190LA

A helix initiation signal in t4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRACAGAITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (0-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title A helix initiation signal in T4 lysozyme identified by polyalanine mutagenesis.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 190lA00
110LA 222LA 3DNAA 1T8AA 212LA 1L87A 168LA 4DAJA 1TLAA 4I7LA 1ZYTA 2QB0B 1OWZA 1LWGA 1C68A 1L74A 1I6SA 1L25A 4W53A 1CVKA 1L54A 3RUNA 1JQUA 1CU3A 3CDQA 169LA 1C62A 4S0WA 1L01A 4LZMA 1SWYA 1P5CA 1CU6A 1T97A 1C6HA 4YX7C 2O4WA 1L12A 4I7SA 217LA 4I7OA 1C6NA 4EPFA 3NY9A 3C7YA 3HT9A 1G1VA 1QUHA 1KY0A 3L64A 4ZPUA 137LA 232LA 4PJZA 3CDTA 1L70A 4W51A 1QUOA 1P6YA 2LCBA 1QTHA 1XEPA 3HDFA 1C65A 1L71A 201LA 216LA 4IAPA 158LA 3SB9A 163LA 240LA 4LDEA 115LA 1CV0A 1B6IA 1L24A 1LYJA 1KS3A 3L2XA 150LA 166LA 123LA 4EKRA 3C82A 139LA 4ARQA 1C67A 3DMVA 1C6MA 2OE9X 4EKQA 1L23A 220LA 1G0QA 1L0KA 1L31A 160LA 1D9WA 229LA 4ARMA 1L49A 3V2WA 102LA 3DN6A 1L93A 1CX6A 1L94A 1LGUA 1P2RA 235LA 2NTHA 1QT4A 3HH6A 2A4TA 1LYHA 233LA 1C6QA 1QUGA 2RB1X 1L56A 1C6GA 1L00A 2HULA 1QT3A 1L06A 2OE7X 1L17A 1LPYA 3HTFA 1L50A 3HTGA 1G06A 3C8QA 149LA 151LA 164LA 221LA 2B72A 1L37A 119LA 3C8SA 1L80A 1LYIA 145LA 2B73A 1KW5A 1L99A 1L68A 195LA 175LA 4I7NA 185LA 1L36A 1P7SA 2HUKA 146LA 3C8RA 245LA 196LA 242LA 3OE6A 1LYGA 3HH4A 4ARPA 1EPYA 3DN4A 1C6FA 1LYDA 1L20A 3HUAA 174LA 1C6PA 1G0MA 3HDEA 4ARJA 244LA 260LA 3GUJA 7LZMA 1L75A 131LA 1L19A 1L46A 3HUQA 3CDOA 3HT7A 3SBAA 1L64A 197LA 2RBNA 104LA 4W52A 4YXAC 3FA0A 1SX7A 1QS5A 1ZWNA 147LA 3FADA 180LA 1G1WA 3SB8A 3DN3A 4EKSA 1QTZA 4EKPA 214LA 1CUPA 3C83A 1C69A 3SB7A 1L28A 4DJHA 230LA 3DN0A 186LA 2QARC 2F47A 1L44A 1L65A 3C7ZA 253LA 1CV3A 3OE0A 138LA 1CU5A 1PQKA 254LA 3GUIA 165LA 1P56A 2F2QA 1D3NA 4W56A 2L78A 129LA 130LA 1L05A 248LA 1DYGA 2RB0X 1L51A 1QT7A 4W58A 1QTBA 1C6AA 1QTVA 1L27A 2CUUA 3EMLA 257LA 1CU0A 1OYUA 1PQOA 4YXCA 3HTDA 1T8GA 1L33A 4I7MA 1JTNA 4EJ4A 173LA 1LYFA 1QT5A 1WTHA 3SBBC 2B6TA 1DYEA 261LA 1L43A 1CV1A 1C6JA 219LA 171LA 192LA 3QAKA 4GBRB 3GUOA 1L29A 176LA 4LDLA 3GUMA 3CDVA 1L14A 1C6TA 2HUMA 1L40A 1OV5A 1L82A 4ARLA 1QSQA 1L30A 255LA 184LA 156LA 199LA 3G3WA 1LGXA 213LA 112LA 2RB2X 249LA 2RAZX 1L88A 198LA 107LA 1L10A 1LGWA 4PK0A 177LA 2B6YA 1XJUA 2LZMA 1LLHA 2B74A 225LA 143LA 215LA 1DYCA 1PQIA 2B6ZA 1LI3A 4W54A 1LI2A 1SSYA 1CX7A 3DKEX 3V2YA 3G3VA 4EPIA 1L53A 1P64A 3DN8A 1LWKA 1L08A 4EXMA 122LA 1L96A 247LA 3C80A 239LA 1L89A 1L92A 243LA 1C63A 1C6EA 205LA 2IGCA 2RAYX 3C81A 1C6CA 2OTZX 1G0PA 4GRVA 2B6XA 1CV5A 1L21A 1L22A 1D3JA 3HT8A 1C6KA 1C6LA 1L63A 206LA 1L13A 4OO9A 1L42A 3LZMA 3DMXA 2OU9A 1QUDA 2NTGA 3NYAA 1L81A 4I7RA 1C6IA 1NHBA 1OV7A 1P36A 1QSBA 3HT6A 1CU2A 3G3XA 6LZMA 1L55A 4E97A 2B7XA 3DMZA 2OE4X 1L47A 1L90A 4I7KA 1L72A 1L95A 3DN2A 1OVKA 1G0GA 3GULA 1L59A 237LA 2RBPA 120LA 1DYDA 1C60A 2O7AA 227LA 1D3MA 1T8FA 1QT6A 1P37A 211LA 251LA 167LA 1PQDA 108LA 191LA 234LA 3HUKA 140LA 4K5YA 1L66A 262LA 2F32A 4I7PA 1L57A 3PDSA 4W59A 3FI5A 4AQNA 125LA 1CTWA 1L86A 3HTBA 152LA 114LA 231LA 4W55A 3PBLA 1C6DA 1D2WA 1LI6A 2RBRA 155LA 3RZEA 4W57A 3GUPA 1XJTA 1OWYA 1L07A 2OEAX 2LC9A 1L76A 1L79A 1L98A 5I14A 3F9LA 1L83A 3GUNA 3GUKA 4I7TA 1L52A 1KW7A 1L48A 1T6HA 2Q9DA 1ZURA 3OE8A 187LA 182LA 1C66A 1L0JA 1LW9A 2B6WA 228LA 3D4SA 144LA 4I7QA 3NY8A 1L15A 148LE 1DYBA 259LA 1L11A 141LA 3HWLA 1L60A 200LA 1D3FA 236LA 109LA 178LA 1L62A 161LA 1CV4A 162LA 1L73A 2B70A 3HH5A 1L03A 1P2LA 1L18A 103LA 223LA 2ANVA 1CUQA 1L39A 3UONA 1KNIA 3K2RA 1G0KA 1P3NA 111LA 2Z6BA 1L34A 1L02A 252LA 1L85A 1L09A 1L41A 189LA 246LA 4I7JA 190LA 181LA 1L61A 1SWZA 1C61A 113LA 1C64A 1SSWA 3SB5A 226LA 1L58A 1LYEA 2OU0X 159LA 3HH3A 1CV6A 170LA 1P46A 3C7WA 1L35A 1L16A 1QS9A 1K28A 3OE9A 3HU9A 1QTCA 224LA 3ODUA 157LA 2OU8A 1KY1A 172LA 183LA 1L26A 3SB6A 1L69A 3DN1A 128LA 2RBSA 126LA 1G0JA 1DYFA 238LA 1SX2A 1L91A 2Q9EA 218LA 2OTYX 256LA 2O79A 1QT8A 3SN6R 3F8VA 209LA 3VW7A 1OVHA 1G0LA 1PQMA 2ANXA 2RBOA 188LA 1PQJA 4ARQB 258LA 1L04A 1QTDA 5LZMA 4LDOA 1L38A 1L84A 1OVJA 1JTMA 3HU8A 2B75A 127LA 1D2YA 210LA 241LA 4ARMB 2RH1A 4DKLA 2RBQA 1L32A 1L77A 1C6BA 1G07A 3CDRA 1DYAA 3JR6A 118LA 1L45A 1L97A 142LA 250LA 1L67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
222LA 4DAJA 3WVXA 3WYHA 1LZSA 1OWZA 1C10A 1LZCA 1ZVHL 4NGKA 1L74A 4H92A 1LZEA 4W53A 1HEWA 4DC4A 3AYQA 1D0MA 1TCYA 3CDQA 1REXA 4S0WA 1OUDA 1P5CA 1GF5A 1QTKA 2HEEA 1YAMA 1L12A 4I7SA 3N9EA 3HT9A 1KY0A 1BVKC 1GB6A 1TAYA 4ZPUA 1GBXA 232LA 4WL7A 1NBZC 1QUOA 4NWHA 3TXDA 1JITA 1LTMA 5I4WA 1L71A 1XSFA 1GEZA 201LA 2D6BA 158LA 3SB9A 163LA 4G4BA 115LA 1B6IA 1L24A 150LA 1BB3A 1NHEA 5B59A 4MR1A 207LA 3TXBA 139LA 4ARQA 1BWJA 1LJHA 4ETBA 5IELA 2EIZC 1L0KA 1GD6A 1D9WA 4ARMA 1GB8A 4B4IA 1FBIX 3V2WA 4XJDA 1GHLA 1IP4A 1GDXA 1L94A 3G3BB 5B1FA 3WXTA 4ZFPA 5KXWA 1FN5A 1LYZA 4DWXA 4PHIA 2RB1X 1C6GA 2N5ZA 1L00A 2HULA 2OE7X 1L06A 3HTFA 3CSRA 149LA 164LA 2B72A 1L37A 119LA 2B5ZA 2YBHA 1ZVYB 1KW5A 5KXZA 4H8YA 1IWZA 4HTKA 146LA 1LYGA 5LVGA 1C6FA 1L20A 1G0MA 4R6CA 4WG1A 4RLNA 3RT5X 2DQAA 1NDGC 1L19A 3HT7A 1L64A 4OWAA 1UIDA 4W52A 5I4YA 2DQJY 1YAPA 4WOAA 3SB8A 1LMTA 4UWNA 5E9RA 4EKPA 1B5UA 4UWVA 1GXXA 1L28A 1GBOA 4DJHA 4M4OA 1YIKA 3K3TA 1GFKA 1KXWA 186LA 133LA 3GXKA 1QDRA 3GUIA 1JWRA 1CJ6A 1HERA 4ET9A 248LA 1HSWA 2RB0X 3B0KA 3WMKA 4ANRA 1QTBA 1D6PA 4HPIA 3AZ6A 1IP7A 4G4HA 2MECA 1PQOA 4YXCA 1KIRC 3HTDA 1L33A 4FJRA 5IHGA 1GF9A 1REMA 173LA 3WULA 1CJ8A 1OUJA 1NKHA 2LZ2A 171LA 1QQYA 4ML7A 1WQOA 1L14A 2HUMA 4N5RA 5DL9A 1OV5A 4ARLA 1L82A 4NG1A 1CKGA 5IDDA 4YEOA 213LA 112LA 5KXTA 1LSEA 1XJUA 4QY9A 1INUA 4ET8A 2BQNA 225LA 1LZYA 4RW1A 215LA 1G7HC 1LHIA 4PJ2C 1A2YC 4W54A 4WM2A 4DQ7A 3DKEX 1WQQA 3G3VA 1UACY 4NGLA 1LWKA 5F16A 3IJUA 1L08A 4P2EA 122LA 1C08C 1L96A 247LA 3WUNA 3E3DA 239LA 4GCBA 4GN3A 1UA6Y 1C63A 1TDYA 4YM8A 2IGCA 2OTZX 1GE1A 1UIFA 4PRQA 2I26L 1FDLY 2MEDA 2A7DA 1L22A 3OJPA 1JISA 3HT8A 2XJWA 1C6KA 1L63A 2ZNWY 7LYZA 1BGIA 1L42A 1WVUA 1L81A 4I7RA 1T6VL 3G3XA 1L55A 2ZYCA 4E97A 3DMZA 4NIJA 2MEFA 4NGZA 1GFTA 1L72A 1G0GA 4H9CA 1L59A 208LA 4L41A 2RBPA 1KIQC 2O7AA 1T8FA 4Z3MA 1QT6A 1IP1A 191LA 234LA 4DD1A 2D4IA 4K5YA 4W59A 262LA 1GE4A 3PDSA 3FI5A 1BWHA 3WU8A 4J1BA 5LAGA 1B7OA 1D2WA 4YEMA 4XYYA 1OUIA 1XEKA 1XJTA 1UIBA 1OWYA 1RFPA 2BLYA 3W6DA 1B5XA 3GUNA 4I7TA 3P64A 1GXV2 1LOZA 3AGGG 3WXUA 187LA 5DM9A 1C43A 228LA 3RU5A 148LE 1DYBA 1L11A 2DQGY 161LA 1LZAA 4DDBA 1IWWA 1KXXA 4RW2A 4NSJA 2B70A 1JKDA 3HH5A 1FLWA 1L39A 3K2RA 2Z6BA 1JSEA 4WMGA 1C64A 3SB5A 1LYEA 5D5CA 1CV6A 170LA 2FBDA 4LYOA 4H8XA 1DKKA 4J1AA 3LZ2A 2EPEA 1QTCA 224LA 157LA 4LGKA 1GBSA 5KY1A 3DN1A 1UICA 2LYOA 1HEPA 126LA 2BQHA 5I5QA 1DYFA 1QT8A 1LYYA 5LVJA 3D3DA 188LA 1YL0X 4ARQB 1JJ1A 258LA 5HNLA 4HJVA 1L84A 2DQDY 1JTMA 4DD9A 3P65A 1LZ9A 1BB4A 1LJ4A 4ARMB 4MSTA 2RBQA 2I25L 2CGIA 2ZQ3A 3ZVQA 4WM4A 4PRUA 1P2CC 142LA 1L67A 1IP2A 1L87A 168LA 1HSXA 1D0KA 1WQRA 4NHSA 1LZDA 1L54A 1FLYA 2DQHY 3RUNA 1H87A 4XJHA 2HU1A 1CU6A 2HEDA 2O4WA 217LA 1QUTA 3L64A 137LA 1G7MC 1LZBA 1GBYA 1OQMA 4E3UA 4W51A 1JSFA 3SP3A 2W1YA 1QTHA 1XEPA 5B05A 1C65A 4IAPA 240LA 1GPQC 1CV0A 3L2XA 123LA 3TXEA 3WU9A 2F30A 3LN2A 1GE3A 2XQOA 3AW6A 3A96A 4GLAA 4G49A 1C6MA 1LZ5A 1WQMA 2LZTA 2BQAA 4TUNA 1VDTA 1NBYC 4H91A 102LA 4OWCA 1CX6A 3HH6A 2A4TA 1WTMA 233LA 1QUGA 1GBWA 1L56A 1QSWA 1L50A 1HEQA 1C46A 3C8QA 1TEWA 1LMCA 151LA 4B4EA 1LYIA 5B1GA 1WQNA 1L68A 1LSDA 185LA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 222L A;  4DAJ A;  3WVX A;  3WYH A;  1LZS A;  1OWZ A;  1C10 A;  1LZC A;  1ZVH L;  4NGK A;  1L74 A;  4H92 A;  1LZE A;  4W53 A;  1HEW A;  4DC4 A;  3AYQ A;  1D0M A;  1TCY A;  3CDQ A;  1REX A;  4S0W A;  1OUD A;  1P5C A;  1GF5 A;  1QTK A;  2HEE A;  1YAM A;  1L12 A;  4I7S A;  3N9E A;  3HT9 A;  1KY0 A;  1BVK C;  1GB6 A;  1TAY A;  4ZPU A;  1GBX A;  232L A;  4WL7 A;  1NBZ C;  1QUO A;  4NWH A;  3TXD A;  1JIT A;  1LTM A;  5I4W A;  1L71 A;  1XSF A;  1GEZ A;  201L A;  2D6B A;  158L A;  3SB9 A;  163L A;  4G4B A;  115L A;  1B6I A;  1L24 A;  150L A;  1BB3 A;  1NHE A;  5B59 A;  4MR1 A;  207L A;  3TXB A;  139L A;  4ARQ A;  1BWJ A;  1LJH A;  4ETB A;  5IEL A;  2EIZ C;  1L0K A;  1GD6 A;  1D9W A;  4ARM A;  1GB8 A;  4B4I A;  1FBI X;  3V2W A;  4XJD A;  1GHL A;  1IP4 A;  1GDX A;  1L94 A;  3G3B B;  5B1F A;  3WXT A;  4ZFP A;  5KXW A;  1FN5 A;  1LYZ A;  4DWX A;  4PHI A;  2RB1 X;  1C6G A;  2N5Z A;  1L00 A;  2HUL A;  2OE7 X;  1L06 A;  3HTF A;  3CSR A;  149L A;  164L A;  2B72 A;  1L37 A;  119L A;  2B5Z A;  2YBH A;  1ZVY B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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