1L80A

Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAFINLVFQMGETGIAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Design and structural analysis of alternative hydrophobic core packing arrangements in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l80A00
1CUQA 1L56A 1L39A 2OU0X 111LA 223LA 5I14A 1DYEA 4OO9A 123LA 1C6CA 1L15A 200LA 1DYDA 156LA 176LA 1QT7A 3G3VA 1L93A 1CV6A 1ZYTA 1L13A 250LA 2B73A 2ANVA 158LA 181LA 1C68A 1QUGA 1SWYA 1L40A 2LC9A 216LA 1L03A 1LI3A 1LYEA 1L07A 168LA 198LA 1L61A 1L48A 1LYGA 1L34A 3C8SA 1L01A 1L35A 107LA 1D3MA 1L86A 3SB8A 1P2RA 1C6BA 1KW5A 217LA 227LA 4W56A 1DYCA 1L12A 6LZMA 115LA 253LA 1C6TA 1P46A 234LA 1L79A 1L70A 1ZWNA 1P37A 4YXAC 3PBLA 2RAYX 1DYGA 3GUMA 195LA 233LA 261LA 1LGXA 1L09A 3GUIA 1L41A 131LA 209LA 1CV4A 3L2XA 4EXMA 229LA 1L24A 3DNAA 3HH6A 231LA 2RBOA 4W54A 184LA 1L23A 2RBNA 2HUMA 1G0GA 183LA 3DN6A 2RBPA 3DN4A 3K2RA 1L87A 3OE8A 1L11A 2B6WA 126LA 4I7PA 1WTHA 1L22A 256LA 2OU8A 4EJ4A 1D2WA 1LWKA 3HH5A 1OVHA 1L92A 1KW7A 144LA 4W58A 1L02A 1QS5A 3CDTA 4W55A 1KY1A 3F8VA 129LA 1XJUA 236LA 1L98A 1L30A 3V2YA 1CU5A 3FI5A 1PQJA 2RBSA 1KY0A 1L14A 1L84A 150LA 2O79A 141LA 2OU9A 1CU0A 1P6YA 2B74A 171LA 2O4WA 1L53A 3C82A 4PJZA 2B7XA 192LA 172LA 3F9LA 2O7AA 1QTCA 122LA 2B6TA 2F2QA 3LZMA 248LA 1OWYA 1TLAA 4YXCA 1LI6A 1L36A 3HU8A 1L72A 213LA 1L43A 1G0MA 1L83A 1G0QA 2CUUA 2RB0X 1L21A 3ODUA 1L42A 151LA 2F32A 3C80A 243LA 3OE9A 247LA 3HWLA 3JR6A 4W59A 1G0KA 114LA 1L60A 1QT6A 230LA 3QAKA 1G0PA 3GUNA 3C8QA 237LA 1L04A 244LA 4LDEA 185LA 1CX7A 1L19A 1QT5A 2ANXA 1CTWA 1L94A 1OWZA 3DN1A 3SB9A 3HTBA 2B75A 130LA 201LA 1D3FA 197LA 4ARJA 2Q9EA 145LA 1CV0A 1LGUA 1B6IA 170LA 1QTHA 2LCBA 1L82A 3HTDA 1P7SA 1JQUA 1L31A 1SSWA 1QUDA 260LA 191LA 255LA 1T8AA 254LA 189LA 112LA 177LA 1G07A 1QT4A 1KNIA 3HH4A 4YX7C 1L32A 1L68A 1L89A 1C6AA 3CDVA 3V2WA 187LA 1L08A 4I7QA 1LGWA 174LA 162LA 109LA 1C6JA 1QSBA 196LA 1T8FA 3DMVA 1T6HA 1C6PA 3HT8A 3SB6A 1SX2A 3GUJA 2RH1A 2B6YA 1DYAA 228LA 252LA 4I7TA 1L71A 1L46A 1L80A 215LA 3GUKA 210LA 1DYFA 5LZMA 1CU3A 1L20A 178LA 1C63A 1LYIA 4EKRA 1PQKA 262LA 1PQDA 118LA 199LA 2NTHA 1SWZA 3C81A 1P5CA 1OVJA 1C67A 1L90A 1LPYA 2HUKA 4GRVA 2RB2X 3HDFA 1QT3A 1CV3A 1G06A 3HTGA 1CV5A 4LDLA 4S0WA 1LYDA 149LA 3SB5A 1C60A 1P2LA 225LA 1C6NA 1L96A 3HUAA 4W57A 4EPFA 1L75A 4I7OA 1QS9A 1L05A 1G0LA 169LA 4K5YA 1C6KA 1ZURA 1C6DA 4I7LA 1JTNA 1CU2A 1SX7A 3DN3A 1C64A 1L50A 2B6XA 3FADA 1C6MA 3PDSA 1OVKA 222LA 1P64A 1CVKA 1SSYA 4ARQA 1L16A 3HDEA 161LA 1L91A 157LA 1D3NA 4EKSA 2F47A 2LZMA 2IGCA 4AQNA 2RAZX 1L66A 4PK0A 3SBBC 4ARLA 3OE6A 1L81A 1L17A 3DKEX 1QTZA 4EPIA 251LA 4LDOA 259LA 1K28A 119LA 1C6QA 1D2YA 249LA 1L67A 3DN0A 1L25A 146LA 173LA 2B6ZA 3DN8A 3D4SA 4W53A 1L0KA 258LA 206LA 3HTFA 1OV5A 1PQIA 4DKLA 3C83A 4DAJA 3CDRA 3NY9A 1LWGA 182LA 1LYFA 4ARMA 226LA 1L95A 2L78A 1C6LA 4EKQA 7LZMA 2QARC 102LA 4GBRB 1L74A 140LA 4ARPA 1L62A 221LA 3G3XA 4I7SA 3RUNA 137LA 1T8GA 3HT9A 152LA 4I7JA 103LA 218LA 1QTDA 3L64A 4ARQB 212LA 1C66A 165LA 3GULA 2B72A 1L52A 138LA 3HT7A 1CX6A 1JTMA 1L69A 214LA 2OE4X 3C7ZA 2NTGA 1C6HA 1L26A 164LA 2RB1X 1EPYA 1P36A 1KS3A 1PQOA 1L00A 1L18A 3EMLA 120LA 1L51A 1CV1A 4E97A 3SBAA 1L55A 3DN2A 125LA 167LA 1XJTA 1L88A 1L49A 3UONA 1C6EA 147LA 3C8RA 239LA 1L44A 1LI2A 2OE7X 1L63A 3C7YA 1L54A 3HU9A 1CUPA 219LA 4I7MA 4ARMB 3CDQA 104LA 232LA 110LA 163LA 3FA0A 3HH3A 2A4TA 1LW9A 1QTVA 1QSQA 2HULA 3SN6R 1L57A 4I7NA 128LA 166LA 2OTZX 3GUPA 1L33A 3DMXA 224LA 1G1WA 180LA 241LA 2RBQA 4I7KA 257LA 1G1VA 2OTYX 211LA 1LYHA 1L0JA 1XEPA 1DYBA 1L85A 242LA 1OV7A 142LA 1C6IA 1C69A 1L97A 3DMZA 113LA 246LA 1D9WA 1L76A 186LA 1PQMA 1T97A 4I7RA 2B70A 1L58A 1QT8A 1L59A 1L45A 3NYAA 1I6SA 3SB7A 1G0JA 175LA 2OE9X 1D3JA 1L37A 3HUQA 1QUHA 1QUOA 4ZPUA 1C61A 4LZMA 1L65A 4W52A 188LA 235LA 159LA 1P56A 220LA 1L10A 2Z6BA 3HUKA 4IAPA 2OEAX 4EKPA 3C7WA 240LA 190LA 108LA 4W51A 4DJHA 1CU6A 1OYUA 139LA 3G3WA 1L99A 1L29A 1C6FA 205LA 127LA 3RZEA 1L77A 2QB0B 1L27A 1NHBA 3GUOA 160LA 1P3NA 1C6GA 238LA 3HT6A 3VW7A 1L38A 1L47A 143LA 1L73A 1LYJA 245LA 1C62A 3NY8A 3CDOA 1L06A 2Q9DA 155LA 1L64A 1LLHA 1C65A 3OE0A 148LE 1QTBA 1L28A 2RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE4A 1L56A 4DD2A 5L9JA 4TSCA 5I14A 1DYEA 3J4GA 1QT7A 3G3VA 3EBAB 1C68A 1KXYA 1INUA 3WPJA 2XJWA 1L40A 1BGIA 216LA 1L03A 1LI3A 1LYEA 168LA 5AMYA 3C8SA 1JKAA 1L35A 3HBHA 107LA 1D3MA 1NDMC 1JTPL 1P2RA 1LJGA 217LA 227LA 4W56A 1DYCA 1L12A 4TUNA 115LA 4NSIA 1EL1A 1W08A 4H94A 234LA 1HHLA 1REYA 1ZWNA 1P37A 4YXAC 4DD3A 195LA 233LA 4E3UA 1LGXA 4NGKA 2DQGY 1Z55A 4WM2A 1C08C 5LYTA 4H8XA 1D0MA 2RBNA 2HUMA 2MEGA 1JSFA 3A93A 1L87A 9LYZA 4HJVA 1GB3A 3OE8A 5ILFA 1C7PA 5KXSA 1WTHA 256LA 1GPQC 1LWKA 1OVHA 1L92A 1ZV5L 2G4PA 3CSQA 4OW1A 1L02A 1QS5A 3CDTA 1RCMA 1JTTL 1UC0A 3F8VA 129LA 2Z19A 2MEFA 1JISA 3M3UA 3V2YA 2YSSC 1UIBA 5KXRA 1LYYA 141LA 1VEDA 1CU0A 1L53A 3A3RX 1B5VA 4PJZA 2ZQ4A 2EKSC 1EQEA 1GBWA 122LA 1LJKA 3LZMA 248LA 1IP4A 1TLAA 4DT3A 3A96A 4YXCA 1L36A 1L72A 213LA 1JUGA 2RB0X 4LYBA 1L42A 1HEQA 3ATNA 2F32A 247LA 5APEA 5F9UA 1IP7A 4RLNA 4HPIA 1FDLY 1QT6A 237LA 1CKHA 1OWZA 2B75A 130LA 201LA 1JSEA 2ZYPA 5LIOA 3TXGA 1D3FA 3WULA 145LA 1CV0A 1N4FA 1B6IA 2X0AA 4LT2A 3HTDA 1P7SA 1SSWA 4UWNA 1IEEA 1QDRA 4DYGA 2YBMA 3E3DA 3P68A 1REXA 4HV2A 1GFKA 4DQJA 1GBSA 1L89A 1C6AA 1L08A 2FYDA 174LA 1GHLA 196LA 1GF0A 3HT8A 2W1YA 3GUJA 228LA 1IOSA 1XGRC 1VFBC 1L71A 3N9AA 210LA 1DYFA 1UIEA 4EMNA 1C63A 1GBOA 3TXBA 4EKRA 1GDWA 2DQAA 1PQKA 262LA 1PQDA 118LA 199LA 4OWAA 2CJLA 2NTHA 1P5CA 4LYOA 4Z46A 1GAYA 1C67A 1L90A 4J0LA 3A34A 4GRVA 3W6CA 4GCDA 3ZVQB 4TWSA 2D4IA 4S0WA 1LYSA 2I6ZA 5B05A 1C6NA 1L96A 3HUAA 1L05A 2HEDA 169LA 1B7QA 1C6DA 1B7OA 1JTNA 4WO9A 1FBIX 1C64A 1L50A 2B6XA 2YBJA 1CVKA 1C45A 5I4XA 3N9CA 4DD9A 1TDYA 2IGCA 4AQNA 7LYZA 4PK0A 4ARLA 1LYOA 5E4PA 4QDNA 1ZVYB 1QTZA 3TXEA 259LA 1LKRA 1IWXA 1VDQA 249LA 3DN0A 1IP5A 4II8A 1DI4A 5C6IA 2BQCA 1LSMA 3HTFA 1TBYA 1PQIA 1YKYX 3BKHA 4WM6A 4DKLA 3HBDA 4DAJA 2HEAA 3NY9A 4H9HA 1YILA 2L78A 1LSDA 3AYQA 3CT0A 7LZMA 2QARC 5C6JA 4GBRB 3W6DA 4FDYA 2HEBA 5LXWA 4NHSA 137LA 2HEEA 1T8GA 1GE3A 1LHHA 4IATA 4B4IA 103LA 2Z2FA 214LA 3C7ZA 2NTGA 2RB1X 1KS3A 1L00A 3B0OA 4OWHA 3AW7A 120LA 4E97A 1L55A 4NSGA 3DN2A 2BQGA 1CKGA 1JKDA 1C6EA 4H9IA 3C8RA 4CHXA 3WU7A 2OE7X 3C7YA 5LAGA 1YL0X 2XTHA 4ARMB 1IY3A 1LMPA 2A4TA 4ANRA 1YKXX 2YVBA 1QSQA 4GCCA 4LZTA 4I7NA 3DMXA 4XJHA 1G1WA 1OUGA 4I7KA 257LA 5E9RA 4A7DA 5KXMA 1VATA 4H9EA 4ET8A 4YENA 142LA 4QEQA 246LA 1F6SA 186LA 1JKBA 1UIFA 3TMUA 3A91A 2B70A 1L59A 3SB7A 1NDGC 1QTKA 1OUHA 4NGLA 2OE9X 4GCEA 1TAYA 4NFVA 3LZ2A 4LZMA 2BQFA 235LA 1P56A 5F9XA 3HUKA 2MECA 4U3XB 1LJFA 3A67Y 240LA 190LA 108LA 3W6BA 4GLVA 1L99A 4MSTA 4WLYA 3AZ7A 3GUOA 160LA 1LCNA 4RLMA 1FLYA 1LJIA 2I26L 4OWEA 143LA 1NQIA 245LA 3NY8A 1LMOA 3CDOA 4RW1A 5DM9A 1BWHA 3QNGA 1JEFA 1YAMA 1YQVY 1KIQC 3GXKA 3IJVA 4WL7A 2RBRA 1LHLA 1HEWA 4ETCA 1CJ7A 1CKDA 1AM7A 1CJ6A 176LA 1L93A 1ZYTA 250LA 1GB7A 135LA 198LA 1BB4A 2F2NA 1L61A 5FHWA 1LYGA 1L01A 1L86A 3GXRA 1KW5A 2F4GA 1LZ8A 6LZMA 1NWGA 3AGHA 4LGKA 1HC0A 1C6TA 1P46A 4AGAA 1RI8B 1L79A 1L70A 1DYGA 3GUMA 3WPKA 1L09A 3TMVA 2DQCY 4OWCA 5I4YA 3FE0A 231LA 3DN6A 4HPEA 1BB6A 1AT6A 1WVVA 4IJ4A 126LA 3EXDA 1IP3A 2OU8A 4H93A 4I8SA 3AW6A 4KPMA 1UACY 5KXOA 1KY1A 1I1ZA 236LA 1XJUA 1GWDA 2DQFC 5A3ZA 1CU5A 2RBSA 1KY0A 4N0JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1GE4 A;  1L56 A;  4DD2 A;  5L9J A;  4TSC A;  5I14 A;  1DYE A;  3J4G A;  1QT7 A;  3G3V A;  3EBA B;  1C68 A;  1KXY A;  1INU A;  3WPJ A;  2XJW A;  1L40 A;  1BGI A;  216L A;  1L03 A;  1LI3 A;  1LYE A;  168L A;  5AMY A;  3C8S A;  1JKA A;  1L35 A;  3HBH A;  107L A;  1D3M A;  1NDM C;  1JTP L;  1P2R A;  1LJG A;  217L A;  227L A;  4W56 A;  1DYC A;  1L12 A;  4TUN A;  115L A;  4NSI A;  1EL1 A;  1W08 A;  4H94 A;  234L A;  1HHL A;  1REY A;  1ZWN A;  1P37 A;  4YXA C;  4DD3 A;  195L A;  233L A;  4E3U A;  1LGX A;  4NGK A;  2DQG Y;  1Z55 A;  4WM2 A;  1C08 C;  5LYT A;  4H8X A;  1D0M A;  2RBN A;  2HUM A;  2MEG A;  1JSF A;  3A93 A;  1L87 A;  9LYZ A;  4HJV A;  1GB3 A;  3OE8 A;  5ILF A;  1C7P A;  5KXS A;  1WTH A;  256L A;  1GPQ C;  1LWK A;  1OVH A;  1L92 A;  1ZV5 L;  2G4P A;  3CSQ A;  4OW1 A;  1L02 A;  1QS5 A;  3CDT A;  1RCM A;  1JTT L;  1UC0 A;  3F8V A;  129L A;  2Z19 A;  2MEF A;  1JIS A;  3M3U A;  3V2Y A;  2YSS C;  1UIB A;  5KXR A;  1LYY A;  141L A;  1VED A;  1CU0 A;  1L53 A;  3A3R X;  1B5V A;  4PJZ A;  2ZQ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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