4Z41A

X-ray structure of the adduct formed in the reaction between lysozyme and a platinum(ii) compound with a s,o bidentate ligand (9a=chloro-(1-(3'-hydroxy)-3-(methylthio)-3-thioxo-prop-1-en-1-olate-o,s)-(dimethylsulfoxide-s)-platinum(ii))
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Platinum(II) Complexes with O,S Bidentate Ligands: Biophysical Characterization, Antiproliferative Activity, and Crystallographic Evidence of Protein Binding.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-04-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4z41A00
1GB3A 3WXTA 4OWCA 1WTNA 3EXDA 2DBTA 5DM9A 1INUA 1LCNA 1AZFA 4WLTA 2YBNA 1WQOA 1TDYA 1YL0X 2LHMA 3F6ZA 4NGKA 1QDTA 4II8A 1VDSA 1LJKA 1B9OA 4OOTA 2ZYPA 3GXRA 1IEEA 2F2NA 3W6DA 1IWYA 4NGLA 4G9SA 1OUJA 4H9HA 1BB4A 5KXMA 5LINA 3ZVQB 1V7SA 1OP9B 5KY1A 1UIBA 1GFKA 3WU7A 3A96A 1KIPC 1OUFA 4E3UA 4NSIA 4ANRA 1UUZC 2BQLA 4GN4A 4NGZA 5FELA 5F14A 1C43A 1LZDA 4ETAA 4GCBA 3LN2A 1DQJC 2H5ZA 1GFUA 2BLYA 2F4AA 3E3DA 1CJ9A 4Z41A 2Y8PA 1QUSA 3WUMA 1IC7Y 4DD1A 5I54A 1LSEA 1LYOA 3J6KA 1YAMA 3WYHA 1GF9A 4H9FA 2Z12A 1CKHA 5LXWA 1YL1X 8LYZA 4EOFA 4NGJA 3TXIA 4NHTA 4PRQA 1E8LA 1VDTA 1JWRA 1LYZA 1ZVYB 2BQOA 2BQGA 2DQGY 5LVJA 1TCYA 4IJ4A 3K3TA 1PZYA 1UACY 4NWEA 5AMYA 1LMAA 1KXXA 3AB6A 5L3HA 2H9KA 3AZ5A 1LYYA 4NGVA 4WO6A 1DKKA 5F81A 3FI7A 3G3AB 1FLYA 5LIOA 4Z98A 5FDJA 1JHLA 2CJLA 1WQMA 4NEBA 4RLMA 2HU1A 3RW8A 1GB9A 1BWIA 2ZQ3A 4H92A 5ILCA 3WUNA 1CJ7A 3WH1A 1JSFA 1OUIA 3P68A 2DQJY 5I4YA 5KXKA 4M6DA 2B5ZA 1YAQA 3N9CA 2VB1A 3A91A 1D0LA 6LYZA 4ZIXA 133LA 4DYGA 4WLXA 4WM6A 4WL6A 4WL7A 2LZ2A 3A94A 3WW5A 4HPEA 1IY4A 1LKRA 1OQMA 4N5RA 4H9BA 4HTQA 4ETCA 1VATA 3N9AA 2ZNWY 1JJ3A 3LHMA 1LSDA 207LA 2CWIA 4YEMA 2LYMA 5DL9A 1XGPC 4HV2A 3TMUA 1LSYA 3RNXA 1SLYA 1LJEA 1JEFA 1YQVY 4G4HA 5KXZA 1W08A 1KXWA 5DLAA 4M4OA 1QQYA 1KIRC 1AKIA 4TWSA 1LMTA 2HEEA 3T6UA 4N0JA 2BQKA 1B7LA 1IWUA 1QTKA 5T3FA 3AJNA 1GB6A 4HTKA 4HV1A 1LZTA 1QTEA 1GB8A 3HBEX 2D4IA 1JKCA 4QGZA 4LYZA 1GE1A 4YM8A 4B0DA 1GEZA 1OUGA 4ET9A 5HLLA 1B5VA 4C3WA 5HNCA 4HTNA 4NHPA 5C6JA 4PPOA 1IP4A 1CJ6A 1GFHA 1LHHA 4LYOA 4HJVA 1LZCA 1UIAA 3HFMY 4XJIA 1CNSA 2DQFC 3N9EA 1CJ8A 1NBZC 1LAAA 1LYSA 4Z3MA 5B1GA 1QSAA 4R0FA 4NGOA 1TEWA 1C45A 4OWEA 3W6AA 1LMCA 4H9AA 3AZ7A 4LYBA 134LA 1IORA 4TUNA 4IATA 2EIZC 1DPWA 4YENA 1GAZA 1B5ZA 208LA 4N1CC 4P2EA 1D6PA 5IHGA 4BADA 1GFRA 2Z39A 1GBSA 1GWDA 1NDMC 3RZ4A 2IHLA 4HJZA 2HEAA 5L3IA 1LSCA 2BQFA 1XEJA 1HNLA 1OUAA 2C8PA 2HUBA 4LZTA 1WQNA 4XJFA 4YOPA 4H1PA 5FSTA 1FKVA 1KXYA 4H8XA 1LSPA 2BQEA 1RE2A 1GFJA 3A95A 5B06A 1LKSA 1JSEA 1B5XA 2YVBA 5M1YA 5D5FA 3TXFA 1IP5A 1YKYX 3RT5X 3A93A 4DC4A 1WQRA 1EQEA 2BQMA 2YBIA 3TXJA 1T6VL 1IWZA 3TXEA 1LSZA 2MEEA 2F4GA 1LSBA 2HEFA 2BQJA 2DQAA 1EL1A 1IC4Y 1ZVHL 2A7DA 4B4EA 2EQLA 5A3ZA 1JISA 4GCCA 1GF0A 4HPIA 1T3PA 1IP2A 3IJUA 1QSWA 4QY9A 4R6CA 1JKBA 2Z37A 4CFPA 4MR1A 1JTOL 2MEBA 1LZ4A 2ZIJA 4OWAA 1B2KA 4ET8A 4QEQA 1OUCA 3AGGG 1LHIA 4LYMA 5I4XA 1LHJA 1XEIA 5C6LA 4D9ZA 4I8SA 1AM7A 5A3EA 1HFXA 3D9AC 6LYTA 1HMKA 1B0DA 1LZEA 193LA 1NHEA 1GB0A 5APDA 4XJBA 4WM2A 3VWOA 1LSAA 4YEOA 1GB2A 1UICA 1IOCA 2BQAA 4KPMA 1VAUA 4I0CA 2NWDX 3TXHA 5HMVA 4RDSA 4AXTA 1YAPA 4LYCA 1OUEA 4NHIA 1C7PA 4UWUA 4WLYA 1RCMA 3AW6A 4GN3A 1G7LC 1G7MC 3AGHA 1CKFA 4LT0A 4CHXA 5LA5A 4G4BA 2C8OA 1HERA 3ATOA 2YBLA 1OUHA 4TSCA 4C5FA 1ZV5L 1GF8A 4LT1A 1G7IC 2MEHA 2LZTA 2Q0MX 3BKHA 3CT1A 1F10A 1LMNA 2FBDA 1LZ6A 3QE8A 5APFA 4H8ZA 2FYCA 3TMVA 2XBRA 3ZEKA 1D0MA 4ZEEA 2DQDY 1HFYA 1GDXA 1BQLY 3BKVA 4MCKA 1B7PA 3J4GA 5B1FA 1IVMA 4CJ2A 5ILFA 1WVVA 2AUBA 2BLXA 1LZSA 2W1LA 2D91A 3AZ6A 4UWVA 1B5UA 2G4PA 1GE0A 1BHZA 3WPLA 3IJVA 3P66A 1TAYA 2MEFA 4DD2A 1D9UA 4H9EA 2A7FA 4NGWA 2BQDA 3WU8A 1D6QA 1GF6A 1GHLA 1V7TA 1HC0A 1SQ2L 1IC5Y 1O23A 5LYMA 1LJHA 3W6FA 1WVUA 4XYYA 4YF2A 1LTMA 4BS7A 4RLNA 1JJ0A 4NSHA 3TMXA 2BQIA 4WM5A 5LVHA 2W1MA 2YBHA 2Z18A 3WPJA 1GF7A 4GLVA 2F30A 1GPQC 4DD0A 4PRUA 5KXTA 3CSZA 1LSMA 1FLUA 1IIZA 1IP3A 5B05A 4H91A 3WMKA 3RU5A 3TMWA 2I6ZA 3ZVQA 1UIDA 3WVYA 2I25L 1HENA 4NIJA 2BQBA 1GE3A 1GE2A 1GBWA 2BQNA 4KXIA 4LFXA 1BVKC 4GLAA 4B4JA 5KJ9A 3LYOA 1IWXA 3OK0A 1GBXA 1C08C 1NMMA 1WQQA 3KAMA 3LYTA 1RI8B 3QNGA 2GV0A 4LT2A 5KXXA 4J1AA 4DD7A 1GXV2 1CKGA 2YDGA 1GF3A 3WULA 1UIEA 1LSFA 4OWHA 1BB5A 1LZ9A 4OW1A 5C6IA 2WARA 1GFAA 4DDAA 1QIOA 2YBJA 5F9XA 3P64A 5K7OA 2Z19A 4PHIA 2Z2EA 9LYZA 1REMA 1IP6A 1DPXA 1GFGA 1LJFA 1XFPL 1FKQA 3MGWA 4NY5A 3D3DA 5EBHA 1XGUC 3GXKA 3CT5A 1IP7A 2MEIA 4ETDA 1FN5A 4H9CA 4N1EI 1XGRC 5LVIA 2I26L 2DKVA 1IOSA 4L41A 4DDCA 1IR8A 2X0AA 4U3XB 2CDSA 5I4WA 4J0LA 3EO5A 4MSTA 3CB7A 1KIQC 3LZTA 4H93A 3M18B 3WU9A 4B1AA 4DD9A 1FLQA 1BB3A 4J1BA 5F9UA 5LVGA 2D6BA 5KXLA 1JTPL 1C10A 4G49A 4NSJA 1I1ZA 4TTDA 4AGAA 4FJRA 5KXNA 5LVKA 4A7DA 1GB7A 3TXBA 1LJGA 5D5CA 3WUAA 4B4IA 1IOQA 1CKDA 3A6CY 2BQHA 3EMSA 2HEDA 4GCEA 1DI4A 1ALCA 1HEQA 1UA6Y 4DDBA 7LYZA 2XBSA 4CGEA 1OUDA 3W6EA 1TBYA 3TXGA 1JKDA 2FYDA 4WLDA 1UCOA 1JITA 4PJ2C 1AT5A 2MECA 4H90A 4WG1A 135LA 1VFBC 3CQLA 1GAYA 2ZWBA 4TX7A 1RJCB 5DN5A 3TXDA 5F16A 1I56A 4HJYA 4ETEA 1B7OA 1YKZX 3CT0A 5I5QA 4DWXA 1HMLA 1LHLA 3M3UA 4RW1A 5IELA 153LA 3EBAB 5KXPA 5LAGA 2MEAA 4BAPA 1UIFA 5II3A 4OWBA 5IDDA 3T36A 4XN6A 1H87A 3WW6A 1GFEA 1PS5A 1Z55A 1GXXA 4XJDA 1GFVA 1B7NA 3P4ZA 1I20A 4KT3A 4XJHA 5KKIA 1CKCA 3A92A 1LZAA 4NGYA 2W1YA 4ZFPA 3B72A 5KXRA 1BB6A 1DZBX 5J7CA 4J7VA 3A90A 1REXA 1YAOA 4NGIA 1GBOA 1J1OY 4GN5C 1MELL 3A8ZA 1NQIA 4XENA 1LSGA 1XSFA 1RFPA 4H94A 1AT6A 4GCDA 4OOOA 1REZA 5KXSA 1F6RA 1F0WA 5L9JA 3IWRA 1LMOA 1IOTA 1FBIX 1D0KA 1YKXX 2YSSC 1WQPA 4H9IA 1P2CC 4NG8A 1C46A 1LZBA 3WPKA 3A67Y 1LHKA 1UBZA 1HEOA 3AW7A 4O34A 4X3BA 4W94A 3B0OA 1LZ1A 2ZYCA 1LSNA 2CGIA 1JTTL 1LOZA 1NF5A 2DQHY 2HU3A 4NFVA 4WO9A 3CSRA 1XGTC 1VDQA 2DQCY 1BGIA 1GBYA 5E9RA 1WTMA 1LJ3A 4ML7A 4N9RA 2HEBA 1OUBA 1B7MA 4BAFA 1G7JC 1B7QA 2H9JA 1REYA 4HSFA 1IX0A 5KXOA 1XGQC 2BPUA 2DQEY 154LA 1A4VA 1LJJA 1J1XY 4TSBA 1YANA 1IWWA 5LAFA 1UIHA 3AGIA 4CFOA 2MEDA 3LYZA 2W1XA 1GD6A 3W3EA 1HEPA 5HNLA 1BWJA 1VEDA 1LJIA 5B07A 3CSQA 3W6BA 4B49A 3WXUA 1HEMA 2Z38A 1EQ4A 1GF5A 4LGKA 132LA 3A6BY 3B0IA 1IO5A 1ZMYL 4H8YA 2ZIKA 4WM3A 3A3RX 4WOAA 3WL2A 1HELA 1LZ8A 1LMPA 3HBHA 4IASA 1FDLY 1NBYC 2D4KA 1B7RA 1UIGA 2Z2FA 1LMQA 1QUTA 5KKJA 2G4QA 1NKHA 3QY4A 5APEA 1HF4A 1N4FA 1HSXA 1QDRA 4NSGA 3A3QA 3SP3A 1IP1A 3AZ4A 5DN4A 1H6MA 1IR7A 2ZNXY 3TXKA 5FCPA 5HQ1A 1IWTA 1LJNA 1B5YA 1B5WA 1XEKA 4NHSA 5KXWA 194LA 1B7SA 3FE0A 1LZ5A 4NG1A 2XJWA 2LYOA 3LZ2A 1HEWA 2ZQ4A 4XJGA 2RSCA 1LZNA 2G4NA 4PGJB 1BWHA 1NDGC 4GCFA 1YILA 1GEVA 5APCA 3ULRA 1LZYA 2N5ZA 2PC2A 4N8ZA 1BVXA 5I53A 1VDPA 3ATNA 1IY3A 1EQ5A 1W6ZA 3G3BB 1G7HC 2HTXA 1DXJA 2ZILA 4NHQA 1JUGA 1YROA 2FBBA 4Z46A 4LFPA 2HECA 3OJPA 4ETBA 4LT3A 2EPEA 4W96A 1HSWA 3P65A 2D4JA 4WG7A 4HP0A 5LYZA 1NWGA 4KL7A 1GBZA 1JPOA 2MEGA 5E4PA 1DI5A 1BB7A 1FLWA 5HMJA 2BQCA 1JIYA 2YBMA 3B6LA 4EMNA 1MLCE 1LZRA 5FEKA 1JKAA 5JENB 1LHMA 1J1PY 1LPIA 2BAAA 3LYMA 4NWHA 4RW2A 1GFTA 3B0KA 1F6SA 4DD3A 1HFZA 5KXYA 5FHWA 1LJ4A 3A34A 3AYQA 4QDNA 1DKJA 1GDWA 2XTHA 2EKSC 1HHLA 1JJ1A 4DT3A 2IFFY 3WVXA 5B59A 2DQIY 2LYZA 1GF4A 4FDYA 4WMGA 4WM4A 5LYTA 4XADA 1YIKA 3HBDA 1DI3A 1A2YC 1IWVA 4LYTA 4UWNA 5LA8A 4G4CA 1GE4A 1IR9A 1LZGA 4WM1A 1GB5A 1UC0A 3W6CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
213LA 3EXDA 115LA 1L12A 2YBNA 1TDYA 1L86A 4W53A 1L77A 1LJKA 3GXRA 128LA 4NGLA 4H9HA 1UIBA 4E3UA 1OUFA 1UUZC 2BQLA 4GN4A 4NGZA 5F14A 1LZDA 2RBQA 1L68A 125LA 4ETAA 3WUMA 4DD1A 3GUJA 1TLAA 3SBBC 1T8GA 1YL1X 4NHTA 1LYZA 1UACY 4ZPUA 3ODUA 3HWLA 5F81A 1DKKA 261LA 4I7JA 1XJTA 5FDJA 4NEBA 255LA 1BWIA 5ILCA 3WUNA 2Q9DA 1JSFA 2CUUA 151LA 3P68A 1L61A 1C6KA 1YAQA 2F2QA 2OE9X 2VB1A 4WM6A 1QT8A 1P5CA 1IY4A 1OQMA 4N5RA 4HTQA 3DN3A 2ZNWY 3LHMA 1LYJA 3V2WA 161LA 1L56A 137LA 1C6GA 1YQVY 5KXZA 1W08A 1KXWA 1C6QA 190LA 199LA 4TWSA 2HEEA 1NHBA 3K2RA 1QTKA 1GB6A 1LLHA 3C81A 4QGZA 4EPIA 1C6DA 5HNCA 4HTNA 1C6BA 1C6MA 4HJVA 1PQMA 1CJ8A 1LAAA 1LYSA 157LA 4R0FA 4NGOA 1C45A 4OWEA 227LA 4LYBA 134LA 1DPWA 233LA 1B5ZA 4P2EA 1D6PA 1GFRA 2IHLA 4W58A 5L3IA 1XEJA 1WQNA 165LA 4XJFA 1FKVA 2B6WA 4H8XA 159LA 1RE2A 5B06A 169LA 1LKSA 2YVBA 3TXFA 2XQOA 3RT5X 2B6TA 3A93A 4DC4A 1WQRA 2BQMA 2YBIA 3TXEA 1LSZA 2MEEA 1C66A 1CUQA 1ZVHL 2A7DA 2QARC 1L43A 2RBRA 4GCCA 1L07A 1IP2A 3HDEA 3GULA 1ZYTA 4AQNA 1LHIA 3NY8A 2O79A 2NTGA 4LYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB3 A;  3WXT A;  4OWC A;  1WTN A;  3EXD A;  2DBT A;  5DM9 A;  1INU A;  1LCN A;  1AZF A;  4WLT A;  2YBN A;  1WQO A;  1TDY A;  1YL0 X;  2LHM A;  3F6Z A;  4NGK A;  1QDT A;  4II8 A;  1VDS A;  1LJK A;  1B9O A;  4OOT A;  2ZYP A;  3GXR A;  1IEE A;  2F2N A;  3W6D A;  1IWY A;  4NGL A;  4G9S A;  1OUJ A;  4H9H A;  1BB4 A;  5KXM A;  5LIN A;  3ZVQ B;  1V7S A;  1OP9 B;  5KY1 A;  1UIB A;  1GFK A;  3WU7 A;  3A96 A;  1KIP C;  1OUF A;  4E3U A;  4NSI A;  4ANR A;  1UUZ C;  2BQL A;  4GN4 A;  4NGZ A;  5FEL A;  5F14 A;  1C43 A;  1LZD A;  4ETA A;  4GCB A;  3LN2 A;  1DQJ C;  2H5Z A;  1GFU A;  2BLY A;  2F4A A;  3E3D A;  1CJ9 A;  4Z41 A;  2Y8P A;  1QUS A;  3WUM A;  1IC7 Y;  4DD1 A;  5I54 A;  1LSE A;  1LYO A;  3J6K A;  1YAM A;  3WYH A;  1GF9 A;  4H9F A;  2Z12 A;  1CKH A;  5LXW A;  1YL1 X;  8LYZ A;  4EOF A;  4NGJ A;  3TXI A;  4NHT A;  4PRQ A;  1E8L A;  1VDT A;  1JWR A;  1LYZ A;  1ZVY B;  2BQO A;  2BQG A;  2DQG Y;  5LVJ A;  1TCY A;  4IJ4 A;  3K3T A;  1PZY A;  1UAC Y;  4NWE A;  5AMY A;  1LMA A;  1KXX A;  3AB6 A;  5L3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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