1P64A

T4 lysozyme core repacking mutant l133f/ta
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p64A00
3EMLA 259LA 1L88A 139LA 1CV1A 1L63A 2OEAX 3CDVA 1QTZA 2B6TA 1OV5A 1G0LA 1L52A 1L05A 2RB2X 1L72A 1G0PA 1L13A 1JTMA 3HT6A 198LA 2O4WA 3C80A 1CU3A 1L0JA 1L21A 5I14A 1L07A 1C66A 1CV0A 3SB5A 261LA 1L60A 1G0GA 1KY0A 1PQIA 1CX6A 1L40A 3DMZA 1SWYA 195LA 2F47A 4ZPUA 1ZYTA 1L16A 3C7ZA 1L57A 4DJHA 1L15A 1DYDA 3OE9A 256LA 1L81A 3HT8A 4ARQA 4ARJA 170LA 3GUPA 4W59A 1C69A 1L17A 1L33A 1L23A 1L11A 1P36A 2RBOA 1L45A 3HT7A 180LA 1P7SA 1L66A 1L31A 4E97A 1OVJA 1C61A 3GUKA 210LA 221LA 3G3XA 1KY1A 4I7MA 4AQNA 1L93A 255LA 1PQOA 238LA 2HUMA 1ZURA 1L25A 2F2QA 113LA 1L12A 1L10A 262LA 1L42A 1C63A 151LA 257LA 2Q9DA 3RZEA 129LA 1QT6A 1G06A 3HU9A 1DYFA 2OE7X 1CU5A 3OE8A 1C6AA 4OO9A 4K5YA 4EXMA 4I7RA 1L65A 4PJZA 1G0MA 3HUKA 1L68A 3DN1A 1L22A 3LZMA 4ARQB 1QTCA 192LA 1OWZA 1C6TA 2OU8A 1L64A 1L26A 1L09A 1QT3A 3C7YA 1CV3A 1L00A 1KS3A 3FA0A 1CUQA 2OU0X 3DN6A 1LYDA 3SB8A 233LA 3C83A 189LA 2IGCA 205LA 1KNIA 2A4TA 175LA 1KW5A 1L06A 1OVKA 174LA 3GULA 109LA 1LWGA 148LE 1ZWNA 1JTNA 1QT5A 1L95A 2ANXA 4EJ4A 1L61A 3FADA 107LA 2OTYX 1OYUA 130LA 2HUKA 1C62A 3SBAA 1C6QA 1L53A 1QUDA 253LA 3C81A 231LA 144LA 1JQUA 1L76A 115LA 143LA 3HDFA 1L79A 230LA 3HTDA 1LLHA 161LA 172LA 2RBSA 158LA 1QTBA 1PQMA 2RAZX 226LA 2QB0B 4EKSA 1P5CA 4I7JA 150LA 3JR6A 4DAJA 2O79A 1L08A 1L90A 3GUMA 3CDTA 1CU0A 1L0KA 1L20A 3OE6A 1L04A 1SSYA 1L29A 2B6XA 1L83A 2LC9A 4W54A 1L86A 1D3JA 2Q9EA 166LA 224LA 125LA 1CTWA 1P46A 1L75A 4ARMB 1CV5A 123LA 1CU6A 1I6SA 167LA 1NHBA 2LCBA 2L78A 3C8QA 2F32A 1C60A 1LYHA 4W51A 3F9LA 1PQKA 1XJUA 4LZMA 3DNAA 3SBBC 3HU8A 201LA 248LA 3F8VA 3VW7A 242LA 223LA 165LA 4W53A 1L18A 197LA 1C6IA 155LA 209LA 1L97A 4S0WA 1P2LA 4GBRB 112LA 1DYCA 3G3VA 1P64A 1LYFA 1OV7A 1LW9A 1LI6A 1L84A 141LA 1LYEA 1L94A 1L32A 2RB0X 4I7SA 1LYJA 1QUHA 246LA 3SB6A 2B74A 1L70A 211LA 173LA 2RBNA 2HULA 225LA 1QT8A 4ARPA 160LA 184LA 1C6JA 1L73A 1G0JA 1L80A 2RBQA 4I7KA 1SX7A 3C7WA 1L59A 1C6GA 218LA 1LYGA 2B73A 1C6BA 2LZMA 215LA 1L47A 157LA 1L58A 244LA 2QARC 4LDLA 243LA 1L85A 237LA 3HUAA 3PBLA 1LGUA 1SSWA 1CV6A 1C6MA 1L38A 3SB9A 1C6FA 1P3NA 1QUGA 182LA 3QAKA 1L92A 2OTZX 1LI2A 235LA 1L37A 3RUNA 3NY8A 241LA 1SWZA 3D4SA 4I7TA 147LA 213LA 250LA 2Z6BA 4DKLA 228LA 1QSQA 4IAPA 3V2WA 3DKEX 3HH4A 1L41A 229LA 2RH1A 4ARMA 1L27A 4W58A 1D2YA 1LGXA 1L50A 1L96A 1L69A 234LA 240LA 1C64A 3OE0A 2NTHA 1LYIA 1L91A 122LA 4I7LA 177LA 1L46A 152LA 2B72A 1PQDA 1KW7A 1T8AA 183LA 3GUOA 1C65A 1DYEA 1L62A 1L56A 181LA 2RAYX 1C6NA 1L77A 1QS5A 249LA 2B7XA 2RBRA 3GUIA 4ARLA 3C82A 4EKQA 1G1VA 4LDEA 140LA 1OWYA 1XJTA 217LA 1QSBA 4EPIA 3C8SA 190LA 171LA 1XEPA 3NYAA 1D9WA 2NTGA 191LA 252LA 146LA 1LPYA 138LA 220LA 227LA 1L74A 1L48A 4I7OA 1G1WA 260LA 2O7AA 1L36A 111LA 3GUJA 1G0QA 1L28A 206LA 1L67A 2B70A 1L30A 142LA 156LA 1C6KA 3L64A 3HDEA 1OVHA 1CX7A 1P2RA 3PDSA 1D3FA 216LA 2B6YA 245LA 176LA 1L14A 1QS9A 3DN4A 103LA 1PQJA 1C6CA 196LA 1P6YA 1L02A 3HTGA 1T6HA 3DN0A 3DN8A 128LA 4I7QA 1L01A 120LA 1DYBA 3G3WA 4EKRA 3DN2A 118LA 1L89A 1L98A 3HTBA 1L71A 4EPFA 1B6IA 3DMVA 1CVKA 3HTFA 214LA 1L19A 2B6WA 3L2XA 1L99A 114LA 186LA 1CV4A 258LA 3FI5A 119LA 3SN6R 2OE9X 4W52A 3HWLA 2CUUA 108LA 1L54A 254LA 1T8GA 1C6LA 3CDRA 4YX7C 1DYAA 1DYGA 3DN3A 104LA 219LA 1L44A 2RBPA 1EPYA 131LA 4I7NA 1L24A 1T8FA 1WTHA 232LA 1D2WA 1QTDA 1L87A 1C68A 1QUOA 185LA 7LZMA 1L39A 1SX2A 178LA 1L55A 1L43A 1T97A 212LA 222LA 200LA 4YXAC 3SB7A 1G0KA 3V2YA 126LA 159LA 4EKPA 3HUQA 3HT9A 4I7PA 1C6DA 162LA 1C67A 3UONA 1D3NA 1L49A 3HH3A 247LA 251LA 1QTVA 1CUPA 239LA 163LA 1C6EA 1QT4A 3CDOA 188LA 3HH5A 1LWKA 1L03A 2B6ZA 199LA 1QT7A 3GUNA 4YXCA 2B75A 137LA 1QTHA 3DMXA 3HH6A 4W56A 4W57A 1L35A 2OU9A 1P37A 3NY9A 4LDOA 1LGWA 1LI3A 5LZMA 236LA 110LA 3C8RA 2OE4X 1TLAA 3K2RA 164LA 1K28A 145LA 2RB1X 168LA 1CU2A 1L51A 6LZMA 1L34A 1C6PA 169LA 4GRVA 102LA 1P56A 1C6HA 1D3MA 3ODUA 1L82A 2ANVA 127LA 4PK0A 4W55A 149LA 187LA 1G07A 3CDQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHJA 1IWUA 4MR1A 1L72A 5IHGA 3HT6A 2EQLA 3WXUA 4G4BA 1LZ8A 4WO9A 1LHLA 4B4JA 1VDPA 1CV0A 2A7DA 1CX6A 4ZPUA 195LA 1GE4A 1GFVA 1OP9B 4HV2A 4B49A 1L16A 1D0MA 1L57A 1BB4A 2BQEA 3OE9A 1L81A 1IORA 3LYZA 4ARJA 1B7MA 1LZBA 1L11A 5LA8A 4XJDA 3HT7A 4G49A 180LA 1J1OY 3EBAB 1G7MC 4LT2A 1GF4A 1BVXA 4B4IA 2BQNA 3GUKA 1KY1A 2BQJA 4H93A 1L93A 2C8PA 1QSAA 1GBZA 1IP3A 2HUMA 1LMOA 1ZURA 3ULRA 3B0IA 4NWEA 1WQNA 1JISA 1OQMA 5FEKA 1OUGA 2Q9DA 3RZEA 129LA 4PRQA 5B1GA 3HU9A 1YAQA 1TEWA 2DQFC 5FDJA 5FHWA 4LFPA 4EXMA 4I7RA 1UIGA 1XSFA 4PJZA 1G0MA 3HUKA 4PRUA 1GEVA 1L68A 1L22A 3DN1A 3LZMA 4ARQB 1H6MA 192LA 1OUHA 2D4JA 5LVJA 4PPOA 5B59A 1IEEA 1QT3A 3C7YA 1CV3A 1KS3A 3FA0A 1CUQA 2G4QA 1NHEA 5K7OA 233LA 5KXXA 5C6IA 3IJUA 2F4GA 4LGKA 3WVYA 3K3TA 1LWGA 1LZ6A 3FADA 1XEKA 130LA 4BAPA 1JTPL 3SBAA 3W6EA 253LA 3A95A 144LA 143LA 1CKGA 3M3UA 1LLHA 161LA 172LA 2RBSA 1IWVA 1BWJA 1HHLA 5II3A 1RFPA 4H9AA 226LA 1B7LA 1WVVA 4I7JA 4DD1A 4EOFA 1L08A 3CDTA 1L0KA 3OE6A 2B6XA 2LC9A 4W54A 1L86A 1GEZA 4I0CA 2HUBA 2ZQ4A 125LA 1CTWA 1RI8B 1JKCA 1E8LA 2BQOA 1CV5A 1VDTA 1CU6A 1XGRC 1YKZX 3CSQA 167LA 1NHBA 2F32A 3HFMY 4DQ7A 1C60A 1LPIA 3F9LA 4G4CA 4LZMA 1B5XA 3B0KA 4UWUA 3VW7A 242LA 2DKVA 4QY9A 1LMNA 4W53A 2XBRA 5LVKA 1LSEA 2HU1A 1OUEA 1IP2A 1NDMC 2LYMA 1V7SA 3A91A 1LSDA 4NGJA 1P64A 4HJYA 4HSFA 2WARA 1LW9A 4H92A 4Z3MA 1L94A 1L32A 1LYJA 4LT3A 2ZIKA 1LOZA 4WM2A 184LA 4B1AA 1SX7A 1TBYA 1C6GA 218LA 2NWDX 1B0DA 1L47A 1L58A 1W6ZA 4L41A 237LA 3PBLA 1O23A 1SSWA 2D91A 1LZ4A 2D6BA 1L38A 1C6FA 1C08C 4H9BA 182LA 1NMMA 3QAKA 4TX7A 235LA 2I25L 3RUNA 1PS5A 2FYCA 5LYZA 4HTQA 4IAPA 5I5QA 3AYQA 3HH4A 2HU3A 1GF0A 1J1PY 2BQLA 1LGXA 1L50A 1IWXA 1C64A 4II8A 2NTHA 2YBHA 1GFJA 4TSBA 2ZYPA 1L91A 2F2NA 177LA 152LA 1IC7Y 1JKBA 1YROA 2B72A 2CJLA 1T8AA 4WL7A 4W96A 2DQEY 1UCOA 2RBRA 3B6LA 1UIDA 1GBXA 1OWYA 3AW7A 3C8SA 1XEPA 1KXXA 3NYAA 3TMVA 4ZEEA 191LA 146LA 2BQAA 1IR9A 5I4YA 1QIOA 1L36A 3GUJA 1C46A 1LHHA 1L28A 4H91A 2B70A 3LYOA 156LA 2YVBA 1OVHA 3PDSA 2B6YA 176LA 103LA 3ATOA 1QDTA 3DN8A 4WLTA 1L01A 4J7VA 120LA 3TXFA 1NF5A 118LA 5HMJA 1L98A 3HTBA 1JJ1A 1HEWA 3WUAA 1XEJA 2B6WA 3CQLA 4YM8A 186LA 1LSZA 2OE9X 3EMSA 2CUUA 1L54A 1HEMA 254LA 1PZYA 4CJ2A 4YX7C 4NFVA 1AM7A 3CB7A 194LA 3WYHA 4RLNA 1WTHA 232LA 1WQMA 4Z41A 1UBZA 1GB7A 2EPEA 1SX2A 1G7IC 222LA 212LA 5EBHA 4NHQA 3HUQA 3HT9A 5KXWA 5M1YA 4NGOA 1DQJC 4M4OA 2W1YA 1C6DA 162LA 1C67A 1L49A 1LHIA 4LYCA 4PJ2C 1QTVA 1CUPA 239LA 1QT4A 1WTNA 5APEA 1TDYA 1L03A 3WMKA 4PHIA 4DDBA 1UICA 4YXCA 3WU8A 137LA 2Y8PA 1B5VA 1C10A 1P37A 3RT5X 1LI3A 4M6DA 5LZMA 3A6BY 1LZ1A 4NSIA 2OE4X 5KXLA 164LA 4D9ZA 3HBHA 1LSNA 1JSFA 1LZGA 2RB1X 1CU2A 1XGTC 4GRVA 1H87A 4DD7A 1GE1A 1GFKA 1IWZA 1UIEA 3W6FA 1GPQC 127LA 4PK0A 2BLYA 1JJ3A 2LHMA 149LA 187LA 1FLUA 4NGLA 1FLQA 1KIPC 2YSSC 259LA 2XBSA 4E3UA 1L63A 5LVHA 2DQJY 4GCEA 3W6DA 4GCCA 133LA 1QTZA 2B6TA 1OV5A 1G0LA 3T36A 1UA6Y 4J1AA 1JTMA 1JITA 1GFHA 198LA 2O4WA 1CU3A 1L21A 1LSAA 1L07A 1UIFA 1L60A 1REYA 4AGAA 2EKSC 3DMZA 1SWYA 5LAFA 1LJFA 1ZYTA 1LHMA 5LINA 4DJHA 135LA 1DYDA 3HT8A 4OWHA 3GUPA 4W59A 1L17A 4WL6A 5LAGA 1L45A 2MEGA 1LZRA 1GB9A 1OUBA 3AW6A 1OVJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHJ A;  1IWU A;  4MR1 A;  1L72 A;  5IHG A;  3HT6 A;  2EQL A;  3WXU A;  4G4B A;  1LZ8 A;  4WO9 A;  1LHL A;  4B4J A;  1VDP A;  1CV0 A;  2A7D A;  1CX6 A;  4ZPU A;  195L A;  1GE4 A;  1GFV A;  1OP9 B;  4HV2 A;  4B49 A;  1L16 A;  1D0M A;  1L57 A;  1BB4 A;  2BQE A;  3OE9 A;  1L81 A;  1IOR A;  3LYZ A;  4ARJ A;  1B7M A;  1LZB A;  1L11 A;  5LA8 A;  4XJD A;  3HT7 A;  4G49 A;  180L A;  1J1O Y;  3EBA B;  1G7M C;  4LT2 A;  1GF4 A;  1BVX A;  4B4I A;  2BQN A;  3GUK A;  1KY1 A;  2BQJ A;  4H93 A;  1L93 A;  2C8P A;  1QSA A;  1GBZ A;  1IP3 A;  2HUM A;  1LMO A;  1ZUR A;  3ULR A;  3B0I A;  4NWE A;  1WQN A;  1JIS A;  1OQM A;  5FEK A;  1OUG A;  2Q9D A;  3RZE A;  129L A;  4PRQ A;  5B1G A;  3HU9 A;  1YAQ A;  1TEW A;  2DQF C;  5FDJ A;  5FHW A;  4LFP A;  4EXM A;  4I7R A;  1UIG A;  1XSF A;  4PJZ A;  1G0M A;  3HUK A;  4PRU A;  1GEV A;  1L68 A;  1L22 A;  3DN1 A;  3LZM A;  4ARQ B;  1H6M A;  192L A;  1OUH A;  2D4J A;  5LVJ A;  4PPO A;  5B59 A;  1IEE A;  1QT3 A;  3C7Y A;  1CV3 A;  1KS3 A;  3FA0 A;  1CUQ A;  2G4Q A;  1NHE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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