1L75A

Multiple stabilizing alanine replacements within alpha-helix 126-134 of t4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWAAAAAAAAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple alanine replacements within alpha-helix 126-134 of T4 lysozyme have independent, additive effects on both structure and stability.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l75A00
109LA 218LA 3F9LA 3RZEA 130LA 1L29A 3C7WA 4AQNA 1CUQA 4W56A 1D3NA 1C6JA 1L56A 1LWGA 2HUKA 1QTHA 1WTHA 1SWZA 3HUQA 1CV4A 183LA 196LA 118LA 1OWZA 1P56A 171LA 2LCBA 177LA 4I7KA 1L58A 180LA 3GUIA 3PBLA 4W54A 1L11A 1P64A 2L78A 1T6HA 3SBAA 4ARQB 2RB0X 1L23A 159LA 1L42A 2B6XA 2RBQA 209LA 1C69A 5LZMA 1L93A 1C6EA 1LPYA 4EPIA 244LA 4W59A 245LA 1QTVA 3F8VA 3C8RA 1L64A 1LYIA 1PQMA 4S0WA 1L30A 2RH1A 3SB8A 1L37A 2A4TA 1LGUA 189LA 1LGXA 1L40A 1L10A 1QSBA 1C6PA 1L13A 4ARPA 2OTZX 158LA 1C67A 3PDSA 227LA 3C7ZA 1G0LA 222LA 1C62A 197LA 146LA 3HT9A 1LWKA 3DN0A 1L63A 1L20A 2F32A 1OVKA 3HTDA 1LYJA 1C6KA 2B75A 1JTMA 1QTCA 1CU3A 1L51A 1G1VA 1L54A 1XEPA 228LA 103LA 4I7QA 173LA 1C60A 172LA 213LA 138LA 3QAKA 1P2LA 1T8GA 1C61A 1CUPA 1C65A 1KW7A 114LA 3NYAA 1L81A 1L32A 198LA 2OE4X 3C8QA 4W55A 1OV7A 1QT4A 1OWYA 1L53A 1LYDA 3K2RA 1DYBA 1C68A 3G3WA 1L01A 259LA 2Q9EA 256LA 3UONA 1L50A 1L09A 1L57A 1T97A 4YXCA 181LA 2F2QA 1L87A 2HULA 1L15A 1L48A 4OO9A 1C6IA 2B70A 2RBPA 2O7AA 110LA 4W57A 1L85A 1L68A 3G3XA 192LA 1QTZA 1G0JA 1L59A 1C63A 149LA 115LA 3C8SA 2RBNA 148LE 2ANXA 4LDLA 3HT8A 1C6MA 1CVKA 1CU0A 250LA 1L39A 131LA 1LYHA 257LA 1SSWA 1OVHA 1PQDA 1L90A 127LA 169LA 4PK0A 224LA 211LA 3CDVA 1L77A 1L44A 216LA 212LA 1L38A 1DYCA 1G0KA 241LA 3C7YA 2OE7X 1L47A 163LA 3JR6A 3L64A 1L94A 1L67A 3HH4A 160LA 3DMXA 4E97A 1QT3A 233LA 1QT8A 2IGCA 210LA 137LA 255LA 1G06A 1L03A 1B6IA 1LLHA 4I7PA 239LA 3DMVA 156LA 3HH6A 1TLAA 1L36A 1L86A 3HU9A 1OYUA 1SX2A 3SB6A 1CV6A 1L31A 3HT6A 4I7RA 151LA 258LA 2B73A 3GUPA 1XJUA 3OE8A 1L27A 126LA 1L24A 1L71A 1C66A 111LA 2O79A 240LA 1L73A 1L61A 1C6HA 1KW5A 248LA 1L99A 2OTYX 3DN8A 4PJZA 188LA 1L91A 7LZMA 1ZYTA 155LA 1CV3A 1K28A 1EPYA 4YX7C 4LZMA 1L66A 3FA0A 1L26A 3HU8A 1L62A 119LA 1L05A 1L34A 1OVJA 1CTWA 186LA 1C6TA 3C82A 2B6TA 4DJHA 262LA 1L12A 1L72A 3C83A 215LA 1OV5A 1PQKA 1L43A 199LA 1G07A 243LA 1CU5A 3SBBC 1L41A 1C6AA 1L97A 1G0QA 1LYFA 237LA 2RBRA 3HH5A 178LA 3DMZA 176LA 4EKQA 2Q9DA 4YXAC 1P3NA 3CDQA 4EKPA 1CU2A 4ARMA 104LA 221LA 1SSYA 1D3JA 225LA 3FI5A 1C6GA 2B6ZA 214LA 1QSQA 254LA 1G1WA 249LA 1L75A 3V2WA 3HH3A 120LA 1L45A 1LI6A 3L2XA 1ZURA 2ANVA 1L46A 150LA 129LA 1L95A 185LA 226LA 1ZWNA 1LYGA 3DNAA 3GULA 3HUKA 141LA 1L79A 3V2YA 3OE9A 2NTHA 1L18A 3RUNA 2OU0X 170LA 2RBOA 2RBSA 3SN6R 184LA 1D2YA 242LA 1L88A 6LZMA 2RB2X 1QS9A 200LA 3DKEX 1KY0A 260LA 4I7OA 4W53A 4W58A 191LA 261LA 1QUDA 2RB1X 1DYGA 4I7JA 182LA 2B7XA 3ODUA 1L69A 1P5CA 108LA 1QUOA 1L07A 1L80A 238LA 2QARC 3HTBA 1T8FA 165LA 1KS3A 1G0PA 4I7NA 3HDEA 4EKRA 2CUUA 3CDTA 3GUKA 251LA 5I14A 217LA 1L0KA 3SB9A 1G0MA 1QUHA 2F47A 1KY1A 3D4SA 1L74A 1L21A 128LA 4I7TA 3NY9A 2RAYX 1PQIA 1JQUA 4W52A 1JTNA 3HT7A 2OU8A 219LA 3DN1A 2O4WA 1L33A 231LA 1LYEA 3GUNA 3OE0A 1D2WA 1PQOA 144LA 143LA 4IAPA 1L82A 2QB0B 1QT5A 252LA 1L83A 3HTFA 1P7SA 3DN2A 4EPFA 1L60A 113LA 2B72A 3SB7A 112LA 1LI3A 4GRVA 4W51A 3C80A 1L96A 4ARLA 4I7LA 2HUMA 4LDEA 1L00A 3SB5A 1C6NA 187LA 1KNIA 1L14A 3LZMA 223LA 4ARMB 3CDOA 4DAJA 1L98A 1SX7A 1L65A 4EKSA 1L55A 1QTDA 1I6SA 1T8AA 1CX6A 3C81A 168LA 3CDRA 140LA 3GUMA 4I7MA 1L35A 247LA 3HTGA 125LA 1P37A 1PQJA 1DYEA 123LA 1DYAA 1DYFA 2B6WA 235LA 4LDOA 1C6DA 107LA 1L84A 2B6YA 229LA 1QT7A 205LA 1L04A 1G0GA 1L92A 152LA 4ARQA 164LA 1C64A 1NHBA 1C6QA 3HUAA 162LA 1CV0A 4I7SA 234LA 1L70A 1D3FA 1L08A 1L22A 3VW7A 1L49A 2B74A 166LA 1LI2A 1D9WA 3EMLA 1L17A 4EXMA 3GUOA 2Z6BA 122LA 195LA 201LA 1L19A 4GBRB 145LA 1C6CA 1DYDA 161LA 1C6FA 2LC9A 4EJ4A 102LA 3HWLA 174LA 1QT6A 2OU9A 230LA 232LA 1CV1A 142LA 3DN4A 1P2RA 3FADA 1L76A 1L52A 1L0JA 1LGWA 220LA 4K5YA 147LA 3DN3A 1CX7A 139LA 1CU6A 3G3VA 1L28A 4DKLA 2OE9X 206LA 1L89A 1QUGA 1LW9A 1D3MA 3OE6A 2OEAX 1P6YA 1QS5A 2LZMA 1P46A 253LA 157LA 4ZPUA 175LA 1XJTA 1SWYA 167LA 1P36A 1QTBA 3HDFA 3NY8A 1L16A 3GUJA 3DN6A 4ARJA 1L25A 2RAZX 1C6LA 1CV5A 236LA 190LA 1L06A 1C6BA 246LA 2NTGA 1L02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IX0A 2BQLA 3F9LA 3RZEA 130LA 1LSGA 4WG7A 4EMNA 4NHPA 4W56A 2WARA 5FSTA 1SWZA 1T6VL 1QSAA 1GF9A 2BQMA 4LYOA 2Z37A 1GWDA 171LA 177LA 1YAPA 3B0OA 5J7CA 2BQIA 1BVXA 2B6XA 1B7PA 5KXTA 1B9OA 3J4GA 1NMMA 4EPIA 1CNSA 245LA 1C45A 3C8RA 5B07A 1LYIA 1PQMA 1OUCA 1HNLA 4S0WA 1CJ9A 189LA 1LGXA 1GB3A 4D9ZA 1IC7Y 1L13A 4HJZA 2BAAA 227LA 222LA 1L20A 8LYZA 2MECA 1C6KA 2B75A 1YL1X 4DQ5A 1QTCA 4NGKA 2BQBA 4IJ4A 193LA 1IWTA 1LSDA 4H90A 3TMVA 1C60A 172LA 138LA 5IELA 1CUPA 1KW7A 1LCNA 3GXKA 2OE4X 1L53A 4LFXA 1LYDA 1J1OY 4RDSA 1C10A 1DYBA 4E3UA 2BQHA 2Q9EA 4OWHA 256LA 2MEFA 1LZAA 1L09A 1L57A 4LGKA 4DD0A 133LA 2DQAA 2RBPA 1F6RA 5LVKA 1CJ8A 1FLUA 5APCA 4OOOA 3FE0A 115LA 4HP0A 1BWHA 1HEPA 1P2CC 4H8XA 1CVKA 1CU0A 4XJGA 1G7LC 1UIGA 1TDYA 1OP9B 5HLLA 3BKVA 4PJ2C 3WW6A 4ETAA 257LA 1D0LA 2H5ZA 4R6CA 216LA 4W96A 163LA 3L64A 1L94A 4B4JA 1L67A 2C8PA 3DMXA 1INUA 1I20A 210LA 137LA 1BB3A 1G06A 1L03A 4ZEEA 1QUSA 1GFHA 1OUHA 3DMVA 156LA 1CJ6A 3HH6A 1GHLA 2HTXA 1JKBA 1OUDA 4L41A 4BADA 2YBJA 3HT6A 3AGGG 4I7RA 1I56A 1GFEA 4ETCA 1L24A 1C66A 1LMOA 2O79A 240LA 3T6UA 4WM5A 1C6HA 3E3DA 1KW5A 1HEOA 5LXWA 1IP1A 188LA 3AZ4A 4PPOA 5FHWA 1CV3A 1EPYA 4YX7C 1LSAA 1ALCA 5APFA 1L26A 3SP3A 1L62A 1TEWA 1OVJA 262LA 4HV2A 1L72A 3C83A 1YAOA 4GN5C 3D3DA 4RW1A 1LMNA 4H8YA 1C6AA 3A96A 1L97A 178LA 3DMZA 176LA 1REXA 2EQLA 2BQAA 4YXAC 5JENB 1YIKA 4N8ZA 221LA 225LA 1D3JA 1C6GA 3LHMA 1AT5A 4LYTA 2F4GA 4G4HA 3P68A 129LA 4Z98A 3W6EA 226LA 1ZWNA 5LA8A 1LJGA 3GULA 1GEVA 3OE9A 2OU0X 3FI7A 4H91A 2RBOA 2RBSA 4ET8A 1CKCA 1B5ZA 2ZYPA 3LYTA 3G3AB 260LA 4W53A 4XJBA 2YBLA 2BQFA 3ZEKA 4I7JA 1RI8B 1IR7A 3ODUA 1HEWA 2BQCA 135LA 5I53A 238LA 3QNGA 1LJJA 3WULA 4I7NA 3HDEA 5DL9A 5KXRA 2ZILA 1LZDA 3GUKA 4GCBA 1NDMC 217LA 3LYMA 4H9AA 4IASA 4WM1A 1JITA 4O34A 1KY1A 128LA 4KXIA 4WG1A 1AKIA 4GCCA 3OJPA 4W52A 1JTNA 4N1CC 1GF5A 3GUNA 1LYEA 144LA 143LA 4IAPA 4IATA 1L82A 1QT5A 252LA 1FKVA 1JTTL 3CT0A 4EPFA 4XJDA 1LKSA 2B72A 5F9XA 1LI3A 2D4IA 3W6CA 4GN4A 2BQEA 3SB5A 1C6NA 187LA 4RW2A 1LZ4A 223LA 1GF4A 4OWCA 1HFZA 1L98A 1L65A 2DQEY 1T8AA 1CX6A 4FDYA 3EXDA 1VEDA 4I7MA 2LYZA 4XJIA 247LA 3HTGA 1LZTA 1PQJA 5I5QA 123LA 1DYFA 2B6WA 3WU9A 5DLAA 2HEEA 1CJ7A 4X3BA 2HEDA 1LSBA 4TWSA 1LJNA 4ZFPA 4PRQA 1C6QA 208LA 4B49A 5C6LA 1CKHA 3A91A 1L08A 3VW7A 1L49A 2B74A 166LA 5D5CA 1FLWA 1IIZA 1GFGA 4EXMA 2Z6BA 195LA 1KIPC 2HECA 1LHMA 5E4PA 4J0LA 1GE0A 1C6FA 1GFUA 2LC9A 3HWLA 174LA 1QT6A 1WQNA 230LA 1D9UA 3LN2A 1QDTA 4QEQA 3FADA 1G7HC 3AGHA 4DKLA 4PHIA 206LA 1YKXX 1L89A 3W6FA 3TXJA 4P2EA 3OE6A 1D3MA 5C6IA 1GE1A 1B5VA 1JJ3A 175LA 5KXZA 4YF2A 3WUNA 1C6LA 1BWIA 2DQGY 1L06A 4HTKA 1HC0A 1L02A 2MEBA 1IC4Y 3AYQA 218LA 1MELL 3C7WA 1JWRA 1D6PA 5KXYA 1UA6Y 1CUQA 3EMSA 1C6JA 1LWGA 2HUKA 2RSCA 1B2KA 1BB5A 153LA 1CV4A 1B7OA 5B06A 2Z12A 6LYTA 1BQLY 1OWZA 1P56A 2G4QA 5DN5A 3WW5A 4I7KA 1HHLA 180LA 4DWXA 2C8OA 5I4YA 4NSJA 4CFOA 1LZBA 159LA 2RBQA 209LA 3P65A 1C69A 1REMA 3A6CY 5LZMA 3WUMA 1JISA 4G4BA 4YENA 4J1AA 1W08A 3F8VA 1L64A 3AZ5A 2BQNA 1QDRA 2RH1A 2A4TA 4OW1A 1LGUA 2CDSA 1L10A 2DQHY 1OUAA 4QDNA 1LJEA 1C67A 1JTPL 1UIBA 3N9AA 3LZTA 1OUIA 3HT9A 1LWKA 1BGIA 1IP2A 2DBTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IX0 A;  2BQL A;  3F9L A;  3RZE A;  130L A;  1LSG A;  4WG7 A;  4EMN A;  4NHP A;  4W56 A;  2WAR A;  5FST A;  1SWZ A;  1T6V L;  1QSA A;  1GF9 A;  2BQM A;  4LYO A;  2Z37 A;  1GWD A;  171L A;  177L A;  1YAP A;  3B0O A;  5J7C A;  2BQI A;  1BVX A;  2B6X A;  1B7P A;  5KXT A;  1B9O A;  3J4G A;  1NMM A;  4EPI A;  1CNS A;  245L A;  1C45 A;  3C8R A;  5B07 A;  1LYI A;  1PQM A;  1OUC A;  1HNL A;  4S0W A;  1CJ9 A;  189L A;  1LGX A;  1GB3 A;  4D9Z A;  1IC7 Y;  1L13 A;  4HJZ A;  2BAA A;  227L A;  222L A;  1L20 A;  8LYZ A;  2MEC A;  1C6K A;  2B75 A;  1YL1 X;  4DQ5 A;  1QTC A;  4NGK A;  2BQB A;  4IJ4 A;  193L A;  1IWT A;  1LSD A;  4H90 A;  3TMV A;  1C60 A;  172L A;  138L A;  5IEL A;  1CUP A;  1KW7 A;  1LCN A;  3GXK A;  2OE4 X;  1L53 A;  4LFX A;  1LYD A;  1J1O Y;  4RDS A;  1C10 A;  1DYB A;  4E3U A;  2BQH A;  2Q9E A;  4OWH A;  256L A;  2MEF A;  1LZA A;  1L09 A;  1L57 A;  4LGK A;  4DD0 A;  133L A;  2DQA A;  2RBP A;  1F6R A;  5LVK A;  1CJ8 A;  1FLU A;  5APC A;  4OOO A;  3FE0 A;  115L A;  4HP0 A;  1BWH A;  1HEP A; 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