1G1VA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/i58t
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVTTKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the binding of solvent at internal sites in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-10-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1g1vA00
4EKSA 195LA 3GUJA 3D4SA 1L83A 2OU9A 2B6XA 2IGCA 1L92A 3HUQA 1L82A 127LA 1CX7A 3K2RA 1L07A 1L03A 1KW7A 3G3VA 1C6IA 142LA 1C6QA 260LA 3HU8A 1L95A 3DN0A 182LA 243LA 4EXMA 145LA 2A4TA 1QTCA 1L09A 3RZEA 1C6NA 2L78A 2RB0X 102LA 3FADA 3DMVA 1KW5A 1D2WA 1DYAA 1CV5A 1QSBA 131LA 171LA 254LA 1L66A 2RAZX 4YXAC 1L06A 4I7NA 1L91A 1L97A 125LA 1OVHA 1C69A 1SSWA 1L53A 1L94A 3DMXA 191LA 2RAYX 1C6TA 3GUNA 1P6YA 2HUMA 2B75A 1LW9A 4I7LA 184LA 255LA 1L29A 1L39A 1P56A 1C6AA 4ARPA 2RBOA 5LZMA 177LA 1L16A 1L63A 2CUUA 1QTDA 7LZMA 3DN4A 1LYHA 1JTMA 1L12A 147LA 1C6FA 2RBQA 155LA 2OE4X 3HT9A 1C64A 1L80A 3SB5A 199LA 3NYAA 123LA 247LA 3SB7A 1K28A 3ODUA 4W58A 3DN3A 126LA 4W55A 1L98A 3VW7A 3HDEA 4W56A 169LA 152LA 1L27A 1L64A 2NTGA 3DKEX 1L15A 4I7SA 2RB2X 231LA 1L23A 1P3NA 1QT6A 165LA 3V2YA 156LA 1WTHA 2B6WA 1L52A 4LDOA 1C6JA 1L59A 238LA 2F32A 1L48A 3DNAA 140LA 151LA 1L76A 2OTZX 112LA 4GRVA 170LA 1LLHA 241LA 2OE7X 1CX6A 3DMZA 1D3NA 1CV6A 3C83A 223LA 209LA 3C80A 143LA 1C6GA 4EKQA 3DN6A 256LA 258LA 1C6MA 2RB1X 3SBAA 1OVKA 3PBLA 1C67A 196LA 1L0KA 242LA 173LA 1L10A 2Q9DA 219LA 4PK0A 1LYDA 1SX7A 244LA 2LCBA 128LA 1C6BA 1CV4A 3HUKA 1L71A 1CTWA 3HTBA 180LA 2B6ZA 1D3MA 4W52A 118LA 149LA 1T8FA 1LYJA 6LZMA 1PQJA 3C8RA 3FA0A 3JR6A 1LYGA 163LA 122LA 1B6IA 3GUPA 3RUNA 206LA 4ARQA 1DYFA 4W54A 3HUAA 161LA 3F8VA 4I7RA 4EKRA 2O79A 3DN8A 3L2XA 1L35A 3HT7A 1L61A 4ARMA 1G0QA 1P7SA 3CDRA 1T6HA 1QUOA 1ZYTA 1P37A 188LA 216LA 1L33A 3QAKA 245LA 224LA 1QUHA 1I6SA 1C6HA 3SN6R 168LA 2RBNA 4W57A 1G07A 166LA 1C6LA 1P5CA 1L18A 1OV7A 1L93A 2B73A 1L73A 234LA 160LA 226LA 1KS3A 2RBSA 1LGXA 1L04A 1L05A 236LA 4IAPA 1L96A 1OWZA 157LA 1LGWA 1D3JA 3EMLA 3CDVA 4DAJA 139LA 3V2WA 3HTFA 3HWLA 108LA 1L65A 1DYDA 1L45A 1P64A 1T97A 4S0WA 1L79A 1P46A 259LA 1CU0A 1D9WA 1G1VA 1DYBA 201LA 1G06A 4GBRB 2QARC 218LA 1XJTA 1QTHA 3C7WA 3HTGA 3OE0A 3C7ZA 4ARLA 110LA 1L88A 221LA 138LA 4W53A 1LWKA 4K5YA 1LWGA 1L08A 129LA 1LGUA 262LA 109LA 3OE9A 187LA 189LA 1QS9A 2ANXA 3DN2A 181LA 1L90A 3F9LA 3GUKA 1OV5A 3CDOA 1G0PA 174LA 1CU3A 1JQUA 1CV3A 1L43A 261LA 1L14A 4I7MA 1CVKA 4I7QA 120LA 3HH4A 4EPIA 1L42A 115LA 1L58A 1L60A 3DN1A 4LZMA 229LA 1L24A 217LA 2Q9EA 1C65A 1L01A 1L00A 164LA 1L11A 1OWYA 1L85A 4I7TA 1C6PA 1C62A 2B6TA 113LA 176LA 214LA 220LA 130LA 2Z6BA 4PJZA 2B7XA 3L64A 175LA 1QTVA 251LA 2OU0X 1L72A 4I7PA 252LA 1L20A 148LE 1G0LA 1L28A 1L41A 1T8GA 1P2RA 1G0GA 1LYFA 2F2QA 3NY8A 1L31A 3SBBC 1TLAA 4W51A 1DYGA 1L32A 4LDLA 1KY1A 205LA 1DYEA 1QTZA 1JTNA 3C8QA 3OE8A 228LA 1L17A 4I7OA 2F47A 1P36A 1EPYA 1L87A 1C6DA 1L37A 3HH6A 1L21A 4AQNA 1OYUA 1L67A 1L51A 1QT8A 1SSYA 213LA 253LA 1LI3A 1CU2A 1D2YA 1L02A 1G0KA 1ZWNA 210LA 2B74A 197LA 144LA 1L84A 1XEPA 1L0JA 4ZPUA 3OE6A 1C60A 1L70A 1L47A 2RBPA 1LI2A 4ARQB 1L46A 239LA 190LA 2HULA 1L34A 1ZURA 257LA 246LA 3HDFA 1L49A 162LA 1LI6A 4EPFA 1L81A 1L25A 3PDSA 212LA 4ARMB 1CU5A 3HU9A 1QT7A 2OU8A 1KNIA 2B72A 4I7JA 183LA 2RH1A 1G0MA 1G0JA 3SB9A 192LA 114LA 3GUMA 158LA 1CUQA 3HT8A 4W59A 3GULA 1L77A 1L40A 1QT4A 248LA 1L19A 1CV1A 1QTBA 3NY9A 2OE9X 141LA 104LA 1G1WA 2B70A 4EKPA 3UONA 5I14A 1L62A 1XJUA 1PQIA 250LA 119LA 198LA 1L69A 1SX2A 137LA 3HTDA 4EJ4A 1T8AA 2NTHA 1L30A 1P2LA 3LZMA 4OO9A 4E97A 3HT6A 4YXCA 4DJHA 232LA 1PQKA 3HH3A 240LA 172LA 159LA 1KY0A 1PQDA 211LA 178LA 3GUOA 2LZMA 3C7YA 1QT5A 200LA 1L38A 1L44A 111LA 2O7AA 1L55A 1L54A 3G3XA 1NHBA 1L13A 4YX7C 1CV0A 146LA 215LA 1PQMA 185LA 167LA 1QUDA 1LPYA 3G3WA 237LA 150LA 4DKLA 1QSQA 2O4WA 1C66A 186LA 1L57A 1C6KA 3CDTA 2QB0B 103LA 3C81A 1LYIA 1L36A 3GUIA 2RBRA 4I7KA 225LA 1C6CA 1SWZA 2HUKA 3CDQA 1L86A 1CUPA 235LA 4LDEA 3SB6A 1CU6A 3SB8A 1DYCA 2OEAX 1L50A 1C6EA 1L75A 3C82A 1QUGA 2LC9A 1QS5A 1C63A 230LA 1L22A 233LA 1L74A 2OTYX 1L99A 107LA 1D3FA 1L56A 1L89A 1L26A 2B6YA 1PQOA 3FI5A 1QT3A 249LA 3C8SA 1OVJA 4ARJA 1C61A 2ANVA 1C68A 1SWYA 227LA 1L68A 222LA 3HH5A 1LYEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EKSA 5APDA 2B6XA 1GEVA 4OOTA 4M6DA 4HJZA 1L82A 4NHPA 4Z98A 4WG1A 3G3BB 1HEWA 1L95A 1WQRA 3TXBA 182LA 1LHIA 2CJLA 4EXMA 2XJWA 5KXLA 2RB0X 102LA 4NHTA 1B7OA 2F4AA 5LAGA 4R6CA 3DMVA 1KW5A 1D2WA 2ZIJA 4I7NA 1L91A 2MEGA 1SSWA 1LYSA 4TSBA 2MEEA 3DMXA 1C6TA 2MEHA 2HUMA 1LW9A 255LA 2CUUA 1QTDA 3DN4A 1KXWA 1GFRA 5EBHA 1IC5Y 1JKDA 1D0MA 1C64A 6LYTA 1REZA 5D5CA 4NHIA 199LA 4G4CA 2A7FA 247LA 1GFHA 3SB7A 1LJKA 3ODUA 3DN3A 4BAFA 5KXOA 1L98A 1IC7Y 4NSGA 3VW7A 1WVUA 1FDLY 4W56A 169LA 4N8ZA 3DKEX 3HBDA 156LA 4LYZA 4YEOA 1L52A 2LYMA 5I5QA 1XGQC 3A8ZA 1RJCB 5DN5A 151LA 1WQPA 4N9RA 1C45A 4PJ2C 209LA 3IWRA 4CFOA 1A4VA 1LKRA 4H94A 1RCMA 2LHMA 1FLQA 5DL9A 258LA 2RB1X 2BQFA 3TXEA 1C67A 1LZ9A 4G4HA 1JIYA 173LA 1OP9B 3EXDA 1C08C 4PK0A 4N0JA 4ZEEA 1LHKA 5KXXA 3RNXA 128LA 4LT3A 3WXTA 1LSDA 2EPEA 1L71A 3LYMA 2Q0MX 1IR8A 3WU9A 4WM6A 1LJJA 6LZMA 1DKJA 1PQJA 3C8RA 1NDGC 5LAFA 1LMAA 1CJ7A 3EMSA 3T6UA 5KXRA 4ARQA 1DYFA 1YAOA 4DD1A 4EKRA 2O79A 3DN8A 3L2XA 1HFZA 1L35A 3HT7A 1UIAA 3N9EA 3P4ZA 1G0QA 4J1AA 1GBOA 4H9CA 1HFYA 4WM2A 4NSJA 1L33A 224LA 2DKVA 5F16A 168LA 1G07A 2DQFC 4GLAA 4LFXA 3RW8A 1L93A 1B7LA 234LA 160LA 1IP5A 1LGXA 1NQIA 4MR1A 5KXMA 3IJVA 2MEAA 1L65A 1WQOA 1LZTA 4YEMA 1I20A 259LA 4XJIA 1B7RA 1LHMA 1EQ4A 1GDWA 4WL7A 1A2YC 1QSAA 5KXPA 3WVXA 1HF4A 2IFFY 2D4IA 1IWTA 1LZDA 1DXJA 2Z39A 3HBHA 4KT3A 181LA 1L90A 2D4JA 1V7TA 1L43A 4W96A 261LA 4HV2A 4NWEA 4FDYA 2BQGA 5I4XA 1CKCA 1L11A 1OWYA 4NGYA 4B4JA 3WW6A 4I7TA 1C6PA 113LA 5AMYA 130LA 4LT1A 1GXV2 3CSQA 2B7XA 3OJPA 1HNLA 251LA 4Z41A 2H5ZA 1L72A 4I7PA 153LA 3MGWA 4GCBA 3WPJA 1L28A 1P2RA 4ML7A 1REMA 1LYFA 1GB0A 4HPEA 1D0KA 1IY3A 4LDLA 1LJEA 3C8QA 228LA 4H92A 1GBSA 1L67A 1L51A 1SSYA 4YOPA 253LA 1OUBA 1ZWNA 1UIGA 5LINA 3WXUA 1H6MA 3AZ6A 144LA 3TMXA 1XEPA 3RT5X 1HHLA 5FCPA 3G3AB 1NWGA 4ZPUA 3OE6A 2RBPA 2F30A 1LSAA 4L41A 1CJ9A 4ARQB 1AM7A 3LYTA 190LA 4DYGA 2DQAA 3A6BY 3WUAA 162LA 1BB7A 2BQBA 4TUNA 212LA 1YQVY 3B0KA 1ZVYB 3HU9A 1BB3A 4GN3A 1W08A 192LA 2FBBA 4ZIXA 1CUQA 5APCA 1HENA 2BPUA 1QT4A 4KPMA 3CT0A 1HMKA 2A7DA 3NY9A 1IC4Y 1UA6Y 1LSYA 1LZ1A 3A95A 4N1CC 1GBYA 1OUHA 5D5FA 2I26L 5ILCA 4LZTA 1LZAA 1GF7A 1P2LA 3LZMA 3P64A 2MECA 3HT6A 4YXCA 4OWEA 2ZNXY 1IIZA 5FELA 1IO5A 1B7QA 5IHGA 2LZ2A 1BB4A 1OUIA 3G3XA 1NHBA 1HSXA 4YX7C 3J4GA 215LA 1PQMA 1WTMA 1LPYA 1GB7A 1B5VA 2GV0A 5DN4A 3VWOA 4DKLA 3HFMY 186LA 1C6KA 2QB0B 103LA 3WUMA 3C81A 1UCOA 1LSGA 2MEBA 4H1PA 1GE2A 4I7KA 225LA 1INUA 3FI7A 1GD6A 4H93A 4UWUA 1CUPA 4LDEA 3SB6A 5A3EA 2BQHA 1L75A 1JPOA 4NGKA 5JENB 5M1YA 2HEEA 4NGZA 4XJHA 5KJ9A 1CJ6A 2HTXA 233LA 4TX7A 2G4PA 5F9UA 1L99A 3FI5A 249LA 3C8SA 4PRQA 3WVYA 2BQLA 1SWYA 4UWNA 1GAYA 3HH5A 1XEJA 5FSTA 1GB5A 1QIOA 1PZYA 1FKQA 3D4SA 2OU9A 2IGCA 5HNLA 1L07A 4CFPA 2MEFA 1GF6A 1JJ3A 3DN0A 1T6VL 2A4TA 4B0DA 1GF3A 3RZEA 4CJ2A 1D0LA 3FADA 1QSBA 131LA 171LA 1L66A 2RAZX 125LA 1B7SA 1C69A 1L94A 1NF5A 191LA 1P6YA 1P56A 4NEBA 1C6AA 4I0CA 5LZMA 1L16A 3P66A 1L63A 7LZMA 2Z2EA 1JTMA 147LA 3WMKA 2OE4X 4J7VA 4WO9A 3SB5A 2Z37A 3NYAA 2RSCA 3TMUA 3A6CY 5C6IA 4WLDA 1MLCE 1L27A 5LIOA 2BQDA 4I7SA 3AGIA 5HQ1A 1P3NA 2HEFA 4YENA 1LJNA 1L48A 1D9UA 1GFUA 4CGEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EKS A;  5APD A;  2B6X A;  1GEV A;  4OOT A;  4M6D A;  4HJZ A;  1L82 A;  4NHP A;  4Z98 A;  4WG1 A;  3G3B B;  1HEW A;  1L95 A;  1WQR A;  3TXB A;  182L A;  1LHI A;  2CJL A;  4EXM A;  2XJW A;  5KXL A;  2RB0 X;  102L A;  4NHT A;  1B7O A;  2F4A A;  5LAG A;  4R6C A;  3DMV A;  1KW5 A;  1D2W A;  2ZIJ A;  4I7N A;  1L91 A;  2MEG A;  1SSW A;  1LYS A;  4TSB A;  2MEE A;  3DMX A;  1C6T A;  2MEH A;  2HUM A;  1LW9 A;  255L A;  2CUU A;  1QTD A;  3DN4 A;  1KXW A;  1GFR A;  5EBH A;  1IC5 Y;  1JKD A;  1D0M A;  1C64 A;  6LYT A;  1REZ A;  5D5C A;  4NHI A;  199L A;  4G4C A;  2A7F A;  247L A;  1GFH A;  3SB7 A;  1LJK A;  3ODU A;  3DN3 A;  4BAF A;  5KXO A;  1L98 A;  1IC7 Y;  4NSG A;  3VW7 A;  1WVU A;  1FDL Y;  4W56 A;  169L A;  4N8Z A;  3DKE X;  3HBD A;  156L A;  4LYZ A;  4YEO A;  1L52 A;  2LYM A;  5I5Q A;  1XGQ C;  3A8Z A;  1RJC B;  5DN5 A;  151L A;  1WQP A;  4N9R A;  1C45 A;  4PJ2 C;  209L A;  3IWR A;  4CFO A;  1A4V A;  1LKR A;  4H94 A;  1RCM A;  2LHM A;  1FLQ A;  5DL9 A;  258L A;  2RB1 X;  2BQF A;  3TXE A;  1C67 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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