3DKEX

Polar and non-polar cavities in phage t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINLVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of experimental crystallographic phases to examine the hydration of polar and nonpolar cavities in T4 lysozyme
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dkeX00
2IGCA 226LA 3HH3A 2RBPA 1CU3A 1P37A 3DN0A 169LA 223LA 256LA 260LA 3UONA 3CDTA 1G0GA 1L28A 1L0JA 4EJ4A 1L29A 1LWKA 1OV5A 3NY9A 4ZPUA 4EPIA 1NHBA 1T8GA 4LDOA 216LA 1L58A 171LA 139LA 4I7MA 172LA 1L88A 4EKSA 129LA 3DMZA 2RAYX 4W54A 1ZYTA 4I7OA 3GUPA 173LA 205LA 2B6YA 1B6IA 1PQJA 2RBSA 233LA 4I7JA 145LA 113LA 1C6MA 1CVKA 1LYHA 1L18A 236LA 3NY8A 1L63A 2ANVA 4I7TA 7LZMA 1L70A 218LA 3SN6R 4LDLA 131LA 1L81A 1CV6A 4W56A 1L44A 4IAPA 1L17A 1L90A 130LA 1C6BA 1LYGA 3DN2A 1DYEA 114LA 262LA 1LYDA 1G06A 162LA 225LA 1OVKA 1XJUA 107LA 1G0QA 3CDVA 4W58A 1L25A 1L59A 1L11A 1L49A 1L21A 1QT7A 2OEAX 1L09A 255LA 1CV4A 1QS5A 1L52A 1DYBA 3HH5A 1CUQA 4W51A 1C63A 1L56A 1LI6A 3HU8A 3SB7A 3RZEA 1I6SA 1LGUA 1P46A 3C80A 3HT9A 3QAKA 160LA 1L36A 2RB0X 3DN1A 1LI2A 1P5CA 3DKEX 4PK0A 3C8SA 1QUOA 1C61A 1L80A 215LA 3GUIA 1D2WA 3G3WA 3HU9A 228LA 1KY0A 3CDQA 1C6IA 1QSBA 1PQOA 1SWYA 1T8AA 1QSQA 1T8FA 1C65A 157LA 102LA 199LA 1G0JA 1L85A 1L76A 1L97A 1OVJA 1L75A 3HH6A 1KW7A 1G0KA 4DKLA 214LA 1L02A 1L26A 1P3NA 210LA 1C6PA 146LA 4DJHA 1L42A 3DN4A 1C6GA 1C6NA 3C82A 258LA 3HUQA 1D3NA 1CX7A 2O4WA 248LA 1DYAA 1L72A 2NTHA 1QT6A 1SX7A 3OE0A 1L53A 1L79A 1XJTA 239LA 4W52A 4EKQA 3OE8A 1L45A 1L40A 4YX7C 201LA 235LA 1L39A 2RH1A 4YXCA 206LA 3C81A 185LA 4ARMB 1CX6A 3GULA 175LA 196LA 1C6LA 2OU9A 251LA 115LA 1OYUA 2F32A 1LLHA 2B70A 2LZMA 2RBQA 1L15A 1C68A 1LGWA 1L04A 1G07A 2O79A 4LDEA 4ARMA 3K2RA 1C6EA 1QTDA 1CU6A 112LA 3RUNA 3C7YA 1OV7A 1ZWNA 1CU2A 1D3JA 3GUNA 1C6QA 3GUJA 1L32A 1LYJA 1L87A 249LA 1QTCA 1C6AA 1L71A 4EKRA 1LPYA 2B72A 2QB0B 238LA 2RB1X 1KS3A 2OE7X 1L05A 1L50A 1LWGA 1LGXA 4EPFA 1L74A 2QARC 3C8RA 1KW5A 2OE4X 1L01A 186LA 4W55A 3SB5A 212LA 1L46A 1C67A 189LA 3CDRA 1QS9A 241LA 120LA 152LA 3FADA 1LYFA 1QUGA 1P64A 3G3XA 1KY1A 1L06A 2ANXA 174LA 156LA 1L03A 184LA 1C60A 127LA 144LA 197LA 1CTWA 1D3MA 1L62A 1L60A 147LA 222LA 1CUPA 221LA 2OU8A 1C6HA 1L27A 1L68A 137LA 4ARQB 1L24A 4EKPA 119LA 244LA 142LA 1C6FA 2RAZX 1L19A 4K5YA 1L77A 1L37A 209LA 1L33A 3F9LA 158LA 191LA 1C64A 1G0PA 1L95A 1PQDA 4ARQA 1L31A 4I7SA 1P7SA 3SBAA 213LA 2B6TA 4S0WA 161LA 1DYGA 1P6YA 4DAJA 2Z6BA 4I7RA 3GUKA 1C6JA 190LA 2B6WA 220LA 1T97A 1SSYA 104LA 155LA 3G3VA 1LYIA 2RB2X 4ARLA 103LA 1C6TA 247LA 2LC9A 1C6KA 1C6CA 1QUHA 4I7LA 2Q9EA 254LA 4I7PA 138LA 1QT3A 1SSWA 4W53A 3EMLA 187LA 2O7AA 1CV3A 3L64A 4W57A 3NYAA 150LA 118LA 3FA0A 2OTZX 1L84A 3DN8A 1CU5A 2B6XA 1WTHA 3V2WA 1L08A 122LA 198LA 4I7QA 1JTMA 237LA 3D4SA 111LA 166LA 183LA 148LE 176LA 1L22A 1L61A 1L66A 2OTYX 1L65A 1D2YA 181LA 149LA 1CV0A 1L12A 1OWYA 2HULA 1L89A 240LA 3GUOA 180LA 1L13A 1DYCA 1P2LA 3C7ZA 164LA 234LA 1L10A 1G1WA 125LA 4LZMA 143LA 243LA 4EXMA 4I7NA 1SX2A 1EPYA 151LA 4W59A 1L16A 3CDOA 3C8QA 3SB8A 2RBNA 4I7KA 3HT6A 259LA 1OVHA 3VW7A 1PQMA 1KNIA 2CUUA 1LW9A 140LA 3PDSA 1P36A 165LA 2A4TA 1QT5A 261LA 1L35A 1L20A 3L2XA 1DYDA 123LA 1QTVA 1L38A 3HT7A 2RBOA 2Q9DA 163LA 1L69A 2HUKA 188LA 1G0LA 2F2QA 3V2YA 1PQIA 2L78A 5LZMA 1CV5A 6LZMA 1L30A 4OO9A 4GRVA 4E97A 1DYFA 1L14A 246LA 2RBRA 1C69A 1L0KA 1D3FA 192LA 128LA 1JQUA 1P56A 1L47A 1JTNA 2B73A 1L43A 3LZMA 1C62A 1L34A 3HTBA 1LI3A 1SWZA 245LA 2B75A 1QT4A 2B7XA 4ARJA 2OU0X 4PJZA 3SB6A 2F47A 108LA 230LA 3ODUA 217LA 3HTFA 1L67A 1QTZA 211LA 3HDFA 4GBRB 1G1VA 109LA 224LA 1L57A 232LA 3DNAA 2B6ZA 3HTGA 253LA 252LA 168LA 2HUMA 1QUDA 257LA 1L91A 1T6HA 219LA 1L55A 1L73A 1C6DA 1L99A 3HUAA 1D9WA 2OE9X 141LA 250LA 182LA 1L00A 1QTHA 227LA 3DN6A 2LCBA 242LA 200LA 1L64A 3JR6A 1L07A 2B74A 3OE6A 3C83A 3DMVA 178LA 1L96A 1L54A 170LA 1CV1A 1XEPA 1L98A 3DMXA 1CU0A 1TLAA 1L48A 3GUMA 167LA 3OE9A 1K28A 3FI5A 4ARPA 3DN3A 3HTDA 3HUKA 4AQNA 3HDEA 231LA 2NTGA 3HWLA 1L23A 1QT8A 1G0MA 1L92A 1LYEA 1L51A 3F8VA 110LA 5I14A 159LA 195LA 1QTBA 1L41A 3HH4A 126LA 229LA 4YXAC 3PBLA 1ZURA 3SB9A 3HT8A 1L93A 3SBBC 1L82A 1L94A 1P2RA 1L83A 1L86A 1PQKA 3C7WA 1OWZA 1C66A 177LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IGCA 226LA 3B0OA 4DYGA 1FKVA 5T3FA 4EJ4A 1LJEA 5KXXA 1GBXA 1IIZA 3NY9A 4ZPUA 1HSWA 5I53A 5F9XA 3RW8A 171LA 1WQPA 2XBSA 1L88A 4WO9A 4U3XB 3SP3A 1IOCA 4TSBA 4I8SA 4I7OA 1ZVYB 4ML7A 1WQQA 5F16A 4H9CA 2B6YA 4WO6A 4J1BA 2RBSA 233LA 4GLAA 3A96A 1C6MA 5HQ1A 5DN5A 5LINA 4NSIA 132LA 4II8A 1B5ZA 218LA 3SN6R 1LYZA 1UIGA 4GLVA 4W56A 4N1EI 1GFGA 1IORA 4CJ2A 4RW1A 1LZRA 3AYQA 4W58A 1L21A 3KAMA 5LVHA 2Z37A 4W94A 1CV4A 1QS5A 1L52A 1C63A 2YDGA 2XBRA 4XYYA 1LSDA 3RU5A 3C80A 2BQFA 1EL1A 4NHQA 2RB0X 1LI2A 3DKEX 134LA 1W6ZA 3AGIA 3C8SA 3HU9A 1D2WA 2A7DA 4GCEA 1RI8B 2MEAA 1QSBA 1PQOA 1LKRA 4WOAA 4HTQA 4WL7A 4NEBA 1C65A 5C6IA 1G0JA 1L76A 2W1YA 1KW7A 5F81A 1C46A 1P3NA 2WARA 5HNCA 4TTDA 1C6PA 1L42A 1LHJA 3DN4A 3VWOA 1C6GA 3C82A 3LN2A 5AMYA 1LJNA 1LHHA 1L72A 1SX7A 3G3BB 5HMVA 4HTNA 4WG1A 235LA 1L39A 2RH1A 4YXCA 4CGEA 3C81A 4XJFA 1CX6A 2Z2EA 2OU9A 115LA 1VDSA 1OYUA 3TXHA 1GBYA 3B72A 3A6BY 4LDEA 2Z39A 1ZWNA 1D3JA 3GUNA 1L32A 1LYJA 1LJHA 2IFFY 1FLUA 4EKRA 238LA 2RB1X 1KS3A 2OE7X 1CJ8A 1L50A 1T3PA 3EXDA 3HBHA 1GF4A 3IJVA 4A7DA 186LA 4LFPA 4W55A 1L46A 1C67A 1BB7A 1G7HC 241LA 4YF2A 120LA 152LA 1B7LA 4NGIA 2FYCA 5KKIA 1GB7A 1C7PA 3F6ZA 4RW2A 1KIPC 144LA 1LSYA 1HMKA 5KXZA 2CGIA 1CTWA 1L62A 3TXFA 221LA 2BQKA 3LYMA 1LJIA 1L24A 1REXA 4X3BA 2D91A 209LA 1L33A 3F9LA 1C64A 1NDGC 3FE0A 3SBAA 213LA 1DI4A 2B6TA 2BAAA 1HFXA 1P6YA 4HPIA 4I7RA 5LVIA 3GUKA 1C6JA 5KKJA 4H9HA 1F10A 3HFMY 1G7MC 104LA 155LA 3G3VA 2IHLA 1MLCE 1C6TA 1J1PY 247LA 1C6CA 1UIDA 5HLLA 5I54A 1AT5A 1LZDA 4I7LA 3A95A 2EQLA 4I7PA 1QT3A 3W6EA 5I4YA 3L64A 1NBYC 3QE8A 1WTHA 1AT6A 2RSCA 1GFKA 4I7QA 4IATA 166LA 183LA 1RJCB 4B1AA 2BQHA 1LJ4A 3LHMA 181LA 4PHIA 2HULA 1HFYA 3GUOA 4QEQA 1L13A 3WU7A 4G4BA 125LA 4HJZA 143LA 2YBNA 1LJGA 2EIZC 4NHSA 4XJGA 1SX2A 1JEFA 4N8ZA 1CKDA 1BQLY 3C8QA 5KXOA 1SQ2L 1SLYA 259LA 1TEWA 2C8OA 3OJPA 1IP2A 1OVHA 3VW7A 1PQMA 4UWUA 2CJLA 3TXDA 4BAFA 4ZEEA 4KPMA 5KXKA 261LA 123LA 1QTVA 4OWBA 1JTPL 163LA 1G0LA 4PRUA 3V2YA 1PQIA 5LZMA 1XSFA 6LZMA 1LJKA 5KXWA 5LAGA 4GRVA 246LA 1FBIX 2I6ZA 2VB1A 1C69A 1LZSA 4QY9A 1L0KA 2ZYPA 1JQUA 4WM5A 1L47A 1UUZC 3E3DA 1L43A 4ETEA 1C62A 3HTBA 1FLWA 5II3A 3SB6A 230LA 2DQCY 3HDFA 4GBRB 224LA 2Z19A 5APEA 5LVGA 4LYMA 4NGKA 1GFEA 5DL9A 2XQOA 2B6ZA 3N9CA 3HTGA 253LA 4HJVA 257LA 3IWRA 4XJDA 1UIFA 1IP7A 1L91A 1QTEA 1WQRA 1L55A 4LGKA 1LZAA 1B5WA 2W1MA 1L99A 3AW6A 3HUAA 1HEWA 3A6CY 1QTHA 1LSMA 4LT0A 2CWIA 178LA 4GCBA 1L98A 1B9OA 2HEFA 4GN4A 1UACY 4N1CC 3OE9A 1HEMA 1K28A 3QY4A 3DN3A 1UCOA 3HUKA 2BQIA 231LA 1OUJA 1WQMA 4WLTA 1QT8A 3WPLA 2D4KA 4R6CA 1QTBA 1GB5A 2F4GA 2FBBA 1F6SA 2PC2A 3SB9A 4DDAA 1J1OY 1IC5Y 2LYZA 1L82A 1LHIA 2B5ZA 1GD6A 1C66A 177LA 2LHMA 3HH3A 1CU3A 1D0LA 1AKIA 169LA 256LA 4OWCA 1GDWA 3B0IA 1L0JA 1L29A 1LWKA 5L3IA 4NSJA 4AXTA 4H9EA 4PPOA 4ETCA 5B07A 1G7LC 4DDCA 4EKSA 129LA 5I4WA 1UA6Y 2RAYX 4W54A 4N0JA 1YILA 1CJ9A 173LA 4M6DA 205LA 1B6IA 1GB8A 1LYHA 3NY8A 1CKCA 1L63A 3LYOA 4H90A 5LIOA 1IR9A 1L81A 1CV6A 1ALCA 4IAPA 1L17A 1LMTA 1C6BA 4LYOA 4LFXA 262LA 1LYDA 162LA 2C8PA 1XGPC 1GEVA 1L59A 1GB6A 1L11A 1L49A 4FDYA 5D5CA 3LZ2A 1QT7A 2W1LA 1L09A 1DPXA 4Z41A 3HH5A 1JKDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IGC A;  226L A;  3B0O A;  4DYG A;  1FKV A;  5T3F A;  4EJ4 A;  1LJE A;  5KXX A;  1GBX A;  1IIZ A;  3NY9 A;  4ZPU A;  1HSW A;  5I53 A;  5F9X A;  3RW8 A;  171L A;  1WQP A;  2XBS A;  1L88 A;  4WO9 A;  4U3X B;  3SP3 A;  1IOC A;  4TSB A;  4I8S A;  4I7O A;  1ZVY B;  4ML7 A;  1WQQ A;  5F16 A;  4H9C A;  2B6Y A;  4WO6 A;  4J1B A;  2RBS A;  233L A;  4GLA A;  3A96 A;  1C6M A;  5HQ1 A;  5DN5 A;  5LIN A;  4NSI A;  132L A;  4II8 A;  1B5Z A;  218L A;  3SN6 R;  1LYZ A;  1UIG A;  4GLV A;  4W56 A;  4N1E I;  1GFG A;  1IOR A;  4CJ2 A;  4RW1 A;  1LZR A;  3AYQ A;  4W58 A;  1L21 A;  3KAM A;  5LVH A;  2Z37 A;  4W94 A;  1CV4 A;  1QS5 A;  1L52 A;  1C63 A;  2YDG A;  2XBR A;  4XYY A;  1LSD A;  3RU5 A;  3C80 A;  2BQF A;  1EL1 A;  4NHQ A;  2RB0 X;  1LI2 A;  3DKE X;  134L A;  1W6Z A;  3AGI A;  3C8S A;  3HU9 A;  1D2W A;  2A7D A;  4GCE A;  1RI8 B;  2MEA A;  1QSB A;  1PQO A;  1LKR A;  4WOA A;  4HTQ A;  4WL7 A;  4NEB A;  1C65 A;  5C6I A;  1G0J A;  1L76 A;  2W1Y A;  1KW7 A;  5F81 A;  1C46 A;  1P3N A;  2WAR A;  5HNC A;  4TTD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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