3C80A

T4 lysozyme mutant r96y at room temperature
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRYCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Contributions of all 20 amino acids at site 96 to the stability and structure of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3c80A00
238LA 1L66A 1CX7A 1L24A 2NTGA 1C6HA 1L87A 3FA0A 5LZMA 1D3JA 3HTFA 2OE9X 1L70A 1L61A 184LA 1G0PA 1P46A 1C60A 129LA 1C6JA 110LA 3SB8A 1L44A 2Z6BA 1L53A 1OWZA 242LA 4EJ4A 113LA 119LA 4PK0A 1L25A 3HT9A 1T6HA 1P37A 3GUPA 151LA 1L49A 1P3NA 3DN1A 1LLHA 1P56A 3VW7A 1C6PA 2QB0B 1L38A 1C6MA 1KY1A 1L58A 1D3NA 1L31A 3HWLA 231LA 3C82A 1L45A 2RBQA 2O4WA 1LW9A 3C7YA 3HH6A 4IAPA 1P36A 1C6FA 254LA 1KY0A 3HU9A 1C6NA 1CV0A 1L32A 1P2RA 3FADA 4W58A 1L19A 1ZWNA 1C6LA 3PDSA 1L94A 4W55A 142LA 1L90A 3HUQA 1L16A 131LA 256LA 3DMZA 1CUPA 1OVJA 3L64A 6LZMA 1CU2A 1C62A 3CDRA 1QT4A 1OWYA 109LA 2HUMA 3HUKA 4W52A 1C6EA 209LA 1L37A 1L99A 177LA 1QSQA 3NYAA 4EKSA 1C6CA 127LA 1LI2A 1OVKA 258LA 3GUMA 1OYUA 171LA 161LA 1G07A 1C6DA 181LA 1KW5A 237LA 1LGXA 1QTBA 2RB1X 225LA 2B74A 3DN4A 1QT3A 253LA 223LA 3HU8A 3RZEA 234LA 1T97A 2OTYX 198LA 1L57A 160LA 211LA 1G0GA 1L50A 1G0KA 2NTHA 4I7TA 4K5YA 3F8VA 1L29A 1D9WA 248LA 3NY8A 3HH5A 1QTDA 2OE4X 2RBNA 3G3XA 251LA 1CV5A 1NHBA 221LA 1L04A 2A4TA 1SWYA 111LA 1L12A 1L55A 2OEAX 4YX7C 3DMVA 3HT6A 3C8RA 1P7SA 219LA 1L20A 222LA 3DN6A 4AQNA 1LI3A 1G1WA 1L13A 4I7OA 2B6ZA 3GUKA 3ODUA 1L22A 4ARMB 1C65A 4W59A 149LA 261LA 4DAJA 1DYGA 1L62A 3HDEA 1KW7A 7LZMA 1C6BA 1L60A 3HTDA 245LA 1L95A 2OTZX 1L41A 243LA 150LA 217LA 4ARQB 4GBRB 1QTZA 3C80A 128LA 122LA 2B75A 1L83A 3CDOA 3SBAA 230LA 1OV7A 1P2LA 1SSYA 1D2WA 4EKQA 1L96A 1L15A 4LZMA 1L98A 147LA 1QT5A 191LA 1DYFA 1CUQA 1L35A 4E97A 197LA 1L03A 2LZMA 3F9LA 1LGWA 2B72A 1T8GA 3PBLA 1D3FA 3HH4A 1D2YA 1LYFA 1L52A 4W53A 1L82A 3DN3A 2F32A 1L33A 152LA 1L36A 3GULA 157LA 1KS3A 240LA 3CDTA 3L2XA 4YXCA 1L07A 1C66A 1ZYTA 4ZPUA 3K2RA 1CU6A 244LA 1L11A 1G1VA 4I7PA 1PQDA 4LDEA 4I7QA 4W57A 108LA 112LA 1L39A 3DMXA 3DN0A 3HTGA 2QARC 236LA 155LA 1KNIA 3V2YA 183LA 3C8SA 1L93A 1CU0A 3OE9A 4ARJA 1L08A 1OVHA 215LA 1D3MA 192LA 1L91A 1G0MA 220LA 1L88A 1L18A 3NY9A 1PQOA 2HULA 1C69A 1G0JA 1L02A 2L78A 1L64A 2OE7X 130LA 159LA 4I7JA 2RB2X 3DNAA 227LA 2RBSA 1SWZA 1SX7A 189LA 188LA 3RUNA 259LA 1C6IA 1L30A 3CDQA 1C61A 228LA 2B6TA 3LZMA 1L0JA 3SB6A 1L84A 1QTHA 2RBOA 1L40A 187LA 2OU9A 1T8AA 2HUKA 249LA 1PQIA 190LA 2O7AA 4W56A 1L92A 201LA 1PQKA 1L06A 1L01A 1L09A 1QT7A 1CVKA 3HH3A 107LA 4ARPA 1L54A 1P5CA 255LA 175LA 4GRVA 1L0KA 158LA 1LYGA 1XJTA 1L00A 1LYDA 1C6TA 3UONA 1L71A 4EPFA 4EKRA 1CV4A 2B73A 1QS9A 1QSBA 1L10A 4DJHA 218LA 4PJZA 1DYDA 1OV5A 4I7RA 1L28A 1LYIA 3G3VA 162LA 3V2WA 199LA 1L47A 2OU0X 1C63A 1CX6A 2O79A 3HUAA 139LA 2LC9A 1DYAA 2RB0X 1L76A 1QUHA 178LA 1DYBA 1C6KA 4I7KA 145LA 214LA 1ZURA 4OO9A 4LDOA 3OE0A 3DKEX 3DN8A 1L77A 182LA 169LA 1C6AA 103LA 3D4SA 173LA 4S0WA 233LA 163LA 3HT7A 1C6QA 176LA 2OU8A 3G3WA 1L81A 4I7MA 3OE6A 1CU3A 235LA 241LA 1L86A 3GUJA 172LA 2RBPA 1SSWA 1L65A 1L17A 120LA 216LA 1LYEA 1L14A 1L48A 1C68A 4I7NA 1G0QA 168LA 4ARMA 1CV6A 1QUOA 2B6WA 3QAKA 3SBBC 186LA 1L43A 4EKPA 1L26A 252LA 1LPYA 2RH1A 1L34A 3HT8A 4LDLA 195LA 2RBRA 3C83A 4ARQA 1LI6A 224LA 1L59A 4I7LA 200LA 1C67A 143LA 1QUDA 2F47A 146LA 1K28A 205LA 4DKLA 1L51A 2RAYX 1JTMA 156LA 3GUIA 232LA 166LA 247LA 180LA 3SB5A 1L74A 1XEPA 167LA 3C81A 1LWKA 144LA 1L68A 1G06A 1EPYA 2IGCA 3GUOA 1I6SA 4EPIA 1L72A 1C6GA 1XJUA 1WTHA 138LA 1LYHA 1L89A 3C8QA 1TLAA 2B6YA 3DN2A 1L56A 1T8FA 3C7WA 1DYCA 3EMLA 239LA 118LA 3SB9A 2LCBA 213LA 1DYEA 2CUUA 1QTVA 137LA 1L80A 3C7ZA 1G0LA 1PQJA 1LYJA 1CTWA 1C64A 141LA 125LA 3SB7A 1QUGA 1QTCA 1L79A 1L97A 170LA 257LA 229LA 114LA 1JQUA 1L67A 1P64A 1LGUA 2ANVA 4ARLA 3GUNA 165LA 1CU5A 1L75A 185LA 4EXMA 4W51A 1CV3A 262LA 250LA 1L63A 206LA 3CDVA 1L73A 1PQMA 1P6YA 1B6IA 1L21A 2RAZX 2Q9DA 226LA 2B70A 115LA 4W54A 4I7SA 1L85A 3FI5A 1SX2A 102LA 1LWGA 140LA 174LA 1CV1A 126LA 1QT8A 1L42A 212LA 1L23A 1L69A 4YXAC 260LA 3OE8A 3SN6R 2ANXA 1QT6A 246LA 196LA 2Q9EA 1L05A 2F2QA 5I14A 164LA 2B7XA 3JR6A 1QS5A 1JTNA 2B6XA 104LA 123LA 210LA 1L27A 1L46A 3HTBA 3HDFA 148LE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ1A 1LZ4A 1L70A 4WLXA 2AUBA 110LA 4IASA 4YM8A 4EJ4A 5E9RA 113LA 1L25A 1T6HA 1P37A 4PGJB 5L9JA 1LYYA 1GE3A 1LLHA 4NWEA 1C6MA 1E8LA 1LZNA 1CKDA 1GBYA 1D3NA 1Z55A 1CKFA 1L31A 1DQJC 231LA 3C82A 1GFKA 1FN5A 4H1PA 3WU9A 254LA 1KY0A 3HU9A 4BAPA 1TBYA 3FADA 1B5WA 1ZMYL 3TMXA 1OUEA 4W55A 3LZTA 3WH1A 1GAYA 1LSFA 1BB7A 256LA 1CUPA 3L64A 1LZRA 1QT4A 3F6ZA 2HUMA 4W52A 3CT1A 1IWYA 1LSNA 1A2YC 1TCYA 1L99A 177LA 1QSQA 1LZDA 5KXZA 1C6CA 1LI2A 1REYA 4HJZA 3AZ6A 3T36A 1C6DA 1QTBA 1LYZA 2H9JA 1QT3A 5LIOA 1FLUA 3RZEA 4FJRA 4FDYA 1GEZA 1C10A 1G0KA 4TSCA 3F8VA 1D9WA 3GXRA 248LA 3NY8A 4YEOA 5B06A 1QTDA 2OE4X 4RDSA 3W6EA 1N4FA 4GN3A 1L04A 1LOZA 3EXDA 3CSQA 111LA 1L12A 1LJHA 4YX7C 3WXUA 3HT6A 3C8RA 222LA 1G1WA 2LZ2A 3OK0A 2DQIY 2BQCA 3GUKA 4XJIA 5I4XA 8LYZA 1L22A 4GCBA 261LA 2ZQ3A 1HEQA 1XSFA 4OWBA 2LYOA 2ZYPA 2OTZX 1LZ9A 3TXIA 4LT2A 3CDOA 3SBAA 1B9OA 4PHIA 4OWEA 1D2WA 1QSAA 1XGQC 2A7FA 4EKQA 1LSGA 3GXKA 4G4BA 1L35A 1CUQA 4E97A 197LA 1L03A 5B1FA 3B6LA 3F9LA 1FKVA 4GCCA 5A3ZA 3W6DA 4ANRA 5HNLA 1MLCE 1D2YA 4J1BA 1L52A 1L82A 2F32A 2RSCA 3CDTA 4YXCA 1C66A 2W1XA 1J1XY 244LA 3CQLA 2YBMA 1GDXA 4I7PA 1JJ0A 1PQDA 3WULA 1JPOA 2ZILA 4I7QA 112LA 3DMXA 5B1GA 2XQOA 1GBWA 183LA 2DQCY 1CU0A 1L08A 1D3MA 192LA 1HMLA 1PQOA 2HULA 1LZGA 1H6MA 2L78A 1L02A 4NHQA 159LA 2MEDA 1BVXA 1JKBA 1LSAA 1RFPA 4XJHA 2DQEY 3AB6A 4NGKA 1P2CC 3SB6A 1L0JA 3ATNA 1LZ5A 3B72A 1SQ2L 1QTHA 187LA 3WUMA 3ZEKA 1DPXA 201LA 1UIHA 4WM5A 1NDGC 107LA 1OUGA 1OUAA 4H9HA 4NGOA 1C08C 1L0KA 4H9CA 1OQMA 3P65A 1IR9A 4EKRA 1CV4A 5DLAA 1GBZA 1QS9A 4DJHA 1WQNA 5FEKA 4I7RA 4HV1A 3K3TA 2OU0X 1C63A 4BAFA 1YAOA 3HUAA 139LA 1WQOA 1DYAA 4TUNA 1C43A 5LAGA 1C6KA 1OUIA 1GDWA 3DKEX 2HEEA 5IDDA 182LA 4NY5A 4XJFA 1LJKA 5HMJA 3A94A 4N0JA 2G4NA 1LCNA 4NIJA 1V7TA 3TXBA 1DKKA 2DQDY 3AZ4A 1NBZC 1PS5A 2W1MA 1IWVA 1HELA 2BQGA 4GLAA 3RNXA 1LZ1A 172LA 3WU7A 120LA 1OUBA 4QEQA 3QAKA 3B0KA 3ZVQB 1L26A 1LPYA 1XEJA 3HT8A 1IIZA 3W3EA 2RBRA 1IVMA 5KXMA 1KIRC 4DQJA 1LI6A 143LA 1QUDA 5K7OA 1K28A 4N1EI 1UIGA 1AT5A 4TTDA 232LA 4CJ2A 2BQHA 1LYSA 1LZ6A 4OOOA 3P68A 1L68A 1LKSA 1DPWA 1LZ8A 2IGCA 3QNGA 1JJ3A 3GUOA 4CFOA 1G7HC 5APFA 1GFUA 2B6YA 1LSDA 3C7WA 3RZ4A 213LA 1DYEA 1QTVA 1IOCA 2D91A 4UWUA 3C7ZA 2I26L 5LYMA 4M4OA 1CTWA 1A4VA 125LA 1ZVYB 3TXFA 1LSBA 4GCDA 5C6JA 1GHLA 2ANVA 1B5YA 1P64A 1BWIA 1GF4A 165LA 4W51A 3CDVA 1VFBC 5C6IA 4WLYA 2D4KA 1P6YA 1B6IA 1L21A 2Q9DA 226LA 1JKDA 4I7SA 1D6PA 2BQFA 140LA 1LMPA 4B4JA 4BADA 5KXLA 1QT8A 1LJJA 1B5VA 212LA 5DN4A 3OE8A 1LMQA 246LA 196LA 1MELL 4IJ4A 1LHLA 5FDJA 1L27A 1BGIA 148LE 1B7OA 1IOTA 1CX7A 2BQEA 1AKIA 1F0WA 4LYZA 4L41A 3HTFA 1L61A 1EQ4A 1P46A 4ETDA 1C6JA 1NBYC 1TAYA 1VDTA 1JUGA 3LYZA 2Z6BA 3W6FA 1OWZA 242LA 4ML7A 5HNCA 1WVVA 3GUPA 1P3NA 1FDLY 1IP1A 1GFJA 2MEAA 4GCEA 3VW7A 3AZ5A 1C6PA 2HEAA 2QB0B 2DQJY 1REXA 1OUDA 1EL1A 3HWLA 4DYGA 3N9AA 2O4WA 4WG7A 1LW9A 4IAPA 1B5UA 1LAAA 2HEBA 135LA 1B7SA 1NQIA 3EBAB 1OUHA 4H90A 1C6LA 3PDSA 4E3UA 1DI5A 142LA 3FE0A 1L90A 1LZTA 1LJGA 1OVJA 1UBZA 4NHIA 1C62A 1GE0A 4W96A 1YKYX 4LT1A 109LA 2VB1A 2YBJA 5F9XA 1QIOA 1D0KA 1LSZA 127LA 258LA 3B0OA 1KW5A 3WPLA 1GB0A 1XEIA 1YQVY 1IP5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JJ1 A;  1LZ4 A;  1L70 A;  4WLX A;  2AUB A;  110L A;  4IAS A;  4YM8 A;  4EJ4 A;  5E9R A;  113L A;  1L25 A;  1T6H A;  1P37 A;  4PGJ B;  5L9J A;  1LYY A;  1GE3 A;  1LLH A;  4NWE A;  1C6M A;  1E8L A;  1LZN A;  1CKD A;  1GBY A;  1D3N A;  1Z55 A;  1CKF A;  1L31 A;  1DQJ C;  231L A;  3C82 A;  1GFK A;  1FN5 A;  4H1P A;  3WU9 A;  254L A;  1KY0 A;  3HU9 A;  4BAP A;  1TBY A;  3FAD A;  1B5W A;  1ZMY L;  3TMX A;  1OUE A;  4W55 A;  3LZT A;  3WH1 A;  1GAY A;  1LSF A;  1BB7 A;  256L A;  1CUP A;  3L64 A;  1LZR A;  1QT4 A;  3F6Z A;  2HUM A;  4W52 A;  3CT1 A;  1IWY A;  1LSN A;  1A2Y C;  1TCY A;  1L99 A;  177L A;  1QSQ A;  1LZD A;  5KXZ A;  1C6C A;  1LI2 A;  1REY A;  4HJZ A;  3AZ6 A;  3T36 A;  1C6D A;  1QTB A;  1LYZ A;  2H9J A;  1QT3 A;  5LIO A;  1FLU A;  3RZE A;  4FJR A;  4FDY A;  1GEZ A;  1C10 A;  1G0K A;  4TSC A;  3F8V A;  1D9W A;  3GXR A;  248L A;  3NY8 A;  4YEO A;  5B06 A;  1QTD A;  2OE4 X;  4RDS A;  3W6E A;  1N4F A;  4GN3 A;  1L04 A;  1LOZ A;  3EXD A;  3CSQ A;  111L A;  1L12 A;  1LJH A;  4YX7 C;  3WXU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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