258LA

An adaptable metal-binding site engineered into t4 lysozyme
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDHEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQHPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Use of a non-rigid region in T4 lysozyme to design an adaptable metal-binding site.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 258lA00
1C68A 1L29A 1L33A 1L81A 3CDQA 1QUGA 1SWZA 1CV0A 4W59A 260LA 125LA 1L58A 2A4TA 1CU2A 192LA 1I6SA 1D2WA 1L02A 1P36A 1KY0A 4I7KA 1QSQA 1QTDA 1LI2A 225LA 1PQIA 3C83A 1D3MA 1L52A 1SSYA 1C6JA 1PQJA 1L17A 137LA 2OU9A 1G0PA 138LA 1L22A 2B75A 184LA 115LA 4EKRA 130LA 215LA 1C63A 2B6YA 1C6BA 1L30A 233LA 2OU0X 1DYEA 1QT7A 1OV7A 252LA 3PDSA 248LA 4S0WA 2OE7X 3HH3A 1DYCA 1LGXA 258LA 1CV1A 1L16A 1C62A 4YXCA 1L00A 113LA 1XEPA 150LA 200LA 2RB0X 142LA 181LA 2ANXA 218LA 3HWLA 1L99A 168LA 114LA 2B6ZA 2RB2X 4EPFA 1C64A 1G07A 211LA 185LA 239LA 3C7WA 1JTMA 1CU3A 1K28A 1B6IA 213LA 2RBPA 3CDTA 143LA 4ZPUA 119LA 1KY1A 1C6TA 1CV5A 214LA 1G0GA 1L79A 209LA 4GBRB 1L40A 4DJHA 1L44A 1EPYA 4PK0A 151LA 4EKQA 1L11A 4E97A 170LA 3SB8A 3JR6A 3GUJA 1L75A 1L10A 1L50A 1KW7A 1QT8A 3HT8A 7LZMA 219LA 1C6NA 1L25A 229LA 4EPIA 227LA 1DYBA 244LA 256LA 2OE4X 2NTHA 1L15A 238LA 1CX7A 3OE0A 3CDOA 1CX6A 1L36A 1L14A 1L87A 1G0JA 223LA 1SWYA 178LA 1L65A 3HT7A 4LDEA 4W57A 3DNAA 1QT5A 1LLHA 1KNIA 3PBLA 4EJ4A 1QT6A 1L68A 2B74A 172LA 2F47A 139LA 1LGWA 249LA 3DN1A 3HH4A 1L82A 220LA 1L0KA 3G3VA 1L56A 1L43A 187LA 1D3NA 1L37A 1TLAA 226LA 1L12A 1L32A 4LDLA 1QSBA 1OV5A 198LA 1CVKA 1C6PA 212LA 4I7LA 103LA 2B6XA 1L09A 3RZEA 1JQUA 3GUKA 1C6GA 1L03A 1L96A 1L39A 4ARMA 152LA 1QUOA 221LA 110LA 1G1WA 228LA 2HULA 145LA 162LA 1L24A 1G0QA 1L83A 196LA 1KS3A 251LA 1L55A 1OYUA 3DKEX 3GUPA 1L71A 1OWYA 4PJZA 1P56A 243LA 1P2LA 1G06A 1LW9A 4DKLA 3FA0A 2OTYX 4EKPA 231LA 3V2YA 1D2YA 1OWZA 104LA 112LA 1L27A 3C8SA 255LA 1L54A 3C7ZA 3L64A 3C81A 3ODUA 174LA 1L67A 126LA 2LCBA 1P46A 147LA 4W52A 3HTFA 3V2WA 1L28A 4ARQB 4LDOA 2RBSA 1P6YA 2B70A 1CV3A 1OVJA 1T6HA 1L61A 1QTHA 1L0JA 1L84A 3OE9A 166LA 1L31A 3GUMA 3DMVA 169LA 1L47A 1L92A 3HUAA 141LA 2B6WA 2ANVA 1CUPA 1P7SA 3HDFA 2HUMA 2OU8A 242LA 1CV6A 1L97A 3HH5A 1QTVA 1C67A 1L59A 2Q9DA 3HTBA 1DYDA 1LWGA 167LA 159LA 2B7XA 3SB7A 163LA 1LI3A 127LA 199LA 222LA 3QAKA 3DMZA 1QS9A 247LA 171LA 165LA 1L94A 1D3JA 236LA 3HH6A 189LA 1LI6A 1L08A 2L78A 1XJUA 1PQOA 3HUKA 1L76A 230LA 1P2RA 1L62A 1DYGA 1D9WA 4IAPA 158LA 3F8VA 4AQNA 2O4WA 1P37A 1L13A 1QT4A 1L19A 1NHBA 1CTWA 1L98A 3C80A 3GUOA 1L85A 3FADA 2LC9A 3HU9A 1C6HA 4I7SA 3K2RA 245LA 3NYAA 3G3XA 1LYHA 1P64A 1L07A 1L74A 182LA 3RUNA 128LA 261LA 1QUHA 1C69A 190LA 1LGUA 1CU6A 2F32A 1L18A 1L69A 1C6LA 1L70A 1P3NA 1QS5A 1L34A 1L91A 259LA 2QB0B 4GRVA 1L80A 4K5YA 1C6QA 164LA 1D3FA 1C65A 3SBAA 5LZMA 254LA 1L05A 1LYDA 2B6TA 3DN8A 1L51A 2O7AA 2RBOA 1DYFA 3HU8A 144LA 3C8QA 4I7JA 3SBBC 240LA 1PQKA 3C82A 146LA 253LA 2RH1A 1KW5A 3DN2A 120LA 180LA 108LA 262LA 1WTHA 1QUDA 3GUIA 5I14A 1G0MA 4ARPA 1C6DA 1SX2A 241LA 4W56A 3SB5A 4ARJA 3CDRA 3OE6A 1LYEA 2RBQA 4EXMA 1QTCA 1C6IA 1L35A 4DAJA 1G0KA 234LA 123LA 173LA 4I7OA 2RB1X 1T8GA 3C8RA 1L66A 1L06A 1L26A 156LA 1SX7A 1T8FA 4I7NA 3DMXA 1L21A 1OVKA 1G1VA 1LWKA 1ZURA 1QT3A 257LA 1L88A 1L53A 1C6EA 1L63A 2B72A 4I7RA 3HUQA 3VW7A 1L72A 1SSWA 3F9LA 1L42A 217LA 3C7YA 1ZYTA 1L90A 111LA 195LA 4I7TA 2OEAX 205LA 1LYGA 4I7QA 1L04A 3HT6A 1L48A 3D4SA 1L89A 3GUNA 109LA 177LA 1JTNA 2B73A 235LA 2CUUA 1LYFA 4LZMA 176LA 1T97A 2IGCA 2RBRA 1PQMA 3NY9A 3OE8A 4I7PA 4YXAC 1C61A 206LA 1DYAA 4I7MA 2O79A 2RAZX 183LA 2F2QA 2QARC 4ARQA 3UONA 210LA 237LA 4YX7C 155LA 3FI5A 2Q9EA 1CUQA 1L57A 1L41A 2LZMA 1CU5A 224LA 3SN6R 118LA 3CDVA 188LA 1LYJA 1G0LA 2OE9X 3HTDA 1C6KA 102LA 1CV4A 201LA 1L77A 1ZWNA 4EKSA 107LA 2NTGA 4W51A 6LZMA 1L01A 4ARMB 2OTZX 3EMLA 4W53A 3DN4A 161LA 1C6FA 4ARLA 2RAYX 4W54A 1LYIA 131LA 3LZMA 148LE 2Z6BA 1L45A 232LA 4W58A 4OO9A 122LA 1L49A 1L86A 197LA 216LA 3HDEA 3DN0A 3SB6A 140LA 1C6AA 1QTBA 1L60A 129LA 1L95A 3G3WA 3SB9A 3HT9A 2HUKA 3HTGA 1XJTA 1L46A 1PQDA 1T8AA 1L64A 1OVHA 1P5CA 250LA 160LA 1L23A 3DN6A 157LA 1CU0A 149LA 191LA 1L93A 1C60A 2RBNA 4W55A 1C66A 175LA 186LA 1C6CA 246LA 1C6MA 1L73A 1L38A 1LPYA 3NY8A 3DN3A 1QTZA 1L20A 3GULA 3L2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GFVA 1L33A 1DI4A 3CDQA 1HC0A 4NHQA 1GF8A 1CV0A 4NSGA 4B4IA 1L58A 2A4TA 4QGZA 1L02A 1QSWA 1TAYA 1PQIA 4C3WA 1D3MA 3A94A 1SSYA 4ETBA 1IWTA 1L17A 4NWHA 5KXNA 1LZ6A 1UIAA 1C6BA 1LZSA 233LA 1DYEA 1LSFA 3CT5A 4S0WA 5KXKA 2H9JA 3HH3A 4KT3A 5D5CA 5E4PA 1DYCA 4ETCA 1B7OA 4I0CA 1NDGC 1L00A 4H9IA 1UA6Y 1BHZA 4BADA 3AZ5A 1TBYA 1GDWA 3C7WA 1B6IA 213LA 3CDTA 143LA 4ZPUA 119LA 1FLUA 4J1BA 1ZVYB 1L79A 4H9HA 4DD0A 3G3AB 3SB8A 2EIZC 2LYMA 4U3XB 4HJVA 4DDAA 3GUJA 1L10A 1KW7A 4PJ2C 3A6CY 1VEDA 3HT8A 1KXXA 4N5RA 1C6NA 7LZMA 1L25A 229LA 3W3EA 1UIBA 1JKCA 227LA 4EPIA 1QUSA 2ZYPA 1XFPL 1L15A 3OE0A 1CX6A 1L36A 1B7NA 1LKSA 2C8PA 1FLWA 1JUGA 1SWYA 4B1AA 3DNAA 1LZTA 1KNIA 3WUNA 1JTPL 5KXOA 3AGIA 1I1ZA 2F47A 139LA 249LA 1HSWA 1BWHA 1B5WA 198LA 5FEKA 4I7LA 1F10A 2B6XA 3RZEA 3RZ4A 1C46A 3EO5A 1L39A 2A7FA 5DN4A 4KL7A 1REYA 2HULA 145LA 1L83A 1VATA 3DKEX 2MEFA 4WM1A 1L71A 2CWIA 3W6AA 243LA 1G06A 2F4AA 4DKLA 1LMQA 2OTYX 5T3FA 2Z2EA 3W6DA 1IP5A 3V2YA 1GB9A 112LA 3LHMA 4HJYA 1IP1A 1L54A 1REZA 4XJIA 3L64A 1L67A 3OJPA 3WH1A 4HTNA 1P46A 5HNLA 3LYZA 4W52A 4PHIA 5APCA 4H92A 2G4NA 4ARQB 4LDOA 3A90A 3BKHA 2BLYA 1LTMA 1BB6A 2EPEA 3OE9A 3GUMA 3DMVA 169LA 1L47A 1L92A 141LA 2ZQ3A 5KXRA 4DD9A 5FDJA 5A3ZA 1DQJC 1LZDA 1YQVY 4TX7A 2OU8A 3MGWA 5KXTA 242LA 1QTVA 2Q9DA 167LA 1HF4A 2LYZA 5FSTA 3QAKA 171LA 165LA 1RCMA 3P65A 236LA 1GB5A 1BVXA 1LSCA 1A2YC 5KXSA 1L62A 1DYGA 158LA 4AQNA 5HMVA 4G4BA 1RFPA 1YILA 1NHBA 2YBJA 2YBLA 3LYTA 4OOTA 2D4KA 3FADA 1JITA 1GBOA 1UACY 4G4CA 5B07A 2Z39A 1XGPC 3K2RA 245LA 4R0FA 3G3XA 1WTMA 1L74A 182LA 3RUNA 128LA 1QUHA 190LA 4UWVA 1C6LA 1LMCA 5B05A 1P3NA 1LZGA 1WVUA 3VWOA 1UIFA 4EMNA 2QB0B 3IJUA 1G7JC 3CSZA 1JKDA 1VFBC 3ZVQA 4GCDA 4BAFA 5F14A 207LA 1LYDA 2B6TA 4H91A 4DQJA 1GBSA 240LA 3C82A 146LA 4H9BA 1GF9A 4AGAA 4OWEA 1JPOA 4UWNA 1QUDA 5I14A 4W56A 3OE6A 1BQLY 1F0WA 1VDTA 1GB7A 1C6IA 1GFGA 1L35A 4DAJA 173LA 1RJCB 3C8RA 2FBDA 2DQCY 4G9SA 1L26A 1SX7A 1T8FA 4I7NA 4XENA 4WO9A 2Z2FA 1XEIA 3J4GA 3A3RX 3SP3A 257LA 1HMLA 4H1PA 1B5ZA 4LGKA 1IC7Y 1BB5A 4WG7A 2Q0MX 3WXUA 2HEDA 3ULRA 1NF5A 3F9LA 4Z3MA 5LVJA 3QNGA 1UIHA 195LA 3CQLA 4XN6A 4DQ5A 5LYZA 1L89A 3W6CA 2BQKA 193LA 1LSPA 235LA 3WW5A 4HJZA 3F6ZA 4LZMA 2X0AA 1WQOA 1T97A 1PQMA 1OUJA 5M1YA 2O79A 1XGQC 1GFAA 2F2QA 1LSZA 210LA 5LXWA 118LA 5LAFA 2OE9X 1IWUA 3WU8A 1C6KA 102LA 2ZIKA 4I8SA 4WLYA 2I26L 4WLXA 1IWWA 4W53A 3CB7A 4N0JA 1B7SA 4ML7A 161LA 2BQEA 1OUFA 1IR7A 4DD1A 1IP4A 4XJFA 5KKJA 3B0OA 1L60A 129LA 1IC4Y 3HT9A 1HEOA 3N9CA 1GFHA 4H90A 4RLMA 5I4XA 1XJTA 5F16A 4YF2A 1EQ5A 1L46A 1PQDA 1T8AA 1P5CA 1XGTC 1VDPA 250LA 160LA 1RE2A 1L93A 1JTOL 1NWGA 1OP9B 1LYOA 4LZTA 5APDA 1ZMYL 1B5UA 175LA 2MEAA 1LZ5A 5IELA 1C6MA 1L73A 2H5ZA 3DN3A 1QTZA 3LZMA 3L2XA 8LYZA 1LSBA 7LYZA 1L29A 1QUGA 1IP6A 4W59A 2VB1A 125LA 4H9CA 1CU2A 1WQQA 192LA 1P36A 1JSFA 3CSQA 2W1LA 1LI2A 225LA 1XEKA 3LYOA 3C83A 5FCPA 1DPXA 4WM3A 1BB4A 2F4GA 4J1AA 1GFTA 1OUHA 4NGYA 2BQIA 4E3UA 1HFZA 1HENA 1DKJA 215LA 2G4QA 1OV7A 1IR8A 1LGXA 4NHIA 1CV1A 1XSFA 1C62A 1YROA 4GN3A 4BAPA 2RB0X 1FN5A 181LA 1AT6A 3HWLA 4EPFA 1GAZA 1C64A 1TDYA 5LAGA 2IFFY 4NFVA 154LA 1TEWA 1JTMA 4ZEEA 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3TXBA 1L34A 1L91A 1IOTA 259LA 3A3QA 1INUA 2MEGA 4GRVA 1YAOA 1BWIA 5LZMA 1L05A 1T6VL 4WLTA 3DN8A 2O7AA 1NHEA 3B0IA 3TXEA 3AGHA 144LA 5II3A 3SBBC 1PQKA 2RH1A 1KW5A 3DN2A 180LA 1IP3A 3CSRA 262LA 3GUIA 3QE8A 4ARPA 1SX2A 3CDRA 3WU7A 1O23A 1OUAA 3HFMY 4EXMA 5APFA 1G0KA 2FYCA 234LA 123LA 4NGVA 2MEIA 1IX0A 156LA 1GBYA 3DMXA 2BQDA 1ZURA 1QT3A 208LA 1D0KA 4P2EA 1LJGA 1L53A 3HUQA 3P4ZA 4LYOA 1L42A 4NGIA 1ZYTA 1L90A 4IASA 3TXDA 3G3BB 5IDDA 1C7PA 1L04A 3D4SA 3GUNA 4W94A 109LA 177LA 1JTNA 1LOZA 2BQFA 2CUUA 3LN2A 4MCKA 1OUGA 2IGCA 1BWJA 4I7MA 4OWHA 4ARQA 3UONA 237LA 1D0MA 4YX7C 1GFJA 1CUQA 2LZMA 2LZ2A 3CDVA 188LA 4KPMA 1LJIA 1G0LA 3HTDA 3AB6A 1GF6A 201LA 2Z18A 1UIDA 107LA 1ALCA 2H9KA 4IJ4A 6LZMA 2IHLA 3K3TA 2OTZX 1C6FA 1LYIA 2Z6BA 1L45A 232LA 2BAAA 1L49A 1L86A 197LA 3HDEA 3DN0A 1IWZA 1L95A 3SB9A 2NWDX 4BS7A 1CJ6A 1LJEA 5LVIA 1JKBA 2BPUA 1AZFA 1L23A 1DI5A 1VDQA 2RBNA 1MLCE 4NGZA 1C66A 3N9EA 186LA 1J1OY 3EXDA 5LVGA 246LA 2ZNXY 5LA5A 1L20A 4NY5A 3A6BY 3TMWA 5ILFA 5C6IA 1L81A 1UCOA 1SWZA 4XJDA 260LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GFV A;  1L33 A;  1DI4 A;  3CDQ A;  1HC0 A;  4NHQ A;  1GF8 A;  1CV0 A;  4NSG A;  4B4I A;  1L58 A;  2A4T A;  4QGZ A;  1L02 A;  1QSW A;  1TAY A;  1PQI A;  4C3W A;  1D3M A;  3A94 A;  1SSY A;  4ETB A;  1IWT A;  1L17 A;  4NWH A;  5KXN A;  1LZ6 A;  1UIA A;  1C6B A;  1LZS A;  233L A;  1DYE A;  1LSF A;  3CT5 A;  4S0W A;  5KXK A;  2H9J A;  3HH3 A;  4KT3 A;  5D5C A;  5E4P A;  1DYC A;  4ETC A;  1B7O A;  4I0C A;  1NDG C;  1L00 A;  4H9I A;  1UA6 Y;  1BHZ A;  4BAD A;  3AZ5 A;  1TBY A;  1GDW A;  3C7W A;  1B6I A;  213L A;  3CDT A;  143L A;  4ZPU A;  119L A;  1FLU A;  4J1B A;  1ZVY B;  1L79 A;  4H9H A;  4DD0 A;  3G3A B;  3SB8 A;  2EIZ C;  2LYM A;  4U3X B;  4HJV A;  4DDA A;  3GUJ A;  1L10 A;  1KW7 A;  4PJ2 C;  3A6C Y;  1VED A;  3HT8 A;  1KXX A;  4N5R A;  1C6N A;  7LZM A;  1L25 A;  229L A;  3W3E A;  1UIB A;  1JKC A;  227L A;  4EPI A;  1QUS A;  2ZYP A;  1XFP L;  1L15 A;  3OE0 A;  1CX6 A;  1L36 A;  1B7N A;  1LKS A;  2C8P A;  1FLW A;  1JUG A;  1SWY A;  4B1A A;  3DNA A;  1LZT A;  1KNI A;  3WUN A;  1JTP L;  5KXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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