2IGCA

Structure of spin labeled t4 lysozyme mutant t115r1a
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFCNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Structural determinants of nitroxide motion in spin-labeled proteins: Tertiary contact and solvent-inaccessible sites in helix G of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2igcA00
185LA 4GBRB 1L82A 3DMXA 174LA 1C6DA 233LA 2B6XA 1CUPA 1LGXA 1L72A 1PQOA 1T97A 1QT8A 169LA 1QTCA 1P7SA 1L35A 211LA 2OEAX 4LDOA 1L33A 1D3MA 109LA 2O79A 3C80A 4I7TA 2RAYX 3GUPA 3C7WA 1CU2A 4ARMB 2B75A 1QUDA 1G07A 1P64A 1D3NA 2HULA 1L28A 184LA 1LYEA 4W54A 1SSWA 1L96A 1L22A 1C6BA 1LWKA 1C66A 1L81A 1C69A 1CX7A 2LC9A 1L69A 3OE8A 1OVJA 190LA 234LA 1DYEA 1ZYTA 155LA 3HTDA 1QT7A 1L60A 3DN4A 3SBAA 1D2WA 1L42A 3ODUA 4EKRA 2RH1A 1KY1A 1L25A 1OV5A 2B7XA 3JR6A 3V2WA 157LA 1G0GA 1L07A 1L39A 3HTGA 1L85A 1P56A 2OTZX 200LA 261LA 1OV7A 1L20A 3HH3A 4W56A 1C61A 4I7LA 2QB0B 4W52A 162LA 239LA 141LA 104LA 197LA 2F32A 137LA 182LA 1L64A 1L71A 1PQKA 1L0KA 115LA 3C83A 1XEPA 1P6YA 3C7ZA 5I14A 192LA 1C64A 181LA 205LA 229LA 3RUNA 1OYUA 183LA 1L56A 123LA 2NTGA 2OU0X 7LZMA 1L24A 3G3XA 160LA 1L23A 3DN2A 4YXAC 1LGWA 3UONA 1QSBA 3C8QA 244LA 2ANXA 5LZMA 3DMVA 3HUAA 149LA 4S0WA 1L66A 1SX2A 1L70A 195LA 3D4SA 3CDRA 1DYFA 2B6WA 1C62A 3QAKA 1C6TA 1L11A 107LA 3SB9A 2RBQA 1QT4A 227LA 3HUKA 1QT6A 2B6YA 1T8GA 1LYGA 3GUMA 163LA 1L47A 150LA 1L99A 224LA 3G3VA 4I7SA 240LA 1JQUA 177LA 1L76A 119LA 1OWYA 2HUMA 188LA 1LYIA 3CDTA 1EPYA 1L58A 3EMLA 1D3FA 3SBBC 1C6EA 3K2RA 4ARQA 1LYHA 145LA 254LA 237LA 120LA 1L02A 1L43A 1CTWA 1L67A 1CU6A 111LA 114LA 1DYDA 1L57A 3C82A 3OE6A 4I7PA 1I6SA 1L65A 1CV0A 1C6AA 262LA 4W59A 217LA 1QUGA 1L30A 4LDEA 1L13A 1L86A 1LYJA 1P2RA 1C6MA 3GUJA 2OE7X 1L16A 1XJTA 1L61A 148LE 2NTHA 2OU9A 206LA 248LA 1L55A 221LA 1QSQA 159LA 131LA 1LYFA 256LA 1L62A 2OE9X 1C65A 1L27A 6LZMA 173LA 1C6CA 2B74A 1L89A 2IGCA 4GRVA 1QT5A 1L09A 232LA 219LA 1L80A 156LA 210LA 4YXCA 1L53A 1C6HA 198LA 1ZWNA 215LA 1C6NA 1D9WA 143LA 1C6QA 1L93A 1TLAA 1OVKA 1L04A 2OTYX 3NYAA 231LA 130LA 1OVHA 4ARMA 152LA 3GUKA 3L2XA 1G0KA 1L38A 2RBPA 4W58A 1DYGA 1LWGA 2RBNA 3HH5A 3V2YA 2Z6BA 1C6FA 1CV3A 1PQJA 2L78A 1L51A 1L0JA 1L46A 1NHBA 3C7YA 158LA 1QTVA 2F2QA 1KNIA 1B6IA 139LA 230LA 2B6ZA 4EXMA 3FI5A 2LCBA 1CV5A 3FA0A 3GUIA 1L74A 4ARJA 2F47A 142LA 3DNAA 1C6LA 1QS5A 1LW9A 1L06A 3SB5A 3HT7A 161LA 1C67A 2A4TA 1L19A 3HDFA 1L31A 2RB2X 1PQDA 3HUQA 1L08A 1G0MA 1P37A 3SN6R 4EKSA 3LZMA 4DAJA 4DJHA 191LA 3OE9A 216LA 2CUUA 4IAPA 103LA 4YX7C 1L37A 1DYBA 168LA 171LA 2O7AA 226LA 3HWLA 4PJZA 1T8AA 1SWYA 180LA 196LA 1G1VA 1C60A 4ARPA 3NY8A 1SX7A 2RBOA 122LA 1L17A 2OU8A 1OWZA 249LA 1L94A 3RZEA 1L63A 110LA 112LA 1CU5A 235LA 4EPFA 4EKPA 1L77A 1QUOA 1K28A 1L12A 1C63A 1CVKA 1L92A 209LA 175LA 1L91A 1L10A 1L95A 1L52A 4AQNA 2RB1X 125LA 3HT8A 3HU8A 1P2LA 4EPIA 3C8RA 1SWZA 1L54A 1CU3A 1KW5A 255LA 3DN6A 1G06A 3DN1A 2O4WA 1KY0A 4I7RA 4OO9A 4W53A 242LA 201LA 1P3NA 2QARC 1L26A 1L15A 3HDEA 228LA 1G0QA 214LA 3F8VA 1P36A 4W57A 1L45A 3HT6A 1D3JA 172LA 1CX6A 1LI6A 222LA 212LA 2ANVA 251LA 1SSYA 4ARLA 3HH4A 1CV1A 3OE0A 4I7MA 3DKEX 147LA 1P46A 3SB8A 250LA 4I7OA 167LA 1QTZA 4EJ4A 1L75A 170LA 257LA 1L97A 126LA 1KW7A 1L83A 1LI3A 2RBSA 1L05A 166LA 1T8FA 3GULA 258LA 3PDSA 1G0PA 1L41A 3GUOA 1QS9A 3HT9A 3GUNA 1LYDA 1QT3A 1QTBA 260LA 4LDLA 1QUHA 1CV4A 1L79A 128LA 3G3WA 199LA 176LA 1DYAA 1LI2A 225LA 245LA 1L49A 2B70A 1L03A 4K5YA 246LA 1LLHA 4EKQA 1L87A 1C6IA 2Q9EA 4I7NA 1L40A 1L98A 1L36A 129LA 2RAZX 3HH6A 187LA 1L48A 1D2YA 2LZMA 2B72A 241LA 3HTFA 259LA 3C8SA 253LA 4W51A 165LA 213LA 238LA 3L64A 1L18A 189LA 1L90A 1L50A 1L34A 2Q9DA 144LA 2RBRA 3CDQA 1C6JA 1L73A 1L14A 1PQMA 1JTNA 236LA 3DN3A 247LA 3HTBA 1C6KA 1L59A 138LA 1L68A 1CU0A 4PK0A 3SB7A 1QTHA 2B6TA 127LA 1XJUA 218LA 1L00A 1T6HA 3HU9A 1C6GA 1L29A 3PBLA 118LA 3CDVA 1CUQA 1G1WA 1KS3A 1C68A 178LA 1WTHA 102LA 2HUKA 146LA 1G0LA 108LA 1DYCA 4I7QA 1LGUA 1L01A 1L84A 243LA 2OE4X 3DN8A 3SB6A 4E97A 4DKLA 1JTMA 164LA 1QTDA 4ARQB 1G0JA 3CDOA 1L88A 1CV6A 3DN0A 220LA 1P5CA 4W55A 140LA 1ZURA 4I7KA 4ZPUA 1LPYA 2RB0X 1L21A 3F9LA 113LA 1L44A 1PQIA 4I7JA 2B73A 1L32A 186LA 3NY9A 151LA 3DMZA 1C6PA 3FADA 4LZMA 3C81A 3VW7A 252LA 223LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
185LA 3LYOA 3DMXA 1LZAA 1C6DA 1GPQC 2D91A 1YQVY 1XEIA 1JJ1A 1CUPA 3ZVQB 4R0FA 1QT8A 4LYBA 1B7QA 2OEAX 4GN4A 3WPJA 5IDDA 5ILCA 4I7TA 1Z55A 3TXGA 4OWBA 3C7WA 1CU2A 4YOPA 2D4KA 3EMSA 1P64A 1L28A 3WULA 1LYEA 1SSWA 4NWEA 5B05A 1L96A 4WO6A 1C66A 2LC9A 1CX7A 1CNSA 234LA 3DN4A 4WM4A 1D2WA 1IY3A 4BS7A 3A6BY 1KY1A 1L07A 4H94A 1L39A 1OV7A 3AZ6A 4W56A 2XTHA 4I7LA 4XJDA 2HU1A 3WYHA 4PRQA 1J1XY 141LA 1UIBA 2ZIJA 2MEDA 4MSTA 1L71A 3C83A 2ZNWY 1P6YA 5I14A 2BPUA 4B4EA 192LA 5DL9A 1LPIA 229LA 1OYUA 183LA 5HMJA 2OU0X 7LZMA 3W6CA 2NWDX 1LMQA 3LYTA 1NDGC 4ETBA 1L23A 1FKVA 4H9IA 3HBHA 1I1ZA 1YIKA 2Z37A 1NBZC 3A3RX 1JITA 4S0WA 1GFKA 3A93A 5C6IA 2B6WA 5LXWA 1QTEA 1C6TA 1L11A 2YSSC 3W3EA 1QT4A 227LA 3HUKA 1D6PA 1LYGA 1L99A 1IP4A 1GBYA 4YF2A 4EOFA 3AJNA 2MEEA 119LA 1BB7A 3CDTA 3TXEA 2IFFY 1D3FA 1LTMA 4NY5A 1BWJA 237LA 1OUHA 2CJLA 1L43A 1B7SA 1CU6A 2BQGA 111LA 1IWXA 1DYDA 3N9AA 2VB1A 4I7PA 3WU9A 262LA 2W1LA 5B1GA 2DKVA 4UWVA 1QUGA 2CDSA 5LA8A 1DZBX 1OUBA 1L16A 1IOQA 2Z18A 148LE 206LA 1GE0A 1B7MA 1YANA 1LYFA 1UIAA 154LA 4NHTA 2F4AA 1C65A 1L27A 4DDCA 2IGCA 1L89A 4J1AA 2Z12A 2Z2FA 2H5ZA 219LA 156LA 4YXCA 1VATA 1ZWNA 1C6NA 143LA 4HTQA 1KIQC 1HNLA 1L93A 231LA 2I6ZA 4ARMA 1IP7A 3GUKA 3L2XA 1G0KA 1XGQC 5APEA 1QIOA 5APFA 5LVHA 4FJRA 2L78A 4RLNA 1GB6A 1OUGA 1L46A 158LA 1QTVA 1KNIA 4XADA 3T6UA 2FYDA 142LA 2FBBA 1ZMYL 3HFMY 1VDPA 1DQJC 3CQLA 1C67A 4N1CC 5L3IA 1QDRA 1L08A 1LJKA 1B7OA 4DD0A 191LA 1KIRC 1LZ4A 3IWRA 3OE9A 1XEKA 3RU5A 2CUUA 1L37A 4I0CA 168LA 1LJHA 1HSWA 4IATA 4PJZA 4E3UA 2B5ZA 1T8AA 1SWYA 2LZ2A 2ZILA 5KXMA 5FSTA 1N4FA 1RFPA 110LA 7LYZA 5LVKA 2W1YA 1ALCA 4NEBA 2LHMA 1UIDA 209LA 1L91A 1L10A 1L95A 3HU8A 1SWZA 1JUGA 1HFXA 3A91A 4HV1A 1CU3A 2G4NA 1KW5A 255LA 1LHJA 3DN1A 1LHLA 3HDEA 1RJCB 4KXIA 214LA 1IP5A 3J6KA 3D3DA 1L45A 4G49A 172LA 1LI6A 222LA 2DBTA 2ANVA 2ZIKA 251LA 4M4OA 1O23A 1LKSA 4I7MA 5DN5A 147LA 3SB8A 4DD7A 4I7OA 167LA 4EJ4A 257LA 4GLVA 3IJUA 1AKIA 3WUAA 2HEAA 4OOOA 1FLUA 4TWSA 2F4GA 1QS9A 4GLAA 3GUNA 1QT3A 260LA 4XJGA 4H8ZA 4NGJA 3LYZA 2Z19A 1CJ6A 1LI2A 1L49A 1L03A 4K5YA 1VEDA 246LA 4G4BA 1LMOA 1BB5A 1L36A 5F9UA 2RAZX 3HH6A 4YEOA 5KXSA 5A3EA 5EBHA 1NDMC 1NWGA 5D5FA 1L34A 2Q9DA 2DQEY 1L73A 4Z41A 4HPIA 1RCMA 2BQKA 4NGOA 1PQMA 3WPLA 236LA 2Z39A 3DN3A 247LA 3HTBA 1C7PA 138LA 1QTHA 1YKXX 1XJUA 1L00A 3B72A 1B9OA 3PBLA 1CUQA 2I26L 1G1WA 1BWIA 2HUKA 1G0LA 1L84A 5HNLA 5FDJA 4YENA 4X3BA 4H9CA 4B49A 4OOTA 1CV6A 3WMKA 220LA 1HEQA 5E4PA 4W55A 2BQJA 3BKVA 2LYMA 2EKSC 4ZPUA 4DD1A 4UWNA 3F9LA 1JIYA 4H91A 4ZIXA 1L44A 2DQJY 2B73A 1L32A 1G7IC 186LA 1OUAA 3E3DA 5FCPA 2HEDA 5LYTA 3FADA 4LZMA 1GBZA 1NMMA 5HMVA 4N9RA 3VW7A 4NHPA 223LA 3TXDA 3AZ4A 4GBRB 4NHIA 1LZSA 174LA 207LA 1IY4A 2B6XA 1C10A 2ZWBA 4N0JA 1L72A 1QTCA 1B5ZA 4LDOA 1D3MA 1H6MA 2YBNA 1C08C 1XGUC 1LJ3A 2B75A 1QUDA 1LMPA 2XBRA 4G4HA 1L22A 1LWKA 1C69A 1IC7Y 1LJNA 3HTDA 3SBAA 3WW6A 1L42A 1LZYA 1DKKA 1OUEA 1IC5Y 2F30A 1GWDA 3HTGA 1P56A 3B0OA 5KXYA 4QGZA 8LYZA 261LA 1L20A 2QB0B 4WG1A 2Z2EA 5T3FA 3CT0A 239LA 1GB5A 2A7FA 137LA 182LA 4NGLA 1L64A 3OJPA 4GCFA 1PQKA 4GCDA 1JWRA 1XEPA 1ZV5L 181LA 2WARA 1LSZA 1LSAA 208LA 4J1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 185L A;  3LYO A;  3DMX A;  1LZA A;  1C6D A;  1GPQ C;  2D91 A;  1YQV Y;  1XEI A;  1JJ1 A;  1CUP A;  3ZVQ B;  4R0F A;  1QT8 A;  4LYB A;  1B7Q A;  2OEA X;  4GN4 A;  3WPJ A;  5IDD A;  5ILC A;  4I7T A;  1Z55 A;  3TXG A;  4OWB A;  3C7W A;  1CU2 A;  4YOP A;  2D4K A;  3EMS A;  1P64 A;  1L28 A;  3WUL A;  1LYE A;  1SSW A;  4NWE A;  5B05 A;  1L96 A;  4WO6 A;  1C66 A;  2LC9 A;  1CX7 A;  1CNS A;  234L A;  3DN4 A;  4WM4 A;  1D2W A;  1IY3 A;  4BS7 A;  3A6B Y;  1KY1 A;  1L07 A;  4H94 A;  1L39 A;  1OV7 A;  3AZ6 A;  4W56 A;  2XTH A;  4I7L A;  4XJD A;  2HU1 A;  3WYH A;  4PRQ A;  1J1X Y;  141L A;  1UIB A;  2ZIJ A;  2MED A;  4MST A;  1L71 A;  3C83 A;  2ZNW Y;  1P6Y A;  5I14 A;  2BPU A;  4B4E A;  192L A;  5DL9 A;  1LPI A;  229L A;  1OYU A;  183L A;  5HMJ A;  2OU0 X;  7LZM A;  3W6C A;  2NWD X;  1LMQ A;  3LYT A;  1NDG C;  4ETB A;  1L23 A;  1FKV A;  4H9I A;  3HBH A;  1I1Z A;  1YIK A;  2Z37 A;  1NBZ C;  3A3R X;  1JIT A;  4S0W A;  1GFK A;  3A93 A;  5C6I A;  2B6W A;  5LXW A;  1QTE A;  1C6T A;  1L11 A;  2YSS C;  3W3E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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