1CX6A

T4 lysozyme substituted with selenomethionine
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPVYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGVAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTMRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substitution with selenomethionine can enhance the stability of methionine-rich proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords LYSOZYME
total genus 43
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1cx6A00
3HTFA 1C6QA 231LA 3EMLA 1G1WA 4IAPA 229LA 3GUKA 1P46A 1PQJA 211LA 1L29A 1DYGA 2RB1X 4W52A 2F47A 1OV7A 224LA 3C80A 226LA 2F2QA 3HH4A 1L41A 1L83A 1DYAA 1L51A 142LA 1L09A 1L25A 3K2RA 2B6YA 1T8GA 162LA 190LA 1QTBA 1SX2A 161LA 3HDFA 3V2WA 1QUHA 3SBAA 1L24A 1L23A 1L53A 163LA 3VW7A 1L00A 3GUJA 1NHBA 1PQDA 2OU0X 2Q9DA 3OE6A 3ODUA 3OE8A 113LA 1G1VA 3FADA 151LA 182LA 232LA 1C61A 262LA 254LA 1P56A 227LA 234LA 1L34A 1C6BA 1CV4A 1KY1A 1LI3A 168LA 1PQIA 223LA 3C7ZA 1QUOA 4PJZA 3HU8A 1LWGA 1L54A 1G0KA 1C6PA 1L08A 5I14A 1L90A 2RH1A 1L57A 3C83A 112LA 251LA 1C69A 4EKPA 164LA 2Q9EA 3CDOA 1L12A 1JTMA 1L84A 1L65A 1L46A 189LA 1JTNA 1PQMA 219LA 1C6JA 1L18A 148LE 1G0MA 3C7WA 1QSQA 4W54A 1L67A 1L63A 4K5YA 3SB8A 1I6SA 1QTDA 2IGCA 1SWZA 1G0JA 1L40A 3HT8A 1OWZA 1L04A 1CV3A 1L20A 1L66A 2F32A 1XJTA 1P2RA 225LA 4ARMA 1L05A 4ARLA 1L97A 1CV0A 1CU6A 1L71A 1L69A 261LA 2OE7X 1D2WA 110LA 4I7RA 3DMVA 4EKSA 149LA 3DN3A 2RBRA 1SWYA 1QS9A 155LA 1KNIA 1T97A 4LDEA 242LA 173LA 221LA 1L73A 201LA 4ARMB 4GRVA 165LA 1L39A 3HDEA 244LA 1L35A 3DN6A 1L82A 2B6XA 1SSWA 1T8FA 1QTVA 126LA 4I7KA 1P7SA 1D3JA 1L0KA 138LA 1CX6A 103LA 3HTGA 3HTBA 4S0WA 2L78A 1CU5A 1SX7A 4I7LA 3SB7A 159LA 3HUQA 241LA 250LA 131LA 1P64A 4EKRA 1L72A 4EPFA 172LA 1SSYA 1L98A 2OU8A 1DYDA 1KW7A 4ZPUA 1L15A 216LA 174LA 171LA 1L55A 186LA 2LZMA 1QTZA 245LA 2LC9A 111LA 1PQOA 3SN6R 1LGUA 1L36A 2A4TA 1C6IA 1QT7A 4OO9A 1LYFA 3QAKA 1QT8A 3GULA 3DMXA 1L44A 3CDQA 1CV6A 187LA 2B6WA 4DAJA 1L79A 238LA 2RBOA 170LA 181LA 2RBPA 123LA 3GUIA 3SB5A 2B6ZA 130LA 2RBQA 4EKQA 4I7OA 1C6AA 2RBNA 1L80A 4I7TA 1LWKA 3HT7A 3RUNA 4YXAC 160LA 3SBBC 140LA 3GUPA 1L88A 1L89A 1L64A 2OTYX 1G0LA 122LA 1C65A 4LDLA 188LA 1L91A 1ZURA 206LA 120LA 4DKLA 1QTCA 144LA 220LA 107LA 141LA 1L58A 5LZMA 156LA 2ANXA 4W57A 3L64A 1L81A 237LA 1CUPA 1C6CA 1ZWNA 169LA 184LA 1L77A 2OE4X 257LA 4PK0A 1L28A 3CDTA 1L37A 137LA 1L30A 102LA 1L14A 4EJ4A 1LGXA 3NY9A 1KW5A 235LA 1L02A 4AQNA 3DN2A 176LA 146LA 256LA 1L22A 1L96A 1C6DA 1L68A 145LA 1JQUA 1L62A 1L19A 1OVKA 3PBLA 259LA 1CU3A 1D3MA 3G3XA 1CU0A 1DYFA 209LA 158LA 1L13A 1PQKA 192LA 3NYAA 178LA 2B72A 150LA 1LYEA 196LA 157LA 1L50A 7LZMA 214LA 246LA 1L92A 217LA 2OE9X 1QT4A 1L38A 2RB2X 3HH5A 1DYBA 1L01A 222LA 2Z6BA 1L52A 1KS3A 228LA 1L27A 4EPIA 233LA 248LA 1QUGA 1L47A 3DN1A 3JR6A 1XJUA 1C66A 3HU9A 210LA 1P2LA 3RZEA 1L17A 1LYDA 3DN8A 4I7QA 1DYCA 139LA 4W55A 4ARPA 175LA 1CVKA 4I7NA 1L07A 1CU2A 1OV5A 1OVJA 2B7XA 3DKEX 3F8VA 213LA 3SB6A 3D4SA 239LA 1L93A 1L42A 1C63A 1L87A 1L76A 2LCBA 3FI5A 1L11A 4W51A 1C6KA 243LA 4DJHA 4YXCA 1KY0A 255LA 2B6TA 1L32A 1D3FA 2RB0X 3FA0A 1C67A 2B75A 167LA 3G3WA 1XEPA 119LA 1LW9A 4ARJA 1L85A 230LA 1G0GA 1D9WA 4E97A 1LLHA 3CDVA 4W53A 1C6FA 4W56A 143LA 200LA 2OU9A 1LI2A 128LA 1QT5A 1CV1A 1B6IA 1C6EA 3GUMA 1LI6A 1L26A 2ANVA 3GUNA 1L75A 1C6MA 4W58A 1L16A 129LA 2HUMA 1OVHA 127LA 1L21A 1L60A 180LA 215LA 1WTHA 1D3NA 4I7MA 1C6LA 1L70A 205LA 2RAZX 3V2YA 2OEAX 1QT3A 3C82A 1C60A 3CDRA 1DYEA 3HH3A 4LZMA 1QUDA 4I7JA 1L59A 1G06A 3C81A 1L99A 152LA 240LA 2B74A 1QS5A 1L49A 3F9LA 1LYJA 249LA 3HT9A 1OWYA 2O79A 2QB0B 252LA 1C6GA 1C68A 1G07A 1OYUA 247LA 197LA 3HT6A 1CX7A 218LA 4ARQA 2QARC 3GUOA 1L86A 1P5CA 1P37A 1L33A 3DNAA 3HUKA 3C8SA 115LA 4I7SA 1L43A 1C64A 1P3NA 4YX7C 236LA 2RBSA 258LA 2B73A 1G0PA 4ARQB 198LA 1QTHA 2O7AA 1L0JA 3G3VA 118LA 185LA 183LA 2CUUA 2HUKA 4LDOA 1LYHA 1LYGA 253LA 1LPYA 1EPYA 1CV5A 2NTHA 3PDSA 1G0QA 4I7PA 1QT6A 3NY8A 1ZYTA 3DN0A 3OE9A 1L94A 125LA 199LA 1D2YA 4GBRB 2O4WA 147LA 2B70A 3SB9A 109LA 3UONA 1P6YA 1L61A 2HULA 3LZMA 1C62A 1C6NA 3DN4A 3C7YA 3HUAA 1L06A 4W59A 3C8RA 3L2XA 104LA 1C6TA 1L48A 1LGWA 2OTZX 260LA 2RAYX 6LZMA 1CUQA 3HTDA 1L03A 3OE0A 3HWLA 1TLAA 3DMZA 1QSBA 2NTGA 1L31A 1L74A 1L56A 3C8QA 1C6HA 1LYIA 4EXMA 1T8AA 177LA 1K28A 191LA 3HH6A 1L45A 1T6HA 1L95A 212LA 1P36A 114LA 195LA 108LA 166LA 1L10A 1CTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6QA 231LA 1WVVA 1NHEA 2D4KA 3EMLA 1OUDA 5FDJA 1L29A 2RB1X 2LYMA 4ET9A 1NDGC 5B1GA 1GE3A 161LA 4N8ZA 3V2WA 1QUHA 4KT3A 1GBZA 3VW7A 1EQ4A 5A3EA 1HMLA 1G1VA 4QDNA 1VEDA 4DD9A 1L34A 4BADA 1J1XY 1PQIA 1IWYA 1LZ1A 1YAMA 3AZ4A 1QSWA 3C7ZA 5LA5A 1C6PA 5I14A 3HBDA 2RH1A 2W1MA 2DQEY 1IP4A 1IC7Y 1L12A 5C6JA 1JTMA 3B6LA 4H93A 4LFPA 1YQVY 5I4YA 1L65A 1L46A 3GXRA 2Z39A 5KXRA 3T6UA 1REYA 2YBJA 3A92A 3SB8A 1GDWA 1QTDA 2IGCA 5KY1A 5LVGA 1IY3A 1JJ1A 5LINA 1GB0A 3HT8A 1L04A 1L20A 3W6EA 5IHGA 2F32A 1OUCA 1GE2A 4ARLA 1L69A 3DMVA 2RBRA 1QS9A 4OOTA 242LA 221LA 201LA 5D5CA 1TDYA 1CJ9A 1L82A 4LYMA 1UIFA 1O23A 4WM2A 4HTQA 1CX6A 103LA 1B7NA 3W6CA 4S0WA 2L78A 1SX7A 3LN2A 4HTKA 3HUQA 1G7JC 4YOPA 5JENB 1L72A 1YKYX 4NGWA 1JKAA 1T6VL 2Z38A 4LYZA 1GE0A 1L15A 174LA 1GFEA 1L55A 4H8XA 1GF7A 5LAGA 2I6ZA 245LA 2W1XA 1JTOL 1L36A 1QT7A 4OO9A 3QAKA 5DLAA 4HTNA 1CV6A 1N4FA 1HELA 4X3BA 238LA 2RBOA 181LA 4PPOA 5IELA 1OUIA 1IOCA 3GXKA 5HLLA 5APFA 1L80A 2G4QA 3RUNA 3TXHA 4NSGA 140LA 1L88A 4IASA 1ZURA 1VFBC 220LA 3CT0A 1XEJA 107LA 3E3DA 2F4AA 3A3RX 5T3FA 3L64A 4G4HA 2DQGY 184LA 2BAAA 4PK0A 1L28A 2HEDA 3CDTA 4EJ4A 2HU3A 1QUSA 1L02A 4GLAA 1ALCA 1GWDA 1BWJA 1GHLA 1UIAA 1C6DA 4UWVA 4NG1A 193LA 3A91A 3WVXA 259LA 4H9EA 3TMXA 1IWXA 3G3XA 1IC5Y 3AB6A 2WARA 1DYFA 5L9JA 209LA 1IWVA 1KXWA 2BQFA 5HQ1A 192LA 1DKKA 4NY5A 1GEVA 4ML7A 5APEA 2A7FA 3WMKA 196LA 1YROA 5B1FA 4AGAA 4LYCA 1LSNA 1HERA 7LZMA 1TAYA 1KIRC 246LA 1QT4A 3LZ2A 2IFFY 2RB2X 3HH5A 4H90A 1DYBA 1G7LC 222LA 4H9CA 1LHMA 1V7TA 5HNCA 2NWDX 4NSJA 1L27A 3DN1A 3JR6A 1RJCB 1GFJA 2YBMA 3HU9A 210LA 1LYDA 2H5ZA 4G4CA 2MEDA 4I7QA 1CVKA 4NHSA 4I7NA 2B7XA 1OVJA 1HENA 1HEQA 1L87A 1QTEA 1L76A 4DT3A 1L11A 4HJYA 1C6KA 1DPWA 4LT0A 1LSMA 1AT6A 4YXCA 4ETDA 1UIGA 255LA 3FA0A 1C67A 4OWCA 1VDPA 4WG1A 1NF5A 1QDRA 2ZNWY 4KL7A 3TXGA 1BB7A 4W53A 4N1EI 4RLNA 1TCYA 2OU9A 1LI2A 1LSBA 1G7HC 5F9UA 1B7MA 3OK0A 2G4NA 4WL6A 1C6MA 1CKFA 5L3IA 4DDBA 1I56A 215LA 1H87A 1LZ4A 3TXBA 3QE8A 1RFPA 1BWHA 3ZVQA 4IJ4A 3V2YA 1INUA 1QT3A 3CDRA 3HFMY 3T36A 1UIEA 1DYEA 5LYMA 2CGIA 4OOOA 3C81A 1L99A 1HNLA 5LVJA 1LSDA 1V7SA 1GF4A 3F9LA 2RSCA 1LZ8A 4J1BA 1C68A 197LA 1D6QA 5D5FA 1YL1X 1CX7A 1JKDA 5I53A 1JHLA 2EIZC 1OUHA 1GD6A 4YENA 2BQJA 4I7SA 1OUFA 4CFOA 1C64A 4YX7C 4WLXA 4YEMA 2RBSA 4OWHA 5KXLA 258LA 5B07A 2MEAA 4ARQB 2XQOA 1L0JA 4DD0A 1LZNA 3AZ7A 1LYGA 2D4IA 1LSYA 1JEFA 3B0KA 3OJPA 1EPYA 1JSFA 1CV5A 1G0QA 1VDQA 5FHWA 4WM3A 1QT6A 1GBWA 5KKIA 1BHZA 3OE9A 125LA 1IWTA 2ZILA 1WQOA 134LA 2B70A 5B59A 4PHIA 3UONA 1P6YA 2HULA 1LJEA 3CSRA 1F10A 3C7YA 4B4IA 4W59A 1IP6A 3C8RA 3L2XA 3WPJA 1C6TA 1L48A 1LGWA 2OTZX 260LA 2RAYX 1JSEA 6LZMA 1IR8A 3DMZA 3TXDA 2BQCA 4LFXA 2FYDA 1GFUA 1LYIA 4EXMA 1KIPC 177LA 3HH6A 1T6HA 1WQMA 4LYBA 212LA 114LA 166LA 1GB2A 1DZBX 1T3PA 5A3ZA 3HTFA 1B5YA 1G1WA 3WPLA 3GUKA 1PQJA 4XJIA 1NDMC 4NGJA 2BLYA 3LYZA 4XENA 3WH1A 1WQNA 3TMVA 226LA 1L41A 1L25A 4CFPA 1AKIA 2BQDA 1A4VA 1NQIA 3SBAA 1RCMA 3WPKA 2HEBA 2OU0X 2Q9DA 5KXZA 3AZ5A 3ODUA 3WL2A 232LA 1HEPA 262LA 3P68A 4QY9A 1P56A 5E9RA 1LI3A 1KY1A 1UBZA 1QUOA 4PJZA 3M18B 3HU8A 3TMWA 1G0KA 1L90A 3C83A 1L57A 4WM6A 3G3BB 5KXWA 4FDYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6Q A;  231L A;  1WVV A;  1NHE A;  2D4K A;  3EML A;  1OUD A;  5FDJ A;  1L29 A;  2RB1 X;  2LYM A;  4ET9 A;  1NDG C;  5B1G A;  1GE3 A;  161L A;  4N8Z A;  3V2W A;  1QUH A;  4KT3 A;  1GBZ A;  3VW7 A;  1EQ4 A;  5A3E A;  1HML A;  1G1V A;  4QDN A;  1VED A;  4DD9 A;  1L34 A;  4BAD A;  1J1X Y;  1PQI A;  1IWY A;  1LZ1 A;  1YAM A;  3AZ4 A;  1QSW A;  3C7Z A;  5LA5 A;  1C6P A;  5I14 A;  3HBD A;  2RH1 A;  2W1M A;  2DQE Y;  1IP4 A;  1IC7 Y;  1L12 A;  5C6J A;  1JTM A;  3B6L A;  4H93 A;  4LFP A;  1YQV Y;  5I4Y A;  1L65 A;  1L46 A;  3GXR A;  2Z39 A;  5KXR A;  3T6U A;  1REY A;  2YBJ A;  3A92 A;  3SB8 A;  1GDW A;  1QTD A;  2IGC A;  5KY1 A;  5LVG A;  1IY3 A;  1JJ1 A;  5LIN A;  1GB0 A;  3HT8 A;  1L04 A;  1L20 A;  3W6E A;  5IHG A;  2F32 A;  1OUC A;  1GE2 A;  4ARL A;  1L69 A;  3DMV A;  2RBR A;  1QS9 A;  4OOT A;  242L A;  221L A;  201L A;  5D5C A;  1TDY A;  1CJ9 A;  1L82 A;  4LYM A;  1UIF A;  1O23 A;  4WM2 A;  4HTQ A;  1CX6 A;  103L A;  1B7N A;  3W6C A;  4S0W A;  2L78 A;  1SX7 A;  3LN2 A;  4HTK A;  3HUQ A;  1G7J C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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