1LJFA

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown in presence of 10% sucrose
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ljfA00
8LYZA 1GFVA 1LSBA 5L3HA 5C6IA 7LYZA 1CKCA 5ILFA 153LA 1DI4A 1UCOA 2MEHA 4W96A 1HC0A 4NHQA 1GF8A 1GD6A 4XJDA 1IP6A 2VB1A 4NSGA 4B4IA 2EKSC 4H9CA 3AZ4A 1WQQA 3FE0A 4QGZA 1JSFA 3WW6A 3CSQA 5HQ1A 1QSWA 2W1LA 1IP2A 3ZEKA 1B7LA 1TAYA 1XEKA 3LYOA 6LYTA 5FCPA 1DPXA 3FI7A 4C3WA 4WM3A 3A94A 3RT5X 4XYYA 1BB4A 4WL7A 1GPQC 2F4GA 4ETBA 4IATA 4J1AA 1GFTA 1BVKC 1IWTA 3AJNA 1OUHA 1UIGA 4NWHA 5K7OA 134LA 5KXNA 4NGYA 2BQIA 1FBIX 1GFUA 4E3UA 4NG8A 1HFZA 2MECA 1LZ6A 1HENA 1UIAA 1DKJA 1VAUA 3M18B 1RI8B 1GDXA 5D5FA 4LT3A 1AT5A 1LZSA 1V7TA 1GBZA 5KJ9A 1LSFA 1IP7A 3AGGG 1HEPA 2G4QA 1B5XA 1EQ4A 1QDTA 3CT5A 3E3DA 1IR8A 4OWBA 3OK0A 2H9JA 4KT3A 5D5CA 5E4PA 1IORA 2ZQ4A 5I4YA 1F6SA 4ETCA 5LVHA 4NHIA 1FLQA 1B7OA 1XSFA 1YROA 1NDGC 4GN3A 4I0CA 4BAPA 4GCBA 1B5VA 1FN5A 1AT6A 4H9IA 1LMTA 4PRQA 1WVVA 4H9FA 1UA6Y 2XTHA 1BHZA 1GAZA 4BADA 1TDYA 3AZ5A 3WPKA 2YDGA 5LAGA 2YBMA 1DPWA 2IFFY 1AKIA 4NFVA 154LA 1B2KA 4G49A 1TBYA 1GDWA 1TEWA 3TMVA 4TWSA 4DYGA 5B1GA 4ZEEA 3TMUA 3D3DA 1GEZA 1NDMC 1LSNA 1LZAA 2YVBA 4NHTA 1FLUA 1GFKA 1GE3A 4NSHA 1NBYC 4NSIA 1LAAA 3HBDA 1ZVYB 4J1BA 2C8OA 4II8A 1YKZX 4NIJA 3LZTA 1JJ1A 1PS5A 4H8ZA 4RLNA 5A3EA 4H9HA 4DD0A 4HTQA 4Z41A 4HPEA 2MEBA 3G3AB 1G7LC 3B6LA 2EIZC 1WQRA 2LYMA 4HJVA 4U3XB 4WL6A 5DN5A 4DDAA 1GAYA 5KY1A 194LA 5FHWA 4B4EA 4PJ2C 2FBBA 3A6CY 4G4HA 1IOCA 4HTKA 4LYZA 2HECA 4OWCA 1VEDA 3P68A 1KXXA 4N5RA 3A95A 1LZ8A 1D9UA 1UIBA 1JKCA 3AW6A 3W3EA 1QUSA 1DI3A 1GB2A 1BGIA 1XFPL 2ZYPA 3ZVQB 4DDCA 5L3IA 4RW2A 3LZ2A 1YAQA 1LKSA 2ZIJA 1B7NA 1GF7A 2HU3A 5IHGA 2C8PA 1FLWA 1VDSA 4CFOA 1LSAA 1I20A 1LYSA 1JUGA 4B1AA 1GF5A 4O34A 4CJ2A 1C45A 5LINA 1LHHA 1BB3A 1LZTA 1QIOA 3WPJA 4PGJB 2CDSA 5F81A 3TXGA 1HFYA 1HEMA 4YOPA 3WUNA 4QY9A 4N1CC 1IY3A 1JTPL 1CKHA 5I53A 1B7QA 1I1ZA 2D4JA 2HTXA 3AGIA 5KXOA 5LYMA 1LJNA 4RDSA 4QDNA 3W6BA 4TTDA 1AM7A 4UWUA 1HSWA 2FYDA 1G7IC 2BQNA 5KKIA 4NG1A 1LZ4A 1D6PA 4ETDA 4CGEA 1BWHA 1B5WA 4D9ZA 1YAMA 3P64A 1KXYA 4XJGA 1YAPA 5FEKA 3WU9A 1J1XY 1F10A 1W6ZA 4DT3A 4WM4A 1DXJA 4YEMA 1NKHA 1YKYX 3A34A 3RZ4A 1ZV5L 2YBNA 4HSFA 1QDRA 2DQJY 1C46A 3AYQA 1Z55A 2DQAA 2HEAA 4XJBA 1GF3A 3EO5A 2W1MA 1FDLY 1TCYA 1DZBX 1CKDA 2A7FA 5DN4A 1OQMA 4KL7A 1QSAA 1YKXX 2F30A 4GCCA 1REYA 5KXZA 1LMOA 4H9AA 1LJJA 1N4FA 1VATA 4NGKA 4CFPA 4GN5C 4N9RA 3A8ZA 1J1PY 2MEEA 4YEOA 3N9AA 4PPOA 2MEFA 4Z46A 4WM1A 1UBZA 4YENA 4LYMA 4LYBA 4H8YA 2CWIA 1LHLA 1MELL 1IR9A 4NGOA 1NMMA 3W6AA 2DBTA 4H8XA 1GB0A 4OOOA 1WQMA 2F4AA 1B7PA 1HMKA 3EMSA 3A91A 1T3PA 1LMQA 3W6EA 1IWVA 1IY4A 4NGJA 5T3FA 3RNXA 1BB7A 4NSJA 2Z2EA 1GXV2 1LJFA 2GV0A 1IP5A 2W1YA 3W6DA 4B0DA 2ZNWY 1GB9A 3B0KA 1GXXA 5DL9A 3LHMA 4HJYA 2W1XA 1IP1A 2I6ZA 3A96A 1REZA 132LA 1P2CC 4XJIA 1F6RA 2XBRA 1B7MA 1FLYA 3HBHA 1I56A 2A7DA 2MEDA 3OJPA 4HTNA 3WH1A 4DDBA 2AUBA 4GN4A 5HNLA 3LYZA 5LA8A 4M4OA 2WARA 4PHIA 5APCA 4ET8A 4H92A 1IC5Y 3ATNA 2G4NA 4HV2A 1CKFA 3WUAA 3A90A 1UICA 1LSMA 5LIOA 3BKHA 2Z38A 3T6UA 3T36A 4C5FA 1YL1X 2BLYA 2DQIY 1LTMA 3WPLA 1BB6A 1C08C 1LYZA 2EPEA 4HV1A 1OUBA 3WVXA 1SQ2L 3AW7A 3A67Y 2BQAA 1GE0A 3BKVA 1WTNA 4R6CA 1QUTA 5F9XA 4DC4A 2ZQ3A 1XEJA 5KXRA 1UIEA 4DD9A 1FKVA 1SLYA 1KIQC 5FDJA 5A3ZA 1LSGA 1LZYA 4WLDA 3W6FA 1DQJC 1LZDA 1YQVY 2CJLA 1XGRC 3MGWA 1H6MA 4TSCA 1CJ8A 4TX7A 5KXTA 5JENB 1GF4A 2Z19A 4NGLA 4HP0A 1GB3A 3WULA 1YANA 4DD3A 1UUZC 1HF4A 135LA 2D6BA 2LYZA 3J6KA 5FSTA 1GE4A 1HERA 1JWRA 4H93A 1JJ0A 1IO5A 1PZYA 2ZILA 3CT0A 4ZIXA 1RCMA 1LHIA 2D91A 1GFEA 2YBIA 3P65A 1IEEA 4MR1A 1GB5A 1LSCA 1BVXA 1KIRC 2EQLA 1A2YC 4WG1A 5B59A 1CJ9A 1HELA 2BQOA 1KXWA 5ILCA 1LJ3A 3M3UA 1CJ7A 1QTEA 2DQGY 5KXSA 3WL2A 1LYYA 3EBAB 4QEQA 4ANRA 1JJ3A 1OUEA 1IIZA 5HMVA 4XJHA 4G4BA 1RFPA 4LT2A 1YIKA 4LT0A 4LYCA 1LHKA 3TXHA 3TMXA 2LYOA 1YILA 2YBJA 2YBLA 3LYTA 5C6LA 4OOTA 1LPIA 2D4KA 1GF0A 4A7DA 1G7HC 5LVKA 1D0LA 3QY4A 1LHJA 1HFXA 3TXKA 1JITA 1GBOA 1HNLA 1UACY 1IOSA 1EL1A 2DQDY 2Z39A 4G4CA 5B07A 1XGPC 4ZFPA 4DD2A 4R0FA 1JTTL 5L9JA 1EQEA 4NHPA 1WTMA 2I25L 1LZEA 2YBHA 3GXKA 5I4WA 2F2NA 2HUBA 4RW1A 4YM8A 1LZ1A 3IWRA 4GCFA 2DQFC 5KXPA 1CKGA 1LMPA 4AXTA 4B4JA 4UWVA 4LYTA 5KXKA 3AZ7A 5KXXA 4NGWA 1JEFA 3P66A 1LMCA 4WM2A 1LZNA 3GXRA 5B05A 5C6JA 1LZGA 3TXBA 1GBWA 1WVUA 2DQHY 3VWOA 1IOTA 1UIFA 1JSEA 4EMNA 3A3QA 1LZ9A 1LKRA 1INUA 3IJUA 4TUNA 1G7JC 1HEWA 1DKKA 2MEGA 2Y8PA 4N1EI 3RW8A 3CSZA 1JKDA 5B1FA 5KXWA 5KXLA 1YAOA 2N5ZA 1BWIA 5DLAA 1VFBC 3ZVQA 4GCDA 4BAFA 5F14A 1A4VA 1T6VL 4WLTA 207LA 4NEBA 133LA 1GEVA 4NHSA 2YSSC 5HLLA 3LYMA 3TXIA 4HPIA 1NHEA 3B0IA 3TXEA 4H91A 3AGHA 5HMJA 2BQMA 4WOAA 4TSBA 5II3A 4KXIA 1GBSA 2HEEA 4XADA 1WQNA 2PC2A 1V7SA 4GLAA 1XGUC 4H9BA 1GF9A 5LYTA 3TMWA 4AGAA 5HNCA 1LSEA 1IP3A 3ATOA 1IWYA 3CSRA 4WM5A 4NWEA 4Z98A 3WYHA 4OWEA 1JPOA 1CNSA 2ZYCA 4UWNA 3QE8A 3WVYA 1IWXA 1E8LA 4OW1A 1BQLY 1F0WA 1VDTA 3HBEX 3WU7A 1O23A 1OUAA 3HFMY 1GB7A 1GFGA 4LFPA 5APFA 3D9AC 1D6QA 2FYCA 4NGVA 4WO6A 2MEIA 5E9RA 1RJCB 2FBDA 4CHXA 2DQCY 4G9SA 1OUCA 1IX0A 1GBYA 1GWDA 2BQDA 4XENA 1QTKA 4WO9A 2Z2FA 3RU5A 1XEIA 3J4GA 4WM6A 3A92A 2BQGA 3A3RX 4J0LA 208LA 3SP3A 1D0KA 1HMLA 4P2EA 1W08A 1GB6A 1LJKA 4DD7A 1LJGA 4H1PA 1QQYA 1B5ZA 4LGKA 1IC7Y 1BB5A 4WG7A 2Q0MX 4FJRA 3WXUA 2HEDA 3ULRA 5KXYA 5J7CA 3P4ZA 1NF5A 4LYOA 4OWAA 5DM9A 4N8ZA 4Z3MA 4NGIA 5LVJA 3QNGA 1LMAA 3CT1A 4GCEA 6LYZA 1UIHA 1GHLA 1NBZC 4IASA 3TXDA 3CQLA 4XN6A 3G3BB 5IDDA 2LZTA 1GB8A 1C7PA 5B06A 5LYZA 2G4PA 4W94A 2XBSA 3W6CA 2BQKA 4H9EA 193LA 1NQIA 1LOZA 1YL0X 1JHLA 2BQFA 1LSPA 1LZBA 1LJHA 3LN2A 5F9UA 3WW5A 3KAMA 4MCKA 3TXJA 4HJZA 3F6ZA 1OUGA 3WMKA 2X0AA 3IJVA 2BQCA 2DQEY 2RSCA 1WQOA 1REMA 4B49A 4LFXA 1BWJA 2BQLA 1OUJA 3AZ6A 1OUIA 5M1YA 1XGQC 1B9OA 4OWHA 5FELA 1GFAA 1OUDA 1LSZA 1B0DA 1GE1A 4DWXA 1D0MA 1B7RA 2BQBA 5LXWA 3A93A 1HHLA 1GFJA 2B5ZA 2BQJA 1LSYA 4FDYA 4LT1A 5LAFA 2LZ2A 3B72A 4KPMA 2ZWBA 1LJIA 2HEBA 5I5QA 1UC0A 1C43A 1IWUA 1HEQA 1ZVHL 1GF6A 3AB6A 3WU8A 4J7VA 1IVMA 2Z18A 1JISA 1JIYA 2ZIKA 1UIDA 1ALCA 4I8SA 4PRUA 2H9KA 2I26L 4WMGA 4WLYA 1WQPA 1B5YA 2LHMA 4WLXA 4IJ4A 1IWWA 2IHLA 9LYZA 1HSXA 2Z37A 3K3TA 5APEA 4ETEA 3CB7A 1LMNA 4N0JA 5I54A 1B7SA 4GLVA 4ML7A 1LJ4A 1LHMA 2BQEA 1OUFA 1IR7A 2HU1A 1LCNA 2BAAA 4L41A 2HEFA 2BLXA 4DD1A 5KXMA 2BQHA 1IP4A 1GE2A 4XJFA 2CGIA 5KKJA 3B0OA 1IWZA 4X3BA 1IC4Y 4EOFA 1HEOA 3N9CA 1GFHA 4H90A 4RLMA 5I4XA 1H87A 5F16A 4YF2A 1EQ5A 2NWDX 4BS7A 1CJ6A 1IOQA 1LSDA 4MSTA 3WXTA 1LJEA 2DKVA 1FKQA 5LVIA 1REXA 1JKBA 1LZCA 3TXFA 4M6DA 1GBXA 2BPUA 2D4IA 1XGTC 1AZFA 1VDPA 1RE2A 1DI5A 1JTOL 1GFRA 1NWGA 1OP9B 1LYOA 1VDQA 4LZTA 5APDA 4ETAA 1KIPC 5AMYA 1ZMYL 1B5UA 1MLCE 4NGZA 3N9EA 2MEAA 1LZ5A 5IELA 1J1OY 2XJWA 3EXDA 5LVGA 2Z12A 1JKAA 2ZNXY 4ET9A 1LZRA 5LA5A 1C10A 2H5ZA 4H94A 5EBHA 1G7MC 3WUMA 4NY5A 3A6BY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFVA 1L33A 1DI4A 3CDQA 1HC0A 4NHQA 1GF8A 1CV0A 4NSGA 4B4IA 1L58A 2A4TA 4QGZA 1L02A 1QSWA 1TAYA 1PQIA 4C3WA 1D3MA 3A94A 1SSYA 4ETBA 1IWTA 1L17A 4NWHA 5KXNA 1LZ6A 1UIAA 1C6BA 1LZSA 233LA 1DYEA 1LSFA 3CT5A 4S0WA 5KXKA 2H9JA 3HH3A 4KT3A 5D5CA 5E4PA 1DYCA 4ETCA 1B7OA 4I0CA 1NDGC 1L00A 4H9IA 1UA6Y 1BHZA 4BADA 3AZ5A 1TBYA 1GDWA 3C7WA 1B6IA 213LA 3CDTA 143LA 4ZPUA 119LA 1FLUA 4J1BA 1ZVYB 1L79A 4H9HA 4DD0A 3G3AB 3SB8A 2EIZC 2LYMA 4U3XB 4HJVA 4DDAA 3GUJA 1L10A 1KW7A 4PJ2C 3A6CY 1VEDA 3HT8A 1KXXA 4N5RA 1C6NA 7LZMA 1L25A 229LA 3W3EA 1UIBA 1JKCA 227LA 4EPIA 1QUSA 2ZYPA 1XFPL 1L15A 3OE0A 1CX6A 1L36A 1B7NA 1LKSA 2C8PA 1FLWA 1JUGA 1SWYA 4B1AA 3DNAA 1LZTA 1KNIA 3WUNA 1JTPL 5KXOA 3AGIA 1I1ZA 2F47A 139LA 249LA 1HSWA 1BWHA 1B5WA 198LA 5FEKA 4I7LA 1F10A 2B6XA 3RZEA 3RZ4A 1C46A 3EO5A 1L39A 2A7FA 5DN4A 4KL7A 1REYA 2HULA 145LA 1L83A 1VATA 3DKEX 2MEFA 4WM1A 1L71A 2CWIA 3W6AA 243LA 1G06A 2F4AA 4DKLA 1LMQA 2OTYX 5T3FA 2Z2EA 3W6DA 1IP5A 3V2YA 1GB9A 112LA 3LHMA 4HJYA 1IP1A 1L54A 1REZA 4XJIA 3L64A 1L67A 3OJPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 8LYZ A;  1GFV A;  1LSB A;  5L3H A;  5C6I A;  7LYZ A;  1CKC A;  5ILF A;  153L A;  1DI4 A;  1UCO A;  2MEH A;  4W96 A;  1HC0 A;  4NHQ A;  1GF8 A;  1GD6 A;  4XJD A;  1IP6 A;  2VB1 A;  4NSG A;  4B4I A;  2EKS C;  4H9C A;  3AZ4 A;  1WQQ A;  3FE0 A;  4QGZ A;  1JSF A;  3WW6 A;  3CSQ A;  5HQ1 A;  1QSW A;  2W1L A;  1IP2 A;  3ZEK A;  1B7L A;  1TAY A;  1XEK A;  3LYO A;  6LYT A;  5FCP A;  1DPX A;  3FI7 A;  4C3W A;  4WM3 A;  3A94 A;  3RT5 X;  4XYY A;  1BB4 A;  4WL7 A;  1GPQ C;  2F4G A;  4ETB A;  4IAT A;  4J1A A;  1GFT A;  1BVK C;  1IWT A;  3AJN A;  1OUH A;  1UIG A;  4NWH A;  5K7O A;  134L A;  5KXN A;  4NGY A;  2BQI A;  1FBI X;  1GFU A;  4E3U A;  4NG8 A;  1HFZ A;  2MEC A;  1LZ6 A;  1HEN A;  1UIA A;  1DKJ A;  1VAU A;  3M18 B;  1RI8 B;  1GDX A;  5D5F A;  4LT3 A;  1AT5 A;  1LZS A;  1V7T A;  1GBZ A;  5KJ9 A;  1LSF A;  1IP7 A;  3AGG G;  1HEP A;  2G4Q A;  1B5X A;  1EQ4 A;  1QDT A;  3CT5 A;  3E3D A;  1IR8 A;  4OWB A;  3OK0 A;  2H9J A;  4KT3 A;  5D5C A;  5E4P A;  1IOR A;  2ZQ4 A;  5I4Y A;  1F6S A;  4ETC A;  5LVH A; 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 1LSY A;  4FDY A;  4LT1 A;  5LAF A;  2LZ2 A;  3B72 A;  4KPM A;  2ZWB A;  1LJI A;  2HEB A;  5I5Q A;  1UC0 A;  1C43 A;  1IWU A;  1HEQ A;  1ZVH L;  1GF6 A;  3AB6 A;  3WU8 A;  4J7V A;  1IVM A;  2Z18 A;  1JIS A;  1JIY A;  2ZIK A;  1UID A;  1ALC A;  4I8S A;  4PRU A;  2H9K A;  2I26 L;  4WMG A;  4WLY A;  1WQP A;  1B5Y A;  2LHM A;  4WLX A;  4IJ4 A;  1IWW A;  2IHL A;  9LYZ A;  1HSX A;  2Z37 A;  3K3T A;  5APE A;  4ETE A;  3CB7 A;  1LMN A;  4N0J A;  5I54 A;  1B7S A;  4GLV A;  4ML7 A;  1LJ4 A;  1LHM A;  2BQE A;  1OUF A;  1IR7 A;  2HU1 A;  1LCN A;  2BAA A;  4L41 A;  2HEF A;  2BLX A;  4DD1 A;  5KXM A;  2BQH A;  1IP4 A;  1GE2 A;  4XJF A;  2CGI A;  5KKJ A;  3B0O A;  1IWZ A;  4X3B A;  1IC4 Y;  4EOF A;  1HEO A;  3N9C A;  1GFH A;  4H90 A;  4RLM A;  5I4X A;  1H87 A;  5F16 A;  4YF2 A;  1EQ5 A;  2NWD X;  4BS7 A;  1CJ6 A;  1IOQ A;  1LSD A;  4MST A;  3WXT A;  1LJE A;  2DKV A;  1FKQ A;  5LVI A;  1REX A;  1JKB A;  1LZC A;  3TXF A;  4M6D A;  1GBX A;  2BPU A;  2D4I A;  1XGT C;  1AZF A;  1VDP A;  1RE2 A;  1DI5 A;  1JTO L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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