1P6YA

T4 lysozyme core repacking mutant m120y/ta
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 Lysozyme by Automated Design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p6yA00
3DN1A 1DYAA 1P7SA 1QSBA 1T6HA 2B6WA 225LA 1L52A 3C8QA 1CU3A 140LA 4ARQB 3HH6A 146LA 1I6SA 1T8AA 1L47A 195LA 1D2WA 237LA 1LYEA 1L56A 3CDTA 3NY8A 4ARQA 113LA 3F9LA 4YXCA 1L32A 1L98A 1L89A 1CU6A 236LA 1C60A 248LA 1C66A 3DNAA 3GULA 1XEPA 172LA 1C64A 1L54A 1KW7A 1TLAA 3GUIA 115LA 171LA 1L71A 4I7MA 1QT6A 1L66A 3OE9A 3NY9A 1C6KA 2RAYX 104LA 1OWZA 1OV7A 1L87A 234LA 4DJHA 1C6AA 1L70A 1L99A 2L78A 1CVKA 1L96A 1XJUA 177LA 167LA 2B75A 1L05A 176LA 178LA 1L07A 1L57A 1L88A 3V2YA 164LA 180LA 3GUOA 1CV1A 1L15A 2Q9EA 2RBQA 3G3WA 1L12A 1PQOA 120LA 148LE 1L34A 1L36A 246LA 250LA 3HUQA 1L79A 1JTNA 1L13A 158LA 1SWYA 1C6BA 3C82A 130LA 1QT5A 1L73A 1L14A 1G0KA 1L45A 1L09A 3C83A 1DYBA 1L69A 1JQUA 4EXMA 3HT6A 3QAKA 188LA 2NTHA 4EJ4A 3HTDA 1G0JA 107LA 1CV5A 109LA 1L72A 241LA 2F47A 4W59A 1KY1A 1QTDA 3C8SA 1L97A 4EKQA 259LA 1QUHA 3SB6A 1L38A 1OV5A 128LA 1OYUA 1L42A 4EKPA 129LA 3HDEA 1T8FA 2RBOA 3GUPA 144LA 1DYFA 210LA 1CV0A 1D3MA 1L01A 222LA 229LA 247LA 3DN8A 4DAJA 1D2YA 3HTBA 218LA 1SX7A 1C65A 1L30A 1C6PA 4I7OA 4DKLA 1L58A 216LA 2B6YA 239LA 163LA 1L62A 3CDRA 1PQMA 3DMXA 233LA 1L46A 3SB8A 1LYJA 1L93A 1OVKA 205LA 244LA 1LW9A 3UONA 1L53A 4K5YA 4W53A 1G0LA 4ZPUA 4W56A 110LA 1D3FA 3F8VA 3L64A 2B70A 2B6XA 1KW5A 1L49A 215LA 1ZURA 4LDLA 181LA 262LA 1D3NA 165LA 2RB2X 4ARMA 102LA 1L63A 1C6FA 1L82A 2F32A 1SWZA 3C7WA 3HWLA 1SSYA 145LA 199LA 1LWKA 2OEAX 1CU0A 1C6LA 1OVHA 1C6GA 162LA 249LA 1D3JA 1KNIA 2B74A 226LA 1LYHA 209LA 1XJTA 1C6HA 2OTYX 3NYAA 221LA 1L76A 2OU8A 114LA 3OE0A 2RBSA 123LA 2RH1A 3CDVA 1LYDA 230LA 1L16A 147LA 111LA 1P2RA 1QTBA 152LA 4PJZA 3V2WA 1G0PA 3DN2A 1G0QA 187LA 3DN4A 1EPYA 1L51A 1QTCA 4I7JA 200LA 1L80A 4ARPA 2HULA 1L91A 3SN6R 4ARLA 1C61A 1L86A 4W51A 2A4TA 1DYGA 1QTZA 3HTFA 1PQKA 112LA 7LZMA 1CU5A 2QB0B 161LA 2OE9X 1L92A 4ARJA 2LZMA 3OE8A 118LA 3DMVA 1L41A 1QTVA 141LA 1OVJA 232LA 1L95A 1P37A 1QT3A 1C63A 1PQIA 2OTZX 1CX7A 206LA 1L03A 2O7AA 4IAPA 198LA 3G3XA 1B6IA 252LA 3K2RA 3DN0A 1P56A 4LDOA 1CX6A 251LA 2RB1X 1QT8A 1C68A 3SB9A 3SB7A 3ODUA 1DYDA 1L74A 149LA 3FADA 189LA 1G07A 173LA 186LA 2QARC 253LA 211LA 125LA 159LA 2B72A 201LA 1L10A 1QSQA 1C67A 1L90A 2RB0X 1G1WA 1NHBA 119LA 1L94A 1CTWA 182LA 242LA 4LDEA 3C80A 1L55A 4YX7C 2RBRA 3FI5A 1L02A 2O4WA 1L85A 3PDSA 238LA 254LA 3JR6A 1G1VA 1P64A 138LA 1L35A 2RAZX 4W52A 3GUNA 3L2XA 4I7SA 1L25A 1LYIA 4EKRA 2IGCA 255LA 1LI3A 1L06A 1P36A 2RBPA 1L0JA 1P46A 137LA 213LA 4ARMB 3RUNA 231LA 2CUUA 3HT9A 160LA 4I7LA 1JTMA 168LA 1WTHA 4EKSA 5I14A 3CDOA 214LA 185LA 1P6YA 3CDQA 4OO9A 174LA 139LA 1L44A 3GUKA 3DMZA 122LA 1CV4A 3FA0A 1L37A 126LA 2HUKA 4PK0A 243LA 4E97A 1PQJA 1C69A 196LA 1L04A 3VW7A 4I7TA 3DKEX 192LA 1L43A 1D9WA 142LA 1L31A 1C6MA 1L61A 1P5CA 3PBLA 166LA 3C81A 227LA 3RZEA 1L22A 1T8GA 1C6JA 151LA 3HT8A 1P3NA 224LA 3GUMA 4I7RA 2OE4X 1L23A 1CV3A 1C6IA 3HH3A 3HU9A 1L00A 2Z6BA 1G06A 3SB5A 1ZWNA 1DYEA 190LA 1QTHA 1QUOA 103LA 223LA 3DN3A 2ANVA 1L27A 155LA 1G0MA 1CUQA 5LZMA 131LA 1SX2A 1L21A 3G3VA 1C6QA 1L83A 3HTGA 2B73A 3HDFA 127LA 1QS5A 1L39A 1OWYA 184LA 1C6EA 2OE7X 1L20A 2Q9DA 2O79A 175LA 1L08A 1QT7A 2HUMA 4AQNA 2B7XA 3HUAA 1C6NA 3C8RA 1LLHA 219LA 257LA 1L48A 4S0WA 1L11A 4W57A 1QT4A 6LZMA 1L59A 1L33A 1L0KA 170LA 1G0GA 1ZYTA 3C7ZA 1L18A 4I7QA 1CUPA 3LZMA 258LA 1SSWA 3D4SA 4GBRB 1P2LA 2ANXA 1L84A 1C6DA 1LI2A 228LA 1L65A 4I7PA 1L50A 3GUJA 1L81A 1L40A 3HH4A 1L75A 169LA 217LA 3HUKA 1LYFA 2B6TA 2OU9A 3C7YA 3DN6A 1LI6A 197LA 1CV6A 3SBAA 157LA 1KY0A 2B6ZA 3OE6A 4W54A 235LA 1C6CA 1C6TA 4I7KA 1QUGA 3SBBC 143LA 1L60A 156LA 1CU2A 1PQDA 4LZMA 2RBNA 1L17A 1KS3A 1L29A 212LA 191LA 245LA 183LA 240LA 1L28A 2OU0X 1LGXA 3HH5A 256LA 1L26A 220LA 4YXAC 1QS9A 1DYCA 4W58A 1LYGA 1L64A 1LGUA 150LA 1T97A 3EMLA 4W55A 4GRVA 108LA 1LPYA 260LA 1LWGA 3HU8A 1L19A 1K28A 2LCBA 261LA 1L68A 4I7NA 1L67A 2NTGA 1C62A 2LC9A 1QUDA 1L77A 1LGWA 1L24A 4EPFA 2F2QA 3HT7A 4EPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6VL 3LN2A 1SLYA 4DQJA 1DYAA 1P7SA 1QSBA 1IP4A 1PS5A 1FBIX 1L52A 4H94A 193LA 2HTXA 1YAQA 4XYYA 3KAMA 1UICA 3HBDA 146LA 4G4CA 1I56A 4C3WA 1JPOA 1I6SA 3LZ2A 237LA 1JKAA 1LZYA 134LA 4FDYA 2WARA 1D0LA 3TMUA 1IO5A 236LA 4WOAA 2BQBA 3WU9A 4W94A 2D4JA 3DNAA 2MEHA 172LA 1C64A 1IWTA 2ZILA 1LJ4A 1QT6A 1L66A 104LA 1BB6A 2CWIA 1OWZA 1L87A 2BQJA 234LA 1IWUA 3IJUA 5I53A 167LA 3FI7A 3WW6A 4XJGA 4YENA 2D6BA 1L88A 180LA 1L15A 2RBQA 1LHIA 3HUQA 1L36A 250LA 1CJ8A 4YEOA 4H9IA 1JKDA 1JTNA 2MEFA 1B0DA 1C6BA 5LAGA 1L73A 2D91A 1L14A 1G0KA 1L45A 5JENB 1GD6A 1L09A 2ZYCA 188LA 1CV5A 241LA 2F47A 4W59A 1IWYA 2YBHA 1GB8A 1L38A 1OV5A 1GXXA 4B0DA 3ZVQA 1T8FA 1XGRC 2W1XA 1LHKA 4WLYA 144LA 2N5ZA 1DYFA 4TTDA 210LA 1DI4A 222LA 229LA 247LA 2LYZA 4GLVA 4DAJA 4LYOA 1C08C 1XSFA 3W6AA 1L30A 2ZQ3A 2A7DA 2BQKA 1L58A 5LA5A 163LA 1PQMA 4NHSA 233LA 1AM7A 1CKHA 1L53A 4K5YA 4ZPUA 4W56A 4N8ZA 3L64A 1F10A 4H9HA 5IDDA 4LDLA 4ARMA 5LINA 102LA 2BQCA 5B1GA 5KXMA 4DD7A 2OEAX 199LA 1C6GA 3B6LA 249LA 1VATA 209LA 1XJTA 1ZV5L 4OWCA 2OTYX 2I25L 4ZEEA 3WMKA 1L76A 1ZVYB 4R6CA 1IWVA 2EQLA 3WUMA 4UWUA 5FDJA 1LZGA 1IEEA 230LA 4DD3A 5E4PA 1LZNA 2MEEA 3DN4A 1TEWA 4DWXA 200LA 1LKSA 2HULA 1L91A 4RW2A 1XGPC 4QGZA 2HU1A 4IASA 2HEEA 1DYGA 4NIJA 4C5FA 7LZMA 4ETDA 4GN5C 4ARJA 118LA 1LYYA 3ZEKA 1L95A 4OOTA 1LKRA 1GB9A 1QT3A 206LA 2O7AA 4ZIXA 4IAPA 1WQRA 2MEGA 1B6IA 3K2RA 1NBYC 3DN0A 1JJ0A 1CX6A 5KXLA 4NGZA 1C68A 1BVXA 3ODUA 1UACY 4NG1A 1DYDA 1JHLA 3FADA 173LA 186LA 125LA 1LZRA 4NWEA 2B72A 1QSQA 4QEQA 2MECA 1L90A 4DT3A 3TXIA 1UBZA 1JTOL 1CTWA 4PPOA 5KXTA 3A92A 4DD9A 2H9KA 4WL7A 5ILCA 1WVUA 3AJNA 238LA 254LA 4PRUA 1G1VA 1P64A 1LOZA 4J1AA 1YKXX 1OUGA 1V7SA 1INUA 1L25A 3WH1A 4GCDA 1KXWA 1T3PA 4LYZA 1QUSA 2Z39A 2DQIY 1REYA 4DD1A 4B1AA 2F2NA 2H9JA 2F30A 3P68A 4EKSA 5I14A 3CDOA 4CJ2A 1VFBC 2YBNA 174LA 122LA 1CV4A 3FA0A 4WM6A 5LAFA 5FELA 1BB5A 1PQJA 1LZ9A 1L04A 4WM4A 1GE1A 4FJRA 4ETBA 192LA 4UWNA 1L61A 2G4NA 1BWHA 3SP3A 1JKCA 227LA 3WPLA 151LA 3HT8A 2ZNWY 4I7RA 2OE4X 1JUGA 1L23A 1CV3A 3HU9A 1GDWA 4D9ZA 1ZWNA 1UIDA 1RJCB 103LA 223LA 1LHHA 4H9BA 4W96A 5F9UA 1L27A 131LA 5KXRA 4XENA 3HTGA 3HDFA 1LJKA 184LA 1L20A 2O79A 1C45A 175LA 1L08A 1JKBA 4TX7A 1C6NA 1GF9A 1L0KA 4I7QA 1DZBX 3HFMY 3LZMA 258LA 1HEMA 1SSWA 2ANXA 1DI5A 1C6DA 1LI2A 1XEIA 3B0OA 3CT5A 3N9AA 5APEA 4DQ5A 4A7DA 3C7YA 4HTNA 2I26L 3W6EA 4QY9A 1JJ1A 1B9OA 1EL1A 4BAFA 4N5RA 1GE2A 4YM8A 3RT5X 4M4OA 1QUGA 4NHTA 1L60A 4TSCA 1GBZA 1L17A 4LT0A 1J1XY 245LA 3BKHA 1LJEA 1L28A 1NDGC 1UIGA 5KXNA 3GXKA 1QS9A 108LA 4DD0A 1IOQA 1L19A 1IWWA 2LCBA 261LA 2F4GA 4XJFA 1C62A 1GBXA 2G4PA 1NQIA 1JTTL 1P2CC 1L24A 4NG8A 1C10A 4EPIA 5I54A 1T6HA 1IC5Y 5KXXA 1GFKA 225LA 1HMLA 3B0IA 1UC0A 5A3EA 1LJIA 1YILA 1T8AA 1L47A 1HFZA 1LYOA 2ZWBA 1LYEA 1L56A 3CDTA 1KIQC 1L98A 1OUJA 5I4XA 1NWGA 1L89A 5LVIA 1CU6A 4GN4A 3LYTA 4OWAA 248LA 1LSFA 4CGEA 1L54A 3GUIA 3J4GA 1KXYA 3RZ4A 1BB4A 3NY9A 1C6KA 1B7PA 3AYQA 4HJYA 3TXEA 1GFJA 4DJHA 1C6AA 1BB7A 3P65A 5KKIA 177LA 2B75A 3BKVA 5KXSA 1IOSA 1GBYA 5HMVA 1OUAA 3V2YA 2HEBA 3GUOA 1CV1A 4XJHA 3G3WA 1RI8B 4HV1A 4DDCA 3WULA 3N9CA 208LA 1L13A 158LA 1IP1A 2Y8PA 4N0JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T6V L;  3LN2 A;  1SLY A;  4DQJ A;  1DYA A;  1P7S A;  1QSB A;  1IP4 A;  1PS5 A;  1FBI X;  1L52 A;  4H94 A;  193L A;  2HTX A;  1YAQ A;  4XYY A;  3KAM A;  1UIC A;  3HBD A;  146L A;  4G4C A;  1I56 A;  4C3W A;  1JPO A;  1I6S A;  3LZ2 A;  237L A;  1JKA A;  1LZY A;  134L A;  4FDY A;  2WAR A;  1D0L A;  3TMU A;  1IO5 A;  236L A;  4WOA A;  2BQB A;  3WU9 A;  4W94 A;  2D4J A;  3DNA A;  2MEH A;  172L A;  1C64 A;  1IWT A;  2ZIL A;  1LJ4 A;  1QT6 A;  1L66 A;  104L A;  1BB6 A;  2CWI A;  1OWZ A;  1L87 A;  2BQJ A;  234L A;  1IWU A;  3IJU A;  5I53 A;  167L A;  3FI7 A;  3WW6 A;  4XJG A;  4YEN A;  2D6B A;  1L88 A;  180L A;  1L15 A;  2RBQ A;  1LHI A;  3HUQ A;  1L36 A;  250L A;  1CJ8 A;  4YEO A;  4H9I A;  1JKD A;  1JTN A;  2MEF A;  1B0D A;  1C6B A;  5LAG A;  1L73 A;  2D91 A;  1L14 A;  1G0K A;  1L45 A;  5JEN B;  1GD6 A;  1L09 A;  2ZYC A;  188L A;  1CV5 A;  241L A;  2F47 A;  4W59 A;  1IWY A;  2YBH A;  1GB8 A;  1L38 A;  1OV5 A;  1GXX A;  4B0D A;  3ZVQ A;  1T8F A;  1XGR C;  2W1X A;  1LHK A;  4WLY A;  144L A;  2N5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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