3GUPA

T4 lysozyme m102e/l99a mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
162
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAINEVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Use of stabilizing mutations to engineer a charged group within a ligand-binding hydrophobic cavity in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 54
structure length 161
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3gupA00
1C67A 2O79A 2ANVA 139LA 2QB0B 249LA 2NTGA 1G0LA 3GUMA 3HTGA 1CVKA 1L11A 3LZMA 4ZPUA 226LA 151LA 191LA 1L91A 1L15A 1KY1A 1L24A 110LA 2O7AA 3GUIA 4K5YA 1C64A 140LA 1OVKA 3C8SA 198LA 2OTYX 168LA 4I7RA 1C6BA 1L87A 1CV4A 1LYHA 1P7SA 227LA 3HH5A 1C69A 1L43A 7LZMA 1QUHA 1L16A 1LYEA 3CDVA 1QTZA 115LA 1L39A 3GUNA 122LA 1D2WA 1L70A 3F8VA 2F47A 3OE8A 1I6SA 195LA 3DMVA 1OYUA 1QUGA 260LA 3FADA 1G07A 4W56A 1CU6A 1OWZA 238LA 1C60A 236LA 223LA 3HH6A 1LGWA 241LA 1PQDA 4DKLA 1L33A 3PBLA 2RAYX 1L00A 1L20A 1P3NA 1L86A 1WTHA 1JQUA 1QS9A 3SN6R 170LA 1D3NA 171LA 4EKRA 1CU5A 1L17A 1L88A 182LA 2L78A 2B6WA 1C6NA 138LA 3DN0A 4EJ4A 103LA 1L61A 3HTBA 4ARPA 2ANXA 1L05A 2CUUA 1CTWA 3PDSA 1JTMA 1CX6A 1EPYA 3HH4A 1L90A 1L63A 4W53A 3HWLA 3SB6A 257LA 4OO9A 1L54A 234LA 4ARMB 1C6PA 1L01A 4ARJA 3G3VA 4W59A 259LA 1KS3A 4YXAC 131LA 1OVHA 1L97A 1QTHA 1L94A 4LDLA 2RB1X 1OWYA 4W51A 1CV6A 1LGXA 209LA 1L75A 206LA 1CV5A 1LYIA 1OV7A 1C68A 1LI2A 1L77A 3SB5A 2LC9A 235LA 164LA 4I7MA 4DAJA 1SWZA 163LA 1L46A 219LA 3OE6A 218LA 1C6JA 1D3MA 2QARC 1G06A 145LA 3DN8A 1L37A 190LA 1QTBA 1L26A 4PJZA 220LA 2LZMA 1L30A 3JR6A 3HUQA 3VW7A 4GRVA 1D9WA 4LDOA 200LA 3DN6A 4GBRB 173LA 1L0KA 1L71A 205LA 1T97A 1T8FA 4EKQA 2LCBA 3SBAA 1L58A 2F2QA 1G0GA 102LA 1L59A 1SSWA 4ARQB 185LA 3HUAA 155LA 1LYGA 1L29A 3C80A 125LA 5I14A 1P46A 157LA 1L56A 1PQMA 1L79A 2RB2X 3NYAA 2RBOA 1C65A 120LA 1L62A 213LA 3DN4A 4I7QA 1CU3A 1C6AA 1LLHA 192LA 196LA 1DYAA 1L18A 1LWKA 1NHBA 118LA 214LA 3HU9A 4EPFA 229LA 1P36A 123LA 4E97A 2O4WA 3C7ZA 1L21A 1P2LA 177LA 3HT7A 5LZMA 1CV1A 261LA 150LA 1T6HA 1L80A 3G3WA 1L10A 1DYEA 1PQIA 1L03A 112LA 1CU0A 3V2YA 2RBSA 1C6MA 1P5CA 224LA 2Z6BA 1L09A 3HU8A 4I7KA 3OE0A 258LA 2B73A 247LA 1LI3A 3L2XA 1ZWNA 3HH3A 3HTDA 1L42A 199LA 1L64A 2HUKA 1PQOA 1ZYTA 1P37A 3C82A 1L02A 142LA 237LA 4W52A 181LA 4ARLA 2OE4X 4I7OA 1L51A 1C6IA 1LGUA 1L82A 1L53A 1L72A 3HTFA 3C7WA 3K2RA 222LA 3ODUA 104LA 4W57A 1L49A 176LA 1L45A 4ARMA 225LA 1L95A 1QUDA 1XJUA 149LA 1OV5A 3GUJA 4EKPA 1D3JA 2HULA 2OE9X 167LA 1PQKA 1P64A 2OU9A 4YX7C 1L84A 1SX2A 1SWYA 3G3XA 4S0WA 1L47A 1K28A 3EMLA 1KW5A 3UONA 3HDFA 3SB9A 221LA 1C6GA 148LE 3DKEX 1LPYA 1G1VA 2OE7X 1L69A 107LA 1XJTA 2A4TA 4I7TA 3C8QA 158LA 216LA 2HUMA 3SB7A 4PK0A 1QT3A 240LA 1XEPA 3FI5A 4DJHA 1DYDA 186LA 1C63A 1QUOA 1DYFA 1L74A 169LA 111LA 1L93A 1L38A 2B72A 4I7PA 4LZMA 1L32A 147LA 161LA 1OVJA 1L23A 3GUPA 3V2WA 3DN3A 4EXMA 3C7YA 250LA 1C6LA 1L57A 1L07A 141LA 2RBPA 1L22A 3NY9A 1CV0A 128LA 146LA 183LA 1QTDA 174LA 1P56A 1CV3A 1D3FA 152LA 160LA 1L73A 1L67A 2NTHA 3L64A 4LDEA 215LA 4ARQA 4W55A 3QAKA 2B74A 1L28A 256LA 2B6ZA 1L68A 211LA 1G1WA 2RB0X 4YXCA 1L89A 1TLAA 1ZURA 2RBQA 4IAPA 1L99A 4AQNA 4W54A 3DMXA 1L50A 1G0MA 2OU0X 1L08A 1SX7A 1L40A 1P2RA 109LA 1QS5A 1C6DA 2B6YA 114LA 1L34A 1L55A 129LA 2RH1A 3HT8A 189LA 2RBNA 242LA 217LA 1LYJA 1L25A 2B75A 1L13A 1JTNA 1B6IA 1L48A 3CDRA 2Q9DA 1CUPA 1C6EA 3DN1A 244LA 1L96A 1L76A 2B7XA 252LA 2B6XA 1C6TA 1LYFA 1P6YA 201LA 1L36A 3CDTA 1LYDA 1L31A 4I7SA 188LA 1QSQA 1L19A 1L0JA 228LA 3D4SA 4EKSA 2OU8A 1L81A 243LA 3SBBC 1L83A 2F32A 1C6QA 212LA 1L60A 3SB8A 1QTCA 3DMZA 1L14A 197LA 210LA 3CDQA 1C62A 3HT6A 4W58A 1L92A 230LA 127LA 1SSYA 3RUNA 3GUOA 1KNIA 1T8AA 239LA 251LA 2B70A 4I7NA 4EPIA 1DYCA 253LA 3GULA 3HUKA 178LA 162LA 245LA 165LA 1QT8A 1DYGA 3C81A 3CDOA 119LA 3DN2A 3RZEA 4I7JA 246LA 1L85A 1C6KA 262LA 1D2YA 3F9LA 3OE9A 2Q9EA 166LA 113LA 1L41A 3DNAA 1QT7A 248LA 137LA 1L06A 1G0QA 3HT9A 1C6FA 1L98A 1C6CA 184LA 187LA 2OTZX 1G0KA 1C61A 1LI6A 1L66A 3C83A 1QTVA 1L27A 3NY8A 1DYBA 231LA 3FA0A 172LA 180LA 233LA 255LA 1CUQA 2RAZX 175LA 1QT4A 1G0JA 1QSBA 1T8GA 254LA 1QT6A 126LA 2B6TA 156LA 2RBRA 108LA 232LA 3HDEA 1KY0A 3GUKA 1L35A 1L52A 1L65A 1CX7A 1CU2A 2OEAX 1PQJA 1L12A 130LA 4I7LA 1QT5A 1C6HA 1L04A 143LA 144LA 1LWGA 1L44A 1LW9A 2IGCA 1G0PA 3C8RA 6LZMA 159LA 1C66A 1KW7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RI8B 1LJGA 4FJRA 3LZMA 1XEKA 1GD6A 151LA 2C8PA 3GUIA 1C64A 4GN4A 1DI3A 1IR8A 3B0KA 4KPMA 1GE4A 2HUBA 227LA 2LHMA 3HH5A 7LZMA 1XSFA 1QTEA 4Z46A 4YEOA 5D5CA 2F47A 3J6KA 4WO6A 1LYSA 1LZCA 4MSTA 1G07A 1CU6A 238LA 4X3BA 223LA 4PRUA 1IWXA 3PBLA 1L00A 1L20A 5APFA 1V7TA 1HNLA 1WTHA 5I4WA 1QS9A 1LZ4A 1D3NA 4EKRA 1CU5A 2BQJA 182LA 4OWHA 138LA 1BGIA 4DT3A 5B1GA 1IEEA 1CKGA 1YROA 3EO5A 4ARPA 4LYCA 132LA 2CUUA 4LYMA 1GBYA 1IWUA 1CX6A 3LYOA 3CT1A 4W53A 3HWLA 1G7JC 4G49A 1YILA 1D6PA 3QNGA 1C6PA 1L01A 4ZIXA 1BB5A 4H9AA 1LZ6A 4LT1A 1FLYA 2ZWBA 4XJDA 5F9XA 1OVHA 1JEFA 4LDLA 2RB1X 1CJ6A 1OWYA 1CV6A 4PRQA 1LGXA 5KY1A 1L75A 206LA 3M3UA 1LYIA 5KKJA 4I7MA 5KXLA 1SWZA 1GBWA 218LA 1J1PY 1REXA 5AMYA 1D3MA 1B5VA 2QARC 5LVHA 3TXHA 5KXTA 4PJZA 4BADA 1L30A 3VW7A 1H6MA 1JTPL 200LA 1B7PA 5LVGA 173LA 1L0KA 4EKQA 3A95A 3SBAA 1L58A 2CDSA 5I5QA 4DDBA 1JISA 1SSWA 1LZTA 2ZNWY 3HUAA 125LA 4WOAA 2W1YA 1GFTA 4NSJA 2IFFY 1C65A 120LA 1L62A 4OWCA 4I7QA 4NHIA 4Z98A 3VWOA 3GXRA 3TXJA 196LA 1L18A 3WPLA 1HF4A 1LHHA 5EBHA 118LA 3IJUA 1REMA 3EXDA 3M18B 1RE2A 1YL0X 4EPFA 4H92A 2G4QA 1GF6A 3C7ZA 3FE0A 2MEGA 261LA 1LMAA 1L80A 4W94A 2CGIA 1DYEA 3V2YA 4HPIA 1UICA 4G4CA 4I7KA 2ZIJA 4WLYA 1C08C 4TUNA 5C6JA 1P37A 1L02A 2LZTA 3W6EA 181LA 4ARLA 1D0MA 2ZYPA 4WMGA 3HTFA 4LFXA 3C7WA 4NG1A 104LA 1L49A 176LA 1QUDA 4N8ZA 1XJUA 3AGHA 2X0AA 3B6LA 1YAPA 1KIPC 2OE9X 3TXIA 4ZEEA 3TMVA 3G3XA 1L47A 3A96A 1PS5A 3A3RX 1G1VA 1IC7Y 1L69A 1LMPA 1XJTA 4I7TA 158LA 4H94A 3A6BY 1QT3A 240LA 3W6CA 1A2YC 2YBIA 1VDTA 4WM1A 1QUOA 1L93A 161LA 4ML7A 1TCYA 2YSSC 4OWEA 3C7YA 250LA 1JJ1A 1L57A 1PZYA 2YBMA 4GCDA 4WL7A 128LA 1WQPA 4NFVA 3AJNA 1CV3A 5F9UA 1NBYC 3WPKA 1L67A 2NTHA 3L64A 4LDEA 4ARQA 4W55A 5KXZA 1B5WA 2CJLA 1LSFA 1XGPC 1ZVYB 2B6ZA 2DQAA 1G1WA 2RBQA 4ANRA 4AQNA 2F2NA 1L50A 1G0MA 1SX7A 3A6CY 1CJ8A 4ETAA 4HTKA 2HEAA 1DKJA 3T36A 2I25L 1LJIA 189LA 1EQ5A 4RW2A 2BQKA 1GF3A 1LHIA 1VDQA 3DN1A 2G4PA 1LJ3A 4YENA 1L36A 1G7LC 4I7SA 4D9ZA 1QSQA 228LA 1IP2A 3ATNA 1IP5A 1L81A 5HNLA 1L83A 5B05A 1GFKA 1QTCA 1IC5Y 4LYBA 4LFPA 1NHEA 4W58A 3HT6A 5ILFA 1G7MC 1LTMA 1LSBA 1J1XY 7LYZA 4H8ZA 4TSCA 1XGRC 2LYZA 4BS7A 1LMCA 4AGAA 2B70A 251LA 1LSDA 4EPIA 3B0IA 4H91A 3TMWA 1DQJC 3HUKA 162LA 2WARA 245LA 3WUMA 1QT8A 1DYGA 1HFYA 1WQNA 3RZEA 4CJ2A 4I7JA 5B1FA 1L85A 1C6KA 5APCA 4M6DA 1MLCE 262LA 1D2YA 2Z2FA 3F9LA 4NGJA 3DNAA 137LA 1GE1A 1G0QA 3HT9A 4ETEA 2OTZX 1XFPL 1LI6A 3NY8A 1JWRA 231LA 1YAMA 1P2CC 3FA0A 172LA 2LZ2A 5E9RA 2Z39A 2YDGA 1IWTA 156LA 1GXXA 1MELL 1LYYA 5LXWA 1KY0A 5FSTA 3GUKA 2D4KA 1CX7A 1GFVA 2OEAX 2MEBA 3P64A 1PQJA 4IJ4A 1GBXA 3WULA 5KXNA 2EIZC 3ZEKA 1LSZA 4OWBA 1YL1X 1GF4A 3T6UA 1C6HA 1LWGA 1L44A 1GDXA 1LCNA 3CQLA 4H9CA 1WVUA 139LA 249LA 3HTGA 1CVKA 1LHMA 1QTKA 2BQIA 1LZYA 4UWNA 1L15A 4KXIA 1TEWA 140LA 2YBNA 4PJ2C 3CT5A 4NSHA 4J0LA 198LA 1UIHA 3A3QA 4I7RA 1AZFA 1GB7A 1LYHA 1N4FA 1QUHA 1LYEA 1QUTA 1QTZA 115LA 3P66A 4N0JA 1C7PA 1IWZA 4H8XA 1XGUC 2BPUA 3DMVA 3FADA 1IWWA 1QUGA 2HTXA 1WQRA 4W56A 1YAOA 3AW6A 1L33A 1OUEA 2EQLA 2BQAA 1L17A 1G7IC 1LSYA 3DN0A 1HEPA 4EJ4A 2DQFC 1F6SA 2FBDA 1LZSA 4H93A 1CJ7A 2ANXA 1EQ4A 4XADA 2ZIKA 4OWAA 3TXFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RI8 B;  1LJG A;  4FJR A;  3LZM A;  1XEK A;  1GD6 A;  151L A;  2C8P A;  3GUI A;  1C64 A;  4GN4 A;  1DI3 A;  1IR8 A;  3B0K A;  4KPM A;  1GE4 A;  2HUB A;  227L A;  2LHM A;  3HH5 A;  7LZM A;  1XSF A;  1QTE A;  4Z46 A;  4YEO A;  5D5C A;  2F47 A;  3J6K A;  4WO6 A;  1LYS A;  1LZC A;  4MST A;  1G07 A;  1CU6 A;  238L A;  4X3B A;  223L A;  4PRU A;  1IWX A;  3PBL A;  1L00 A;  1L20 A;  5APF A;  1V7T A;  1HNL A;  1WTH A;  5I4W A;  1QS9 A;  1LZ4 A;  1D3N A;  4EKR A;  1CU5 A;  2BQJ A;  182L A;  4OWH A;  138L A;  1BGI A;  4DT3 A;  5B1G A;  1IEE A;  1CKG A;  1YRO A;  3EO5 A;  4ARP A;  4LYC A;  132L A;  2CUU A;  4LYM A;  1GBY A;  1IWU A;  1CX6 A;  3LYO A;  3CT1 A;  4W53 A;  3HWL A;  1G7J C;  4G49 A;  1YIL A;  1D6P A;  3QNG A;  1C6P A;  1L01 A;  4ZIX A;  1BB5 A;  4H9A A;  1LZ6 A;  4LT1 A;  1FLY A;  2ZWB A;  4XJD A;  5F9X A;  1OVH A;  1JEF A;  4LDL A;  2RB1 X;  1CJ6 A;  1OWY A;  1CV6 A;  4PRQ A;  1LGX A;  5KY1 A;  1L75 A;  206L A;  3M3U A;  1LYI A;  5KKJ A;  4I7M A;  5KXL A;  1SWZ A;  1GBW A;  218L A;  1J1P Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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