1C68A

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l121a/l133a in the presence of 8 atm xenon
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c68A00
254LA 1QS5A 1CV1A 2F32A 1QS9A 2B74A 185LA 4DKLA 1D3FA 213LA 3DNAA 253LA 129LA 189LA 4ARMA 2OE9X 5LZMA 148LE 4EKPA 1L20A 216LA 4YXCA 3L2XA 1OVHA 1L43A 1L80A 1QTZA 2HULA 3JR6A 1L59A 1C65A 2B7XA 4ARMB 1C6JA 1L54A 1C6GA 1L68A 3EMLA 3GUKA 107LA 172LA 4I7NA 1XJTA 2OE4X 262LA 1D3JA 1L90A 4ARLA 1LI6A 2OTZX 1C6CA 3C7WA 1P5CA 247LA 3F8VA 1LWGA 1L82A 231LA 119LA 1L05A 187LA 1PQJA 230LA 245LA 240LA 250LA 233LA 181LA 3QAKA 235LA 1L47A 3D4SA 3DMZA 1SSYA 1L40A 1SSWA 1L17A 3FA0A 1NHBA 225LA 3CDVA 229LA 3HH5A 232LA 1L56A 1L00A 211LA 198LA 146LA 2OU8A 1QTBA 3NY8A 1L03A 3C80A 1CU3A 1L67A 3SBBC 4DJHA 4K5YA 3NY9A 3C82A 4ARQA 258LA 103LA 4ZPUA 1QT8A 2LZMA 1C6MA 1L79A 3GUIA 3CDQA 1L74A 243LA 3HH4A 4ARQB 2HUKA 1KW5A 3GULA 3FI5A 2CUUA 1C6BA 4LDLA 4PJZA 2RB0X 4DAJA 156LA 1L53A 1PQOA 1P2RA 1QTCA 238LA 1L44A 1G0PA 1QT5A 108LA 115LA 1QUDA 1L25A 1DYDA 1CVKA 2RBRA 4ARPA 3DN6A 1C68A 1L69A 4I7KA 1OV5A 1L85A 214LA 104LA 1DYCA 2IGCA 3GUMA 140LA 1L57A 1L93A 1CX7A 1OWYA 3F9LA 3G3WA 244LA 1L27A 4I7MA 1L87A 1L01A 1C6FA 259LA 3HT8A 237LA 3HTGA 1L70A 3HTBA 1LLHA 184LA 2QARC 138LA 200LA 1P3NA 1L96A 3CDRA 3NYAA 1SX2A 1C6NA 1L37A 1SWYA 147LA 3SBAA 131LA 1G0KA 176LA 1L38A 152LA 1L18A 3G3VA 1L41A 1L09A 1P46A 1SWZA 260LA 4EKSA 1CU0A 1L55A 212LA 1JQUA 228LA 160LA 1L51A 188LA 1KY0A 1ZWNA 2OTYX 157LA 3C8SA 3SB5A 248LA 223LA 4OO9A 1P6YA 1P56A 1TLAA 3DKEX 3DN2A 125LA 162LA 1L11A 1JTMA 1I6SA 1L58A 3CDTA 217LA 2RBQA 1LI2A 3HUAA 177LA 1LYEA 1L64A 215LA 1LI3A 1L73A 1L13A 2RBOA 1L22A 174LA 1L12A 1DYAA 257LA 151LA 3C7ZA 242LA 1LYGA 3V2YA 1SX7A 180LA 1G0MA 3VW7A 1PQKA 1L81A 1DYEA 1EPYA 170LA 1LPYA 1L15A 246LA 183LA 1L72A 1C6PA 4IAPA 241LA 3OE0A 1T6HA 1KS3A 2NTHA 1L65A 3G3XA 3DN3A 2OU0X 1CTWA 4LDEA 1T97A 3HU8A 2O7AA 1C61A 190LA 1L26A 2ANXA 4EJ4A 186LA 1LYDA 3HH6A 1G06A 4W58A 1L98A 256LA 3PBLA 114LA 2LC9A 150LA 1P37A 1C6TA 127LA 1LW9A 1DYFA 2RBNA 175LA 4W57A 3OE6A 161LA 1C6LA 1LWKA 4W59A 3SB7A 4GBRB 4E97A 4EKQA 2B70A 1L24A 1LYHA 251LA 1QT7A 1KNIA 3V2WA 1DYGA 1C60A 4GRVA 173LA 199LA 1QSQA 1C66A 3HH3A 192LA 4I7OA 3SN6R 112LA 2B6XA 224LA 1L48A 1LYFA 1L0KA 3SB9A 1QUHA 1L88A 236LA 4EKRA 201LA 1C67A 2OU9A 1G1VA 144LA 1QTVA 220LA 3HWLA 206LA 1JTNA 1KY1A 111LA 1OVJA 4LZMA 3RZEA 3HT9A 113LA 164LA 2HUMA 1P36A 210LA 1ZURA 2RBPA 1C63A 1L28A 1L63A 166LA 1C6KA 222LA 6LZMA 1L31A 2B6YA 139LA 1LYJA 1XEPA 102LA 1L46A 1PQIA 4EXMA 3GUPA 3DN0A 1XJUA 1L99A 3UONA 1D3NA 4I7QA 4I7RA 1G1WA 234LA 1L30A 219LA 2L78A 4AQNA 1L62A 3C8QA 3PDSA 118LA 4W51A 7LZMA 1OYUA 142LA 168LA 3OE9A 3GUJA 1L95A 4YX7C 3HTDA 1L77A 2B6TA 2Q9EA 182LA 1QTDA 1P64A 3GUNA 4W56A 1QUGA 145LA 1G0QA 3OE8A 3HDEA 1L94A 1G0LA 1L29A 1T8AA 122LA 1ZYTA 1QSBA 1C6AA 1L42A 2A4TA 1L34A 2RAZX 1C64A 197LA 1L0JA 1G07A 2Q9DA 1L86A 4EPIA 1L33A 2B72A 3HU9A 4EPFA 169LA 1QUOA 218LA 1C6HA 1D2WA 4W53A 3SB8A 110LA 159LA 221LA 1L84A 3FADA 1L92A 3HDFA 255LA 2RAYX 3DMXA 1L23A 1L14A 3C7YA 143LA 1B6IA 3GUOA 1P2LA 120LA 2RB1X 1CV0A 1CUPA 1D9WA 1CV3A 1L35A 1CUQA 130LA 1C6QA 3DN1A 163LA 1L32A 1L61A 1L19A 2B73A 4PK0A 1QTHA 1CU2A 1PQMA 126LA 3DN8A 1L66A 155LA 1C6DA 2RH1A 191LA 2RBSA 4S0WA 2NTGA 1L91A 4W55A 3HUKA 3CDOA 1L76A 2LCBA 4I7PA 3HT7A 4I7LA 3DMVA 2F47A 5I14A 1L97A 165LA 1T8FA 4W54A 123LA 196LA 1L39A 1T8GA 1QT6A 205LA 4W52A 1K28A 252LA 1P7SA 1CV4A 1LGXA 1KW7A 3C8RA 109LA 3C81A 1C69A 209LA 2ANVA 4ARJA 3HUQA 2QB0B 1LGUA 3C83A 2O4WA 149LA 4I7JA 2B6WA 3RUNA 128LA 1CU5A 239LA 1L08A 2B6ZA 1L21A 2Z6BA 1G0JA 1L71A 1D2YA 1QT4A 1CU6A 1L50A 3L64A 1OV7A 1L02A 4I7SA 1L07A 167LA 1L10A 1PQDA 4LDOA 1CV5A 2B75A 226LA 1OWZA 261LA 2OE7X 2RB2X 141LA 1D3MA 1C62A 1G0GA 3HT6A 1L75A 4I7TA 1L06A 227LA 1L16A 2OEAX 4YXAC 178LA 195LA 1C6IA 1CX6A 1CV6A 1L04A 1L89A 1WTHA 3LZMA 1L45A 1QT3A 3ODUA 3SB6A 3K2RA 1L49A 1LGWA 1C6EA 1L60A 2F2QA 137LA 1L52A 249LA 3HTFA 1OVKA 158LA 1L36A 1DYBA 1L83A 2O79A 3DN4A 1LYIA 171LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2F32A 1QS9A 3G3BB 4DKLA 1D3FA 3FI7A 1EQ5A 4ARMA 1F10A 148LE 1B5ZA 216LA 4YXCA 3L2XA 1OVHA 1L80A 5LYZA 2ZNWY 1QUSA 5LAFA 1D6QA 3RT5X 2B7XA 4ARMB 1C6JA 1CKDA 107LA 4I7NA 4Z46A 1XJTA 3IJUA 2ZYCA 1B5YA 4ZIXA 1LI6A 5APFA 1CJ6A 1GXXA 231LA 187LA 233LA 1JKCA 1LZ1A 1LSYA 229LA 3HH5A 2ZIKA 1L56A 4OWCA 146LA 1L03A 3C80A 4H9HA 1CU3A 2BQGA 1IP3A 1GB5A 5KXXA 1XEKA 1XGTC 1NDGC 3A67Y 258LA 2ZWBA 3A34A 4ZPUA 1QT8A 3MGWA 2LZMA 1OUHA 3GUIA 1NKHA 1L74A 1HMKA 5B06A 1UIAA 2HUKA 3AW7A 1C6BA 1HEQA 3EXDA 4PJZA 1P2RA 4H94A 2HEBA 4XJGA 1B9OA 1VFBC 3DN6A 1C68A 1L69A 5FDJA 1EQ4A 1LSBA 4HJVA 140LA 1LZ4A 2HU3A 4N1EI 4OWAA 1L57A 1L93A 4HJZA 2XBRA 1L01A 1IOSA 1LYSA 4H91A 2Z12A 3LYOA 3A3RX 1O23A 4NGOA 1KXYA 1LLHA 2YSSC 184LA 5DN4A 138LA 4NSIA 1JJ1A 1C6NA 1SWYA 1YAQA 176LA 152LA 3G3VA 1P46A 1SWZA 2A7DA 4HJYA 1GFGA 1FLWA 194LA 1C43A 4OWHA 188LA 2OTYX 1ZWNA 3SB5A 157LA 3WU8A 4RW2A 1ZMYL 3AYQA 1P56A 3DKEX 4GN3A 1B5VA 2HTXA 1GF7A 3A91A 2PC2A 4P2EA 177LA 3RNXA 1LYEA 4WLTA 1B2KA 1LI3A 1B7NA 1L13A 1L22A 4YENA 257LA 151LA 242LA 5I54A 1G0MA 5FEKA 154LA 1L81A 1IWUA 1LJ4A 3TXGA 1DYEA 5HMVA 183LA 4YF2A 5F14A 4N8ZA 1C6PA 4TSBA 4DDCA 6LYTA 1HEOA 5HNCA 1KS3A 5KXWA 1KIPC 1NF5A 2LYOA 1C61A 3A3QA 186LA 1G06A 1WQPA 4Z98A 1L98A 1DZBX 2EPEA 2BQJA 1LZYA 5I4XA 1HERA 1LMTA 1UIHA 161LA 4W59A 4E97A 4EKQA 1D0KA 1UCOA 1L24A 1LYZA 1LYHA 1BB5A 5LVGA 4H9IA 1KNIA 1A2YC 3WU9A 5EBHA 1QSQA 199LA 1C66A 3HH3A 4NSGA 1VDPA 1LYFA 4EKRA 1GF8A 1GBWA 1KIQC 3TXBA 220LA 1KXWA 3HWLA 1RFPA 1OVJA 164LA 1OUAA 3WL2A 1BVXA 5F81A 1C63A 2RSCA 222LA 6LZMA 1L31A 4J0LA 102LA 1L46A 4EXMA 3DN0A 4OOOA 1JKAA 3A93A 2BQFA 4NHPA 3UONA 4I7RA 2BQKA 4XYYA 4G4CA 1OP9B 1OUIA 2L78A 1MLCE 3C8QA 3VWOA 1LZNA 1DPWA 1F6SA 4BS7A 3A94A 1QTDA 4DYGA 4NFVA 1P64A 3WU7A 3HDEA 4ZFPA 1HENA 1IWVA 2I6ZA 1WQQA 1L29A 4DD9A 5DLAA 1QSBA 1L34A 2RAZX 1C64A 3AZ5A 1B5WA 5KXSA 1IWZA 2B72A 3HU9A 169LA 4IASA 2ZQ3A 1D2WA 159LA 3FADA 1L92A 4ETEA 4TSCA 3HDFA 2BAAA 3B0IA 1NMMA 1L14A 143LA 3GUOA 3P4ZA 1GF3A 4DD0A 130LA 3LYZA 3TXFA 5KXKA 163LA 4ETBA 2EQLA 4WM1A 4PK0A 4H9BA 1PQMA 2BQCA 1LOZA 3DN8A 3RU5A 1LJHA 2YBHA 1ALCA 3WULA 1QTEA 4CJ2A 1XGUC 1YIKA 2H5ZA 4I7LA 2F47A 1ZVYB 165LA 1AKIA 2DQEY 3QNGA 4IATA 1QT6A 3C81A 1H6MA 1C69A 2ANVA 1IWTA 2QB0B 1LGUA 3C83A 1IORA 1REZA 1CU5A 239LA 2B6ZA 1VEDA 1G0JA 1D2YA 1IC4Y 1LJKA 1L50A 1F6RA 1OV7A 4NHTA 1L02A 2ZILA 5FSTA 1CJ9A 2W1YA 4ZEEA 1JTTL 2B75A 1OWZA 261LA 2RB2X 4NGWA 3TXEA 4I7TA 2BLXA 3T6UA 1GF6A 2OEAX 4YXAC 178LA 4NGKA 1C6IA 1WTHA 1CV6A 2LZTA 1L45A 1QT3A 3ODUA 2G4PA 4GN5C 5APEA 2CGIA 1LZAA 1IR7A 2F2QA 1LMNA 137LA 1L52A 158LA 4KPMA 1IC7Y 3DN4A 1QS5A 253LA 129LA 2OE9X 2H9JA 1NHEA 1UBZA 1JSFA 4YOPA 3TMWA 1TEWA 1B7RA 5I53A 3LZ2A 1GD6A 3JR6A 1C65A 1L54A 1L68A 1LZSA 1GF9A 3GUKA 1B7QA 3WUNA 2OE4X 1DI3A 1JEFA 1L90A 2DQIY 4RLNA 4ARLA 1G7HC 2OTZX 1C6CA 3C7WA 1B7LA 247LA 1LWGA 1QTKA 1GF5A 1PQJA 230LA 4MSTA 1LZ8A 250LA 3IWRA 5D5CA 4Z41A 4OWEA 181LA 4H9FA 3WUMA 1LSNA 3DMZA 1L47A 3FA0A 1L40A 1SSWA 4BADA 5DN5A 4NHQA 1B7MA 3CDVA 5M1YA 1IP5A 1LZCA 4N9RA 4ET8A 2XJWA 4RDSA 1LZGA 4BAFA 4ET9A 4L41A 4LFPA 4W94A 1GAYA 1HEPA 103LA 4H9EA 5APCA 3M18B 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2F32 A;  1QS9 A;  3G3B B;  4DKL A;  1D3F A;  3FI7 A;  1EQ5 A;  4ARM A;  1F10 A;  148L E;  1B5Z A;  216L A;  4YXC A;  3L2X A;  1OVH A;  1L80 A;  5LYZ A;  2ZNW Y;  1QUS A;  5LAF A;  1D6Q A;  3RT5 X;  2B7X A;  4ARM B;  1C6J A;  1CKD A;  107L A;  4I7N A;  4Z46 A;  1XJT A;  3IJU A;  2ZYC A;  1B5Y A;  4ZIX A;  1LI6 A;  5APF A;  1CJ6 A;  1GXX A;  231L A;  187L A;  233L A;  1JKC A;  1LZ1 A;  1LSY A;  229L A;  3HH5 A;  2ZIK A;  1L56 A;  4OWC A;  146L A;  1L03 A;  3C80 A;  4H9H A;  1CU3 A;  2BQG A;  1IP3 A;  1GB5 A;  5KXX A;  1XEK A;  1XGT C;  1NDG C;  3A67 Y;  258L A;  2ZWB A;  3A34 A;  4ZPU A;  1QT8 A;  3MGW A;  2LZM A;  1OUH A;  3GUI A;  1NKH A;  1L74 A;  1HMK A;  5B06 A;  1UIA A;  2HUK A;  3AW7 A;  1C6B A;  1HEQ A;  3EXD A;  4PJZ A;  1P2R A;  4H94 A;  2HEB A;  4XJG A;  1B9O A;  1VFB C;  3DN6 A;  1C68 A;  1L69 A;  5FDJ A;  1EQ4 A;  1LSB A;  4HJV A;  140L A;  1LZ4 A;  2HU3 A;  4N1E I;  4OWA A;  1L57 A;  1L93 A;  4HJZ A;  2XBR A;  1L01 A;  1IOS A;  1LYS A;  4H91 A;  2Z12 A;  3LYO A;  3A3R X;  1O23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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