4NG8A

Dialyzed hew lysozyme batch crystallized in 1.9 m cscl and collected at 100 k.
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ng8A00
2H5ZA 2YSSC 2XBSA 1LHJA 5KY1A 4E3UA 5LVHA 1IWUA 2DQJY 4GCEA 3W6DA 4YF2A 4GCCA 133LA 4MR1A 3T36A 1G7JC 1UA6Y 4YEMA 4J1AA 1QUTA 5IHGA 1FLYA 1JITA 1N4FA 5DM9A 1GFHA 1XGPC 2YBJA 2EQLA 1NKHA 3QE8A 3WXUA 2HECA 4IJ4A 4G4BA 1GFRA 2Z19A 1LZ8A 4WO9A 1LHLA 1LSAA 2I26L 1HELA 4B4JA 1TCYA 1UIFA 1VDPA 1YQVY 1NBYC 1LMQA 2A7DA 4XADA 3WU9A 3RU5A 1REYA 1HEQA 3CT1A 1B2KA 4AGAA 1IC4Y 5FELA 2EKSC 5LAFA 2ZQ3A 4LYMA 1GE4A 4ZIXA 1GFVA 1LJFA 1OP9B 1BB6A 4HV2A 4B49A 1BB3A 1D0MA 1EQ5A 1LHMA 4H9CA 4YOPA 5LINA 1IC5Y 5ILCA 1BB4A 1B9OA 135LA 2BQEA 4KPMA 2XJWA 4TWSA 1REXA 1RE2A 1IORA 3LYZA 1I20A 1B7MA 1SQ2L 2HEDA 4OWHA 1HFYA 4B4EA 3A67Y 5F9XA 1LZBA 4OWCA 5APFA 3TMUA 5LA8A 4WL6A 5LAGA 4XJDA 4LYTA 2MEGA 1OUCA 4ET9A 4H9HA 1LZCA 4G49A 1LZRA 3WW6A 1J1OY 1GB9A 1JKAA 1OUBA 4XENA 3AW6A 3EBAB 1G7MC 4LT2A 1GF4A 1BVXA 4R6CA 4B4IA 2BQNA 1T6VL 2CGIA 2DQDY 3W6CA 5LYMA 2BQJA 1JKDA 1MLCE 4H93A 1LSCA 2C8PA 1GBWA 4C3WA 1QSAA 1DPWA 1LMCA 1GBZA 1LJEA 1IP3A 2Z2EA 4H8ZA 1LMOA 4WOAA 3TXKA 3WPJA 2H9JA 3ULRA 3WXTA 1YAMA 1YKXX 193LA 3B0IA 4NWEA 4TTDA 4XYYA 1WQNA 4WG1A 1JISA 1OQMA 5FEKA 4LYOA 1OUGA 3CT0A 1GB6A 5HQ1A 1GE0A 4Z98A 5C6JA 208LA 4FJRA 4ANRA 1HC0A 4H9FA 3IWRA 4PRQA 5B1GA 1YAQA 1TEWA 4DWXA 2DQFC 5FDJA 7LYZA 1LZTA 4WG7A 4WM4A 5FHWA 4LT0A 3TMXA 4RLMA 4LFPA 1IWWA 1CKHA 1UIGA 1XSFA 1D6PA 4KL7A 4N1CC 4PRUA 1GEVA 1C7PA 1YIKA 4J1BA 1UACY 2MEHA 3WW5A 4WLXA 1H6MA 1B5WA 1BHZA 1OUHA 5DLAA 2D4JA 5LVJA 4PPOA 1NQIA 1B7RA 4DT3A 3OJPA 1IEEA 5B59A 2W1LA 4NY5A 1ALCA 1JTTL 2DQHY 2DQGY 2H9KA 2G4QA 3WL2A 1FLWA 4HPIA 1REMA 5J7CA 1NHEA 2BQKA 1HF4A 5K7OA 5KXXA 4NHTA 2LZ2A 4RDSA 5C6IA 2HEAA 3IJUA 2F4GA 1WVUA 4LGKA 3WPLA 3K3TA 3WVYA 4WLDA 1UIBA 3D3DA 1OUJA 1DZBX 4XJIA 1LZ6A 4BAFA 2BQMA 2EIZC 3P4ZA 1VDQA 5FCPA 1CJ7A 2MECA 2RSCA 1IVMA 1DXJA 4XJHA 1XEKA 1FKVA 4BAPA 3B0OA 1GB0A 1JTPL 3FE0A 1BGIA 3W6EA 1LZ5A 1RCMA 2HTXA 3A6CY 5LA5A 1CKCA 1AKIA 1LSFA 3RNXA 3A95A 4QDNA 4GN4A 1GF9A 1LJKA 4LFXA 3AGHA 1IOTA 3ZEKA 1CKGA 1LHKA 3A90A 1JIYA 3M3UA 5HMVA 1DKJA 4U3XB 4I8SA 1GB5A 2GV0A 3F6ZA 2ZNWY 1IWVA 1DKKA 1BWJA 1HHLA 2BQHA 3M18B 1RJCB 4DYGA 2VB1A 1HENA 8LYZA 5II3A 1RFPA 4NHIA 3RW8A 4NEBA 1NDGC 4H9AA 9LYZA 1GFGA 1KXWA 1IO5A 4N9RA 5F9UA 1B7LA 1OUFA 1HEPA 1IP7A 1WVVA 1LKSA 4DD1A 4EOFA 4R0FA 2X0AA 1CKFA 1Z55A 1G7HC 1LCNA 2CDSA 3AB6A 4G9SA 4MCKA 1D6QA 1GDWA 2G4PA 1A4VA 1LZ9A 5B06A 5T3FA 1GEZA 2MEIA 1UIAA 4I0CA 2HUBA 1GF8A 1QTKA 3W6BA 2ZQ4A 2BQGA 2DBTA 4H1PA 1RI8B 4H9IA 5A3EA 1LZSA 1B7SA 1JKCA 1LJJA 3AGGG 2I6ZA 1HNLA 1LZAA 4LZTA 5KKIA 2BQOA 1IR7A 1F10A 1VDTA 4WM1A 4QGZA 1XGRC 1YKZX 3CSQA 1I56A 1LYOA 1YILA 1GF7A 1IOCA 3HFMY 1EL1A 4ETCA 3WUNA 1IP1A 1LPIA 5I4XA 4WM5A 1JJ0A 4NIJA 5KXPA 3D9AC 1WQRA 4G4CA 1QTEA 4MSTA 4CHXA 5LXWA 1B5XA 3B0KA 1YKYX 3A96A 4UWUA 1LJ3A 1WQOA 2PC2A 3CT5A 1WQQA 5L3HA 4NGVA 2DKVA 4QY9A 1BB7A 1LMNA 2XBRA 5LVKA 5FSTA 1INUA 5JENB 2W1XA 1FBIX 1JWRA 1LSEA 4O34A 2HU1A 1OUEA 3CSZA 1IP2A 4TSCA 3TXIA 3HBEX 1GAZA 1NDMC 2BAAA 4OOTA 5KXZA 2DQCY 2LYMA 1V7SA 3EO5A 3A91A 4DDCA 2BQDA 1LSDA 2MEBA 1GXV2 4NGJA 2Z2FA 4HJYA 4A7DA 4ETDA 4CGEA 4HSFA 2WARA 1LSPA 4H92A 1GB3A 4N8ZA 4KXIA 2F30A 4Z3MA 4GLAA 1UC0A 3CSRA 2ZIJA 1IR8A 4LT3A 1DPXA 1ZVYB 1AZFA 1XFPL 2ZIKA 1LOZA 1C45A 4WM2A 1LMPA 3P68A 4B1AA 1HSXA 1TBYA 2BQFA 1UUZC 2NWDX 3EXDA 4GN3A 1XGUC 1B0DA 3MGWA 3P64A 4RW1A 3IJVA 5L3IA 4WLYA 4XJBA 4NG1A 1W6ZA 1GAYA 4L41A 4NGZA 2CWIA 1DI3A 4OW1A 5KXRA 5LVIA 1O23A 1GFUA 2D91A 1LZ4A 1GD6A 2D6BA 4ETBA 4OWEA 1LSMA 2LYOA 3WU7A 1C08C 4LYBA 2W1MA 4OOOA 2F4AA 4H9BA 2FBBA 4GCBA 1V7TA 1NWGA 2ZWBA 1NMMA 4LYZA 2BQBA 4X3BA 4TX7A 5B05A 1YANA 4H94A 2Z38A 4NGYA 4LT1A 3VWOA 2I25L 1DI5A 153LA 1PS5A 1IP5A 4UWNA 4HJZA 2BQIA 2FYCA 5LYZA 4P2EA 1W08A 4HTQA 1HFXA 5HNCA 4NSHA 1HERA 5I5QA 3TXJA 4IATA 1LSYA 3AYQA 1B5YA 1JEFA 4QEQA 1LZNA 1LKRA 2DQAA 132LA 3A34A 4N1EI 134LA 2B5ZA 2HU3A 2Z39A 1C43A 6LYZA 5I4WA 1LMTA 1GF0A 1B7NA 1AT5A 1J1PY 5HNLA 2BQLA 5KXKA 4XN6A 1FDLY 2YBIA 1LJIA 2Q0MX 1FN5A 1B5UA 1IWXA 4DD0A 4BADA 4II8A 1OUDA 4XJFA 2FBDA 3G3BB 2YBHA 1GFJA 1VEDA 3W3EA 4TSBA 4ZFPA 2ZYPA 3LHMA 2AUBA 4AXTA 1CNSA 1YL1X 4OWBA 1QSWA 2F2NA 3GXKA 3WUMA 3AGIA 1IC7Y 1YROA 1JKBA 2CJLA 1IWYA 2MEAA 4NG8A 1D0KA 4RW2A 4DC4A 1LYZA 4H90A 3G3AB 4WL7A 3J4GA 5ILFA 5I54A 4W96A 4GCDA 2DQEY 1IOSA 3A93A 5KXOA 1UCOA 2XTHA 4NGKA 3B6LA 1B7PA 1QQYA 3QY4A 1GF5A 1IOQA 1LZYA 1UIDA 1GBXA 1P2CC 3TMWA 2HEFA 1LZDA 4H8XA 5DN4A 154LA 1MELL 3ATNA 3AW7A 3WULA 3GXRA 1HSWA 1D9UA 1GB8A 1KXXA 5KKJA 5L9JA 3TMVA 4ZEEA 5C6LA 2FYDA 1CJ9A 3AZ5A 5KXYA 1LJGA 2BQAA 1LZEA 6LYTA 1IR9A 5I4YA 1T3PA 1GE2A 3TXHA 1QIOA 3P65A 2D4IA 1CKDA 1GBOA 1XGQC 5IELA 1B7QA 1C46A 1LHHA 2YBNA 3A3RX 4DD2A 3ZVQB 4H91A 5E4PA 1J1XY 1KIQC 1AT6A 4DDAA 4UWVA 3LYOA 5KJ9A 1GXXA 1LMAA 4NSJA 3WPKA 3RZ4A 2YVBA 1F6RA 1F0WA 1IX0A 1EQ4A 2BQCA 3HBDA 4N0JA 1QUSA 1KXYA 1LJHA 2A7FA 4HPEA 4XJGA 4OWAA 1G7LC 1ZVHL 2D4KA 1ZV5L 4ETEA 3ATOA 5APCA 1QDTA 3N9AA 3P66A 1IWTA 4WM3A 1GBYA 4WLTA 3E3DA 5D5CA 4NHPA 4HJVA 4J7VA 4GLVA 2MEEA 3TXFA 1NF5A 1FKQA 5DN5A 5DL9A 1QDRA 1GF3A 1UIHA 5HMJA 5HLLA 1ZMYL 1JSEA 1JJ1A 1HEWA 4HP0A 1JTOL 3WUAA 2DQIY 4J0LA 1XEJA 2C8OA 2HEEA 5KXMA 1IY3A 1E8LA 1JUGA 3CQLA 1JHLA 4CFPA 3BKHA 4YM8A 5B1FA 1LSZA 1BWIA 1GFTA 2G4NA 1YAOA 3T6UA 1BVKC 3W6AA 1GBSA 3EMSA 4BS7A 3AZ6A 1HEMA 5KXTA 2N5ZA 2Z18A 1PZYA 3A92A 4CJ2A 1IP4A 2Z37A 4GN5C 5KXNA 1GHLA 1GE3A 4HV1A 3N9CA 4W94A 3TXGA 4NFVA 1HMKA 2MEDA 4FDYA 1AM7A 5LIOA 4DD9A 1REZA 3CB7A 3KAMA 3LZTA 5I53A 194LA 2ZNXY 4Z46A 2Z12A 3AZ4A 3WYHA 4H8YA 1BB5A 4RLNA 1BWHA 1SLYA 4C5FA 1NBZC 1WQMA 3N9EA 1XEIA 4Z41A 1UBZA 1TAYA 1GB7A 1B5ZA 1IIZA 4YEOA 2EPEA 4WO6A 3TXDA 1G7IC 1VDSA 2YDGA 3WH1A 4CFOA 1BQLY 1LTMA 3B72A 1F6SA 5EBHA 4NHQA 1HEOA 1I1ZA 2ZILA 3A94A 5KXWA 1A2YC 5M1YA 1LJNA 1VATA 1DQJC 3AJNA 4NGOA 2W1YA 1GB2A 5IDDA 3A3QA 1EQEA 4M4OA 2LYZA 2YBLA 3LN2A 4HTKA 4NGIA 4H9EA 4EMNA 4ML7A 3LZ2A 1LHIA 4LYCA 4PJ2C 4WM6A 3AZ7A 1CJ6A 1OUIA 5D5FA 5F14A 1CJ8A 1IP6A 2BPUA 4IASA 1WTNA 4NHSA 5KXSA 5APEA 3SP3A 1IY4A 1TDYA 3QNGA 1VAUA 3WMKA 4PHIA 4NSGA 4DDBA 1UICA 3ZVQA 1WTMA 1YL0X 4NGWA 2IHLA 4G4HA 4N5RA 1KIRC 3WU8A 2Y8PA 1WQPA 2ZYCA 3J6KA 1B5VA 1C10A 1HFZA 1GDXA 1JPOA 2BLXA 4NWHA 1LSBA 4YENA 1DI4A 3FI7A 4ETAA 3RT5X 2YBMA 1B7OA 4M6DA 1LAAA 3TXEA 1LSGA 1GWDA 4TUNA 1YAPA 3A6BY 1LZ1A 4NSIA 5E9RA 207LA 4DD3A 3OK0A 5KXLA 2MEFA 5F16A 4GCFA 5AMYA 3HBHA 1LSNA 3WVXA 4HTNA 4B0DA 1JSFA 4D9ZA 1LZGA 5A3ZA 1LJ4A 1LYSA 1XGTC 3A8ZA 1H87A 2IFFY 1GE1A 3BKVA 4DD7A 1GFKA 1IWZA 1GF6A 1GFEA 5LYTA 1UIEA 5APDA 5F81A 3TXBA 4ET8A 3LYTA 3W6FA 1GPQC 2HEBA 2LZTA 1D0LA 1JJ3A 1GFAA 1OUAA 2BLYA 2LHMA 4PGJB 4KT3A 5LVGA 1VFBC 1FLUA 4NGLA 1FLQA 1KIPC 1LYYA 4WMGA 1HMLA 5B07A 3LYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHJA 1IWUA 4MR1A 1L72A 5IHGA 3HT6A 2EQLA 3WXUA 4G4BA 1LZ8A 4WO9A 1LHLA 4B4JA 1VDPA 1CV0A 2A7DA 1CX6A 4ZPUA 195LA 1GE4A 1GFVA 1OP9B 4HV2A 4B49A 1L16A 1D0MA 1L57A 1BB4A 2BQEA 3OE9A 1L81A 1IORA 3LYZA 4ARJA 1B7MA 1LZBA 1L11A 5LA8A 4XJDA 3HT7A 4G49A 180LA 1J1OY 3EBAB 1G7MC 4LT2A 1GF4A 1BVXA 4B4IA 2BQNA 3GUKA 1KY1A 2BQJA 4H93A 1L93A 2C8PA 1QSAA 1GBZA 1IP3A 2HUMA 1LMOA 1ZURA 3ULRA 3B0IA 4NWEA 1WQNA 1JISA 1OQMA 5FEKA 1OUGA 2Q9DA 3RZEA 129LA 4PRQA 5B1GA 3HU9A 1YAQA 1TEWA 2DQFC 5FDJA 5FHWA 4LFPA 4EXMA 4I7RA 1UIGA 1XSFA 4PJZA 1G0MA 3HUKA 4PRUA 1GEVA 1L68A 1L22A 3DN1A 3LZMA 4ARQB 1H6MA 192LA 1OUHA 2D4JA 5LVJA 4PPOA 5B59A 1IEEA 1QT3A 3C7YA 1CV3A 1KS3A 3FA0A 1CUQA 2G4QA 1NHEA 5K7OA 233LA 5KXXA 5C6IA 3IJUA 2F4GA 4LGKA 3WVYA 3K3TA 1LWGA 1LZ6A 3FADA 1XEKA 130LA 4BAPA 1JTPL 3SBAA 3W6EA 253LA 3A95A 144LA 143LA 1CKGA 3M3UA 1LLHA 161LA 172LA 2RBSA 1IWVA 1BWJA 1HHLA 5II3A 1RFPA 4H9AA 226LA 1B7LA 1WVVA 4I7JA 4DD1A 4EOFA 1L08A 3CDTA 1L0KA 3OE6A 2B6XA 2LC9A 4W54A 1L86A 1GEZA 4I0CA 2HUBA 2ZQ4A 125LA 1CTWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2H5Z A;  2YSS C;  2XBS A;  1LHJ A;  5KY1 A;  4E3U A;  5LVH A;  1IWU A;  2DQJ Y;  4GCE A;  3W6D A;  4YF2 A;  4GCC A;  133L A;  4MR1 A;  3T36 A;  1G7J C;  1UA6 Y;  4YEM A;  4J1A A;  1QUT A;  5IHG A;  1FLY A;  1JIT A;  1N4F A;  5DM9 A;  1GFH A;  1XGP C;  2YBJ A;  2EQL A;  1NKH A;  3QE8 A;  3WXU A;  2HEC A;  4IJ4 A;  4G4B A;  1GFR A;  2Z19 A;  1LZ8 A;  4WO9 A;  1LHL A;  1LSA A;  2I26 L;  1HEL A;  4B4J A;  1TCY A;  1UIF A;  1VDP A;  1YQV Y;  1NBY C;  1LMQ A;  2A7D A;  4XAD A;  3WU9 A;  3RU5 A;  1REY A;  1HEQ A;  3CT1 A;  1B2K A;  4AGA A;  1IC4 Y;  5FEL A;  2EKS C;  5LAF A;  2ZQ3 A;  4LYM A;  1GE4 A;  4ZIX A;  1GFV A;  1LJF A;  1OP9 B;  1BB6 A;  4HV2 A;  4B49 A;  1BB3 A;  1D0M A;  1EQ5 A;  1LHM A;  4H9C A;  4YOP A;  5LIN A;  1IC5 Y;  5ILC A;  1BB4 A;  1B9O A;  135L A;  2BQE A;  4KPM A;  2XJW A;  4TWS A;  1REX A;  1RE2 A;  1IOR A;  3LYZ A;  1I20 A;  1B7M A;  1SQ2 L;  2HED A;  4OWH A;  1HFY A;  4B4E A;  3A67 Y;  5F9X A;  1LZB A;  4OWC A;  5APF A;  3TMU A;  5LA8 A;  4WL6 A;  5LAG A;  4XJD A;  4LYT A; 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 1A2Y C;  5M1Y A;  1LJN A;  1VAT A;  1DQJ C;  3AJN A;  4NGO A;  2W1Y A;  1GB2 A;  5IDD A;  3A3Q A;  1EQE A;  4M4O A;  2LYZ A;  2YBL A;  3LN2 A;  4HTK A;  4NGI A;  4H9E A;  4EMN A;  4ML7 A;  3LZ2 A;  1LHI A;  4LYC A;  4PJ2 C;  4WM6 A;  3AZ7 A;  1CJ6 A;  1OUI A;  5D5F A;  5F14 A;  1CJ8 A;  1IP6 A;  2BPU A;  4IAS A;  1WTN A;  4NHS A;  5KXS A;  5APE A;  3SP3 A;  1IY4 A;  1TDY A;  3QNG A;  1VAU A;  3WMK A;  4PHI A;  4NSG A;  4DDB A;  1UIC A;  3ZVQ A;  1WTM A;  1YL0 X;  4NGW A;  2IHL A;  4G4H A;  4N5R A;  1KIR C;  3WU8 A;  2Y8P A;  1WQP A;  2ZYC A;  3J6K A;  1B5V A;  1C10 A;  1HFZ A;  1GDX A;  1JPO A;  2BLX A;  4NWH A;  1LSB A;  4YEN A;  1DI4 A;  3FI7 A;  4ETA A;  3RT5 X;  2YBM A;  1B7O A;  4M6D A;  1LAA A;  3TXE A;  1LSG A;  1GWD A;  4TUN A;  1YAP A;  3A6B Y;  1LZ1 A;  4NSI A;  5E9R A;  207L A;  4DD3 A;  3OK0 A;  5KXL A;  2MEF A;  5F16 A;  4GCF A;  5AMY A;  3HBH A;  1LSN A;  3WVX A;  4HTN A;  4B0D A;  1JSF A;  4D9Z A;  1LZG A;  5A3Z A;  1LJ4 A;  1LYS A;  1XGT C;  3A8Z A;  1H87 A;  2IFF Y;  1GE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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