1L0KA

Methionine core mutant of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l0kA00
1C62A 2HULA 250LA 142LA 3C80A 2HUKA 3SB6A 1LI3A 1LW9A 1LYJA 4EPIA 126LA 228LA 1L11A 219LA 223LA 4I7LA 241LA 1C6NA 1C66A 104LA 1L74A 252LA 1JQUA 4EKRA 125LA 1L19A 1L63A 211LA 145LA 1L03A 1L0KA 3DNAA 1L83A 1SSWA 3SB8A 3DMXA 2OU9A 1T8GA 1D3NA 1C6TA 131LA 3HH3A 146LA 4YX7C 1C64A 3L2XA 2OE9X 109LA 1LGWA 1CV6A 1SX7A 1DYGA 4W55A 1L91A 2O4WA 1C6JA 1L47A 1KNIA 3C83A 188LA 3VW7A 1L77A 2OU0X 1L35A 1LI6A 112LA 1G1WA 168LA 3G3VA 4I7NA 3HUAA 1L00A 1C6BA 1L12A 143LA 3HU9A 1L54A 1L93A 1C68A 3C81A 1CV5A 2RH1A 3OE0A 1L70A 253LA 1ZWNA 1LPYA 1QUGA 3CDOA 1LYDA 111LA 3HTBA 3K2RA 1G0LA 1OWYA 2F32A 1G07A 1QTDA 3DMVA 4EPFA 1OVJA 4ARQA 2OEAX 176LA 1L17A 4GBRB 147LA 1CX6A 1L98A 1LYGA 1L85A 1L28A 149LA 1L99A 1G0GA 2B6WA 2RBSA 210LA 1L04A 3QAKA 3SB5A 2Q9DA 1L67A 1TLAA 1L50A 2O7AA 1L66A 2F2QA 1LWKA 1I6SA 159LA 1L32A 4YXAC 1L08A 255LA 1L53A 191LA 2F47A 1JTNA 4W53A 1T97A 3HTDA 2B72A 2RBNA 1L75A 1LI2A 4LZMA 249LA 3HH6A 3C82A 1G0JA 3RUNA 1L34A 151LA 3HT9A 235LA 169LA 1D3FA 3PDSA 1L45A 4PJZA 3DN4A 3JR6A 127LA 1CX7A 1CUQA 1CV3A 1L68A 4GRVA 2RAZX 1CV0A 1G0MA 1LYIA 4ARMA 1T8AA 3HT7A 3V2WA 1L40A 3RZEA 139LA 130LA 1L69A 1DYAA 1L60A 2B6TA 7LZMA 1OYUA 175LA 1QT6A 1C65A 1CU2A 1L81A 183LA 1L92A 192LA 2B75A 237LA 2OE7X 1CVKA 3C7YA 242LA 1P6YA 1P36A 1L18A 1L13A 3CDQA 246LA 2B74A 2RBOA 247LA 1C6PA 144LA 197LA 1QUOA 150LA 220LA 222LA 199LA 3HTFA 1L84A 1KY1A 3HTGA 184LA 1L49A 1CU0A 2Z6BA 4LDLA 4W52A 4EXMA 3C8SA 1XEPA 178LA 3HUKA 3SBBC 240LA 1L55A 170LA 1L20A 3DN2A 3HUQA 1L79A 1QS5A 196LA 1LGUA 1PQKA 1PQJA 3OE9A 187LA 108LA 1D3MA 1LYHA 1L27A 1L26A 3CDTA 212LA 1L76A 120LA 1L31A 141LA 1C6AA 152LA 4I7MA 256LA 1CU6A 171LA 3CDRA 1OVKA 2B6YA 234LA 4YXCA 2HUMA 2NTGA 1LWGA 3GUKA 164LA 3DN6A 1CU3A 4I7SA 231LA 257LA 180LA 4ARLA 1QTBA 209LA 1G0PA 2QB0B 4LDOA 1LYEA 1D2WA 1DYEA 1QS9A 4I7RA 122LA 1P37A 1C60A 2L78A 4W58A 148LE 1L56A 1C63A 200LA 3HDEA 1L94A 1L89A 173LA 137LA 2RB0X 1QTVA 2NTHA 4EJ4A 1WTHA 259LA 3SB7A 103LA 3HH4A 1C6QA 3CDVA 2RBPA 2B73A 4ARJA 1PQDA 1DYBA 2B6XA 3HU8A 163LA 1L07A 1L24A 114LA 1D2YA 1L57A 1JTMA 1L09A 1QSQA 1KW5A 213LA 229LA 2OE4X 1LLHA 4W56A 165LA 157LA 2OTYX 260LA 1L33A 1G1VA 3F8VA 119LA 258LA 261LA 3C8RA 1C69A 1L36A 1L0JA 113LA 198LA 177LA 3DN3A 1P3NA 156LA 3C8QA 1QT7A 1L43A 3HWLA 1KW7A 1CV1A 1L90A 230LA 2OTZX 102LA 3DKEX 1C6FA 248LA 3SN6R 3GUMA 1L46A 2LZMA 1L39A 4I7KA 1D9WA 1L21A 3C7ZA 4EKQA 2CUUA 1L87A 1L51A 1C67A 1L80A 190LA 2QARC 1CUPA 3F9LA 2B70A 238LA 218LA 4EKPA 1L88A 225LA 224LA 1L58A 6LZMA 3V2YA 182LA 3NYAA 1P56A 3HT8A 110LA 243LA 2RBQA 1L01A 1D3JA 1L96A 4ARPA 4OO9A 1QT4A 1G06A 1P5CA 1L72A 3SBAA 3FI5A 1C6GA 3G3WA 4IAPA 1L42A 172LA 1L25A 1QSBA 4W57A 1OVHA 205LA 1L95A 162LA 1G0KA 216LA 3GUPA 1L52A 3D4SA 1PQIA 2OU8A 1QT3A 1PQOA 1L38A 1QUHA 4DKLA 128LA 1L65A 3GUNA 1OWZA 215LA 2B6ZA 1P7SA 1OV5A 3GUIA 3ODUA 1QT5A 4S0WA 140LA 251LA 161LA 1OV7A 1KY0A 1L41A 3GUJA 3HT6A 3DMZA 1L14A 2RBRA 1C6IA 1P2RA 3FADA 262LA 2ANVA 174LA 3GUOA 4I7OA 2LCBA 1L64A 1ZURA 4ARQB 3NY9A 214LA 4I7JA 1C6DA 1G0QA 4AQNA 1LGXA 4DJHA 3G3XA 254LA 1L82A 1ZYTA 233LA 1L44A 236LA 4W51A 4I7TA 1C6MA 3NY8A 3DN8A 232LA 245LA 244LA 2RB2X 1XJUA 3PBLA 1XJTA 3L64A 1QUDA 227LA 1B6IA 2O79A 3HDFA 1CTWA 1T8FA 186LA 1K28A 2LC9A 2A4TA 226LA 1L97A 4I7QA 4DAJA 3DN0A 1L71A 1QTZA 1LYFA 1SWYA 1SWZA 2B7XA 4I7PA 1T6HA 4PK0A 195LA 1L30A 1C61A 1QTCA 1L48A 138LA 160LA 3UONA 1L37A 1P64A 1L15A 4ARMB 1CU5A 3OE8A 5I14A 3OE6A 221LA 3DN1A 1C6EA 1L61A 4W54A 1L62A 4K5YA 1CV4A 166LA 1L22A 1DYDA 1C6KA 1L29A 4ZPUA 5LZMA 4EKSA 1L02A 1KS3A 158LA 1L10A 2RAYX 1DYFA 4E97A 1NHBA 3SB9A 123LA 107LA 185LA 1QTHA 1C6HA 2ANXA 2RB1X 1L16A 201LA 1QT8A 3LZMA 1EPYA 206LA 1L86A 3GULA 181LA 129LA 239LA 217LA 1P46A 1L05A 115LA 2Q9EA 1L59A 3C7WA 4W59A 1L23A 3EMLA 1SX2A 3FA0A 1P2LA 1C6LA 1DYCA 167LA 1L73A 1SSYA 1PQMA 1C6CA 4LDEA 155LA 2IGCA 118LA 1L06A 3HH5A 189LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NGLA 3C80A 4ETAA 1GBXA 3CT5A 1LI3A 4EPIA 4YENA 1L11A 3EBAB 5APFA 3ATOA 252LA 1L19A 1INUA 1G7IC 5DM9A 2H9JA 3DNAA 4C5FA 1QQYA 1C6TA 4XJDA 3HH3A 4YX7C 3CSQA 4A7DA 1IWXA 1NDMC 1J1XY 4NHPA 1CV6A 1SX7A 4W55A 2O4WA 1L47A 2MEHA 4QGZA 1IR8A 1IIZA 1L77A 1G7MC 1LMQA 4MCKA 1IP6A 3MGWA 1G1WA 168LA 1IR7A 1QDRA 1IO5A 1E8LA 1C6BA 1LSNA 1IC4Y 1GF8A 1L93A 1B0DA 4NHQA 1KXYA 1QUGA 3ULRA 3HTBA 3K2RA 8LYZA 1G07A 5HMJA 4EPFA 1NDGC 1GF0A 1BWIA 1REMA 132LA 1BWHA 1B7QA 2B6WA 4LT2A 3SB5A 1B5ZA 1GB9A 1PS5A 1L67A 2DBTA 1T6VL 1TLAA 3AZ6A 2A7DA 1QTEA 3D9AC 2EQLA 5FHWA 1L32A 1JISA 4YXAC 255LA 2F47A 1T97A 2RBNA 1L75A 4TSBA 4LZMA 3HH6A 1B5UA 1GB0A 1IR9A 1D3FA 2D91A 5APDA 5KXXA 5D5FA 1EQEA 1JITA 1OUGA 1HC0A 2Z12A 1OUEA 2RAZX 1G0MA 1T8AA 1GAZA 3RZEA 139LA 130LA 1B7PA 1XEKA 3W6FA 1GFJA 1GAYA 1OYUA 192LA 1GF4A 2X0AA 1GEZA 2OE7X 1P36A 1L18A 3CDQA 4ETBA 2Z19A 1GFVA 4FDYA 199LA 3HTFA 1OUAA 3HTGA 4QDNA 4EXMA 4ET9A 1H87A 3SBBC 1HEQA 1I1ZA 4NSJA 4OWCA 1HFZA 1L20A 3DN2A 2I26L 3A67Y 1D3MA 1LYHA 1L27A 1L26A 3CDTA 1L76A 4TSCA 141LA 3CT1A 2YVBA 4NGWA 1GEVA 3G3BB 4XN6A 5DL9A 4I8SA 2NTGA 3AJNA 5KXLA 4NSHA 2QB0B 4LDOA 5M1YA 1P37A 1HEWA 4W58A 5I53A 4PGJB 1D6PA 5LAGA 1NWGA 137LA 2RB0X 4EJ4A 1WTHA 1C6QA 3AZ7A 4H92A 2B73A 3ZVQB 1DYBA 1DI4A 2HU1A 4HV1A 1L07A 2BAAA 1GF5A 114LA 1QSQA 4W56A 1LLHA 4BAFA 4DDCA 1G1VA 119LA 4WLTA 3LZTA 1QSAA 177LA 5B1FA 154LA 1XGPC 1GXV2 1CV1A 1YANA 2G4QA 2OTZX 1FLWA 1C45A 102LA 3WUMA 1L39A 2D6BA 3C7ZA 4WL7A 4EKQA 1GB8A 1L80A 1YKZX 3F9LA 2Z18A 2F2NA 4DD9A 3TXBA 182LA 5A3ZA 1P56A 4G4CA 1LZ5A 1VEDA 110LA 2F4AA 1D3JA 1L96A 1P5CA 1Z55A 1FDLY 2ZQ4A 4HJVA 1C6GA 4IAPA 5APEA 2XTHA 3A95A 4WM5A 1L42A 2IFFY 1QSBA 1OVHA 5KXOA 3GUPA 5T3FA 2BQJA 1L65A 4N8ZA 2B6ZA 1P7SA 1GFKA 1OV5A 4X3BA 3GUIA 2MEEA 1TDYA 4AXTA 4RLNA 1LJJA 4S0WA 1FKVA 161LA 4NHIA 1OV7A 4OOTA 2N5ZA 1L41A 2RBRA 1C6IA 1REXA 3AGIA 262LA 174LA 2W1MA 4KXIA 1L64A 4M4OA 214LA 1WQPA 1C6DA 4H94A 1LYSA 1G0QA 1JSEA 2LYZA 1WQOA 4G49A 1LMNA 1EQ4A 3NY8A 3EO5A 1FKQA 1QUDA 227LA 1B6IA 4G4BA 2YBJA 5LYTA 186LA 1K28A 2A4TA 1DXJA 1UBZA 1B2KA 2YBNA 3VWOA 1LMAA 2W1XA 1LZRA 1C61A 3WU7A 1CU5A 3OE8A 3QY4A 3DN1A 1AT5A 3WL2A 4W54A 1L62A 166LA 5LYZA 1DYDA 4HJZA 1HERA 5LZMA 1GDXA 4L41A 1XEIA 2D4IA 5JENB 4O34A 1NHBA 4KT3A 1GB6A 2ZNWY 1L16A 1IOQA 2MEIA 1EPYA 206LA 2YBIA 1HMKA 1FN5A 2A7FA 135LA 1IWTA 4DD0A 129LA 1IWYA 1P46A 115LA 3FA0A 1DYCA 3CT0A 4WO9A 167LA 1SSYA 1PQMA 1C6CA 1JJ3A 4B4EA 1OUHA 2IGCA 3A6CY 1LSBA 4DDAA 2HULA 1LZEA 1DI3A 2HUKA 4IATA 4H8YA 1T3PA 1GBYA 1SLYA 223LA 4I7LA 4ZEEA 5F14A 1JKBA 1L74A 1J1PY 1NQIA 3M3UA 1GB3A 1LYYA 1UUZC 2MEFA 3DMXA 1F0WA 2Z2EA 5B07A 1C7PA 146LA 1C64A 3L2XA 1JTTL 3LYMA 1DYGA 5KXNA 1C6JA 5I4WA 3C83A 1GPQC 1G7LC 2MEDA 2OU0X 1NKHA 2BPUA 5HMVA 2ZILA 1LHIA 2BLXA 3HUAA 3WVYA 1L12A 143LA 1IWWA 1D0MA 2DQFC 3CQLA 4TX7A 1L54A 1GB5A 5FSTA 3T6UA 3WPKA 3OE0A 2BQOA 4WM1A 3W6AA 1LPYA 4WLDA 3CDOA 1C08C 111LA 1QDTA 1ZVHL 4WMGA 1OUDA 1LAAA 4DWXA 2OEAX 3WPLA 4Z3MA 4GBRB 147LA 1L85A 4HPEA 2Y8PA 3M18B 3WUAA 210LA 3QAKA 4N1EI 2Q9DA 1BGIA 1L50A 159LA 4YEMA 1L53A 191LA 2YDGA 1JTPL 1LSYA 2B72A 4DQJA 1BB7A 1G0JA 2HEAA 235LA 4PPOA 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1L25A 4W57A 1IVMA 1L95A 1B7OA 162LA 5KXTA 5F16A 1L52A 3D4SA 3B0KA 2BQIA 1UIEA 1PQOA 1QUHA 3AGHA 2W1YA 6LYZA 2DQIY 4CFPA 3ODUA 1UIBA 2EIZC 251LA 4GLAA 2BQLA 1LTMA 3GUJA 3DMZA 1L14A 1P2RA 2ANVA 3GUOA 1I56A 1REYA 1LJHA 2HEDA 4I7JA 1LPIA 4OWBA 3G3XA 3D3DA 5FCPA 1L44A 4W51A 1CJ7A 2Z2FA 4HTNA 4TWSA 232LA 245LA 4DDBA 1XJUA 3LYTA 1GE1A 3PBLA 2GV0A 3L64A 4H9CA 1KXXA 1UCOA 2MEBA 1IY3A 3SP3A 5C6LA 3IWRA 4WL6A 1WVUA 1B7RA 1P2CC 4I7QA 3DN0A 4UWNA 4CFOA 1JKDA 1LYFA 4OWEA 1T6HA 195LA 160LA 1L37A 1WQMA 5I14A 221LA 1C6EA 1LSPA 1VAUA 1NBZC 1L61A 3OJPA 1OP9B 1LHJA 1C6KA 1KIQC 4EKSA 1XEJA 1DYFA 4E97A 1GXXA 4GCFA 1JEFA 1YAOA 5IHGA 5LVIA 1LMTA 2DQAA 1LYOA 4DC4A 4B1AA 217LA 5E9RA 4J1AA 1L59A 1GF6A 1L23A 1UIAA 1LHMA 1EQ5A 3T36A 4U3XB 1L73A 155LA 5FEKA 1L06A 1C62A 250LA 142LA 4WLYA 2D4JA 3SB6A 1LYJA 3KAMA 126LA 5KKIA 4PRUA 1XGRC 1C66A 1JQUA 4EKRA 125LA 2YBHA 2I25L 2PC2A 1L63A 211LA 145LA 4XENA 3WPJA 1HEMA 4NWHA 1IOCA 1SSWA 1T8GA 1D3NA 1GE0A 1HEPA 2DQGY 1LMPA 1RCMA 5LIOA 109LA 4GN3A 4NIJA 3RU5A 1L91A 5KXZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NGL A;  3C80 A;  4ETA A;  1GBX A;  3CT5 A;  1LI3 A;  4EPI A;  4YEN A;  1L11 A;  3EBA B;  5APF A;  3ATO A;  252L A;  1L19 A;  1INU A;  1G7I C;  5DM9 A;  2H9J A;  3DNA A;  4C5F A;  1QQY A;  1C6T A;  4XJD A;  3HH3 A;  4YX7 C;  3CSQ A;  4A7D A;  1IWX A;  1NDM C;  1J1X Y;  4NHP A;  1CV6 A;  1SX7 A;  4W55 A;  2O4W A;  1L47 A;  2MEH A;  4QGZ A;  1IR8 A;  1IIZ A;  1L77 A;  1G7M C;  1LMQ A;  4MCK A;  1IP6 A;  3MGW A;  1G1W A;  168L A;  1IR7 A;  1QDR A;  1IO5 A;  1E8L A;  1C6B A;  1LSN A;  1IC4 Y;  1GF8 A;  1L93 A;  1B0D A;  4NHQ A;  1KXY A;  1QUG A;  3ULR A;  3HTB A;  3K2R A;  8LYZ A;  1G07 A;  5HMJ A;  4EPF A;  1NDG C;  1GF0 A;  1BWI A;  1REM A;  132L A;  1BWH A;  1B7Q A;  2B6W A;  4LT2 A;  3SB5 A;  1B5Z A;  1GB9 A;  1PS5 A;  1L67 A;  2DBT A;  1T6V L;  1TLA A;  3AZ6 A;  2A7D A;  1QTE A;  3D9A C;  2EQL A;  5FHW A;  1L32 A;  1JIS A;  4YXA C;  255L A;  2F47 A;  1T97 A;  2RBN A;  1L75 A;  4TSB A;  4LZM A;  3HH6 A;  1B5U A;  1GB0 A;  1IR9 A;  1D3F A;  2D91 A;  5APD A;  5KXX A;  5D5F A;  1EQE A;  1JIT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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