1L09A

Contributions of hydrogen bonds of thr 157 to the thermodynamic stability of phage t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGHWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Contributions of hydrogen bonds of Thr 157 to the thermodynamic stability of phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1988-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l09A00
4AQNA 251LA 1D9WA 201LA 1SWZA 4LDOA 2OTYX 1CU5A 163LA 3DN1A 111LA 1L55A 1G0GA 215LA 140LA 2B6WA 2RBNA 4I7SA 109LA 1QSQA 4K5YA 1QS9A 3GUKA 1LGXA 1LYGA 187LA 3G3XA 213LA 3FADA 3CDOA 1L29A 1SWYA 239LA 228LA 3CDQA 4I7TA 4PJZA 1L0KA 2QB0B 1LYHA 4LDLA 183LA 3FA0A 1L19A 220LA 4ARLA 1OWZA 3HDEA 2RB1X 1L91A 3RZEA 141LA 3G3WA 3HU8A 1SX7A 1T6HA 1L99A 1QUDA 130LA 2RBRA 3DN6A 1WTHA 3FI5A 2RB2X 3C7WA 1SX2A 1QT3A 2NTHA 3SBBC 4EKSA 1QT4A 1L01A 1C6IA 1KY1A 4ZPUA 1G0QA 3C8SA 3HT7A 225LA 1QTHA 231LA 1PQIA 1L41A 1OVHA 216LA 2ANVA 1C6TA 1TLAA 1C6QA 256LA 1L60A 2Q9EA 1L06A 1L34A 3L64A 4EKQA 242LA 155LA 119LA 1L68A 2F32A 1L71A 232LA 3C83A 1G0PA 2LZMA 4I7JA 2NTGA 3PDSA 1XJUA 1QTDA 1L05A 1L83A 1NHBA 1C6FA 3GUOA 2ANXA 1P6YA 3GUNA 4EPIA 3DN0A 1PQMA 160LA 128LA 199LA 1DYDA 104LA 1L12A 1L92A 192LA 2OU8A 3SB8A 1L58A 1DYBA 1L03A 1L81A 4I7MA 1L86A 3V2YA 1G06A 1L02A 1L35A 3C8QA 3OE6A 4W52A 2B75A 241LA 2L78A 177LA 1L98A 3CDRA 3OE0A 1G1VA 206LA 2Q9DA 1L24A 115LA 1L62A 4LDEA 126LA 2OEAX 4I7QA 4IAPA 118LA 1D2YA 235LA 1C6DA 3SB5A 189LA 2OE9X 1L27A 3SB9A 1P64A 1LPYA 229LA 7LZMA 219LA 243LA 3PBLA 138LA 4W54A 131LA 1L00A 1L18A 1JQUA 1L10A 1L14A 1QTVA 3HTDA 142LA 4I7OA 1L54A 3GUIA 1LWGA 1XEPA 1C61A 1T97A 157LA 1L89A 3G3VA 1D2WA 1CV6A 1L39A 1DYFA 3L2XA 165LA 188LA 2B7XA 1L59A 3NY8A 1L79A 1L90A 259LA 1KW5A 4W53A 1C6BA 112LA 1QUGA 4ARMA 1G0KA 261LA 1L43A 218LA 3OE8A 2RBQA 3V2WA 176LA 212LA 2O79A 4DAJA 1L66A 1CX6A 2B73A 200LA 1L75A 171LA 2HULA 2OE7X 1DYEA 1C67A 2O4WA 148LE 164LA 1LI6A 3EMLA 185LA 1L51A 1PQJA 1L31A 240LA 107LA 1CU2A 1C6PA 149LA 1C6MA 1T8AA 4W59A 4DKLA 1ZWNA 3RUNA 1LYEA 156LA 1LGWA 1QTZA 182LA 1LYJA 3K2RA 2OU9A 1L07A 4ARMB 2HUMA 249LA 162LA 167LA 4LZMA 3DN3A 1G0JA 1L94A 1SSWA 1L48A 1C68A 1T8GA 3HH4A 186LA 1L50A 1L16A 4I7PA 2O7AA 158LA 1KS3A 1L09A 4YXAC 1P7SA 123LA 1L96A 1QS5A 174LA 258LA 1QUHA 1CU3A 1L22A 2B70A 3SB6A 230LA 1C6EA 1OWYA 1L38A 1L17A 173LA 3HT8A 1LYFA 1OVKA 3C81A 1L42A 1L53A 246LA 2OTZX 3HWLA 1C6AA 3D4SA 103LA 102LA 6LZMA 2CUUA 1QT7A 125LA 1L76A 1LW9A 1L85A 3CDTA 1DYAA 3DKEX 1QT8A 152LA 1K28A 4W56A 4EJ4A 211LA 1P2LA 1L25A 2IGCA 2HUKA 3C7YA 3DMXA 195LA 3HU9A 5LZMA 1OV7A 2RBPA 1L32A 1L95A 223LA 3GUPA 190LA 2B6ZA 3NYAA 1PQDA 1LI3A 252LA 1C62A 169LA 180LA 1JTMA 1CX7A 1L61A 166LA 1CV0A 4W51A 1L08A 4ARPA 1L49A 222LA 3HUKA 151LA 1P46A 1C69A 1JTNA 3HUQA 3SBAA 2F2QA 1P36A 1P3NA 4S0WA 4E97A 4PK0A 1L63A 1L77A 4EKRA 1EPYA 172LA 2RAYX 1CUQA 1SSYA 4EXMA 145LA 1DYGA 3VW7A 4YX7C 1QT6A 114LA 1G0MA 1CTWA 3CDVA 1L36A 1L88A 1LYDA 1C6JA 1LLHA 2OU0X 2A4TA 1QTBA 1KW7A 1QTCA 210LA 3GUJA 2RBOA 161LA 3OE9A 4I7RA 4W55A 3QAKA 4I7KA 1CV1A 1L84A 5I14A 3HH6A 3DMZA 1L64A 3F8VA 175LA 1G07A 1C60A 1XJTA 1CUPA 108LA 238LA 2B6XA 196LA 1C6CA 3HT6A 1L80A 3HTGA 3GULA 247LA 3DMVA 198LA 1KNIA 1L20A 197LA 1OVJA 1T8FA 1L21A 1D3FA 1L33A 244LA 150LA 1C6HA 1L47A 1C64A 2OE4X 1L23A 1I6SA 147LA 159LA 1ZYTA 1DYCA 170LA 1CV4A 184LA 3GUMA 2B72A 1P56A 1LWKA 4OO9A 4ARQA 1L74A 1L11A 1P5CA 178LA 233LA 4W57A 205LA 1L57A 221LA 1C6LA 1LGUA 3HUAA 1ZURA 3HT9A 227LA 214LA 127LA 1LYIA 253LA 1L26A 1L04A 254LA 224LA 1D3MA 3UONA 2B6TA 146LA 1L40A 1L13A 3C8RA 1KY0A 248LA 209LA 1B6IA 1L0JA 1P2RA 3JR6A 191LA 1QT5A 1L28A 217LA 2Z6BA 3C82A 1L93A 1PQKA 4ARQB 255LA 122LA 1L56A 4YXCA 2RAZX 1L15A 1G1WA 236LA 144LA 1C6KA 3C80A 143LA 257LA 3DN8A 139LA 1L72A 3HH3A 1C6NA 1P37A 2LCBA 1C66A 1D3NA 4I7NA 260LA 181LA 1G0LA 1L65A 1C6GA 1OV5A 120LA 1CU6A 2RH1A 1QUOA 3HTBA 1L69A 1L37A 3DNAA 3SN6R 4EKPA 2B74A 3DN4A 3HH5A 1L97A 3F9LA 250LA 2QARC 245LA 1L44A 113LA 1D3JA 262LA 237LA 4ARJA 1L70A 4DJHA 1LI2A 4GRVA 1C63A 3SB7A 2B6YA 1L45A 129LA 2F47A 1CVKA 2RBSA 3HDFA 1CV3A 1CV5A 1CU0A 1C65A 110LA 1L52A 1L30A 1QSBA 1L87A 2LC9A 3NY9A 1OYUA 226LA 3LZMA 3ODUA 1L82A 4W58A 137LA 3HTFA 3DN2A 2RB0X 234LA 168LA 1L67A 1L73A 3C7ZA 4GBRB 1L46A 4I7LA 1PQOA 4EPFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9WA 3M3UA 1SWZA 2OTYX 3SP3A 1FLUA 1CU5A 163LA 4CFPA 4I7SA 4D9ZA 1GB2A 2D4IA 1B5UA 1QSQA 1QS9A 3LHMA 4CHXA 2HEBA 4HV2A 2BQCA 3A96A 1OUCA 3WPLA 1LSZA 1LZ8A 1L29A 1GDWA 228LA 3A95A 4GN4A 135LA 1LYHA 4WM6A 4LDLA 4MCKA 3WYHA 2MEAA 4ARLA 1OWZA 3RT5X 2RB1X 4IJ4A 193LA 1T6HA 1G7LC 1INUA 1L99A 1QUDA 1JJ0A 1B7MA 1JEFA 2CDSA 1C6IA 5M1YA 4ZPUA 1G0QA 3C8SA 4H94A 231LA 4C5FA 2ANVA 1C6TA 1TLAA 1XGTC 242LA 2YVBA 1EQ4A 155LA 1L71A 4I7JA 2NTGA 1LZ5A 1L83A 1IWZA 2G4QA 1P6YA 3GUNA 3EXDA 4ET8A 3DN0A 1PQMA 128LA 3LZ2A 1HEMA 4NWEA 4IATA 1JSFA 4I0CA 1L12A 1LKSA 3AGHA 5LVJA 1L81A 2D4JA 3TXJA 1VEDA 3V2YA 3C8QA 1LJEA 115LA 1YANA 2OEAX 2AUBA 4IAPA 2ZQ3A 3W6BA 235LA 1UIHA 1CJ6A 3SB5A 2Q0MX 3SB9A 3LZTA 1HC0A 3OJPA 1HFXA 1B7LA 4H9FA 3HTDA 3CSZA 1IP7A 5LYZA 1L54A 1XEPA 1C61A 157LA 2PC2A 4GLAA 2WARA 1IX0A 1D0KA 3L2XA 188LA 1UIBA 1YKYX 5KXSA 1QUGA 5KXWA 4H91A 261LA 4OWAA 1B7RA 212LA 1C43A 1GE0A 5HNCA 1JJ3A 1BWHA 3EMLA 4XJFA 107LA 4WOAA 1B7OA 2Z38A 1C6MA 1T8AA 5L3IA 1LYEA 2D91A 1QTZA 182LA 1DKKA 1L07A 5F81A 1A2YC 5I53A 3T36A 162LA 167LA 4DD9A 3OK0A 3B0KA 1XGPC 1SSWA 2I26L 1L16A 3AZ6A 1GFAA 4I7PA 2BQBA 1B7PA 1L09A 1ZMYL 4LFXA 1L96A 174LA 2ZNWY 5DN4A 1CU3A 2B70A 5KXYA 1OWYA 4J0LA 1XEJA 5APDA 1OVKA 4FJRA 246LA 1IWWA 125LA 1L76A 1ZVYB 2BQFA 2D6BA 5KY1A 3CDTA 2ZYCA 1QT8A 4W56A 2I25L 3P65A 1LZRA 1L25A 3HU9A 2RBPA 1L32A 3GUPA 5KXTA 1LJNA 3A93A 252LA 4QDNA 1LSCA 5AMYA 4ANRA 1B5VA 1BB7A 4ARPA 4EOFA 4GCDA 2LZTA 3EMSA 1OUIA 1F6SA 1L49A 4LGKA 4Z41A 1LSPA 4E97A 2YDGA 3TXFA 3AW6A 3AZ5A 1CUQA 2BQKA 2HEDA 1GF8A 4H93A 1W6ZA 1L88A 5ILCA 2OU0X 4TSBA 2A4TA 1LSAA 1QTCA 5KXLA 1LJGA 1C10A 2HU1A 3N9AA 4NIJA 4XN6A 3QAKA 3ATNA 1CV1A 2HEAA 3WXTA 1GB3A 3HH6A 3AJNA 5B06A 4DD2A 175LA 196LA 1C6CA 3HT6A 1EQ5A 1QUSA 247LA 1FN5A 1LJIA 1KXWA 4J1BA 150LA 1C6HA 1OQMA 1C64A 6LYTA 4U3XB 1GE2A 1B5WA 1ZYTA 5KXXA 1CV4A 184LA 3GUMA 3HFMY 5KJ9A 1SQ2L 2DBTA 2EIZC 3WPKA 4ARQA 3AW7A 1L11A 4BAPA 1LSGA 4W57A 3A90A 1L57A 1C6LA 3HUAA 1ZURA 3ATOA 3HT9A 207LA 1LYIA 3J4GA 4B4EA 1L04A 224LA 1D3MA 3UONA 1HFZA 4YM8A 1LYOA 1CKHA 1CKGA 1JHLA 3JR6A 3TXDA 2Z6BA 2A7FA 1QIOA 1PQKA 4ARQB 1NKHA 5KXKA 4XJHA 255LA 1LSFA 122LA 1L56A 4XJIA 236LA 3RW8A 3HH3A 4NGJA 139LA 4BADA 1DI4A 1D3NA 4A7DA 5F16A 4TSCA 120LA 5I4WA 2RH1A 3HTBA 2CJLA 2W1XA 2YBHA 1PZYA 1L69A 1DQJC 3SN6R 1JPOA 4KXIA 4NGYA 3HH5A 1LZ1A 4H8XA 1RE2A 1IWUA 3WUNA 1AT6A 1KXXA 1VFBC 1DZBX 2RSCA 1GF4A 1B2KA 4DJHA 1LSNA 1IO5A 2B6YA 4NGOA 2F47A 1MELL 2RBSA 3HDFA 1FBIX 1CU0A 4HTKA 3WVYA 1IR7A 2LC9A 2DQEY 3A3QA 4TUNA 168LA 4OOOA 2MEHA 3C7ZA 1NMMA 1PQOA 1HEQA 2H5ZA 4WMGA 4ET9A 1HSXA 4HJYA 3DN1A 111LA 1L55A 1G0GA 1HF4A 3E3DA 215LA 2ZYPA 1EQEA 1TEWA 1JWRA 2EKSC 4K5YA 3A94A 1YIKA 1LGXA 1LYZA 2XTHA 1JISA 213LA 3TMXA 239LA 4I7TA 1GBXA 4YF2A 1C08C 5LVGA 1L0KA 2ZWBA 3AYQA 4XENA 5LYTA 3HDEA 1L91A 4WO6A 5LINA 1SX7A 1GF3A 1GXXA 1WTHA 2NTHA 1L01A 1J1XY 4H90A 3HT7A 1QTHA 1L41A 1D9UA 2BQJA 4G9SA 1BHZA 2Z19A 1IWXA 1GHLA 1C6QA 2ZIKA 1L06A 1L34A 3C83A 2LZMA 5LAGA 1YKZX 1L05A 1NHBA 4UWNA 4EPIA 5LVHA 160LA 5KKIA 1G7HC 1L92A 3N9EA 1QUTA 4LYZA 4PPOA 1L58A 1DYBA 4FDYA 2XBRA 3AZ4A 1L03A 1UCOA 1XGRC 3N9CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D9W A;  3M3U A;  1SWZ A;  2OTY X;  3SP3 A;  1FLU A;  1CU5 A;  163L A;  4CFP A;  4I7S A;  4D9Z A;  1GB2 A;  2D4I A;  1B5U A;  1QSQ A;  1QS9 A;  3LHM A;  4CHX A;  2HEB A;  4HV2 A;  2BQC A;  3A96 A;  1OUC A;  3WPL A;  1LSZ A;  1LZ8 A;  1L29 A;  1GDW A;  228L A;  3A95 A;  4GN4 A;  135L A;  1LYH A;  4WM6 A;  4LDL A;  4MCK A;  3WYH A;  2MEA A;  4ARL A;  1OWZ A;  3RT5 X;  2RB1 X;  4IJ4 A;  193L A;  1T6H A;  1G7L C;  1INU A;  1L99 A;  1QUD A;  1JJ0 A;  1B7M A;  1JEF A;  2CDS A;  1C6I A;  5M1Y A;  4ZPU A;  1G0Q A;  3C8S A;  4H94 A;  231L A;  4C5F A;  2ANV A;  1C6T A;  1TLA A;  1XGT C;  242L A;  2YVB A;  1EQ4 A;  155L A;  1L71 A;  4I7J A;  2NTG A;  1LZ5 A;  1L83 A;  1IWZ A;  2G4Q A;  1P6Y A;  3GUN A;  3EXD A;  4ET8 A;  3DN0 A;  1PQM A;  128L A;  3LZ2 A;  1HEM A;  4NWE A;  4IAT A;  1JSF A;  4I0C A;  1L12 A;  1LKS A;  3AGH A;  5LVJ A;  1L81 A;  2D4J A;  3TXJ A;  1VED A;  3V2Y A;  3C8Q A;  1LJE A;  115L A;  1YAN A;  2OEA X;  2AUB A;  4IAP A;  2ZQ3 A;  3W6B A;  235L A;  1UIH A;  1CJ6 A;  3SB5 A;  2Q0M X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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