215LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTANSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 215lA00
1C6EA 1WTHA 162LA 3DN0A 1L64A 1T8AA 1LGUA 215LA 160LA 127LA 248LA 1G0QA 1L29A 1C6CA 129LA 4W54A 1KW7A 1G1VA 228LA 2LC9A 1G07A 4PK0A 1OVHA 4DAJA 1SSWA 2RB0X 1L56A 4S0WA 4W58A 1LYFA 1D3FA 1QUDA 2ANXA 1CU2A 183LA 240LA 1DYBA 1L40A 1T97A 1ZURA 1P6YA 223LA 2O7AA 1P46A 1L04A 192LA 1L57A 218LA 3G3VA 2B6XA 3V2YA 1PQKA 1G0JA 1G0GA 1XJUA 1QT3A 229LA 4OO9A 3FA0A 1L47A 149LA 1G06A 252LA 3CDOA 2CUUA 2OTYX 1L89A 151LA 2L78A 4W52A 108LA 138LA 131LA 4I7RA 1OVJA 2IGCA 1L83A 1CV0A 1L72A 3OE0A 3CDVA 2OU8A 4LDOA 254LA 205LA 258LA 1QT7A 3HH4A 1C62A 1L26A 2RBQA 1KW5A 244LA 3L2XA 1OWZA 118LA 260LA 249LA 3NY8A 4PJZA 1L24A 1L51A 2RAYX 3GUMA 206LA 255LA 4YXAC 3NYAA 1EPYA 219LA 158LA 3SB8A 4EKSA 1DYAA 1L18A 222LA 177LA 211LA 239LA 4I7SA 2Z6BA 1QSBA 1QT5A 242LA 180LA 1CV5A 171LA 3OE9A 1JTMA 1L68A 2RBPA 1L43A 2Q9DA 2RBRA 1L05A 4E97A 159LA 181LA 1P7SA 4GBRB 1P2RA 4ARLA 3HDFA 1DYFA 102LA 2B6TA 3G3XA 1QT4A 4I7JA 4EKRA 141LA 3LZMA 111LA 3C82A 1L81A 1L34A 1L38A 1DYEA 126LA 257LA 1G0KA 3RZEA 1C67A 1T8FA 3C7WA 1PQJA 2NTHA 1G1WA 3C7YA 1L22A 250LA 227LA 1KS3A 1C6KA 1L33A 233LA 3C80A 1L74A 157LA 6LZMA 1C68A 231LA 4GRVA 1D3NA 4I7MA 2O79A 1P64A 1C6DA 4I7LA 1C69A 4IAPA 5LZMA 4EKPA 4EJ4A 147LA 1LW9A 119LA 123LA 3SB6A 2B70A 259LA 1L10A 2OE7X 1L75A 1CU5A 3VW7A 115LA 1SX2A 1L28A 4ZPUA 4AQNA 1ZYTA 1CX7A 217LA 201LA 3HH3A 1L02A 125LA 4ARQA 2RBOA 3FI5A 4LZMA 3UONA 110LA 235LA 1L80A 1L93A 1L62A 2F47A 128LA 1QS9A 3SB5A 1L19A 2B72A 3DMZA 3HUAA 1PQIA 4ARJA 3V2WA 3GUNA 4DKLA 167LA 241LA 1L35A 1SWYA 1C6QA 1QUGA 3C81A 1LYEA 1L41A 1T6HA 107LA 2OU0X 1CV1A 1L87A 1PQMA 1C6BA 1LGWA 3C8RA 230LA 1QT6A 1G0LA 1CTWA 1KY1A 4W53A 1L07A 143LA 1XEPA 3HT6A 1L63A 2RAZX 246LA 3SN6R 3CDTA 187LA 1QTBA 172LA 3DN3A 4ARMA 1SX7A 2O4WA 3JR6A 182LA 220LA 148LE 2OE9X 2RBSA 1L67A 1P2LA 1L25A 112LA 1CV3A 1SWZA 1C63A 178LA 3OE6A 1C65A 256LA 1L13A 4LDEA 214LA 4W55A 4W57A 2Q9EA 1C6IA 1L71A 2B6WA 1L21A 1LYIA 3QAKA 2RB2X 130LA 2B75A 1OV5A 2F32A 1QTHA 169LA 1CU0A 174LA 1L11A 1CX6A 3G3WA 1CU3A 1L36A 2RBNA 150LA 1C6LA 1L49A 1QTDA 1DYGA 4ARQB 4I7NA 1L65A 1L23A 213LA 168LA 4EKQA 1G0PA 3CDQA 1L79A 4LDLA 113LA 3C8SA 216LA 195LA 1L59A 114LA 2ANVA 1LYHA 2RH1A 146LA 1CUPA 3HWLA 3FADA 1DYCA 2B7XA 1CVKA 1P37A 1L00A 3PDSA 1LYJA 3DN6A 1L94A 186LA 1C6FA 109LA 1L0JA 145LA 1PQOA 3GUOA 4I7QA 1P36A 1P5CA 1C6NA 1L76A 1L99A 4W51A 185LA 262LA 3D4SA 3DMVA 176LA 1LGXA 191LA 1CUQA 139LA 142LA 2B6YA 1LWGA 1L44A 1L53A 7LZMA 1L32A 1LYGA 1C6PA 1PQDA 232LA 1P3NA 2LZMA 245LA 2RB1X 3HU8A 2HUMA 1DYDA 1KY0A 4ARMB 1XJTA 2OU9A 1C6GA 1QTVA 196LA 1SSYA 165LA 2QARC 3OE8A 4EXMA 1L0KA 3C83A 3HUQA 1L37A 4I7KA 198LA 4EPIA 3CDRA 1L15A 3K2RA 137LA 1LLHA 234LA 4ARPA 253LA 3HH5A 3SBAA 3NY9A 4EPFA 1LI3A 221LA 1L58A 2HULA 1JQUA 3C8QA 247LA 261LA 3HDEA 1QT8A 1QTZA 1QSQA 155LA 226LA 1L45A 1LYDA 1C6HA 1D3JA 1L16A 3DKEX 3GUJA 3GUPA 4W59A 1CV4A 200LA 1L55A 1L09A 166LA 2NTGA 2B6ZA 1L86A 2OTZX 1L52A 1NHBA 156LA 5I14A 1K28A 1LPYA 251LA 3HT8A 3HTFA 1OV7A 1L60A 1OVKA 1L20A 2QB0B 3EMLA 225LA 170LA 1LI6A 1L06A 144LA 1L39A 1C6MA 197LA 3HTDA 1OYUA 184LA 3HT7A 1LI2A 3SBBC 1D3MA 1I6SA 1P56A 238LA 175LA 1L97A 1LWKA 2B73A 1D2YA 1TLAA 4DJHA 1L31A 1L85A 210LA 3HH6A 199LA 163LA 1QTCA 243LA 188LA 1CV6A 1C64A 1D9WA 1L27A 4W56A 2B74A 1L70A 2OE4X 3HT9A 3DN4A 1JTNA 1L88A 1L96A 3DN1A 1L08A 120LA 1L69A 1L91A 236LA 1CU6A 3SB9A 3SB7A 164LA 3HTBA 1L61A 1ZWNA 1L54A 1QS5A 1KNIA 190LA 173LA 3F9LA 1B6IA 122LA 3HTGA 1L14A 1L66A 4K5YA 212LA 1L12A 1L46A 2HUKA 103LA 1C61A 1QUOA 4YX7C 2A4TA 3ODUA 1C6AA 1L82A 1T8GA 189LA 4I7PA 3HUKA 1L48A 3DMXA 224LA 1L84A 3L64A 140LA 209LA 1OWYA 152LA 1L17A 161LA 1G0MA 1L50A 1L73A 4I7TA 1C60A 1L03A 104LA 1L30A 3GUKA 3DNAA 4YXCA 1L98A 1QUHA 1L92A 2OEAX 3F8VA 3GUIA 1L42A 3PBLA 237LA 3DN2A 1L90A 1D2WA 3RUNA 2LCBA 3HU9A 2F2QA 3GULA 3DN8A 1C6JA 1L01A 1C6TA 4I7OA 1L77A 1C66A 3C7ZA 1L95A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GPQC 1T8AA 1LGUA 215LA 127LA 1OUAA 4HTKA 1L29A 1N4FA 1G1VA 228LA 4WM6A 2LC9A 4PK0A 4B1AA 4DAJA 1SSWA 1LZGA 4W58A 4WL6A 1GF9A 2MEIA 1D3FA 1XGQC 2ANXA 1BWHA 183LA 4ML7A 223LA 4TSCA 1QUTA 3J6KA 1B5YA 2XBSA 2B6XA 5B1GA 3ULRA 1XJUA 8LYZA 1GDXA 4LT3A 1EQ5A 4H9CA 4NGWA 2L78A 4W52A 1B5XA 2HEFA 138LA 3W6EA 131LA 1GBYA 4KXIA 3OE0A 1LTMA 254LA 1IWZA 3SP3A 3AZ5A 3TMWA 258LA 2GV0A 5HNCA 3NY8A 3HBHA 4PJZA 1L51A 2EQLA 255LA 2C8PA 5KXZA 5LIOA 3IJVA 158LA 2IFFY 2F30A 4N9RA 222LA 4NGIA 239LA 2Z6BA 1QT5A 1IY4A 5M1YA 4ET9A 1UICA 3M18B 1GE4A 1HEMA 3OE9A 2Q9DA 4NGOA 2Z19A 1NWGA 4GBRB 153LA 1P2RA 1GFVA 102LA 2MEEA 4CHXA 1QT4A 4PGJB 3TXKA 1IP6A 1JTPL 4H91A 5KXYA 1OUIA 1GF3A 141LA 4LYTA 1YKXX 3TXDA 4NWEA 2Z2FA 1L38A 3WXUA 1G0KA 3RNXA 1C67A 1T8FA 1QSWA 2MECA 5F16A 1NMMA 1PQJA 3WW6A 1EQEA 1G1WA 3C7YA 4NGLA 1GD6A 4NHQA 2LZTA 4B4EA 2FYDA 3C80A 3MGWA 3N9EA 157LA 231LA 2O79A 1IX0A 1AM7A 4IAPA 5LZMA 5C6LA 4M4OA 1ALCA 1GE1A 1LW9A 1C7PA 2XQOA 1C46A 4RDSA 3M3UA 3TXFA 1L10A 5HQ1A 4NFVA 3TXGA 1FKVA 3VW7A 3WU8A 1IR8A 4ZPUA 1YQVY 1JHLA 4OOOA 2RBOA 4LZTA 4GN3A 235LA 1V7SA 2F47A 128LA 3SB5A 5HLLA 3DMZA 1LSMA 5ILCA 1BB3A 4LT1A 3LYTA 3LYZA 3WUMA 2H9KA 1RI8B 4LYMA 1FN5A 5I54A 1PQMA 3C8RA 230LA 1QT6A 3FI7A 1GB5A 4EMNA 1L07A 1LKSA 1YL1X 3WVYA 3HT6A 1GXXA 4H94A 4LYOA 1HEOA 4WO6A 4ARMA 1UIGA 2OE9X 1ZVHL 2RBSA 1L25A 1CV3A 1C63A 4LDEA 1GFRA 1HMLA 4W57A 2B6WA 1BHZA 4R6CA 5DN5A 2RB2X 2I25L 1LSDA 2F32A 1CU0A 4GCFA 2HU1A 3RU5A 1NHEA 1CU3A 4WM4A 4J0LA 3BKVA 1DYGA 3N9AA 1L23A 3ZVQA 1L79A 1V7TA 3C8SA 1HC0A 4HJZA 1LZDA 1LYHA 1LSFA 4RLMA 1XGUC 1FLYA 1CUPA 2XTHA 5KXKA 3FADA 1JIYA 2BQHA 1XSFA 1LJGA 1LYJA 3DN6A 1L0JA 5L3HA 1PQOA 4DD0A 3ZEKA 1YILA 1NDGC 1P5CA 1C6NA 3KAMA 4UWNA 2ZILA 1L99A 4W51A 4H9BA 176LA 4HTNA 5A3ZA 1CUQA 1B7OA 2B6YA 4DWXA 1C6PA 2LZMA 245LA 1RFPA 4ARMB 1KY0A 1XJTA 1FLUA 2FBDA 1LZTA 2DQGY 1L0KA 3CDRA 1L15A 137LA 2Z37A 4ARPA 1UUZC 3SBAA 5F14A 3CT5A 4WO9A 4OWHA 2HULA 1L58A 3C8QA 247LA 4RW1A 1GB0A 261LA 4B49A 1BB4A 1WTNA 1QSQA 1TDYA 2YBNA 4LGKA 1D3JA 4Z46A 1I20A 4NGJA 3QY4A 5I4WA 1CKDA 1L55A 4QY9A 1HSXA 2W1YA 2Z2EA 2B6ZA 4DQJA 1GE3A 1L86A 4HP0A 1NHBA 1H6MA 4UWUA 1OVKA 2D91A 3EMLA 4BAFA 1T6VL 144LA 1GF7A 3B72A 3HT7A 1I56A 1I6SA 1P56A 3A6BY 5LVHA 3T6UA 1D2YA 193LA 1L85A 1B9OA 4NG8A 210LA 5IDDA 4ZFPA 4XJGA 3W6DA 1C10A 1L27A 1LSAA 2DQIY 3A34A 1F10A 1D0KA 2BQFA 4XJDA 3DN4A 194LA 1LSZA 4XENA 1NKHA 4H8YA 1L88A 1L96A 3WU7A 4WG7A 1L69A 3OK0A 1C43A 5E9RA 5LYTA 3SB9A 3P68A 3HTBA 1BGIA 2FBBA 1CKGA 4HV2A 5KXOA 1L54A 1KNIA 3F9LA 4WLYA 1L66A 1KXYA 1L46A 2BQCA 1CJ6A 2ZYCA 1C61A 1NDMC 1QUOA 4M6DA 2HECA 4NIJA 2HEEA 3HUKA 1L84A 1REXA 4I7TA 152LA 161LA 1L17A 4H9AA 1LYOA 1L30A 1GFJA 1L98A 3A3QA 3PBLA 3DN2A 1LZYA 3EO5A 3GULA 4MR1A 1LYYA 1L01A 4KT3A 1JWRA 2EIZC 5LXWA 3C7ZA 1GBWA 1IOQA 4ETBA 4WM1A 3DN0A 160LA 248LA 1JTOL 1QQYA 4YF2A 1C6CA 1GE0A 1KW7A 1LZEA 2PC2A 2W1XA 5KXNA 2ZNWY 1QUDA 1LZSA 4IJ4A 240LA 1DYBA 2O7AA 1T97A 4NEBA 3LN2A 1B5WA 1L04A 3A93A 1XGRC 1GB3A 4NHIA 1F6SA 1VDPA 3V2YA 1PQKA 1D0MA 3A90A 2YSSC 4OO9A 3FA0A 1LMNA 4ETCA 1UCOA 3CDOA 3FE0A 1L89A 151LA 2DQHY 4XN6A 4NY5A 1REZA 1CV0A 3T36A 2MEBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GPQ C;  1T8A A;  1LGU A;  215L A;  127L A;  1OUA A;  4HTK A;  1L29 A;  1N4F A;  1G1V A;  228L A;  4WM6 A;  2LC9 A;  4PK0 A;  4B1A A;  4DAJ A;  1SSW A;  1LZG A;  4W58 A;  4WL6 A;  1GF9 A;  2MEI A;  1D3F A;  1XGQ C;  2ANX A;  1BWH A;  183L A;  4ML7 A;  223L A;  4TSC A;  1QUT A;  3J6K A;  1B5Y A;  2XBS A;  2B6X A;  5B1G A;  3ULR A;  1XJU A;  8LYZ A;  1GDX A;  4LT3 A;  1EQ5 A;  4H9C A;  4NGW A;  2L78 A;  4W52 A;  1B5X A;  2HEF A;  138L A;  3W6E A;  131L A;  1GBY A;  4KXI A;  3OE0 A;  1LTM A;  254L A;  1IWZ A;  3SP3 A;  3AZ5 A;  3TMW A;  258L A;  2GV0 A;  5HNC A;  3NY8 A;  3HBH A;  4PJZ A;  1L51 A;  2EQL A;  255L A;  2C8P A;  5KXZ A;  5LIO A;  3IJV A;  158L A;  2IFF Y;  2F30 A;  4N9R A;  222L A;  4NGI A;  239L A;  2Z6B A;  1QT5 A;  1IY4 A;  5M1Y A;  4ET9 A;  1UIC A;  3M18 B;  1GE4 A;  1HEM A;  3OE9 A;  2Q9D A;  4NGO A;  2Z19 A;  1NWG A;  4GBR B;  153L A;  1P2R A;  1GFV A;  102L A;  2MEE A;  4CHX A;  1QT4 A;  4PGJ B;  3TXK A;  1IP6 A;  1JTP L;  4H91 A;  5KXY A;  1OUI A;  1GF3 A;  141L A;  4LYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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