 109LA 2G4NA 1GE2A 1CV3A 3EBAB 1BB6A 1CV5A 1WQNA 4OW1A 2ZNWY 4E97A 1KW7A 2DQGY 1L44A 2ZQ3A 4GCDA 3M3UA 3HH4A 1HFZA 5LYMA 2O7AA 4DC4A 4WLXA 2F47A 4TSBA 3P64A 1GEVA 1LZAA 1LZRA 167LA 1LYSA 1GF9A 2HULA 1TAYA 3WU7A 2HUKA 4I0CA 3P4ZA 1C6AA 173LA 1XEJA 1L43A 133LA 2FBDA 1LJJA 3LZMA 4W57A 3RU5A 3SN6R 5APCA 1KY1A 1O23A 1L53A 1RI8B 2RBSA 3WU9A 1LKRA 1LWKA 1UACY 1WQQA 3SBBC 1HHLA 1TDYA 1L27A 222LA 211LA 5KXTA 5HNLA 5HMVA 4PRUA 4DKLA 1IP5A 2C8OA 1LYYA 2RBQA 4YEOA 1SX7A 4WM5A 4DDAA 1C7PA 1GB0A 3DN4A 1LJGA 2CDSA 1LZ9A 1LYDA 5I54A 3B72A 1GAZA 4W53A 4RW2A 2OU0X 1C61A 1TLAA 2RB2X 1L96A 4H9EA 4XYYA 5KXNA 1D3NA 3WH1A 1L29A 4EXMA 5LVGA 5DM9A 210LA 3HTFA 132LA 1IEEA 209LA 3AZ6A 1NF5A 1L15A 3HH6A 1D3FA 1L54A 1YKZX 214LA 5LVHA 1B5VA 207LA 1BB7A 4ETBA 1L0KA 1LSAA 3L64A 147LA 2A4TA 1BVXA 3W6BA 1CKCA 4OWBA 4LYOA 1L90A 223LA 2XTHA 2RBNA 1L77A 2NTGA 4OWHA 1L14A 4XJGA 4LYMA 1XSFA 1LI2A 1LMAA 130LA 1L24A 1RE2A 1NHBA 4W54A 3OE6A 145LA 1F0WA 4NWEA 1DYBA 1L89A 5HQ1A 1H87A 3GXKA 1LGXA 3AZ7A 1JITA 1L74A 5KXMA 3EXDA 4HPIA 3SB6A 2G4PA 3K3TA 3C7YA 1GBXA 4G4CA 1OUAA 1GB3A 4HJYA 2HUBA 1IWVA 1BQLY 1REZA 4ZIXA 197LA 180LA 1L65A 3J6KA 1L95A 1QDRA 4H9IA 3TXIA 3WPKA 1L13A 4LYZA 4B0DA 1LJKA 3T6UA 1K28A 141LA 1QQYA 177LA 1CJ6A 1IWUA 4W94A 168LA 1A2YC 1QT4A 4J1AA 1HENA 5KJ9A 1AKIA 2H5ZA 3FI7A 1LHKA 2Q9DA 4CFOA 1QT8A 4AQNA 2B70A 3F8VA 1GAYA 1ZYTA 119LA 1G0GA 1LSGA 1LOZA 1IC5Y 5KY1A 140LA 1GE4A 4EKRA 5B07A 1XGRC 6LYZA 1C6HA 3GUMA 1C6FA 4LGKA 1LYOA 1L63A 1L88A 1CKGA 4WM2A 1LSFA 5ILFA 4DQJA 2BLXA 1L56A 4IJ4A 1V7SA 175LA 4ET9A 4YXCA 2DQJY 1LMNA 1JKAA 1L92A 4YM8A 1G07A 4LDOA 1B5WA 4WL6A 1I20A 1T6HA 3HU9A 3CDQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXX A;  1VDT A;  2YBM A;  238L A;  1DYG A;  4YF2 A;  1IOQ A;  1FBI X;  2A7F A;  3QNG A;  2F4G A;  1OP9 B;  4LFX A;  1XFP L;  1GFA A;  3IWR A;  2ZYP A;  2Z2E A;  1L28 A;  1YAM A;  1LZT A;  4KL7 A;  1YKX X;  1T97 A;  2IHL A;  1C68 A;  1DKK A;  4I7L A;  1DI5 A;  1BWJ A;  1B7P A;  244L A;  157L A;  4EOF A;  1UIH A;  1PQK A;  4GN4 A;  3GUP A;  1BB4 A;  4GBR B;  114L A;  151L A;  1C6B A;  3CSR A;  128L A;  4R6C A;  1IP7 A;  4LT3 A;  1QUO A;  1G7J C;  2LHM A;  1L41 A;  1LGU A;  3HTB A;  1B6I A;  1VDQ A;  3TMV A;  1VDS A;  1D2W A;  4CJ2 A;  142L A;  4HV2 A;  1L85 A;  3TXF A;  4H90 A;  1HEQ A;  2YBL A;  2B6Y A;  1DI3 A;  174L A;  1LSB A;  3CB7 A;  3C7W A;  4H94 A;  1LJH A;  4Z3M A;  4G49 A;  1RCM A;  1JTT L;  6LYT A;  5LAG A;  1LJN A;  1D2Y A;  1LYI A;  1LTM A;  4KPM A;  3A94 A;  5F9U A;  3W6C A;  1KNI A;  4DQ7 A;  1SX2 A;  1P64 A;  2LCB A;  4TTD A;  3ATO A;  2Q0M X;  2BQO A;  1LSM A;  1GBO A;  1DYC A;  5APF A;  3J4G A;  2A7D A;  1L16 A;  259L A;  1L26 A;  1OV7 A;  5IHG A;  1J1P Y;  3DN1 A;  1JTO L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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