4I7MA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-allylphenol bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7mA00
1L81A 1P2LA 1L43A 1L24A 152LA 250LA 1QS5A 3HU8A 1KY0A 1L86A 2QB0B 3C81A 2B73A 2B75A 1OYUA 4W51A 151LA 1P56A 4I7MA 1L99A 1PQJA 2RH1A 3FADA 1C68A 3F8VA 1L20A 1QTCA 4W55A 3PDSA 1ZWNA 168LA 1L38A 3DN2A 4AQNA 1L97A 1SX2A 1CTWA 1L09A 130LA 4PJZA 1C60A 1CV5A 169LA 184LA 2A4TA 212LA 252LA 1L32A 2OE4X 139LA 1G1VA 155LA 114LA 222LA 143LA 1L05A 1P7SA 1DYEA 178LA 190LA 1L49A 4EPIA 1L31A 256LA 240LA 1L35A 1LGXA 198LA 1LGUA 1L34A 1P64A 1L68A 1L26A 3OE9A 4YXAC 1DYBA 4ZPUA 4W52A 1L46A 4ARPA 1LYHA 1DYGA 261LA 4DKLA 162LA 1L77A 3GUIA 1QSQA 4I7TA 1SX7A 195LA 3L64A 108LA 4EKSA 1L66A 164LA 1L95A 1L98A 1OWZA 213LA 2B6ZA 1C62A 1L03A 2B6XA 4W56A 118LA 1C6PA 3C7ZA 1L54A 2F47A 3HH5A 5I14A 1L33A 226LA 1DYDA 1LYFA 3DN1A 160LA 3V2YA 192LA 1L51A 3HT8A 1P2RA 1C66A 2OTYX 167LA 2HULA 2Q9DA 4ARMA 242LA 3SB8A 1L47A 1L10A 1L15A 1C6IA 1LYEA 210LA 1I6SA 1SWZA 3HUKA 1L62A 1KS3A 1P5CA 1B6IA 176LA 2Q9EA 120LA 1CV1A 1PQKA 4W57A 3HT7A 1KW5A 156LA 1SSWA 163LA 174LA 181LA 2RBQA 1C6NA 3C83A 1G0LA 1CX7A 1DYCA 2ANVA 1L17A 1L21A 2HUKA 233LA 1L71A 3NY8A 1C6EA 241LA 2LCBA 1L67A 1L45A 244LA 1G0GA 1L08A 110LA 211LA 1L28A 243LA 3SB6A 1QT3A 2ANXA 4ARQA 1D2WA 3ODUA 218LA 113LA 1L70A 3CDOA 158LA 1CV4A 4OO9A 1L39A 5LZMA 1KW7A 201LA 1XEPA 1L16A 1L36A 159LA 3OE0A 1QUHA 3DKEX 4E97A 2F2QA 4ARLA 146LA 1T8AA 1LW9A 4LZMA 1L50A 1L11A 1JTMA 1L52A 1L76A 235LA 2OTZX 3DN8A 1L37A 197LA 1QTBA 3VW7A 1C63A 1P36A 238LA 1G0KA 249LA 1L0KA 1KNIA 1OV5A 251LA 2O4WA 2O7AA 237LA 1D3FA 3QAKA 1OWYA 3C8RA 3DMXA 127LA 1QT4A 1NHBA 1CUPA 1OV7A 236LA 4ARJA 1L29A 3SN6R 1L65A 1LYJA 4EKQA 4IAPA 1P46A 232LA 3GUOA 2OE9X 1L19A 1T97A 2RBRA 2OU9A 3SBBC 4I7LA 4I7KA 205LA 1XJTA 1TLAA 180LA 1QTZA 3F9LA 3EMLA 1L18A 1QS9A 231LA 1L12A 3FI5A 1QT6A 4PK0A 1QT7A 1C6BA 112LA 3UONA 1L48A 1LI6A 3C80A 1K28A 4LDOA 4W54A 3RUNA 1PQOA 1CUQA 220LA 173LA 161LA 3GUNA 1L41A 1C67A 2IGCA 1C6GA 246LA 1PQDA 1L74A 3GUPA 3GUKA 4ARMB 149LA 144LA 1C6JA 1QTHA 3CDRA 4EKRA 3CDTA 1L72A 227LA 1PQIA 1L94A 1WTHA 4EJ4A 2RBPA 1C6FA 3LZMA 1CVKA 4W59A 125LA 1L64A 219LA 1SSYA 122LA 1T6HA 2LC9A 196LA 1CU0A 1LI2A 3L2XA 3PBLA 182LA 228LA 3DN6A 1G0QA 1C6TA 1C6QA 1C64A 209LA 1L40A 1L60A 2HUMA 2B70A 1L07A 1L00A 4EPFA 255LA 247LA 3JR6A 4GRVA 1G1WA 1D3JA 1P6YA 148LE 138LA 1L04A 4LDLA 4I7PA 1D9WA 166LA 1ZYTA 1L83A 3HH6A 3C7WA 3G3VA 4W58A 1C6CA 1G0MA 3NY9A 3D4SA 4ARQB 1QTDA 1LYIA 3HTDA 2RBOA 1C6MA 3HWLA 123LA 1C6KA 253LA 2OU8A 239LA 2L78A 3DN0A 1QT8A 4I7OA 215LA 1KY1A 1D3NA 3G3WA 4GBRB 1CX6A 2RBSA 3GULA 3V2WA 4I7RA 1JQUA 3HT6A 3CDQA 3K2RA 214LA 104LA 6LZMA 200LA 1EPYA 199LA 1L63A 1L27A 2B6YA 3HT9A 3DN4A 1C69A 245LA 3HTBA 4LDEA 3SB9A 2OE7X 4YXCA 3GUMA 1L75A 3HUAA 1L88A 1LGWA 107LA 119LA 1C61A 4EKPA 4W53A 1L91A 1L73A 2B6TA 1L82A 1LLHA 1L80A 258LA 1CV3A 2RAYX 103LA 2O79A 188LA 2CUUA 1P37A 3HTFA 3SB5A 1LPYA 3OE8A 1C6HA 1LWKA 3HU9A 4K5YA 1C6AA 1QUDA 3DNAA 4I7QA 2B7XA 2RAZX 3G3XA 4I7SA 1QSBA 229LA 3FA0A 1D2YA 147LA 1DYFA 2F32A 3CDVA 2Z6BA 3NYAA 1L42A 3C7YA 3HH3A 1C65A 3HDFA 1P3NA 230LA 206LA 254LA 1OVKA 2QARC 2B6WA 1L23A 1L30A 1L58A 3GUJA 1L14A 257LA 1L84A 189LA 1CV6A 4EXMA 2B74A 1L0JA 1L79A 1JTNA 109LA 1L96A 2NTGA 225LA 260LA 172LA 1LI3A 3DMVA 1T8FA 140LA 1CU2A 1LWGA 129LA 3C8SA 1L87A 1G06A 183LA 1L69A 186LA 2LZMA 131LA 115LA 1CU3A 217LA 3HDEA 3SBAA 1QT5A 1T8GA 1L55A 1L06A 4DJHA 145LA 2OEAX 1L56A 157LA 1OVHA 221LA 165LA 1L44A 171LA 1LYGA 1L92A 1QUOA 3DN3A 1CU5A 223LA 4S0WA 175LA 1L93A 1CV0A 191LA 1CU6A 234LA 2RB0X 1L57A 137LA 111LA 170LA 1L25A 1LYDA 3HTGA 177LA 1G0JA 1PQMA 1G07A 2B72A 1L89A 2RBNA 128LA 1SWYA 150LA 1C6LA 1OVJA 216LA 4DAJA 185LA 3DMZA 4I7NA 3HUQA 7LZMA 2RB2X 1L61A 1L85A 1XJUA 2RB1X 3RZEA 1D3MA 1QTVA 2NTHA 1L59A 3HH4A 102LA 259LA 1C6DA 3C8QA 142LA 1L22A 4YX7C 1QUGA 126LA 3SB7A 1L01A 4I7JA 1L53A 1L90A 2OU0X 1ZURA 248LA 141LA 1G0PA 3C82A 187LA 3OE6A 224LA 1L02A 1DYAA 262LA 1L13A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1P2LA 1WQOA 1L43A 1B0DA 4M6DA 1FDLY 3N9AA 4Z3MA 1KIRC 3T36A 1IP4A 2QB0B 3C81A 1INUA 2LZ2A 151LA 1L99A 4HP0A 1GXXA 5KXRA 2Z19A 1REZA 4XJBA 1L38A 4AQNA 1SX2A 1L09A 4PJZA 1OUHA 1OUIA 4OWAA 1G1VA 1GBSA 3CQLA 1L05A 1FLYA 1TCYA 1OUDA 1JJ1A 4EPIA 4XADA 1NKHA 3WVYA 1B7OA 1LGXA 1L34A 5LVIA 1L68A 4YXAC 5KXPA 4ZPUA 4NHIA 1HEQA 4ARPA 1LYHA 1DYGA 1D9UA 1L77A 1BB5A 1QSQA 1SX7A 1L66A 164LA 1L95A 1T6VL 2BLYA 1P2CC 5I5QA 3TXIA 4J1AA 194LA 1C6PA 1LSPA 1EQ4A 1LSZA 2F47A 5I14A 4EMNA 1UUZC 6LYTA 1B7NA 1LYFA 4D9ZA 1L51A 3HT8A 1C66A 2OTYX 167LA 1OUCA 2YBMA 242LA 3SB8A 1QTEA 1UACY 1YL0X 1LZDA 1L15A 1L62A 3TXHA 4B4EA 1KS3A 2HECA 1P5CA 3D3DA 1W08A 135LA 1JSEA 1LZBA 4OWBA 1LZCA 4LT0A 1VDTA 4H9BA 5KXOA 2BQKA 5JENB 4BADA 5F16A 2D4IA 1GF5A 5DLAA 1BWHA 110LA 1LHJA 4GLAA 5LXWA 3AGGG 193LA 1I1ZA 2H9JA 1TDYA 4WM1A 2HTXA 3CSZA 1LJGA 3WPLA 3ODUA 4RLMA 113LA 3CDOA 1CV4A 5LZMA 1KW7A 2XJWA 1BB4A 1L36A 3OE0A 5F9UA 4ARLA 4NEBA 1LW9A 4LZMA 1N4FA 4TTDA 4NY5A 1JTMA 1HEWA 4HSFA 1IORA 2OTZX 4LFXA 5A3EA 197LA 1JTOL 1L0KA 5F9XA 251LA 2O4WA 4UWUA 5APFA 5C6LA 1QT4A 4DD7A 1LZAA 3LYMA 1BWIA 4PGJB 4H8ZA 1CJ9A 4HTNA 2ZIKA 4GCDA 5KXXA 2EQLA 1YIKA 3AGHA 3RZ4A 2RBRA 3SBBC 1NQIA 4I7KA 5KXWA 1XJTA 2ZQ4A 4H9AA 4LYZA 1TLAA 2HEFA 4LYCA 5L9JA 1OUEA 4H9IA 153LA 134LA 2D4KA 1GEVA 1REXA 1LJHA 3C80A 1GFRA 4N0JA 4WO9A 1GXV2 4W54A 1D6QA 3SP3A 4NGKA 1LZRA 3RUNA 1GFAA 2XBRA 5FEKA 173LA 3TXFA 5HQ1A 2IGCA 2F30A 4ETEA 4GCFA 246LA 5HMVA 4ARMB 207LA 4NWHA 4XN6A 4DC4A 1LHHA 1L94A 1WTHA 4EJ4A 5L3IA 2BLXA 1ALCA 2Q0MX 3A6BY 5DL9A 125LA 1IP5A 4CHXA 4LGKA 2ZQ3A 228LA 3AJNA 1GB0A 4B4JA 4YM8A 1L40A 2ZNXY 2B70A 2BQOA 247LA 1G1WA 1D3JA 1LZEA 1QQYA 4WM4A 138LA 1L04A 2FYDA 4LDLA 1ZYTA 3HH6A 1L83A 5C6JA 1G0MA 3NY9A 4QY9A 2ZWBA 2BQHA 123LA 1C6KA 1BB7A 1XGRC 4G4BA 2DQCY 3LN2A 1E8LA 1B7QA 1EQEA 5DN4A 4WMGA 1KIPC 1VAUA 1LMNA 1JJ0A 3W6AA 3J6KA 4J0LA 1EPYA 199LA 1L63A 4H1PA 1V7TA 1IY3A 1C69A 1HNLA 1GE4A 245LA 4GN3A 3SB9A 4YXCA 3AZ5A 1BVKC 4HJVA 1NHEA 1L91A 2B6TA 1LLHA 2DKVA 4NIJA 3WULA 3A90A 3N9CA 2IFFY 4DWXA 188LA 2BQMA 2D6BA 1LPYA 1C6HA 4XENA 1LZTA 3HU9A 4I7QA 2BQLA 1D2YA 3A34A 1GF9A 1T3PA 2Z6BA 1VEDA 3TMWA 1LMPA 3HDFA 2DQHY 3BKHA 1GFUA 1Z55A 2C8OA 230LA 1OUBA 206LA 4ET9A 4H9EA 3GUJA 1XSFA 1LMOA 1L84A 1YKYX 1L79A 1IWUA 5LAFA 3WUNA 5LVHA 172LA 1LI3A 1LSNA 1CU2A 5M1YA 5KKJA 129LA 4NHQA 3WU9A 4MR1A 2BQFA 1LJ3A 1PZYA 165LA 4WM2A 1QUOA 2MEEA 1QTKA 3AB6A 175LA 1LSMA 5KXSA 137LA 5KXYA 3HTGA 5LIOA 4NSGA 4DDBA 1VDQA 1L89A 128LA 1C43A 1CJ6A 1KXXA 2YBIA 1GBYA 1QDTA 4DYGA 1DPWA 2Z38A 1HEMA 1DKKA 1LSCA 4XJIA 1IP1A 1L85A 4J7VA 1JTPL 1LZ8A 5LYTA 1AT5A 1HF4A 1NMMA 2MECA 3ULRA 1QTVA 3AYQA 4LFPA 1IVMA 2D4JA 1XFPL 1DKJA 142LA 4HJYA 4YX7C 2HU1A 1QUGA 1HMKA 1SQ2L 133LA 1L90A 248LA 4GN4A 3W6FA 3CSRA 1C10A 4IASA 5IDDA 1DYAA 3HTBA 1G07A 4TSCA 3W6DA 152LA 2DQAA 250LA 1QS5A 3A93A 2VB1A 1KY0A 1L86A 3CT1A 4L41A 1OYUA 1JEFA 1P56A 1PQJA 3FADA 3GXRA 3F8VA 4ANRA 1ZWNA 1LZ9A 1ZVHL 3DN2A 5HNCA 3P66A 1CTWA 2YBLA 1BHZA 1L32A 1YQVY 2OE4X 2HUBA 222LA 143LA 5D5CA 1IC5Y 4LYTA 240LA 1L35A 3AZ6A 198LA 2YVBA 3OE9A 3TMVA 4NGYA 4KT3A 1BVXA 261LA 162LA 1UIHA 4I7TA 3LZTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1P2L A;  1WQO A;  1L43 A;  1B0D A;  4M6D A;  1FDL Y;  3N9A A;  4Z3M A;  1KIR C;  3T36 A;  1IP4 A;  2QB0 B;  3C81 A;  1INU A;  2LZ2 A;  151L A;  1L99 A;  4HP0 A;  1GXX A;  5KXR A;  2Z19 A;  1REZ A;  4XJB A;  1L38 A;  4AQN A;  1SX2 A;  1L09 A;  4PJZ A;  1OUH A;  1OUI A;  4OWA A;  1G1V A;  1GBS A;  3CQL A;  1L05 A;  1FLY A;  1TCY A;  1OUD A;  1JJ1 A;  4EPI A;  4XAD A;  1NKH A;  3WVY A;  1B7O A;  1LGX A;  1L34 A;  5LVI A;  1L68 A;  4YXA C;  5KXP A;  4ZPU A;  4NHI A;  1HEQ A;  4ARP A;  1LYH A;  1DYG A;  1D9U A;  1L77 A;  1BB5 A;  1QSQ A;  1SX7 A;  1L66 A;  164L A;  1L95 A;  1T6V L;  2BLY A;  1P2C C;  5I5Q A;  3TXI A;  4J1A A;  194L A;  1C6P A;  1LSP A;  1EQ4 A;  1LSZ A;  2F47 A;  5I14 A;  4EMN A;  1UUZ C;  6LYT A;  1B7N A;  1LYF A;  4D9Z A;  1L51 A;  3HT8 A;  1C66 A;  2OTY X;  167L A;  1OUC A;  2YBM A;  242L A;  3SB8 A;  1QTE A;  1UAC Y;  1YL0 X;  1LZD A;  1L15 A;  1L62 A;  3TXH A;  4B4E A;  1KS3 A;  2HEC A;  1P5C A;  3D3D A;  1W08 A;  135L A;  1JSE A;  1LZB A;  4OWB A;  1LZC A;  4LT0 A;  1VDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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