1P37A

T4 lysozyme core repacking back-revertant l102m/core10
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPIYDSLDAVRRAALVNMIFQIGETGAAGFTNSLRYLQQKRWDEAAVNFAKSRWYNQTPNRAKRIITVFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Repacking the Core of T4 lysozyme by automated design
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2003-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1p37A00
1L34A 3DN4A 1L01A 3C8RA 1L02A 1C68A 206LA 4I7SA 3L2XA 1L69A 1QS9A 1NHBA 3HDEA 1KW5A 1L15A 3C7YA 4OO9A 205LA 1L20A 1P3NA 1L28A 1ZURA 1LYEA 1LI6A 1L35A 1OWZA 1DYEA 2RBRA 3HTBA 1L04A 1L71A 1T6HA 6LZMA 4I7OA 1L76A 3QAKA 120LA 2O7AA 1P5CA 1L37A 1DYCA 3DMXA 3SB9A 3CDRA 251LA 4DAJA 3C83A 1CV6A 1L65A 1L60A 211LA 256LA 1B6IA 2RBQA 1C6AA 3VW7A 233LA 1C6FA 235LA 1L73A 1L86A 129LA 1C6NA 180LA 1QT8A 3EMLA 1L55A 3L64A 1D9WA 3V2YA 4W56A 5I14A 1CVKA 1L74A 1JQUA 1P36A 3F9LA 1DYGA 1I6SA 4ARMA 1L84A 4EKQA 258LA 262LA 248LA 199LA 1XJTA 3PDSA 1CV4A 1G1WA 2OEAX 158LA 3GUKA 1L21A 1L61A 4I7NA 1G0QA 212LA 3HT7A 102LA 2RAYX 1T97A 1L43A 219LA 161LA 1L42A 3F8VA 215LA 183LA 1C6PA 1L88A 3GUMA 127LA 3CDOA 1C6KA 1L03A 1L85A 2RAZX 171LA 4I7JA 3V2WA 4EPFA 2LCBA 3PBLA 1PQKA 144LA 1L14A 3HTDA 1TLAA 4PJZA 166LA 1L67A 1L25A 1SWYA 1LPYA 175LA 176LA 3SBAA 1L49A 1LYHA 3NY9A 1CU6A 253LA 238LA 1L07A 140LA 3HH4A 1L13A 4IAPA 216LA 1LYIA 3JR6A 1L10A 1L27A 1P2LA 145LA 123LA 1QUOA 1C6TA 3HT6A 240LA 115LA 1QTBA 2B73A 182LA 1C69A 188LA 3HT8A 1L99A 1SX7A 2OE4X 4W51A 1T8FA 4YXAC 1L05A 2NTHA 1QTHA 187LA 2OE7X 2RB2X 3C81A 1C63A 1CV0A 3HU9A 1C6BA 3HU8A 3D4SA 1D2YA 1L06A 148LE 1L53A 3ODUA 1L44A 151LA 3DKEX 2F2QA 255LA 241LA 1K28A 224LA 167LA 242LA 198LA 2RBOA 1CV1A 1LGXA 118LA 1LGUA 114LA 1G06A 1L64A 3OE0A 1L40A 190LA 1OV5A 1G0MA 174LA 170LA 4EXMA 178LA 1D2WA 3RZEA 197LA 1L45A 196LA 3G3XA 5LZMA 226LA 1DYAA 3GUJA 1L00A 4W59A 1L80A 1P2RA 4GRVA 1C6MA 3SB8A 1L97A 2A4TA 2B74A 2QB0B 3G3VA 2B6XA 3NYAA 4E97A 1LLHA 4GBRB 1C6GA 1LYGA 1CU5A 1L36A 2B7XA 217LA 246LA 1L17A 214LA 1LI3A 1KY1A 1L81A 2B6ZA 1C6DA 1G07A 1CV5A 1L24A 1PQDA 1LYDA 2LC9A 191LA 213LA 1QSBA 4EKSA 130LA 172LA 2O79A 1L08A 3DN0A 1C6QA 2OU9A 1C62A 4ARMB 1XEPA 1CX7A 1PQJA 1L90A 1L83A 1L77A 1L62A 1CUQA 1L82A 3FADA 1C6IA 1CUPA 141LA 2B6YA 1QTDA 168LA 3C7ZA 1QT3A 7LZMA 4EJ4A 4I7MA 1L63A 112LA 3GUOA 3CDTA 3C80A 4W55A 1L70A 3HTFA 3HUKA 223LA 1G0GA 3LZMA 3HT9A 1L31A 1C6CA 4LDEA 3SB5A 4DKLA 150LA 3CDVA 1C65A 1G0PA 2LZMA 2RB1X 1OVHA 126LA 155LA 1QUDA 2Q9DA 229LA 110LA 2OTZX 210LA 1C6JA 195LA 1L48A 181LA 1QT5A 3GULA 1L75A 1L93A 2Z6BA 3K2RA 201LA 1L72A 104LA 4AQNA 4ARQA 143LA 3NY8A 1ZWNA 2L78A 3HTGA 3RUNA 1L0JA 4W58A 1L22A 1QUHA 1L89A 1QSQA 1CU0A 1L66A 1QTVA 221LA 4EKPA 1WTHA 2F32A 3DN6A 1L95A 1L96A 4DJHA 1LI2A 2RBSA 4W53A 234LA 1LW9A 1L38A 152LA 177LA 3GUPA 1CU2A 1KY0A 3SB7A 192LA 4I7KA 186LA 4YX7C 2RBNA 1L12A 119LA 1LGWA 220LA 2OE9X 3HDFA 3HH6A 1SSYA 243LA 2B72A 107LA 108LA 169LA 1L41A 1DYDA 2IGCA 122LA 1L32A 1DYFA 1L09A 3DMZA 227LA 2B75A 4PK0A 1G1VA 2HUMA 2NTGA 250LA 4LZMA 142LA 1G0JA 4ARPA 228LA 1P7SA 4S0WA 236LA 1L30A 131LA 1DYBA 230LA 1CX6A 1L52A 139LA 259LA 1D3NA 125LA 3DN8A 1L19A 1G0LA 209LA 1L18A 1P46A 1EPYA 249LA 3FA0A 185LA 3DN3A 159LA 1C6LA 1L26A 4I7RA 1D3JA 239LA 2RBPA 149LA 1D3FA 2HULA 1C6EA 1L54A 4K5YA 1T8GA 3C7WA 1L56A 1XJUA 146LA 1C66A 1OWYA 225LA 2HUKA 3HH3A 4I7LA 200LA 164LA 2OU0X 1L91A 3DN2A 2B70A 1P6YA 1KNIA 1L92A 1L98A 3CDQA 1L68A 1QTCA 1P37A 2F47A 1JTMA 1LYJA 3C82A 173LA 3HUAA 4LDOA 1L50A 1LWGA 4W54A 231LA 2QARC 3C8QA 1CTWA 4I7TA 3SBBC 1QT7A 3DMVA 3SB6A 1L94A 3GUIA 1L0KA 1C64A 1D3MA 1L29A 1L46A 4ZPUA 1OYUA 222LA 2RB0X 3C8SA 147LA 1L79A 2OTYX 257LA 4EKRA 103LA 4W52A 2B6WA 2CUUA 2O4WA 2OU8A 1C6HA 2B6TA 3DNAA 162LA 3SN6R 1QT6A 1L11A 254LA 1L59A 3HWLA 4I7PA 1L87A 1SWZA 1SX2A 1C61A 2Q9EA 138LA 260LA 1PQOA 1SSWA 245LA 4ARQB 137LA 1KW7A 1OV7A 1L51A 111LA 1PQIA 3GUNA 218LA 1L47A 237LA 4ARLA 3OE6A 261LA 1G0KA 1L16A 1JTNA 109LA 3OE8A 1L58A 1CV3A 2ANXA 160LA 3HUQA 247LA 1L39A 1QTZA 189LA 252LA 165LA 1KS3A 3OE9A 1L33A 4ARJA 4YXCA 4EPIA 156LA 1QT4A 128LA 4W57A 244LA 1OVKA 3FI5A 1QUGA 4I7QA 1P56A 2RH1A 1C60A 1PQMA 157LA 4LDLA 184LA 1ZYTA 163LA 1QS5A 232LA 2ANVA 3UONA 1T8AA 1CU3A 1LWKA 1L23A 1P64A 1C67A 3G3WA 113LA 3HH5A 1OVJA 1LYFA 3DN1A 1L57A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L2XA 1L69A 1LZ4A 1HMLA 5KXOA 1AT5A 4OO9A 4NSJA 1L20A 1P3NA 1IORA 4NSGA 1JWRA 2DQGY 1L35A 1DYEA 5B1FA 1T6HA 3QAKA 120LA 1L37A 1WQQA 3DMXA 1B7SA 3CDRA 3N9CA 1LSPA 3C83A 4RW2A 1L60A 211LA 2RBQA 1GB2A 5FDJA 1C6FA 1D9UA 1ZV5L 235LA 4DQ7A 1L73A 180LA 1L55A 1CVKA 3N9AA 2H9JA 4Z3MA 1LJNA 4ARMA 1L84A 1WQRA 1B0DA 1G1WA 2OEAX 1L21A 3IWRA 5HQ1A 1G0QA 1HELA 5T3FA 4I8SA 4WLXA 3W6DA 5FELA 3WXTA 1L88A 3GUMA 5ILCA 1LOZA 127LA 1C6KA 1L85A 1IP5A 2LCBA 4UWVA 1GBOA 1PQKA 1DKKA 144LA 1HNLA 1REZA 1L25A 1B2KA 1L49A 5HNLA 4LT2A 1B7NA 216LA 4LYTA 2LYMA 1LJ3A 3WW5A 3A34A 2B73A 182LA 188LA 3HT8A 3IJVA 1SX7A 4KT3A 4YXAC 1L05A 1QTHA 2RB2X 1UIHA 1CV0A 3HU9A 1C6BA 3A6BY 3DKEX 151LA 2HTXA 1K28A 198LA 2RBOA 1CV1A 1LGXA 1LGUA 1VDQA 1BWIA 3W6EA 1CKDA 4IATA 5LZMA 226LA 1DYAA 4YM8A 1L00A 4LFXA 1P2RA 3AZ4A 1C6MA 1O23A 1LZRA 1JUGA 1L97A 3AGHA 4GCDA 2A4TA 2B74A 4MCKA 1QQYA 3WW6A 3G3VA 4B0DA 1A2YC 1HEOA 4KPMA 3ATNA 2BQAA 2BQKA 194LA 3AW7A 1P2CC 3E3DA 1L81A 1TEWA 1L24A 5JENB 1B5UA 4MSTA 4DD0A 1QSBA 4EKSA 130LA 5KXPA 1GB5A 1GPQC 3D3DA 4ETCA 1LZBA 1C6QA 5C6LA 3TXFA 1C62A 2YDGA 1B7LA 1L90A 1C10A 1CUQA 1C6IA 1CUPA 1N4FA 1QTDA 3RNXA 4N1CC 1IWUA 3RW8A 3ZVQA 6LYZA 4W55A 3P65A 2HUBA 3HT9A 1L31A 1LCNA 2BAAA 1GB7A 3SB5A 5F9XA 4DKLA 1B5WA 2RB1X 1B5XA 2Q9DA 3RZ4A 1C6JA 4WLYA 6LYTA 5E4PA 3GULA 1ZVHL 3K2RA 3NY8A 2FYCA 3HTGA 4W58A 1L22A 2Q0MX 1LKSA 4H92A 1D0MA 1LZTA 4HJYA 5IELA 1FKQA 2XTHA 4YENA 1QTVA 1NKHA 1B7OA 1LI2A 2RBSA 1LW9A 1AT6A 1G7MC 152LA 5B06A 1OUIA 4N1EI 1LSDA 3MGWA 1RCMA 4YF2A 2F30A 4XJHA 1L12A 3D9AC 1GHLA 3HDFA 3HH6A 243LA 2B72A 1B5ZA 4WG1A 3AB6A 122LA 1L09A 1VATA 4WM6A 1G1VA 132LA 4LZMA 5KY1A 1GF8A 4KL7A 4DWXA 1DYBA 230LA 1GE1A 1GDWA 1GB3A 1LSBA 3TMUA 3ZEKA 1EPYA 4O34A 1GFHA 1OUHA 1GXXA 2FBDA 5LYMA 4NGIA 2XBRA 239LA 1IO5A 1HC0A 1JKCA 2A7DA 2DQCY 2HULA 2BPUA 1LKRA 4P2EA 1L54A 4K5YA 1T8GA 3C7WA 1L56A 1RFPA 4OWHA 4YEOA 1C66A 4HV1A 164LA 1TBYA 3DN2A 1BB7A 1LJIA 1KNIA 1L92A 1L98A 5IHGA 3CDQA 1L68A 2MEBA 2N5ZA 1CKFA 1J1OY 3HUAA 2Z2FA 5B05A 1LWGA 231LA 2QARC 1JJ0A 3C8QA 1LZYA 5F9UA 4I7TA 4TTDA 4PGJB 1LSZA 3DMVA 3W6FA 4OOOA 1L0KA 1L46A 1RI8B 2H5ZA 2MEDA 3CB7A 3WMKA 2AUBA 1IVMA 2O4WA 4GN3A 162LA 1REXA 1IWXA 4I7PA 5ILFA 1SX2A 1T6VL 2Q9EA 1W08A 245LA 1CJ9A 4G9SA 1FLYA 1UICA 4J1BA 1L51A 4TUNA 3TXDA 1HHLA 4Z46A 5HMJA 9LYZA 1UBZA 135LA 1JTNA 4G4CA 4PHIA 1CV3A 160LA 1C43A 1AM7A 3HUQA 247LA 4XJGA 1DI3A 1IP2A 1NDMC 3J4GA 3WVXA 1B7QA 1NWGA 128LA 4W57A 244LA 1GF9A 1OVKA 3FI5A 1DI5A 1IOCA 4GCFA 2RH1A 3FE0A 2ZIKA 1OUFA 232LA 1T8AA 4NGZA 1CU3A 4XN6A 4WMGA 1L23A 1C67A 2I6ZA 3HH5A 4XENA 1L01A 1LMPA 1L02A 1C68A 2FBBA 4NGLA 1EQ4A 1QS9A 1NHBA 3HDEA 1AKIA 1KW5A 1DPWA 1L15A 1G7JC 205LA 1DQJC 1L28A 1ZURA 5C6IA 1LYEA 5DLAA 3HBDA 6LZMA 1L76A 1I20A 2O7AA 3TMVA 2EKSC 3SB9A 4QGZA 1GEVA 4DAJA 2CDSA 4OWCA 4GN5C 2MEAA 256LA 1C6AA 3CT1A 3VW7A 1C6NA 2BQDA 5I14A 3L64A 1H6MA 2Y8PA 1MELL 4DD3A 5LVJA 5L3HA 1L74A 4J7VA 2HU3A 3K3TA 3TXIA 3PDSA 1CV4A 3GUKA 158LA 1C7PA 1LJEA 1IWZA 1LYOA 1F10A 212LA 4UWUA 2DQFC 1YILA 4LT1A 102LA 2ZNXY 2Z12A 1C6PA 8LYZA 4C5FA 1GFUA 3CDOA 2RAZX 4KXIA 4ZFPA 1SQ2L 4N9RA 2LHMA 5I53A 3HTDA 4LYOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3L2X A;  1L69 A;  1LZ4 A;  1HML A;  5KXO A;  1AT5 A;  4OO9 A;  4NSJ A;  1L20 A;  1P3N A;  1IOR A;  4NSG A;  1JWR A;  2DQG Y;  1L35 A;  1DYE A;  5B1F A;  1T6H A;  3QAK A;  120L A;  1L37 A;  1WQQ A;  3DMX A;  1B7S A;  3CDR A;  3N9C A;  1LSP A;  3C83 A;  4RW2 A;  1L60 A;  211L A;  2RBQ A;  1GB2 A;  5FDJ A;  1C6F A;  1D9U A;  1ZV5 L;  235L A;  4DQ7 A;  1L73 A;  180L A;  1L55 A;  1CVK A;  3N9A A;  2H9J A;  4Z3M A;  1LJN A;  4ARM A;  1L84 A;  1WQR A;  1B0D A;  1G1W A;  2OEA X;  1L21 A;  3IWR A;  5HQ1 A;  1G0Q A;  1HEL A;  5T3F A;  4I8S A;  4WLX A;  3W6D A;  5FEL A;  3WXT A;  1L88 A;  3GUM A;  5ILC A;  1LOZ A;  127L A;  1C6K A;  1L85 A;  1IP5 A;  2LCB A;  4UWV A;  1GBO A;  1PQK A;  1DKK A;  144L A;  1HNL A;  1REZ A;  1L25 A;  1B2K A;  1L49 A;  5HNL A;  4LT2 A;  1B7N A;  216L A;  4LYT A;  2LYM A;  1LJ3 A;  3WW5 A;  3A34 A;  2B73 A;  182L A;  188L A;  3HT8 A;  3IJV A;  1SX7 A;  4KT3 A;  4YXA C;  1L05 A;  1QTH A;  2RB2 X;  1UIH A;  1CV0 A;  3HU9 A;  1C6B A;  3A6B Y;  3DKE X;  151L A;  2HTX A;  1K28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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